桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析 被引量：18

1

作者 陈仁芳 张泽 +3 位作者 唐洲 余茂德 徐立 王茜玲 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1553-1561,共9页

【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点... 【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系。【结果】桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576—590 bp,G+C含量为59.55%—62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920—924 bp,A+T含量为65.87%—66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923—929 bp,A+T含量为67.28%—67.49%,17个信息位点。3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率—混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点。分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑。【结论】桑属trnL-F和rps16序列信息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然。基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型。 展开更多

关键词 桑属 ITS、trnL-F、rps16序列 MP分析法 进化关系

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基于叶绿体rps16基因和核基因ITS片段研究肉苁蓉属系统位置 被引量：10

2

作者 李汐 祝铭 +2 位作者 孙延霞 钟扬 李建强 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期431-436,共6页

在前人对列当科系统发育研究的基础上,追加了肉苁蓉属(Cistanche)的基因序列数据,运用最大简约法、最大似然法和贝叶斯推断方法探讨了其在列当科中的系统位置及列当科中属间关系。基于rps16基因序列及rps16+ITS联合序列建立了列当科系... 在前人对列当科系统发育研究的基础上,追加了肉苁蓉属(Cistanche)的基因序列数据,运用最大简约法、最大似然法和贝叶斯推断方法探讨了其在列当科中的系统位置及列当科中属间关系。基于rps16基因序列及rps16+ITS联合序列建立了列当科系统发育树,结果显示,肉苁蓉属、列当属(Orobanche)以及草苁蓉属(Bos-chniakia)聚在同一进化枝内,肉苁蓉属和列当属表现出最近亲缘关系;列当科中的全寄生类群、半寄生类群和非寄生类群分属在3个不同分支中。 展开更多

关键词 列当科 肉苁蓉属 rps16 ITS 系统发育树

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基于叶绿体DNA rps16序列的福建泰宁野生铁皮石斛多样性分析 被引量：6

3

作者 曹奕鸯 江金兰 +2 位作者 李永清 雷伏贵 叶炜 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2016年第8期833-838,共6页

为了解福建泰宁野生铁皮石斛种源的多样性,对75份泰宁野生铁皮石斛及其他石斛属药用植物叶绿体DNArps16序列进行分析。结果表明:75份石斛属药用植物种间平均遗传距离为0.006 6,泰宁野生铁皮石斛种内平均遗传距离为0.00 06。38份泰宁野... 为了解福建泰宁野生铁皮石斛种源的多样性,对75份泰宁野生铁皮石斛及其他石斛属药用植物叶绿体DNArps16序列进行分析。结果表明:75份石斛属药用植物种间平均遗传距离为0.006 6,泰宁野生铁皮石斛种内平均遗传距离为0.00 06。38份泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNArps16序列比对后,共得到5个多态性位点,多态性位点数占总数的25%,种内基于K-2P遗传距离最大为0.003 4,表明泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNA rps16序列变异较大,多样性较高。此外,在泰宁野生铁皮石斛的5种rps16核苷酸序列中,T2型、T65型、D5型为参比铁皮石斛种质中的独有类型。 展开更多

关键词 铁皮石斛 叶绿体DNA rps16序列

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特色桑品种资源ITS、TrnL-F和rps16序列与亲缘关系分析 被引量：5

4

作者 刘玲 张佳钰 +7 位作者 范小敏 陈祥平 柯皓天 黄昊翔 贾庭豪 李天星 付乐章 陈仁芳 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1074-1079,共6页

