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甜菜夜蛾泛素延伸蛋白基因cDNA的3′RACE-PCR扩增及其克隆和表达 被引量：6
1
作者 牛国栋 张海元 张忠信 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期166-170,共5页
根据已知的草地夜蛾Spodopterafrugiperda的泛素延伸基因 5′端核苷酸序列设计引物 ,应用 3′RACE PCR技术 ,从甜菜夜蛾S .exigua脂肪体组织总RNA中反转录扩增泛素基因的cDNA片段。扩增得到的片段全长 5 13bp ,3′末端有 12 3bp的非翻译... 根据已知的草地夜蛾Spodopterafrugiperda的泛素延伸基因 5′端核苷酸序列设计引物 ,应用 3′RACE PCR技术 ,从甜菜夜蛾S .exigua脂肪体组织总RNA中反转录扩增泛素基因的cDNA片段。扩增得到的片段全长 5 13bp ,3′末端有 12 3bp的非翻译区 ,翻译区编码一个长为 12 9个氨基酸残基的蛋白质 ,预测分子量为 14 8kD。同源分析表明 ,此cDNA序列为ubiquitin 5 3aaextensionprotein(ubi 5 3)基因 ,在泛素蛋白后融合了一个核糖体L4 0蛋白 (ribosomalL4 0protein)。用MagAlign和Genedoc软件对cDNA编码的氨基酸序列进行了同源性分析 ,结果表明 :甜菜夜蛾的ubi 5 3基因与真核生物家蚕Bombyxmori、草地夜蛾、果蝇Drosophilamelanogaster和人Homosapienes泛素的同源性分别为 96 9%、98 5 %、95 3%和 93 0 % ,与甜菜夜蛾核型多角体病毒(SeNPV)泛素的同源性为 78 8% ,说明真核生物的泛素基因与核型多角体病毒的泛素基因可能存在不同的分子进化途径。将甜菜夜蛾的ubi 5 3基因克隆到原核表达载体pET 2 8a上 ,转化至BL2 1(DE3)中 ,用IPTG进行诱导表达 ,用异源泛素单克隆抗体进行Westernblot检测 。 展开更多
关键词 甜菜夜蛾 3′RACE—PCR 泛素延伸基因 分子进化 原核表达
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香蕉枯萎和细菌性软腐病菌的多重PCR检测 被引量：2
2
作者 蒲小明 张景欣 +4 位作者 沈会芳 孙大元 刘平平 林壁润 杨祁云 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期211-218,231,共9页
香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense和细菌性软腐病菌Dickeya zeae的复合侵染为害给香蕉产业发展带来严重挑战,有必要建立相关病害的多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction,multiplex PCR)检测技术。本文... 香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense和细菌性软腐病菌Dickeya zeae的复合侵染为害给香蕉产业发展带来严重挑战,有必要建立相关病害的多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction,multiplex PCR)检测技术。本文基于尖孢镰刀菌古巴专化型1号生理小种(F.oxysporum f.sp.cubense race 1,FOC1)基因组contig 438区间(35631-37693 bp)(GenBank:AMGP01000438.1)和4号生理小种(F.oxysporum f.sp.cubense race 4,FOC4)基因组contig 195区间(4028-6126 bp)(GenBank:AMGQ01000195.1)存在160 bp插入序列差异设计特异扩增引物FOC-F/-R,同时以香蕉细菌性软腐病菌D.zeae的促旋酶B亚单位基因(the subunit B of gyrase gene)(GenBank:JQ284039)序列设计特异扩增引物gyrB-F/-R。多重PCR检测结果显示:本技术可在一次PCR扩增反应内同时检测香蕉枯萎病菌1号、4号生理小种和细菌性软腐病菌;多重PCR的灵敏度结果表明:检测香蕉枯萎病菌的DNA浓度最低限为0.1 ng/μL,细菌性软腐病菌的灵敏度为103cfu/mL;检测结果稳定可靠。因此,本研究建立的多重PCR检测方法可有效应用于检测香蕉发病组织中的香蕉枯萎病菌和细菌性软腐病菌,也可用于香蕉种苗和田间土壤带病菌的监测,为香蕉种植保驾护航。 展开更多
