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rbcL条形码在药材狗脊及其混伪品的序列分析
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作者 赵梓颐 武佳文 +3 位作者 胡琦敏 冯斌 胡仁传 黄云峰 《时珍国医国药》 北大核心 2025年第11期2099-2103,共5页
目的 狗脊是常用的中药,因其需求激增导致市场上混品和伪品层出不穷。而它的市售产品为晒干的根茎切片,传统方法难以准确鉴别。因此,急需建立简单快速的DNA条形码鉴别体系。方法 对正品狗脊药材基原金毛狗及其混伪品(楔叶铁线蕨、顶芽... 目的 狗脊是常用的中药,因其需求激增导致市场上混品和伪品层出不穷。而它的市售产品为晒干的根茎切片,传统方法难以准确鉴别。因此,急需建立简单快速的DNA条形码鉴别体系。方法 对正品狗脊药材基原金毛狗及其混伪品(楔叶铁线蕨、顶芽狗脊、蓝星水龙骨和西南凤尾蕨)的rbcL序列进行了扩增、测序、遗传分析和系统进化树构建。结果 基于K2P模型计算遗传距离,结果表明金毛狗种内遗传距离明显小于其与混伪品的遗传距离。系统进化树结果表明金毛狗rbcL单独聚为一支,说明物种之间存在明显的区别。结论 rbcL序列可作为成功鉴定狗脊药材的DNA条形码,可为狗脊药材质量保证提供理论和基础。 展开更多
关键词 狗脊 混伪品 rbcl条形码 分子鉴定
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濒危植物邢氏水蕨和海南岛水蕨叶绿体序列rbcL比较及隐种分析 被引量:2
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作者 董元火 蔡方陶 +4 位作者 白雪依 宋呈钰 宁婷婷 熊飞 曾长立 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期28-34,共7页
2021年,水蕨属(Ceratopteris)所有植物包括邢氏水蕨(C.shingii)、水蕨(C.thalictroides)和粗梗水蕨(C.pteridoides)被列为国家二级重点保护野生植物。水蕨属植物是研究植物性别决定、配子体形态建成以及遗传学、细胞生物学和生物化学等... 2021年,水蕨属(Ceratopteris)所有植物包括邢氏水蕨(C.shingii)、水蕨(C.thalictroides)和粗梗水蕨(C.pteridoides)被列为国家二级重点保护野生植物。水蕨属植物是研究植物性别决定、配子体形态建成以及遗传学、细胞生物学和生物化学等学科的模式植物之一,也是中国重要的野生水生植物种质资源。隐种(Cryptic species)问题已经成为系统分类研究、物种形成机制、生物进化和基于保护目的的种群遗传研究及保护计划共同关注的重要问题。基于叶绿体rbcL序列评价邢氏水蕨和海南岛陵水黎族自治县白水岭(BSL)、陵水黎族自治县木号镇(BJC)、海口城西镇(SPSK)等3个新发现的水蕨种群叶绿体序列rbcL的差异及系统发育关系,分析新发现尚未被评价的3个水蕨种群的隐种类型,为水蕨属不同物种和隐种的保护及利用提供科学依据。结果表明,邢氏水蕨和3个种群水蕨的rbcL序列长度为1227 bp,邢氏水蕨有2个变异位点,分别在783 bp处和1164 bp处。采用邻近法(NJ)构建了水蕨属叶绿体rbcL系统发育树。系统发育树显示BSL、BJC、SPSK等3个种群的水蕨与南方型水蕨隐种聚为同一支,表明这3个地方的水蕨隐种为南方型;而邢氏水蕨单独成一支。遗传距离分析显示BSL、BJC、SPSK种间遗传距离为0,与南方型水蕨之间遗传距离也为0;邢氏水蕨与BSL、BJC、SPSK遗传距离为0.002。结果进一步表明,海南岛的BSL、BJC、SPSK等3个种群水蕨为南方型水蕨,同时为邢氏水蕨的分类提供了佐证。不同的水蕨及隐种应该采取不同的保护策略,且邢氏水蕨应得到优先保护。保护邢氏水蕨和3个南方型水蕨种群的原生境是最有效的保护策略。 展开更多
关键词 水蕨 邢氏水蕨 隐种 rbcl 海南岛 保护策略
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远志HPLC指纹图谱及rbcL序列分子鉴定研究 被引量:7
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作者 郑玉霄 杨晨 +4 位作者 张彬 李鹏辉 龚年春 李超 李跃辉 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期588-595,共8页
