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基于叶状枝形态学特征和trnH-psbA序列的15份天门冬属种质资源鉴定
1
作者 王辉 FARDOUS Mohammad Safiul Azam +5 位作者 MUHAMMAD Idrees 江心雨 钱干瑞 龙海林 李雪芹 王芊芊 《草业科学》 北大核心 2025年第4期1024-1035,共12页
以采自西南地区的15份天门冬属(Asparagus)植物为试材,开展基于叶状枝形态学特征和叶绿体trnH-psbA序列的综合分析,为该属种质资源鉴定及遗传多样性分析提供理论依据。形态学结果表明,15份样本间的15个形态学特征有一定相关性,主成分分... 以采自西南地区的15份天门冬属(Asparagus)植物为试材,开展基于叶状枝形态学特征和叶绿体trnH-psbA序列的综合分析,为该属种质资源鉴定及遗传多样性分析提供理论依据。形态学结果表明,15份样本间的15个形态学特征有一定相关性,主成分分析将所有形态特征值转化为4个主成分(特征值>1),累计贡献率81.42%,其中,主成分1反映叶状枝粗细,主成分2反映保卫细胞大小,主成分3、4反映表皮细胞大小。在主成分分析的基础上进行聚类分析,在遗传距离阈值12.5处将供试材料聚为3大类群:类群Ⅰ包含样本数11种,占参试材料的73.33%,特征表现为叶状枝直线型,多数形态特征值介于类群Ⅱ、Ⅲ之间;类群Ⅱ3种,特征表现为叶状枝新月形、数量少、宽度值大;类群Ⅲ包含1个样本,占参试材料的6.67%,特征表现为叶状枝针状,数量多,长度和宽度值小,气孔小而少,表皮细胞短而多。trnH-psbA序列测序结果进一步表明,15份样本的trnH-psbA序列全长约750 bp,对位排列后共有691个位点,其中保守位点591个,变异位点124个,简约信息位点55个,单突变位点41个,种间遗传差异大;进化树显示15份天门冬属物种均处于独立分支,除大理天门冬外,其余种均能利用trnH-psbA序列条形码对其进行区分。研究结果为进一步开展天门冬属植物种质资源保护和开发利用提供了必要的理论和实践基础。 展开更多
关键词 天门冬属 叶状枝 形态学特征 trnH-psba序列 主成分分析 聚类分析 鉴定
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基于ITS2和psbA-trnH序列鉴别五味子和华中五味子 被引量：1
2
作者 杨楚楚 任广喜 +6 位作者 齐玉鑫 徐庆一 田俊强 程豪杰 陈晓洲 姜丹 刘春生 《中国现代中药》 2025年第1期43-51,共9页
目的:基于核内转录间隔区2(ITS2)和psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对五味子和华中五味子进行序列比对分析,建立快速、准确的分子鉴定方法,筛选最佳DNA条形码序列用于鉴别五味子和华中五味子真伪。方法:以五味子和华中五味子为材料,利... 目的:基于核内转录间隔区2(ITS2)和psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对五味子和华中五味子进行序列比对分析,建立快速、准确的分子鉴定方法,筛选最佳DNA条形码序列用于鉴别五味子和华中五味子真伪。方法:以五味子和华中五味子为材料,利用DNA提取试剂盒,分别提取五味子和华中五味子的总DNA,对ITS2序列和psbA-trnH序列进行聚合酶链式反应扩增及测序分析,使用DNAMAN 6.0软件统计其片段长度及变异位点个数,使用MEGA 5.0软件对数据进行分析比对,计算Kimura 2-parameter遗传距离,通过数据库预测二级结构,并利用邻接法建立系统发育树进行分析。结果:五味子和华中五味子ITS2序列片段长度为231 bp,鉴别位点为腺嘌呤(A)-胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)-T、T-A;在psbA-trnH序列中,存在7个稳定的鉴别位点,分别为GA、T-G、胞嘧啶(C)-A、T-A、缺失-T、A-T、G-T,五味子和华中五味子ITS2序列二级结构存在明显差异,能将两者进行区分。结论:ITS2和psbA-trnH条形码均可以用于区分五味子和华中五味子,但psbA-trnH条形码种内遗传更稳定,种间鉴别位点更多,研究为五味子和华中五味子的快速、准确鉴定和用药安全提供科学依据。 展开更多