为了更好地开发利用特色桑树品种,分析了龙桑、龙须桑等12个特色桑资源ITS、TrnL-F、rps16碱基序列的长度、G＋C含量、亲缘关系、遗传距离及信息变异位点。结果表明,ITS间隔区（包括5.8S）全长为576-590 bp,G＋C含量59.38%-60.17%;TrnL-... 为了更好地开发利用特色桑树品种,分析了龙桑、龙须桑等12个特色桑资源ITS、TrnL-F、rps16碱基序列的长度、G＋C含量、亲缘关系、遗传距离及信息变异位点。结果表明,ITS间隔区（包括5.8S）全长为576-590 bp,G＋C含量59.38%-60.17%;TrnL-F间隔区（包括TrnL内含子）全长为920-923 bp,G＋C含量为34.02%-34.24%;rps16内含子全长为929-947 bp,G＋C含量为32.51%-33.26%。亲缘关系分析显示,分支图首先将外类群—构树分出,紧接着分出的是新疆黑桑。再依次为咸丰长穗桑、钦州长果桑、神农华桑、广东大10、雅安白桑、斯里兰卡1号、湖北蒙桑4号、龙桑、和田白桑,龙须桑、剑持、小冠桑在分支树的最顶层。根据外类群确定法,新疆黑桑为原始类型,龙须桑、剑持、小冠桑为最进化类型。遗传距离分析显示,新疆黑桑、剑持、咸丰长穗桑、钦州长果桑、小冠桑与其他桑属材料的遗传距离分别为1.0-1.3、0.2-0.3、0.1-0.4、0.1-0.2、0-0.3,龙桑、斯里兰卡1号、雅安白桑、和田白桑、广东大10、龙须桑、湖北蒙桑4号与其他桑属材料间遗传距离差异不大。信息变异位点分析显示共有14个信息位点,占总位点数的0.5564%。变异主要发生在外类群—构树和新疆黑桑,且变异大多集中在ITS区域。ITS、TrnL-F和rps16三片段分析桑属的亲缘关系,信息位点不足,有待深入研究。 展开更多

关键词 特色桑资源 ITS、TrnL-F、rps16序列 遗传距离 亲缘关系

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基于cpDNA rps16序列分析兰考泡桐与白花泡桐和毛泡桐的遗传关系 被引量：2

5

作者 莫文娟 李少锋 +5 位作者 邱乾栋 孙长忠 汤志敏 乔杰 杜红岩 傅建敏 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2016年第3期377-382,共6页

【目的】通过测序法分析兰考泡桐与白花泡桐和毛泡桐在叶绿体rps16序列上的遗传差异,旨在分析三者之间在叶绿体基因上的变化特点和规律,探讨其种间的遗传关系。【方法】选取兰考泡桐、白花泡桐和毛泡桐各15个样本,对其提取的DNA用PCR扩... 【目的】通过测序法分析兰考泡桐与白花泡桐和毛泡桐在叶绿体rps16序列上的遗传差异,旨在分析三者之间在叶绿体基因上的变化特点和规律,探讨其种间的遗传关系。【方法】选取兰考泡桐、白花泡桐和毛泡桐各15个样本,对其提取的DNA用PCR扩增获得特异片段,并将其纯化与测序。利用软件Clustal X 2.0对所得序列进行排序;运行MEGA 4软件,进行多序列比对,分析其序列特征,并计算出K2P遗传距离。【结果】(1)对获得的rps16序列进行测定分析,得兰考泡桐序列长度分别为932 933 bp;白花泡桐序列长度为932 bp;毛泡桐序列长度分别为916918 bp。对所得rps16序列进行排序后的长度为938 bp,平均GC含量为34.31%。3个种所代表的个体之间共有10个变异位点,占整个序列长度的1.07%。其中有9个变异位点属于碱基插入或缺失类型,占变异位点总数的90%,占整个序列长度的0.96%。有1个变异位点属于碱基替换类型,占整个变异位点总数的10%,占整个序列长度的0.11%。(2)整个rps16片段的序列共有10个变异位点,其中兰考泡桐与白花泡桐在总的变异位点上,具有一致的碱基位点9个,占总变异的90%。而兰考泡桐与毛泡桐相比,没有相同的碱基。【结论】根据三种泡桐的rps16序列的序列特征和变异位点的分析,表明在叶绿体遗传方面,兰考泡桐具有与白花泡桐更多相似的遗传物质,其亲缘关系较近。综上所述,推测兰考泡桐与白花泡桐可能来自同一母系遗传。 展开更多