关键词 香蕉 尖孢镰刀菌古巴专化型1号生理小种 尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种 玉米迪基氏菌 多重PCR 促旋酶B亚单位基因
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雌核发育银鲫四种孵化酶基因全长cDNA的克隆及其特征分析 被引量：10
3
作者 刘军 石耀华 +1 位作者 尹隽 桂建芳 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第7期38-45,共8页
用抑制性差减杂交结合SMARTcDNA合成和RACE PCR技术 ,克隆得到雌核发育银鲫 (Carassiusauratusgibelio) 4种孵化酶基因的全长cDNA。 4种孵化酶基因分别被命名为GHE1、GHE2、GHE3、GHE4。序列分析表明 ,4种孵化酶基因cDNA的开放阅读框均... 用抑制性差减杂交结合SMARTcDNA合成和RACE PCR技术 ,克隆得到雌核发育银鲫 (Carassiusauratusgibelio) 4种孵化酶基因的全长cDNA。 4种孵化酶基因分别被命名为GHE1、GHE2、GHE3、GHE4。序列分析表明 ,4种孵化酶基因cDNA的开放阅读框均为 795bp ,都编码 2 6 5个氨基酸。它们推断的编码氨基酸序列同源性在 79 6～95 1 %之间。种系分析表明 ,GHE1、GHE2、GHE3、GHE4的进化地位位于日本鳗鲡(Anguillajaponica)孵化酶和青 (Oryziaslatipes)孵化酶之间。不同发育时期胚胎的RT PCR分析表明 ,银鲫GHE1、GHE2、GHE3、GHE4 4种孵化酶基因从尾芽期到幼苗期都检测到表达 ,且GHE3和GHE4在神经胚期也检测到表达。各种组织的RT PCR表明 。 展开更多
关键词 银鲫 雌核 孵化酶基因 抑制性差减杂交 SMARTcDNA race-pcr 克隆 开放阅读框 氨基酸序列同源性
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瓜实蝇热激蛋白基因hsp70的克隆及序列分析 被引量：6
4
作者 姜建军 王凤英 +3 位作者 黄立飞 陈红松 李磊 杨朗 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期800-805,共6页
【目的】克隆分析瓜实蝇热激蛋白hsp70基因序列特征,为进一步研究瓜实蝇的热适应性机制及制定综合防治策略奠定基础。【方法】根据NCBI数据库中已报道的昆虫hsp70基因保守序列,设计合成扩增瓜实蝇hsp70基因部分片段的简并引物,并利用RAC... 【目的】克隆分析瓜实蝇热激蛋白hsp70基因序列特征,为进一步研究瓜实蝇的热适应性机制及制定综合防治策略奠定基础。【方法】根据NCBI数据库中已报道的昆虫hsp70基因保守序列,设计合成扩增瓜实蝇hsp70基因部分片段的简并引物,并利用RACE-PCR扩增其全长序列。【结果】克隆获得瓜实蝇hsp70基因c DNA全长序列(获取号:KM112021)2271 bp,含1911 bp的开放阅读框,编码636个氨基酸,具有真核生物hsp70基因家族的3个明显基序标签,同时在C-末端具有EEVD基序,推测其属于胞质型热激蛋白。BLAST分析结果表明该序列与双翅目实蝇科昆虫hsp70基因高度相似,最高相似度达91%。氨基酸序列系统发育分析结果显示,瓜实蝇与双翅目实蝇科昆虫聚类为一个分支,证实hsp70基因的高度保守。【结论】瓜实蝇hsp70基因具有真核生物hsp70基因家族的特征,序列表现为高度的保守性,可作为今后研究瓜实蝇抗逆性机制的一个参数指标。 展开更多
关键词 瓜实蝇 热激蛋白70基因 race-pcr 序列分析
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三角帆蚌CAT基因cDNA全长克隆及表达分析 被引量：4
5
作者 袁一鸣 李西雷 +2 位作者 白志毅 汪桂玲 李家乐 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期481-492,共12页
