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基于BSA-seq和RNA-seq挖掘西瓜抗蔓枯病候选基因
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作者 张曼 陈一帆 +4 位作者 刘金秋 娄丽娜 徐建 朱凌丽 徐锦华 《植物遗传资源学报》 北大核心 2026年第1期178-191,共14页
蔓枯病是危害西瓜生产的主要病害之一,发掘和利用抗蔓枯病基因对西瓜抗病种质创新及品种选育具有重要意义。本研究以蔓枯病抗病材料PI189225和感病材料K3为亲本构建的重组自交系(RIL)群体为材料,采用混池分组分析法(BSA,bulked segregan... 蔓枯病是危害西瓜生产的主要病害之一,发掘和利用抗蔓枯病基因对西瓜抗病种质创新及品种选育具有重要意义。本研究以蔓枯病抗病材料PI189225和感病材料K3为亲本构建的重组自交系(RIL)群体为材料,采用混池分组分析法(BSA,bulked segregant analysis)对亲本和抗感混池进行全基因组重测序,开展西瓜蔓枯病抗性基因定位研究,鉴定抗病基因的候选区域,同时结合转录组测序(RNA-seq)数据,挖掘西瓜抗蔓枯病候选基因。结果显示,基于BSA-seq分析在西瓜5号染色体和10号染色体上鉴定到与西瓜蔓枯病抗性显著关联的基因组区域,总长度为8.18 Mb,包含681个基因。功能分析显示这些基因主要参与植物-病原体互作和苯丙烷类生物合成等代谢通路。进一步利用InDel标记和重组单株分析,将西瓜蔓枯病抗性区间缩小到10号染色体Chr10_30103333和Chr10_32554279标记之间,该区间大小为2.45 Mb。结合西瓜响应蔓枯病菌侵染的差异表达基因,在10号染色体上鉴定到6个候选基因。qRT-PCR结果表明,6个候选基因的表达均受到蔓枯病菌的诱导,Cla97C10G200140和Cla97C10G202140在感病材料中高表达,Cla97C10G200100、Cla97C10G201690、Cla97C10G202570和Cla97C10G201940在抗病材料中高表达。本研究结果为西瓜抗蔓枯病分子标记辅助选择及抗病品种选育提供重要的理论依据和基因资源。 展开更多
关键词 西瓜 蔓枯病 BSA-seq rna-seq 候选基因
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利用单细胞RNA-seq研究Mitf-M基因突变对荣昌猪耳蜗血管纹边缘细胞的影响
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作者 龙熙 柴捷 +6 位作者 涂志 张亮 张利娟 潘红梅 张力丹 王清 郭宗义 《中国畜牧杂志》 北大核心 2026年第2期252-258,共7页
本文旨在研究Mitf-M基因突变对荣昌猪耳蜗血管纹边缘细胞的影响,为后续深入解析荣昌猪的耳聋机制提供理论依据。以3月龄野生型荣昌猪(Mitf-R)和耳聋荣昌猪(Mitf-r)为研究对象,基于单细胞RNA-seq技术并结合边缘细胞标记基因,注释耳蜗血... 本文旨在研究Mitf-M基因突变对荣昌猪耳蜗血管纹边缘细胞的影响,为后续深入解析荣昌猪的耳聋机制提供理论依据。以3月龄野生型荣昌猪(Mitf-R)和耳聋荣昌猪(Mitf-r)为研究对象,基于单细胞RNA-seq技术并结合边缘细胞标记基因,注释耳蜗血管纹边缘细胞,统计边缘细胞数量,筛选差异表达基因。通过UMAP聚类和边缘细胞标记基因KCNQ1、SLC12A2注释出了Mitf-R和Mitf-r的边缘细胞。细胞数量统计结果表明Mitf-M突变导致了血管纹边缘细胞数量的减少。差异基因表达分析发现了140个差异倍数2倍以上的基因,其中Mitf-R相对Mitf-r有122个基因上调,18个下调,包括KCNAB1、KCNQ1、NALCN、SLC26A7、SLC9A4、SLC16A7、TRPM3等离子通道相关基因。差异基因GO功能富集分析表明这些基因显著富集在离子跨膜转运、离子跨膜所需的转运复合物的形成以及离子跨膜转运蛋白的活性等生物学过程。KEGG信号通路分析结果表明,差异表达基因主要在MAPK、钙离子、Rap1、ErbB等调节细胞生长、分化、迁移的信号通路以及氧化磷酸化、cAMP等与离子通道蛋白活化相关的信号通路上富集。Mitf-M基因突变减少了耳聋荣昌猪血管纹边缘细胞的数量以及导致140个基因的差异表达,这些差异基因对边缘细胞的影响主要涉及细胞的生长、分化、迁移以及细胞的离子跨膜运输等功能。 展开更多
关键词 单细胞rna-seq 荣昌猪 耳聋 Mitf-M 边缘细胞
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幽门螺杆菌感染早期的细胞表型特征及RNA-seq转录谱分析
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作者 王辉 张一诺 +6 位作者 邢静 冯明珠 陈术 杨静 季晓飞 封建凯 赵慧琳 《滨州医学院学报》 2026年第2期127-133,共7页