目的建立14批不同产地远志药材HPLC指纹图谱并利用化学计量学方法对其进行质量评价。采用DNA分子鉴定技术对远志药材进行物种鉴定,为远志药材质量控制提供依据。方法选用Agilent ZORBAX SB-C18色谱柱(250 mm×4.6 mm,0.5μm),流动... 目的建立14批不同产地远志药材HPLC指纹图谱并利用化学计量学方法对其进行质量评价。采用DNA分子鉴定技术对远志药材进行物种鉴定,为远志药材质量控制提供依据。方法选用Agilent ZORBAX SB-C18色谱柱(250 mm×4.6 mm,0.5μm),流动相为乙腈-0.05%磷酸溶液,梯度洗脱,体积流量1.0 mL/min,柱温30℃,检测波长316 nm,进样量10μL,运用软件“中药色谱指纹图谱相似度评价系统”(2012版)对14批远志药材进行相似度评价,确认共有峰,对测定结果进行聚类分析和主成分分析,并结合正交偏最小二乘-判别分析对样品进行模式识别。提取14批远志以及白薇、瓜子金样品的DNA进行序列分析和物种鉴定,并从NCBI数据库下载混淆品的序列,借助MEGA-X计算遗传距离并构建系统发育树。结果建立了14批远志药材的HPLC指纹图谱,标定了20个共有峰,相似度均大于0.918,化学计量学分析将14批远志药材分为3类。经DNA分子鉴定,14批远志药材均为远志科植物远志Polygala tenuifolia,遗传距离和NJ树分析可将远志与混淆品区分开。结论所建立的HPLC指纹图谱稳定可靠,可为远志的质量评价提供参考。rbcL序列能区分远志及其混淆品,可用于远志药材的鉴定。 展开更多
关键词 远志 HPLC指纹图谱 DNA分子鉴定 rbcl序列 西伯利亚远志糖A5 远志(口山)酮Ⅲ 3 6′-二芥子酰基蔗糖
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基于叶绿体基因rbcL和trnL-F序列的河北省野生苔草属亲缘关系分析 被引量:2
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作者 周欣莹 董彦娜 +4 位作者 邱玉鹏 孙浩男 刘亚伟 李艳 刘冬云 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期2728-2736,共9页
为研究河北省野生苔草属(Carex)植物的亲缘关系,本研究以43种河北省野生苔草及国外引种的27份苔草种质为试验材料,克隆了叶绿体基因rbcL和trnL-F序列,进行遗传多样性及亲缘关系分析,并构建了系统发育树。结果表明,从70份苔草属植物中成... 为研究河北省野生苔草属(Carex)植物的亲缘关系,本研究以43种河北省野生苔草及国外引种的27份苔草种质为试验材料,克隆了叶绿体基因rbcL和trnL-F序列,进行遗传多样性及亲缘关系分析,并构建了系统发育树。结果表明,从70份苔草属植物中成功克隆到的rbcL和trnL-F序列数量分别为67条、60条,测序成功率分别为95.7%、85.7%,经正反序列拼接对齐获得序列长度分别为716 bp、976 bp,并上传至NCBI获得登录号。二者合并得到59条序列,长度为1692 bp。rbcL,trnL-F以及合并序列分别定义了43,56,58个单倍型。基于合并序列的59份种质间遗传距离为0~0.0421,平均遗传距离为0.0142,整体划分为3大类,与形态学分类基本相符。trnL-F序列有望开发为DNA条形码,以期为苔草属的分类鉴定、系统发育等研究提供依据。 展开更多
关键词 苔草属 rbcl TRNL-F 亲缘关系 遗传多样性
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基于rbcL叶绿体序列解析金线兰及其近缘种亲缘关系 被引量:2
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作者 叶炜 颜沛沛 +5 位作者 王培育 李尊文 吴铭俊 李汉生 林敏水 江金兰 《东南园艺》 2024年第5期341-349,共9页
【目的】应用rbcL叶绿体序列解析金线兰及其近缘种亲缘关系。【方法】以血叶兰属及开唇兰属rbcL叶绿体序列设计引物,扩增福建主栽金线兰及其近缘种的DNA序列,并进行系统进化树及序列分析。【结果】从7种金线兰及其近缘种中获得1221 bp r... 【目的】应用rbcL叶绿体序列解析金线兰及其近缘种亲缘关系。【方法】以血叶兰属及开唇兰属rbcL叶绿体序列设计引物,扩增福建主栽金线兰及其近缘种的DNA序列,并进行系统进化树及序列分析。【结果】从7种金线兰及其近缘种中获得1221 bp rbcL序列,编码406个氨基酸。对来自19种23条金线兰及近缘种rbcL序列的进化树及序列分析结果表明,金线兰与峨眉金线兰、长裂片金线兰及浙江开唇兰有较近的遗传距离,其次为台湾银线兰,血叶兰与开唇兰属存在较大的遗传距离。23条序列共存在24个多态性位点,及109个变异位点,定义14个单倍型;其中,金线兰与峨眉金线兰、长裂片金线兰及浙江开唇兰共享单倍型,而丽蕾金线兰、滇南开唇兰、滇越金线兰、白线金线兰、钟山金线兰共享单倍型。【结论】rbcL序列可用于金线兰与近缘种的鉴别。 展开更多
