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阈值效应分析的应用和R软件实现
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作者 盛松 张艳虹 +5 位作者 环璐瑶 郭曼萍 马杭琨 高洪阳 赵阳 黄烨 《中国循证心血管医学杂志》 2025年第2期161-163,174,共4页
当一研究因素超过某一阈值后,其作用大小或/和方向发生显著变化称为阈值效应。阈值效应分析作为一种统计工具,可以推测病变的发生、发展和预后,具有重大意义。目前尚缺乏开源、免费、简便、有效的工具实现阈值效应分析,确定阈值的过程... 当一研究因素超过某一阈值后,其作用大小或/和方向发生显著变化称为阈值效应。阈值效应分析作为一种统计工具,可以推测病变的发生、发展和预后,具有重大意义。目前尚缺乏开源、免费、简便、有效的工具实现阈值效应分析,确定阈值的过程复杂、工作量大,需要较高的编程技巧,因此本文通过实例展示如何通过编写的R脚本文件、精简代码等流程简化这一过程并且降低对编程技巧的要求,使非统计专业人员也能够进行阈值效应分析。首先,通过平滑曲线拟合观察研究因素(X)与结局(Y)间是否存在非线性关系,如果目测存在阈值,采用最大似然法、递归法、分段线性模型和似然比检验确定阈值、阈值前后两段效应量和前后两段的效应量是否显著。 展开更多
关键词 阈值效应 最大似然法 递归法 分段线性回归 r软件
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在R软件中实现单个率的Meta分析 被引量:85
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作者 罗美玲 谭红专 +4 位作者 周权 王莎亚 蔡畅 郭亚伟 沈琳 《循证医学》 CSCD 2013年第3期181-184,188,共5页
目的介绍在R软件中实现单个率的Meta分析方法。方法在R软件中加载Meta分析程序包,录入Meta分析数据,用实例数据进行Meta分析。结果单个率资料的Meta分析要求率的分布服从正态分布,R软件提供了四种率的转换方法。对实例数据进行正态性转... 目的介绍在R软件中实现单个率的Meta分析方法。方法在R软件中加载Meta分析程序包,录入Meta分析数据,用实例数据进行Meta分析。结果单个率资料的Meta分析要求率的分布服从正态分布,R软件提供了四种率的转换方法。对实例数据进行正态性转换后进行Meta分析,其合并率及95%可信区间与原文一致。结论 R软件可以实现对单个率研究结果的Meta分析,功能强大,实用性强。 展开更多
关键词 META分析 r软件
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时间序列分析在空气污染与健康领域的应用及其R软件实现 被引量:36
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作者 路凤 李亚伟 +4 位作者 李成橙 陈晨 宋士勋 郭玉明 施小明 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2018年第4期622-625,共4页
目的探讨时间序列分析在空气污染健康影响研究领域的应用与软件实现,为我国相关工作提供实用的操作方法参考。方法利用美国芝加哥市1987年至2000年大气污染与死亡数据,分别采用广义线性模型、广义相加模型,并结合分布滞后模型,介绍时间... 目的探讨时间序列分析在空气污染健康影响研究领域的应用与软件实现,为我国相关工作提供实用的操作方法参考。方法利用美国芝加哥市1987年至2000年大气污染与死亡数据,分别采用广义线性模型、广义相加模型,并结合分布滞后模型,介绍时间序列分析的基本理论与R软件实现步骤。结果时间序列分析可在R软件中方便实现。结论 R软件为时间序列分析在空气污染流行病学研究中的应用提供了相对成熟的软件包,在实际研究中值得推广。 展开更多
关键词 时间序列分析 空气污染 r软件
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RevMan、Stata和R软件在生存资料Meta分析的应用 被引量:11
