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GeneXpert MTB/RIF检测利福平耐药肺结核患者rpoB基因耐药决定区突变
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作者 胡月红 姚向阳 黄炳旭 《临床检验杂志》 2025年第7期520-523,共4页
目的检测GeneXpert结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)阳性且利福平耐药肺结核病患者的rpoB基因探针的突变分布与频率,探讨利福平耐药基因的突变特征。方法纳入2016年1月至2021年12月于厦门市杏林医院就诊的肺结核病患者276... 目的检测GeneXpert结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)阳性且利福平耐药肺结核病患者的rpoB基因探针的突变分布与频率,探讨利福平耐药基因的突变特征。方法纳入2016年1月至2021年12月于厦门市杏林医院就诊的肺结核病患者276例,均经GeneXpert结核分枝杆菌及利福平耐药技术(GeneXpert MTB/RIF)检测MTB阳性且利福平耐药。进一步分析MTB半定量水平与涂片、培养阳性率的关系,探讨rpoB基因耐药决定区的突变特征,并以表型药敏为参考标准,分析利福平的耐药情况。结果在276例肺结核病患者标本中,GeneXpert MTB/RIF检测MTB半定量水平为极低水平者占比17.75%(49/276),低水平者占比24.28%(67/276),中水平者占比37.32%(103/276),高水平者占比20.65%(57/276),其涂片阳性率分别为44.19%(19/43)、62.30%(38/61)、95.92%(94/98)、100.00%(55/55),培养阳性率分别为64.58%(31/48)、78.46%(51/65)、93.14%(95/102)、98.18%(54/55);涂片阳性率和培养阳性率均随MTB半定量水平的升高而升高(P<0.001)。突变特征检测结果发现,单探针突变236例(85.51%),双探针突变13例(4.71%),三探针突变1例(0.36%),无探针突变但ΔCt值(分子信标早期Ct值与晚期Ct值之差)>4且耐药26例(9.42%)。单探针突变频率由高到低分别为探针E(53.62%,对应位点为529~533),探针D(15.58%,对应位点为523~529),探针A(9.06%,对应位点为507~511),探针B(6.52%,对应位点为512~518),探针C(0.72%,对应位点为518~523)。双探针突变频率较高的类型为A+D(2.17%)和A+B(1.45%),三探针突变类型为A+B+D(0.36%)。以表型药敏为参考标准,GeneXpert MTB/RIF检测利福平耐药的敏感性和特异性分别为94.97%(95%CI:91.53~98.40)和96.88%(95%CI:95.90~97.86),一致性达96.66%(95%CI:95.71~97.61),Kappa值为0.849(95%CI:0.806~0.892),检测利福平耐药无探针突变组(15例)的准确性低于有探针突变组(174例),差异有统计学意义(P<0.001)。结论GeneXpert MTB/RIF可以早期、快速诊断利福平耐药肺结核病。患者利福平耐药结核分枝杆菌rpoB基因突变以单探针突变为主,并以探针E、探针D突变最多,探针C突变最少。 展开更多
关键词 GeneXpert MTB/RIF技术 结核分枝杆菌 利福平耐药 rpob基因 基因探针
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2型糖尿病合并肺结核患者空腹血糖水平与痰涂片、T-SPOT.TB结果的关系及结核分枝杆菌rpoB基因检测临床意义 被引量:3
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作者 余彦廷 钟磊 +3 位作者 万荣 张华杰 黄睿 张琳 《传染病信息》 2024年第2期137-141,共5页
目的探究2型糖尿病(type 2 diabetes nephropathys,T2DM)合并肺结核患者空腹血糖(fasting plasma glucose,FPG)水平与痰涂片、结核分枝杆菌T细胞斑点实验(T-cell spot test for tuberculosis infection,T-SPOT.TB)结果的关系及结核分枝... 目的探究2型糖尿病(type 2 diabetes nephropathys,T2DM)合并肺结核患者空腹血糖(fasting plasma glucose,FPG)水平与痰涂片、结核分枝杆菌T细胞斑点实验(T-cell spot test for tuberculosis infection,T-SPOT.TB)结果的关系及结核分枝杆菌rpoB基因检测的临床意义。方法选取2022年1月—2023年1月昆明市第三人民医院收治102例T2DM合并肺结核患者作为研究组,另选同期在我院治疗的102例单纯肺结核患者作为对照组。比较2组临床资料、痰涂片和T-SPOT.TB检查结果,并对研究组不同FPG水平患者痰涂片阳性率、T-SPOT.TB阳性率进行比较,分析痰涂片阳性率、T-SPOT.TB阳性率与患者FPG水平的相关性。对2组进行结核分枝杆菌培养,分离利福平(rifampicin,RFP)耐药菌株和敏感菌株,比较2组2种菌株rpoB基因检测结果。结果研究组咳嗽、呼吸困难、厌食、盗汗、胸痛、咯血、发热发生率、痰涂片阳性率、T-SPOT.TB阳性率均高于对照组(P均<0.05)。不同FPG水平患者痰涂片阳性率比较,差异具有统计学意义(P=0.003);T-SPOT.TB阳性率比较,差异无统计学意义(P=0.262);痰涂片阳性率与T2DM合并肺结核患者FPG水平呈正相关(rs=0.386,P=0.015),T-SPOT.TB阳性率与FPG水平无明显相关性(rs=0.127,P=0.326)。研究组RFP耐药菌株多于对照组,研究组RFP耐药菌株rpoB基因突变率高于RFP敏感菌株(P均<0.05)。结论T2DM合并肺结核患者FPG水平与痰涂片结果呈正相关,但与T-SPOT.TB结果无相关性。与单纯肺结核患者相比,T2DM合并肺结核患者更易感染耐药株。通过检测耐药基因rpoB,可快速识别检测结核分枝杆菌对RFP耐药性,为临床治疗提供科学指导。 展开更多
