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杜仲查尔酮异构酶基因家族全基因组鉴定及其表达模式分析
1
作者 程婷婷 刘俊 +7 位作者 王利丽 练从龙 魏文君 郭辉 吴尧琳 杨晶凡 兰金旭 陈随清 《生物技术通报》 北大核心 2025年第9期242-255,共14页
【目的】查尔酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成途径中的关键限速酶。对杜仲CHI基因家族成员进行全基因组鉴定,系统分析其表达特征,以探究其在杜仲生长发育及逆境响应中的生物学功能。【方法】基于杜仲基因组数据,采用生物信息学方法系统鉴... 【目的】查尔酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成途径中的关键限速酶。对杜仲CHI基因家族成员进行全基因组鉴定,系统分析其表达特征,以探究其在杜仲生长发育及逆境响应中的生物学功能。【方法】基于杜仲基因组数据,采用生物信息学方法系统鉴定CHI基因家族成员,并全面分析其理化性质、染色体定位、启动子顺式作用元件、进化关系、保守基序和基因结构等特征。同时,结合转录组数据和RT-qPCR技术,探究EuCHIs在不同组织及非生物胁迫处理下的表达模式。【结果】在杜仲基因组中共鉴定出7个EuCHI基因家族成员(EuCHI-1-EuCHI-7),其编码蛋白的氨基酸长度为84-388 aa,分子量为9473.24-43248.30Da,等电点范围为4.81-9.42,不稳定指数范围为23.09-46.43,亲疏水性范围为-0.381-0.206,不均匀地分布在5条染色体上。亚细胞定位预测显示,除EuCHI-2定位于细胞核中;其余成员均定位于叶绿体中,此外,EuCHI-1在细胞膜中也有分布,EuCHI-4在细胞质和线粒体中也有分布。系统进化分析将EuCHIs划分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅥ3个亚家族,各成员含有1-10个外显子。启动子分析表明,EuCHIs可能参与生长发育和激素响应等生物学过程,转录组数据表明大部分EuCHIs基因参与杜仲叶色形成以及花发育等多种生物学过程。RT-q PCR结果显示,EuCHIs具有组织表达特异性,除EuCHI-3外,其余均在根部高量表达;与ABA和GA3胁迫处理相比,干旱胁迫处理更能显著诱导EuCHI基因的表达。【结论】鉴定出7个EuCHIs基因,分为3个亚家族,EuCHIs在杜仲不同组织和不同胁迫中表达模式存在差异,表明它们在杜仲生长发育和非生物胁迫中发挥重要作用。 展开更多
关键词 杜仲 CHI基因家族 全基因组鉴定 生物信息学分析 荧光定量PCR 激素处理 非生物胁迫 表达特征
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E法相对定量分析动脉粥样硬化患者外周血MMP-9和TIMP-1基因表达 被引量：5
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作者 周春刚 苏伟 +1 位作者 高枫 张志斌 《中国实验诊断学》 北大核心 2011年第3期513-516,共4页
目的通过E方法(效率法)相对定量动脉粥样硬化(AS)患者外周血白细胞基质金属蛋白酶9(MMP9)和基质金属蛋白酶组织抑制因子1(TIMP-1)基因表达及其临床意义。方法采用E法对动脉粥样硬化患者(男性61例,女性78例,平均年龄68岁)和健康体检者(男... 目的通过E方法(效率法)相对定量动脉粥样硬化(AS)患者外周血白细胞基质金属蛋白酶9(MMP9)和基质金属蛋白酶组织抑制因子1(TIMP-1)基因表达及其临床意义。方法采用E法对动脉粥样硬化患者(男性61例,女性78例,平均年龄68岁)和健康体检者(男性19例,女性15例,平均年龄33岁)外周血白细胞MMP9和TIMP-1基因表达水平进行相对定量,数据通过SPSS 11.5统计软件进行分析,AS组与健康对照组间MMP9和TIMP-1基因表达水平差异显著性采用两样本t检验。结果 AS组TIMP-1表达水平则显著低于对照组,分别为0.78±0.06和1.14±0.26,差异具有统计学意义(P<0.05)。而AS组MMP9表达水平为对照组的1.42倍,MMP9与TIMP-1的比值亦高于对照组,但差异均无统计学意义(P>0.05)。结论与健康组比较,动脉粥样硬化患者外周血MMP9表达水平上调,而TIMP-1表达水平下调,动脉粥样硬化患者MMP9和TIMP-1之间存在调节失衡。 展开更多
关键词 动脉粥样硬化 外周血 基质金属蛋白酶9 基质金属蛋白酶组织抑制因子1 实时荧光定量PCR