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作者 陈新林 胡月 +4 位作者 郎建英 陈丽霞 徐谦 莫传伟 武哲丽 《中国循证医学杂志》 CSCD 2016年第6期736-740,共5页
生存资料的Meta分析越来越多。从原始文献计算出风险比(HR)及其95%可信区间,实际频数和理论频数的差值(O-E)及其标准差后,可以使用Review Manager(RevMan)、Stata和R等软件计算合并HR。RevMan软件简单易学,但存在一定的局限;Stata和R软... 生存资料的Meta分析越来越多。从原始文献计算出风险比(HR)及其95%可信区间,实际频数和理论频数的差值(O-E)及其标准差后,可以使用Review Manager(RevMan)、Stata和R等软件计算合并HR。RevMan软件简单易学,但存在一定的局限;Stata和R软件功能强大,灵活多样,能够绘制多种图形,但需要进行适当的编程。 展开更多
关键词 生存数据 META分析 rEV MAN STATA r软件
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广义相加模型在R软件中的实现 被引量:41
5
作者 张云权 朱耀辉 +2 位作者 李存禄 冯仁杰 马露 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2015年第6期1073-1075,共3页
目的通过R软件实现广义相加模型。方法通过空间污染流行病学的一个实例研究介绍利用R软件mgcv包实现广义相关模型的具体步骤和评价方法。结果广义相加模型可在R软件中方便实现。结论 R软件作为一款自由、免费、开源的统计分析软件,可灵... 目的通过R软件实现广义相加模型。方法通过空间污染流行病学的一个实例研究介绍利用R软件mgcv包实现广义相关模型的具体步骤和评价方法。结果广义相加模型可在R软件中方便实现。结论 R软件作为一款自由、免费、开源的统计分析软件,可灵活方便地构建广义相加模型,在实际研究中值得推广。 展开更多
关键词 广义相加模型 空气污染流行病学 r软件
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应用R软件进行logistic回归模型的交互作用分析 被引量:13
6
作者 许敏锐 强德仁 +3 位作者 周义红 石素逸 秦晶 陶源 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2017年第4期670-672,675,共4页
目的应用R软件进行logistic回归模型的交互作用分析,为探讨交互作用提供依据。方法使用R软件,编写程序实现logistic或Cox回归模型三个评价相加交互作用的指标及其可信区间的计算。结果生物学交互作用的评价应该基于是否有相加交互作用,... 目的应用R软件进行logistic回归模型的交互作用分析,为探讨交互作用提供依据。方法使用R软件,编写程序实现logistic或Cox回归模型三个评价相加交互作用的指标及其可信区间的计算。结果生物学交互作用的评价应该基于是否有相加交互作用,而流行病学研究中常运用logistic回归模型,并纳入乘积项分析因素间交互作用,其是否有意义仅反映相乘交互作用,并不能反映两因素间相加或生物学交互作用的有无。本文通过实例分析,调用基于R软件编写的interact程序,可以直接计算出logistic或Cox回归模型的三个交互作用评价指标(RERI、AP、SI)及其可信区间;并将结果与运用Andersson编制的Excel计算结果相比较,验证了本程序的科学性和准确性。结论应用R软件编制程序,可实现logistic回归模型因素间交互作用和可信区间的计算,为流行病学研究人员分析生物学交互作用提供依据。 展开更多
关键词 LOGISTIC回归 交互作用 r软件
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基于WGCNA算法的基因共表达网络构建理论及其R软件实现 被引量:26
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作者 宋长新 雷萍 王婷 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期135-141,共7页
