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Two mutations in the truncated Rep gene RBR domain delayed the Wheat dwarf virus infection in transgenic barley plants
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作者 Pavel Cejnar Ludmila Ohnoutkova +2 位作者 Jan Ripl Tomas Vlcko Jiban Kumar Kundu 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2018年第11期2492-2500,共9页
Wheat dwarf virus (WDV), an important cereal pathogen, is closely related to Maize streak virus (MSV), a model virus of the Mastrevirus genus. Based on its similarity to known MSV resistance strategies, a truncate... Wheat dwarf virus (WDV), an important cereal pathogen, is closely related to Maize streak virus (MSV), a model virus of the Mastrevirus genus. Based on its similarity to known MSV resistance strategies, a truncated part of the WDV replication- associated (RepA) gene (WDVRepA215) and the WDV RepA gene with a mutated retinoblastoma-related protein (RBR) interaction domain (WDVRepA215RBRre^t) were cloned into the plPKb002 expression vector and transformed into immature embryos of spring barley cv. Golden Promise plants through Agrobacterium-mediated transformation. A detailed study of T1-generation plants infected by leafhoppers (Psammotettix alienus) fed on infection sources of variable strength was performed over a 5-week period encompassing the initial stages of virus infection. A DNA WDV TaqMan qPCR assay normalized using the DNA puroindoline-b SYBR Green qPCR assay for samples on a per week basis revealed an approximately 2-week delay in WDVRepA215RBR^mut plants to WDVRepA215 plants before significant increases in the WDV viral levels occurred. Both WDVRepA215 and WDVRepA215RBR^mut plants showed similar levels of transgenic transcripts over the screened period; however, the transgenic plants also showed increased numbers of infected plants compared to the control plants. 展开更多
关键词 Wheat dwarf virus (WDV) truncated rep gene RBR domain qPCR screening
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猪圆环病毒Ⅱ型Rep基因在PK15细胞中的表达及特性 被引量:7
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作者 申会刚 周继勇 +4 位作者 陈庆新 郭军庆 陈婷飞 商绍彬 李增魁 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期244-246,329,共4页