关键词 开唇兰属 金线兰 rbcl序列 叶绿体
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RbCl-H2O二元系和RbCl-RbNO3-H2O三元系作用浓度计算模型
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作者 郭汉杰 杨学民 +1 位作者 赵伟洁 焦晋沙 《中国有色金属学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第E01期199-206,共8页
利用离子-分子共存理论建立温度为298.15K时强电解质水溶液二元系RbCl-H2O和三元系RbCl-RbNO3-H2O作用浓度计算热力学模型。热力学模型计算的以纯物质为标准态、以摩尔分数为浓度单位的RbCl-H2O二元系各组元作用浓度经过转换系数转换... 利用离子-分子共存理论建立温度为298.15K时强电解质水溶液二元系RbCl-H2O和三元系RbCl-RbNO3-H2O作用浓度计算热力学模型。热力学模型计算的以纯物质为标准态、以摩尔分数为浓度单位的RbCl-H2O二元系各组元作用浓度经过转换系数转换后,与文献报道的以无限稀为标准态、以质量摩尔浓度为浓度单位的组元活度吻合良好。RbCl-RbNO3-H2O三元系的RbCl和RbNO3转换后的作用浓度与文献报道的活度在总离子强度为0.01、0.05、0.1、0.5、1.0、1.5、2.0、3.0和3.5mol/kg时均良好吻合。这说明基于离子-分子共存理论建立的作用浓度计算热力学模型能反映强电解质水溶液RbCl-H2O和RbCl-RbNO3-H2O的结构特性;且组元的作用浓度在计算的浓度单位内严格遵守质量作用定律。 展开更多
关键词 rbcl-H2O rbcl-RbNO3-H2O 作用浓度 活度 离子-分子共存理论 转换系数
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RbCl+CsCl+PEG1000+H_(2)O混合溶剂体系288.2 K相图及应用
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作者 王林 朱盈喜 于旭东 《盐湖研究》 CAS CSCD 2024年第5期29-34,共6页
铷铯化合物盐性质相近、结构相似,在氯化物溶液中极易形成混晶,通过在水中引入聚乙二醇(PEG),形成聚乙二醇+水混合溶剂,有望影响铷铯混盐结晶析盐规律。论文采用等温溶解平衡法开展了288.2 K下混合溶剂体系RbCl+CsCl+PEG1000+H_(2)O〔... 铷铯化合物盐性质相近、结构相似,在氯化物溶液中极易形成混晶,通过在水中引入聚乙二醇(PEG),形成聚乙二醇+水混合溶剂,有望影响铷铯混盐结晶析盐规律。论文采用等温溶解平衡法开展了288.2 K下混合溶剂体系RbCl+CsCl+PEG1000+H_(2)O〔溶剂中PEG1000的质量分数(w%)分别为20%、40%〕相平衡实验研究,提出了基于混合溶剂体系相图的铷、铯分离纯化工艺概念流程。研究结果表明,288.2 K下混合溶剂体系RbCl+CsCl+PEG1000+H_(2)O仅存在固-液相平衡关系,固液平衡相图包含3个结晶相区,分别对应RbCl、CsCl和固溶体[Cs_(x),Rb_(1-x)]Cl结晶区。随着混合溶剂中PEG1000质量分数R的增加,CsCl和RbCl在混合溶剂中的溶解度逐渐降低。比较而言,当w%=20%时,体系中的RbCl和CsCl单盐结晶相区面积更大。根据铷、铯分离纯化工艺概念流程,计算了初始组成为w_(CsCl)=0.4000,w_(RbCl)=0.6000时,添加两种不同混合溶剂时RbCl的产品收率,结果表明,w%=40%的混合溶剂(PEG1000+H_(2)O)获得的收率更高。 展开更多
关键词 氯化铷 氯化铯 混合溶剂 相图
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射干及类似药用植物叶绿体rbcL基因序列分析 被引量:22
