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贵州省2017年~2023年PEDV和PoRVA流行病学调查及PoRVA VP7、VP4基因的遗传演化分析 被引量：6
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作者 田红利 柳佳佳 +6 位作者 梁海英 曾智勇 汤德元 王彬 边孟婷 黄书 潘向英 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期791-798,共8页
为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪A群轮状病毒(PoRVA)的流行情况,本研究对2017年~2023年来自贵州省9个地区139个猪场的165份仔猪粪便样品进行Taq Man RT-qPCR检测,并对PoRVA阳性样品VP7、VP4基因进行RT-PCR扩增、测序,遗传进化... 为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪A群轮状病毒(PoRVA)的流行情况,本研究对2017年~2023年来自贵州省9个地区139个猪场的165份仔猪粪便样品进行Taq Man RT-qPCR检测,并对PoRVA阳性样品VP7、VP4基因进行RT-PCR扩增、测序,遗传进化分析及其编码氨基酸序列的变异分析。结果显示,PEDV、PoRVA和PEDV+PoRVA的感染率分别为67.88%(112/165)、38.79%(64/165)和21.21%(35/165),且在不同年份、不同地区和不同季节均检出三者的感染。PCR结果显示,本实验扩增出27株PoRVA VP7基因和22株VP4基因;遗传进化分析结果显示共鉴定出6种G型和3种P型,其中G9(29.63%)和P[13](68.18%)为优势基因型,G3、G4、G5、G11、G26、P[6]和P[23]分别占7.41%、22.22%、22.22%、3.70%、14.81%、13.64%、18.18%。21份PoRVA样品鉴定出10种G/P组合基因型,G9P[13](19.05%)为优势组合基因型,G4P[13]、G5P[13]、G3P[13]、G4P[6]、G5P[23]、G9P[23]、G11P[13]、G26P[6]、G26P[13]分别占14.29%、14.29%、9.52%、9.52%、9.52%、9.52%、4.76%、4.76%及4.76%。同源性分析结果显示,27株VP7基因和22株VP4基因序列与NX疫苗株相应基因序列之间的同源性分别为75.5%~94.0%和68.5%~75.6%,氨基酸序列的同源性分别为78.3%~96.6%和72.0%~82.5%,部分PoRVA上述基因序列与国外、人源RVA的同源性最高。氨基酸位点变异分析结果显示,与NX疫苗株相比,所测PoRVA VP7和VP4氨基酸序列均存在特征性位点的变异,其中G型PoRVA VP7无氨基酸位点的缺失和插入,G9型PoRVA VP7存在3处(I^(208)T、K^(212)A/V/T、V^(271)I)变异,G3、G4、G5、G11和G26型PoRVA VP7存在17处(S^(28)R/K、A^(29)I/T/M/V、L^(40)I/V、V^(44)L、S^(71)T、Q^(73)G/N/S/E、S^(90)A/Q/K/R、G^(94)N/S/A/K、N^(100)D/E、T^(122)A/S、T^(147)A/G/N/D、Q^(189)S/T、I^(208)L/Q/T、K^(212)T/I/P/N、A^(213)N/T/D、E^(267)D/N、V^(271)I)变异;3株P[6]型PoRVA VP4在aa136缺失T,13株P[13]型PoRVA VP4在aa188~aa189插入E/D~Y/F,P[6]、P[13]和P[23]型PoRVA VP4存在26处(I^(92)V、Q^(94)E、Q^(113)T/P/N、T^(114)N/Q/S/R、T^(115)Q/E、N^(116)S/L/T、P^(148)A/Q/V/S/I、T^(180)E/N/D、P^(162)T、I^(174)V/L、C^(269)Y、R^(281)N、A^(286)L/S、T^(302)N、A^(340)S/V、T^(379)S、T^(403)A、S^(438)P、R^(553)K、A^(569)A、M^(570)L、A^(608)S、E^(660)D、I^(726)F、K^(733)N、S^(739)T)变异。上述结果表明,2017年~2023年贵州省PEDV和PoRVA感染率高且基因型复杂,其中PoRVA存在以G9型、P[13]型为主的流行,优势组合基因型为G9P[13]。本研究丰富了贵州省PEDV和PoRVA的流行病学资料,尤其为PoRVA感染的防控和候选疫苗株的筛选提供了参考数据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 猪A群轮状病毒 分子流行病学 VP7和VP4基因 遗传演化分析
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鉴别猪病毒性腹泻病原的四重荧光定量RT-PCR方法的建立及应用
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作者 李春林 沙洲 +6 位作者 崔进 郑辉 南福龙 董雅琴 魏荣 武瑞 尼博 《中国兽医学报》 北大核心 2025年第11期2325-2333,2342,共10页
