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不同核酸提取方法对幽门螺杆菌23S rRNA基因检测结果的影响
1
作者 徐文莉 谢怡婷 +3 位作者 廖长征 王嘉宝 段媛玲 陈思祖 《检验医学》 2026年第2期193-195,共3页
目的 分析不同核酸提取方法对幽门螺杆菌23S rRNA基因检测结果的影响。方法 收集2022年12月—2023年2月深圳市龙岗中心医院20例行胃镜检查且幽门螺杆菌呼气试验结果已知患者术中采集的胃黏膜组织。分别采用基因突变检测试剂盒(手工法)... 目的 分析不同核酸提取方法对幽门螺杆菌23S rRNA基因检测结果的影响。方法 收集2022年12月—2023年2月深圳市龙岗中心医院20例行胃镜检查且幽门螺杆菌呼气试验结果已知患者术中采集的胃黏膜组织。分别采用基因突变检测试剂盒(手工法)和全自动核酸提取仪(仪器法)配套核酸提取试剂提取幽门螺杆菌核酸,比较2种方法提取核酸耗时差异。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测幽门螺杆菌23S rRNA基因,比较2种核酸提取方法幽门螺杆菌23S rRNA基因突变结果差异。比较呼气试验和2种核酸提取方法幽门螺杆菌阳性率差异。结果 2种核酸提取方法RT-qPCR检测幽门螺杆菌阳性例数均高于呼气试验,但3组差异无统计学意义(P=0.931)。2种核酸提取方法A2142G、A2142C基因检测结果均为阴性,A2143G阳性各6例,差异无统计学意义(P=1.000)。仪器法提取核酸耗时45 min,远低于手工法(150 min)。结论 仪器法提取核酸的质量、浓度均可以满足幽门螺杆菌23S rRNA基因检测要求,且耗时远低于手工法。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 核酸 23S rrna基因 仪器法 手工法
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肺炎支原体23S rRNA V区基因突变对阿奇霉素临床疗效影响的量化研究
2
作者 朱春晖 况萍 《国外医药(抗生素分册)》 2026年第1期25-29,共5页
目的肺炎支原体(MP)23S rRNA V区基因突变与大环内酯类药物耐药的相关性已明确,但其对患儿各项临床症状及指标恢复进程的具体量化影响,尤其是本地区人群中的数据尚显不足。本研究旨在详细分析携带耐药突变肺炎支原体肺炎(MPP)患儿的临... 目的肺炎支原体(MP)23S rRNA V区基因突变与大环内酯类药物耐药的相关性已明确,但其对患儿各项临床症状及指标恢复进程的具体量化影响,尤其是本地区人群中的数据尚显不足。本研究旨在详细分析携带耐药突变肺炎支原体肺炎(MPP)患儿的临床病程特征,为本地化精准治疗和预后评估提供量化循证依据。方法选取2022年8月—2025年8月住院的60例MPP患儿,通过聚合酶链式反应(PCR)及DNA测序检测MP 23S rRNA V区基因突变,分为突变组(n=32)和野生型组(n=28)。所有患儿接受阿奇霉素序贯疗法,比较两组临床疗效指标。结果60例患儿中,MP基因突变检出率为53.3%(32/60),其中A2063G为主要突变类型(占90.6%)。与野生型组相比,突变组患儿的退热时间、咳嗽缓解时间、肺部啰音消失时间、影像学改善时间及C反应蛋白复常时间均显著延长(均为P<0.001),总治疗疗程更长(P<0.001)。突变组治疗总有效率显著低于野生型组(71.9%vs96.4%,P=0.011)。结论研究通过详细的时间轴分析,量化了耐药突变对MPP患儿临床恢复的延迟效应,强调MP 23S rRNA V区基因突变(主要为A2063G)导致患儿临床症状迁延,疗程延长。在高耐药流行区,早期基因检测对于避免治疗延迟、及时调整方案具有关键的临床决策价值。 展开更多
关键词 肺炎支原体 23S rrna 基因突变 阿奇霉素 临床病程
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基于16S rRNA测序的抗生素治疗对反复种植失败合并慢性子宫内膜炎患者妊娠结局的影响
3
作者 许美含 何陈佳 +1 位作者 吴娴 徐步芳 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2026年第2期172-180,共9页
目的·比较宫腔镜检查后给予广谱抗生素与16S rRNA基因测序并针对性给予抗生素联合补充乳杆菌对于反复种植失败(recurrent implantation failure,RIF)合并慢性子宫内膜炎(chronic endometritis,CE)患者妊娠结局的影响。方法·... 目的·比较宫腔镜检查后给予广谱抗生素与16S rRNA基因测序并针对性给予抗生素联合补充乳杆菌对于反复种植失败(recurrent implantation failure,RIF)合并慢性子宫内膜炎(chronic endometritis,CE)患者妊娠结局的影响。方法·回顾性分析2023年1月至2025年5月在上海交通大学医学院附属瑞金医院妇产科生殖医学中心就诊的676名排除已知因素(未行胚胎植入前非整倍体遗传学检测)的RIF患者(接受分泌中期16S rRNA测序或增殖期宫腔镜检查)的妊娠结局。27名患者16S rRNA检查结果提示乳杆菌占比<90%且单一病原体占比≥10%,纳入16S rRNA诊断CE组(16S rRNA组);根据致病菌给予针对性抗生素治疗7~10 d后阴道给药补充乳杆菌10 d。65名患者经宫腔镜检查及CD138免疫组织化学染色确诊CE,纳入宫腔镜诊断CE组(宫腔镜组);接受左氧氟沙星联合甲硝唑治疗14 d。所有患者于治疗后下一个月经周期开始接受冻融胚胎移植(frozen embryo transfer,FET)。使用13项影响妊娠结局的协变量将2组FET周期进行1∶4倾向性评分匹配。主要研究终点为活产率,次要研究终点包括临床妊娠率、人绒毛膜促性腺激素(human chorionic gonadotropin,HCG)阳性率、流产率、妊娠并发症及新生儿不良结局发生率。