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比较基因组学揭示鼠李糖乳杆菌Probio-M9在种内的基因组差异 被引量:3
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作者 徐瑞波 刘旭 +2 位作者 李伟程 沈馨 张和平 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第2期254-264,共11页
鼠李糖乳杆菌是人和动物肠道的共生菌,在食品、医药和动物养殖等多个领域均有应用。本文以鼠李糖乳杆菌Probio-M9全基因组为对象,结合NCBI公开的214株鼠李糖乳杆菌基因组序列进行比较基因组学分析,解析不同鼠李糖乳杆菌基因组差异。结... 鼠李糖乳杆菌是人和动物肠道的共生菌,在食品、医药和动物养殖等多个领域均有应用。本文以鼠李糖乳杆菌Probio-M9全基因组为对象,结合NCBI公开的214株鼠李糖乳杆菌基因组序列进行比较基因组学分析,解析不同鼠李糖乳杆菌基因组差异。结果发现,215株鼠李糖乳杆菌共识别到16915个泛基因,247个核心基因;后续通过247个核心基因构建系统发育树,分离源和分离地不存在明显聚类趋势。鼠李糖乳杆菌Probio-M9处在分支最大的分支Ⅱ中,该分支各菌株之间的遗传关系近,差异很小,区分难度大;对分支Ⅱ中98株鼠李糖乳杆菌进行RAST注释分析,鼠李糖乳杆菌虽在功能方面整体存在高度相似性,但其中部分菌株与鼠李糖乳杆菌Probio-M9存在一定差异,相较于其它鼠李糖乳杆菌,鼠李糖乳杆菌Probio-M9具有更强的自身代谢、转录、运输等方面的调控能力,并且含有与益生功能相关的基因,如谷胱甘肽(gshAB)、胞外多糖(rmlA~rmlD、epsH)及提高宿主代谢能力(tagE)相关基因。通过比较基因组学揭示鼠李糖乳杆菌Probio-M9在种内的基因组差异,为鼠李糖乳杆菌Probio-M9的开发及应用奠定了基础。 展开更多
关键词 鼠李糖乳杆菌probio-m9 鼠李糖乳杆菌 比较基因组学
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鼠李糖乳杆菌Probio-M9的特异性荧光原位杂交探针设计及应用 被引量:3
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作者 徐瑞波 高广琦 +2 位作者 白晓晔 李伟程 张和平 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第11期230-235,共6页
宿主口服益生菌的定性和局部检测具有重要意义。本研究通过设计株水平特异性荧光原位杂交(FISH)探针来研究鼠李糖乳杆菌在宿主肠道中的定殖。根据鼠李糖乳杆菌Probio-M9和其它相关物种的基因组序列,分别设计了鼠李糖乳杆菌种水平特异性... 宿主口服益生菌的定性和局部检测具有重要意义。本研究通过设计株水平特异性荧光原位杂交(FISH)探针来研究鼠李糖乳杆菌在宿主肠道中的定殖。根据鼠李糖乳杆菌Probio-M9和其它相关物种的基因组序列,分别设计了鼠李糖乳杆菌种水平特异性探针(Probe-16S)和鼠李糖杆菌Probio-M9菌株水平特异性探针(Probe-SP)。在使用15株鼠李糖乳杆菌菌株和15株其它益生菌验证这些特异性探针后,通过荧光原位杂交(FISH)验证鼠李糖乳杆菌Probio-M9菌株的特异性探针在体外和体内的适用性。结合荧光D-氨基酸(FDAA)探针,在大鼠的肠道中检测到鼠李糖乳杆菌Probio-M9的活细胞。本研究设计的FISH探针可从肠道菌群中特异性鉴定鼠李糖乳杆菌Probio-M9,该方法可与FDAA探针结合使用,以进一步探索该益生菌菌株在宿主肠道中的定位。 展开更多
关键词 荧光原位杂交(FISH) 鼠李糖乳杆菌probio-m9 荧光D-氨基酸(FDAA)
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鼠李糖乳杆菌Probio-M9连续传代过程中的遗传稳定性
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作者 黄天 刘凯龙 +2 位作者 刘晓晔 姚国强 孙天松 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第11期24-35,共12页
目的:探究鼠李糖乳杆菌Probio-M9在连续传代过程中的遗传稳定性。方法:以鼠李糖乳杆菌Probio-M9为研究对象,对其传代过程中第0,25,50,75,100代的菌株形态变化、碳水化合物利用能力以及菌株代谢特性进行比较,同时应用比较基因组学分析其... 目的:探究鼠李糖乳杆菌Probio-M9在连续传代过程中的遗传稳定性。方法:以鼠李糖乳杆菌Probio-M9为研究对象,对其传代过程中第0,25,50,75,100代的菌株形态变化、碳水化合物利用能力以及菌株代谢特性进行比较,同时应用比较基因组学分析其在连续培养100代过程中基因组水平的变化。结果:鼠李糖乳杆菌Probio-M9在连续培养100代过程中,其菌体形态、碳水化合物利用能力等表型特征及代谢特性均无显著性(P>0.05)变化,表型特征稳定。同时以鼠李糖乳杆菌Probio-M9原始菌株基因组作为参考序列,对不同代时15株菌进行测序,基因组大小及GC含量表明15株连续培养的菌株与鼠李糖乳杆菌Probio-M9原始菌株基因组均无明显差异。系统发育关系表明15株菌与原始基因组具有较近的亲缘性。从识别到的SNP位点来看,每两个代时菌株间均未发现稳定遗传的突变位点,且菌株共线性良好,从基因组水平编码基因的突变水平证实了鼠李糖乳杆菌Probio-M9在连续培养100代过程中具有稳定表型特征及代谢特性。结论:鼠李糖乳杆菌Probio-M9在连续传代过程中具有良好的遗传稳定性,为其进一步开发研究以及产业化提供了理论基础。 展开更多