关键词 兰考泡桐 白花泡桐 毛泡桐 rps16

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四川黑熊RPS16亚基基因的克隆与序列分析 被引量：3

6

作者 王婷 侯怡铃 +4 位作者 丁祥 孙冰 苏秀兰 李俊 侯万儒 《西华师范大学学报（自然科学版）》 2012年第4期350-355,共6页

根据已报道的部分哺乳动物RPS16基因的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,从四川黑熊的肌肉组织总RNA中对核糖体蛋白亚基RPS16基因的表达序列进行克隆、测序和分析.结果表明:四川黑熊RPS16基因的表达序列全长为481bp,开放阅读框(ORF)为44... 根据已报道的部分哺乳动物RPS16基因的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,从四川黑熊的肌肉组织总RNA中对核糖体蛋白亚基RPS16基因的表达序列进行克隆、测序和分析.结果表明:四川黑熊RPS16基因的表达序列全长为481bp,开放阅读框(ORF)为441bp,编码146个氨基酸,相对分子质量为16.4KDa,pI为10.81.拓扑预测显示含有6个类型的功能位点:1个依赖cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,3个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶II磷酸化位点,2个N-糖基化位点,1个乙酰化位点及1个核糖体蛋白S9信号位点.进一步分析发现,四川黑熊RPS16基因与已报道的大熊猫、牛、野猪、人、小家鼠和褐家鼠等6个哺乳动物物种的表达序列及其编码的氨基酸序列有很高的相似性,说明RPS16基因具有高度的遗传稳定性和功能一致性. 展开更多

关键词 四川黑熊(Ursus thibetanus mupinensis) RT—PCR rps16 克隆 序列分析

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基于叶绿体DNA RPS16序列的血叶兰多样性分析 被引量：3

7

作者 郑涛 邹龙运 +3 位作者 蔡坤秀 杨俊杰 江莉 陈振东 《福建热作科技》 2022年第2期1-5,共5页

为了解闽南地区血叶兰种质资源的多样性,对8份血叶兰叶绿体DNA RPS16序列进行分析。结果表明,8份血叶兰种质资源的遗传距离范围在0~0.108之间,共136个多态位点,占总数的34%。利用MEGA7.0软件,基于K-2P遗传距离,采用邻接法构建系统进化... 为了解闽南地区血叶兰种质资源的多样性,对8份血叶兰叶绿体DNA RPS16序列进行分析。结果表明,8份血叶兰种质资源的遗传距离范围在0~0.108之间,共136个多态位点,占总数的34%。利用MEGA7.0软件,基于K-2P遗传距离,采用邻接法构建系统进化树模型,将8份叶绿体DNARPS16分两个分支:S6和S1/S2/S3/S4/S5/S7/S8,应用clustalW对两两基因进行序列比对,一致性在78.69%~99.75%之间,表明血叶兰叶绿体DNA RPS16有着较大的变异。 展开更多

关键词 血叶兰 叶绿体DNA rps16序列

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12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列与亲缘关系分析

8

作者 范小敏 陈祥平 +7 位作者 柯皓天 张泽华 孙伟亭 付云 张群才 魏亮 梁燕梅 陈仁芳 《四川蚕业》 2012年第1期7-10,21,共5页

报道了12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列长度、G+C%、变异位点及亲缘关系,分析了它们的栽培适生范围。ITS序列576-590 bp,G+C%59.45-60.17,27个变异位点。TrnL-F基因间区920-923bp,G+C%34.02-34.24,5个变异位点,rps16内含子929bp,G+C... 报道了12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列长度、G+C%、变异位点及亲缘关系,分析了它们的栽培适生范围。ITS序列576-590 bp,G+C%59.45-60.17,27个变异位点。TrnL-F基因间区920-923bp,G+C%34.02-34.24,5个变异位点,rps16内含子929bp,G+C%32.51-33.26;19个变异位点。神农架华桑♀与珙县川桑有较近的亲缘关系,宜长江流域栽植。龙桑、龙须桑、新疆白桑、剑持、小官桑与神农鸡桑1号、改良鼠返、乌克兰白桑有较近的亲缘关系,雅安白桑与神农架山桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以北栽植。雅周桑与湖北蒙桑4号、四川高海拔鸡桑有较近的亲缘关系,宜在长江流域山区栽植。广东桑"大十"与湖北白桑、越南白桑、印度55有较近的亲缘关系,钦州长果桑与斯里兰卡桑3号有较近的亲缘关系,咸丰长穗桑与利川长穗桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以南栽植。 展开更多