采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)首次克隆了三角帆蚌过氧化氢酶(CAT)基因的cDNA全长序列,为2 804 bp,包含112 bp的5'非翻译区(untranslated region,UTR),1 303 bp的3'UTR和1 388 bp... 采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)首次克隆了三角帆蚌过氧化氢酶(CAT)基因的cDNA全长序列,为2 804 bp,包含112 bp的5'非翻译区(untranslated region,UTR),1 303 bp的3'UTR和1 388 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)。ORF区共编码462个氨基酸,推算的分子量约为52.7 ku,理论等电点为6.35。多序列比对结果显示,有一段CAT氨基酸高度保守的催化位点序列FDRERIPERVVHAKGAG。三角帆蚌CAT基因有12个与还原型辅酶Ⅱ(NADPH)结合的氨基酸残基,分别是Asp107、His153、Phe157、Ser160、Arg162、Asn172、Try174、Lys196、Val261、Trp262、His264和Try317,其中第261位和第264位的氨基酸在不同物种间有所区别。比对结果得到的三角帆蚌CAT基因的氨基酸序列,与软体动物的CAT基因相似性高达99%,与虾类、鱼类、两栖类、哺乳类的CAT基因相似性也达到98%～99%,可推断属于CAT3。利用CAT基因推断得到的氨基酸序列构建NJ系统树,分析显示三角帆蚌首先与软体动物聚在一起,再与虾类聚在一起,然后依次与鱼类、两栖类和哺乳类聚在一起。荧光定量结果显示,CAT基因在三角帆蚌的7个组织均有表达,其中在肾中的表达量极低,在血液中表达呈上调趋势且明显区别于其他组织,在另外5个组织中总体上呈现不统一的先上调后下调的趋势。 展开更多
关键词 三角帆蚌 过氧化氢酶(CAT) 基因表达 race-pcr
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植物凝集素及其在抗病虫害分子育种中的应用 被引量：10
6
作者 侯学文 黄剑威 《植物生理学通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1217-1223,共7页
提要文章简要介绍植物凝集素的抗虫特点,并与其他类型的抗虫基因进行了比较;对目前研究较多、应用前景较好的植物凝集素的性质、抗虫性、转基因植物的抗虫性等研究进展作了阐述;并对植物凝集素在抗虫转基因工程中的应用现状和前景进行... 提要文章简要介绍植物凝集素的抗虫特点,并与其他类型的抗虫基因进行了比较;对目前研究较多、应用前景较好的植物凝集素的性质、抗虫性、转基因植物的抗虫性等研究进展作了阐述;并对植物凝集素在抗虫转基因工程中的应用现状和前景进行了讨论。 展开更多
关键词 植物凝集素 甘露糖结合凝集素 基因克隆 race-pcr 抗虫基因工程
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葱莲凝集素基因的克隆(英文) 被引量：1
7
作者 庞永珍 姚剑虹 +2 位作者 申国安 唐克轩 谈锋 《西南师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期433-436,共4页
利用RACE -PCR技术从葱莲叶片中克隆出葱莲凝集素的全长cDNA .通过比较葱莲同其它石蒜科植物的凝集素基因序列和推测的氨基酸序列 ,发现葱莲凝集素基因编码一具有信号肽的前体蛋白 .葱莲凝集素同其它石蒜科植物凝集素一样为具有
关键词 CDNA 凝集素基因 race-pcr 葱莲 基因克隆 石蔚料 氨基酸序列 基因编码
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日本鳗鲡Ⅰ型Cathelicidin基因的克隆与原核表达 被引量：2
8
作者 张东玲 喻达辉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期124-131,共8页
