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基于全基因组半夏ARF基因家族鉴定及其温度、脱落酸调控下表达模式分析
1
作者
宋腾达
周省委
+9 位作者
王雅洁
顾旭鹏
初雷霞
万婕
董宁
乔璐
高启国
杨林林
董诚明
冯卫生
《中草药》
北大核心
2025年第21期7916-7927,共12页
目的对半夏生长素响应因子(auxin response factors,ARF)基因(PtARF)进行全基因组鉴定及不同温度和脱落酸(abscisic acid,ABA)调控下的表达模式解析,以期为解析PtARF的生物学功能提供理论依据。方法基于已发表的半夏全基因组数据,利用...
目的对半夏生长素响应因子(auxin response factors,ARF)基因(PtARF)进行全基因组鉴定及不同温度和脱落酸(abscisic acid,ABA)调控下的表达模式解析,以期为解析PtARF的生物学功能提供理论依据。方法基于已发表的半夏全基因组数据,利用生物信息学方法对PtARF基因家族成员进行鉴定,并系统分析其理化性质、染色体定位、系统进化关系、保守结构域、基因结构及启动子顺式作用元件;采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)技术,分析半夏在高温(35℃)、低温(20℃)及ABA处理下的PtARF表达特征。结果共鉴定出22个PtARF基因(PtARF1~PtARF22),分为3个亚家族;编码氨基酸长度为202~1205 aa,相对分子质量为23177.42~135132.80,等电点(pI)为5.38~9.59。基因结构分析显示,所有成员基因均含有B3保守结构域;启动子顺式作用元件预测显示,PtARF基因启动子区分布温度响应元件和ABA响应元件。基因组共线性分析显示,片段复制事件在PtARF基因家族进化中起关键作用。qRTPCR结果显示,所有PtARFs基因在高温(35℃)胁迫下表达量显著上调,低温(20℃)胁迫对大部分基因无显著影响;ABA处理可诱导PtARF基因表达水平升高。结论从全基因组水平系统鉴定了半夏ARF基因家族,揭示了不同PtARF成员对温度胁迫及ABA处理的表达模式差异,为进一步阐释PtARF在半夏“高温倒苗”生理过程中的潜在功能奠定基础。
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关键词
半夏
生长应答因子
ptarf
基因组鉴定
表达分析
原文传递
题名
基于全基因组半夏ARF基因家族鉴定及其温度、脱落酸调控下表达模式分析
1
作者
宋腾达
周省委
王雅洁
顾旭鹏
初雷霞
万婕
董宁
乔璐
高启国
杨林林
董诚明
冯卫生
机构
河南中医药大学药学院
河南中医药大学第一附属医院
河南省道地药材生态种植工程技术研究中心
河南省中药开发工程技术研究中心
河南太龙药业股份有限公司
出处
《中草药》
北大核心
2025年第21期7916-7927,共12页
基金
国家自然科学基金资助项目(82104329,32401226)
河南省重点研发专项(251111310500,231111312700,241111310200)
+3 种基金
中国博士后科学基金特别资助项目(2014T170252)
河南省国际科技合作项目(242102521056)
河南省科技攻关(242102310549)
河南中医药大学科研苗圃工程资助项目(MP2024-56)。
文摘
目的对半夏生长素响应因子(auxin response factors,ARF)基因(PtARF)进行全基因组鉴定及不同温度和脱落酸(abscisic acid,ABA)调控下的表达模式解析,以期为解析PtARF的生物学功能提供理论依据。方法基于已发表的半夏全基因组数据,利用生物信息学方法对PtARF基因家族成员进行鉴定,并系统分析其理化性质、染色体定位、系统进化关系、保守结构域、基因结构及启动子顺式作用元件;采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)技术,分析半夏在高温(35℃)、低温(20℃)及ABA处理下的PtARF表达特征。结果共鉴定出22个PtARF基因(PtARF1~PtARF22),分为3个亚家族;编码氨基酸长度为202~1205 aa,相对分子质量为23177.42~135132.80,等电点(pI)为5.38~9.59。基因结构分析显示,所有成员基因均含有B3保守结构域;启动子顺式作用元件预测显示,PtARF基因启动子区分布温度响应元件和ABA响应元件。基因组共线性分析显示,片段复制事件在PtARF基因家族进化中起关键作用。qRTPCR结果显示,所有PtARFs基因在高温(35℃)胁迫下表达量显著上调,低温(20℃)胁迫对大部分基因无显著影响;ABA处理可诱导PtARF基因表达水平升高。结论从全基因组水平系统鉴定了半夏ARF基因家族,揭示了不同PtARF成员对温度胁迫及ABA处理的表达模式差异,为进一步阐释PtARF在半夏“高温倒苗”生理过程中的潜在功能奠定基础。
关键词
半夏
生长应答因子
ptarf
基因组鉴定
表达分析
Keywords
Pinellia ternate(Thunb.)Breit.
auxin response factors
ptarf
genomic identification
expression analysis
分类号
R286.12 [医药卫生—中药学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于全基因组半夏ARF基因家族鉴定及其温度、脱落酸调控下表达模式分析
宋腾达
周省委
王雅洁
顾旭鹏
初雷霞
万婕
董宁
乔璐
高启国
杨林林
董诚明
冯卫生
《中草药》
北大核心
2025
0
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