关键词 五味子 华中五味子 DNA条形码 内转录间隔区2序列 叶绿体基因间隔区序列
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基于ITS与psbA-trnH序列的不同种源华重楼遗传多样性分析 被引量：2
3
作者 梁其东 曹基武 +5 位作者 张博伦 彭翠英 梁军生 刘叙爱 陈锡铭 王旭军 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第20期6783-6795,共13页
为研究华重楼种内遗传多样性,利用ITS与psbA-trnH序列引物对40个不同种源华重楼进行测序分析,使用MEGA 5.0软件构建系统发育树。结果显示,40个华重楼种源的ITS序列长度在634~635 bp之间,其中ITS1、5.8S和ITS2长度分别为241~242 bp、165... 为研究华重楼种内遗传多样性,利用ITS与psbA-trnH序列引物对40个不同种源华重楼进行测序分析,使用MEGA 5.0软件构建系统发育树。结果显示,40个华重楼种源的ITS序列长度在634~635 bp之间,其中ITS1、5.8S和ITS2长度分别为241~242 bp、165 bp和228 bp,全长含有变异位点21个;psbA-trnH序列长度在1024~1044 bp之间,全长含有变异位点33个。ITS序列下的种源遗传距离在0~0.0142之间,平均遗传距离为0.0034;psbA-trnH序列下种源遗传距离在0~0.0127之间,平均遗传距离为0.0023。聚类结果表明,ITS序列下不同种源的华重楼亲缘关系与其地理分布存在一定的相关性,但在psbA-trnH序列下相关性不明显。研究表明,不同种源华重楼的ITS序列的遗传多样性较为丰富,ITS序列较psbA-trnH序列更适于华重楼种内遗传多样性研究。本研究为华重楼种内分子鉴定与遗传多样性分析提供了理论依据。 展开更多
关键词 华重楼 ITS序列 psba-trnH序列 遗传多样性 聚类分析
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渝产大叶黄精及其近缘种的psbA-trnH序列分析
4
作者 马庆东 易思荣 +4 位作者 张宏静 陈春宇 齐嫣然 尹正有 易东阳 《现代中药研究与实践》 CAS 2024年第4期17-23,共7页
目的基于中药材DNA条形码分子鉴定法,对渝产大叶黄精及其近缘种进行psbA-trnH序列分析。方法采用试剂盒法提取DNA,扩增psbA-trnH序列并双向测序,CodonCode Aligner软件拼接,利用MEGA软件进行比对、计算、分析以及构建系统发育树。结果... 目的基于中药材DNA条形码分子鉴定法,对渝产大叶黄精及其近缘种进行psbA-trnH序列分析。方法采用试剂盒法提取DNA,扩增psbA-trnH序列并双向测序,CodonCode Aligner软件拼接,利用MEGA软件进行比对、计算、分析以及构建系统发育树。结果共分析出9个物种77条psbA-trnH序列(自测获取序列大叶黄精40条、近缘种24条,另从GenBank下载相关序列13条),长度为601~615 bp,GC含量为35.16%~35.49%,其中,大叶黄精psbA-trnH主导单倍型序列长度602 bp、GC含量35.22%;比对出单倍型12个,变异位点19个;计算出不同品种之间K2-P遗传距离为0.0017~0.0249,总体平均值为0.0121;UPGMA发育树能对大叶黄精与研究中其它品种进行有效聚类区分。结论psbA-trnH序列可作为大叶黄精及其易混淆近缘品种区分的有效辅助手段,为重庆市黄精药材种源保障提供参考。 展开更多
关键词 大叶黄精 DNA条形码 psba-trnH序列 UPGMA
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基于叶绿体基因组psbA-trnH序列的桫椤物种鉴定研究初探 被引量：1
5
作者 钟远遵 朱昔娇 +2 位作者 刘丽 范剑明 谢金兰 《绿色科技》 2024年第23期84-90,共7页