目的 探究幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, Hp)感染早期的细胞表型变化并检测感染细胞转录组,分析Hp感染相关的差异表达基因及信号通路,为揭示其致病机制提供参考。方法 以感染复数MOI=50∶1分别构建Hp感染胃腺癌AGS细胞和胃上皮GES-1... 目的 探究幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, Hp)感染早期的细胞表型变化并检测感染细胞转录组,分析Hp感染相关的差异表达基因及信号通路,为揭示其致病机制提供参考。方法 以感染复数MOI=50∶1分别构建Hp感染胃腺癌AGS细胞和胃上皮GES-1细胞,CCK-8方法检测细胞活力,Transwell实验测定细胞迁移和侵袭能力,ELISA检测炎性因子;提取感染6 h后细胞的总RNA进行转录组测序,筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)并进行GO和KEGG富集分析,利用RT-qPCR验证差异基因的表达水平,通过TNMplot数据库分析基因在胃癌中的表达。结果 Hp感染6 h能够促进细胞的活力、迁移与侵袭,以及细胞炎性因子(IL-8、IL-1β、TNF-α)的分泌。以|log2(foldchange)|>1、P<0.05为条件筛选感染细胞的DEGs,在AGS细胞感染组筛选到141个DEGs,在GES-1细胞感染组筛选到138个DEGs。GO功能富集分析显示差异基因主要涉及免疫应答、炎症反应等;KEGG富集分析结果主要与TNF、NF-κB、MAPK、Toll样受体信号通路等有关。RT-qPCR验证了转录组中显著差异表达基因CXCL8、IER2、PTGS2、UBD在Hp感染时上调表达,TNMplot数据库分析发现这些基因在胃癌中高表达。结论 Hp感染早期能够增强细胞活力,促进细胞迁移、侵袭及细胞炎性因子分泌,转录组分析发现其感染激活了宿主细胞炎症反应、免疫应答等信号通路。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 rna-seq 差异表达基因 信号通路
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基于RNA-seq探讨维生素D_(3)改善代谢相关脂肪性肝病大鼠肝脏损伤的可能机制
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作者 赵钥莹 吴小蓉 +3 位作者 张晶晶 杜庭婉 周勇 马玲 《西南医科大学学报》 2026年第1期20-25,共6页
目的探讨维生素D_(3)对代谢相关脂肪性肝病(metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease,MASLD)大鼠肝脏病理学状态及基因表达特征的影响。方法将大鼠随机分为对照组(CON组,n=12)和高脂饮食组(HFD组,n=18)。经过7周的普... 目的探讨维生素D_(3)对代谢相关脂肪性肝病(metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease,MASLD)大鼠肝脏病理学状态及基因表达特征的影响。方法将大鼠随机分为对照组(CON组,n=12)和高脂饮食组(HFD组,n=18)。经过7周的普通饲料与高脂饲料喂养后,每组处死6只以确认造模成功。随后将HFD组大鼠随机分入HFD组(n=6)与维生素D干预组(HFD+VD组,n=6),其中HFD+VD组给予维生素D_(3)干预。干预结束后,所有大鼠均被处死,取肝脏组织进行分析。采用HE染色、油红O染色及马松染色评估肝脏病理变化、脂质蓄积及纤维化程度;利用转录组测序技术分析肝脏组织基因表达谱,筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并利用KEGG富集分析、基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)以及构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络进行生物信息学分析;通过免疫组化(immunohistochemistry,IHC)检测肝脏巨噬细胞标志物Cd86和Cd163的表达变化。组间比较采用方差分析。结果HDF+VD组MASLD大鼠肝脏病理损伤、脂滴面积和相对胶原面积均显著低于HDF组(P<0.05)。转录组分析结果显示,维生素D_(3)干预使转录组差异基因在炎症相关信号通路中显著富集(如Toll样受体信号通路)。PPI网络分析显示,HFD+VD组筛选出的枢纽基因与免疫调节和信号转导相关。免疫组化结果显示,HDF组M1型巨噬细胞标志物Cd86蛋白表达水平显著高于CON组(P<0.05),HDF+VD组则显著低于HDF组(P<0.05);三组间Cd163蛋白表达水平差异无统计学意义(P>0.05)。结论维生素D_(3)可能通过调控如Toll样受体信号通路等炎症相关的信号通路,抑制巨噬细胞向M1型极化,从而减轻MASLD大鼠的肝脏损伤。 展开更多
关键词 维生素D_(3) 代谢相关脂肪性肝病 RNA测序 巨噬细胞
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综合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术建立与肝癌CD8^(+)T细胞相关的预后模型 被引量:1
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作者 刘洋 池晴佳 田菲菲 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期169-177,共9页