WGCNA(weighted geneco-expression network analysis)算法是一种构建基因共表达网络的典型系统生物学算法,该算法基于高通量的基因信使RNA(mRNA)表达芯片数据,被广泛应用于国际生物医学领域。本文旨在介绍WGCNA的基本数理原理,并依托R... WGCNA(weighted geneco-expression network analysis)算法是一种构建基因共表达网络的典型系统生物学算法,该算法基于高通量的基因信使RNA(mRNA)表达芯片数据,被广泛应用于国际生物医学领域。本文旨在介绍WGCNA的基本数理原理,并依托R软件包WGNCA以实例的方式介绍其应用。WGCNA算法首先假定基因网络服从无尺度分布,并定义基因共表达相关矩阵、基因网络形成的邻接函数,然后计算不同节点的相异系数,并据此构建分层聚类树(hierarchical clusteringtree),该聚类树的不同分支代表不同的基因模块(module),模块内基因共表达程度高,而分数不同模块的基因共表达程度低。最后,探索模块与特定表型或疾病的关联关系,最终达到鉴定疾病治疗的靶点基因、基因网络的目的。 展开更多
关键词 WGCNA算法 基因共表达网络 r软件
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R软件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的应用 被引量:32
8
作者 曾宪涛 张超 郭毅 《中国循证医学杂志》 CSCD 2013年第9期1137-1144,共8页
R软件是一个自由、免费及开放的统计软件,并具有强大的绘图功能,但其处理网状Meta分析数据的代码命令较为复杂,因此易错且不易掌握。WinBUGS软件是基于贝叶斯理论而开发的一款统计软件,具有强大的数据处理功能,在处理网状Meta分析数据时... R软件是一个自由、免费及开放的统计软件,并具有强大的绘图功能,但其处理网状Meta分析数据的代码命令较为复杂,因此易错且不易掌握。WinBUGS软件是基于贝叶斯理论而开发的一款统计软件,具有强大的数据处理功能,在处理网状Meta分析数据时,代码编写易懂且操作方便,但对结果的绘图功能欠佳。为充分发挥R软件与WinBUGS软件各自的优势,开发者在R软件的基础上研发了R2WinBUGS程序包,构建了R软件与WinBUGS软件之间的"桥梁",使网状Meta分析的过程和结果处理方便快捷又美观。本文以实例操作的方式展示使用R软件R2WinBUGS程序包进行网状Meta分析的过程。 展开更多
关键词 r软件 r2WinBUGS程序包 WinBUGS软件 网状Meta分析
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R软件Metafor程序包在Meta分析中的应用 被引量:29
9
作者 董圣杰 曾宪涛 郭毅 《中国循证医学杂志》 CSCD 2012年第9期1141-1147,共7页
R软件是一款免费使用且功能强大的统计软件,常用的Meta分析程序包有Metafor、Meta、Rmeta等。Metafor程序包可以方便地进行Meta分析,包括二分类及连续性变量的Meta分析、Meta回归、累积Meta分析及对发表偏倚的Begg’s检验和Egger’s检验... R软件是一款免费使用且功能强大的统计软件,常用的Meta分析程序包有Metafor、Meta、Rmeta等。Metafor程序包可以方便地进行Meta分析,包括二分类及连续性变量的Meta分析、Meta回归、累积Meta分析及对发表偏倚的Begg’s检验和Egger’s检验等,以及绘制森林图、漏斗图、星状图、拉贝图、Q-Q正态分位图等图形。此外,Metafor程序包是R软件Meta分析程序包中唯一可以进行混合效应模型(包括单个、多个分类或连续性变量)拟合运算的,还可以检验模型系数并获得可信区间。本文结合实例对应用Metafor程序包进行Meta分析的具体操作方法进行详细介绍。 展开更多
关键词 r软件 Metafor程序包 META分析
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基于R软件的树木年轮宽度测量方法 被引量:9
10