进行多因素Logistic回归分析评估与活产相关的潜在风险因素。结果·宫腔镜组65名患者共接受127个FET周期,16S rRNA组27名患者共接受33个FET周期;宫腔镜组47名患者(74个FET周期)与16S rRNA组22名患者(26个FET周期)完成匹配。匹配后,16S rRNA组活产率(61.5%vs 23.0%,P=0.001)、临床妊娠率(65.4%vs 33.8%,P=0.011)、HCG阳性率(73.1%vs 46.7%,P=0.038)均显著高于宫腔镜组;2组流产率、异位妊娠率、妊娠并发症及新生儿不良结局发生率差异均无统计学意义(均P>0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,宫腔镜组与更低的活产率相关(OR=0.230,95%CI 0.087~0.607,P=0.003)。此外,女方高龄、体质量指数(body mass index,BMI)增加、仅移植1个胚胎以及移植卵裂胚均与更低的活产率相关(均P<0.05)。结论·与宫腔镜诊断联合广谱抗生素治疗相比,基于16S rRNA测序的菌群检测及针对性抗生素治疗联合补充乳杆菌可更有效改善RIF合并CE患者的妊娠结局,并且未发现对于母胎安全的不良影响。 展开更多
关键词 慢性子宫内膜炎 体外受精-胚胎移植 反复种植失败 16S rrna测序 宫腔镜 乳杆菌补充治疗
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MP 23S rRNA突变、LDH交互影响肺炎支原体肺炎患儿阿奇霉素响应性的效能及其预测价值
4
作者 段永彬 梁娟 +2 位作者 张敬芳 胡湘萍 张俊霞 《河南医学研究》 2026年第5期888-893,共6页
目的探讨肺炎支原体(MP)肺炎患儿MP 23S rRNA突变、乳酸脱氢酶(LDH)交互作用对阿奇霉素响应性的影响及其对阿奇霉素响应性的预测价值。方法选取2023年3月至2025年2月濮阳市人民医院收治的196例MP肺炎患儿,依据阿奇霉素响应性分为不良组... 目的探讨肺炎支原体(MP)肺炎患儿MP 23S rRNA突变、乳酸脱氢酶(LDH)交互作用对阿奇霉素响应性的影响及其对阿奇霉素响应性的预测价值。方法选取2023年3月至2025年2月濮阳市人民医院收治的196例MP肺炎患儿,依据阿奇霉素响应性分为不良组、良好组。比较两组临床资料及MP 23S rRNA突变、LDH水平。多因素logistic回归分析MP 23S rRNA突变、LDH对阿奇霉素响应性的影响效应。交互作用分析MP 23S rRNA突变、LDH对阿奇霉素响应性的交互影响效应。采用受试者工作特征(ROC)曲线及曲线下面积(AUC)分析MP 23S rRNA突变、LDH对阿奇霉素响应性的预测价值。结果196例MP肺炎患儿中阿奇霉素响应性不良47例(23.98%)、良好149例(76.02%);不良组MP 23S rRNA突变占比、LDH水平高于良好组,差异有统计学意义(P<0.05);多因素logistic回归分析显示,MP 23S rRNA突变、LDH均是阿奇霉素响应性的相关影响因素(P<0.05);根据MP 23S rRNA突变、LDH将全部对象分为MP 23S rRNA无突变+LDH正常水平(R_(00))、MP 23S rRNA无突变+LDH升高(R_(01))、MP 23S rRNA突变+LDH正常水平(R_(10))、MP 23S rRNA突变+LDH升高(R_(01))4个亚组,以R_(00)为参照,R_(01)、R_(10)、R_(01)可将阿奇霉素响应不良风险提高1.139倍、2.709倍、5.332倍(P<0.05);MP 23S rRNA突变联合LDH预测阿奇霉素响应性的AUC值为0.949,大于单独的MP 23S rRNA突变的0.872、LDH的0.776(P<0.05)。结论MP肺炎阿奇霉素响应性不良患儿MP 23S rRNA突变占比、LDH水平较良好患儿明显升高,且MP 23S rRNA突变、LDH对阿奇霉素响应性具有正向相加交互效应,联合检测其水平可用于早期预测阿奇霉素响应性,为临床个体化治疗提供决策依据。 展开更多
关键词 肺炎支原体 肺炎支原体肺炎 MP 23S rrna 突变 乳酸脱氢酶 交互影响 预测
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基于16S rRNA测序与随机森林模型的上海市公共浴池水细菌群落特征及其与嗜肺军团菌污染的关联
5
作者 石丽莎 陈健 +2 位作者 李晓静 郑毅鸣 张莉君 《环境与职业医学》 北大核心 2026年第1期82-88,107,共8页
[背景]公共浴池嗜肺军团菌污染问题是近年来受关注的公共卫生问题之一,其与水样细菌群落特征的关联性研究有限,16S rRNA测序技术与随机森林模型为解析该关联性及公共浴池水细菌群落特征提供了新途径。[目的]掌握上海市公共浴池水细菌群... [背景]公共浴池嗜肺军团菌污染问题是近年来受关注的公共卫生问题之一,其与水样细菌群落特征的关联性研究有限,16S rRNA测序技术与随机森林模型为解析该关联性及公共浴池水细菌群落特征提供了新途径。[目的]掌握上海市公共浴池水细菌群落结构及多样性,探究嗜肺军团菌污染与细菌群落特征的关联性,并筛选关联性关键菌属,为制定公共浴池水卫生管理规范提供科学依据。[方法]于2023年2—3月期间,依据公共沐浴场所经营规模、区域分布、不同功能情况,选取上海市10家公共浴池水为研究对象,检测其水质卫生状况。根据嗜肺军团菌检测结果,将样本分为军团菌检出组和未检出组,采用16S rRNA测序分析水样的细菌群落结构、α-多样性和β-多样性,利用冗余分析(RDA)探究理化指标与细菌群落多样性的关联性,并通过随机森林模型筛选区分两组的关键菌属,以平均精度下降值(MDA)评估菌属重要性。[结果]军团菌检出组耗氧量小于军团菌未检出组(均值分别为1.85 mg·L^(-1)vs.6.81 mg·L^(-1),P<0.05),其余理化指标两组无明显差异。