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Trinuclear Metal Complexes Based on 1,10-Phenanthroline Derivates as Catalysts for Cleavage of a RNA-Model Substrate
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作者 XU Xin-he LIN Hai LIN Hua-kuan  《Chemical Research in Chinese Universities》 SCIE CAS CSCD 2007年第5期493-499,共7页
Two multidentate ligands 2,9-di[6'-(2″-hydroxyl-3″-methoxyphenyl)-n-2',5'-diazahexyl]-1,10-phenanthroline(LA)and 2,9-di(6'-α-phenol-n-2',5'-diazahexyl)-1,10-phenanthroline(LB)were synthesized and full... Two multidentate ligands 2,9-di[6'-(2″-hydroxyl-3″-methoxyphenyl)-n-2',5'-diazahexyl]-1,10-phenanthroline(LA)and 2,9-di(6'-α-phenol-n-2',5'-diazahexyl)-1,10-phenanthroline(LB)were synthesized and fully characterized.Protonation of the ligands and the stability of the complexes of the ligands with divalent metal ions were investigated.The trinuclear metal complexes [Cu(Ⅱ)and Zn(Ⅱ)] of the ligands were studied,as catalysts,for the transphosphorylation of the RNA-model substrate 2-hydroxypropyl-p-nitrophenyl phosphate(HPNP).The second-order rate constants of HPNP-hydrolysis catalyzed by M3L and M3LH-1 were obtained,which indicated that Zn3LBH-1 was the most efficient catalyst among them.The proposed mechanisms included the activation of the substrate via binding to the metal ions and intramolecular nucleophilic attack by the deprotonated C2-hydroxyl of HPNP. 展开更多
关键词 (:eywords Trinuclear metal complex 1 10-Phenanthroine derivate Catalyst Cleavage of rna-model substrate
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基于线粒体自噬相关lncRNA构建胃癌预后预测模型
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作者 陈伟 刘涛 +2 位作者 李桐桐 许建江 姜雷 《兰州大学学报(医学版)》 2025年第8期32-43,共12页
目的 基于线粒体自噬相关的长链非编码RNA(lncRNA)构建胃癌的预后预测模型。方法 从TCGA和GEO数据库获取与胃癌相关的RNA-seq数据和临床数据。通过维思图识别差异表达的线粒体自噬相关基因。使用Wilcoxon检验识别线粒体自噬相关lncRNA(M... 目的 基于线粒体自噬相关的长链非编码RNA(lncRNA)构建胃癌的预后预测模型。方法 从TCGA和GEO数据库获取与胃癌相关的RNA-seq数据和临床数据。通过维思图识别差异表达的线粒体自噬相关基因。使用Wilcoxon检验识别线粒体自噬相关lncRNA(MRLs),采用单因素Cox回归、LASSO回归和多因素Cox回归分析,建立基于MRLs的胃癌预后模型。根据模型将患者分为实验组和验证组,并在验证队列中进一步评估该风险模型的预测价值。使用Kaplan-Meier生存分析、受试者操作特征曲线和主成分分析评估模型的准确性,进行GO和KEGG分析检查与风险模型相关的富集功能和通路。分析MRLs模型对各种胃癌药物的敏感性,利用ULCAN数据库验证模型lncRNA的表达及其对预后的影响。最后,使用lncSEA 2.0数据库分析LINC01614与胃癌肿瘤免疫微环境的关系。结果 获得6个线粒体自噬相关基因(COL1A1、 CHGA、 FN1、 SFRP4、 CHGB和CA2),并建立了一个包含4个线粒体自噬相关lncRNA(LINC01614、AC107021.2、AP005262.1和AC022467.1)的胃癌预后模型。Kaplan-Meier生存分析显示,高危组患者预后不良(P<0.001)。单因素和多因素Cox回归分析均表明MRLs风险评分是胃癌患者的独立预后指标,且该模型对5年生存率的预测具有较高的准确性(曲线下面积=0.740)。研究发现MRLs风险模型与胃癌患者的各种临床变量和多种药物敏感性特征显著关联。此外,还发现LINC01614与胃癌的肿瘤免疫微环境相关。结论 基于4个lncRNA的MRLs风险模型可以辅助评估胃癌患者的生存和药物敏感性,LINC01614有望成为胃癌治疗的新靶点。 展开更多
关键词 线粒体自噬 胃癌 长链非编码RNA 预测模型 风险评分 肿瘤免疫微环境
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内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2对血管新生的影响:生物信息学分析和实验验证