目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表... 目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表达基因。从TCGA数据库中下载肝癌的基因表达谱数据及临床数据,使用CIBERSORT算法、WGCNA技术筛选出与CD8^(+)T细胞具有相关性的模块基因。将差异基因与模块基因取交集基因并进行GO、KEGG分析,应用单因素COX回归分析和LASSO算法建立预后模型。通过K-M曲线和ROC曲线对模型在内、外部数据集中的预测效果进行验证。根据风险评分的中位值划分高低风险组,对高低风险组间的浸润性免疫细胞分布情况和肿瘤突变情况进行分析。结果 构建出具有9个基因的预后模型,K-M曲线及ROC曲线表明模型在内、外部数据集中均具有良好的预测能力,在高低风险组中,浸润性免疫细胞的分布情况和基因突变情况均存在显著差异。结论 本研究结合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术利用生物信息学方法开发出了一种基于CD8^(+)T细胞的新型预后模型,为肝癌患者的预后改善和生存预测提供了可靠的理论依据。 展开更多
关键词 肝癌 单细胞测序(scrna-seq) Bulk转录组测序(Bulk rna-seq) CD8^(+)T细胞 预后模型
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基于RNA-Seq技术探讨生(麸炒)白术对大鼠基因表达的差异性分析 被引量:1
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作者 陈忠新 刘石磊 +4 位作者 康宇红 肖智杰 段卓然 常梓睿 翟春梅 《中医药信息》 2025年第1期25-34,共10页
目的:考察麸炒白术及生白术对实验大鼠肝脏转录组学的影响,从机体转录组角度筛选差异基因,探求白术炮制后对大鼠生物学效应的表达差异。方法:SD大鼠随机分为空白组、生白术组和麸炒组,每组3只。生白术组按照7.0 g/kg灌胃生品白术提取液... 目的:考察麸炒白术及生白术对实验大鼠肝脏转录组学的影响,从机体转录组角度筛选差异基因,探求白术炮制后对大鼠生物学效应的表达差异。方法:SD大鼠随机分为空白组、生白术组和麸炒组,每组3只。生白术组按照7.0 g/kg灌胃生品白术提取液,麸炒组按照6.0 g/kg灌胃麸炒白术提取液,空白组给予同体积生理盐水,连续给药21 d。给药结束后取大鼠肝脏,采用RNA-Seq全基因转录组法分析差异基因的表达。结果:生白术可上调Cyp7b1、Btg2 Pc3、Enpp2、Hao2等功能基因的表达,下调Ppplr3c、Car12功能基因的表达;麸炒白术可上调Cyp7b1、Enpp2、Hao2、Cy3a18、Cyp2c11等9个功能基因的表达,下调Aacs Hmgcs 1、Hmgcs1 Aacs、Alpl、Per3等7个功能基因的表达,生白术与麸炒白术均能上调Cyp7b1、Enpp2、Hao2等3个功能基因的表达,体现在促进类固醇激素合成、醚脂代谢、维持脂质平衡、增加机体代谢水平等生物功能。麸炒白术组与生白术组差异基因筛选结果表明,白术经过麸炒后对大鼠肝脏组织的基因表达同样存在特征性差异表达,麸炒白术组与生白术组相比,上调Car12、Arntl、Cldn1等3个功能基因,下调Rpl8、LOC等2个功能基因,麸炒白术可促进氮代谢、促进昼夜节律、增加机体免疫监视、提高免疫应答、对抗炎症等生物学功能。结论:研究表明生白术及麸炒白术均对大鼠肝脏组织的基因表达产生较为明显的影响,主要体现在对调控脂肪代谢、蛋白质代谢、类固醇合成、不饱和脂肪酸合成、糖原合成等多个功能基因的调控作用。 展开更多
关键词 白术 炮制 rna-seq 差异基因
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基于BSA-seq和RNA-seq的西瓜裂刻叶候选基因挖掘
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作者 王志强 杜慧莹 +3 位作者 李程 郭松 田梅 于蓉 《中国农业大学学报》 北大核心 2025年第11期67-84,共18页
裂刻叶是植物适应环境的重要特征,挖掘西瓜裂刻叶相关基因对西瓜育种、遗传改良及叶缘形态发育的分子调控机制研究具有重要意义。首先以西瓜裂刻叶自交系SW246(P_(1))与全缘叶自交系SW247(P_(2))为亲本,通过杂交构建六世代遗传群体(P_(1... 裂刻叶是植物适应环境的重要特征,挖掘西瓜裂刻叶相关基因对西瓜育种、遗传改良及叶缘形态发育的分子调控机制研究具有重要意义。首先以西瓜裂刻叶自交系SW246(P_(1))与全缘叶自交系SW247(P_(2))为亲本,通过杂交构建六世代遗传群体(P_(1)、P_(2)、F_(1)、F_(2)、BC_(1)P_(1)、BC_(1)P_(2));后采用BSA-seq进行基因定位,并结合转录组测序RNAseq数据进行关联分析,从而挖掘叶片裂刻关键调控基因。遗传分析结果表明:在后代群体中,F_(1)、BC_(1)P_(1)群体西瓜叶片均为裂刻叶,F_(2)群体裂刻叶和全缘叶的分离比符合3∶1的孟德尔分离比例,BC_(1)P_(2)群体裂刻叶和全缘叶分离比符合1∶1的理论比,说明裂刻叶和全缘叶性状符合单基因显性遗传模式,裂刻叶对全缘叶为显性。