关键词 肺结核 2型糖尿病 结核分枝杆菌 rpob基因 痰涂片 T-SPOT.TB
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糖尿病对结核分枝杆菌rpoB基因耐药位点突变影响的相关性 被引量:1
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作者 吴海丰 刘瑞 +4 位作者 王洁莹 李小丽 吴秋萍 俞亚转 李文庭 《中国热带医学》 CAS 北大核心 2024年第9期1094-1099,共6页
目的了解耐药肺结核合并糖尿病患者利福平rpoB基因突变位点的分子特征,探讨合并糖尿病是否影响利福平耐药相关基因突变,为肺结核合并糖尿病共病的防治提供数据支持。方法选取2022—2023年在海南医学院第二附属医院就诊经痰液或肺泡灌洗... 目的了解耐药肺结核合并糖尿病患者利福平rpoB基因突变位点的分子特征,探讨合并糖尿病是否影响利福平耐药相关基因突变,为肺结核合并糖尿病共病的防治提供数据支持。方法选取2022—2023年在海南医学院第二附属医院就诊经痰液或肺泡灌洗液分枝杆菌培养和药敏试验确诊为利福平耐药肺结核患者170例。根据是否合并糖尿病分为单纯耐利福平肺结核组(RR-TB)102例和耐利福平肺结核合并糖尿病组(RR-TB+DM)68例。采用微阵列芯片法对所有患者的痰液或肺泡灌洗液样本进行利福平rpoB基因位点检测,分析两组患者的利福平耐药基因位点突变特征和差异。结果男性、复治、涂阳、40~<60岁年龄段人群发生利福平耐药比例较高,但两组差异均无统计学意义(P>0.05);20~<40岁年龄段患者在RR-TB+DM组的比例(11.8%,8/68)显著低于RR-TB组(24.5%,25/102)(χ^(2)=4.237,P<0.05);两组患者rpoB基因突变位点均以531、526和511位点为主,但位点突变频率的排序略有不同。RR-TB+DM组最常见的突变位点依次为531(57.4%,39/68)、526(19.1%,13/68)和511(8.9%,6/68),而RR-TB组则为531(51.9%,53/102)、526(18.6%,19/102)和511(14.8%,15/102),但两组间差异无统计学意义(P>0.05);531突变主要以TCG→TTG为主,526主要有4种突变类型,其中CAC→TAC为主要突变类型,RR-TB组526主要突变型为CAC→GAC,而在RRTB+DM组中526位点无CAC→GAC突变,两组比较差异有统计学意义(P<0.05),511主要以CTG→CCG突变为主,但两组比较无显著性差异(P>0.05)。结论合并糖尿病肺结核rpoB526CAC→GAC突变率及20~<40岁利福平耐药占比明显低于单纯肺结核,提示糖尿病可能影响该位点的基因突变。 展开更多
关键词 耐药肺结核 糖尿病 利福平 rpob基因 突变位点
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西安地区256例Gene Xpert MTB/RIF阳性肺结核患者rpoB基因突变特征分析
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作者 崔尖 贺志清 《国际医药卫生导报》 2024年第12期1988-1992,共5页
目的分析西安地区256例利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术(Gene Xpert MTB/RIF)阳性肺结核患者rpoB基因突变特征。方法本研究为回顾性分析。256株结核分枝杆菌(MTB)菌株分离自2020年6月至2022年6月于陕西省结核病防治院就诊的Gene... 目的分析西安地区256例利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术(Gene Xpert MTB/RIF)阳性肺结核患者rpoB基因突变特征。方法本研究为回顾性分析。256株结核分枝杆菌(MTB)菌株分离自2020年6月至2022年6月于陕西省结核病防治院就诊的Gene Xpert MTB/RIF阳性肺结核门诊及住院患者,菌株无重复收集,来自痰液标本174份、支气管肺泡灌洗液标本82份,患者年龄(45.67±8.36)岁。采用DNA直接测序法对256株利福平耐药MTB菌株rpoB基因的PCR产物进行分析。将256株利福平耐药MTB菌株根据利福平耐药程度分为低、中、高耐药MTB菌株,采用χ^(2)检验比较3种菌株突变位点。人工诱导3株利福平耐药MTB菌株,采用DNA直接测序法对其rpoB基因的PCR产物进行分析。结果测序报告显示,256株利福平耐药MTB菌株中有253株发生rpoB基因位点突变,突变率为98.83%(253/256)。突变类型包括C→T、T→G、C→G、A→T、C→A、A→G、G→A、G→T、T→C、A→C共计10种,涉及丝氨酸、亮氨酸、丙氨酸、组氨酸、酪氨酸、谷氨酸、赖氨酸、精氨酸、天冬氨酸、脯氨酸、蛋氨酸、缬氨酸、异亮氨酸、甘氨酸共14个氨基酸密码子,均为点突变。