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作者 燕茹 王凯茹 +2 位作者 张飞燕 贾绍斌 丛广志 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第1期103-110,共8页
背景:血管新生是心血管疾病的主要干预靶点,骨形态发生蛋白2具有调控血管新生作用,但内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2对血管新生的调控作用不清楚。目的:探讨内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2对血管新生的影响。方法:(1)生物信息学分析:通... 背景:血管新生是心血管疾病的主要干预靶点,骨形态发生蛋白2具有调控血管新生作用,但内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2对血管新生的调控作用不清楚。目的:探讨内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2对血管新生的影响。方法:(1)生物信息学分析:通过Panglao DB公共基因表达数据库单细胞转录组荟萃分析观察骨形态发生蛋白2细胞群表达丰度和定位。血管新生小鼠和内皮(心内膜)过表达骨形态发生蛋白2小鼠转录组测序数据集探索内皮细胞骨形态发生蛋白2对血管新生信号通路的调控作用。(2)体内实验验证:建立小鼠后肢缺血模型,对比模型小鼠患侧与健侧缺血后肢7,14和21 d血流灌注情况,免疫荧光和免疫组织化学染色评估小鼠骨形态发生蛋白2和CD31的表达定位情况。(3)体外实验验证:体外培养人脐静脉内皮细胞,分为对照组、缺氧组和骨形态发生蛋白2抑制剂(Noggin蛋白)干预组,培养24 h,观察各组内皮细胞血管新生情况。结果与结论:(1)内皮细胞是表达骨形态发生蛋白2的重要细胞亚群,在血管新生内皮细胞和骨形态发生蛋白2过表达内皮细胞转录组再分析均发现骨形态发生蛋白2表达明显升高,血管新生通路明显激活。(2)缺血7 d小鼠新生血管周围骨形态发生蛋白2阳性血管明显增加(P<0.05),缺血2周骨形态发生蛋白2阳性血管明显减少(P<0.001)。(3)体外培养人脐静脉内皮细胞,缺氧干预后,内皮细胞迁移能力和血管出芽明显增加,血管新生因子血管内皮生长因子和血小板衍生生长因子的表达明显升高,Noggin明显减少了缺氧诱导的内皮细胞血管新生(P<0.001),并下调血管内皮生长因子和血小板衍生生长因子的表达(P<0.01)。(4)结果证实,内皮细胞特异性骨形态发生蛋白2具有调控血管新生作用,靶向性内皮细胞骨形态发生蛋白2可望改善血管新生。 展开更多
关键词 内皮细胞 骨形态发生蛋白2 血管新生 单细胞RNA测序 批量RNA测序 信号通路 后肢缺血模型 成管实验
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基于双硫死亡相关lncRNAs的子宫内膜癌预后模型及其在肿瘤微环境和药物敏感性中的作用研究 被引量:1
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作者 安奇 雷田雨 +1 位作者 车宇航 胡钦勇 《中国医药导报》 2025年第5期132-140,共9页
目的探讨双硫死亡相关长链非编码RNAs(DRLs)在子宫内膜癌(UCEC)中的表达特征及其预后价值,建立有效的预后模型,并分析其在肿瘤微环境和药物敏感性中的作用。方法从TCGA数据库中下载541例UCEC患者转录组数据和临床信息,按照1∶1的比例分... 目的探讨双硫死亡相关长链非编码RNAs(DRLs)在子宫内膜癌(UCEC)中的表达特征及其预后价值,建立有效的预后模型,并分析其在肿瘤微环境和药物敏感性中的作用。方法从TCGA数据库中下载541例UCEC患者转录组数据和临床信息,按照1∶1的比例分为训练组(271例)和验证组(270例)。使用共表达分析、Cox回归及LASSO回归分析得到DRLs并构建预后模型;根据风险评分的中位值将训练组分为高、低风险组,绘制Kaplan-Meier生存曲线,主成分分析、列线图及校准曲线进行模型验证;使用基因集富集分析、免疫微环境分析、突变谱分析及药物敏感性预测比较高、低风险组的生物学差异。结果共得到3个DRLs(AC244517.7、EMSLR、PRDX6-AS1)用于构建预后模型。生存分析显示,训练组和验证组中高风险组总生存期短于低风险组(P<0.01)。主成分分析显示,构建模型的3个DRLs区分度较强;列线图预测UCEC患者1、3、5年生存率分别为99.7%、98.5%、97.9%;校准曲线结果显示,C指数为0.702。基因集富集分析显示,高风险组显著富集于细胞周期和DNA修复相关通路,而低风险组富集于细胞代谢和免疫应答相关通路。高风险组的基质分数、免疫分数、综合分数低于低风险组(P<0.05)。高风险组TEN、ARID1A、PIK3CA、TTN等基因的突变频率低于低风险组,而TP53、KMT2D基因的突变频率高于低风险组(P<0.05)。药物敏感性分析显示,高风险组奥沙利铂半数抑制浓度(IC50)值高于低风险组,紫杉醇、卡莫司汀、AZD6738、BI-2536和BMS-345541的IC50值低于低风险组(P<0.01)。结论基于3个DRLs构建的预后模型对UCEC患者的预后评估具有潜在的临床应用价值,有助于评估不同风险UCEC患者的基因差异、免疫浸润情况和抗肿瘤药物敏感性,为实现UCEC的个性化治疗提供依据。 展开更多
关键词 子宫内膜癌 长链非编码RNAs 双硫死亡 预后模型
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基于铜死亡相关lncRNAs构建肺腺癌的预后风险模型及实验验证 被引量:1
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作者 菅若男 甄华 +1 位作者 杨蕾 郭晶晶 《中国临床新医学》 2025年第1期53-60,共8页
