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菜豆RWP-RK家族的鉴定及对不同硝态氮浓度的响应 被引量:2
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作者 安灿 李秀芳 +4 位作者 甘玉卿 王鑫蓉 吴智华 覃瑞 刘虹 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第23期7688-7696,共9页
RWP-RK是一类具高度保守RWP-RK结构域的植物特异性的转录因子,以多基因家族的形式在植物中广泛分布,包括两个亚家族成员RKDs(RWP-RK domain proteins)和NLPs(RWP-RK-like proteins,包括RWP-RK),在硝酸盐应答和根瘤发育中发挥重要作用。... RWP-RK是一类具高度保守RWP-RK结构域的植物特异性的转录因子,以多基因家族的形式在植物中广泛分布,包括两个亚家族成员RKDs(RWP-RK domain proteins)和NLPs(RWP-RK-like proteins,包括RWP-RK),在硝酸盐应答和根瘤发育中发挥重要作用。本研究利用生物信息学的手段在菜豆(Phaseolus vulgaris)中鉴定了12个RWP-RK家族成员,并进行了系统进化、内含子和外显子、基因结构和保守结构域及表达谱的分析;研究了在不同浓度氮供应条件下,对根瘤生长发育的调节作用,利用Quantitative Real-time PCR手段分析了表达丰度。表型结果表明相较于无氮(0 mmol/L)和高氮(10 mmol/L)的条件,低氮(5 mmol/L)对根瘤的发生有促进作用。分子证据表明,大部分NLPs亚家族成员受氮浓度调控的影响,其中Phvul.007G-071900基因在低氮中表达极显著,进一步说明低氮可能通过NLPs成员的调控来促进根瘤的发生。本研究通过对菜豆RWP-RK家族系统地分析为进一步研究RWP-RK基因的功能机制提供科学依据。 展开更多
关键词 rwp-rk 根瘤发育 结瘤固氮 基因表达
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辣椒RWP-RK转录因子分析 被引量:4
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作者 李菲 龚记熠 +2 位作者 何小红 张习敏 乙引 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2018年第1期187-194,共8页
RWP-RK基因家族是植物特有的转录因子家族。该家族在植物氮元素信号传导和配子体发育过程中起核心的调控作用。使用公开的中国重要栽培品种遵辣1号及其野生亲本墨西哥辣椒种"Chiltepin"的基因组序列,鉴定出辣椒基因组中含有RW... RWP-RK基因家族是植物特有的转录因子家族。该家族在植物氮元素信号传导和配子体发育过程中起核心的调控作用。使用公开的中国重要栽培品种遵辣1号及其野生亲本墨西哥辣椒种"Chiltepin"的基因组序列,鉴定出辣椒基因组中含有RWP-RK结构域的基因,并进行系统进化、染色体定位、保守序列和可能功能等分析。遵辣一号基因组中与拟南芥氮代谢重要调控因子AtNLP7同源的是CaZunla01g000097、CaZunla01g004485和CaZunla00g000405。遵辣1号的2个基因Capana03g001990和Capana03g000787与拟南芥卵细胞形成相关转录因子AtRKD1、AtRKD2和AtRKD4同源。这些基因在栽培品种遵辣1号和其野生祖先品种基因组中保持了高度的保守性。此外,辣椒基因组中存在特有的RWP-RK转录因子亚家族。这一亚家族的蛋白质氨基酸序列中含有独特的保守序列。这些序列在拟南芥RWP-RK转录因子中并不存在。辣椒栽培品种遵辣1号中有在其野生祖先"Chiltepin"中不存在的RWP-RK转录因子基因。鉴定出了分别与拟南芥RWP-RK转录因子高度相似、存在重大差异以及辣椒野生种和栽培种之间存在差异的RWP-RK转录因子成员,为后期辣椒RWP-RK转录因子家族的克隆和功能研究提供了重要的信息。对这些基因进行功能研究,会极大的促进辣椒对氮元素匮乏环境响应以及辣椒配子体发育的分子机制研究。 展开更多
关键词 辣椒 rwp-rk转录因子 结构域 亚家族 氮元素
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Novel discovery in roles of structural variations and RWP-RK transcription factors in heat tolerance for pearl millet
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作者 Bingru Huang Haidong Yan +1 位作者 Min Sun Yarong Jin 《Stress Biology》 2023年第1期145-149,共5页
Global warming adversely affects crop production worldwide.Massive efforts have been undertaken to study mechanisms regulating heat tolerance in plants.However,the roles of structural variations(SVs)in heat stress tol... Global warming adversely affects crop production worldwide.Massive efforts have been undertaken to study mechanisms regulating heat tolerance in plants.However,the roles of structural variations(SVs)in heat stress tolerance remain unclear.In a recent article,Yan et al.(Nat Genet 1-12,2023)constructed the first pan-genome of pearl millet(Pennisetum glaucum)and identified key SVs linked to genes involved in regulating plant tolerance to heat stress for an important crop with a superior ability to thrive in extremely hot and arid climates.Through multi-omics analyses integrating by pan-genomics,comparative genomics,transcriptomics,population genetics and and molecular biological technologies,they found RWP-RK transcription factors cooperating with endoplasmic reticulum-related genes play key roles in heat tolerance in pearl millet.The results in this paper provided novel insights to advance the understanding of the genetic and genomic basis of heat tolerance and an exceptional resource for molecular breeding to improve heat tolerance in pearl millet and other crops. 展开更多
关键词 Heat stress Pearl millet Structural variations rwp-rk
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