测序分析结果表明,共检测到27个细菌门和454个细菌属,其中变形菌门(平均相对丰度为63.00%)为公共浴池水主要优势菌门,泥单胞菌属(8.50%)、食酸菌属(8.13%)、分枝杆菌属(7.93%)和不动杆菌属(6.59%)为优势菌属。α-多样性分析发现军团菌检出组水样中的细菌群落丰富度(Chao1和ACE指数)高于未检出组(P<0.01),β-多样性分析发现两组细菌群落结构相似(P>0.05)。RDA分析表明,细菌群落多样性与水质pH呈正相关,与耗氧量和游离性余氯呈负相关,其中RDA1和RDA2对细菌群落多样性的解释率分别为23.92%和21.30%。利用随机森林模型筛选出对军团菌检出组和未检出组水样中微生物群落分布差异有较大影响的有慢生根瘤菌科未分类属(MDA=2.42)、亚栖热菌属(MDA=2.37)、黄杆菌属(MDA=2.26)等20种关键菌属。[结论]公共浴池水细菌群落多样性受到pH值、耗氧量和游离性余氯影响,嗜肺军团菌污染水样细菌群落更丰富,且存在引起群落差异的特征性关键细菌属,机器学习随机森林技术有助于探索特征性关键细菌属,研究结果为开展该类场所风险预警提供了依据。 展开更多
关键词 公共浴池水 16S rrna测序 随机森林模型 群落结构 多样性 嗜肺军团菌
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基于16S rRNA测序对小鼠坐骨神经损伤后的肠道菌群分析
6
作者 顾希 顾丹丹 +3 位作者 夏一鸣 蒋陶然 姚登兵 蒋茂荣 《中国实验动物学报》 北大核心 2026年第1期23-33,共11页
目的通过构建小鼠坐骨神经横断模型,利用16S rRNA测序研究坐骨神经损伤对肠道菌群的影响。方法将18只C57BL/6小鼠随机分组,分别为假手术组、实验组(D1组、D4组、D7组、D14组、D28组)。造模时,假手术组仅开皮暴露神经取肠道内容物,其余... 目的通过构建小鼠坐骨神经横断模型,利用16S rRNA测序研究坐骨神经损伤对肠道菌群的影响。方法将18只C57BL/6小鼠随机分组,分别为假手术组、实验组(D1组、D4组、D7组、D14组、D28组)。造模时,假手术组仅开皮暴露神经取肠道内容物,其余在造模后第1、4、7、14、28天收集小鼠结肠内容物进行16S rRNA测序,分析肠道菌群的物种丰度变化和菌群基因功能预测。结果术后第4天开始,肠道内微生物群落的物种丰富度及多样性明显下降,第7天时物种水平开始回升。厚壁菌门(Firmicutes)、疣微菌门(Verrucomicrobiota)、变形菌门(Proteobacteria)的变化趋势明显,其中且以阿克曼氏菌属(Akkermansia)、库特氏菌属(Kurthia)、杜博西氏菌属(Dubosiella)等细菌表现最为显著。与假手术组相比,实验组Akkermansia水平逐渐下降;Kurthia、Dubosiella等水平于第4天开始上升,且第7天达到峰值。另外,根据菌群基因功能预测结果推断:多种代谢通路(如脂质代谢、氨基酸代谢等)在小鼠神经横断后可能受影响。结论坐骨神经横断引发小鼠肠道微生物菌群发生显著变化且通过基因功能预测观察到代谢相关通路的变化,提示微生物潜在功能可能受到影响。该结果需通过代谢组学进行验证,以期将来为探索肠道菌群在周围神经损伤修复中的潜在作用提供研究线索。 展开更多
关键词 坐骨神经横断 肠道菌群 16S rrna测序 小鼠
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16S rRNA测序法及其在动物肠道微生物研究中的应用
7
作者 张金宝 马春芳 +1 位作者 杨奇 郭许峰 《动物医学进展》 北大核心 2026年第1期109-114,共6页
动物肠道微生物的物种丰度大、群落结构和生长习性复杂,对动物机体免疫功能具有很好的调节作用,使得动物肠道微生物的研究成为难点和热点。传统的形态学和生化学鉴定方法已无法满足细菌鉴定的需求,核苷酸测序法逐步被科研学者所接受,在... 动物肠道微生物的物种丰度大、群落结构和生长习性复杂,对动物机体免疫功能具有很好的调节作用,使得动物肠道微生物的研究成为难点和热点。传统的形态学和生化学鉴定方法已无法满足细菌鉴定的需求,核苷酸测序法逐步被科研学者所接受,在初步形态鉴定的基础上,借助16S rRNA高通量测序法进一步进行细菌基因鉴定,可精准测定分析细菌种类。论文就16S rRNA高通量测序法在动物肠道微生物研究中的应用进展进行综述,旨在为动物肠道微生物相关进一步研究提供理论依据。 展开更多
关键词 16S rrna 动物肠道 微生物
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基于12S rRNA和Cytb基因对微小牛蜱系统进化的分析
8
作者 陈遥 吴婷婷 《中国奶牛》 2026年第2期28-34,共7页
为探讨12S rRNA基因和Cytb基因在微小牛蜱(Rhipicephalus microplus)鉴定中的有效性,首先对采集于福建省的14只蜱虫进行形态学鉴定,再基于12S rRNA、Cytb基因进行分子生物学鉴定,进行基因序列的扩增和测序与系统进化的分析。结果显示,... 为探讨12S rRNA基因和Cytb基因在微小牛蜱(Rhipicephalus microplus)鉴定中的有效性,首先对采集于福建省的14只蜱虫进行形态学鉴定,再基于12S rRNA、Cytb基因进行分子生物学鉴定,进行基因序列的扩增和测序与系统进化的分析。结果显示,经形态学初步鉴定14只蜱虫为微小牛蜱,后经系统进化树、遗传距离和同源性分析发现14只蜱虫与GenBank上已发表的微小牛蜱亲缘关系最近,与澳洲扇头蜱(Rhipicephalus australis)、嘉氏扇头蜱(Rhipicephalus geigyi)、血红扇头蜱(Rhipicephalus sanguineus)次之,与篦子硬蜱(Ixodes ricinus)最远。研究表明14只蜱虫均为微小牛蜱虫,12S rRNA基因和Cytb基因可有效鉴定微小牛蜱,且微小牛蜱12S rRNA序列的种间差异较明显,种内保守;Cytb序列种间和种内均变异较大。 展开更多
