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乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联 被引量：6
1
作者 马晓萌 轩俊丽 +8 位作者 王慧华 袁泽湖 吴明明 朱才业 刘瑞凿 魏彩虹 赵福平 杜立新 张莉 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1391-1407,共17页
【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样... 【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS（22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58;GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ^2适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）。rs02位点处于低度多态（PIC〈0.25）, 展开更多
关键词 ripk2基因 生长性状 多态性 关联分析 乌珠穆沁绵羊
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鸡RIPK2基因启动子核心区域及生物信息学分析 被引量：5
2
作者 马予怡 杨业新 +2 位作者 李欢 孙长花 孙红艳 《中国家禽》 北大核心 2022年第2期10-18,共9页
为了对前期高通量测序筛选出的抗禽致病性大肠杆菌鸡中高表达RIPK2基因进行结构和蛋白功能探析,试验通过PCR技术克隆鸡RIPK2起始密码子前3 201 bp的启动子区,构建系列启动子区缺失载体,转染HD11细胞,双荧光素酶试验检测启动子核心区域;5... 为了对前期高通量测序筛选出的抗禽致病性大肠杆菌鸡中高表达RIPK2基因进行结构和蛋白功能探析,试验通过PCR技术克隆鸡RIPK2起始密码子前3 201 bp的启动子区,构建系列启动子区缺失载体,转染HD11细胞,双荧光素酶试验检测启动子核心区域;5-Azadc、TSA或5-Azadc和TSA联合处理鸡RIPK2启动子;并结合生物信息学技术对鸡RIPK2蛋白的理化性质进行系统分析。结果显示:通过PCR技术成功克隆鸡RIPK2启动子区不同片段,单、双酶切测序结果准确;-2 300~+38 bp区域是鸡RIPK2基因启动子的基本活性区域,-2 300~-1 839 bp之间存在AP-1、CEBPA和NFκB等重要正调控元件。用5-Azadc、TSA以及5-Azadc和TSA联合分别处理鸡RIPK2启动子,均可提高其转录活性。生物信息学分析表明:鸡RIPK2蛋白在细胞核中表达;在生物进化进程中物种间保守性一般,禽类中保守性很高;存在自身磷酸化位点。试验结果为进一步研究鸡RIPK2基因转录调控机制和蛋白功能奠定了基础。 展开更多
关键词 鸡ripk2基因 启动子 5-Azadc TSA 生物信息学
原文传递
LPS刺激对鸡HD11细胞RIPK2基因甲基化的影响及调控
3
作者 李欢 马武生 孙长花 《扬州职业大学学报》 2023年第1期22-27,共6页
为分析LPS刺激前后对RIPK2基因甲基化的影响,试验采用凝胶电泳、亚硫酸氢盐、双荧光素酶报告系统和qRT-PCR方法分析LPS刺激前后RIPK2基因的甲基化模式及甲基化相关试剂对鸡RIPK2启动子活性及表达水平影响。结果表明:LPS刺激后鸡RIPK2基... 为分析LPS刺激前后对RIPK2基因甲基化的影响,试验采用凝胶电泳、亚硫酸氢盐、双荧光素酶报告系统和qRT-PCR方法分析LPS刺激前后RIPK2基因的甲基化模式及甲基化相关试剂对鸡RIPK2启动子活性及表达水平影响。结果表明:LPS刺激后鸡RIPK2基因甲基化水平从53.8%下降至15.4%;5-氮杂胞苷显著性提高鸡RIPK2启动子活性,促进基因表达;而CpG甲基转移酶M. SssI显著性抑制鸡RIPK2启动子活性,抑制基因表达。研究结果对提高家禽免疫和控制过度性炎症反应具有十分重要的现实意义。 展开更多
关键词 鸡ripk2 LPS 5-氮杂胞苷 M.SssI 基因表达
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