桫椤是国家二级重点保护植物物种,现业界学者对桫椤科植物的分类具有一定的争议,本研究旨在对比桫椤科植物叶绿体基因组psbA-trnH序列,为后续通过基因层面为桫椤的分类学提供分子层面的支撑。通过提取桫椤叶绿体基因并PCR扩增序列,测序... 桫椤是国家二级重点保护植物物种,现业界学者对桫椤科植物的分类具有一定的争议,本研究旨在对比桫椤科植物叶绿体基因组psbA-trnH序列,为后续通过基因层面为桫椤的分类学提供分子层面的支撑。通过提取桫椤叶绿体基因并PCR扩增序列,测序获得碱基序列,使用blastn对比发现了桫椤与小黑桫椤、番桫椤三者psbA-trnH序列间存在一定的差别。证明使用psbA-trnH序列鉴别能够对桫椤物种进行鉴定且具有较高成功率,可用于对桫椤科物种进行种内和种间鉴别的佐证方法。 展开更多
关键词 桫椤 叶绿体基因 测序 psba-TRNH
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外源ABA对干旱胁迫下不同品种灌浆期小麦psbA基因表达的影响 被引量：32
6
作者 汪月霞 索标 +4 位作者 赵鹏飞 曲小菲 袁利刚 赵雪娟 赵会杰 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1372-1377,共6页
脱落酸(abscisic acid,ABA)是一种重要的植物激素,与作物的抗干旱胁迫密切相关。本试验以灌浆期的豫麦949和陕麦5号小麦品种为试材,PEG干旱处理72h后,比较了脱落酸对小麦相对水分含量、叶绿素、丙二醛含量以及产量的影响,并采用反转录... 脱落酸(abscisic acid,ABA)是一种重要的植物激素,与作物的抗干旱胁迫密切相关。本试验以灌浆期的豫麦949和陕麦5号小麦品种为试材,PEG干旱处理72h后,比较了脱落酸对小麦相对水分含量、叶绿素、丙二醛含量以及产量的影响,并采用反转录半定量PCR方法测定PSII中psbA基因转录水平的变化。结果表明,干旱胁迫明显降低小麦叶片中相对水分和叶绿素含量,增加丙二醛含量,抑制psbA基因的转录,降低小麦的产量,而外源脱落酸能明显缓解这些胁迫反应。与豫麦949相比,陕麦5号中质膜损伤较小,相对水分和叶绿素含量、产量以及psbA基因转录水平的下降也较小,外源脱落酸处理后,各参数也能够恢复到对照水平,说明不同小麦品种的抗干旱胁迫能力与psbA基因的表达水平密切相关。本研究首次发现外源ABA能够调控干旱胁迫下灌浆期小麦psbA基因的表达,稳定PSII系统中重要基因的转录水平,从而提高灌浆期小麦的抗干旱胁迫能力。 展开更多
关键词 小麦 脱落酸 灌浆期 psba基因转录 干旱胁迫
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基于ITS2和psbA-trnH序列对细小种子类药材车前子的鉴定比较 被引量：23
7
作者 宋明 张雅琴 +6 位作者 林韵涵 凃媛 马孝熙 孙伟 向丽 焦文静 刘霞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2227-2232,共6页
为考察ITS2序列和psbA-trnH序列对车前子药材及其常见混伪品的鉴定能力,该研究对车前子2个基原物种及7种混伪品共71份样本进行了研究。采用MEGA 5.1对获得的ITS2和psbA-trnH进行序列比对,计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离... 为考察ITS2序列和psbA-trnH序列对车前子药材及其常见混伪品的鉴定能力,该研究对车前子2个基原物种及7种混伪品共71份样本进行了研究。采用MEGA 5.1对获得的ITS2和psbA-trnH进行序列比对,计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离,并构建系统发育树。结果显示,车前和平车前的ITS2序列长度分别为199,200 bp;两者的ITS2序列种内最大K2P遗传距离均小于与混伪品的最小种间K2P遗传距离;基于ITS2序列构建的NJ树中,车前、平车前及其混伪品都表现出良好单系性,都能相互明显区分。表明ITS2序列能将车前子药材与混伪品进行很好的区分。车前和平车前的psbA-trnH序列长度均为340 bp,两者的psbA-trnH序列种内最大K2P遗传距离小于与混伪品的最小种间K2P遗传距离;基于psbA-trnH序列构建的NJ树结果显示,除大车前外,车前子药材与其余混伪品可以明显区分。因此,ITS2序列作为DNA条形码,车前子及其混伪品具有良好的鉴别能力,对保障车前子用药安全具有重要意义。 展开更多
关键词 车前子 混伪品 DNA条形码 ITS2 psba—trnH