为建立一种快速鉴别传染性胃肠炎病毒(transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacorona virus,PDCoV)和猪轮状病毒A(porcine rotavirus ty... 为建立一种快速鉴别传染性胃肠炎病毒(transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacorona virus,PDCoV)和猪轮状病毒A(porcine rotavirus type A,PoRVA)的四重实时荧光定量RT-PCR方法,本研究从NCBI数据库中分别下载我国流行的PEDV(77株)、TGEV(63株)和PDCoV(19株)的全长序列与85段PoRVA的VP6基因序列并进行同源性分析,基于相对保守序列设计引物和探针。通过筛选最适引物和探针,并对其反应条件和体系进行优化,确定方法的特异性、灵敏度及重复性,同时使用建立的方法对临床样品进行了检测。结果显示,该方法扩增效率高,Ct值与模板数量呈线性相关,R^(2)大于0.99;特异性强,对非洲猪瘟病毒(African swine fever,ASFV)、猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)和伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)等主要猪群病原的核酸无检出;敏感性强,针对TGEV、PEDV、PDCoV和PoRVA的检测极限分别为10、20、20和50拷贝/μL;重复性好,组内和组间重复性检测变异系数均<1%。用建立的方法对109份腹泻样品进行检测,与行业标准检测结果进行比较,符合率为100%,具有较高的实用性。本研究建立的一种鉴别猪病毒性腹泻病原的四重实时荧光定量RT-PCR方法,具有灵敏度高、特异性强、重复性和稳定性好等优点,适用于病毒诊断和批量临床样品检测,为疾病防控、流行病学调查提供了技术支撑。 展开更多
关键词 传染性胃肠炎病毒 猪流行性腹泻病毒 猪德尔塔冠状病毒 猪轮状病毒A 四重实时定量荧光RT-PCR
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四川省几种重要猪腹泻病毒分子流行病学调查及其变异性分析 被引量：6
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作者 夏学妹 陈弟诗 +4 位作者 王一丹 向华 植玉鹏 田珺劼 任玉鹏 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1087-1098,共12页
为了解四川地区流行的猪腹泻病毒类型及其分子流行病学特征,本研究用荧光定量PCR对2021—2023年四川省多个地区来源的猪腹泻样本进行检测;用RT-PCR对猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪A群轮状病毒(PoRVA)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪捷申病... 为了解四川地区流行的猪腹泻病毒类型及其分子流行病学特征,本研究用荧光定量PCR对2021—2023年四川省多个地区来源的猪腹泻样本进行检测;用RT-PCR对猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪A群轮状病毒(PoRVA)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪捷申病毒(PTV)进行分型鉴定,并分析其基因变异性、遗传进化特征和重组事件。结果显示,PEDV、PoRVA、PDCoV和PTV在四川地区仍呈现流行趋势,其总体阳性率分别为:14.2%(40/281)、13.2%(37/281)、15.6%(44/281)和12.5%(35/281),以PEDV与其他病原混合感染最为常见。本次检测共获得6株G2b型PEDV、3株G3型PDCoV、3株G9P[13]型PoRVA、1株G3P[13]型PoRVA、3株5型PTV、1株9型PTV。6株PEDV毒株与CV777、DR13、KPEDV-9、Chinju99、KNU-0801、AJ1102和LW/L等7个疫苗毒株相比在COE区和S1D中和表位区存在多个氨基酸突变位点;其中PSCLZ01和PSCMY04株在进化树中单独形成一个小支。3株PDCoV与四川往年流行毒株的遗传进化距离较近,但与其相比存在6~48个氨基酸的突变。4株PoRVA与早期疫苗株LLR相比,VP4基因有104~108个氨基酸变异,VP7基因有25个共同的氨基酸变异;从进化树上看,RSCMY01/G3P[13]的VP7基因与黑龙江毒株LNCY同属一个分支,但其VP4基因又与四川SCYA-C7聚为一支,表明该株PoRVA可能是在不同基因型毒株跨省际间传播过程中发生了基因重配。值得注意的是,本次检出PTV-5型和PTV-9型样本中,其他腹泻病毒均为阴性,表明上述两种基因型PTV可能是猪腹泻的重要病原。此外,PEDV PSCLZ01株和PDCoV PCSCMY02株的S基因都发生了重组事件,且亲本毒株来自国内外不同地区。上述结果揭示了近年四川地区流行的主要猪腹泻病毒类型及其基因多样性和遗传变异规律,丰富了四川地区猪腹泻病原的分子流行病学资料,为本地区猪腹泻病的防控和净化提供了重要的理论依据。 展开更多
关键词 猪腹泻病毒 PEDV porva PDCoV PTV 流行病学调查
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