关键词 微小牛蜱 12S rrna CYTB基因 系统进化 遗传标记
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肺炎支原体耐药性与23S rRNA耐药基因位点突变研究 被引量：6
9
作者 孙晓旭 董玉琼 +3 位作者 赵永旺 袁业红 吕晶晶 侯伦 《中国病原生物学杂志》 北大核心 2025年第1期52-56,共5页
目的探析肺炎支原体肺炎(Mycoplasma pneumoniae pneumonia,MPP)患儿肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae,MP)耐药性及23S rRNA耐药基因位点突变情况,以期为临床治疗提供依据。方法对比分析本院2022年1月~2023年12月收治的MPP患儿临床资料... 目的探析肺炎支原体肺炎(Mycoplasma pneumoniae pneumonia,MPP)患儿肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae,MP)耐药性及23S rRNA耐药基因位点突变情况,以期为临床治疗提供依据。方法对比分析本院2022年1月~2023年12月收治的MPP患儿临床资料,采用PCR技术检测23S rRNA耐药基因位点突变情况,结合药敏试验结果,探讨耐药性与基因突变间的关联。结果共分离出78株MP菌株。这些菌株对乙酰螺旋霉素、红霉素、克拉霉素和罗红霉素的耐药性超过50%,耐药率分别为75.64%、73.08%、51.28%和76.92%;对左氧氟沙星、环丙沙星和莫西沙星的耐药率低于10%,分别为3.85%、3.85%和1.28%。对78株MP菌株进行测序分析显示,23S rRNA耐药基因位点突变率为76.92%(60/78)。其中,47株为A2063G位点发生突变(78.33%,47/60),9株为A2064G位点发生突变(15%,9/60),4株为A2063C位点发生突变(6.67%,4/60)。47株A2063G位点突变MP菌株对罗红霉素、乙酰螺旋霉素完全耐药,对红霉素、克拉霉素、阿奇霉素、交沙霉素、左氧氟沙星、环丙沙星和莫西沙星的耐药率分别为95.74%、63.83%、44.68%、17.02%、6.38%、6.38%和2.13%。9株A2064G位点突变MP菌株对罗红霉素完全耐药,对乙酰螺旋霉素、红霉素、克拉霉素、阿奇霉素、交沙霉素的耐药率分别为88.89%、88.89%、77.78%、33.33%和22.22%,未对左氧氟沙星、环丙沙星、莫西沙星产生耐药性。4株A2063C位点突变MP菌株对罗红霉素、乙酰螺旋霉素、红霉素完全耐药,对克拉霉素耐药率为75%,对阿奇霉素、交沙霉素耐药率为25%,未对左氧氟沙星、环丙沙星、莫西沙星产生耐药性。不同突变位点MP菌株对常用抗菌药物耐药率差异无统计学意义(P>0.05)。在基因突变组患者中,咳嗽、发热、气促、寒战、呼吸音减弱、肺外感染和重症肺炎的发生率分别为100%、88.33%、66.67%、31.67%、71.67%、40%和63.33%。而在基因未突变组中,这些症状的发生率分别为94.44%、77.78%、44.44%、22.22%、27.78%、5.56%和33.33%。两组患者在咳嗽、发热、气促、寒战方面的差异无统计学意义(P<0.05),但在呼吸音减弱、肺外感染、重症肺炎方面的差异有统计学意义(P>0.05)。在基因突变组中,14例合并混合感染,感染率为23.34%,其中4例合并细菌感染,包括铜绿假单胞菌2例,肺炎克雷伯菌1例,鲍曼不动杆菌1例;10例合并病毒感染,包括腺病毒5例,流感病毒4例,合胞病毒1例。基因未突变组中,6例合并混合感染,感染率为33.34%,其中3例合并细菌感染,包括铜绿假单胞菌1例,肺炎克雷伯菌1例,肺炎链球菌1例;3例合并病毒感染,包括腺病毒2例,呼吸道合胞病毒1例。两组混合感染率差异无统计学意义。结论本院MP菌株对大环内酯类抗生素的耐药率较高,而对氟喹诺酮类抗生素的耐药率较低。23S rRNA耐药基因位点突变与MP菌株的耐药性密切相关,其中A2063G位点突变与高耐药率显著相关。 展开更多
关键词 肺炎支原体 耐药性 23S rrna 耐药基因位点突变
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基于16S rRNA高通量测序的驻岛人员肠道菌群分析
10
作者 吴浩 谢沛 +4 位作者 张菂 黄文 李兆申 薛芊 鞠金涛 《海军军医大学学报》 北大核心 2025年第3期400-405,共6页
目的分析驻岛人员肠道菌群特征,为维护驻岛人员的肠道微生态平衡及提供精准的医疗保障奠定基础。方法采用随机抽样的方法纳入驻岛人员若干,同时纳入沿海地区人员若干作为对照,对人员粪便标本进行16S rRNA高通量测序。比较两组人员肠道... 目的分析驻岛人员肠道菌群特征,为维护驻岛人员的肠道微生态平衡及提供精准的医疗保障奠定基础。方法采用随机抽样的方法纳入驻岛人员若干,同时纳入沿海地区人员若干作为对照,对人员粪便标本进行16S rRNA高通量测序。比较两组人员肠道菌群多样性及菌群组成差异。结果肠道菌群alpha多样性分析显示驻岛人员肠道菌群丰度较沿海地区人员升高,beta多样性分析提示驻岛人员肠道微生物群落构成与沿海地区人员相比差异有统计学意义(P=0.001)。驻岛人员肠道内拟杆菌门丰度低于沿海地区人员(30.8%vs 48.3%,P<0.001),而肠道内变形菌门丰度高于沿海地区人员(28.3%vs 10.2%,P<0.001)。经多重假设检验校正后发现,驻岛人员肠道内拟杆菌属、罗斯氏菌属、另枝菌属、副拟杆菌属丰度显著下降,普雷沃氏菌属、大肠埃希菌-志贺菌属、柠檬酸杆菌属、产粪甾醇真杆菌属丰度显著提升。结论海岛特殊环境影响驻岛人员肠道菌群特征,肠道微生态健康亟需精准保障。 展开更多
关键词 驻岛人员 海岛 肠道菌群 16S rrna 高通量测序