目的基于铜死亡相关长链非编码RNAs(CRLS)构建肺腺癌的预后风险模型并进行实验验证。方法从TCGA数据库获取肺腺癌数据,构建CRLS预后风险模型并计算风险评分,根据中位数将患者分为高风险组(≥风险评分中位数)和低风险组(<风险评分中位... 目的基于铜死亡相关长链非编码RNAs(CRLS)构建肺腺癌的预后风险模型并进行实验验证。方法从TCGA数据库获取肺腺癌数据,构建CRLS预后风险模型并计算风险评分,根据中位数将患者分为高风险组(≥风险评分中位数)和低风险组(<风险评分中位数)。使用风险评分分布曲线和散点图显示风险评分与生存状态的关系,采用主成分分析(PCA)、Kaplan-Meier分析及C-index曲线评估预测效能。利用肿瘤药敏多组学库评估两组对不同药物的敏感性,通过肿瘤免疫功能障碍和排除算法(TIDE)比较两组对免疫检查点抑制剂(ICIs)的敏感性。选取CASC15进行细胞实验,将其转染至A549细胞和H1975细胞,通过实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)、CCK-8和Transwell实验评估细胞表达、增殖和侵袭能力。结果最终筛选出7个与总生存期(OS)显著相关的CRLS,风险评分=-0.3081×AC090948.1的表达量+0.4604×CASC15的表达量-0.4170×AL353804.1的表达量-1.4322×AP000302.1的表达量+0.4417×AC026356.1的表达量-0.6190×AC007613.1的表达量+0.2710×AL161431.1的表达量。随着风险评分增加,患者死亡数升高。所构建的风险模型能够有效区分低风险和高风险患者,且低风险组生存预后优于高风险组(log-rank检验:χ^(2)=29.352,P<0.001)。风险评分的符合指数高于年龄、性别和临床分期,其预测准确性较好。高风险组顺铂、紫杉醇、多西他赛、5-氟尿嘧啶、长春瑞滨、喜树碱、吉西他滨、吉非替尼、塞卡替尼的IC 50值低于低风险组,埃罗替尼和雷帕霉素的IC 50值高于低风险组,差异有统计学意义(P<0.05)。低风险组TIDE评分低于高风险组,差异有统计学意义(P<0.05)。细胞实验显示,与空白组和对照组比较,CASC15组细胞增殖率、克隆形成率和细胞侵袭率显著增加(P<0.05)。结论7个CRLS组成的风险模型可以有效预测肺腺癌患者的生存预后,模型的风险评分可作为独立的预后因素。该模型为肺腺癌患者在选择常规药物或免疫治疗时提供了新的理论依据。 展开更多
关键词 肺腺癌 铜死亡 长链非编码RNAs 预后风险模型 药敏分析 免疫治疗
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综合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术建立与肝癌CD8^(+)T细胞相关的预后模型 被引量:1
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作者 刘洋 池晴佳 田菲菲 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期169-177,共9页
目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表... 目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表达基因。从TCGA数据库中下载肝癌的基因表达谱数据及临床数据,使用CIBERSORT算法、WGCNA技术筛选出与CD8^(+)T细胞具有相关性的模块基因。将差异基因与模块基因取交集基因并进行GO、KEGG分析,应用单因素COX回归分析和LASSO算法建立预后模型。通过K-M曲线和ROC曲线对模型在内、外部数据集中的预测效果进行验证。根据风险评分的中位值划分高低风险组,对高低风险组间的浸润性免疫细胞分布情况和肿瘤突变情况进行分析。结果 构建出具有9个基因的预后模型,K-M曲线及ROC曲线表明模型在内、外部数据集中均具有良好的预测能力,在高低风险组中,浸润性免疫细胞的分布情况和基因突变情况均存在显著差异。结论 本研究结合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术利用生物信息学方法开发出了一种基于CD8^(+)T细胞的新型预后模型,为肝癌患者的预后改善和生存预测提供了可靠的理论依据。 展开更多
关键词 肝癌 单细胞测序(scRNA-Seq) Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq) CD8^(+)T细胞 预后模型
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基于铜死亡相关长链非编码RNA的结直肠癌预后模型构建及分析
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作者 徐春林 庞琳 +3 位作者 王凌霄 兰文霞 胡震 李耀平 《安徽医药》 2025年第6期1185-1189,I0005-I0008,共9页
目的基于铜死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)构建结直肠癌预后风险评分模型,评估病人预后,为结直肠癌病人的治疗提供新靶点。方法2022年10月至2023年1月,从TCGA数据库中下载结直肠癌RNA的测序数据及临床信息,通过Pearson相关性计算筛选出... 目的基于铜死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)构建结直肠癌预后风险评分模型,评估病人预后,为结直肠癌病人的治疗提供新靶点。方法2022年10月至2023年1月,从TCGA数据库中下载结直肠癌RNA的测序数据及临床信息,通过Pearson相关性计算筛选出铜相关的lncRNA并使用“ConsensusClusterPlus”包进行无监督共识聚类,识别铜死亡lncRNA的潜在亚型,对亚型间的差异lncRNA进行单因素Cox和LASSO回归筛选预后相关的lncRNA构建风险评分,根据风险评分的中位数,将病人划分为高、低风险两组,进行生存差异分析;通过绘制Kaplan-Meier曲线、受试者操作特征曲线(ROC曲线)、生存状态图等评估模型的预测能力,并在GEO数据集上进行验证。最终对高低风险组差异基因进行功能富集。结果共筛选出2508个铜死亡相关基因,通过无监督聚类识别了铜死亡相关lncRNA的潜在亚型,两亚组之间存在生存差异;根据亚组间的差异基因与GEO数据集的基因取交集,共得到122个铜死亡相关lncRNA,通过单因素Cox分析、LASSO回归筛选出6个预后相关的lncRNA构建预后风险评分模型。