Cathelicidin是目前发现的一个最大抗菌肽家族,具有多重生物学功能。旨在探索和利用鱼类Cathelicidin抗菌机制和潜在的生物学功能。应用RACE-PCR技术获得日本鳗鲡I型Cathelicidin(Aj Cath I)基因的c DNA全长序列。Aj Cath I的c DNA全长... Cathelicidin是目前发现的一个最大抗菌肽家族,具有多重生物学功能。旨在探索和利用鱼类Cathelicidin抗菌机制和潜在的生物学功能。应用RACE-PCR技术获得日本鳗鲡I型Cathelicidin(Aj Cath I)基因的c DNA全长序列。Aj Cath I的c DNA全长为842 bp,开放阅读框为570 bp,编码189个氨基酸。氨基酸序列分析表明,Aj Cath I靠近C端有4个保守的半胱氨酸序列,抗菌成熟肽与香鱼(Plecoglossus altivelis)抗菌成熟肽相似性最高,同源性为65.57%。进化分析表明,Aj Cath I与其它鱼类亲缘关系较近,处于同一个分支上。将Aj Cath I基因克隆至p ET-28a载体,转化Escherichia coli BL21(DE3)宿主菌进行表达。结果表明,Aj Cath I以包涵体形式表达,经鎳柱纯化、Western blot验证和透析复性,获得高纯度的重组蛋白。 展开更多
关键词 日本鳗鲡 CATHELICIDIN 抗菌肽 race-pcr
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黄喉拟水龟ISG15基因cDNA序列克隆及其表达特征分析
9
作者 陈铭曲 彭文 +3 位作者 韩鹏夫 纪月鑫 陆专灵 韦友传 《南方农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第11期3463-3473,共11页
【目的】克隆黄喉拟水龟(Mauremys mutica)干扰素刺激基因15(ISG15)并分析其表达特征,为探究ISG15蛋白在黄喉拟水龟抗病原微生物侵袭过程中的免疫功能和作用机制提供理论依据。【方法】应用RACE克隆黄喉拟水龟ISG15基因(MmISG15)cDNA全... 【目的】克隆黄喉拟水龟(Mauremys mutica)干扰素刺激基因15(ISG15)并分析其表达特征,为探究ISG15蛋白在黄喉拟水龟抗病原微生物侵袭过程中的免疫功能和作用机制提供理论依据。【方法】应用RACE克隆黄喉拟水龟ISG15基因(MmISG15)cDNA全长序列,进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR检测MmISG15基因在健康黄喉拟水龟不同组织中的表达情况,并检测黄喉拟水龟受脂多糖(LPS)、多肌胞苷酸[Poly(I∶C)]和肺炎克雷伯氏菌刺激后,MmISG15基因的表达变化,以PBS为对照。【结果】MmISG15基因cDNA序列全长1274 bp,5'端非编码区(5'-UTR)与3'端非编码区(3'-UTR)分别为126和650 bp,开放阅读框(ORF)为498 bp,编码165个氨基酸残基,蛋白分子量为15.3kD,理论等电点(pI)为7.70。MmISG15蛋白N端存在2个泛素样结构域(UBD),C端含有1段高度保守的LRLRGG基序。MmISG15氨基酸序列与其他爬行动物ISG15氨基酸序列相似性为55.57%~95.54%,与鱼类和哺乳动物的相似性分别为34.09%~49.02%及38.64%~48.25%。系统发育进化树显示,MmISG15和其他爬行动物ISG15聚为一支,其中与乌龟(Mauremys reevesii)亲缘关系最近。实时荧光定量PCR检测结果表明,MmISG15基因在健康黄喉拟水龟8种组织中均有表达,在脾脏组织中相对表达量最高,其次是肝脏,在前肠、后肠、肾脏、肺和肌肉组织中的相对表达量较低,而在脑组织中的相对表达量最低;LPS刺激后黄喉拟水龟脾脏和肝脏组织中MmISG15基因相对表达量与对照无显著差异(P>0.05);Poly(I∶C)刺激后6 h脾脏和肝脏组织中MmISG15基因相对表达量极显著上调(P<0.01,下同)并在刺激后12 h达最大值;肺炎克雷伯氏菌刺激后12 h脾脏和肝脏组织中MmISG15基因相对表达量极显著上调并在刺激后48 h达最大值。【结论】MmISG15属于典型泛素样蛋白,MmISG15基因主要在黄喉拟水龟脾脏和肝脏组织中表达。Poly(I∶C)和肺炎克雷伯氏菌刺激能提高脾脏和肝脏中MmISG15基因的相对表达量,推测MmISG15基因参与黄喉拟水龟抵抗病毒和细菌侵袭的免疫反应,其编码蛋白发挥重要免疫功能。 展开更多
关键词 黄喉拟水龟 ISG15 抗病免疫 组织表达 RACE 实时荧光定量PCR
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木榄ERF转录因子基因的克隆及功能分析初探 被引量：3
10
作者 赵杨敏 庞俊峰 +3 位作者 张占路 姬澎 尉亚辉 吴燕民 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期66-72,共7页