关键词 桑属 特殊桑资源 ITS TrnL-F rps16序列 亲缘关系 适生区域

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基于叶绿体matK和rps16基因序列的黄精属药用植物亲缘关系分析 被引量：14

9

作者 沈晓霞 孙健 王志安 《中国现代中药》 CAS 2021年第2期275-279,325,共6页

目的:开发适用于区分黄精属主要药用植物的DNA条形码序列,分析物种间亲缘关系。方法:设计黄精属专用的matK和rps 16基因扩增引物,扩增得到多花黄精、长梗黄精、黄精、滇黄精、玉竹、湖北黄精的相应序列,比较序列的种内和种间变异、条形... 目的:开发适用于区分黄精属主要药用植物的DNA条形码序列,分析物种间亲缘关系。方法:设计黄精属专用的matK和rps 16基因扩增引物,扩增得到多花黄精、长梗黄精、黄精、滇黄精、玉竹、湖北黄精的相应序列,比较序列的种内和种间变异、条形码序列间隔,构建系统发育树,分析38份样品的系谱关系。结果:matK基因的种内变异度高于rps 16,rps 16基因的种间变异度高于matK,结合matK和rps 16基因序列可以应用于区分黄精属的主要药用植物。结论:结合matK和rps 16基因序列的信息可以用于区分黄精属的主要药用植物。 展开更多

关键词 黄精属 MATK rps 16 多花黄精 长梗黄精

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EcoTILLING高通量分析甘蓝型油菜种质叶绿体rps16基因的多态性

10

作者 蔡梦鲜 乔江伟 +3 位作者 闫贵欣 吴金锋 李再云 伍晓明 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1067-1076,共10页

叶绿体rps16基因作为叶绿体重要基因,广泛应用于植物系统发育研究,而甘蓝型油菜rps16基因多态性研究尚未见报道。本研究利用二维Eco TILLING(ecotype targeting induced local lesions in genomes)技术及Sanger测序技术对全球256份甘蓝... 叶绿体rps16基因作为叶绿体重要基因,广泛应用于植物系统发育研究,而甘蓝型油菜rps16基因多态性研究尚未见报道。本研究利用二维Eco TILLING(ecotype targeting induced local lesions in genomes)技术及Sanger测序技术对全球256份甘蓝型油菜种质资源的rps16基因进行多态性分析。结果发现,256份甘蓝型油菜rps16基因有5个多态性位点,经测序检测其存在4种单倍型;5个SNP位点都位于非编码序列上。研究结果表明,rps16基因在不同材料中具有丰富的遗传变异,可为其它基因遗传多样性研究提供借鉴,有助于对油菜种质资源进行评估和多样性分类。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 rps16基因 SNP EcoTILLING

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中国不同产地薤白ITS、rps16和trnL-F序列分析及亲缘关系分析

11

作者 石甜 莫忠妹 +1 位作者 吴敏 赵财 《植物学研究》 2020年第4期320-327,共8页

本文为探讨不同产地薤白(Allium macrostemon Bunge)的亲缘关系,以40个来自我国不同产地的薤白为材料,分别以ITS、rps16及trnL-F序列进行扩增并测序,分析其序列特征及亲缘关系。结果显示:我国不同产地薤白ITS序列平均长度为590 bp,G+C... 本文为探讨不同产地薤白(Allium macrostemon Bunge)的亲缘关系,以40个来自我国不同产地的薤白为材料,分别以ITS、rps16及trnL-F序列进行扩增并测序,分析其序列特征及亲缘关系。结果显示:我国不同产地薤白ITS序列平均长度为590 bp,G+C平均含量为50.64%;rps16序列平均长度为587 bp,G+C平均含量为29.66%;trnL-F序列平均长度为622 bp,G+C平均含量为38.16%。基于ITS+rps16+trnL-F联合序列构的最大简约法(maximum parsimony,MP)和贝叶斯(Bayesian inference,BI)系统发育树均表明,薤白为一单系种,总体可划分为位于西南地区的A组、沿海地区的B组和北方及东北的C组。研究表明,亲缘关系较近的居群,地理位置也较近,说明ITS+rps16+trnL-F联合序列可用于不同产地薤白的亲缘关系研究中,可以提供亲缘关系图谱,为薤白资源的开发、保护、利用及育种提供一定的科学资料。 展开更多