为研究猪圆环病毒型(PCV2)Rep基因在PK15细胞中的表达特性,通过PCR方法克隆了PCV2杭州株(HZ0201)Rep基因全长945bp片段,与真核表达载体pCI-neo构建为重组质粒pCI-PCV2-Rep。pCI-PCV2-Rep质粒转染PK15细胞后48h,通过RT-PCR可检测到PCV2Re... 为研究猪圆环病毒型(PCV2)Rep基因在PK15细胞中的表达特性,通过PCR方法克隆了PCV2杭州株(HZ0201)Rep基因全长945bp片段,与真核表达载体pCI-neo构建为重组质粒pCI-PCV2-Rep。pCI-PCV2-Rep质粒转染PK15细胞后48h,通过RT-PCR可检测到PCV2RepmRNA的转录;用猪PCV2多抗血清作间接免疫荧光试验,可检测到Rep基因表达产物。在表达量低的细胞中,PCV2Rep蛋白主要位于PK15的细胞浆,在表达量高的细胞中,细胞浆和细胞核中均含有大量的Rep蛋白,表明Rep对PK15细胞的细胞浆和细胞核的亲嗜性没有明显差别。 展开更多
关键词 PK15细胞 猪圆环病毒Ⅱ型 rep 间接免疫荧光试验 PCV2 RT-PCR 基因表达产物 PCR方法 表达特性 重组质粒 真核表达 质粒转染 mRNA 表达量 细胞核 neo pCI 抗血清 胞浆 检测 蛋白 全长
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鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 刘存 刘砚涵 +6 位作者 祝夕超 李法凯 张栋 邵新宇 田野 孙圣福 陈静 《动物医学进展》 北大核心 2025年第1期68-73,共6页
为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标... 为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标准品间具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9866;该方法具有良好的敏感性,其检测病毒系列含量下限为14.4拷贝/μL;该方法特异性良好,与鸽新城疫病毒、鸽疱疹病毒、鸽腺病毒等病毒及鸽组织DNA不存在交叉反应;该方法重复性较好,批内重复试验变异系数均介于0.454%~0.473%,批间重复试验变异系数均介于0.367%~0.869%。与传统普通PCR方法相比,所建立的PiCV荧光定量PCR方法敏感性更高,临床样品PiCV检出率更高,两者检测符合率为93.75%。结果表明,所建立的PiCV荧光定量PCR方法为临床检测鸽圆环病毒提供了一种快速、灵敏的检测方法,为PiCV的流行病学调查和主动监测提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 荧光定量PCR rep基因 检测
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香蕉束顶病毒海口分离物Rep基因的克隆、原核表达、抗血清制备及检测 被引量:8
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作者 余乃通 冯团诚 +2 位作者 王健华 张雨良 刘志昕 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期38-43,共6页
[目的]对香蕉束顶病毒(Banana bunchy top virus,BBTV)海口分离物起始蛋白(replication initiation pro-teins,Rep)基因进行克隆、原核表达、抗血清制备,为BBTV有效的检测及分子流行病学等研究奠定基础。[方法]以海口地区染病香蕉幼嫩... [目的]对香蕉束顶病毒(Banana bunchy top virus,BBTV)海口分离物起始蛋白(replication initiation pro-teins,Rep)基因进行克隆、原核表达、抗血清制备,为BBTV有效的检测及分子流行病学等研究奠定基础。[方法]以海口地区染病香蕉幼嫩假茎和叶片的总DNA为模板,通过PCR技术克隆BBTV海口分离物的起始蛋白基因,连接到表达载体并进行大肠杆菌原核表达,制备高效价特异性抗血清。[结果]应用PCR方法从染毒香蕉幼嫩假茎和叶片总DNA中扩增复制rep基因,回收目的片段后经酶切,获得了含BBTV Rep基因的重组质粒pET32b-Rep。将重组质粒转化E.coliBL21(DE3),经不同的时间、温度及IPTG浓度优化,12%SDS-PAGE电泳分析,在20℃、0.1 mmol/L IPTG条件诱导4h,最终获得大量的可溶性融合蛋白。将可溶性蛋白上清液经Ni2+-NTA亲和层析柱纯化,得到高纯度的融合蛋白。用纯化后的融合蛋白免疫家兔,获得了BBTV Rep蛋白抗血清。以融合蛋白做抗原,间接ELISA法测定抗血清效价大于125 000。以田间样品做抗原时,结果表明抗血清最佳工作浓度为1∶1 000。Western blot鉴定结果表明抗血清能与融合蛋白特异性结合。[结论]利用Rep基因制备的特异性抗血清在BBTV病毒粒体的组装机制研究及病毒病诊断上具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 香蕉束顶病毒 rep基因 原核表达 抗血清制备
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禽腺联病毒Rep78、Rep52基因的原核表达及多抗制备 被引量:1