通过log-rank检验发现高低风险两组存在明显的生存差异。TCGA数据集1、3、5年的ROC曲线曲线下面积(AUC)分别为0.63(0.54,0.72)、0.67(0.59,0.74)、0.69(0.57,0.77),GEO数据集1、3、5年的ROC曲线AUC分别为0.66(0.56,0.76)、0.66(0.59,0.76)、0.68(0.60,0.78);联合临床信息多因素Cox结果显示,预后风险评分可以作为较好的独立预后因子。结论该研究构建了包含RPARP-AS1、ZEB1-AS1、LINC01138、ZNF674-AS1、ALMS1-IT1、LINC01410等6种铜死亡相关的lncRNA的风险特征,可作为结直肠癌潜在的分子生物标志物和治疗靶点。此外,联合风险特征与临床信息构建的Cox回归预测模型将在临床工作中辅助判断结直肠癌病人的预后,帮助病人制定个体化治疗策略。 展开更多
关键词 结直肠肿瘤 铜死亡 长链非编码RNA 预后模型 生物标志物
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二氢睾酮抑制小鼠毛发生长的基因差异性表达研究
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作者 王一州 贾筱琴 +2 位作者 房晓 赵永娟 李燕华 《临床皮肤科杂志》 北大核心 2025年第8期476-481,共6页
目的:建立雄激素性秃发(AGA)小鼠模型,采用RNA测序技术分析与小鼠AGA相关的关键基因。方法:将12只C57BL/6J小鼠随机分为实验组和对照组,每组各6只。所有小鼠均去除背部毛发,对照组小鼠腹腔注射0.4 mL玉米油,实验组小鼠腹腔注射等量二氢... 目的:建立雄激素性秃发(AGA)小鼠模型,采用RNA测序技术分析与小鼠AGA相关的关键基因。方法:将12只C57BL/6J小鼠随机分为实验组和对照组,每组各6只。所有小鼠均去除背部毛发,对照组小鼠腹腔注射0.4 mL玉米油,实验组小鼠腹腔注射等量二氢睾酮(DHT)溶液,建立小鼠AGA模型,共给药21天,期间观察并记录各组小鼠的背部毛发生长情况。21天后,使用皮肤镜检查毛发密度,HE染色观察背部皮肤组织病理变化。收集脱毛区域的新鲜皮肤组织进行总RNA测序分析、差异表达基因(DEGs)分析和基因集富集分析(GSEA)。结果:给药21天后,与对照组相比,实验组小鼠背部毛囊数量明显减少,差异有统计学意义(P<0.05)。火山图和聚类热图显示,实验组和对照组的基因表达差异有统计学意义(P<0.05),共发现2355个DEGs(1511个上调基因,844个下调基因)。GSEA结果显示,与对照组相比,实验组中与毛发生长相关的通路相关基因表达下调,包括脂肪酸代谢、电子传递链、ATP合成耦合电子传递和缺氧诱导因子(HIF)-1信号通路。实验组和对照组之间的DEGs主要涉及毛囊的生长和发育,包括Krt74、Dsg4和Dld等基因。结论:脂肪酸代谢、电子传递链、ATP合成耦合电子传递和HIF-1信号通路等相关基因下调,尤其是Krt74、Dsg4和Dld等关键基因可能参与了小鼠AGA的发生和进展。 展开更多
关键词 雄激素性秃发 动物模型 RNA测序 信号通路
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S100A4和VEGF在银屑病中的作用及其通过低聚半乳糖调控的机制研究
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作者 许浩然 张倩 +2 位作者 王祯瑞 王慧琴 吴卫东 《新疆医科大学学报》 2025年第4期447-455,共9页
目的探究S100钙结合蛋白A4(S100A4)调控的潜在靶标基因及其功能,以及S100A4和血管内皮生长因子(Vascular endothelial growth factor,VEGF)在咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型中的表达。评估低聚半乳糖(Galacto-oligasuccharides,GOS)对S10... 目的探究S100钙结合蛋白A4(S100A4)调控的潜在靶标基因及其功能,以及S100A4和血管内皮生长因子(Vascular endothelial growth factor,VEGF)在咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型中的表达。评估低聚半乳糖(Galacto-oligasuccharides,GOS)对S100A4和VEGF表达的影响,考察GOS对改善银屑病样皮炎症状的潜在疗效。方法在HaCat细胞中进行传代培养,并使用转录组测序技术研究S100A4沉默后的基因表达模式。选取7~8周龄健康的野生型雄性Balb/c小鼠,分为凡士林(VAS)组、咪喹莫特(IMQ)组、低聚半乳糖(GOS)组、生理盐水(NS)组,每组11只,IMQ组、GOS组、NS组每日涂抹IMQ乳膏建立银屑病小鼠模型,VAS组给予同等剂量的凡士林乳膏,持续1周。建模成功后,GOS组灌喂低聚半乳糖,800 mg·kg-1·d-1,NS组每日灌喂同等剂量的生理盐水,持续2周,VAS组、IMQ组小鼠背部外用0.9%生理盐水,1次/d,持续2周,期间定期观察小鼠皮损情况,于第21天处死小鼠,通过HE染色观察皮损病理表现,Western印迹及实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测S100A4及VEGF的表达。结果沉默S100A4引起的显著差异表达基因(DEGs)有747个,其中上调表达基因345个,下调表达基因402个。富集分析揭示上调的DEGs主要富集在炎症应答、角质化等通路,下调的DEGs主要富集在多细胞生物生长、血管生成等通路。动物实验显示,GOS组小鼠的鳞屑、红斑明显改善。Western印迹结果显示,IMQ组S100A4(P=0.012)、VEGF(P=0.004)蛋白表达均较VAS组升高,GOS组S100A4(P=0.011)、VEGF(P=0.015)蛋白表达均较NS组下降;RT-qPCR显示,IMQ组S100A4 mRNA(P=0.009)表达量较VAS组升高,GOS组S100A4 mRNA(P=0.045)表达量较NS组显著降低。结论S100A4可以调控与炎症和血管生成相关的多个基因的表达,调节细胞凋亡功能通路相关基因的可变剪接;S100A4及VEGF在银屑病小鼠模型中呈高表达;GOS可以通过抑制S100A4及VEGF的表达,显著改善IMQ诱导的小鼠银屑病样皮炎。 展开更多