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基于16S rRNA测序的上海市某三甲医院集中空调通风系统细菌群落的分布特征
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作者 倪骏 张海云 +5 位作者 陈健 张莉君 刘永萍 李晓静 郑毅鸣 张莉萍 《环境与职业医学》 北大核心 2025年第6期732-739,共8页
[背景]医院是各类患者与易感人群聚集的场所,呼吸道传染病的病原微生物是造成医疗机构呼吸道传染病交叉感染的重要原因。集中空调通风系统在改善室内环境的同时,更加剧了呼吸道传染病的传播风险。[目的]了解医院集中空调通风系统(后称... [背景]医院是各类患者与易感人群聚集的场所,呼吸道传染病的病原微生物是造成医疗机构呼吸道传染病交叉感染的重要原因。集中空调通风系统在改善室内环境的同时,更加剧了呼吸道传染病的传播风险。[目的]了解医院集中空调通风系统(后称“集中空调”)微生物分布特征,为医院集中空调卫生标准中微生物指标的选择和医院的风险预警提供科学依据。[方法]2023年10月,选取上海市某三甲医院2套集中空调通风系统,其中一套集中空调为全空气空调系统,服务于一层候诊区,另一套集中空调为风机盘管加新风系统,服务于三层门诊区。对通风系统中风口、过滤网、表冷器和冷凝水盘4个不同部位的样本进行细菌群落的16S rRNA测序,采用α多样性分析和β多样性分析,了解医院集中空调通风系统微生物群落组成及多样性特征。通过功能分析,了解集中空调通风系统细菌功能相对丰度。[结果]共检测到操作分类单元(OTUs)528个,涵盖了20个细菌门、37个纲、79个目、123个科和240个属。分析结果显示,细菌群落的组成以变形菌门、芽单胞菌门、拟杆菌门和放线菌门为主要优势门。多样性分析结果显示,冷凝水盘中的细菌群落丰富度和多样性最高,而风口、过滤网和表冷器3组样本之间的细菌群落组成差异无统计学意义(P>0.05)。功能分析结果显示,空调通风系统中的细菌群落主要表现出化能异养型、需氧化能异养型和尿解型等功能特征。[结论]变形菌门的优势地位表明该门类细菌在空调系统中的适应性较强,可能与其能够在不同环境条件下存活和繁殖有关。多样性分析结果表明冷凝水盘是空调系统中细菌繁殖的一个关键区域。风口、过滤网、表冷器这些部位的环境条件相似,导致细菌群落结构的相似性。功能分析结果表明细菌群落具有较强的能量转化和物质代谢能力,可能在空调系统中参与有机物的分解及氮循环等过程。 展开更多
关键词 16S rrna测序 医院 集中空调 微生物分布 风险预警
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基于16S rRNA高通量测序的腹吸鳅科鱼类消化道微生物群落
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作者 杨柳 陈敬琛 唐文乔 《上海海洋大学学报》 北大核心 2025年第6期1226-1239,共14页
腹吸鳅科(Gastromyzontidae)鱼类主要栖息于亚洲东南部山区溪流,该科鱼类体型扁平,偶鳍宽大,部分种类偶鳍特化为吸盘状。为了解腹吸鳅科鱼类肠道微生物群落的多样性和结构,本文对保亭近腹吸鳅(Plesiomyzon baotingensis)、秉氏爬岩鳅(Be... 腹吸鳅科(Gastromyzontidae)鱼类主要栖息于亚洲东南部山区溪流,该科鱼类体型扁平,偶鳍宽大,部分种类偶鳍特化为吸盘状。为了解腹吸鳅科鱼类肠道微生物群落的多样性和结构,本文对保亭近腹吸鳅(Plesiomyzon baotingensis)、秉氏爬岩鳅(Beaufortia pingi)、贵州爬岩鳅(Beaufortia kweichowensis)、拟平鳅(Liniparhomaloptera disparis)、中华近原吸鳅(Erromyzon sinensis)、似原吸鳅(Paraprotomyzon multifasciatus)、方氏品唇鳅(Labidogastromyzon fangi)、长汀品唇鳅(Labidogastromyzon changtingensis)、平舟原缨口鳅(Vanmanenia pingchowensis)、原缨口鳅(Vanmanenia stenosoma)、扁头原缨口鳅(Vanmanenia homalocephala)、斑纹缨口鳅(Formosania stigmata)等8个属12个物种的肠道样本进行了MiSeq 16S rRNA高通量测序,分析了操作分类单元(OTU)数量、微生物群落组成、Alpha多样性以及功能预测。共鉴定出1029个OTU,涵盖31门75纲173目278科465属689种,每种平均OTU数175个,共有OTU数3个。在群落组成上,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteriota)、放线菌门(Actinobacteriota)和疣微菌门(Verrucomicrobiota),优势菌属为无色杆菌属(Achromobacter)、鲸杆菌属(Cetobacterium)、邻单胞菌属(Plesiomonas)和分枝杆菌属(Mycobacterium)等。共有菌属为红球菌属(Rhodococcus)、分枝杆菌属(Mycobacterium)和赖氏菌属(Leifsonia)。Alpha多样性分析表明,不同物种的微生物群落在物种丰富度和多样性方面存在显著差异。秉氏爬岩鳅的多样性最高,而原缨口鳅的多样性最低。利用KEGG通路分析发现,肠道微生物编码的大多数基因与代谢过程相关,其中与氨基酸转运和代谢相关的功能通路相对丰度最高,为11.40%。从OTU数和OTU水平的PCoA分析角度看,很难预测其与系统发育之间的关联性。相比生活在平原和河湖系统的鱼类,腹吸鳅科鱼类的优势群属中包含诸如分枝杆菌属(Mycobacterium)的专性需氧菌(占9.47%),以及一些偏好有氧环境的兼性厌氧菌,如无色杆菌属(Achromobacter)(占比24.91%)等。 展开更多
关键词 16S rrna 肠道微生物 优势菌群 物种多样性