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作者 秦民坚 黄芸 +2 位作者 杨光 徐珞珊 周开亚 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期147-152,共6页
目的 对射干Belamcandachinensis(L .)DC .,鸢尾IristectorumMaxim .,野鸢尾I .dichotomaPall.,蝴蝶花I.japonicaThunb .和德国鸢尾I.germaicaL .等 5种药用植物进行叶绿体rbcL基因序列分析 ,并对其亲缘关系进行探讨。方法 CTAB(Cetyl... 目的 对射干Belamcandachinensis(L .)DC .,鸢尾IristectorumMaxim .,野鸢尾I .dichotomaPall.,蝴蝶花I.japonicaThunb .和德国鸢尾I.germaicaL .等 5种药用植物进行叶绿体rbcL基因序列分析 ,并对其亲缘关系进行探讨。方法 CTAB(Cetyltrimelhylammoniumbromide,CTAB)法提取总DNA ,用作者设计的引物对鸢尾科 5种药用植物的叶绿体rbcL(ribulose 1,5 bisphosphatecarboxyloseLargeGene ,rbcL)基因进行扩增 ,PCR扩增产物纯化后 ,用ABI3 10DNA自动测序仪测序。结果 获得射干和 4种鸢尾属药用植物叶绿体rbcL基因部分序列 (约 75 0bp) ,除德国鸢尾外 ,其余 4种药用植物的rbcL基因序列为首次获得 ;用clustal 8 0 ,MEGA 2 0等软件分析统计获得的目的基因片段 ,得到碱基突变点 ,遗传距离 [碱基差异数 ( 1 0 0 0~ 2 0 0 0 0 )、颠换数为 ( 0 0 0 0~ 9 0 0 0 )、转换数为 ( 0 0 0 0~ 14 0 0 0 ) ],根据rbcL基因部分序列数据建立分子系统树。结论 根据叶绿体rbcL基因序列数据可以很好的鉴别 展开更多
关键词 射干 药用植物 叶绿体 rbcl基因 序列分析
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甘蔗属及其近缘属种的rbcL基因序列变异和系统发育初步研究(英文) 被引量:22
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作者 张云武 龙火生 +3 位作者 范源洪 姚永刚 蔡青 张亚平 《云南植物研究》 CSCD 北大核心 2002年第1期29-36,共8页
甘蔗属及其近缘属种在分类关系上非常复杂 ,存在不少混乱。目前关于它们的分类学研究主要是基于形态学和同工酶水平 ,而基因水平上的报道很少。我们对甘蔗属及其近缘属种的部分rbcL基因片段 (1137bp)进行了测序比较 ,以期探讨rbcL基因... 甘蔗属及其近缘属种在分类关系上非常复杂 ,存在不少混乱。目前关于它们的分类学研究主要是基于形态学和同工酶水平 ,而基因水平上的报道很少。我们对甘蔗属及其近缘属种的部分rbcL基因片段 (1137bp)进行了测序比较 ,以期探讨rbcL基因能否用于研究甘蔗属及其近缘种之间的亲缘关系。序列比较显示rbcL基因在甘蔗属和近缘属种间的变异极低 ,一些来自不同属的个体序列完全一致 ,而某些同属内不同种个体却略有差异。这些结果表明rbcL基因在甘蔗属及其近缘属种之间的进化速率缓慢而不稳定 ,难以用于系统发育研究。不过 ,不同聚类方法都将斑茅与其它属种分开 ,放在玉米与甘蔗属和其它近缘属种分枝的外部 ,提示斑茅不应列入甘蔗属或蔗茅属 ,而应独立为一属。 展开更多
关键词 rbcl 进化 甘蔗属 蔗茅属 斑茅 近缘属种 基因序列变异 系统发育
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基于matK和rbcLDNA序列条形码鉴定柑橘及其近缘属植物 被引量:17
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作者 于杰 闫化学 +1 位作者 鲁振华 周志钦 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1733-1740,共8页