利用RACE-PCR技术,以深圳红树自然保护区的木榄为材料,克隆出一个ERF类转录因子基因的cDNA全长序列,命名为BgERF(GenBank序列号:GU593720)。生物信息学分析表明:该基因全长1 870 bp,完整开放阅读框1 425 bp,具有一个保守的AP2/EREBP结构... 利用RACE-PCR技术,以深圳红树自然保护区的木榄为材料,克隆出一个ERF类转录因子基因的cDNA全长序列,命名为BgERF(GenBank序列号:GU593720)。生物信息学分析表明:该基因全长1 870 bp,完整开放阅读框1 425 bp,具有一个保守的AP2/EREBP结构域,且编码的由475个氨基酸组成的蛋白具有典型的1个α螺旋,3个β转角的三维结构,在AP2/EREBP结构域的第14位为丙氨酸(A),第19位为天冬氨酸(D),属于AP2/EREBPF蛋白家族中的ERF类转录因子;NCBI-BLAST比对结果表明:该基因与胡萝卜、拟南芥、水稻、辣椒、番茄、大豆、马铃薯、陆地棉等植物ERF类转录因子具有较高的同源性;并构建了高效植物表达载体PBI121-35s-BgERF,获得的转基因烟草与野生型相比,表现出明显的耐盐性,为该基因功能的深入分析和耐盐机理的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 木榄 race-pcr技术 AP2/EREBPF蛋白 ERF转录因子 生物信息学
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牙鲆纤维蛋白原相关蛋白(FREP1)基因的克隆和表达分析 被引量：2
11
作者 陈文君 鲍宝龙 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期488-495,共8页
利用RACE-PCR技术获得了牙鲆FREP1(fibrinogen-relatedprotein)基因1 131 bp cDNA全长序列,其中开放阅读框786 bp,所编码的蛋白C端含有纤维蛋白样结构域标签(WWYSRCGSAGLNG)。RNA整体原位杂交检测发现只在孵化后2 d和5 d(2 dph、5 dph)... 利用RACE-PCR技术获得了牙鲆FREP1(fibrinogen-relatedprotein)基因1 131 bp cDNA全长序列,其中开放阅读框786 bp,所编码的蛋白C端含有纤维蛋白样结构域标签(WWYSRCGSAGLNG)。RNA整体原位杂交检测发现只在孵化后2 d和5 d(2 dph、5 dph)仔鱼的肠道中有FREP1基因表达,而在9 dph和13 dph仔鱼胸鳍、肠道、鳃和皮肤中均有表达。荧光定量PCR检测显示该基因主要在成鱼的肠、鳃、皮肤和鳍条上表达,而脾脏、心脏、肾脏、肝脏和肌肉表达量很低或没有表达。鳍条和皮肤较其他组织均有极显著差异(P<0.01),鳃和肠相比其他组织具有显著差异(P<0.05)。由于该基因主要在鳍条、皮肤、肠和鳃中表达,提示FREP1基因可能和牙鲆先天性免疫相关。 展开更多
关键词 牙鲆 纤维蛋白原相关蛋白基因 race-pcr 荧光定量
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织锦芋螺ο家族芋螺毒素的序列分析 被引量：10
12
作者 于芳 卢柏松 +1 位作者 赵东 黄培堂 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 1999年第6期853-856,共4页
为了从织锦芋螺（Ｃｏｎｕｓｔｅｘｔｉｌｅ）中尽可能多地分离出ο家族的毒素序列和研究其应用价值，在克隆了织锦芋螺α芋螺毒素的基础上进行了织锦芋螺ο家族芋螺毒素基因的分离工作．从织锦芋螺毒管中提取ｍ ＲＮＡ，通过ＲＡＣＥ... 为了从织锦芋螺（Ｃｏｎｕｓｔｅｘｔｉｌｅ）中尽可能多地分离出ο家族的毒素序列和研究其应用价值，在克隆了织锦芋螺α芋螺毒素的基础上进行了织锦芋螺ο家族芋螺毒素基因的分离工作．从织锦芋螺毒管中提取ｍ ＲＮＡ，通过ＲＡＣＥ（ｒａｐｉｄ ａｍ ｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆｃＤＮＡ ｅｎｄｓ，ｃＤＮＡ 末端的快速扩增）－ＰＣＲ方法扩增获得ο家族芋螺毒素ｃＤＮＡ 片段，并进行克隆和序列分析．从织锦芋螺毒液中获得了６种新的芋螺毒素序列，且毒素序列的成熟肽部分均符合Ｃ－ Ｃ－ ＣＣ－ Ｃ－ Ｃ的保守半胱氨酸框架．这些是新的ο家族芋螺毒素序列，新序列的阐明为进一步研究其生物活性和应用打下了基础． 展开更多