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光质对工程聚球藻7002生长及psbA启动子的调控 被引量：1
8
作者 孙溢华 张春莉 +3 位作者 施定基 贾晓会 贾睿 何培民 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1286-1290,共5页
工程聚球藻的psbA基因及其所用载体的启动子Ppsb A均受光质调控,利用该机制可通过光质调控提高聚球藻的光合效率及其外源基因表达率。以转vp28基因聚球藻7002为实验材料,通过优化光强、温度及pH,解除光限制因素并提高光能利用率。通过... 工程聚球藻的psbA基因及其所用载体的启动子Ppsb A均受光质调控,利用该机制可通过光质调控提高聚球藻的光合效率及其外源基因表达率。以转vp28基因聚球藻7002为实验材料,通过优化光强、温度及pH,解除光限制因素并提高光能利用率。通过改变白光、红光及蓝光的比例,调控光质组成及单色光的光强,检测细胞生长、外源基因的表达及psb A基因的转录。研究结果表明:高比例蓝光下,vp28基因的表达率达到2.4%,是纯白光下的3倍,重组蛋白VP28的积累量提高至2倍。高比例红光抑制了psb AII、psb AIII基因及外源基因的表达,但促使生物量在3 d内突破1.5 g/L。本研究为蓝藻的生物制药和工程蓝藻代谢产物的产业化提供了理论基础。 展开更多
关键词 光生物反应器 聚球藻7002 psba启动子 VP28 光质调控 psba
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外源甜菜碱对干旱胁迫下小麦幼苗叶绿体抗氧化酶及psbA基因表达的调节 被引量：17
9
作者 侯鹏飞 马俊青 +5 位作者 赵鹏飞 张欢玲 赵会杰 刘华山 赵一丹 汪月霞 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期1319-1324,共6页
为了探究外源甜菜碱对干旱胁迫下小麦幼苗的生长调节作用,以优质高产、高抗旱的小麦品种矮抗58为材料,四叶期分别用0.1、1.0和10.0mmolL?1的GB预处理小麦叶片,同时在根部施加30%聚乙二醇(PEG-6000)以模拟干旱环境,研究其对小麦超氧化物... 为了探究外源甜菜碱对干旱胁迫下小麦幼苗的生长调节作用,以优质高产、高抗旱的小麦品种矮抗58为材料,四叶期分别用0.1、1.0和10.0mmolL?1的GB预处理小麦叶片,同时在根部施加30%聚乙二醇(PEG-6000)以模拟干旱环境,研究其对小麦超氧化物歧化酶(SOD),过氧化氢酶(CAT),过氧化物酶(POD),丙二醛(MDA)、超氧阴离子自由基(O???)产生速率、叶绿素含量及相对含水量的影响,并采用Real-timePCR测定叶绿体psbA基因表达水平的变化。结果表明,干旱胁迫明显减少小麦叶片相对含水量和叶绿素含量,降低SOD、CAT及POD活性,提升MDA含量和O???产生速率,抑制psbA基因表达水平,而外施GB具一定浓度效应,在适当浓度下能明显缓解这些胁迫反应,调控干旱胁迫下小麦叶绿体抗氧化酶活性以清除多余活性氧,减缓相对含水量及叶绿素含量的降低,提升psbA基因的表达水平,从而加快受损D1蛋白的周转并提高小麦的抗干旱胁迫能力。 展开更多
关键词 小麦 甜菜碱 psba基因 干旱胁迫 叶绿体抗氧化酶
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Phaeocystis globosa与Phaeocystis antarctica叶绿体psbA基因的比较 被引量：9
10
作者 杨泽民 章群 +3 位作者 谢数涛 韩博平 吕颂辉 Hodgkiss 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期24-28,80,共6页