BSA-seq分析发现SNP和InDels关联交集位于4号染色体23164320—24976967 bp内,长度1.81 Mb,包含171个候选基因。其中在此区间亲本间存在非同义突变的SNP共22个,混池间存在非同义突变的SNP共16个;亲本间存在移码突变的InDel共3个,混池间存在移码突变的InDel共4个。联合BSA-seq与RNA-seq分析发现共有26个基因显著相关。此外,通过对BSA-seq和RNA-seq联合分析得到的4个候选基因及26个显著相关基因进行生物信息学分析、转录因子预测和基因注释,推测结果发现:1个编码PPR蛋白的基因(Cla97C04G076940),与HD-Zip、TCP、LOB、E2FDP、TIFY等转录因子相关;另有1个与IAA-氨基酸水解和E3泛素连接酶相关的基因,该基因可能在叶缘性状的调控过程中发挥关键作用。本研究可为进一步精细定位西瓜裂刻叶调控基因奠定基础。 展开更多
关键词 西瓜 裂刻叶 BSA-seq rna-seq 候选基因
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基于RNA-seq的冰草EST-SSR标记开发及验证 被引量:2
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作者 杨东升 李冉 +4 位作者 宝格日乐 王海伟 卢倩倩 郝水源 刘建华 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第7期891-901,共11页
冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高... 冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高多态性的EST-SSR标记并进行验证。结果表明,共获得23491793条高质量序列,其碱其长7.03 Gb,GC含量56.44%,Q30为93.04%。共获得33993条Unigene,总长度为29309958 bp。将所获Unigene与9大功能数据库进行比对,共有25614条Unigene获得功能注释,其中Nr数据库共注释24557条,GO数据库注释到66193条Unigene,按功能分为3个大类和42个亚类;共14412条Unigene注释到KEGG数据库的136条代谢通路;有11321条Unigene在KOG数据库获得注释,归属为25个功能类别;共预测到大于100 bp的CDS有7288条,SSR位点2443个,其中三碱基重复1439个,占总数的58.90%;获得EST-SSR多态性引物42对,从中随机选择10对在冰草的30个F_(2)代分离单株进行有效性验证,平均多态性比率为48.33%。以上结果说明利用RNA-seq技术大量开发的EST-SSR引物,可高效地应用于四倍体冰草产量、品质性状相关的标记开发、优异新种质指纹图谱构建及精准分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 冰草 rna-seq 生物信息学分析 EST-SSR标记开发 验证
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基于RNA-seq和PER-seq联合分析探究ZmHDZ6表达调控网络
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作者 方应浩 周波 +2 位作者 陈茹梅 杨文竹 秦慧民 《作物学报》 北大核心 2025年第4期958-968,共11页
玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系... 玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系进行RNA-seq测序,对自交系B73原生质体进行PER-seq(protoplast transient expression-based RNA-sequencing)测序,并进行联合分析。结果显示,2种测序策略得到的差异表达基因(DEGs)呈现一致性,功能主要集中在参与氧化还原反应等GO富集分析条目。KEGG分析显示功能都富集在苯并噁唑嗪酮类化合物代谢途径上。此外,基于RNA-seq的DEGs在氨基酸和核苷酸代谢途径富集,而基于PER-seq的DEGs还富集在核糖体生物发生代谢途径。因此,推测ZmHDZ6可能通过调控与氧化还原相关基因和苯并噁唑嗪酮类化合物的代谢进而增强玉米抗旱性。通过进一步在129个Co-DEGs(Common DEGs)的启动子序列扫描HDZIP I家族的DNA结合基序(motif),将潜在靶基因缩减至16个,其中8个基因的功能与玉米抗逆紧密相关。本研究利用转录组学数据分析了ZmHDZ6基因的下游表达调控网络,为进一步解析抗旱机制提供了参考。 展开更多
关键词 rna-seq PER-seq 转录因子 ZmHDZ6 靶基因 MOTIF
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基于BSA-seq和RNA-seq挖掘桃单果质量性状候选基因
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作者 别航灵 杜嘉怡 +3 位作者 陈昌文 方伟超 王力荣 曹珂 《果树学报》 北大核心 2025年第9期1945-1957,共13页