关键词 织锦芋螺 ο家族 芋螺 毒素 序列分析 基因分离
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盐藻八氢番茄红素脱氢酶cDNA的分离及序列分析 被引量：7
13
作者 朱跃辉 姜建国 林庆生 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2005年第9期21-23,共3页
采用5’和3’RACE技术和梯度PCR方法从盐藻中克隆了八氢番茄红素脱氢酶(Pds)全长cDNA,序列分析表明,该cDNA长2198bp,包含1个1752bp的开放阅读框(ORF),编码一段583氨基酸残基的多肽链。氨基酸序列的同源性分析表明,它与高等植物和蓝藻的... 采用5’和3’RACE技术和梯度PCR方法从盐藻中克隆了八氢番茄红素脱氢酶(Pds)全长cDNA,序列分析表明,该cDNA长2198bp,包含1个1752bp的开放阅读框(ORF),编码一段583氨基酸残基的多肽链。氨基酸序列的同源性分析表明,它与高等植物和蓝藻的八氢番茄红素脱氢酶序列一致性高达67%,而与细菌和酵母的序列同源性较差;在N端具有一段转运序列和辅助因子结合结构域,C端则有一胡萝卜素结合域。这些序列特征预示,盐藻Pds与其他绿藻、高等植物和蓝藻中的同源基因一样催化八氢番茄红素发生前2步脱氢反应,并且需要与另一个脱氢酶联合作用合成番茄红素。 展开更多
关键词 盐藻 八氢番茄红素脱氢酶 RACE—PCR β-胡萝卜素生物合成 全长CDNA 序列分析 分离 RACE技术 高等植物 PCR方法
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广东水稻白叶枯病菌遗传多样性和小种分化研究 被引量：12
14
作者 曾列先 陈深 +5 位作者 张慧 潘汝谦 杨健源 伍圣远 翟培茹 朱小源 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期231-237,共7页
通过IS-PCR和rep-PCR指纹技术,分析了广东水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae)群体遗传多样性。用2对特异性引物J3和ERIC对114个菌株基因组DNA进行了PCR扩增,分别呈现89和40种谱型,以彼此间的带位相似率达70%为界,J3扩增的谱... 通过IS-PCR和rep-PCR指纹技术,分析了广东水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae)群体遗传多样性。用2对特异性引物J3和ERIC对114个菌株基因组DNA进行了PCR扩增,分别呈现89和40种谱型,以彼此间的带位相似率达70%为界,J3扩增的谱型被分为11簇,ERIC的谱型被分为8簇。J3的簇1包含89个菌株,占总数的78.07%,ERIC的簇1包含52个菌株,占总数的45.61%,均为优势簇群。群体遗传多样性值J3为0.8919,ERIC为0.8278。上述结果表明,广东水稻白叶枯病菌的遗传多样性较高。全部参试菌株接种于含有不同抗性基因近等基因系及高感品种金刚30共6个鉴别品种,被划分为6个小种(X-gd1,X-gd2,X-gd3,X-gd4,X-gd5和X-gd6),X-gd4出现频率最高,为广东省的优势小种。 展开更多
关键词 水稻白叶枯病菌 遗传多样性 小种 IS-PCR REP-PCR
原文传递
广西香蕉枯萎病病原菌4号生理小种的分子检测与鉴定 被引量：11
15
作者 莫贱友 秦碧霞 +3 位作者 郭堂勋 黄穗萍 李其利 李焜华 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1312-1315,共4页
【目的】明确在广西个别香蕉产区发现的香蕉枯萎病病原种类,为防控该病害提供科学依据。【方法】从广西不同香蕉产区采集香蕉枯萎病病株样本,分离纯化获得6株菌株,以香蕉枯萎病1号和4号生理小种为阳性对照,采用特异PCR的方法,对分离到的... 【目的】明确在广西个别香蕉产区发现的香蕉枯萎病病原种类,为防控该病害提供科学依据。【方法】从广西不同香蕉产区采集香蕉枯萎病病株样本,分离纯化获得6株菌株,以香蕉枯萎病1号和4号生理小种为阳性对照,采用特异PCR的方法,对分离到的6株菌株进行分子检测,并用盆栽香蕉和西贡蕉小苗接种进行菌株致病性鉴定。【结果】经ST1/ST2特异引物扩增,1号菌株与香蕉枯萎病菌1号生理小种扩增到约200bp片段;2～6号菌株和香蕉枯萎病菌4号生理小种扩增到约250bp片段。与标样对比结果表明,1号菌株为香蕉枯萎病1号生理小种,2～6号菌株为香蕉枯萎病4号生理小种;盆栽接种致病性鉴定结果与分子检测结果相同。【结论】广西个别蕉区已遭受香蕉枯萎病菌4号小种侵染,各级部门应高度重视。 展开更多