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应用16S rRNA基因测序技术比较不同品系2型糖尿病大鼠肠道菌群的异同
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作者 刘军 齐晏永 +2 位作者 郭超 高伟 牛苗苗 《实验动物科学》 2025年第2期44-51,共8页
目的比较SD和GK两个品系大鼠建立的2型糖尿病(T2DM)模型肠道菌群组成和多样性的异同,为探索两模型在T2DM相关肠道菌群研究中的进一步应用提供背景数据。方法采用8周龄SPF级雄性SD和GK大鼠各20只,SD组大鼠高脂饲料饲喂6周后,单次腹腔注射... 目的比较SD和GK两个品系大鼠建立的2型糖尿病(T2DM)模型肠道菌群组成和多样性的异同,为探索两模型在T2DM相关肠道菌群研究中的进一步应用提供背景数据。方法采用8周龄SPF级雄性SD和GK大鼠各20只,SD组大鼠高脂饲料饲喂6周后,单次腹腔注射30 mg/kg的链脲佐菌素(STZ),GK组大鼠高脂饲料诱导4周后出现糖尿病症状,两组大鼠空腹血糖≥11.1 mmol/L为T2DM建模成功,分别收集每组10只大鼠建模成功6周后的洁净粪便各10份,进行16S rRNA基因V3-V4区测序,分析粪便中肠道菌群的Alpha多样性、Beta多样性、优势菌属及肠道菌群相关的功能通路。结果SD组与GK组大鼠肠道菌群的Alpha多样性和丰富度没有显著差异,两组大鼠肠道菌群Beta多样性指数显著不同(均P<0.05)。GK组T2DM大鼠肠道的优势菌属为乳酸杆菌属、未分类梭菌属_UCG_014、未分类鼠杆菌科、阿克曼菌和瘤胃球菌属;SD组T2DM大鼠的优势菌属为异杆菌属、乳酸杆菌属、毛螺菌科_NK4A136组、链球菌属、瘤胃球菌属、UCG-005和联合乳酸杆菌属;两组的优势菌属在组成和比例上差异很大。两组T2DM大鼠肠道菌群的功能通路主要集中在氨基酸代谢、糖代谢、核苷酸代谢和脂代谢为主的代谢途径中。结论两组T2DM大鼠肠道菌群Alpha多样性无差异,但肠道菌群的组成及比例差异较大,优势菌群在不同T2DM模型中的组成比例发生了改变。 展开更多
关键词 大鼠 2型糖尿病 肠道菌群 16S rrna基因测序
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基于16S rRNA基因测序的脓毒症患者肠道菌群特征及其与预后的关联性研究
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作者 罗建宇 吕光宇 刘美琼 《内科》 2025年第4期350-357,共8页
目的基于16S rRNA基因测序技术,探讨脓毒症患者肠道菌群的结构与多样性特征,并初步探索其与患者院内预后的关联性。方法采用前瞻性研究方法,收集50例脓毒症患者(脓毒症组)入院2 d内的粪便样本及10例健康志愿者(健康组)的粪便样本。对粪... 目的基于16S rRNA基因测序技术,探讨脓毒症患者肠道菌群的结构与多样性特征,并初步探索其与患者院内预后的关联性。方法采用前瞻性研究方法,收集50例脓毒症患者(脓毒症组)入院2 d内的粪便样本及10例健康志愿者(健康组)的粪便样本。对粪便菌群16S rRNA基因V3~V4区进行测序,进行生物信息学分析(包括操作分类单元、α多样性、β多样性及物种组成分析)。根据院内预后将脓毒症患者分为生存组(n=40)与死亡组(n=10),比较两组间菌属占比的差异,并采用受试者操作特征(ROC)曲线分析菌属占比与预后的关联。结果α多样性分析显示,脓毒症组Shannon、Simpson多样性指数均显著低于健康组(均P<0.05)。β多样性分析表明两组菌群结构存在差异。物种组成上,脓毒症组厚壁菌门相对丰度低于健康组,而变形菌门丰度升高。在属水平,脓毒症组肠球菌属、拟杆菌属、乳杆菌属为主要菌属。预后分析显示,死亡组肠杆菌属占比高于生存组(P<0.05),其占比与死亡结局关联的ROC曲线下面积为0.744。结论脓毒症患者肠道菌群发生紊乱,表现为多样性下降、益生菌减少及机会致病菌增多。本研究初步发现肠杆菌属相对丰度与患者死亡结局存在关联,但其作为独立预后标志物的价值仍需在前瞻性大样本研究中控制关键临床混杂因素后进一步验证。 展开更多
关键词 16S rrna基因 脓毒症 肠道菌群 预后 关联分析
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Cytb和12S rRNA基因在法医学野生动物种属鉴定中的应用
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作者 姜德志 张雅欣 +9 位作者 臧钰 安茂蕾 张赞 邱程程 姜曜恒 宋伟 赵宏 解坤 陈佳艺 乌日嘎 《中国法医学杂志》 2025年第3期308-311,322,共5页
目的分析比较DNA条形码细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)与12S rRNA(ribosomal RNA,rRNA)基因序列用于野生动物种属鉴定的效能。方法对10份野生动物检材进行DNA提取、定量、Cytb与12S rRNA基因序列扩增、Sanger测序以及序列比对分析。结果... 目的分析比较DNA条形码细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)与12S rRNA(ribosomal RNA,rRNA)基因序列用于野生动物种属鉴定的效能。方法对10份野生动物检材进行DNA提取、定量、Cytb与12S rRNA基因序列扩增、Sanger测序以及序列比对分析。结果6份检材的两个基因片段均扩增成功,1份检材仅Cytb扩增成功,3份检材仅12S rRNA扩增成功。DNA序列分析显示,单独采用Cytb时,6份检材可鉴定至物种水平(黑水鸡、山斑鸠、雉鸡、黄爪隼、和尚鹦鹉、猞猁),1份检材仅能鉴定至属水平(兔属);单独采用12S rRNA时,8份检材可鉴定至物种水平(黑水鸡、华南兔、雉鸡、和尚鹦鹉、小麂、猕猴、猞猁),隶属于七个物种,而1份检材仅能鉴定至属水平(隼属);而联合采用Cytb和12S rRNA时,所有检材均可鉴定至物种水平。结论在应用DNA条形码技术鉴定野生动物时,本研究选取的Cytb与12S rRNA基因区域可鉴定黑水鸡、山斑鸠等常见物种,但难以区分同属近缘物种。故在野生动物种属鉴定实践中,对疑为此类者推荐选用2个或更多的DNA条形码标记。 展开更多
