目的·验证基于SMART(switching mechanism at 5'end of RNA template)技术自制的转录组测序文库构建试剂(DIY试剂)替代昂贵的商业化试剂TaKaRa SMART-Seq v4试剂盒(TaKaRa试剂)的可行性。方法·选取4只8周龄雌性C57BL/6小...目的·验证基于SMART(switching mechanism at 5'end of RNA template)技术自制的转录组测序文库构建试剂(DIY试剂)替代昂贵的商业化试剂TaKaRa SMART-Seq v4试剂盒(TaKaRa试剂)的可行性。方法·选取4只8周龄雌性C57BL/6小鼠,随机分为2组:一组作为对照组,不进行处理;另一组向小鼠腹腔内注射1 mL浓度为4%的巯基乙酸盐肉汤,诱导巨噬细胞。经过72 h后,分离腹腔巨噬细胞并提取RNA,用DIY试剂和TaKaRa试剂分别进行cDNA文库的构建。经二代测序后,利用生物信息学分析方法从数据质量、基因差异表达分析、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析3个方面探究不同建库试剂对转录组测序结果的影响。结果·DIY试剂和TaKaRa试剂处理的样品数据质量良好;2种试剂捕获转录本的能力相近;样品所测序列在基因上的覆盖度均匀且一致性较高;差异表达基因以及通路富集的分析结果基本一致。结论·DIY试剂可替代TaKaRa试剂进行少量细胞的转录组测序文库构建,并降低建库成本。展开更多
文摘目的·验证基于SMART(switching mechanism at 5'end of RNA template)技术自制的转录组测序文库构建试剂(DIY试剂)替代昂贵的商业化试剂TaKaRa SMART-Seq v4试剂盒(TaKaRa试剂)的可行性。方法·选取4只8周龄雌性C57BL/6小鼠,随机分为2组:一组作为对照组,不进行处理;另一组向小鼠腹腔内注射1 mL浓度为4%的巯基乙酸盐肉汤,诱导巨噬细胞。经过72 h后,分离腹腔巨噬细胞并提取RNA,用DIY试剂和TaKaRa试剂分别进行cDNA文库的构建。经二代测序后,利用生物信息学分析方法从数据质量、基因差异表达分析、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析3个方面探究不同建库试剂对转录组测序结果的影响。结果·DIY试剂和TaKaRa试剂处理的样品数据质量良好;2种试剂捕获转录本的能力相近;样品所测序列在基因上的覆盖度均匀且一致性较高;差异表达基因以及通路富集的分析结果基本一致。结论·DIY试剂可替代TaKaRa试剂进行少量细胞的转录组测序文库构建,并降低建库成本。