关键词 薤白 ITS rps16 trnL-F 亲缘关系

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基于网络药理学和生物信息学数据探究桂皮醛抗宫颈癌的潜在机制

12

作者 曙丽盼·木拉提 张苗苗 +2 位作者 马嘉宁 周彦文 张伟怡 《食品与药品》 2025年第1期1-5,共5页

目的探究桂皮醛(CA)抗宫颈癌(CVC)的潜在靶点,并对相关通路及靶点进行验证。方法采用Swiss Target Prediction数据库预测CA的作用靶点,利用STRING数据库对筛选后的50个预测靶点进行富集分析;通过Auto Dock Tools软件进行分子对接;通过... 目的探究桂皮醛(CA)抗宫颈癌(CVC)的潜在靶点,并对相关通路及靶点进行验证。方法采用Swiss Target Prediction数据库预测CA的作用靶点,利用STRING数据库对筛选后的50个预测靶点进行富集分析;通过Auto Dock Tools软件进行分子对接;通过生物信息学数据分析RPS16蛋白临床预后信息;采用CCK-8法检测CA对Hela细胞的抑制作用;采用Hoechst 33342荧光染色法测定细胞凋亡情况;采用蛋白质印迹(WB)法测定CA对磷脂酰肌醇-3-激酶/丝苏氨酸蛋白激酶(PI3K/Akt)信号通路以及RPS16的蛋白表达的影响。结果筛选得到50个CA的潜在靶点,主要聚集于PI3K/Akt通路,WB实验结果证实CA抑制了Akt、PI3K和Stat3的磷酸化。此外,CA能与RPS16结合并抑制其表达。结论RPS16可能是CA抗CVC的潜在靶点。 展开更多

关键词 桂皮醛 宫颈癌 凋亡 rps16

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RPS16-170/180高压辊磨机的国产化改造

13

作者 刘占波 韩国强 罗敏 《矿山机械》 北大核心 2014年第6期150-151,共2页

河北钢铁集团司家营研山铁矿引进的KHD公司生产的RPS16-170/180型高压辊磨机,自安装调试以来,入磨粒度不达标,辊面磨损速度快。随着设备的磨损老化,一些进口备件采购周期长,价格昂贵,辊压机维护成本逐年提高。对此,在吸收国外先进技术... 河北钢铁集团司家营研山铁矿引进的KHD公司生产的RPS16-170/180型高压辊磨机,自安装调试以来,入磨粒度不达标,辊面磨损速度快。随着设备的磨损老化,一些进口备件采购周期长,价格昂贵,辊压机维护成本逐年提高。对此,在吸收国外先进技术的基础上,提出了国产化改造方案。1设备运行现状如图1所示,司家营研山铁矿选矿厂粒度-12mm的矿石进入磨矿系统,碎矿工艺流程为:原矿—中碎—筛分—细碎—筛分—超细碎—磨矿。 展开更多

关键词 高压辊磨机 rps16-170/180 司家营 辊压机 磨损速度 河北钢铁集团 研山 磨矿 超细碎 辊面

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基于叶绿体DNA变异研究高山植物偏花报春的种内谱系地理结构(英文) 被引量：30

14

作者 王凤英 龚洵 +1 位作者 胡启明 郝刚 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2008年第1期13-22,共10页