5
作者 朱善元 王安平 +3 位作者 吴双 王永娟 左伟勇 洪伟鸣 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期10-14,共5页
为制备禽腺联病毒Rep蛋白多抗血清,根据已发表的禽腺联病毒基因组序列设计2对引物,扩增出Rep78、Rep52基因,分别将其克隆入原核表达载体pET-30a,并转化大肠杆菌BL21(DE3),在IPTG的诱导下,2种蛋白均获得了高效表达,SDS-PAGE显示2种重组... 为制备禽腺联病毒Rep蛋白多抗血清,根据已发表的禽腺联病毒基因组序列设计2对引物,扩增出Rep78、Rep52基因,分别将其克隆入原核表达载体pET-30a,并转化大肠杆菌BL21(DE3),在IPTG的诱导下,2种蛋白均获得了高效表达,SDS-PAGE显示2种重组蛋白分子量均正确。将重组蛋白切胶免疫ICR小鼠,分别制备了针对2种蛋白的多抗血清,Western blot实验显示制备的抗血清能够与Rep78和Rep52抗原发生特异反应。以上结果说明,Rep78和Rep52蛋白在大肠杆菌中获得成功表达,且制备的多抗血清可用于Rep基因的表达检测。 展开更多
关键词 禽腺联病毒 rep基因 原核表达 抗血清
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猪源转录因子AP-2δ通过增强rep基因启动子活性促进猪圆环病毒2型的复制 被引量:1
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作者 王越 宋东峰 +4 位作者 林翠 李佳容 王胜男 顾金燕 周继勇 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1985-1995,共11页
本研究旨在探究猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2, PCV2)能否借助rep基因启动子区的转录因子结合位点调控自身基因转录,并寻找参与这一调控过程的宿主因子。凝胶迁移实验证实rep基因启动子具有核蛋白结合活性。DNA-pull down联... 本研究旨在探究猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2, PCV2)能否借助rep基因启动子区的转录因子结合位点调控自身基因转录,并寻找参与这一调控过程的宿主因子。凝胶迁移实验证实rep基因启动子具有核蛋白结合活性。DNA-pull down联合液相-串联质谱分析鉴定到了可与rep基因启动子结合的猪源转录因子AP-2δ(Porcine transcription factor AP-2δ, poTFAP2δ)。双荧光素酶报告基因试验、实时荧光定量PCR、免疫印迹及间接免疫荧光等试验证明poTFAP2δ不仅可以特异性地增强rep基因启动子活性,而且可以在PCV2感染过程中促进rep和cap基因的转录、翻译及PCV2病毒滴度。文中揭示了PCV2利用宿主蛋白促进自身增殖的分子机制,为进一步从病毒与宿主互作角度阐明PCV2的致病机制提供新的研究思路,亦为PCV2高效疫苗的研制提供理论基础。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 rep基因启动子 转录因子结合位点 猪源转录因子AP-2δ
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禽腺联病毒Rep基因在昆虫细胞中的表达
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作者 朱善元 王安平 +3 位作者 吴双 王永娟 左伟勇 洪伟鸣 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期111-115,共5页
根据禽腺联病毒Rep基因序列设计2对引物,分别扩增出Rep78和Rep52基因,将其克隆至杆状病毒双表达载体pFastBacDual,获得重组穿梭质粒pFastBacDual-Rep,将其转化到E.coli DH10Bac感受态细胞中,经抗性和蓝白斑筛选,获得重组病毒表达质粒rBa... 根据禽腺联病毒Rep基因序列设计2对引物,分别扩增出Rep78和Rep52基因,将其克隆至杆状病毒双表达载体pFastBacDual,获得重组穿梭质粒pFastBacDual-Rep,将其转化到E.coli DH10Bac感受态细胞中,经抗性和蓝白斑筛选,获得重组病毒表达质粒rBacmid-Rep。在脂质体的介导下转染昆虫细胞Sf9,获得重组杆状病毒rBac-Rep。SDS-PAGE结果分析表明,Rep78、Rep52均获得了表达,Western blot结果显示表达的重组蛋白能够与Rep52多抗反应,具有良好的反应原性。结论:禽腺联病毒的非结构蛋白Rep78、Rep52基因在昆虫细胞中获得了成功表达。 展开更多
关键词 禽腺联病毒 rep基因 昆虫细胞 表达
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猪圆环病毒2型Rep基因真核表达载体的构建和免疫原性分析
8
作者 王静 刘成倩 +4 位作者 李红 易建中 于宗幸 陈磊 孙晓云 《上海农业学报》 CSCD 2016年第1期6-9,共4页