【目的】单果质量是果树作物长期以来重要的育种目标之一,挖掘桃单果质量性状候选基因,为选育深受消费者喜爱的桃新品种提供理论和方法支撑。【方法】以大果型桃品种中油桃13号和小果型桃品种郑2007-4-28为亲本,构建F1分离群体,采用极... 【目的】单果质量是果树作物长期以来重要的育种目标之一,挖掘桃单果质量性状候选基因,为选育深受消费者喜爱的桃新品种提供理论和方法支撑。【方法】以大果型桃品种中油桃13号和小果型桃品种郑2007-4-28为亲本,构建F1分离群体,采用极端性状混池(BSA)重测序(BSA-seq)方法定位单果质量性状位点,并结合转录组测序(RNAseq)数据进行联合分析,挖掘桃单果质量性状的关键候选基因。同时,结合实时荧光定量(qRT-PCR)和异源过表达番茄的方法对基因进行功能验证。【结果】采用delta SNP-index、欧氏距离算法(ED)和G’value进行BSA-seq分析,将桃单果质量性状定位在6号染色体2191165~3794466 bp处,定位区间共1.6 Mb,包含261个基因。RNA-seq数据表明,261个基因中的189个在桃果实发育时期有表达,其表达模式可分为4类。其中,有38个基因在大果型和小果型果实发育过程中均表现出前期高表达后期低表达的趋势。根据基因功能注释和前期的基因型数据分析,选择Prupe.6G029300进行异源稳定转化,发现过表达番茄植株果实小于野生型。【结论】将桃单果质量性状定位于6号染色体2191165~3794466 bp处,定位区间内38个基因在桃果实发育过程中表现出前期高后期低的表达趋势,对其中的关键候选基因Prupe.6G029300进行过表达导致番茄单果质量降低,表明Prupe.6G029300可能参与桃果实发育调控。 展开更多
关键词 BSA-seq rna-seq 单果质量
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基于RNA-seq探究光周期对扬州鹅睾丸发育的影响机制
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作者 冯宇妍 陈晓静 +2 位作者 朱欢喜 倪迎冬 刘杰 《畜牧与兽医》 北大核心 2025年第6期61-68,共8页
旨在探究光周期对扬州鹅睾丸发育的影响及机制。试验对象为经产扬州鹅(735 d,公母比例为1∶5),饲养于全封闭人工控制光照和温度的棚舍内(1500只/棚),饲养期间光照程序为短光照(L∶D=6.5 h∶17.5 h)饲养60 d,随后延长光照(L∶D=11.5 h∶1... 旨在探究光周期对扬州鹅睾丸发育的影响及机制。试验对象为经产扬州鹅(735 d,公母比例为1∶5),饲养于全封闭人工控制光照和温度的棚舍内(1500只/棚),饲养期间光照程序为短光照(L∶D=6.5 h∶17.5 h)饲养60 d,随后延长光照(L∶D=11.5 h∶12.5 h)饲养,分别于短光照第38天(短光照组)以及长光照第73天(长光照组)采集血液,分离血清并检测相关的生理生化指标和激素水平;采集其左侧睾丸组织进行转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)分析,筛选不同光周期的差异基因,并对差异基因进行富集分析。结果:与短光照组相比,长光照组睾丸体积增大、曲细精管中有大量的成熟精子,且曲细精管直径、上皮高度、管腔直径、精子数量均有显著升高(P<0.05);长光照组血液中睾酮(T)、促卵泡激素(FSH)、黄体生成素(LH)浓度均显著高于短光照组(P<0.05);RNA-seq测序结果显示,与短光照组相比,长光照组扬州鹅睾丸组织中表达上调的基因有4383个,表达下调的基因有2928个;其差异表达基因主要富集于细胞外基质(ECM)与细胞表面受体之间的相互作用、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)信号通路、核糖体等通路。综上,延长光照后PI3K-AKT通路被激活,从而促进扬州鹅睾丸发育,为深入认识光照对动物繁殖的调控作用提供了参考资料。 展开更多
关键词 扬州鹅 光照 rna-seq 睾丸
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基于RNA-Seq的酸角胚乳愈伤组织转录组信息分析
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作者 吕鹏悦 周玲 彭磊 《分子植物育种》 北大核心 2025年第17期5699-5706,共8页
为筛选酸角的功能基因和提供遗传育种序列信息,本研究采用转录组测序技术对两种不同类型酸角3个时期胚乳愈伤组织的18个样本进行测序,结果显示每个样品的Q30均大于92%,de novo组装后获得56966条unigene,分别与NR、GO、KEGG、Pfam、eggNO... 为筛选酸角的功能基因和提供遗传育种序列信息,本研究采用转录组测序技术对两种不同类型酸角3个时期胚乳愈伤组织的18个样本进行测序,结果显示每个样品的Q30均大于92%,de novo组装后获得56966条unigene,分别与NR、GO、KEGG、Pfam、eggNOG和Swiss-Prot 6个数据库进行比对。31259条unigene比对到NR数据库,其中比对的物种分布最多的是大豆(16.59%);被注释到GO数据库的unigenes有15960条,分为3大类和67亚类;被注释到egg NOG数据库的unigenes有30599条,占总unigenes数的53.71%;共有12893个基因参与35条代谢通路,占总unigenes的22.63%。20013条unigenes中发现SSR位点31160个,SNP位点中Homo(homozygous variant,纯合子变异体)和Hete(heterozygous variant,杂合子变异体)位点平均为27671个和86718个,7529条unigenes共涉及58个家族的转录因子。本研究通过构建酸角转录组数据库并进行基础生物信息学分析,为后续酸角胚乳愈伤组织生长和发育的进一步研究提供基础数据。 展开更多