对柑橘及其近缘属植物59份样品进行叶绿体matK和rbcL的序列测定,序列比对与人工校正,计算属间、种间以及种内的遗传距离,比较序列间的差异,构建系统发育树。结果表明,matK、rbcL及其组合(matK+rbcL)可以对柑橘及其近缘属属间进行鉴定,... 对柑橘及其近缘属植物59份样品进行叶绿体matK和rbcL的序列测定,序列比对与人工校正,计算属间、种间以及种内的遗传距离,比较序列间的差异,构建系统发育树。结果表明,matK、rbcL及其组合(matK+rbcL)可以对柑橘及其近缘属属间进行鉴定,在种间水平上三者的鉴定率分别为55.9%、37.3%和83.0%。由此可见,与单一片段相比,matK+rbcL序列组合鉴定率更高,可用于对柑橘及其近缘属植物进行物种鉴定。 展开更多
关键词 柑橘属 近缘属 MATK rbcl DNA条形码
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中国角叉菜属(Chondrus)的分类研究:形态观察和rbcL序列分析 被引量:9
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作者 苏乔 栾日孝 +1 位作者 安利佳 祖元刚 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期10-18,共9页
采用rbcL序列分析结合传统形态观察的方法 ,对我国福建省平潭县和漳浦县、山东省青岛市及辽宁省大连市采集的角叉菜属样品进行了研究。新鲜或硅胶干燥样品被用于总DNA提取并用于PCR反应 ,PCR扩增产物回收后直接用于测序反应 ,序列数据经... 采用rbcL序列分析结合传统形态观察的方法 ,对我国福建省平潭县和漳浦县、山东省青岛市及辽宁省大连市采集的角叉菜属样品进行了研究。新鲜或硅胶干燥样品被用于总DNA提取并用于PCR反应 ,PCR扩增产物回收后直接用于测序反应 ,序列数据经ClustalX1 .8软件排序后 ,采用MEGA2 .1软件根据Kimura’s双因子法计算遗传距离 ,并应用邻接法 (neighbor - joint ing)和最大简约法 (MaximumParsimony)构建系统树 ,Bootstrap法 (5 0 0次重复 )评估分支可信度。研究表明 :确认中国存在Chondrusocellatus、Chondrusnipponicus和Chondrusarmatus三种角叉菜 ;原报道产于我国东南沿海的角叉菜Chondrusocellatus应为Grateloupiaimbricata ;原报道产于大连小平岛的角叉菜Chondrusyendoi应为Mazzaellajaponica。 展开更多
关键词 角叉菜属 分类 rbcl 序列分析 中国 形态
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蒙药蜀葵花HPLC指纹图谱及rbcL序列分子鉴定研究 被引量:9
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作者 陈玉花 撒切尔 +3 位作者 肖田梅 白梅荣 白迎春 包桂花 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第21期5607-5612,共6页
目的建立蜀葵花HPLC指纹图谱及rbcL序列DNA条形码(barcoding)分子鉴定方法。方法色谱柱为Welchrom Column C18(300 mm×4.6 mm,5μm),以乙腈-0.1%甲酸溶液为流动相、梯度洗脱,体积流量1.0 mL/min,柱温35℃,检测波长365 nm,进样量10... 目的建立蜀葵花HPLC指纹图谱及rbcL序列DNA条形码(barcoding)分子鉴定方法。方法色谱柱为Welchrom Column C18(300 mm×4.6 mm,5μm),以乙腈-0.1%甲酸溶液为流动相、梯度洗脱,体积流量1.0 mL/min,柱温35℃,检测波长365 nm,进样量10μL;采用“中药色谱指纹图谱相似度评价软件(2012版A版)”进行相似度评价;同时以rbcL为引物,对11份蜀葵花进行PCR扩增并测定序列,运用DNDMAN和MEGA7.0及CodonCode Aligner17.0软件进行分析。结果建立了11份蜀葵花的HPLC指纹图谱,得到21个共有峰,相似度均大于0.88,并标定了金丝桃苷(7号峰)、槲皮素(15号峰)、芹菜素(19号峰)、山柰素(20号峰)4个成分;rbcL序列扩增和测序成功率100%,测序到的长度500 bp,GC含量为44.10%~44.40%,种内遗传距离0~0.0040,平均遗传距离0.0014,变异位点数10个,相似度为99.00%。结论建立的HPLC指纹图谱方法稳定可靠、rbcL序列DNA barcoding分子鉴定方法重复性好,可用于蜀葵花的质量控制。 展开更多
关键词 蒙药 蜀葵花 rbcl序列 HPLC法 指纹图谱 金丝桃苷 槲皮素 芹菜素 山柰素