根据GenBank发表的猪圆环病毒2型(PCV2)基因序列设计并合成1对特异性引物,进行PCR扩增,从PCV2突变株中扩增出PCV2 Rep基因,对PCR扩增产物清洁后进行双酶切,连接到pEGFP-C1载体上,转化到大肠杆菌DHSα感受态细胞中,经PCR筛选和测序后鉴... 根据GenBank发表的猪圆环病毒2型(PCV2)基因序列设计并合成1对特异性引物,进行PCR扩增,从PCV2突变株中扩增出PCV2 Rep基因,对PCR扩增产物清洁后进行双酶切,连接到pEGFP-C1载体上,转化到大肠杆菌DHSα感受态细胞中,经PCR筛选和测序后鉴定出正确的重组基因,完成真核表达载体的构建。将重组质粒转染到PK15细胞中,收取病毒液抽提DNA,PCR检测到Rep基因,证明转染是成功的。进行间接免疫荧光试验,可以检测Rep基因在PK15细胞中的表达,试验结果很好的验证了Rep基因的免疫原性。这为进一步研究PCV2的生物学活性及PCV2新型疫苗奠定了坚实的基础。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 rep基因 真核表达载体 间接免疫荧光
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犬圆环病毒Rep基因SYBR GreenⅠreal-time PCR方法的建立及应用 被引量:4
9
作者 韩知晓 杜倩 +9 位作者 汪伟 辛佳亮 闫修魁 梁莹莹 朱远致 何玄 曹亮 孙文超 胡传活 郑敏 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1520-1526,共7页
为建立一种检测犬圆环病毒的快速诊断方法,本试验拟采用普通PCR方法扩增犬圆环病毒Rep基因,将目的基因克隆到T-Vector pMD19 (Simple),以测序正确的重组质粒作为模板,建立针对犬圆环病毒Rep基因的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法,并... 为建立一种检测犬圆环病毒的快速诊断方法,本试验拟采用普通PCR方法扩增犬圆环病毒Rep基因,将目的基因克隆到T-Vector pMD19 (Simple),以测序正确的重组质粒作为模板,建立针对犬圆环病毒Rep基因的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,Ct值与标准品在6.18×10^9~6.18×10^2copise/μL范围内呈良好的线性关系,其相关性为0.998,斜率为-3.671。检测下限为6.18×10^1copies/μL,且对猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型、犬瘟热病毒、犬传染性肝炎病毒、犬细小病毒、犬副流感病毒、犬腺病毒2型、狂犬病病毒等均无特异性扩增,所有稀释度标准品模板均在86.45℃出现特异性熔解峰。通过对临床样品进行检测,本方法对犬圆环病毒核酸的检出率为9.72%(7/72)。结果表明,本试验成功建立了针对犬圆环病毒Rep基因的SYBR GreenⅠreal-time PCR方法,可实现对犬圆环病毒快速、灵敏及准确的诊断。 展开更多
关键词 犬圆环病毒 SYBR GreenⅠreal-time PCR rep基因
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鸽圆环病毒Cap及Rep基因的克隆与进化分析 被引量:5
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作者 日孜瓦古·努尔东 米晓云 +7 位作者 魏玉荣 吴建勇 苗书魁 马文戈 韩涛 葛丽娟 魏婕 黄炯 《塔里木大学学报》 2020年第1期1-6,共6页
为了解新疆和田地区某规模化种鸽场鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)感染情况和潜在来源,本研究采集了200份鸽粪便和3份鸽病料样本,对其进行PiCV Cap及Rep基因的PCR扩增、序列测定与分析。研究结果表明,PiCV检出率为47.29%(96/203)... 为了解新疆和田地区某规模化种鸽场鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)感染情况和潜在来源,本研究采集了200份鸽粪便和3份鸽病料样本,对其进行PiCV Cap及Rep基因的PCR扩增、序列测定与分析。研究结果表明,PiCV检出率为47.29%(96/203)。测序毒株被命名为PiCV-XJ2018,其Cap基因与GF82/Guangdong/2014毒株核苷酸同源性为94.98%,Rep基因与GF71/Guangdong/2014毒株核苷酸同源性为97.17%。遗传进化分析结果显示,PiCV-XJ2018毒株与国内2014年检测的广东株及上海株亲缘关系较近。本研究将为本地区鸽圆环病毒的诊断与防控提供参考数据。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 rep基因 Cap基因 进化分析
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鸭细小病毒04Nb株的分离鉴定与rep基因测序与分析 被引量:1