关键词 酸角 愈伤组织 rna-seq UNIGENE
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基于RNA-seq数据识别宫颈癌嵌合体RNA及预后标志基因 被引量:1
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作者 张瀚元 王静 刘湘涛 《新疆医科大学学报》 2025年第1期29-36,共8页
目的通过设计识别嵌合体的RNA-seq数据分析的新方法,挖掘出宫颈癌的关键基因,并发现与临床预后相关的标志基因。方法本研究先综合不同方法提供的融合基因(转录本)信息,构建考虑嵌合体RNA的比对库,然后利用StringTie工具进行转录本isofor... 目的通过设计识别嵌合体的RNA-seq数据分析的新方法,挖掘出宫颈癌的关键基因,并发现与临床预后相关的标志基因。方法本研究先综合不同方法提供的融合基因(转录本)信息,构建考虑嵌合体RNA的比对库,然后利用StringTie工具进行转录本isoform定量分析,并利用DESeq2分析宫颈癌Ⅱ期(Ⅱa)、子宫颈鳞状上皮内瘤变(CINII)、宫颈炎(Cervicitis)三个组别差异表达基因。通过WGCNA构建在不同条件下的共表达网络筛选出宫颈癌特异的关键基因,并利用TCGA数据库中宫颈癌基因表达及对应的临床数据进行Cox生存分析以筛选预后标志基因。结果该方法应用到高发女性宫颈癌的一个RNA-seq数据集的分析,9个测序样本的平均比对率由传统方法的67.03%提升至新方法的81.28%。共识别了119305个表达转录本,其中包括11357个嵌合体RNA。通过宫颈癌的关键基因在TCGA数据库中生存分析得到11个与宫颈癌预后相关标志基因并以此构建预测模型,其ROC曲线下面积AUC达到0.808。结论识别嵌合体RNA能够提升测序数据的利用效率,有助于发现宫颈癌预后标志基因。 展开更多
关键词 rna-seq数据分析 嵌合体RNA 宫颈癌 预后标志基因
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基于RNA-seq探究软脉煎通过MAPK/ERK通路调节人主动脉平滑肌细胞表型转化的作用机制
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作者 赵雪 杜文婷 顾耘 《时珍国医国药》 北大核心 2025年第12期2201-2207,共7页
目的探究软脉煎调节人主动脉平滑肌细胞表型转化的作用机制。方法制备软脉煎含药血清,CCK-8检测软脉煎含药血清对TNF-α诱导的HASMC增殖影响并选出最佳干预浓度,Transwell实验和划痕实验检测软脉煎含药血清对TNF-α诱导的HASMC迁移影响,... 目的探究软脉煎调节人主动脉平滑肌细胞表型转化的作用机制。方法制备软脉煎含药血清,CCK-8检测软脉煎含药血清对TNF-α诱导的HASMC增殖影响并选出最佳干预浓度,Transwell实验和划痕实验检测软脉煎含药血清对TNF-α诱导的HASMC迁移影响,RNA-Seq转录组测序分析模型组与软脉煎组基因表达情况及两组差异基因的分布和关联,生信分析差异基因与动脉粥样硬化疾病交集靶点的GO和KEGG寻找关键生物途径,Western blot检测p38MAPK、AKT1、ERK1/2蛋白表达量及其磷酸化水平。结果与空白组相比,模型组HASMC增殖和迁移增多(P<0.05),p38MAPK、AKT1、ERK1/2磷酸化水平上升(P<0.05),与模型组相比,软脉煎组HASMC增殖和迁移减少(P<0.05),p38MAPK、AKT1、ERK1/2磷酸化水平下降(P<0.05)。结论软脉煎含药血清可以减轻TNF-α对HASMC的炎症刺激,抑制其表型转化。 展开更多
关键词 软脉煎 rna-seq MAPK/ERK 人主动脉平滑肌细胞 表型转化
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降低真菌RNA-Seq读长映射偏差的方法比较
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作者 刘骏锋 吴梦春 +2 位作者 许铭 王光辉 刘慧泉 《植物病理学报》 北大核心 2025年第3期402-410,共9页