利福平耐药菌株突变主要集中在531位[53.75%(136/253)]、526位[23.32%(59/253)],其他位点包括513、516、533、515、513、532、522、511、519、518、533。高耐药MTB菌株531位氨基酸突变发生率与低、中耐药MTB菌株比较[66.91%(91/136)比37.88%(25/66)、37.04%(20/54)],差异有统计学意义(χ^(2)=22.154,P<0.001);低、中耐药MTB菌株531位氨基酸突变发生率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。低、中、高耐药MTB菌株526位氨基酸突变发生率比较[22.73%(15/66)、25.93%(14/54)、22.06%(30/136)],差异无统计学意义(χ^(2)=0.331,P=0.847)。人工诱导的3株利福平耐药MTB菌株均发生rpoB基因位点突变,低、中耐药MTB菌株突变均位于526位点,高耐药MTB菌株突变位于531位点。结论西安地区Gene Xpert MTB/RIF阳性肺结核患者rpoB基因突变率较高,以点突变为主,主要集中在531位、526位,531位TCG→TTG突变在rpoB基因突变类型中突变频率最高,且与高耐药有关。 展开更多
关键词 肺结核 利福平耐药 实时荧光定量核酸扩增检测 rpob基因 突变特征
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山东省耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变的研究 被引量:6
5
作者 王海英 徐勇 +4 位作者 邓云峰 潘晞 Edward Graviss 马欣 刘志敏 《中国防痨杂志》 CAS 2005年第5期289-292,共4页
目的分析山东省利福平耐药结核菌株rpoB基因突变特点。方法本研究为回顾性调查,135株样本分别取自1997、2000及2003年的流行病学调查和医院的临床样本。采用PCR直接基因测序法分析rpoB基因突变。结果135株结核菌中,60株为利福平耐药菌株... 目的分析山东省利福平耐药结核菌株rpoB基因突变特点。方法本研究为回顾性调查,135株样本分别取自1997、2000及2003年的流行病学调查和医院的临床样本。采用PCR直接基因测序法分析rpoB基因突变。结果135株结核菌中,60株为利福平耐药菌株,其中55株(91.7%)rpoB基因的利福平耐药决定区(RRDR)有突变。突变频率依次为密码子531(60.0%),526(29.1%)和516(7.3%)。1株耐药菌同时发生了少见的3个密码子(511,515,518)的多核苷酸突变。75株敏感菌株中,仅3株(4.0%)有突变,均发生在密码子533,包括一个新发现的突变基因型CTG(Leu)→ATG(Met)。结论来自山东省结核菌中,利福平耐药表型与rpoB基因突变的符合率为94.1%,并提示密码子533突变与利福平耐药表型相关性较低。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 rpob基因 基因测序 耐利福平结核分枝杆菌 rpob基因突变 山东省 耐药结核菌株 流行病学调查 临床样本 耐药菌株 耐药表型 回顾性调查
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中国耐多药结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因突变特点 被引量:23
6
作者 乐军 曾而良 +3 位作者 谢建平 李瑶 梁莉 王洪海 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第12期1332-1336,共5页
为阐明中国耐多药结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因的突变特征 ,对 86株结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因两个区域 ,包括 81个碱基利福平抗药性决定区 (rifampinresistancedeterminingregion ,RRDR)和V176F区进行序列测定。其中 72株耐多... 为阐明中国耐多药结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因的突变特征 ,对 86株结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因两个区域 ,包括 81个碱基利福平抗药性决定区 (rifampinresistancedeterminingregion ,RRDR)和V176F区进行序列测定。其中 72株耐多药分离株中的 6 5株rpoB基因的RRDR区存在 2 2种不同类型突变、2 1种点突变和一个插入突变。最常见的突变部位分别位于密码子 5 31(4 1% )、5 2 6 (4 0 % )和 5 16 (4 % ) ,10 %耐药分离株未检测到突变。鉴定了RRDR内 6个新的等位基因 ,以及RRDR外部区域 5个新的突变。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 耐药性 rpob基因 突变频率 DNA序列分析
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结核分枝杆菌rpoB基因突变特征与利福平耐药水平关系的研究 被引量:22
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作者 胡族琼 刘燕文 +6 位作者 周文 高璐璐 陈俊宇 谢伟胜 周德旺 曾少芳 钟炳棠 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期39-44,50,共7页