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作者 张彦鹏 李静 +4 位作者 寇铮 陈绳亮 范兆军 张忠 李天宪 《中国病毒学》 CSCD 2006年第2期173-177,共5页
采集浙江宁波地区以腹泻、呼吸困难为主要症状的病鸭肝组织,接种正常鸭胚尿囊腔增殖病毒。雏鸭感染试验显示发病症状及病理变化明显,死亡率为75%。电镜下可见纯化病毒直径约20nm左右的球形病毒粒子。免疫琼脂扩散实验结果显示与鸭细小病... 采集浙江宁波地区以腹泻、呼吸困难为主要症状的病鸭肝组织,接种正常鸭胚尿囊腔增殖病毒。雏鸭感染试验显示发病症状及病理变化明显,死亡率为75%。电镜下可见纯化病毒直径约20nm左右的球形病毒粒子。免疫琼脂扩散实验结果显示与鸭细小病毒(duckparvovirusDPV)标准株阳性血清有明显沉淀线。经SDS-PAGE呈现3条结构蛋白带,与DPV标准株一致;参照GenBankDPV非结构蛋白基因序列设计引物,PCR扩增反应获得目的条带,克隆测序后,与DPV代表株序列同源性达98%。根据上述实验结果,确定引起本次鸭场疫病的病原为DPV。为进一步研究该分离株rep基因的序列特征,对其rep基因克隆测序,与GenBank中两株DPV、两株鹅细小病毒(GPV)进行序列比对,结果显示rep基因核苷酸序列与DPV参考毒株同源性为98%以上,与GPV同源性为80%左右。 展开更多
关键词 鸭细小病毒 分离鉴定 rep基因 同源性
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腺相关病毒(AAV)及其编码的Rep蛋白治疗肿瘤的研究进展
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作者 周谡 李泰明 张春 《药物生物技术》 CAS 2013年第5期458-462,共5页
腺相关病毒(Adeno-associated virus,AAV)是单链DNA病毒。AAV基因载体由于安全性好、宿主细胞范围广(分裂和非分裂细胞)、免疫原性低,在体内表达外源基因时间长等特点,被视为最有前途的基因转移载体之一,在世界范围内的基因治疗和疫苗... 腺相关病毒(Adeno-associated virus,AAV)是单链DNA病毒。AAV基因载体由于安全性好、宿主细胞范围广(分裂和非分裂细胞)、免疫原性低,在体内表达外源基因时间长等特点,被视为最有前途的基因转移载体之一,在世界范围内的基因治疗和疫苗研究中得到广泛应用。AAV编码的非结构蛋白Rep具有抑制肿瘤和病毒的作用,并可以对宿主细胞周期和增殖产生重要影响。Rep蛋白也可以对许多异源启动子产生抑制效果,并同时对胞内许多转录原件产生影响。文章就AAV的基本生物学特性和其Rep蛋白在肿瘤治疗方向的最新进展进行了综述。 展开更多
关键词 腺相关病毒 基因治疗 rep蛋白 抗肿瘤
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REP-PCR对医护人员鼻腔中鲍曼不动杆菌分离株的溯源分析 被引量:4
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作者 于观留 赵效南 +2 位作者 蔡春梅 蔡玉梅 高静 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2016年第3期234-237,共4页
目的对医护人员鼻腔中的鲍曼不动杆菌进行分离鉴定,对其来源和传播途径进行分析。方法用棉拭子采集10名医护人员和10名非医护人员(大学生)鼻腔样品,分离鉴定非重复鲍曼不动杆菌,采用K-B法检测其对13种常用抗生素的敏感性;利用多重PCR扩... 目的对医护人员鼻腔中的鲍曼不动杆菌进行分离鉴定,对其来源和传播途径进行分析。方法用棉拭子采集10名医护人员和10名非医护人员(大学生)鼻腔样品,分离鉴定非重复鲍曼不动杆菌,采用K-B法检测其对13种常用抗生素的敏感性;利用多重PCR扩增OXA型碳青霉烯酶耐药基因;应用基因外重复回文序列REP-PCR对分离株进行分子多样性分析。结果共分离19株鲍曼不动杆菌,其中分离自医护人员鼻腔12株,分离自非医护人员鼻腔7株。K-B法检测Ab的耐药性,医护人员鼻腔分离株对环丙沙星(CIP)、亚胺硫霉素(IPM)、头孢曲松(CRO)、环磷酰胺(CTX)和新诺明(SXT)耐药率均≥41.7%,非医护人员分离株耐药率均≤3%;耐药基因检测19株菌中都携带OXA-51基因,且医护人员鼻腔分离株携带OXA-23菌株数多于非医护人员鼻腔分离株。另外两种未检出耐药基因(OXA-24和OXA-58)。REP-PCR显示,医护人员鼻腔分离株、非医护人员鼻腔分离株Ab的8种基因型(A-H)中同源性≥90%的有33株菌,占94.29%(33/35)。结论鲍曼不动杆菌不仅能通过直接接触传播,也可能存在气源性传播途径。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 医护人员 OXA碳青霉烯酶耐药基因 rep-PCR
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鉴别猪圆环病毒2型和3型双重TaqMan MGB探针FQ-PCR检测方法研究 被引量:1
