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RAD51AP1基因表达在三阴性乳腺癌脑转移中的生物信息分析 被引量:2
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作者 欧丹 蔡钢 陈佳艺 《诊断学理论与实践》 2024年第2期146-154,共9页
目的:采用生物信息分析筛选三阴性乳腺癌脑转移相关差异性表达基因(differentially expressed genes,DEG),并探索影响预后的潜在作用机制。方法:在基因表达数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)检索获得GSE76250(三阴性乳腺癌组织与正... 目的:采用生物信息分析筛选三阴性乳腺癌脑转移相关差异性表达基因(differentially expressed genes,DEG),并探索影响预后的潜在作用机制。方法:在基因表达数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)检索获得GSE76250(三阴性乳腺癌组织与正常乳腺组织)和GSE125989(三阴性乳腺癌脑转移病灶组织与三阴性乳腺癌原发灶组织) 2个数据集,筛选DEG。采用GO(Gene Ontology)分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析寻找潜在的三阴性乳腺癌脑转移相关基因。通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库中的临床组织样本,验证相关基因表达水平与乳腺癌预后间的关系,并使用KEGG的基因集进行基因富集分析,评估DEG可能参与的信号通路。结果:在GSE125989和GSE76250数据集中共筛选出52个DEG,蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction, PPI)分析提示RAD51AP1为三阴性乳腺癌脑转移的重要相关基因。TCGA数据分析显示,相较于癌旁组织RAD51AP1在乳腺癌组织中高表达;不同分子分型中,基底样型中乳腺癌PAD51AP1高表达。以RAD51AP1在癌组织表达中位数[log2(TPM+1)=3.85],将乳腺癌患者分为高表达和低表达组,生存分析显示,高表达患者的中位生存期差于低表达者[3 873 d比3 945 d,P<0.05,HR=1.40(1.01~1.94)]。通过GO、KEGG、基因富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)发现,RAD51AP1在细胞周期、DNA复制、错配修复等信号通路中有富集明显。基于细胞周期和DNA损伤修复信号通路相关蛋白信息构建PPI,筛选与RAD51AP1直接相互作用的蛋白质,其中增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)与RAD51AP1的相关性较强(R=0.715,P<0.001)。结论:RAD51AP1在三阴性乳腺癌及其脑转移组织中高表达,可能作为潜在的诊断三阴性乳腺癌及预后不良的生物标志物,且其异常表达介导乳腺癌脑转移进程可能与PCNA相关。 展开更多
关键词 三阴性乳腺癌 脑转移 生物信息学分析 rad51ap1
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Identification of the E2F1-RAD51AP1 axis as a key factor in MGMT-methylated GBM TMZ resistance 被引量:1
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作者 Junhu Zhou Fei Tong +6 位作者 Jixing Zhao Xiaoteng Cui Yunfei Wang Guangxiu Wang Chunsheng Kang Xiaomin Liu Qixue Wang 《Cancer Biology & Medicine》 SCIE CAS CSCD 2023年第5期385-400,共16页
Objective:Epidermal growth factor receptor variant III(EGFRvIII)is a constitutively-activated mutation of EGFR that contributes to the malignant progression of glioblastoma multiforme(GBM).Temozolomide(TMZ)is a standa... Objective:Epidermal growth factor receptor variant III(EGFRvIII)is a constitutively-activated mutation of EGFR that contributes to the malignant progression of glioblastoma multiforme(GBM).Temozolomide(TMZ)is a standard chemotherapeutic for GBM,but TMZ treatment benefits are compromised by chemoresistance.This study aimed to elucidate the crucial mechanisms leading to EGFRvIII and TMZ resistance.Methods:CRISPR-Cas13a single-cell RNA-seq was performed to thoroughly mine EGFRvIII function in GBM.Western blot,realtime PCR,flow cytometry,and immunofluorescence were used to determine the chemoresistance role of E2F1 and RAD51-associated protein 1(RAD51AP1).Results:Bioinformatic analysis identified E2F1 as the key transcription factor in EGFRvIII-positive living cells.Bulk RNA-seq analysis revealed that E2F1 is a crucial transcription factor under TMZ treatment.Western blot suggested enhanced expression of E2F1 in EGFRvIII-positive and TMZ-treated glioma cells.Knockdown of E2F1 increased sensitivity to TMZ.Venn diagram profiling showed that RAD51AP1 is positively correlated with E2F1,mediates TMZ resistance,and has a potential E2F1 binding site on the promoter.Knockdown of RAD51AP1 enhanced the sensitivity of