目的了解结核分枝杆菌rpoB基因突变特征与利福平耐药水平的关系。方法测定266株(109株利福平耐药株,157株利福平敏感株)结核分枝杆菌利福平MIC值及其rpoB基因序列,分析不同突变特征的菌株其利福平MIC值的差异。结果 109株利福平耐药株r... 目的了解结核分枝杆菌rpoB基因突变特征与利福平耐药水平的关系。方法测定266株(109株利福平耐药株,157株利福平敏感株)结核分枝杆菌利福平MIC值及其rpoB基因序列,分析不同突变特征的菌株其利福平MIC值的差异。结果 109株利福平耐药株rpoB基因皆发生错义突变,常见突变密码子531与526的突变频率分别为69.7%与17.4%。利福平耐药株中单密码子突变株占82.6%,多重密码子突变株占17.4%。531单密码子突变株与526单密码子突变株之间平均利福平MIC值差异无统计学意义(P=0.87),但两独立样本T检验分析显示,多重密码子突变株平均利福平MIC值(115.8μg/mL)显著高于单密码子突变株平均利福平MIC值(48.4μg/mL)(t=2.659,P=0.016)。利福平敏感株未发生错义突变。5.5%(6/109)的利福平耐药株仅在rpoB基因起始端发生突变,突变密码子分别是247,251和253。结论 531与526是最常见突变密码子,且以单密码子突变为主;531与526单密码子突变株之间利福平耐药水平差异无统计学意义,但多重密码子突变株利福平耐药水平显著高于单密码子突变株利福平耐药水平;rpoB基因起始端突变可能是除利福平耐药决定区域之外导致利福平耐药的第2个耐药决定区;rpoB基因DNA序列分析有助于结核分枝杆菌利福平耐药表型和耐药水平的预测。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 rpob突变 利福平 耐药水平 最低抑菌浓度
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应用rpoB和16S rDNA基因的变性梯度凝胶电泳技术对山羊瘤胃细菌多样性的研究 被引量:22
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作者 石鹏君 柏映国 +6 位作者 袁铁铮 姚斌 范云六 周志刚 孟昆 伍宁丰 刁其玉 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期285-289,共5页
采用免培养的rpoB和16S rDNA基因的变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)对3种山羊(波尔山羊,内蒙古绒山羊,四川南江黄羊)瘤胃细菌优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示rpoBDGGE图谱中条带数目少于16S rDNA图谱,并且条带分离效果明显,更有... 采用免培养的rpoB和16S rDNA基因的变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)对3种山羊(波尔山羊,内蒙古绒山羊,四川南江黄羊)瘤胃细菌优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示rpoBDGGE图谱中条带数目少于16S rDNA图谱,并且条带分离效果明显,更有利于分析瘤胃细菌群落组成。从两种DGGE图谱中均可以发现3种山羊瘤胃细菌具有一定的相似性,种内个体间相似性明显高于种间相似性,这说明寄主品种是影响瘤胃细菌种群构成的一个重要因素。同时进行了部分优势细菌16S rDNA基因V6-V8区序列的系统发育分析。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有4条克隆的序列与基因库最相似菌的相似性大于97%,余下的克隆序列相似性在89%~96%之间,其中13条序列的与之相似性最高的序列均来自于未被鉴定的瘤胃细菌。 展开更多
关键词 DGGE 16S RDNA基因 编码RNA聚合酶β亚基(rpob)基因 瘤胃细菌 遗传多样性
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结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变的序列分析 被引量:17
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作者 甘辛 陈玲 +4 位作者 王建华 李娜娜 陈杨 张建勇 张泓 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2010年第3期268-271,共4页
目的探讨结核分枝杆菌耐药基因rpoB突变与利福平耐药性的关系。方法采集81例临床标本,分离结核分枝杆菌菌株,PCR扩增rpoB基因及测序,并与利福平药物敏感试验结果比较。结果27例耐利福平菌株中,20株发生rpoB基因突变(74.1%),突变位点包括... 目的探讨结核分枝杆菌耐药基因rpoB突变与利福平耐药性的关系。方法采集81例临床标本,分离结核分枝杆菌菌株,PCR扩增rpoB基因及测序,并与利福平药物敏感试验结果比较。结果27例耐利福平菌株中,20株发生rpoB基因突变(74.1%),突变位点包括531和526在内的7个位点10种突变类型,并发现新的突变位点和突变形式;54株敏感株中,1株发生突变(1.9%)。结论利福平耐药rpoB基因突变有一定区域性,为发展快速的基因诊断技术检测耐多药结核病奠定了基础。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 利福平 rpob基因 突变 药物敏感试验