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作者 赵雪丽 闫若潜 +8 位作者 王华俊 王淑娟 马震原 谢彩华 柴茂 杨海波 王翠 刘影 王东方 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第2期165-173,共9页
建立一种快速、特异鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的双重TaqMan MGB探针FQ-PCR方法,本研究以PCV2的Rep蛋白和PCV3的Cap蛋白基因作为靶基因,各设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,经优化各反应条件和进行敏感性... 建立一种快速、特异鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的双重TaqMan MGB探针FQ-PCR方法,本研究以PCV2的Rep蛋白和PCV3的Cap蛋白基因作为靶基因,各设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,经优化各反应条件和进行敏感性、特异性、重复性和干扰性试验,建立鉴别检测PCV2/PCV3的双重FQ-PCR方法。结果显示:该方法可特异性扩增PCV2、PCV3核酸,与猪伪狂犬病病毒(PRV)等8种病原及阴性对照无交叉反应,特异性较强;对PCV2和PCV3阳性质粒标准品的最低检出限均可达10 copies/μL,敏感性较高;PCV2/PCV3批内/批间重复试验变异系数(CV)值均在3%以下,表明方法稳定性、重复性较好;干扰性试验表明在两种病毒阳性质粒起始模板相差较大时该方法不会影响对其中任一病毒核酸的检出和准确定量。对42份临床疑似PCV感染样品检测结果与PCV2、PCV3基因测序结果符合率100%。本研究建立的双重FQ-PCR方法具有敏感性高达10 copies/μL、特异性强、在同一反应体系中能同时快速鉴别检测PCV2、PCV3等优点,可用于临床PCV2/PCV3感染的快速鉴别检测。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 rep基因 猪圆环病毒3型 cap基因 双重TaqMan MGB FQ-PCR
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新疆伊宁人源植物乳植杆菌的体外益生特性研究 被引量:1
15
作者 陈丽澜 王明芳 +1 位作者 单宇晴 倪永清 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第5期153-160,共8页
植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)在自然界中分布广泛,是目前开发利用最广泛的乳酸菌物种之一,大多数开发利用的植物乳植杆菌来源于发酵食品或植物基材料。本研究选用分离自新疆伊宁维吾尔族和哈萨克族健康儿童粪便样品中... 植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)在自然界中分布广泛,是目前开发利用最广泛的乳酸菌物种之一,大多数开发利用的植物乳植杆菌来源于发酵食品或植物基材料。本研究选用分离自新疆伊宁维吾尔族和哈萨克族健康儿童粪便样品中的植物乳植杆菌,经指纹图谱去除相同条带,挑选出20株代表菌株;指纹图谱聚类结果将菌株分为3个大类,相同民族和年龄段来源的菌株更倾向于聚集在同一小分支上;从基于groEL基因构建的系统发育树上发现相同民族来源的菌株更倾向于聚集在一起;同时对20株菌株的酸、胆盐耐受性、自聚集、疏水性(二甲苯)、抑菌能力、抗生素敏感性、碳糖利用能力进行了体外检测。结果显示,菌株YLW2L-108-29、YLW2L-61-7、YLW1L-44-7耐酸(pH2.5)能力较好,YLW1L-44-6耐胆盐(0.3%浓度)能力最优,菌株YLW2L-61-7、YLW2L-57-4、YLW2L-66-30自聚集和疏水性结果最优,所有菌株在低聚果糖、低聚半乳糖、低聚异麦芽糖、麦芽糊精、棉子糖、D-海藻糖、果胶、水苏糖和大豆低聚糖上生长良好,大部分菌株在菊粉和抗性淀粉上生长较差,在低聚木糖上生长最差。结合抑菌和抗生素耐药结果,筛选出菌株YLW2L-61-7作为潜在的益生菌菌株开展后续研究,为开发适应区域人群的优良益生菌菌株及产品奠定基础。 展开更多
关键词 植物乳植杆菌 益生特性 groEL基因 rep-PCR
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猪圆环病毒2型LAMP检测方法的建立与评价 被引量:5
16
作者 史利军 张锦秀 +3 位作者 章金刚 李伟 范晓娟 李刚 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期174-176,共3页