作者 史景宁 于健 +2 位作者 周华 孟盛旺 刘琪璟 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期2052-2059,共8页
年轮记载了树木生长的历史信息,能否准确提取年轮特征信息影响到相关研究的准确性。本文介绍了一种使用统计分析软件R测量年轮宽度的方法。该方法基于数字化图像与边缘检测算法,通过R自动识别或手动标记年轮线,使用直角坐标系两点间距... 年轮记载了树木生长的历史信息,能否准确提取年轮特征信息影响到相关研究的准确性。本文介绍了一种使用统计分析软件R测量年轮宽度的方法。该方法基于数字化图像与边缘检测算法,通过R自动识别或手动标记年轮线,使用直角坐标系两点间距离公式计算年轮宽度,并依据三角函数校正倾斜年轮造成的宽度误差;此外,该方法还提供了多图像对比标记、样品断裂处理、快速复测功能。结果表明:R软件测量精度与准确性高,对同一样品比较表明R测量结果与Win DENDRO无显著差异。本方法简单、可靠,图像数据可以长期保存;R是开源软件,相比Lin Tab与Win DENDRO等商业工具更易普及,成本低;同时R具有较强的数据统计分析与作图功能,可以直接对测量结果进行数据处理。 展开更多
关键词 数字图像 年轮宽度 r软件 倾斜校正 自动识别
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R软件gemtc程序包在网状Meta分析中的应用 被引量:28
11
作者 张超 董圣杰 曾宪涛 《中国循证医学杂志》 CSCD 2013年第10期1258-1264,共7页
R软件相关程序包对于网状Meta分析的理论原理大多是基于贝叶斯统计模型,也有少部分使用广义线性模型。R软件gemtc程序包通过调用对应的rjags程序包、BRugs程序包或R2WinBUGS程序包(软件依次为JAGS、OpenBUGS及WinBUGS)来执行网状Meta分... R软件相关程序包对于网状Meta分析的理论原理大多是基于贝叶斯统计模型,也有少部分使用广义线性模型。R软件gemtc程序包通过调用对应的rjags程序包、BRugs程序包或R2WinBUGS程序包(软件依次为JAGS、OpenBUGS及WinBUGS)来执行网状Meta分析。同时,还可以为GeMTC软件生成相关的数据存储文件。其本质是调用基于MCMC法的软件进行网状Meta分析。本文简要介绍R软件gemtc程序包调用OpenBUGS软件进行网状Meta分析。 展开更多
关键词 r软件 网状Meta分析 gemtc程序包
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时间分层病例交叉研究的R软件实现 被引量:13
12
作者 张彩霞 刘志东 +2 位作者 张斐斐 丁国永 姜宝法 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2016年第3期507-509,共3页
时间分层病例交叉研究是病例交叉研究的一种,适用于多变量的时间序列资料,现已广泛应用于环境污染、气象因素、极端天气事件对人群健康影响的研究。经典的分析方法是条件logistic回归,常采用SPSS中的COX回归模块以及SAS的proc phreg、pr... 时间分层病例交叉研究是病例交叉研究的一种,适用于多变量的时间序列资料,现已广泛应用于环境污染、气象因素、极端天气事件对人群健康影响的研究。经典的分析方法是条件logistic回归,常采用SPSS中的COX回归模块以及SAS的proc phreg、proc logistic过程实现,最近一些新的分析方法如Poisson回归、条件Poisson回归也被逐渐应用到病例交叉研究中,但目前国内尚无此类方法如何用软件实现的相关文献报道。 展开更多
关键词 交叉研究 r软件 POISSON 极端天气事件 时间序列资料 气象因素 人群健康 多变量 发病例数 文献报道
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应用R软件meta程序包与metafor程序包实现相关系数数据的Meta分析 被引量:8
13
作者 魏雪梅 张永刚 +3 位作者 陶华 汤红明 陈虎 曾宪涛 《中国循证医学杂志》 CSCD 2015年第7期855-860,共6页