测定了2株球形棕囊藻PhaeocystisglobosaP1、P2的 psbA基因序列 ,发现得到的2个序列完全相同。以P2序列对比分析了P.globosa和P.antarctica的psbA基因在DNA序列、氨基酸序列和RNA二级结构上的差异性 ,发现2种棕囊藻psbA基因DNA序列和氨... 测定了2株球形棕囊藻PhaeocystisglobosaP1、P2的 psbA基因序列 ,发现得到的2个序列完全相同。以P2序列对比分析了P.globosa和P.antarctica的psbA基因在DNA序列、氨基酸序列和RNA二级结构上的差异性 ,发现2种棕囊藻psbA基因DNA序列和氨基酸序列非常保守 ,无插入/缺失 ,其核苷酸和氨基酸变异率分别为1.88 %和1.13 %。与核基因核苷酸的碱基替换不同 ,psbA基因核苷酸的碱基替换主要发生在密码子的第1位上 ,且不引起氨基酸的变化 ,引起氨基酸变化的碱基替换都发生在密码子的第2位和第3位上。在RNA二级结构上两序列的1～4茎环结构完全相同 ,表现出明显的棕囊藻属的特异性 ,其它结构区域差异较大 ,种间差异表现明显。由于 psbA基因DNA序列和氨基酸序列非常保守 ,可能不适宜棕囊藻属的系统发育分析。但其RNA二级结构可能对于棕囊藻的分子分类有一定的参考价值。 展开更多
关键词 PHAEOCYSTIS GLOBOSA P.antarctica psba DNA序列 氨基酸序列 RNA二级结构
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枫斗类石斛cpDNA psbA-trnH的序列分析与鉴别 被引量：38
11
作者 邵世光 韩丽 +3 位作者 马艳红 沈洁 张伟超 丁小余 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1173-1178,共6页
本研究对常见枫斗类石斛cpDNA的psbA-trnH区进行了测序,利用MEGA4.0对该区序列进行了比较分析。结果显示:15种常见的枫斗类石斛的psbA-trnH序列长度为721～767bp,变异位点42个,简约信息位点11个。以Kimura-2参数计算遗传距离,常见枫斗... 本研究对常见枫斗类石斛cpDNA的psbA-trnH区进行了测序,利用MEGA4.0对该区序列进行了比较分析。结果显示:15种常见的枫斗类石斛的psbA-trnH序列长度为721～767bp,变异位点42个,简约信息位点11个。以Kimura-2参数计算遗传距离,常见枫斗类石斛的种间遗传距离为0.0013～0.0183,平均遗传距离为0.0148。不同石斛种间均存在序列差异,全序列中共出现6处indels,导致种间片段长度差异较大;暂未发现所检测的枫斗类石斛居群间在psbA-trnH区的序列存在差异。利用枫斗类石斛psbA-trnH序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种的psbA-trnH序列的测定,成功鉴别了待检种。cpDNA的psbA-trnH区可作为枫斗类石斛分子鉴别的候选标记。 展开更多
关键词 石斛属 枫斗类石斛 psba-TRNH 分子鉴别
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小球藻psbA基因的克隆与序列分析 被引量：8
12
作者 吴晓微 孙雪 +2 位作者 陆开形 汪一冰 张晓龙 《水产科学》 CAS 北大核心 2008年第7期360-362,共3页
psbA基因编码光合系统Ⅱ反应中心的D1蛋白，是叶绿体基因组中一个重要的光调控基因。对小球藻属4个种的6株小球藻psbA基因进行了PCR扩增和测序，并结合GenBank上已有的2条小球藻psbA基因序列，使用MEGA3.1软件对psbA序列进行了遗传距离... psbA基因编码光合系统Ⅱ反应中心的D1蛋白，是叶绿体基因组中一个重要的光调控基因。对小球藻属4个种的6株小球藻psbA基因进行了PCR扩增和测序，并结合GenBank上已有的2条小球藻psbA基因序列，使用MEGA3.1软件对psbA序列进行了遗传距离值的计算和系统发育树的构建。结果显示8株小球藻psbA基因的遗传距离值为0．012～0．167。除了原始小球藻F-2和蛋白核小球藻820分别与蛋白核小球藻F-5、F-9及与普通小球藻Cvq关系极近之外，其他6株小球藻基本上按照种的划分进行聚类，该结果与用小球藻的ITS和rbcL序列分析的结果一致。 展开更多
关键词 小球藻 psba 遗传距离 系统树
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基于psbA-trnH分析的何首乌野生居群遗传多样性 被引量：10
13
作者 白明明 孙小芹 +2 位作者 郭建林 李密密 杭悦宇 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期36-44,共9页