关键词 银屑病 咪喹莫特模型 低聚半乳糖 RNA-SEQ S100钙结合蛋白A4 血管内皮生长因子
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胃癌双硫死亡相关长链非编码RNA预后模型建立与应用
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作者 胡巾帼 朱轶天 +3 位作者 沈一杰 沈榕 沈文军 张璇 《肿瘤学杂志》 2025年第4期346-356,共11页
[目的]基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库,分析胃癌患者的基因表达矩阵,构建双硫死亡相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)(disulfidptosis-related lncRNA,DRL)的预后模型。[方法]胃癌患者的转录组数... [目的]基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库,分析胃癌患者的基因表达矩阵,构建双硫死亡相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)(disulfidptosis-related lncRNA,DRL)的预后模型。[方法]胃癌患者的转录组数据和临床信息均来自TCGA数据库。从文献中获得双硫死亡相关基因,并进行Pearson相关分析以鉴定DRL。对DRL进行机器学习算法,单因素Cox和Lasso分析得到与预后特征相关的DRL,多因素Cox分析确定具有独立预后价值的DRL,并构建风险模型,根据模型风险评分的中位数将胃癌样本分为高、低风险组。通过实时荧光定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)验证DRL预后基因在正常胃黏膜上皮细胞系(GSE-1)和胃癌细胞系(AZ521、MKN45和MGC-803)之间的差异表达。并进一步进行临床亚组、肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)检测、药物敏感性分析、免疫浸润和通路富集分析。[结果] Lasso回归分析、单因素Cox分析和多因素Cox分析获得6个与胃癌临床结局相关的DRL(IGFL2-AS1、AC129507.1、PINK1-AS、TNFRSF10AAS1、AC000123.1和FLNB-AS1),并证实均是胃癌的独立预后因素。基于上述6个DRL构建胃癌的预后模型,并验证了模型的可靠性。生存分析显示高风险组患者的总生存期明显短于低风险组患者(P<0.001)。免疫浸润和药物敏感性分析显示不同风险组之间免疫浸润细胞和敏感性药物存在显著性差异(P<0.05)。q RT-PCR结果提示AC129507.1和TNFRSF10A-AS1在3种胃癌细胞系中的表达水平均显著高于GSE-1细胞系(P<0.05)。[结论]基于DRL的预后模型对于胃癌的预后预测和精确治疗有一定作用。 展开更多
关键词 双硫死亡 长链非编码RNA 胃肿瘤 预后模型 药物敏感性
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单细胞转录组分析揭示新冠病毒感染过程中关键识别RNA结合蛋白调控子的作用
11
作者 潘季伟 高月颖 +2 位作者 张娅 余金阳 李永生 《海南医学》 2025年第14期1981-1990,共10页
目的识别RNA结合蛋白(RBP)在新型冠状病毒感染(COVID-19)发展过程中的动态变化,并构建基于RBP调控子的分类模型用于预测COVID-19进程及区分疾病感染进程中的细胞类型。方法从GEO数据库下载2022年10月更新的有关COVID-19的单细胞转录组... 目的识别RNA结合蛋白(RBP)在新型冠状病毒感染(COVID-19)发展过程中的动态变化,并构建基于RBP调控子的分类模型用于预测COVID-19进程及区分疾病感染进程中的细胞类型。方法从GEO数据库下载2022年10月更新的有关COVID-19的单细胞转录组数据和临床数据。通过Seurat包对源数据进行质控预处理,保留37994个细胞并注释了7种细胞类型。利用Wilcoxon秩和检验筛选出在不同细胞类型中差异表达的基因。使用R包clusterProfiler基于校正P值<0.01且平均表达的倍数变化(avg_log_(2)FC)>0.25的显著上调基因进行GO富集分析。基于RBPreg算法识别新冠病毒感染进展中不同细胞类型的关键RBP调控子。通过GENIE3评估RBP-基因调控相关性并基于AUCell包评估不同细胞类型中RBP调控子的活性。利用Caret包将细胞以7:3的比例分为训练集和验证集。基于RBP调控子及其靶基因的调控网络作为特征构建逻辑回归模型。利用pROC包绘制受试者操作特征(ROC)曲线图以评价模型区分新冠病毒感染阶段以及不同细胞类型的效能。结果本研究纳入的37994个细胞中,健康阶段细胞14867个,轻症阶段细胞16884个,重症阶段细胞6243个。在健康阶段识别到34个RBP调控子,其中有13个细胞类型特异RBP调控子和21个共享RBP调控子;在轻症阶段识别到38个RBP调控子,包含了13个特异RBP调控子和25个共享RBP调控子;在重症阶段识别到38个RBP调控子,由16个特异RBP调控子和22个共享RBP调控子组成。ROC曲线显示的AUC值范围位于0.816~0.997之间,表明基于RBP调控子及其调控靶基因构建的分类模型预测效能较好。结论本研究构建的基于RBP调控子相关的分类模型可有效预测新冠病毒感染进程以及不同细胞类型。 展开更多
关键词 RNA结合蛋白 分类模型 新型冠状病毒感染 单细胞转录组 RNA结合蛋白调控网络
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基于单分子磁镊技术研究SARS-CoV-2复制转录的动态过程