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基于matK、rbcL和ITS序列的5种大叶藻系统发育研究 被引量:8
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作者 李渊 孙典荣 +4 位作者 李文涛 张沛东 江鑫 郭栋 高天翔 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期183-191,共9页
运用PCR直接测序法,对采自爱尔兰、日本、韩国和中国的大叶藻、矮大叶藻、丛生大叶藻和红须根虾形藻及GenBank中的宽叶大叶藻5种大叶藻叶绿体的matK、rbcL和核糖体ITS的部分序列进行测定,并比较分析了5种大叶藻3个目的片段的核苷酸序列... 运用PCR直接测序法,对采自爱尔兰、日本、韩国和中国的大叶藻、矮大叶藻、丛生大叶藻和红须根虾形藻及GenBank中的宽叶大叶藻5种大叶藻叶绿体的matK、rbcL和核糖体ITS的部分序列进行测定,并比较分析了5种大叶藻3个目的片段的核苷酸序列,结果发现胞嘧啶(C)在3个目的片段上的含量均较低。ITS片段检测到172处核苷酸替换,表现出丰富的遗传多态性。matK基因片段上有52处核苷酸替换,rbcL基因片段上有20处核苷酸替换,且大部分替换来自于第三密码子的同义替换,种间在氨基酸水平上产生了一定的分化。基于ITS、matK和rbcL 3个目的片段,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树结果基本一致,明显分为3大支。矮大叶藻与大叶藻属间3种大叶藻的核苷酸最小差异值为19.33%,在分子数据上达到了属的水平。基于matK和rbcL基因片段拼接序列的分析结果表明:大叶藻与丛生大叶藻的分化时间在上新世(2~2.7百万年前),与宽叶大叶藻的分化时间在上新世(4~5.3百万年),与矮大叶藻的分化时间在渐新世(27~36百万年前),与红须根虾形藻的分化时间在始新世(33~44百万年前)。4个地区大叶藻的ITS片段序列完全相同,结果表明大叶藻ITS区的变异程度与地理距离不相关,其不适用于大叶藻不同地理株间的分子系统演化。该研究进一步阐述了5种大叶藻的系统发育关系,同时也为国内海草的分子系统发育研究提供重要参考。 展开更多
关键词 大叶藻属 虾形藻属 MATK rbcl ITS 系统发育关系
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黄角苔叶绿体rbcL基因编码区的序列分析 被引量:11
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作者 王艇 苏应娟 +1 位作者 朱建明 周勤 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期70-73,共4页
测定了黄角苔(Phaeoceroslaevis(L.)Prosk)叶绿体rbcL基因编码区的1398个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列.此基因中密码子的第2和第3位上A/T所占的比例较高,分别为536%和... 测定了黄角苔(Phaeoceroslaevis(L.)Prosk)叶绿体rbcL基因编码区的1398个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列.此基因中密码子的第2和第3位上A/T所占的比例较高,分别为536%和775%.黄角苔rbcL基因的编码区与花旗松、菠菜、玉米和雷氏衣藻间在核苷酸序列上的同源性分别为840%,815%,793%和763%;在氨基酸序列上的同源性分别为91.0%,89.9%,88.5%和89.3%.为研究角苔植物的系统发育提供了核苷酸序列方面的资料. 展开更多
关键词 黄角苔 rbcl基因 编码区 序列分析 角苔
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基于叶绿体基因rbcL和psbA-trnH间区探讨石杉科植物系统关系(英文) 被引量:12
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作者 姬生国 霍克克 +1 位作者 王峻 潘胜利 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2008年第2期213-219,共7页