高通量测序为深入理解真菌的基因组学和转录组学提供了重要手段。然而,从RNA测序(RNA-Seq)数据准确评估基因表达水平需要将短序列读长(reads)映射回它们在参考基因组中的准确位置。测序菌株通常与参考基因组菌株存在一定序列差异,由于... 高通量测序为深入理解真菌的基因组学和转录组学提供了重要手段。然而,从RNA测序(RNA-Seq)数据准确评估基因表达水平需要将短序列读长(reads)映射回它们在参考基因组中的准确位置。测序菌株通常与参考基因组菌株存在一定序列差异,由于参考基因组在任何给定位置仅包含一种碱基信息,因此携带其它碱基信息的reads与参考基因组至少存在一个碱基错配,导致reads映射的过程中出现映射偏差。为了解决这一偏差,研究人员已经开发了多种软件和算法,然而这些方法是否适用于真菌RNA-Seq数据分析尚不明确。本研究以一种重要的植物病原真菌禾谷镰孢(Fusarium graminearum)为例,利用其模拟RNA-Seq数据和真实RNA-Seq数据,多方位评估了多种映射方法在处理reads中存在单核苷酸多态性(SNP)、RNA编辑、测序错误等问题时的映射偏差和映射率,结果显示,基于vg软件构建的图形结构基因组方法表现最优。该方法的准确性对测序深度的要求较低,在显著降低多态性位点带来的映射偏差的同时,还可以提高reads映射率。本研究结果为复杂的真菌RNA-Seq数据分析提供了参考。 展开更多
关键词 rna-seq 映射偏差 图形结构基因组
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联合RNA-Seq和TMT技术挖掘大豆籽粒蛋白合成相关基因
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作者 刘书华 陈千 +1 位作者 张黎杰 周玲玲 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第17期21-34,共14页
蛋白是大豆重要品质性状,其表达受多基因网络协同调控,通过转录组和蛋白质组学联合分析挖掘蛋白质合成调控基因,为大豆蛋白遗传信息解析奠定基础。选用蛋白含量差异较大、表型相似的大豆高蛋白品种泗豆332和低蛋白品种嘉夏豆9号为研究材... 蛋白是大豆重要品质性状,其表达受多基因网络协同调控,通过转录组和蛋白质组学联合分析挖掘蛋白质合成调控基因,为大豆蛋白遗传信息解析奠定基础。选用蛋白含量差异较大、表型相似的大豆高蛋白品种泗豆332和低蛋白品种嘉夏豆9号为研究材料,在大豆成熟期采取籽粒,利用RNA-Seq和TMT技术测序并进行生物信息学分析,挖掘大豆籽粒蛋白合成的相关基因。转录组和蛋白组学分别筛选到6 830个差异表达基因和1 405个差异表达蛋白,其中有387个基因在转录组和蛋白组学间均有显著差异。对差异表达基因和蛋白进行GO功能聚类分析发现,差异表达基因和蛋白主要涉及细胞、细胞部分、结合、催化活性、细胞过程及代谢过程等,趋势较为一致。对差异表达基因及蛋白的KEGG显著富集分析发现,差异表达基因或蛋白显著富集在核糖体、内质网蛋白加工、蛋白质出口等途径。对这些途径中的差异表达基因或蛋白进行汇总分析,筛选了18个可能直接或间接参与大豆籽粒蛋白合成调控的相关基因。这些基因的表达水平差异可能是导致不同基因型大豆籽粒蛋白呈现差异的重要原因,进一步丰富了大豆籽粒蛋白遗传信息的调控机制。 展开更多
关键词 大豆 蛋白 rna-seq TMT 联合分析 功能基因
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肝脏RNA-seq揭示杜洛克猪剩余采食量的社会遗传效应调控的关键基因和分子途径
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作者 崔晟頔 王书杰 +10 位作者 赵真坚 陈栋 申琦 余杨 王俊戈 陈子旸 禹世欣 陈佳苗 王翔枫 吴平先 唐国庆 《华南农业大学学报》 北大核心 2025年第3期336-341,共6页
【目的】旨在解析杜洛克猪剩余采食量的社会遗传效应(The social genetic effects of residual feed intake,SGE-RFI)的分子调控机制,揭示其通过能量代谢途径影响群体行为的生物学基础,为提高猪只饲料利用效率提供理论依据。【方法】通... 【目的】旨在解析杜洛克猪剩余采食量的社会遗传效应(The social genetic effects of residual feed intake,SGE-RFI)的分子调控机制,揭示其通过能量代谢途径影响群体行为的生物学基础,为提高猪只饲料利用效率提供理论依据。【方法】通过RNA测序技术对杜洛克猪肝脏组织进行全转录组分析,系统筛选与SGE-RFI性状相关的关键差异表达基因,并采用功能富集方法解析其参与的生物学通路。【结果】鉴定出360个显著差异表达基因,功能分析表明这些基因主要富集于线粒体氧化磷酸化和ATP代谢等能量代谢相关通路,提示其可能通过调控机体能量稳态间接影响社会行为。载脂蛋白基因簇APOA1、APOC3和APOA4的协同表达改变,揭示了社会遗传效应调控过程中神经内分泌系统与脂代谢的交互作用。【结论】本研究构建了杜洛克猪SGE-RFI的多维度调控网络,不仅为解析群体行为遗传机制提供了新视角,更为精准选育低剩余采食量种猪和优化群体饲养管理方案奠定了分子基础。 展开更多
关键词 剩余采食量 社会遗传效应 杜洛克猪 肝脏 rna-seq
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基于RNA-seq技术探讨黄芪桂枝五物汤对CIA大鼠关节及骨骼肌损伤的疗效及机制
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作者 李宁 李慧 +3 位作者 毕小萌 张雪 孙春林 姜萍 《中华中医药杂志》 北大核心 2025年第8期4239-4245,共7页