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作者 郭芊宏 陈晓敏 +1 位作者 郑志勤 樊军 《医用生物力学》 北大核心 2025年第4期895-901,共7页
目的为了阐明病毒复制转录中的动力学特征,建立病毒体外复制转录模型,利用单分子磁镊技术探究SARS-CoV-2 RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)体外复制转录的动态过程。方法以DNA片段为研究对象进行单分子磁镊系统... 目的为了阐明病毒复制转录中的动力学特征,建立病毒体外复制转录模型,利用单分子磁镊技术探究SARS-CoV-2 RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)体外复制转录的动态过程。方法以DNA片段为研究对象进行单分子磁镊系统的力场校正,随后构建RNA片段探究RdRp体外复制转录动力学。结果力场校正结果符合蠕虫链模型(worm-like chain model,WLC)。在30 pN力场下ssRNA链比dsRNA链长约0.3μm且能稳定延伸,RdRp的延伸平均合成速率3.27 nt/s,RdRp的持续合成活性为平均886 nt。结论实现了对单分子磁镊力场校正,通过实时监测RdRp体外复制转录起始、延伸和终止等阶段动力学表征,建立RdRp的体外复制转录模型。研究结果为进一步利用单分子磁镊技术研究病毒RdRp在不同体外环境下复制、转录和回溯等生理过程的动力学提供基础,同时为在体外研究不同药物对病毒复制转录过程的影响构建单分子磁镊模型。 展开更多
关键词 单分子磁镊 蠕虫链模型 RNA依赖的RNA聚合酶 复制转录
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基于癌症基因组图谱数据库双硫死亡相关LncRNA构建肝细胞癌预后模型及其效能分析
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作者 牛日雨 王益杰 +1 位作者 王欣 李成忠 《实用肝脏病杂志》 2025年第1期128-131,共4页
目的鉴定与双硫死亡相关长链非编码RNA(DRLs)相关的肝细胞癌(HCC)预后特征并构建预后模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取HCC数据,基于单因素COX回归、套索回归(LASSO)和多因素COX回归筛选DRLs,构建HCC预后模型并验证模型效... 目的鉴定与双硫死亡相关长链非编码RNA(DRLs)相关的肝细胞癌(HCC)预后特征并构建预后模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取HCC数据,基于单因素COX回归、套索回归(LASSO)和多因素COX回归筛选DRLs,构建HCC预后模型并验证模型效能。基于风险评分中位值划分HCC高风险组与低风险组。基于DRLs特征,通过聚类分析识别HCC分子亚型。基于不同的风险分组和分子亚型聚类进行生存分析。结果共鉴定出3002个DRLs,经单因素COX回归筛选得到345个与预后相关的DRLs(P<0.05);LASSO回归进一步将DRLs数量筛选至7个,最后经多因素COX回归筛选获得3个参与模型构建的DRLs;风险评分公式如下:风险评分=0.9478×AC026412.3表达量+0.5511×RNF216P1表达量+0.5367×TMCC1-AS1表达量;高风险组总生存期(OS)显著低于低风险组(P<0.05);聚类分析将HCC样本分为3个分子亚型,即聚类1(C1)、聚类2(C2)和聚类3(C3);生存分析显示C2类HCC患者预后最好,C1次之,C3最差(P<0.001)。结论应用3个DRLs构建的HCC预后模型可为患者的个性化管理及治疗提供指导依据。 展开更多
关键词 肝细胞癌 长链非编码RNA 预后模型 双硫死亡 癌症基因组图谱数据库
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基于尿液circRNA表达水平的狼疮性肾炎诊断模型构建与验证
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作者 许瑜佳 王友庆 陈士芳 《免疫学杂志》 2025年第7期489-494,共6页
目的探讨狼疮性肾炎患者尿液中circRNA表达水平,构建狼疮性肾炎诊断模型,评估并验证其诊断效能。方法选择2022年1月至2024年1月收治的120例狼疮性肾炎患者作为观察组,按7∶3分为训练组84例、验证组36例。再选取接受健康检查的100例健康... 目的探讨狼疮性肾炎患者尿液中circRNA表达水平,构建狼疮性肾炎诊断模型,评估并验证其诊断效能。方法选择2022年1月至2024年1月收治的120例狼疮性肾炎患者作为观察组,按7∶3分为训练组84例、验证组36例。再选取接受健康检查的100例健康人员作为对照组。利用基因测序的方法检测训练组和对照组患者尿液标本中的circRNA-0001445、circRNA-002059、hsa-circ-0007385、hsa-circ-0000006表达水平,运用多因素Logistic回归分析构建基于尿液circRNA表达水平的狼疮性肾炎诊断模型,并通过受试者工作特征(ROC)曲线分析评价circRNA单个指标和联合预测模型的诊断价值,后通过验证组验证该模型的预测效能。结果训练组患者尿液中circRNA-0001445、circRNA-002059、hsa-circ-0007385、hsa-circ-0000006表达量相较于对照组均升高(P<0.01);多因素Logistic回归分析发现,尿液中circRNA-0001445(OR=1.094)、circRNA-002059(OR=1.040)、hsa-circ-0007385(OR=1.033)、hsa-circ-0000006(OR=1.130)表达量是诊断狼疮性肾炎的独立因素(P<0.01);ROC曲线分析显示,基于尿液circRNA表达水平构建的联合模型在训练组和验证组中曲线下面积分别为0.985、0.911,敏感性为95.00%、91.67%,特异性为99.00%、89.00%,均高于单项尿液circRNA表达水平诊断效能。结论基于尿液circRNA表达水平构建的狼疮性肾炎诊断模型具有较高的诊断效能,且经内部检验证实,或能为临床医师对狼疮性肾炎的早期诊断提供有力支持。 展开更多