关键词 鼠李糖乳杆菌probio-m9 连续传代 表型 代谢 比较基因组学 遗传稳定性
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Evaluation of novel isolates of Lacticaseibacillus rhamnosus Probio-M9 derived through space mutagenesis
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作者 Jingfang Yang Yue Sun +3 位作者 Xueyan Lei Lixia Zhao Rui Luo Wenjun Liu 《Food Bioscience》 SCIE 2023年第2期834-842,共9页
This study evaluated the growth and probiotic properties of Probio-M9 after exposure to the environment of space.Probio-M9 has excellent probiotic properties.As a rapidly developed new cutting-edge technology,space mu... This study evaluated the growth and probiotic properties of Probio-M9 after exposure to the environment of space.Probio-M9 has excellent probiotic properties.As a rapidly developed new cutting-edge technology,space mutagenesis can confer potentially desirable properties to novel isolates.In this study,three novel isolates(HA-R7970-29,HG-R7970-18,HG-R7970-29)mutated from Probio-M9 in space,had significantly higher growth characteristics than the original Probio-M9.Antibacterial properties,auto aggregation ability,cell surface hydrophobicity and antioxidant activity of the three mutagenic isolates were evaluated.The results showed that Probio-M9 remained stable after mutagenesis,and the mutant strains could effectively inhibit the growth of six common pathogenic bacteria.The mutated isolates showed strong auto aggregation ability(49.3%-76.5%,24h)and cell surface hydrophobicity(25.7%-43.0%);HA-R7970-29 showed significantly higher auto aggregation ability and cell surface hydrophobicity than HG-R7970-18 and HG-R7970-29(P<0.05).In addition,the supernatants and bacterial suspensions of the three mutated isolates had strong antioxidant activities.Genomic analysis identified genes associated with bacteriocin,adhesion properties and antioxidant activity and probiotic features at the genetic level.Mutated isolates not only had good growth characteristics but also exhibited excellent probiotic properties indicating their potential as probiotics. 展开更多
关键词 Probiotic properties probio-m9 Space mutation GENOME
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