对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH... 对产自不同省区的何首乌〔Fallopia multiflora(Thunb.)Harald.〕17个野生居群85个单株的psbA-trnH序列进行了扩增和分析,在此基础上分析了居群间的遗传多样性,并采用NJ法对85个单株进行了聚类分析。结果表明:供试85个单株的psbA-trnH序列长度为384 bp;其中,变异位点为167 bp,简约信息位点为53 bp,分别占序列总长度的43.5%和13.8%。变异类型主要为碱基缺失和替换;变异位点主要集中在235～281 bp区域,根据位点变异情况可将17个居群大体分为3类。各居群间的遗传距离为0.000～0.172,其中,贵州居群与其他16个居群间的遗传距离为0.167～0.172,而其他16个居群间的遗传距离为0.000～0.017。17个居群间的核苷酸多样性指数(Pi)、遗传分化系数(Nst)和基因流(Nm)分别为0.028 56、0.918 68和0.04;除贵州居群外其他16个居群的Pi、Nst和Nm分别为0.015 68、0.837 19和0.10;贵州居群与其周边省区(四川、云南、广西、湖南和湖北)居群的Pi、Nst和Nm分别为0.047 99、0.937 62和0.03。在NJ系统树上,17个居群可聚为4支,且大部分居群的供试单株聚在同一分支中;仅贵州居群单独聚为一支,与序列分析的划分结果基本一致。由研究结果可见:野生何首乌居群总遗传变异的91.868%来自居群间,8.132%来自居群内,居群间的基因交流较少;除贵州居群外其余16个居群的整体遗传多样性水平偏低,说明何首乌居群整体多样性水平在很大程度上受贵州居群的影响。 展开更多
关键词 何首乌 居群 psba—trnH序列 遗传多样性 NJ系统树
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ITS2和psbA-trnH序列鉴别马鞭草科药用植物 被引量：16
14
作者 陈倩 刘义梅 +2 位作者 刘震 陈士林 陈科力 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1107-1113,共7页
目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest... 目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest Distance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。结果:对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现,matK的扩增成功率太低,未纳入后续分析;ITS,ITS2,psbA-trnH以及rbcL的扩增及测序成功率分别为83.6%,83.6%,96.4%,98.2%,其鉴定成功率除rbcL为77.8%,75.9%外都为100%,但ITS2序列的种间,种内差异,barcoding gap较psbA-trnH,ITS有明显优势。ITS2序列进一步纳入网上163个样品的数据后其鉴定成功率依然可以达到89.5%,87.6%。结论:考虑到psbA-trnH较高的测序成功率,ITS2和psbA-trnH是适合马鞭草科植物鉴别的一个较好DNA条形码序列组合。 展开更多
关键词 DNA条形码 ITS2 ITS RBCL psba-TRNH 马鞭草科
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基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定肉苁蓉属植物(英文) 被引量：27
15
作者 韩建萍 宋经元 +6 位作者 刘昶 陈君 钱俊 朱英杰 石林春 姚辉 陈士林 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期126-130,共5页
肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, ... 肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, 获得了该区间的完整序列, 用 K-2P 法建立了系统进化树, 聚类结果与形态分类相符。所得结果显示, psbA-trnH 片段序列在肉苁蓉及混淆品种间存在丰富的变异, 肉苁蓉属各种的种间遗传距离从 0.077% 到 0.743%, 种内遗传距离从 0% 到 0.007%, 种内和种间存在明显的"barcoding gap"。肉苁蓉属各种与黄花列当的遗传距离为 0.979% 至 1.149%, 与草苁蓉的遗传距离为 1.066% 至 1.224%。研究结果表明psbA-trnH 基因间区可以作为条形码来鉴定肉苁蓉及其混淆品。 展开更多
关键词 psba-trnH基因间区 肉苁蓉 鉴定
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叶绿体psbA-trnH序列鉴定药食同源肉桂类药材 被引量：12
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作者 杨培 周红 +3 位作者 马双姣 孙伟 李永华 姚辉 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第17期1496-1499,共4页
目的基于叶绿体psbA-trn H序列对肉桂类药材进行鉴定研究,促进规范用药,保障食品安全规范。方法对8种肉桂类药材psbA-trnH序列进行扩增和测序,应用MEGA 5.0分析其种内种间K2P遗传距离,并构建系统进化树。结果肉桂psb A-trnH序列长度368 ... 目的基于叶绿体psbA-trn H序列对肉桂类药材进行鉴定研究,促进规范用药,保障食品安全规范。方法对8种肉桂类药材psbA-trnH序列进行扩增和测序,应用MEGA 5.0分析其种内种间K2P遗传距离,并构建系统进化树。结果肉桂psb A-trnH序列长度368 bp,种内序列高度保守,肉桂与其近缘物种种间变异位点多,种间K2P遗传距离明显大于种内K2P遗传距离,NJ树显示肉桂能与近缘物种完全区分开。结论基于psbA-trnH序列的DNA条形码技术能够准确鉴定肉桂及其相关近缘种。 展开更多
关键词 肉桂 樟属 psba-TRNH 鉴定 DNA条形码
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蕨类药材石韦及其混伪品的psbA-trnH序列鉴定 被引量：13
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作者 张雅琴 石钺 +5 位作者 宋明 林韵涵 马孝熙 孙伟 向丽 刘霞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2222-2226,共5页
为考察psbA-trnH序列鉴定蕨类药材的可行性,该研究以蕨类药材石韦及其混伪品作为研究对象,对其106份样品提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增其叶绿体psbA-trnH序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离... 为考察psbA-trnH序列鉴定蕨类药材的可行性,该研究以蕨类药材石韦及其混伪品作为研究对象,对其106份样品提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增其叶绿体psbA-trnH序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用最大似然法(ML)构建系统聚类树。结果表明:石韦药材3个基原植物的psbA-trnH序列种内最大遗传距离均小于其与混伪品的种间最小遗传距离;ML树显示石韦药材可与其混伪品明显分开;psbA-trnH序列可作为蕨类药材的DNA条形码,能准确、稳定鉴定蕨类药材石韦及其混伪品。 展开更多
关键词 石韦 DNA条形码 psba-trnH序列 混伪品 蕨类
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亚心型扁藻叶绿体psbA基因的克隆及序列分析 被引量：5
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作者 侯士昌 崔玉琳 +2 位作者 温少红 唐志红 秦松 《生物学杂志》 CAS CSCD 2014年第1期1-4,14,共5页