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河南省耐多药结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB的突变特征 被引量:10
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作者 赵玉玲 杨洪毅 +3 位作者 马晓光 石洁 李辉 赵东阳 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2012年第2期166-169,共4页
目的:分析河南省耐多药(MDR)结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB的突变特征。方法:收集150株MDR结核分枝杆菌,应用PCR扩增利福平耐药相关基因rpoB编码区全长并测序,以结核分枝杆菌H37Rv标准株DNA序列为参比序列,分析菌株的突变特征。结... 目的:分析河南省耐多药(MDR)结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB的突变特征。方法:收集150株MDR结核分枝杆菌,应用PCR扩增利福平耐药相关基因rpoB编码区全长并测序,以结核分枝杆菌H37Rv标准株DNA序列为参比序列,分析菌株的突变特征。结果:MDR菌株rpoB基因编码区存在突变者占97.2%(140/144),突变在利福平耐药决定区(RRDR)内者占96.5%(139/144),RRDR内和RRDR外同时存在突变者占99.3%(139/140);突变热点依次为rpoB531、rpoB526和rpoB516。发现未被记录的15个突变位点和4个突变类型,其中rpoB1284位点突变可能是多态性位点,与利福平耐药无关。结论:检测河南地区结核分枝杆菌rpoB基因RRDR内位点的突变可预测MDR结核分枝杆菌的耐药性。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 耐多药 利福平 rpob 突变
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我国利福平敏感结核杆菌rpoB基因利福平耐药决定区序列循证分析 被引量:11
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作者 孟繁荣 刘志辉 +2 位作者 谢贝 张言斌 谭守勇 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2013年第21期3601-3604,共4页
目的:了解我国利福平敏感结核杆菌rpoB基因利福平耐药决定区(rifampicin resistancedetermining region,RRDR)序列的多态性特征。方法:采用"rpoB AND Mycobacterium tuberculosis AND(China OR Hong Kong OR Macon OR Taiwan)"... 目的:了解我国利福平敏感结核杆菌rpoB基因利福平耐药决定区(rifampicin resistancedetermining region,RRDR)序列的多态性特征。方法:采用"rpoB AND Mycobacterium tuberculosis AND(China OR Hong Kong OR Macon OR Taiwan)"检索策略在Pubmed数据库中检索文献,循证分析Pubmed数据库中截止至2013年4月30日有关我国结核杆菌rpoB基因突变分子特征的研究文献。结果:36篇文献纳入研究,5 136株利福平敏感结核杆菌rpoB基因RRDR序列信息得以分析,38株(0.74%)rpoB基因RRDR序列呈现基因突变,涉及8个位点,分别为511(11株)、533(7株)、531(6株)、526(5株)、516(4株)、518(2株)、519(2株)、521(2株)等,其中1株涉及511/526双位点。结论:我国结核杆菌rpoB基因RRDR序列存在沉默突变现象,并非所有RRDR序列改变均与结核杆菌利福平药物敏感性有关。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 利福平 rpob基因 利福平耐药决定区(RRDR) 沉默突变
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大肠杆菌离子束诱变及rpoB基因两个新的利福平抗性位点鉴定 被引量:6
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作者 谢传晓 姚建铭 +2 位作者 潘仁瑞 吴李君 余增亮 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期732-739,共8页
以6 0 Co γ射线辐照为参照体系 ,研究了低能氮离子诱发大肠杆菌利福平抗性突变。结果表明 ,低能氮离子注入具有损伤轻而突变率较高的特点。碱基置换型突变与其检出频率分析表明 ,CG→TA、GC→AT、AT→GC转换与AT→TA颠换为低能氮离子... 以6 0 Co γ射线辐照为参照体系 ,研究了低能氮离子诱发大肠杆菌利福平抗性突变。结果表明 ,低能氮离子注入具有损伤轻而突变率较高的特点。碱基置换型突变与其检出频率分析表明 ,CG→TA、GC→AT、AT→GC转换与AT→TA颠换为低能氮离子诱发大肠杆菌活体细胞内的高频突变 ,占检出总突变数的 87 5 % ( 77 88)。并鉴定出大肠杆菌rpoB基因中两个新的利福平抗性决定位点。位点一位于 1 5 5 1位鸟嘌呤脱氧核苷酸 (dG)被胞嘧啶脱氧核苷酸(dC)取代 ,导致Gln5 1 7(谷氨酰胺残基 )被His (组氨酸 )替代 ;位点二位于 1 692的胞嘧啶脱氧核苷酸 (dC)被胸腺嘧啶脱氧核苷酸 (dT)替代 ,导致Pro5 64(脯氨酸残基 )被Leu (亮氨酸 )取代 ,使突变子产生抗性。其中位点一还未见报道 ,位点二的同义突变已有报道 ,但 1 692位点C到T的核苷酸突变并没有得到鉴定。 展开更多
