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双绕蛋白质的分类与识别 被引量：1
1
作者 刘岳 徐海松 +1 位作者 乔辉 李晓琴 《生物信息学》 2010年第1期1-6,共6页
蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容。双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型。选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(... 蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容。双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型。选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM)。将Astral1.65中序列一致性小于95%的9 505个样本作为检验集,整体识别敏感性为93.9%,特异性为82.1%,MCC值为0.876。结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,分类建模可以实现较高准确率的识别。 展开更多
关键词 双绕蛋白质 RMSD 系统聚类 隐马尔科夫模型 折叠类型识别
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短链脱氢酶超家族介导植物次级代谢研究进展 被引量：5
2
作者 张月婷 秦政 +1 位作者 王建 汪信东 《南方林业科学》 2020年第5期62-67,共6页
短链脱氢酶超家族是一类古老而庞大的NAD(P)(H)依赖的氧化还原家族,参与催化多个初生代谢与次生代谢反应过程。迄今,在生物界中已发现短链脱氢酶家族成员超47000个。序列比对显示,该家族个体间相似性较低,但都含有特征性的“Rossmann-f... 短链脱氢酶超家族是一类古老而庞大的NAD(P)(H)依赖的氧化还原家族,参与催化多个初生代谢与次生代谢反应过程。迄今,在生物界中已发现短链脱氢酶家族成员超47000个。序列比对显示,该家族个体间相似性较低,但都含有特征性的“Rossmann-fold”保守结构。为快速鉴别和研究短链脱氢酶功能,研究者在国际上发展了一套隐马尔可夫模型和命名分类系统,专门的数据库SDR Enzymes亦构建完成。近年来,随着基因组数据的陆续公布,植物短链脱氢酶家族成员呈爆发式扩增。相关研究结果显示,植物基因组中含短链脱氢酶数量60~350个不等,根据序列特征可细分为5大类,参与约50种不同的代谢路径。本文从介绍短链脱氢酶隐马尔可夫模型、命名分类系统及序列特征等出发,重点对近年来植物短链脱氢酶家族次级代谢功能研究结果进行总结,旨在为进一步深入开展相关研究提供信息参考。 展开更多
关键词 短链脱氢酶 植物次级代谢 罗斯曼折叠 命名法
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α/β类蛋白折叠中π-π相互作用的特异性
3
作者 王勤 李晓琴 马帅 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2674-2679,共6页
以α/β类蛋白的2种典型折叠类型为研究对象,对205个低相似度蛋白样本中的π-π相互作用进行统计分析.计算结果表明,(α/β)8-barrel折叠中π-π相互作用的分布密度高于经典Rossmann折叠,且在关键的局部区域的差异更加显著;芳香族氨基酸... 以α/β类蛋白的2种典型折叠类型为研究对象,对205个低相似度蛋白样本中的π-π相互作用进行统计分析.计算结果表明,(α/β)8-barrel折叠中π-π相互作用的分布密度高于经典Rossmann折叠,且在关键的局部区域的差异更加显著;芳香族氨基酸在(α/β)8-barrel结构中更容易形成π-π相互作用;色氨酸对应的3种π-π相互作用组合在(α/β)8-barrel折叠中出现的几率显著高于经典Rossmann折叠;(α/β)8-barrel折叠中π-π相互作用形成复杂π网络的能力强于经典Rossmann折叠.上述结果表明,π-π相互作用在α/β类蛋白的不同折叠类型中存在特异性,其在稳定(α/β)8-barrel结构中的作用强于经典Rossmann折叠. 展开更多
关键词 (α/β)8·barrel折叠 Rossmann折叠 Π-Π相互作用 π-网络 非经典相互作用
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