psbA基因是叶绿体基因组中一个重要的光调控基因,编码光和系统Ⅱ反应中心的D1蛋白。根据叶绿体基因组序列高度保守的特性,利用莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)psbA基因的保守序列(基因登录号:HQ667991.1)设计引物,采用PCR步移的方... psbA基因是叶绿体基因组中一个重要的光调控基因,编码光和系统Ⅱ反应中心的D1蛋白。根据叶绿体基因组序列高度保守的特性,利用莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)psbA基因的保守序列(基因登录号:HQ667991.1)设计引物,采用PCR步移的方法从亚心型扁藻(Platymonas subcordiformis)基因组DNA中克隆到psbA基因全长(基因登录号:KF528742)。序列分析表明,亚心型扁藻psbA基因全长1939 bp,编码区长度为1062 bp,推导编码353个氨基酸,包括4个赖氨酸残基。有效密码子数显示psbA基因具有明显的密码子偏好性,并且偏好使用以A/T结尾的密码子。相对同义密码子使用度表明25个密码子在编码使用时具有偏好性,其中20个密码子以A/T碱基结尾,占到80%。其终止密码子使用了TAG。 展开更多
关键词 亚心型扁藻(Platymonas subcordiformis) PCR步移 psba基因 序列分析
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SDS-蛋白酶法分离棉花cpDNA及psbA基因启动子、终止子克隆 被引量：5
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作者 金双侠 韩杰 +4 位作者 刘小云 刘冠泽 王一娴 唐文鑫 张献龙 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第5期683-689,共7页
采用SDS-蛋白酶法提取了棉花的叶绿体DNA。琼脂糖电泳及紫外分光光度分析表明,所提取的叶绿体DNA质量高。用所提取的叶绿体DNA作为模板进行RAPD扩增,获得了清晰的扩增图谱。同时以所提取的叶绿体DNA作为模板,以psbA基因启动子、终止子... 采用SDS-蛋白酶法提取了棉花的叶绿体DNA。琼脂糖电泳及紫外分光光度分析表明,所提取的叶绿体DNA质量高。用所提取的叶绿体DNA作为模板进行RAPD扩增,获得了清晰的扩增图谱。同时以所提取的叶绿体DNA作为模板,以psbA基因启动子、终止子序列设计引物,成功地扩增出预期为312bp和382bp的目标片段。将目标片段克隆测序,经Blantn分析,结果表明上述片段正是psbA基因启动子、终止子序列。该方法与传统的提取方法相比省时、高效、无污染,为进一步开展棉花叶绿体基因工程奠定了良好基础。 展开更多
关键词 棉花 CPDNA psba基因 SDS-蛋白酶法
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中国石蒜属种间关系的trnH-psbA序列分析 被引量：13
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作者 全妙华 欧立军 +2 位作者 佘朝文 陈东明 叶威 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1589-1594,共6页
利用叶绿体基因trnH-psbA序列对石蒜属16种（含1变种）的种间关系进行了分析。结果表明：所测物种的序列全长在546~641bp,GC含量为35.86%~36.41%,其核苷酸变异位点14个,信息位点5个,这些位点可以区分石蒜属物种;供试材料聚为3类,除中国... 利用叶绿体基因trnH-psbA序列对石蒜属16种（含1变种）的种间关系进行了分析。结果表明：所测物种的序列全长在546~641bp,GC含量为35.86%~36.41%,其核苷酸变异位点14个,信息位点5个,这些位点可以区分石蒜属物种;供试材料聚为3类,除中国石蒜、忽地笑和玫瑰石蒜的系统位置有所不同外,与经典分类基本一致。叶绿体基因trnH-psbA序列可以有效地鉴别石蒜属物种及分类,是一种有效分子标记。 展开更多
关键词 石蒜属 trnH-psba序列 序列变异 种间关系 中国
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