横断山地区是许多温带植物的冰期避难所。为揭示该地区分布物种的亲缘地理结构,检测了该地区特有、分布相对较为普遍的偏花报春Primula secundiflora的叶绿体trnL-trnF和rps16区序列变异。研究了11个居群109个个体,一共发现了15种单倍... 横断山地区是许多温带植物的冰期避难所。为揭示该地区分布物种的亲缘地理结构,检测了该地区特有、分布相对较为普遍的偏花报春Primula secundiflora的叶绿体trnL-trnF和rps16区序列变异。研究了11个居群109个个体,一共发现了15种单倍型。只有一种单倍型为3个居群所共有,其他单倍型都只存在于单个居群内。总的遗传多样性较高(HT=0.966),但居群内遗传多样性较低(HS=0.178)。尽管种内形态十分一致,居群间却存在高水平的遗传分化(FST=0.976)。NST(0.982)显著高于GST(0.816),表明偏花报春在居群间存在明显的亲缘地理结构。单倍型聚成四个主要的分支:三个分支的单倍型分布在北部,而另一分支的单倍型分布在南部。四个分支的隔离分布表明该物种在冰期存在多个避难所。未发现在其他温带物种中广泛存在的间冰期或者冰期后物种分布范围的统一扩张现象。但是,在气候变迁过程中由于居群增长-缩小反复发生,多数居群的遗传多样性降低。这些推断也被巢式分支分析所证实,距离隔离而导致的限制性基因流以及异域片断化被认为是该物种现有单倍型分布格局形成的主要原因。这种独特的谱系地理结构主要是由于气候变迁与该地区复杂的地质环境相结合造成的。 展开更多

关键词 亲缘地理学 偏花报春 叶绿体DNA TRNL-TRNF rps16 横断山

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利用分子遗传标记分析浙江地区浮萍多样性 被引量：8

15

作者 王敏雅 陆菲 +5 位作者 毛杉杉 李岚 张琼 刘莉 采克俊 曹访 《安徽农业科学》 CAS 2012年第31期15127-15128,15218,共3页

[目的]利用分子遗传标记对浙江地区的浮萍多样性进行分析。[方法]收集浙江省不同地区的6株浮萍,通过形态学特征、叶绿体基因组的rpS16内含子序列及atpF-atpH条形码序列分析浮萍的遗传多样性。[结果]形态学鉴定表明,HN-YG-3和HZ-YXY-1浮... [目的]利用分子遗传标记对浙江地区的浮萍多样性进行分析。[方法]收集浙江省不同地区的6株浮萍,通过形态学特征、叶绿体基因组的rpS16内含子序列及atpF-atpH条形码序列分析浮萍的遗传多样性。[结果]形态学鉴定表明,HN-YG-3和HZ-YXY-1浮萍属紫萍属,而HZ-HZY-2、HA-LP-4、HA-HSD-5和ZS-DH-6浮萍属浮萍属。atpF-atpH序列分析表明,HZ-HSD-5浮萍和HZ-HZY-2浮萍亲缘关系最近;rpS16内含子序列分析表明,ZS-DH-6浮萍和HA-HSD-5浮萍亲缘关系最近。[结论]叶绿体基因组和atpF-atpH条形码序列分子遗传标记较形态学鉴定更能反映出浮萍遗传多样性的特点,为今后浮萍资源的开发利用提供了更多的参考依据。 展开更多

关键词 浮萍 rps16 atpF-atpH 分子标记 遗传多样性

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基于叶绿体基因的药用梅群体遗传学研究 被引量：3

16

作者 欧金梅 杨亚湉 +3 位作者 钱程程 吴瑞 王瑞 黄璐琦 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2022年第17期5469-5475,共7页

目的 对药用梅Prunusmume开展群体遗传学研究,揭示其遗传变异情况、单倍型地理分布格局,推测其起源和多样化中心。方法 采用叶绿体基因片段(psb A-trn H、rps16、trn S-trnG、ycf1b)对我国23个地区的药用梅野生群体进行测序,开展群体遗... 目的 对药用梅Prunusmume开展群体遗传学研究,揭示其遗传变异情况、单倍型地理分布格局,推测其起源和多样化中心。方法 采用叶绿体基因片段(psb A-trn H、rps16、trn S-trnG、ycf1b)对我国23个地区的药用梅野生群体进行测序,开展群体遗传多样性、遗传结构和历史动态分析。结果 药用梅共检测出20个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.790,核苷酸多样性(π)为0.001 71。AMOVA分析显示,药用梅在cp DNA水平上的遗传变异主要发生在群体间,表明该物种具有明显的谱系地理结构,群体间基因流主要以花粉流为主。中性检验和失配分布分析表明药用梅群体历史是基本稳定的,没有经历明显的快速扩张事件。单倍型中H2是分布最广泛的共享单倍型,H1、H15位于单倍型网络图中心位置。结论 药用梅具有明显的谱系地理结构,群体遗传性较高,四川、福建作为药用梅主产区,也是其起源和多样化中心。 展开更多