关于石杉科Huperziaceae植物的分类,一直存在一些争议。在旧的分类体系中石杉科植物被包含在一个混合的石松科Lycopodiaceae和多谱系的石松属Lycopodium中。本文利用叶绿体rbcL基因和psbA-trnH基因间区序列探讨石杉科植物的系统位置及... 关于石杉科Huperziaceae植物的分类,一直存在一些争议。在旧的分类体系中石杉科植物被包含在一个混合的石松科Lycopodiaceae和多谱系的石松属Lycopodium中。本文利用叶绿体rbcL基因和psbA-trnH基因间区序列探讨石杉科植物的系统位置及石杉科内部的分类关系,用最大简约法和邻接法对自测序列结合由GenBank下载的rbcL及psbA-trnH基因间区序列进行系统发育分析。结果显示,石杉科与Phylloglossum属关系较近,与石松科关系较疏远。在石杉科中热带石杉属Huperzia植物和马尾杉属Phlegmariurus植物的关系要比它们与其他石杉属植物更近。所以,我们的rbcL基因数据不支持秦仁昌关于石杉科分为石杉属和马尾杉属的分类处理。但是,因为我们的psbA-trnH序列没有包括热带种类,对石杉属植物和马尾杉属植物的关系无验证。因此需要更多的样品和序列数据进一步探讨石杉科的演化关系。 展开更多
关键词 石杉科 系统发育 PSBA-TRNH rbcl基因
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凤尾蕨科旱生蕨类rbcL基因的适应性进化和共进化分析 被引量:9
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作者 周媛 王博 +1 位作者 高磊 王艇 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期409-416,共8页
核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(Rubisco,EC 4.1.1.39)是植物参与光合作用的关键酶,其大亚基由叶绿体rbcL基因编码。为深入理解凤尾蕨科植物对干旱生境的分子适应机制,本研究以53种凤尾蕨科旱生植物的rbcL基因为对象,展开适应性进化和... 核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(Rubisco,EC 4.1.1.39)是植物参与光合作用的关键酶,其大亚基由叶绿体rbcL基因编码。为深入理解凤尾蕨科植物对干旱生境的分子适应机制,本研究以53种凤尾蕨科旱生植物的rbcL基因为对象,展开适应性进化和共进化研究。采用位点间可变ω比值模型以及SLAC、REL和FEL等方法进行的适应性进化分析显示:在氨基酸水平上共有15个正选择位点(66S、84E、139L、235G、245I、252A、273Y、295K、296N、299M、307G、330E、349S、365F、404A),其中位点245I、252A和273Y对维持Rubisco功能起重要作用。共进化分析共鉴定出2组共进化位点,分别由139L、273Y、295K和273Y、295K、349S组成,这些氨基酸位点间的共进化方式与蛋白质的疏水性和分子量都显著相关。以上结果一方面支持基于ω比值检验DNA编码序列发生适应性进化的有效性,另一方面也提示凤尾蕨科植物对干旱生境的适应可能与rbcL基因的适应性进化有关。 展开更多
关键词 凤尾蕨科 rbcl基因 适应性进化 共进化
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串珠藻目植物的系统发育-基于rbcL序列的证据 被引量:22
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作者 李强 吉莉 谢树莲 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期20-28,共9页
世界范围内报道的全部串珠藻目种类均生活于淡水中,而在淡水红藻中,70%约有130种属于串珠藻目。研究以目前获取的来自世界各大洲串珠藻目植物43种的rbcL基因序列,结合其形态和生物地理特征,构建了该目的系统发育关系,以期探讨整个串珠... 世界范围内报道的全部串珠藻目种类均生活于淡水中,而在淡水红藻中,70%约有130种属于串珠藻目。研究以目前获取的来自世界各大洲串珠藻目植物43种的rbcL基因序列,结合其形态和生物地理特征,构建了该目的系统发育关系,以期探讨整个串珠藻目植物的系统发育关系及发生途径,进而为研究该目以至淡水红藻的起源提供基本资料。运用PAUP*4.0b10和MrBayes 3.0b4等软件对43种串珠藻目植物的叶绿体DNA rbcL基因序列进行系统发育分析,探讨了其主要分类群的系统演化关系。用最大简约法、邻接法和贝叶斯分析方法构建的系统树基本一致,结果显示:(1)基于分子数据分析结果显示,红索藻目植物均独立于串珠藻目植物,构成一个单独的分支,支持红索藻目的建立。(2)鱼子菜科属于串珠藻目植物中较为进化的类群。(3)串珠藻属扭曲组与杂生组的差异度较小,结合其形态特点,倾向于将杂生组并入扭曲组。(4)串珠藻科属于串珠藻目中最大的科,包括较多的种类,其系统关系也较为复杂。因此,串珠藻科系统发育关系的明确有待于进一步结合更多的分子数据和形态学特征加以分析研究。 展开更多
