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云南汉族人群GGCX(rs699664)基因多态性与华法林抗凝治疗剂量的相关性研究 被引量:5
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作者 李文慧 许冰莹 +3 位作者 邓建强 龙仁 林少影 郭刚 《现代诊断与治疗》 CAS 2014年第14期3121-3123,共3页
目的:探讨γ谷氨酰羧化酶(GGCX)(rs699664)基因在云南汉族人群的分布情况及基因多态性与心脏瓣膜置换术后华法林稳定剂量的相关性,为临床应用华法林初始剂量及维持剂量提供分子遗传学依据。方法采集300例心脏瓣膜置换术后服用华法林... 目的:探讨γ谷氨酰羧化酶(GGCX)(rs699664)基因在云南汉族人群的分布情况及基因多态性与心脏瓣膜置换术后华法林稳定剂量的相关性,为临床应用华法林初始剂量及维持剂量提供分子遗传学依据。方法采集300例心脏瓣膜置换术后服用华法林,INR值在1.5~3.0病人的外周血,采用 Snapshot 技术检测GGCX(rs699664)基因型,研究其基因型及等位基因频率。结果300例研究对象中,280例检测出结果,共检出A和G 2种等位基因,3种基因型:纯合子A/A(24例,基因型频率为0.0857)、杂合子A/G(137例,基因型频率0.4893)、纯合子G/G(119例,基因型频率为0.425)。服用华法林剂量A/A型为3.507±1.44mg/d;A/G型为3.46士1.236mg/d;G/G型为3.092±l.O44mg/d。结论 GGCX (rs699664)基因多态性是影响云南汉族人群华法林稳定剂量的遗传因素之一。 展开更多
关键词 云南汉族 华法林 GGCX SNPS SNA pshot
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TOMM7遗传变异及基因-环境交互作用与我国侗族人群2型糖尿病的关联研究 被引量:2
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作者 刘立亚 陈立章 +4 位作者 李战战 李亮 王冕 屈健 薛静 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期31-38,共8页
目的:探讨全基因组关联研究(genome-wide association studies,GWAS)中识别的7个遗传位点与我国侗族人群2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的相关性。方法:在我国侗族人群中采用病例对照研究方法,利用多重PCR-SNa Pshot法对PARD... 目的:探讨全基因组关联研究(genome-wide association studies,GWAS)中识别的7个遗传位点与我国侗族人群2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的相关性。方法:在我国侗族人群中采用病例对照研究方法,利用多重PCR-SNa Pshot法对PARD3B(rs849230),LOC729993(rs149228),EPHA4(rs16862811),HNT(rs3099797),PTPRD(rs17584499与rs649891),TOMM7(rs2240727)6个基因的7个位点进行基因分型。采用非条件二分类logistic回归方法分析每个多态位点与T2DM的相关性,利用边缘结构线性优势比模型进行基因与环境因素的交互作用分析。结果:本研究共包括209例T2DM患者与209例健康对照。TOMM7基因的rs2240727位点多态性与T2DM相关(对于每个拷贝的风险等位基因T,OR=1.50,P=0.004),且CT和TT基因型是T2DM的风险基因型,OR分别为2.07(95%CI:1.14~3.76)和2.75(95%CI:1.46~5.17),经Bonferroni多重比较校正后,上述结果仍然有意义(均P<0.05)。经调整年龄、性别、体质量指数(body mass index,BMI)后,rs2240727位点与T2DM仍有相关性(P<0.01)。交互作用分析结果表明:rs2240727位点与BMI、腰臀比(waist-hip ratio,WHR)、高血压、糖尿病家族史之间存在正交互作用,调整性别、年龄后,交互作用超额相对危险度(relative excess risk of interaction,RERI)分别为1.5430(95%CI:0.5797~2.5062),2.6520(95%CI:1.7516~3.5524),2.9131(95%CI:1.7959~4.0303),4.2062(95%CI:1.1686~8.2439),差异有统计学意义(均P<0.05)。结论:TOMM7基因的rs2240727位点遗传变异与我国侗族人群的T2DM相关,且与BMI、WHR、高血压和糖尿病家族史之间存在正交互作用。 展开更多