关键词 梅 叶绿体基因 群体遗传学 谱系地理学 PSBA-TRNH rps16 trnS-trnG ycf1b

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棣棠花的遗传多样性初探

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作者 张晓芸 李晓艳 +3 位作者 郭建玲 王海霞 钱少娟 张永洪 《云南师范大学学报（自然科学版）》 2018年第5期49-55,共7页

棣棠花是蔷薇科棣棠花属一种极具药用价值和观赏价值的野生植物资源,从8个叶绿体DNA序列和1个核DNA序列中筛选出1个有效DNA片段rps16,利用其对棣棠花6个居群58个个体进行了遗传多样性研究,以期为该物种的资源评价和利用奠定基础.结果显... 棣棠花是蔷薇科棣棠花属一种极具药用价值和观赏价值的野生植物资源,从8个叶绿体DNA序列和1个核DNA序列中筛选出1个有效DNA片段rps16,利用其对棣棠花6个居群58个个体进行了遗传多样性研究,以期为该物种的资源评价和利用奠定基础.结果显示:rps16序列矩阵长度为607bp,共检测到9个核苷酸变异位点和11个单倍型,居群总的遗传多样性(HT)为0.884,单倍型多态性(Hd)为0.778,核苷酸多态性(π)为0.001 2.棣棠花居群间遗传变异(62.84%)大于居群内遗传变异(37.16%),居群间变异是其主要变异来源;6个居群间具有较高的遗传分化(Gst=0.653,Nst=0.600,Fst=0.628 4),基因流水平较低(Nm=0.128 5).失配分析结果表明种群在进化过程中曾经历过快速扩张,中性检验支持上述结果:Tajima's D=-1.019 04(P>0.1);Fu and Li's D=-2.056 07(0.1>P>0.05);Fu and Li's F=-2.020 36(0.1>P>0.05).研究结果表明:棣棠花居群遗传多样性较高,居群间存在较高的遗传分化,奠基者效应和瓶颈效应可能是主要的影响因素. 展开更多

关键词 棣棠花 rps16 遗传多样性 遗传结构

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典型温带季风地区浮萍科植物遗传多样性 被引量：4

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作者 张震宇 韩冰莹 +3 位作者 孙雪飘 付莉莉 叶松建 张家明 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期656-664,共9页

吉林省为典型温带季风地区,其浮萍科植物资源具有与中国热带、亚热带地区不同的特点。在吉林省各地共收集到41份浮萍种质资源,通过形态学分类和基于叶绿体atpF-atpH间隔序列和rpS16内含子序列的分子生物学鉴定,这些种质分别属于紫萍属(S... 吉林省为典型温带季风地区,其浮萍科植物资源具有与中国热带、亚热带地区不同的特点。在吉林省各地共收集到41份浮萍种质资源,通过形态学分类和基于叶绿体atpF-atpH间隔序列和rpS16内含子序列的分子生物学鉴定,这些种质分别属于紫萍属(Spirodela)和青萍属(Lemna),共有Spirodela polyrhiza、Lemna perpusilla、Lemna turionifera、Lemna aequinoctialis等4个物种。除L.aequinoctialis仅发现一份种质外,其余三种分布较为均等,其中S.polyrhiza、L.perpusilla、L.turionifera分别有12、13、15份种质。遗传多样分析结果表明,叶绿体基因组中atpF-atpH和rpS16的核苷酸多样性指数分别为0.034 04和0.065 31,平均每Kb核苷酸差异数分别为21.446和60.544,单倍型多样性指数分别为0.696和0.750。通过与南方地区浮萍科植物对比发现,吉林省浮萍科植物缺少芜萍属(Wolffia)和少根紫萍属(Landoltia),且L.aequinoctialis的分布远远低于南方,总体上遗传多样性较小。本研究为浮萍科物种鉴别和种间亲缘关系分析提供分子依据,有利于今后对东北地区乃至其它温带季风地区浮萍科植物的研究。 展开更多

关键词 浮萍 形态学分类 atpF-atpH rps16 遗传多样性

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