关键词 狼疮肾炎 环状核糖核酸 尿液 诊断模型 验证分析
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基于TCGA数据库构建坏死性凋亡相关lncRNA模型评估子宫内膜癌预后
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作者 蔡婷 赵丽娟 陈煌 《武汉大学学报(医学版)》 2025年第5期630-636,共7页
目的:构建基于坏死性凋亡相关长链非编码RNA(NRlncRNA)的预后模型,并评估其在子宫内膜癌(EC)患者中的应用,为患者的个性化治疗提供理论依据。方法:从TCGA数据库中获取EC患者的转录组数据和临床信息,筛选出与坏死性凋亡相关的lncRNA。采... 目的:构建基于坏死性凋亡相关长链非编码RNA(NRlncRNA)的预后模型,并评估其在子宫内膜癌(EC)患者中的应用,为患者的个性化治疗提供理论依据。方法:从TCGA数据库中获取EC患者的转录组数据和临床信息,筛选出与坏死性凋亡相关的lncRNA。采用单因素Cox回归、多因素Cox回归及LASSO回归分析构建多基因风险评分模型。通过Kaplan-Meier生存分析、ROC曲线分析等方法评估模型的预测能力,并在不同临床亚组中进行验证。结果:筛选出与坏死性凋亡相关的1020个lncRNA,并通过回归分析构建了7个lncRNA的预后模型。模型在训练集、测试集及整个数据集中显示出较高的预测准确性。Kaplan-Meier生存分析显示高风险组与低风险组患者生存率显著不同(P<0.001)。ROC曲线分析结果表明,模型在1年、3年和5年的AUC值分别为0.731、0.732和0.739,表明该模型具有良好的预后预测性能。结论:本研究成功构建了基于坏死性凋亡相关lncRNA的预后模型,具有较高的预测准确性和临床适用性,为EC患者的个性化预后评估和靶向治疗提供了新的理论支持。 展开更多
关键词 子宫内膜癌 坏死性凋亡 长链非编码RNA TCGA数据库 预后模型
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基于内质网应激相关LncRNAs构建肝细胞癌预后模型及验证
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作者 王雪飞 牛日雨 张传永 《肝胆外科杂志》 2025年第3期219-226,共8页
目的基于内质网应激(ERS)相关长链非编码RNAs(LncRNAs)构建肝细胞癌(HCC)预后模型,为HCC患者预后评估和个体化治疗提供分子标志物和理论依据。方法通过癌症基因组图谱数据库获取HCC患者的转录组和临床数据。通过分子标志物数据库获取ER... 目的基于内质网应激(ERS)相关长链非编码RNAs(LncRNAs)构建肝细胞癌(HCC)预后模型,为HCC患者预后评估和个体化治疗提供分子标志物和理论依据。方法通过癌症基因组图谱数据库获取HCC患者的转录组和临床数据。通过分子标志物数据库获取ERS基因。通过Pearson相关性分析,获取ERS相关LncRNAs。采用单变量Cox回归初步识别与ERS相关的预后LncRNAs。随后,运用LASSO正则化回归结合多变量Cox回归对筛选结果进行优化,并建立预后预测模型。根据模型得出的风险评分值,以评分中位数为分界点,将样本划分为高风险与低风险两个亚组。根据聚类分析,将患者划分为不同的分子亚型。使用Kaplan-Meier生存分析、受试者工作特征曲线、单变量Cox回归和多变量Cox回归验证以及评估模型。结果Pearson相关性分析共获取581个ERS相关LncRNAs,单变量Cox回归筛选出113个ERS相关预后LncRNAs(P<0.05)。LASSO和多变量Cox回归筛选出3个ERS相关预后LncRNAs构建风险模型。风险评分=(0.537×WAC-AS1表达量)+(0.515×AC026356.1表达量)+(0.520×AL442125.2表达量)。聚类分析将HCC划分为3种分子亚型。生存分析显示,高风险组HCC患者的预后较低风险组差(P<0.01)。在整个数据集中,C3分子亚型预后最好,C2次之,C1最差(P<0.001)。模型预测HCC患者1年、3年和5年生存概率的曲线下面积分别为0.751、0.645和0.629。Cox回归对单变量及多变量数据分析的结果表明,风险评分可作为HCC的独立预后评估指标。结论基于WAC-AS1、AC026356.1和AL442125.2构建的HCC预后模型具有较高的准确性和区分度,模型构建LncRNAs为HCC潜在的预后和治疗分子标志物。 展开更多
关键词 内质网应激 长链非编码RNA 肝细胞癌 预后模型
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基于LASSO-Cox回归模型的原发性高血压患者颈动脉斑块形成风险的影响因素分析
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作者 黄艳军 张景亮 +2 位作者 刘先松 刘佳昕 贾莉莉 《中华老年心脑血管病杂志》 北大核心 2025年第9期1153-1157,共5页
目的基于LASSO-Cox回归模型分析原发性高血压患者颈动脉斑块形成的影响因素。方法回顾性纳入2020年3月至2021年3月郑州大学第一附属医院收治的新发高血压患者325例,其中308例完成2年随访,根据随访期间是否发生颈动脉斑块(内膜中层厚度... 目的基于LASSO-Cox回归模型分析原发性高血压患者颈动脉斑块形成的影响因素。方法回顾性纳入2020年3月至2021年3月郑州大学第一附属医院收治的新发高血压患者325例,其中308例完成2年随访,根据随访期间是否发生颈动脉斑块(内膜中层厚度是否≥1.5 mm)分为发生组85例和未发生组223例。比较两组临床资料及环状RNA(circular RNA,circRNA)的表达水平,应用LASSO回归模型筛选出颈动脉斑块形成的预测因子,并以Cox回归模型探究患者颈动脉斑块形成的影响因素。结果发生组年龄、体质量指数、颈动脉内膜中层厚度合并糖尿病、尿酸、同型半胱氨酸水平显著高于未发生组,高密度脂蛋白胆固醇(high-density lipoprotein cholesterol,HDL-C)显著低于未发生组(P<0.01)。发生组hsa-circ-0105130、hsa-circ-0109569、hsa-circ-0072659、hsa-circ-0079586以及hsa-circ-0064684表达水平明显高于未发生组(P<0.01)。多因素Cox回归分析显示,hsa-circ-0109569和同型半胱氨酸水平是颈动脉斑块形成的危险因素(P<0.05,P<0.01),HDL-C水平为保护因素(P<0.01)。hsa-circ-0109569、HDL-C、同型半胱氨酸联合预测颈动脉斑块的曲线下面积为0.977(95%CI:0.953~0.991,P<0.01)。结论高hsa-circ-0109569、同型半胱氨酸以及低HDL-C是原发性高血压患者发生颈动脉斑块形成的危险因素。 展开更多