关键词 离子束诱发突变 利福平抗性 大肠杆菌 rpob基因
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利用rpoB基因芯片技术进行快速分枝杆菌菌种鉴定 被引量:6
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作者 李洪敏 樊博 +2 位作者 王巍 李国利 苗青 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期20-24,共5页
利用rpoB基因芯片技术快速进行分枝杆菌菌种鉴定。以分枝杆菌rpoB基因编码序列为靶基因,用基因芯片技术检测21种分枝杆菌标准株;8种其它细菌标准株;126株临床分离株。分枝杆菌与其它细菌标准株经PCR扩增后,分枝杆菌标准株均扩增出360 bp... 利用rpoB基因芯片技术快速进行分枝杆菌菌种鉴定。以分枝杆菌rpoB基因编码序列为靶基因,用基因芯片技术检测21种分枝杆菌标准株;8种其它细菌标准株;126株临床分离株。分枝杆菌与其它细菌标准株经PCR扩增后,分枝杆菌标准株均扩增出360 bp DNA片段,在其它细菌中,除甲型溶血性链球菌和假白喉棒状杆菌出现同样片段外,其它细菌均未见扩增。21种寡核苷酸探针除海分枝杆菌与偶然分枝杆菌的探针有交叉杂交外,其余均为特异性杂交。对126株临床分离株进行鉴定,89株为结核分枝杆菌,占70.6%(89/126),非结核分枝杆菌(NTM)占9.2%(9/98)。应用rpoB基因芯片技术鉴定分枝杆菌菌种,是一种快速、准确的方法,具有较高的临床应用价值。 展开更多
关键词 分枝杆菌 rpob基因芯片 寡核苷酸探针 核酸杂交
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豫陕两省14株鸡杆菌的gyrB、16S rRNA和rpoB基因序列比较分析 被引量:4
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作者 皇甫和平 杨霞 +6 位作者 赵军 王川庆 常洪涛 陈陆 王新卫 李乔晶 刘红英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1103-1110,共8页
分析河南、陕西分离的14株鸡杆菌(Gallibacterium)之间的进化关系,及gyrB基因序列比较在该菌进化分析中的作用。PCR扩增鸡杆菌分离株的gyrB、16SrRNA和rpoB3个看家基因,PCR产物纯化后直接测序。将鸡杆菌分离株、国外参考株的3个看家基... 分析河南、陕西分离的14株鸡杆菌(Gallibacterium)之间的进化关系,及gyrB基因序列比较在该菌进化分析中的作用。PCR扩增鸡杆菌分离株的gyrB、16SrRNA和rpoB3个看家基因,PCR产物纯化后直接测序。将鸡杆菌分离株、国外参考株的3个看家基因序列进行比较分析,用Phylip 3.67软件构建进化树。结果表明,14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis)模式株间的相似性为96.3%~98.0%(gyrB)、97.7%~99.6%(16SrRNA)和97.7%~99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosp.1)参考株间的相似性为88.8%~89.9%(gyrB)、96.2%~97.5%(16SrRNA)和92.6%~93.6%(rpoB)。基于3个看家基因序列的进化分析,均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种;在3个看家基因位点,鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异;gyrB基因序列分析可用于鸡杆菌分离株的种类鉴定,且对14株鸡杆菌与复合群1参考株的区别能力优于另外2个看家基因。 展开更多
关键词 鸡杆菌 鸭源鸡杆菌 16S RRNA rpob GYRB 进化分析
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基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用 被引量:7
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作者 何艳霞 向诗非 +6 位作者 李浇 何金蕾 张俊荣 袁冬梅 秦翰霄 陈达丽 陈建平 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2016年第4期27-35,共9页