相关系数是管理学、社会学、心理学及护理学领域常用的统计学指标,基于相关系数数据的Meta分析也日渐增多。R软件meta程序包与metafor程序包能够实现多种类型的Meta分析,包括相关系数数据的Meta分析。本文通过实例展示了应用R软件meta... 相关系数是管理学、社会学、心理学及护理学领域常用的统计学指标,基于相关系数数据的Meta分析也日渐增多。R软件meta程序包与metafor程序包能够实现多种类型的Meta分析,包括相关系数数据的Meta分析。本文通过实例展示了应用R软件meta程序包和metafor程序包实现相关系数数据的Meta分析过程,并简要比较了两款程序包的结果与绘图等功能。 展开更多
关键词 相关系数 META分析 meta程序包 metafor程序包 r软件
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R软件调用JAGS软件实现网状Meta分析 被引量:24
14
作者 张超 孙凤 曾宪涛 《中国循证医学杂志》 CSCD 2014年第2期241-248,共8页
JAGS(Just Another Gibbs Sampler)是为弥补BUGS软件无法在Unix或Linux等非Windows系统上运行的缺陷而研发的编程软件,其自身独立拥有一套贝叶斯理论运算函数及公式,具有操作界面简单、与系统兼容好、运行流畅、且与其他编程软件具有良... JAGS(Just Another Gibbs Sampler)是为弥补BUGS软件无法在Unix或Linux等非Windows系统上运行的缺陷而研发的编程软件,其自身独立拥有一套贝叶斯理论运算函数及公式,具有操作界面简单、与系统兼容好、运行流畅、且与其他编程软件具有良好交互性等特点。然而,由于JAGS软件在结果数据读取、解读以及图形绘制方面存在功能性缺失,限制了其推广应用;通过R2jags、rjags及runjags程序包从R中调用JAGS软件则克服了这些缺陷。R2jags、rjags及runjags这3款程序包的工作原理均是在R语言的框架下通过调用JAGS软件来完成相关迭代运算,它们的功能结构基本相似,都具有操作简单、命令简洁、数据读取和结果汇总以及图形绘制功能较完善的特点,但在实践运用中仍存在差异。本文介绍了如何使用R软件通过R2jags、rjags及runjags程序包调用JAGS软件来实现网状Meta分析。 展开更多
关键词 JAGS软件 r2jags程序包 rjags程序包 runjags程序包 r软件 网状Meta分析
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R软件调用OpenBUGS软件实现网状Meta分析 被引量:12
15
作者 罗杰 张超 曾宪涛 《中国循证医学杂志》 CSCD 2014年第4期492-496,共5页
R软件当前可通过R2OpenBUGS程序包、BRugs程序包和rbugs程序包来调用OpenBUGS程序包实现网状Meta分析。本文分别对这3种程序包实现网状Meta分析的过程进行演示。从结果来看,3种程序包的计算结果相近,但rbugs程序包无绘图功能,仅R2OpenB... R软件当前可通过R2OpenBUGS程序包、BRugs程序包和rbugs程序包来调用OpenBUGS程序包实现网状Meta分析。本文分别对这3种程序包实现网状Meta分析的过程进行演示。从结果来看,3种程序包的计算结果相近,但rbugs程序包无绘图功能,仅R2OpenBUGS程序包能绘制森林图。 展开更多
关键词 r软件 r2OpenBUGS程序包 Brugs程序包 rbugs程序包 网状Meta分析
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应用R软件pcnetmeta程序包实现网状Meta分析 被引量:4
16
作者 李胜 张超 +3 位作者 杜亮 张永刚 孙凤 曾宪涛 《中国循证医学杂志》 CSCD 2015年第2期230-235,共6页