关键词 RNA 环状 原发性高血压 颈动脉狭窄 LASSO回归模型
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心力衰竭动物模型的分子细胞机制与非编码RNA干预
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作者 于冰 郝春华 +2 位作者 刘杰 张津溢 王维亭 《心血管病学进展》 2025年第2期147-152,共6页
心力衰竭是一种复杂的临床综合征,被认为是不可逆的临床过程。临床前动物模型的疾病机制研究可为心力衰竭新型治疗药物的研发提供有力支撑。现按照病因对导致心肌损伤与负荷异常两大方面心力衰竭模型发生的分子细胞机制进行综述,并就新... 心力衰竭是一种复杂的临床综合征,被认为是不可逆的临床过程。临床前动物模型的疾病机制研究可为心力衰竭新型治疗药物的研发提供有力支撑。现按照病因对导致心肌损伤与负荷异常两大方面心力衰竭模型发生的分子细胞机制进行综述,并就新型非编码RNA对其干预进行阐述,为心力衰竭新型先进疗法产品设计与研发提供参考。 展开更多
关键词 心力衰竭 动物模型 分子细胞机制 非编码RNA
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基于癌症相关成纤维细胞构建骨肉瘤预后风险评分预测模型及其与免疫微环境的关系
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作者 黄子艳 蔡洋杰 +2 位作者 王榀天 唐海军 李波香 《广西医学》 2025年第2期254-262,共9页
目的 基于癌症相关成纤维细胞(CAFs)构建骨肉瘤预后风险评分预测模型,并分析其与免疫微环境的关系。方法 基于GSE162454数据集中6名骨肉瘤患者的单细胞RNA测序数据,鉴定CAFs亚群并筛选CAFs亚群的差异表达基因(DEGs)。针对CAFs的DEGs,使... 目的 基于癌症相关成纤维细胞(CAFs)构建骨肉瘤预后风险评分预测模型,并分析其与免疫微环境的关系。方法 基于GSE162454数据集中6名骨肉瘤患者的单细胞RNA测序数据,鉴定CAFs亚群并筛选CAFs亚群的差异表达基因(DEGs)。针对CAFs的DEGs,使用加权基因共表达网络分析方法进行基因聚类,并利用cor函数筛选得出CAFs的免疫基因(IG_CAFs)。采用单因素和多因素COX回归模型、最小绝对收缩与选择算子回归模型分析与骨肉瘤患者预后独立相关的基因,用于构建风险评分预测模型,并评估其预测性能。使用xCell、MCPcounter和CIBERSORT算法评估风险评分预测模型与免疫细胞浸润水平的相关性。采用qRT-PCR分析IG_CAFs在人类成骨细胞(h FOB1.19)、骨肉瘤细胞系(143B、SA0S2、HOS和MG63)中的表达情况。结果 共筛选出912个CAFs的DEGs,6个IG_CAFs(BCAR1、BMP1、IFITM3、RGS5、SERPINE2和TUSC1)是与骨肉瘤患者预后独立相关的基因,风险评分预测模型=(-0.120×BCAR1)+(0.039×BMP1)+(-0.005×IFITM3)+(-0.119×RGS5)+(0.013×SERPINE2)+(0.112×TUSC1)。该风险评分预测模型在测试数据集和验证数据集中的预测性能良好。在3个免疫浸润算法中,风险评分预测模型与单核巨噬细胞系统之间存在较强的相关性。与hFOB1.19细胞相比,BCAR1、TUSC1、RGS5、BMP1、IFITM3和SERPINE2在4种骨肉瘤细胞系中存在差异表达。结论 基于SERPINE2、BMP1、TUSC1、RGS5、IFITM3和BCAR1构建的风险评分预测模型,对骨肉瘤患者预后的预测性能较好,这6个IG_CAFs可能通过调节单核巨噬细胞来影响免疫微环境和患者预后。 展开更多
关键词 肿瘤相关成纤维细胞 骨肉瘤 单细胞RNA测序 预后 风险评分预测模型 免疫浸润
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基于RNA-Seq技术分析产后大鼠动物模型的生物学机制
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作者 李可 李一凡 +1 位作者 张皓淋 官庆烨 《实验动物科学》 2024年第6期64-74,共11页
目的通过转录组学测序技术(RNA-Seq)分析孕产大鼠动物模型基因差异性表达,并分析生物机制特征。方法将9只10周龄雌性SD大鼠按照随机数字表法分为非孕产组(Y0)、一次孕产组(Y1)和二次孕产组(Y2),每组3只。于产后取大鼠腹主动脉血提取RNA... 目的通过转录组学测序技术(RNA-Seq)分析孕产大鼠动物模型基因差异性表达,并分析生物机制特征。方法将9只10周龄雌性SD大鼠按照随机数字表法分为非孕产组(Y0)、一次孕产组(Y1)和二次孕产组(Y2),每组3只。于产后取大鼠腹主动脉血提取RNA,采用RNA-Seq技术进行转录组学测序,将筛选的差异基因进行GO和KEGG生物信息学分析。结果与非孕产大鼠相比,二次孕产与一次孕产大鼠共同差异表达1222个基因。GO分析发现差异基因主要集中在与免疫、氧化应激、代谢相关的各种生物学过程中,KEGG分析发现差异基因主要与免疫系统、信号传导、信号分子和相互作用、细胞生长和死亡、运输和分解代谢等信号通路相关。结论产后大鼠能模拟人体孕产后生物机能变化情况,可以作为动物模型用于观察孕产对机体生物功能产生的影响,探索有效预防干预手段。 展开更多
关键词 孕产 动物模型 RNA测序
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