关键词 种属鉴定 DNA条形码 CYTB 12S rrna 野生动物
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基于16S rRNA测序和粪菌移植法探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响 被引量：3
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作者 高澳 王晓菲 +5 位作者 卢意 卢柠霞 王天雨 卢芳 于栋华 刘树民 《中成药》 北大核心 2025年第2期634-641,共8页
目的基于16S rRNA测序和粪菌移植法(FMT)探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响。方法大鼠随机分为空白组、模型组、穿山龙总皂苷组及别嘌醇组,除空白组外,其他3组灌胃给予5%氧嗪酸钾混悬液,连续5周,并给予10%酵母饲料;第3周... 目的基于16S rRNA测序和粪菌移植法(FMT)探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响。方法大鼠随机分为空白组、模型组、穿山龙总皂苷组及别嘌醇组,除空白组外,其他3组灌胃给予5%氧嗪酸钾混悬液,连续5周,并给予10%酵母饲料;第3周,穿山龙总皂苷组及别嘌醇组分别灌胃给予480 mg/kg穿山龙总皂苷及25 mg/kg别嘌醇,第5周采用全自动生化分析仪检测血清尿酸、尿素氮水平。建立伪无菌小鼠模型,分为空白对照组、正常粪便移植组、模型粪便移植组、穿山龙总皂苷粪便移植组,后三者分别灌胃给予空白组、模型组、穿山龙总皂苷组大鼠粪菌悬液,连续5周,对新鲜粪便进行16S rRNA测序,全自动生化分析仪检测血清尿酸、尿素氮水平。结果经过粪菌移植给药穿山龙总皂苷后,与模型粪便移植组比较,穿山龙总皂苷粪便移植组尿酸水平及拟杆菌属、毛螺菌属丰度降低(P<0.05),弯曲菌门、螺杆菌属、梭菌属丰度升高(P<0.05)。结论穿山龙总皂苷可通过调控高尿酸血症小鼠的肠道菌群动态平衡,影响其组成与功能,从而降低血尿酸。 展开更多
关键词 穿山龙总皂苷 高尿酸血症 粪菌移植 16S rrna测序 肠道菌群
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基于16S rRNA测序分析淫羊藿苷对衰老雌性与雄性小鼠肠道菌群调节作用的研究 被引量：1
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作者 李晓盎 段丽萍 《中国药学杂志》 北大核心 2025年第9期915-922,共8页
目的探讨淫羊藿苷对老年雌性与雄性小鼠肠道菌群的调节作用,评估其对菌群多样性、结构及代谢功能的影响,并分析性别差异在干预效果中的作用。方法选取年轻(2月龄)与老年(24月龄)雌雄C57BL/6J小鼠,分别灌胃淫羊藿苷(100 mg·kg·... 目的探讨淫羊藿苷对老年雌性与雄性小鼠肠道菌群的调节作用,评估其对菌群多样性、结构及代谢功能的影响,并分析性别差异在干预效果中的作用。方法选取年轻(2月龄)与老年(24月龄)雌雄C57BL/6J小鼠,分别灌胃淫羊藿苷(100 mg·kg·d^(-1))或生理盐水,持续14 d。采用16S rRNA基因测序分析肠道菌群多样性及物种组成,结合京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析功能预测评估代谢通路变化。结果淫羊藿苷显著提高老年雌雄小鼠肠道菌群的α多样性(Chao1指数提升25%,P<0.05),并重塑菌群结构(β多样性PCoA分析显示老年组向年轻组趋近)。门水平上,老年小鼠拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度降低,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高(F/B比值回调至年轻水平);科水平上,阿克曼氏菌科(Akkermansiaceae)在雌性老年小鼠中显著富集(4.1倍)。KEGG预测显示,淫羊藿苷改善老年小鼠糖代谢与鞘脂代谢(雌性组鞘脂通路活性上调3.2倍)。结论淫羊藿苷通过调节肠道菌群多样性及代谢功能延缓衰老,且作用具有性别二态性,为中药抗衰老的性别差异化干预提供了理论依据。 展开更多
关键词 淫羊藿苷 性别差异 衰老 肠道菌群 16s rrna高通量测序
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不同16S rRNA引物在溺死组织气单胞菌检测中的性能评估 被引量：1
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作者 宁浩冉 代昌海 +6 位作者 种法国 王建鑫 王雅萱 胡洋洋 王业全 张磊磊 张国安 《济宁医学院学报》 2025年第1期8-11,共4页
目的 分析16S rRNA V3区引物、V4区引物和V3-V4区引物检测溺死组织中气单胞菌的差异。方法 采用PCR-扩增子测序方法,评估3种16S rRNA引物在5例溺死者的11个脏器中检测细菌DNA的能力,特别是气单胞菌DNA的检测效果。结果 相比于其他2个引... 目的 分析16S rRNA V3区引物、V4区引物和V3-V4区引物检测溺死组织中气单胞菌的差异。方法 采用PCR-扩增子测序方法,评估3种16S rRNA引物在5例溺死者的11个脏器中检测细菌DNA的能力,特别是气单胞菌DNA的检测效果。结果 相比于其他2个引物,V3引物在检测细菌分类操作单元(Operational Taxonomic Unit, OTU)方面更具优势,检测到的细菌OTU数量更多。测序结果分析表明,V3引物能够检测更丰富的细菌门(Phylum)和科(Family),以及更多的气单胞菌。结论 16S rRNA V3引物在检测溺死脏器中的气单胞菌可能更具优势,对溺死诊断具有潜在应用价值。 展开更多