R软件pcnetmeta程序包是一款基于贝叶斯理论实现网状Meta分析的程序包,其融合了JAGS软件的优势计算功能与R软件特有的数据整合和强大的图形绘制等功能。pcnetmeta程序包通过调用JAGS软件来实现运算,提供了3种不同模型供操作者选取,每种... R软件pcnetmeta程序包是一款基于贝叶斯理论实现网状Meta分析的程序包,其融合了JAGS软件的优势计算功能与R软件特有的数据整合和强大的图形绘制等功能。pcnetmeta程序包通过调用JAGS软件来实现运算,提供了3种不同模型供操作者选取,每种模型均给出3种不同的效应量(RR、OR及RD)结果;同时可以绘制多种图形,极大程度上满足了使用者处理复杂网状Meta分析的客观需求。本文以实例方式展现该程序包的完整操作流程。 展开更多
关键词 JAGS软件 r软件 rjags程序包 pcnetmeta程序包 网状Meta分析
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单向有序分类资料的常见统计误用及R软件和SPSS软件正确实现过程 被引量:4
17
作者 王金权 贺连平 +2 位作者 任小花 鲁玮 姚应水 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2014年第7期824-827,共4页
笔者查阅文献时发现,单向有序分类资料误用卡方检验较为常见。故笔者在本文中介绍了单向有序分类资料适用条件,举例指出单向有序分类资料误用统计分析的实例,并附以SPSS软件和R软件正确分析单向有序分类资料的过程,以期为医务工作者和... 笔者查阅文献时发现,单向有序分类资料误用卡方检验较为常见。故笔者在本文中介绍了单向有序分类资料适用条件,举例指出单向有序分类资料误用统计分析的实例,并附以SPSS软件和R软件正确分析单向有序分类资料的过程,以期为医务工作者和科研人员提供借鉴。 展开更多
关键词 卡方检验 秩和检验 有序分类资料 r软件
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应用R软件metafor程序包实现轮廓增强漏斗图 被引量:7
18
作者 魏雪梅 胡定伟 +3 位作者 敬媛媛 张超 张永刚 曾宪涛 《中国循证心血管医学杂志》 2015年第3期289-292,共4页
目的介绍轮廓增强漏斗图应用R软件metafor程序包的实现方法及其作用。方法通过实例展示应用"funnel()"函数绘制传统漏斗图和轮廓增强漏斗图的方法,并进行比较分析。结果 R软件metafor程序包能够实现普通的轮廓增强漏斗图和结... 目的介绍轮廓增强漏斗图应用R软件metafor程序包的实现方法及其作用。方法通过实例展示应用"funnel()"函数绘制传统漏斗图和轮廓增强漏斗图的方法,并进行比较分析。结果 R软件metafor程序包能够实现普通的轮廓增强漏斗图和结合剪补法的轮廓增强漏斗图。相对于传统漏斗图,轮廓增强漏斗图对对称性的识别更为敏感,且能识别纳入研究分布在有无统计学意义的区域。结论轮廓增强漏斗图利于判断漏斗图是否真正不对称以及这种不对称是否由发表偏倚所致。 展开更多
关键词 发表偏倚 META分析 轮廓增强漏斗图 r软件 metafor程序包
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网状Meta分析中敏感性分析和一致性分析在R软件中的实现 被引量:4
19
作者 杨博文 陈欣 +1 位作者 孙皓 时景璞 《中国循证医学杂志》 CSCD 2015年第1期99-102,共4页
目的介绍网状Meta分析的敏感性和一致性检验及其在R软件中的应用。方法以实例演示的方式,采用随机效应模型与固定效应模型比较的方法实现敏感性分析,并采用R软件metafor包和combinat包实现一致性分析。结果随机效应模型与固定效应模型... 目的介绍网状Meta分析的敏感性和一致性检验及其在R软件中的应用。方法以实例演示的方式,采用随机效应模型与固定效应模型比较的方法实现敏感性分析,并采用R软件metafor包和combinat包实现一致性分析。结果随机效应模型与固定效应模型所得结果相近,数据较稳健。一致性检验结果表明,各环的可信区间均与空白值相交,说明网状Meta分析计算结果与直接比较计算结果无明显差异,一致性较好。结论网状Meta分析作为一种间接比较的分析方式,敏感性尤为重要,而一致性的引入使网状Meta分析更准确。通过R软件实现网状Meta分析的敏感性和一致性分析是一种可行的方法。 展开更多
关键词 网状Meta分析 r软件 WIN BUGS软件 敏感性 一致性
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