根据猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)Rep和Cap基因保守区设计2对引物,1对外引物和1对内引物;利用设计的4条引物,在Bst大片段聚合酶的作用下,对PCV2 DNA进行恒温扩增;扩增条件为63℃恒温反应1h;建立了PCV2环媒恒温扩增技... 根据猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)Rep和Cap基因保守区设计2对引物,1对外引物和1对内引物;利用设计的4条引物,在Bst大片段聚合酶的作用下,对PCV2 DNA进行恒温扩增;扩增条件为63℃恒温反应1h;建立了PCV2环媒恒温扩增技术(LAMP)检测方法。对检测方法特异性评价表明,检测方法只能检测PCV2 DNA,对猪圆环病毒1型(Porcine circovirus type 1,PCV1)、猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)及猪伪狂犬病病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)检测无交叉反应。灵敏度评价表明,该检测方法可以检测到样品中10个拷贝的PCV2 DNA含量。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 rep基因 Cap基因 环媒恒温扩增技术
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具抗肿瘤活性放线菌菌株YIM 90022的分离和系统发育分析 被引量:26
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作者 陈义光 李文均 +4 位作者 崔晓龙 姜成林 徐丽华 张玉琴 文孟良 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期696-701,共6页
从青海盐碱土壤样品中分离到一株兼性嗜碱放线菌YIM 90022,该菌株的发酵产物具有很强的体外抗胃癌、肺癌、乳腺癌、皮肤癌、肾癌和子宫癌肿瘤细胞株活性。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,菌株YIM 90022属于拟诺卡氏属(Nocar... 从青海盐碱土壤样品中分离到一株兼性嗜碱放线菌YIM 90022,该菌株的发酵产物具有很强的体外抗胃癌、肺癌、乳腺癌、皮肤癌、肾癌和子宫癌肿瘤细胞株活性。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,菌株YIM 90022属于拟诺卡氏属(Nocardiopsis)的成员,与该属的4个有效发表种N.exhalans DSM 44407^T,N.prasina DSM 43845^T,N.metallicus DSM 44598^T和N.listeri DSM 40297^T系统发育关系最密切,与其分别以98.8%,98.5%,98.4%和97.8%的16S rRNA基因核苷酸序列相似性聚为一簇。但菌株YIM 90022不与这4个有效种中任何一个单独相聚,形成了一个独立亚分枝。结合形态特征、生理生化特性、细胞化学分类特征,以及rep-PCR基因指纹分析等方面的研究结果,菌株YIM 90022可能为拟诺卡氏菌属的一个潜在新种。菌株YIM 90022在大多数培养基上生长良好,气生菌丝和基内菌丝丰富,在酵母膏麦芽膏琼脂、燕麦片琼脂等培养基中产生可溶性色素。生长pH范围6.0.12.0,最适pH8.5;能在含0—15%NaCl(W/V)的培养基上生长。 展开更多
关键词 拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis) 抗肿瘤活性 16S rRNA基因 rep—PCR基因指纹分析 系统发育分析
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猪圆环病毒3型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:3
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作者 陈如敬 吴学敏 +4 位作者 陈秋勇 车勇良 王隆柏 严山 周伦江 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期739-745,共7页
【目的】建立检测猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV3)感染的TaqMan实时荧光定量PCR方法。【方法】通过分析明确PCV3复制相关蛋白Rep基因特征,设计针对Rep基因的特异性引物和探针,经条件优化后建立检测PCV3感染的TaqMan实时荧光定... 【目的】建立检测猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV3)感染的TaqMan实时荧光定量PCR方法。【方法】通过分析明确PCV3复制相关蛋白Rep基因特征,设计针对Rep基因的特异性引物和探针,经条件优化后建立检测PCV3感染的TaqMan实时荧光定量PCR方法。【结果】建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法敏感性好,最低检测限为42.2拷贝·μL-1;特异性强,对常见猪群传染病均无交叉反应;重复性好,组内变异系数和组间变异系数均在1.48%以内。对福建省2014年至2018年保存的193份组织样品进行检测发现,PCV3在福建省猪群中存在较高的阳性感染率(65.80%),且和PCV2混合感染率较高(52.85%)。【结论】本方法的建立为开展Rep基因在PCV3复制和感染过程中的作用机制提供检测方法。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 rep基因 TaqMan实时荧光定量PCR方法 检测