TMZ;however,overexpression of RAD51AP1 was not sufficient to cause chemotherapy resistance in glioma cells.Furthermore,RAD51AP1 did not impact TMZ sensitivity in GBM cells with high O6-methylguanine-DNA methyltransferase(MGMT)expression.The level of RAD51AP1 expression correlated with the survival rate in MGMT-methylated,but not MGMT-unmethylated TMZ-treated GBM patients.Conclusions:Our results suggest that E2F1 is a key transcription factor in EGFRvIII-positive glioma cells and quickly responds to TMZ treatment.RAD51AP1 was shown to be upregulated by E2F1 for DNA double strand break repair.Targeting RAD51AP1 could facilitate achieving an ideal therapeutic effect in MGMT-methylated GBM cells. 展开更多
关键词 TMZ EGFRVIII E2F1 rad51ap1 MGMT
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RAD51AP1通过CDK1/PI3K/AKT通路影响卵巢癌细胞增殖、细胞周期和凋亡 被引量:1
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作者 林丽丽 莫新宇 +1 位作者 刘莉 莫芳 《中国优生与遗传杂志》 2024年第9期1812-1819,共8页
目的探讨RAD51相关蛋白1(RAD51AP1)通过调控细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)/磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)通路对卵巢癌细胞(OVCAR3)增殖、细胞周期和凋亡的影响及其分子机制。方法通过生信数据库筛选差异表达基因,及对RAD51... 目的探讨RAD51相关蛋白1(RAD51AP1)通过调控细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)/磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)通路对卵巢癌细胞(OVCAR3)增殖、细胞周期和凋亡的影响及其分子机制。方法通过生信数据库筛选差异表达基因,及对RAD51AP1在卵巢癌患者中的表达和总生存期进行分析,qRT-PCR和Western blot检测卵巢癌细胞系中RAD51AP1表达;体外培养OVCAR3细胞,分为Ctrl组、NC组、RAD51AP1-KD组、RAD51AP1-KD+CDK1组,qRT-PCR和Westernblot检测RAD51AP1、CDK1和PI3K/AKT通路相关蛋白表达,CCK8和平板克隆形成实验检测细胞增殖,细胞周期和凋亡由流式细胞术测定。结果差异表达基因RAD51AP1在卵巢癌组织和细胞系中显著上调(P<0.05),且其高表达患者的总生存期时间短(P<0.05);敲低RAD51AP1显著降低了OVCAR3细胞活力和克隆形成能力,阻滞细胞在G0/G1期,促进凋亡,下调CDK1、PI3K和P-AKT的表达(P<0.05),过表达CDK1则部分逆转上述指标(P<0.05)。结论RAD51AP1在卵巢癌细胞中高表达,敲低RAD51AP1可通过调节CDK1/PI3K/AKT通路抑制卵巢癌细胞增殖,诱导细胞周期阻滞和凋亡。 展开更多
关键词 RAD51相关蛋白1(AP1) 细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1) 磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)信号通路 卵巢癌 细胞周期
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RAD51AP1在结直肠癌组织中的表达及意义 被引量:1
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作者 陈苗生 林翠红 +1 位作者 黄凌艳 邱晓明 《中国现代医生》 2022年第21期23-27,共5页
目的观察RAD51AP1在结直肠癌组织中的表达及对结直肠癌细胞增殖、迁移能力的影响。方法收集2019年3月至2021年3月福建医科大学附属龙岩第一医院收治的151例结直肠癌患者的癌组织和癌旁正常组织标本,采用免疫组织化学法分析RAD51AP1表达... 目的观察RAD51AP1在结直肠癌组织中的表达及对结直肠癌细胞增殖、迁移能力的影响。方法收集2019年3月至2021年3月福建医科大学附属龙岩第一医院收治的151例结直肠癌患者的癌组织和癌旁正常组织标本,采用免疫组织化学法分析RAD51AP1表达水平与临床病理特征的关系。将SiRAD51AP1转染SW620细胞,采用MTT法、细胞划痕实验观察该基因表达下调对肿瘤细胞增殖及迁移能力的影响,同时运用Western blotting法检测相关信号通路的表达情况。结果在结直肠癌组织中,RAD51AP1表达高于癌旁正常组织(P<0.001)。RAD51AP1蛋白阳性表达在有、无淋巴结转移方面比较,差异有统计学意义(P<0.05)。细胞划痕实验结果显示,下调RAD51AP1基因表达水平能抑制肿瘤细胞的增殖及迁移,RAD51AP1基因通过m TOR/P70S6K信号通路起作用。结论RAD51AP1在结直肠癌组织中高表达,RAD51AP1基因表达下调,能通过下调mTOR/P70S6K信号通路抑制肿瘤细胞的增殖及迁移。 展开更多
关键词 rad51ap1 免疫组织化学 增殖 结直肠癌
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RAD51连接蛋白1在恶性肿瘤中的研究进展
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作者 陈雨靖 刘东璞 《医学理论与实践》 2024年第8期1298-1300,共3页
恶性肿瘤一直是严重威胁人类健康的医学难题,尽管科学技术在进步,人类生活质量在提高,恶性肿瘤的发病率依然持续上升,其发病机制及治疗也是错综复杂。RAD51连接蛋白1(RAD51AP1)属于RAD51连接蛋白家族的蛋白质,与DNA的同源重组和修复作... 恶性肿瘤一直是严重威胁人类健康的医学难题,尽管科学技术在进步,人类生活质量在提高,恶性肿瘤的发病率依然持续上升,其发病机制及治疗也是错综复杂。RAD51连接蛋白1(RAD51AP1)属于RAD51连接蛋白家族的蛋白质,与DNA的同源重组和修复作用有关,其过表达与多种恶性肿瘤的发生发展密切相关,本文就RAD51AP1与多种恶性肿瘤的关系进行综述如下。 展开更多
关键词 rad51ap1 恶性肿瘤 同源重组
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