关键词 香蕉枯萎病菌 4号生理小种 PCR检测 鉴定 广西
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陆地棉耐盐相关基因(GhVP)的克隆及分析 被引量：10
16
作者 宋丽艳 叶武威 +3 位作者 赵云雷 王俊娟 樊保香 王德龙 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2010年第3期285-288,共4页
液泡膜质子转运无机焦磷酸酶(V-PPase)酸化植物液泡并为液泡的次级转运系统提供能量。本研究根据棉花耐盐抑制消减(SSH)文库中的一个EST序列设计特异性引物,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术首次克隆了陆地棉焦磷酸酶基因,将其命名为GhV... 液泡膜质子转运无机焦磷酸酶(V-PPase)酸化植物液泡并为液泡的次级转运系统提供能量。本研究根据棉花耐盐抑制消减(SSH)文库中的一个EST序列设计特异性引物,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术首次克隆了陆地棉焦磷酸酶基因,将其命名为GhVP。生物信息学分析显示,该基因包含一个2301 bp的完整开放读码框,编码766个氨基酸的多肽,与拟南芥和烟草的同源性分别达90%和93%。RT-PCR结果显示,GhVP的表达丰度随着盐处理时期的增加而变化,盐处理6 h表达量最高,随后开始下降,这一结果与Thellungiellahalophila中的研究相似,该研究将有助于了解非盐生植物的耐盐特性。 展开更多
关键词 H+-PPase 陆地棉 RACE RT-PCR
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海芋凝集素cDNA的分子克隆及其性质预测(英文) 被引量：8
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作者 朱亚然 王捷 +1 位作者 黄炳球 侯学文 《植物生理与分子生物学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期634-642,共9页
用cDNA末端快速扩增-聚合酶链式反应(RACE-PCR)方法克隆了海芋(Alocasiamacrorrhiza)凝集素的全长cDNA(GenBank检索号DQ340864),并用多种生物信息学工具对其性质进行了预测。根据来源于天南星科其他植物的凝集素和类似蛋白的保守区的DN... 用cDNA末端快速扩增-聚合酶链式反应(RACE-PCR)方法克隆了海芋(Alocasiamacrorrhiza)凝集素的全长cDNA(GenBank检索号DQ340864),并用多种生物信息学工具对其性质进行了预测。根据来源于天南星科其他植物的凝集素和类似蛋白的保守区的DNA序列,设计了几个海芋凝集素基因aml特异引物(GSP)。用RNeasy试剂盒从海芋块茎中提取出总RNA,并以此为模板,用SMARTTMRACEcDNA扩增试剂盒提供的经特殊设计的通用引物以及不同的基因特异引物,分别获得海芋凝集素5'-和3'-RACE-PCR扩增片段。这些PCR产物经0.8%琼脂糖凝胶纯化后,分别与T克隆载体pMD18-T相连,筛选获得阳性克隆并提取质粒,经双酶切和特异引物的PCR验证无误后,进行序列分析。从5'-和3'-RACE-PCR测序结果拼接出全长海芋凝集素cDNA序列,并用新设计自5'-RACE-PCR5'末端的引物GSP7进行全长3'-RACE-PCR反应,获得全长海芋凝集素cDNA克隆并再次测序验证。这一新克隆的海芋凝集素cDNA的长度为1124核苷酸,分析表明它是一个编码270个氨基酸残基的蛋白质,其等电点为pH5.7,相对分子量为29.7kD。同源性分析结果表明,海芋凝集素与其他来源于天南星科的甘露糖凝集素以及相似蛋白具有高度同源性。在海芋凝集素序列中发现了2个B型凝集素功能区域和3个甘露糖的结合位点。综合上述信息,认为这一新克隆的海芋凝集素cDNA是一个编码甘露糖识别凝集素的基因序列。 展开更多
关键词 海芋 凝集 素cDNA末端快速扩增-聚合酶链式反应 分子克隆 性质预测
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油茶FAD2基因全长cDNA的克隆和序列分析 被引量：39