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25株耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌的耐药机制研究 被引量:6
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作者 孙立颖 严岩 +3 位作者 蒋洪 赵敏 夏铁安 徐国宾 《诊断学理论与实践》 2006年第2期134-138,共5页
目的:了解临床分离的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌的耐药谱特征、同源性及碳青霉烯酶的产生状况。方法:采用PHOENIX100自动化细菌鉴定药敏系统及纸片扩散法进行药敏试验;基因外重复回文序列PCR(REP-PCR)法分析其基因同源性;聚合酶链... 目的:了解临床分离的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌的耐药谱特征、同源性及碳青霉烯酶的产生状况。方法:采用PHOENIX100自动化细菌鉴定药敏系统及纸片扩散法进行药敏试验;基因外重复回文序列PCR(REP-PCR)法分析其基因同源性;聚合酶链反应(PCR)检测β内酰胺酶基因,并对扩增出的碳青霉烯酶基因进行序列分析;对整合子基因进行PCR检测。等电聚焦电泳测定β内酰胺酶的等电点。碱裂解法提取质粒。结果:2003年1月~2005年12月我院共分离到30株碳青霉烯类中介或耐药的鲍曼不动杆菌,其中儿科ICU病房9株,外科ICU病房12株。菌株表现为多重耐药,但儿科ICU与其他病房分离株的耐药谱有差异。对存活的非重复的25株菌进行检测,REP-PCR图谱分为A、B、C、D4个基因型,A型7株集中在儿科ICU,16株属于B型,C型和D型各1株。PCR检出10株菌携带OXA-23基因,其中包括7株儿科ICU的碳青霉烯类耐药菌,而外科ICU分离的耐药菌株不具有OXA-23基因。所有菌株均未能检出OXA-24、IMP及VIM基因。有20株携带PER-1型酶基因。22株细菌检测出Ⅰ型整合子基因结构(大小约180~3500bp)。结论:本院碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌流行主要为医院感染所致,儿科ICU分离的菌株对碳青霉烯类耐药的主要机制为产生OXA-23型酶,外科ICU分离的菌株对碳青霉烯类耐药的主要机制则可能为膜通透性降低的原因。 展开更多
关键词 基因外重复回文序列PCR 耐药基因型 碳青霉烯酶 整合子 鲍曼不动杆菌 抗生素
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志贺菌对氟喹诺酮的耐药机制及流行状况研究 被引量:3
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作者 游升荣 孙自镛 陈晶 《中国卫生检验杂志》 CAS 2006年第3期283-285,共3页
目的:研究志贺菌对氟喹诺酮的耐药机制及其流行状况。方法:对氟喹诺酮耐药志贺菌的gyrA基因和parC基因进行扩增、测序,查找突变点;用重复基因外回文序列-聚合酶链式反应(REP-PCR)对志贺菌进行基因分型。结果:两株耐氟喹诺酮的菌株都存在... 目的:研究志贺菌对氟喹诺酮的耐药机制及其流行状况。方法:对氟喹诺酮耐药志贺菌的gyrA基因和parC基因进行扩增、测序,查找突变点;用重复基因外回文序列-聚合酶链式反应(REP-PCR)对志贺菌进行基因分型。结果:两株耐氟喹诺酮的菌株都存在gyrA基因87位Asp(GAC)→Asn(AAC)和177位G ly(GGT)→Ser(AGT)的点突变,一株另有120位M et(ATG)→Leu(CTG)、203位Ile(ATC)→Leu(CTC)、204位Ser(AGC)→Thr(ACC)和205位Ile(ATT)→Leu(CTT)的点突变,另一株还有204位Ser(AGC)→Ile(AAC)的点突变。除87位点突变外,其余突变位点均未见报道。parC基因未发现点突变。REP-PCR基因分型结果提示16株宋内志贺菌有7种指纹图谱,12株福氏志贺菌有两种指纹图谱。结论:两株志贺菌对氟喹诺酮耐药是由gyrA基因点突变所致,耐药表型对突变的类型有一定的预见性,但耐药程度与突变频率的相关性不确定。2004年夏秋季武汉地区散发流行的志贺菌有相同或相似的克隆,血清型单一的宋内志贺菌存在基因多样性,福氏志贺菌中f2 a比f4 c的遗传多样性高。REP-PCR是一种快捷有效的基因分型法,可用于志贺菌同源性分析及暴发流行时的追根溯源。 展开更多
关键词 志贺菌 耐药 氟喹诺酮 GYRA基因 PARC基因 rep—PCR
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