关键词 2型糖尿病 侗族 基因多态性 TOMM7 SNapshot基因分型
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CYP2C19基因多态性PCR扩增体系的正交优化与验证 被引量:3
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作者 王梅 赵晨迪 +3 位作者 胡忠良 廖忠意 黄江 吴敬杰 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1990-1996,共7页
本实验通过建立CYP2C19*2、*3和*17基因多态性PCR反应体系和条件,筛选出4μL体系中各因素最佳水平。采用SNaPshot技术对CYP2C19基因3个SNP位点*2、*3和*17同时进行复合扩增检测,利用L9(34)正交实验设计,对影响PCR反应体系和条件的3个因... 本实验通过建立CYP2C19*2、*3和*17基因多态性PCR反应体系和条件,筛选出4μL体系中各因素最佳水平。采用SNaPshot技术对CYP2C19基因3个SNP位点*2、*3和*17同时进行复合扩增检测,利用L9(34)正交实验设计,对影响PCR反应体系和条件的3个因素(PCR Mix, Taq DNA聚合酶,循环次数)在3个水平上进行优化,结果采用综合评分法和极差分析法进行分析。用3组已知样本对正交优化所得条件进行重复性和稳定性验证。结果表明CYP2C19*2、*3和*17基因PCR扩增体系的影响因素依次为:PCR Mix>循环数>Taq DNA聚合酶。最佳反应体系为PCR Mix 2.0μL、Taq DNA聚合酶0.2μL、循环次数32次。3组样本验证效果满意。优化的CYP2C19*2、*3和*17基因PCR反应体系稳定性高,重复性和经济性较好,为该基因多态性的大规模调查奠定了基础。 展开更多
关键词 正交设计 CYP2C19 PCR体系 体系优化 基因多态性 SNApshot
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TIRAP基因多态性与河北地区肺结核易感性的相关性研究 被引量:1
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作者 孙红梅 刘相 +3 位作者 孔祥龙 杜月菊 徐美丽 邸红芹 《河北医药》 CAS 2018年第2期170-174,共5页
目的探讨含Tou-白细胞介素1受体C(TIR)功能区的接头蛋白(TIR domain-containing adapter protein,TIRAP)基因的单核苷酸多态性(SNP)与肺结核遗传易感性之间的相关性。方法利用SNa Pshot技术分析法检测河北地区205例正常人(对照组)和214... 目的探讨含Tou-白细胞介素1受体C(TIR)功能区的接头蛋白(TIR domain-containing adapter protein,TIRAP)基因的单核苷酸多态性(SNP)与肺结核遗传易感性之间的相关性。方法利用SNa Pshot技术分析法检测河北地区205例正常人(对照组)和214例肺结核患者(均为汉族人,结核组)TIRAP基因的rs595209,rs7932766,rs8177374和rs8177400位点的多态性,并进行基因型频率和等位基因频率的比较,通过统计学方法分析这些基因的多态性与肺结核易感性之间的相关性。结果选取的214例结核患者和205例正常人年龄、性别差异无统计学意义(P>0.05),rs595209,rs7932766,rs8177374和rs8177400位点的基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律,结核组的rs595209位点的基因型及等位基因、rs7932766位点的基因型及等位基因、rs8177374位点的基因型及等位基因与对照组比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。对四个位点的等位基因和基因型的频率分布进行统计分析,发现在rs8177374位点等位基因A相对于等位基因G患结核的风险增加了10.9%(OR=1.109,95%CI:0.521~2.361,P=0.788)。进一步通过分析发现rs595209位点的GT基因型相对于GG基因型患结核的风险增加了31.4%(OR=1.314,95%CI:0.868~1.987),rs8177374位点的GA基因型相对于GG基因型患结核的风险增加了11.3%(OR=1.113,95%CI:0.516~2.401),但因为带有GT和GA基因型的人数较少,需要进一步通过加大样本量来进行验证。结论 TIRAP基因的rs595209,rs7932766,rs8177374和rs8177400位点多态性与河北地区汉族人的结核易感性没有显著的相关性。 展开更多
关键词 TIRAP 单核苷酸多态性 SNA pshot分析 结核 遗传易感性
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