关键词 溺死 16S rrna测序 气单胞菌
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23S rRNA基因检测在儿童肺炎支原体肺炎大环内酯类耐药中的应用关联研究 被引量：5
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作者 李文博 张帆 +1 位作者 程云 张子轩 《儿科药学杂志》 2025年第2期32-36,共5页
目的:探究23S rRNA基因检测在儿童肺炎支原体肺炎(MPP)大环内酯类药物耐药中的作用。方法:回顾性分析2022年10月至2023年11月于六安市人民医院住院治疗的104例肺炎支原体(MP)感染患儿,采集所有患儿的咽拭子样本,应用药敏试验检测常用抗... 目的:探究23S rRNA基因检测在儿童肺炎支原体肺炎(MPP)大环内酯类药物耐药中的作用。方法:回顾性分析2022年10月至2023年11月于六安市人民医院住院治疗的104例肺炎支原体(MP)感染患儿,采集所有患儿的咽拭子样本,应用药敏试验检测常用抗菌药物对MP的敏感性,观察并分析MPP患儿的耐药情况,根据药敏试验结果将患儿分为耐药组与非耐药组,同时采用实时荧光定量PCR法(RT-qPCR)检测MP-DNA载量,并对其与抗菌药物耐药性的关系进行分析,应用PCR基因测序对23S rRNAⅤ区2063位点基因进行检测,并对2063位点基因型与抗菌药物耐药性的关系进行分析,同时对23S rRNAⅤ区2063位点基因型与MP-DNA载量的关系进行对比分析。结果:检测结果显示,MP在大环内酯类抗菌药物中的耐药性较高,其中在红霉素与罗红霉素药物中的耐药性最高,分别为71.15%、73.08%,阿奇霉素、克拉霉素、乙酰螺旋霉素、克林霉素、耐药率分别为25.00%、34.62%、52.88%、55.77%,在喹诺酮类抗菌药物中的耐药性较低,分别为3.85%、2.88%、0.00%;阿奇霉素、红霉素、克拉霉素以及克林霉素耐药组患儿MP-DNA载量指数明显较该抗菌药物非耐药组患儿更低(P<0.05);通过分析得出,23S rRNA基因2063位点基因突变对大环内酯类抗菌药物耐药产生了显著影响,通过对大环内酯类抗菌药物耐药的病例分析得出,2063位点基因G型突变率>60%;突变型基因组患儿MP-DNA的载量指数较野生型基因组更低(P<0.05)。结论:大环内酯类抗菌药物在治疗MP感染患儿中表现出较高的耐药性,其中23S rRNAⅤ区2063基因位点突变与MP耐药具有密切关联,因此,MP 23S rRNA基因测序能够作为临床治疗MPP患儿时进行耐药检测的有效手段,并为其合理使用抗菌药物提供参考。 展开更多
关键词 23S rrna基因 儿童 肺炎支原体 大环内酯类 抗菌药物 耐药性
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基于16S rRNA测序和网络药理学方法探讨参附注射液治疗心力衰竭的作用机制 被引量：1
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作者 赵震宇 李琳 胡志希 《湖南中医药大学学报》 2025年第2期239-249,共11页
目的探讨参附注射液治疗心力衰竭(以下简称“心衰”)的作用机制。方法30只雄性SD大鼠随机分为空白组(n=7)和造模组(n=23)。造模组大鼠采用异丙肾上腺素皮下注射法(5 mg·kg^(-1)·d^(-1),连续1周)制备心衰大鼠模型,空白组大鼠... 目的探讨参附注射液治疗心力衰竭(以下简称“心衰”)的作用机制。方法30只雄性SD大鼠随机分为空白组(n=7)和造模组(n=23)。造模组大鼠采用异丙肾上腺素皮下注射法(5 mg·kg^(-1)·d^(-1),连续1周)制备心衰大鼠模型,空白组大鼠经皮下注射等量生理盐水。造模完成后,将成模大鼠随机分为模型组(n=8)和参附组(n=8)。参附组大鼠腹腔注射参附注射液(6 mL·kg^(-1)·d^(-1),连续1周),空白组和模型组大鼠腹腔注射等量生理盐水。药物干预结束后,于麻醉状态下行心脏超声心动图检测;经腹主动脉取血,收集血液样本检测炎症指标;于结肠段收集粪便样本和结肠组织进行16S rRNA测序和HE染色;摘取大鼠心脏行HE染色。运用网络药理学方法,筛选参附注射液活性成分、靶点及心衰和差异菌群相关靶点,并对相同靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果与空白组比较,模型组大鼠射血分数(EF)、缩短分数(FS)下降(P<0.001),N末端B型利钠肽原(NT-proBNP)升高(P<0.001),脂多糖(LPS)、白细胞介素(IL)-6、IL-1β升高(P<0.001)。与模型组比较,参附组大鼠EF、FS升高(P<0.001),NT-proBNP下降(P<0.001),LPS、IL-6、IL-1β下降(P<0.01,P<0.001)。参附组与空白组的肠道菌群相似度高于模型组与空白组。群落组成和线性判别分析效应量(LEfSe)结果表明,与空白组比较,模型组大鼠多级物种丰度发生改变,上述改变在参附组中呈现回调趋势。网络药理学结果发现,“参附注射液-肠道菌群-心衰”的共同靶点为IL-10、IL-1β、IL-6、肿瘤坏死因子,并且GO功能、KEGG富集分析结果也与炎症反应密切相关。结论参附注射液可能通过调节肠道菌群,抑制机体炎症反应,进而改善心功能。 展开更多
关键词 参附注射液 心力衰竭 16S rrna 肠道菌群 网络药理学 异丙肾上腺素
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