为对比16S rRNA和rpo B基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpo B基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PC... 为对比16S rRNA和rpo B基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpo B基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PCR扩增23株分离株16S rRNA和rpo B基因片段,并测序进行系统发育分析。结果表明,表型再鉴定结果与自动微生物鉴定系统鉴定结果一致。基于两个基因的系统发育分析均显示分离株p22与不动杆菌属序列聚为一枝,其余22株分离株与铜绿假单胞菌序列聚为一枝。因此p22应鉴定为不动杆菌,16S rRNA和rpo B基因序列分析均能准确鉴定铜绿假单胞菌并能较好建立假单胞菌属内种间关系。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 16S RRNA rpob
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番鸭源鸭疫里默氏杆菌的耐药性及rpoB基因突变分析 被引量:5
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作者 林彬彬 谢碧林 +5 位作者 王秀祯 翁汉东 程龙飞 傅光华 刘荣昌 林志敏 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1337-1343,共7页
【目的】了解福建省莆田市番鸭源鸭疫里默氏杆菌的耐药性及rpoB基因突变情况。【方法】无菌采集病死番鸭的脑、心脏、肝脏进行细菌分离纯化,提取分离株基因组DNA,利用16S rDNA基因特异性引物进行PCR鉴定,纸片法进行药敏试验,扩增并分析r... 【目的】了解福建省莆田市番鸭源鸭疫里默氏杆菌的耐药性及rpoB基因突变情况。【方法】无菌采集病死番鸭的脑、心脏、肝脏进行细菌分离纯化,提取分离株基因组DNA,利用16S rDNA基因特异性引物进行PCR鉴定,纸片法进行药敏试验,扩增并分析rpoB基因利福平耐药决定区序列。【结果】共分离到49株鸭疫里默氏杆菌,这些菌株均表现广谱耐药性,耐药谱介于11~21种药物,分离株对氨基糖苷类、大环内酯类、复方新诺明、多黏菌素B和利福平等药物的耐药性高,对四环素类、β-内酰胺类和氟苯尼考等药物的敏感性高。44株利福平耐药菌的rpoB基因出现R494K(43/44)单点突变和R494K和V382I(1/44)的双点突变,R494K单点突变也在1株利福平敏感菌中发现。【结论】近期防治鸭传染性浆膜炎可首选四环素类、β-内酰胺类和氟苯尼考等药物,利福平耐药决定区氨基酸的R494K单点突变可能是鸭疫里默氏杆菌对利福平耐药的主要机制之一。 展开更多
关键词 鸭疫里默氏杆菌 分离 鉴定 耐药性 rpob基因
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结核分枝杆菌rpoB基因突变与多重耐药及利福平耐药程度的相关性 被引量:9
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作者 庞茂银 张文宏 +2 位作者 陈澍 胡忠义 翁心华 《复旦学报(医学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第3期228-230,238,共4页
目的 研究结核分枝杆菌rpoB基因突变与多重耐药及利福平耐药程度强弱之间的关系。 方法 应用绝对浓度法测定 5 8株结核分枝杆菌对 4种一线抗结核药物的药敏特性 ,对耐利福平结核分枝杆菌的耐药谱进行分析。同时对含有核心突变区的结... 目的 研究结核分枝杆菌rpoB基因突变与多重耐药及利福平耐药程度强弱之间的关系。 方法 应用绝对浓度法测定 5 8株结核分枝杆菌对 4种一线抗结核药物的药敏特性 ,对耐利福平结核分枝杆菌的耐药谱进行分析。同时对含有核心突变区的结核分枝杆菌rpoB基因片段进行PCR扩增和DNA测序 ,分析rpoB基因突变与多重耐药的关系 ,以及突变位点和突变性质与利福平耐药强弱的相关性。结果  5 8株结核分枝杆菌中 ,利福平耐药株 36株 ,敏感株 2 2株。 36株耐药株均存在rpoB基因突变 ,其中 88.9% (32 / 36 )至少对利福平和异烟肼同时耐药。 90 .0 %的利福平高度耐药株 (18/ 2 0 )与rpoB基因 5 31位和 5 2 6位密码子突变相关。密码子 5 31位和 5 2 6位各有 1株双碱基突变 ,且均为多重耐药株。结论 结核分枝杆菌rpoB基因突变所致的利福平耐药株大部分对异烟肼耐药 ,因此单独检测rpoB基因突变即可初步筛选多重耐药的结核分枝杆菌 ; 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 rpob基因 突变 多重耐药 利福平 耐药程度 相关性
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结核分枝杆菌临床分离株利福平耐药表型及rpoB基因型分析 被引量:13
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作者 李国利 张灵霞 +3 位作者 王倩 李邦印 陈澎 赵雁林 《临床和实验医学杂志》 2011年第21期1649-1652,共4页
