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基于生物信息学分析肝细胞癌中Prefoldin4表达相关机制和Hub基因
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作者 黄娟君 祝伟 《医学信息》 2025年第19期9-16,共8页
目的通过不同的在线数据集探讨Prefoldin4(PFDN4)在肝细胞癌发生发展中的潜在作用和机制。方法在TCGA和GEO数据库检测PFDN4的表达,然后在蛋白水平和肝细胞癌细胞系中进行验证。表观遗传机制方面,通过MEXPRESS分析PFND4表达水平和启动子... 目的通过不同的在线数据集探讨Prefoldin4(PFDN4)在肝细胞癌发生发展中的潜在作用和机制。方法在TCGA和GEO数据库检测PFDN4的表达,然后在蛋白水平和肝细胞癌细胞系中进行验证。表观遗传机制方面,通过MEXPRESS分析PFND4表达水平和启动子甲基化的相关性。利用Metascape对PFDN4高、低表达组间差异基因相关生物功能进行富集并构建蛋白-蛋白互作网络,然后通过Cytoscape筛选相关Hub基因,并进一步构建相应的转录因子-Hub与miRNA-Hub基因网络。结果PFDN4在肝细胞癌中的表达增加,并通过多个数据库(TCGA、GEO、HPA和DepMap)得到验证,PFDN4表达和启动子CpG位点(54207873)甲基化负相关。DESeq2分析发现,PFDN4高、低表达组间有552个的差异基因。Metascape富集发现PFDN4表达水平可调节上皮细胞分化、胚胎器官发育、肺上皮发育以及交配和鞘脂类生物合成过程。PPI网络的MCOD分析发现有8个显著的基因簇,其相关生物学功能主要与GPCR信号通路和上皮细胞分化相关。肝细胞癌中PFDN4表达相关的10个Hub基因为NTS、HTR2B、ADRA1A、TAC1、TACR3、GRPR、CCKBR、KISS1R、PROK1和CYP3A4。使用Netwaranyst预测到40个转录因子和38个miRNA可能和Hub基因相互作用。结论PFDN4在肝细胞癌的发生发展中可能起着重要作用,PFDN4表达相关潜在Hub基因、转录因子和miRNA,可进一步用于探索新的诊断和治疗策略。 展开更多
关键词 肝细胞癌 prefoldin4 Hub基因 转录因子
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