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烟草TCP基因家族的鉴定及表达分析 被引量：7
3
作者 张路阳 韩文龙 +4 位作者 徐晓雯 姚健 李芳芳 田效园 张智强 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期248-258,共11页
TCP基因是植物特有的转录因子,对植物的生长发育起到重要的作用。鉴定烟草TCP基因家族,为烟草TCP基因功能研究及遗传改良提供理论依据。基于烟草全基因组数据,通过BLAST对烟草TCP基因家族进行鉴定,利用生物信息学的方法分析了该家族成... TCP基因是植物特有的转录因子,对植物的生长发育起到重要的作用。鉴定烟草TCP基因家族,为烟草TCP基因功能研究及遗传改良提供理论依据。基于烟草全基因组数据,通过BLAST对烟草TCP基因家族进行鉴定,利用生物信息学的方法分析了该家族成员的理化性质、基因结构、蛋白质结构域、染色体分布、系统进化及启动子分析,并利用RT-qPCR验证了TCP基因家族在烤烟不同品种各个组织的表达情况。烟草中共鉴定了20个TCP基因,将其分为两大类Class Ⅰ与Class Ⅱ;已知的TCP基因位于不同的染色体上且分布不均匀,所有TCP基因均具有保守的结构域;TCP基因家族启动子区域显著富集生长发育和激素响应的顺式元件,部分TCP基因还具有低温胁迫的作用元件;20个NtTCPs基因在K326和Ti706不同组织和不同时期叶片内存在不同程度的表达,NtTCPs基因在烟草K326和Ti706中的表达具有组织特异性。其中Class Ⅰ亚族基因在6个组织和苗期叶片内表达水平较高,而Class Ⅱ亚族基因在幼苗叶片、上部叶和中部叶表达水平较高。研究结果揭示了烟草TCP基因家族成员在烟草生长发育过程中起到重要作用,为探究烟草TCP基因家族的生物学功能提供了基础。 展开更多
关键词 烟草 TCP基因 全基因组鉴定 生物信息学 组织差异 表达模式分析 荧光定量PCR
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基于DNA推断死亡时间技术方法的研究进展 被引量：3
4
作者 杨澜 王鑫 牛勇 《法医学杂志》 CAS CSCD 2022年第6期747-753,共7页
在刑事侦查中,死亡时间是命案调查中需要获取的重要信息,也是法医病理学研究的重点和难点问题。由于不同组织细胞内DNA的含量较为恒定且会随着死亡时间的延长呈现有规律的变化,故成为死亡时间推断的研究热点。本文综述了近年来基于DNA... 在刑事侦查中,死亡时间是命案调查中需要获取的重要信息,也是法医病理学研究的重点和难点问题。由于不同组织细胞内DNA的含量较为恒定且会随着死亡时间的延长呈现有规律的变化,故成为死亡时间推断的研究热点。本文综述了近年来基于DNA的单细胞凝胶电泳、计算机图像分析、流式细胞术、实时荧光定量PCR以及高通量测序等关于死亡时间推断技术的研究进展,以期为法医学实践与科学研究提供参考。 展开更多
关键词 法医病理学 死亡时间 脱氧核糖核酸 单细胞凝胶电泳 图像分析 流式细胞术 实时定量聚合酶链反应 综述
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海水中诺如病毒富集与活病毒检测技术优化
5
作者 李东蔚 明红霞 +2 位作者 李嘉劼 林建楠 樊景凤 《中国公共卫生》 北大核心 2025年第4期494-499,共6页
目的建立并优化一种针对贝类增养殖区海水样本的简单高效的诺如病毒富集和检测技术,以应对全球性食品安全隐患,并满足传染病精准防控的需求。方法以鼠诺如病毒为实验对象,采用基于纳米氧化铝陶瓷滤芯的富集技术,结合新型叠氮溴化丙啶(PM... 目的建立并优化一种针对贝类增养殖区海水样本的简单高效的诺如病毒富集和检测技术,以应对全球性食品安全隐患,并满足传染病精准防控的需求。方法以鼠诺如病毒为实验对象,采用基于纳米氧化铝陶瓷滤芯的富集技术,结合新型叠氮溴化丙啶(PMAxx)核酸染色剂和实时定量PCR(PMAxx-qPCR)技术检测活病毒。首先使用滤芯膜富集病毒,通过Tralk洗脱液初步浓缩,再利用PEG沉淀法二次浓缩。评价并比较本实验与传统的细胞培养技术检测效果。结果本富集方法在浓缩体积5000倍的情况下,回收率可达到3.24%;PMAxx染色剂浓度50μmol,避光孵育15 min、光照10 min后进行实时定量PCR扩增,检测诺如病毒活病毒效果最佳。结论本文建立并优化的诺如病毒富集和检测方法,显著提高了诺如病毒的回收率和检测准确性,对提升食品安全检测水平和传染病防控具有重要意义。 展开更多
关键词 病毒富集 鼠诺如病毒 海水 叠氮溴化丙核酸染色剂 病毒活性检测 RT-QPCR
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