目的分析结核分枝杆菌(mycobacterium tuberculosis,MTB)临床分离株利福平(rifampin,RFP)耐药表型及rpoB基因突变关系,阐明MTB RFP耐药株rpoB基因突变特征。方法采用改良罗氏培养基比例法检测387株MTB临床分离株对RFP敏感性,并进行rpoB... 目的分析结核分枝杆菌(mycobacterium tuberculosis,MTB)临床分离株利福平(rifampin,RFP)耐药表型及rpoB基因突变关系,阐明MTB RFP耐药株rpoB基因突变特征。方法采用改良罗氏培养基比例法检测387株MTB临床分离株对RFP敏感性,并进行rpoB基因测序。对经测序rpoB基因511位和533位密码子突变株进行RFP最小抑菌浓度(MIC)检测。结果比例法检测387株MTB临床分离株中1,98株RFP耐药株,189株RFP敏感株。rpoB基因测序结果表明1,98株比例法RFP耐药株中1,92株(96.97%)发生rpoB基因突变,涉及16种单位点和24种双位点密码子联合突变类型,单位点和双位点密码子联合突变率分别为84.34%(167/198)和12.63%(25/198),其中发现1种单位点和21种双位点密码子联合突变新类型。最常见的突变位点为531位(51.01%)、526位(21.21%)和516位(7.07%)密码子。6株(3.03%)耐药株在rpoB测序范围内未见突变。189株比例法RFP敏感株中,174株(92.06%)在rpoB基因测序范围内未见突变1,5株(7.94%)发生突变,其中7株CTG511CCG(Leu→Pro)突变和6株CTG533CCG(Leu→Pro)突变。511位和533位密码子突变株MIC检测结果提示其突变与低度耐RFP相关。结论所得数据及一些新的发现为进一步研究MTB RFP耐药机制、研制快速新型分子药敏试验方法提供理论和实际应用依据。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 利福平 耐药表型 rpob基因
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西安地区耐利福平结核杆菌rpoB基因突变特点 被引量:5
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作者 阴灵芳 陆学东 +2 位作者 蒙世杰 邢连喜 苏晓红 《西北大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期443-446,共4页
目的阐明结核分枝杆菌耐利福平菌株rpoB基因的突变特征。方法对包含81bp的利福平抗药性决定区(rifampicin-resistance determining region,RRDR)的30株结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因的PCR产物进行测序分析。结果18株耐利福平菌株中,... 目的阐明结核分枝杆菌耐利福平菌株rpoB基因的突变特征。方法对包含81bp的利福平抗药性决定区(rifampicin-resistance determining region,RRDR)的30株结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因的PCR产物进行测序分析。结果18株耐利福平菌株中,除一株发生了513,514位密码子的缺失突变外,其他菌株均发生了单核甘酸替换(单点突变),并且这些突变均发生在rpoB基因的RRDR区内。其中531,526,516位密码子的突变率分别为44.4%,27.8%,16.7%,它们之和为88.9%;12株利福平敏感株中有3株检出了与耐药性有关的基因突变。结论西安地区结核分枝杆菌耐利福平菌株rpoB基因突变以点突变为主,缺失突变则比较少见。最为常见的突变分别位于531位、526位和516位密码子,其中531位密码子的突变率同其他位相比占有明显优势,且531位TCG→TTG突变在rpoB基因所有突变类型中具有最高的突变频率。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 rpob基因 利福平耐药性 DNA序列分析
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结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特征研究 被引量:6
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作者 孙明洁 张江峰 +1 位作者 张亚丽 李轶 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第21期5201-5203,共3页
目的了解郑州市结核分枝杆菌耐利福平临床分离株的相关耐药rpoB基因突变特征。方法应用PCR方法对40株结核分枝杆菌利福平耐药、40株结核分枝杆菌利福平敏感临床分离株及1株H37Rv结核分枝杆菌标准株中包含"利福平耐药决定区(RRDR)&q... 目的了解郑州市结核分枝杆菌耐利福平临床分离株的相关耐药rpoB基因突变特征。方法应用PCR方法对40株结核分枝杆菌利福平耐药、40株结核分枝杆菌利福平敏感临床分离株及1株H37Rv结核分枝杆菌标准株中包含"利福平耐药决定区(RRDR)"在内的rpoB基因片段(385bp)进行扩增,并将扩增产物进行测序,以H37Rv结核分枝杆菌标准株的DNA序列作为参比序列,分析结核分枝杆菌临床分离株的突变特征。结果 40株结核分枝杆菌利福平敏感临床分离株及1株H37Rv结核分枝杆菌标准株均未检测到突变,结核分枝杆菌耐利福平临床分离株中有36株检测到突变,突变率92.3%,且突变均位于RRDR区域内;突变位点为8个,共有8个突变类型;最常见的突变热点依次为531位点,该位点突变率为64.1%;526位点,其突变率为12.8%和516位点,其突变率为10.3%。结论 rpoB基因是郑州市结核分枝杆菌对利福平耐药的最相关基因,其中在RRDR内的531位点基因突变率最高,并可通过对rpoB基因的突变检测,对耐多药结核病进行预测。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 利福平耐药 rpob基因 基因突变
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