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作者 谭晓风 陈鸿鹏 +6 位作者 张党权 曾艳玲 李魏 蒋瑶 谢禄山 胡孝义 胡芳名 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第3期70-75,共6页
FAD2基因控制油酸转化为亚油酸,是油茶油脂合成代谢的关键酶基因。在构建的油茶EST文库基础上,采用5′RACE和交错延伸PCR技术获得了油茶FAD2基因的全长cDNA克隆。该基因序列长1682bp,开放阅读框为1149bp,编码382个氨基酸,并且具有FAD2... FAD2基因控制油酸转化为亚油酸,是油茶油脂合成代谢的关键酶基因。在构建的油茶EST文库基础上,采用5′RACE和交错延伸PCR技术获得了油茶FAD2基因的全长cDNA克隆。该基因序列长1682bp,开放阅读框为1149bp,编码382个氨基酸,并且具有FAD2特有的保守序列和相关特征。经过比对分析,发现油茶的FAD2基因与其他植物的FAD2基因具有较高的相似性。 展开更多
关键词 油茶 EST文库 FAD2基因 RACE 交错延伸PCR 基因克隆
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辣椒花器官发育MADS-box基因的克隆与表达分析 被引量：10
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作者 郭爽 马宁 +1 位作者 杨文才 沈火林 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1591-1597,共7页
采用RACE技术从辣椒(Capsicum annuumL.)花药中获得了一个控制辣椒花器官发育的MADS-box基因,命名为PPI(GenBank登录号:GU812276)。该基因全长952bp,编码215个氨基酸,具有典型的MADS结构域和K结构域,与番茄花器官发育MADS-box基因TPI高... 采用RACE技术从辣椒(Capsicum annuumL.)花药中获得了一个控制辣椒花器官发育的MADS-box基因,命名为PPI(GenBank登录号:GU812276)。该基因全长952bp,编码215个氨基酸,具有典型的MADS结构域和K结构域,与番茄花器官发育MADS-box基因TPI高度同源,同源性达88%。系统进化树分析表明,PPI基因属于花器官发育B类基因。RT-PCR表达分析表明,该基因在辣椒花瓣中的表达高于在花药、萼片以及子房等花器官中的表达,在营养器官叶片中没有表达。 展开更多
关键词 辣椒 花器官发育 MADS-BOX基因 PPI基因 RACE RT-PCR
原文传递
巴西橡胶树水通道蛋白基因cDNA的克隆及序列分析 被引量：10
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作者 庄海燕 安锋 +4 位作者 何哲 丁璇 吴海平 徐智娟 张硕新 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期861-868,共8页
采用简并性RT-PCR和RACE技术,从巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)中克隆了2个aquaporin基因的全长cDNA,分别命名为HbPIP1和HbPIP2(GenBank登录号分别为GQ479823和GQ479824).测序和生物信息学分析表明,HbPIP1和HbPIP2分别编码287和278个... 采用简并性RT-PCR和RACE技术,从巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)中克隆了2个aquaporin基因的全长cDNA,分别命名为HbPIP1和HbPIP2(GenBank登录号分别为GQ479823和GQ479824).测序和生物信息学分析表明,HbPIP1和HbPIP2分别编码287和278个氨基酸,均具有6个跨膜区,包含MIP家族信号序列SGX-HXNPAVT/SFG、高等植物PIP高度保守序列GGGANXXXXGY和TGI/TNPARSL/FGAAI/VI/VF/YN.核酸和氨基酸序列的同源性分析表明,HbPIP1和HbPIP2均属于水通道蛋白基因家族的新成员. 展开更多
关键词 巴西橡胶树 水通道蛋白 RT-PCR RACE 序列比对
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