关键词 串珠藻目 系统发育 rbcl
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部分苔藓植物rbcL基因PCR-RFLP分析 被引量:21
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作者 王艇 朱建明 +2 位作者 苏应娟 范国宽 李雪雁 《西北植物学报》 CAS CSCD 2000年第6期968-973,共6页
运用 RFL P方法对苔藓类 6个科 9种植物叶绿体 rbc L基因的 PCR产物进行酶切分析 ,根据样本之间多态性片段 ,采用单联法对它们的遗传距离进行聚类分析 ,构建树状分支图 ,以此对苔藓植物的系统发育及其系统位置进行了初步探讨。
关键词 苔藓植物 rbcl基因 系统学
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大豆rbcL基因克隆、序列分析及原核表达 被引量:10
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作者 刘晓庆 崔喜艳 +1 位作者 丁志鑫 李海燕 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期226-230,共5页
利用叶绿体基因组保守性的特征,根据菜豆、豌豆、烟草的rbcL基因序列设计引物,从大豆叶绿体DNA中克隆rbcL基因,全长序列为1 488bp,包括1 449bp的开放阅读框,编码482个氨基酸。相似性比较显示,此序列与其它10个物种rbcL基因核苷酸的同源... 利用叶绿体基因组保守性的特征,根据菜豆、豌豆、烟草的rbcL基因序列设计引物,从大豆叶绿体DNA中克隆rbcL基因,全长序列为1 488bp,包括1 449bp的开放阅读框,编码482个氨基酸。相似性比较显示,此序列与其它10个物种rbcL基因核苷酸的同源性为85.37%~95.31%,氨基酸的同源性为90.87%~96.47%。将该基因与表达载体pET-30a(+)连接,转化大肠杆菌Rosseta感受态细胞,PCR和酶切鉴定筛选阳性克隆,阳性菌液IPTG诱导后经10%SDS-PAGE分析,结果显示,诱导表达出分子量约为60kD的特异融合蛋白。 展开更多
关键词 大豆 rbcl基因 基因克隆 原核表达
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红豆杉科及相关类群rbcL基因PCR-RFLP分析 被引量:10
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作者 王艇 苏应娟 +2 位作者 朱建明 黄超 李雪雁 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2001年第6期714-721,共8页
运用RFLP方法对红豆杉科及相关类群 1 4种植物叶绿体rbcL基因PCR产物进行限制酶酶切分析 ,共获 2 9个酶切变异位点。采用PHYLIP软件包对限制位点变异数据进行极大简约法分析得到 1 8个步长为 6的最简约树并求得一致树 ,结果显示 :(1 )... 运用RFLP方法对红豆杉科及相关类群 1 4种植物叶绿体rbcL基因PCR产物进行限制酶酶切分析 ,共获 2 9个酶切变异位点。采用PHYLIP软件包对限制位点变异数据进行极大简约法分析得到 1 8个步长为 6的最简约树并求得一致树 ,结果显示 :(1 )红豆杉科和三尖杉科属单系群 ;(2 )穗花杉属Amento taxus以置于红豆杉科内为宜 ,不支持将穗花杉属独立成科的处理方式 ;(3 )白豆杉应为红豆杉科内一个属Pseudotaxus;(4)三尖杉属内篦子三尖杉地位特殊 ,可设篦子三尖杉组 ;(5 )不赞同将竹柏类从罗汉松属中分离出去成立新科 ;(6 )红豆杉科、三尖杉科和罗汉松科三者间 ,前两者的关系更为接近。 展开更多
关键词 红豆杉科 rbcl基因 PCR-RFLP 相关类群
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