目的:探讨黄芪桂枝五物汤对类风湿关节炎(RA)并发肌少症治疗效果及机制。方法:采用胶原诱导性关节炎模型(CIA),通过在体指标检测,HE及油红O病理染色,以大鼠关节破坏、骨骼肌萎缩程度及肌力指标观察药物疗效,通过RNA-seq技术对骨骼肌样... 目的:探讨黄芪桂枝五物汤对类风湿关节炎(RA)并发肌少症治疗效果及机制。方法:采用胶原诱导性关节炎模型(CIA),通过在体指标检测,HE及油红O病理染色,以大鼠关节破坏、骨骼肌萎缩程度及肌力指标观察药物疗效,通过RNA-seq技术对骨骼肌样本测序,以|logFC|>2、P<0.01为条件筛选差异基因,进行GO和KEGG分析,探寻黄芪桂枝五物汤治疗RA并发肌少症的治疗机制。结果:与模型组比较,治疗组大鼠关节破坏明显减少、骨骼肌萎缩程度及肌力下降显著减缓,差异基因对比显示黄芪桂枝五物汤能够通过炎症、钙信号、泛素蛋白酶水解、脂质代谢及雷帕霉素靶蛋白(mTOR)通路等发挥治疗作用。结论:黄芪桂枝五物汤能够减缓骨骼肌萎缩程度,改善CIA大鼠关节破坏状态及肌肉力量,通过调节免疫、抑制骨骼肌分解及离子信号通道发挥治疗RA并发肌少症的作用。 展开更多
关键词 黄芪桂枝五物汤 类风湿关节炎 肌少症 rna-seq技术 骨骼肌损伤
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基于RNA-Seq技术的盐胁迫田菁转录组分析 被引量:1
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作者 王家祎 董萌 +1 位作者 孔存翠 张洪霞 《鲁东大学学报(自然科学版)》 2025年第4期343-351,共9页
为研究田菁在盐胁迫下基因表达谱的变化,揭示其耐盐分子机理,采用RNA-Seq技术对NaCl胁迫处理不同时长的田菁根进行转录组测序,并进行de novo组装和功能注释,对差异表达基因进行生物信息学分析。结果表明:田菁在150 mmol·L^(-1)NaC... 为研究田菁在盐胁迫下基因表达谱的变化,揭示其耐盐分子机理,采用RNA-Seq技术对NaCl胁迫处理不同时长的田菁根进行转录组测序,并进行de novo组装和功能注释,对差异表达基因进行生物信息学分析。结果表明:田菁在150 mmol·L^(-1)NaCl胁迫3和27 h时,分别产生571和1765个差异表达基因,这些差异表达基因功能主要涉及次生代谢、碳代谢、糖酵解及苯丙烷合成等过程;此外,分属于17和26个转录因子家族的32和66个转录因子表达水平在盐胁迫的不同阶段发生变化。综上,田菁对盐胁迫的响应是一个多基因参与、多个生物代谢过程协同调控的过程。本研究为揭示田菁耐盐分子机制及耐盐相关基因挖掘奠定了基础。 展开更多
关键词 田菁 盐胁迫 rna-seq 转录组分析 生物修复
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RNA-seq转录组测序分析青少年MDD患者外周血lncRNA、miRNA、mRNA表达差异
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作者 姜洁 任真奎 +6 位作者 刘志国 张珺杰 尹利君 赵强 涂贵兰 孙建超 何军 《贵州医药》 2025年第2期171-176,共6页
目的RNA-seq转录组测序分析青少年重度抑郁症(major depression disease,MDD)患者外周血差异表达的lncRNA、miRNA、mRNA,为阐明青少年MDD发病机制提供理论补充。方法随机收集样本库4例青少年女性MDD患者与4例正常人对照外周血,TRizol试... 目的RNA-seq转录组测序分析青少年重度抑郁症(major depression disease,MDD)患者外周血差异表达的lncRNA、miRNA、mRNA,为阐明青少年MDD发病机制提供理论补充。方法随机收集样本库4例青少年女性MDD患者与4例正常人对照外周血,TRizol试剂处理后,提取RNA后进行RNA-seq转录组测序,根据P<0.05且|Log2FC|>1计算两组样本的表达差异,绘制差异lncRNA、miRNA、mRNA热图与火山图。通过TargetScan数据库可能预测差异miRNA调控的mRNA,并进行GO功能与KEGG信号通路聚类。结果MDD组和对照组两组间满足P<0.05且|Log2FC|>1差异条件的MDD组中1636个lncRNA上调和825个lncRNA下调,42个miRNAs上调和30个miRNAs下调,2469个mRNA上调和1398个mRNA下调。靶基因主要富集的GO功能:生物学过程(BP)、分子功能(MF)、细胞组分(CC)三个方面。靶基因主要富集的KEGG信号通路:差异表达的lncRNA多富集在Toll-like receptor信号通路、TNF信号通路、Salmonella intection和NF-kappa B信号通路等;差异表达的miRNA多富集在VEGF信号通路、Vasopressin-regulated water reabsorption、Vascular smooth muscle contraction、MAPK信号通路等;差异表达的mRNA靶基因多富集在泛素介导的蛋白质水解、T细胞受体信号通路和MAPK信号通路等。结论本研究结果提供了青少年女性MDD外周血中lncRNA、miRNA、mRNA表达变化的一般情况与可能调控的功能与通路,可能有助于阐明青少年MDD的潜在发病机制。 展开更多
关键词 青少年MDD rna-seq转录组测序 LncRNA micoRNA mRNA
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