基于组合minimizer种子的泛基因组图序列比对算法

1

作者 高佳 徐云 《计算机工程》 北大核心 2025年第8期53-61,共9页

随着测序技术的发展和应用,人类基因组序列的研究已从个体分析逐步扩展到群体分析。为更好地展示种群不同样本之间的遗传变异信息,泛基因组图模型开始取代传统的线性多序列参考基因组模型,序列到图的比对成为生物序列分析的关键问题之... 随着测序技术的发展和应用,人类基因组序列的研究已从个体分析逐步扩展到群体分析。为更好地展示种群不同样本之间的遗传变异信息,泛基因组图模型开始取代传统的线性多序列参考基因组模型,序列到图的比对成为生物序列分析的关键问题之一。现有比对算法通常采用种子与扩展策略,但由于图中组合的路径较多,定位和验证阶段的时间成本高,需要进一步优化单种子选取方法,减少候选位置的数量。为此,提出一种基于组合minimizer种子的序列比对算法,在定位阶段通过对minimizer种子的组合hash,扩展单个种子的覆盖范围。同时,通过序列和相对位置两方面信息查找种子,减少假阳性匹配位置的数量,从而降低后续筛选和验证的工作量。实验结果表明,与主流算法相比,该算法能够减少约80%的候选位置,时间性能提升1~3倍,同时保持相当的索引内存占用和精确比对能力。 展开更多

关键词 泛基因组图 序列比对 种子与扩展策略 minimizer种子

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跨区域环境协同治理网络的驱动机制:以泛珠三角区域为例 被引量：1

2

作者 梁悦 黄俊龙 何建华 《地理研究》 北大核心 2025年第2期485-498,共14页

网络化协同治理是解决跨规模环境保护问题的有效手段,明晰跨区域环境协同治理网络形成机制和障碍可有效提升治理效益。本文基于泛珠三角区域(除港澳地区)环境合作政策构建环境协同治理网络,引入指数随机图模型定量模拟网络内生和外在条... 网络化协同治理是解决跨规模环境保护问题的有效手段,明晰跨区域环境协同治理网络形成机制和障碍可有效提升治理效益。本文基于泛珠三角区域(除港澳地区)环境合作政策构建环境协同治理网络,引入指数随机图模型定量模拟网络内生和外在条件的驱动影响,结合关系依赖性解释网络格局中的自组织结构倾向,剖析省份属性及省际关系对跨区域环境协同治理网络形成的作用机理。结果显示:泛珠三角区域环境协同治理网络整体由珠江流域沿线省份组成钻石型结构,其中广东、广西面向全域呈双核发散式联系,局部嵌有广泛集聚结构,小世界性明显。合作区网络内部自组织依赖关系显著,存在三元结构洞的闭合及星型结构倾向,表明关系传递和择优依附效应促成了合作联系。经济发展水平和省际环境差异推动了省份对外建立合作,监管制度邻近性影响为负,跨区域合作不受其所属环境督察区范围限制,地理邻近性作用不明显,是远距离省份在共享资源或跨区生态影响下密切联系的结果。本研究加深了对跨区域环境协同治理网络形成机理的的理论认知,为提升网络治理效能,优化区域协同发展提供了解释逻辑和决策参考。 展开更多

关键词 环境协同治理网络 驱动机制 指数随机图模型 跨区域环境治理 泛珠江三角区域

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中国冶金产业链与泛能源市场间风险传染——基于波动溢出网络视角

3

作者 王彬洁 薛建豪 +3 位作者 刘欣灵 戴星宇 单庄园 王群伟 《系统管理学报》 北大核心 2025年第2期325-341,共17页

为研究中国冶金产业链与泛能源市场系统及其中4类市场部门、28种市场个体的波动溢出网络特征,选取2014~2023年的行业指数和商品价格日度数据,结合DY溢出网络模型和图论理论,从全样本、滚动窗和多重时间尺度视角进行分析。实证结果表明:... 为研究中国冶金产业链与泛能源市场系统及其中4类市场部门、28种市场个体的波动溢出网络特征,选取2014~2023年的行业指数和商品价格日度数据,结合DY溢出网络模型和图论理论,从全样本、滚动窗和多重时间尺度视角进行分析。实证结果表明:市场系统的总波动溢出量较小,但市场个体间溢出关系广泛;泛能源市场部门为波动溢出的净接收者,而冶金产业链中、下游市场部门为净输出者,且其波动溢出具有显著的时变特征;机械与钢铁市场向周边市场扩散波动风险的量最大,而锌和焦炭商品市场的波动风险传染范围最广;市场间波动溢出主要发生在超过5个交易日的中长周期,短周期内溢出效应不显著。研究可为冶金产业链与泛能源市场系统性风险管理提供新的视角。 展开更多

关键词 冶金产业链 泛能源市场 波动风险 DY溢出网络模型 图论理论

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Minimum Diameter Spanning Tree

4

作者 V. T. Chandrasekaran N. Rajasri 《American Journal of Computational Mathematics》 2018年第3期203-208,共6页

In this paper, we discuss the simple connected graphs which have a minimum diameter spanning tree such that both have same domination number.

关键词 DIAMETER SpanNING Tree ESSENTIAL Dominating VERTEX pan graph Ladar graph

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水稻泛基因组学的发展与前景:重要工具与应用 被引量：3

5

作者 贺文闯 许强 +1 位作者 钱前 商连光 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期9-18,共10页

与单个基因组不同,泛基因组一般是指包含一个物种或群体中全部基因组信息的数据集。近十年来,泛基因组学在水稻中已逐步成为研究热点,相关泛基因组成果和工具已在群体遗传学、进化生物学和生物育种实践等多个下游研究领域中获得广泛应... 与单个基因组不同,泛基因组一般是指包含一个物种或群体中全部基因组信息的数据集。近十年来,泛基因组学在水稻中已逐步成为研究热点,相关泛基因组成果和工具已在群体遗传学、进化生物学和生物育种实践等多个下游研究领域中获得广泛应用。本文聚焦于水稻泛基因组学的发展历程与应用前景,回顾了水稻泛基因组学的内涵发展和研究成果的时间线,总结了现有的水稻泛基因组代表性重要成果工具及其在多个领域中的主要应用,展望了其面临的挑战和发展前景。 展开更多

关键词 水稻泛基因组 图形泛基因组 数据库 结构变异 生物育种

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基于可视化维度理论的泛地图知识推荐方法 被引量：3

6

作者 韩德志 郭仁忠 +2 位作者 陈业滨 赵志刚 柯文清 《地球信息科学学报》 EI CSCD 北大核心 2024年第1期110-120,共11页

信息通讯时代,科学技术的进步极大地降低了地图制图的门槛,大量非专业制图人员涌现到地图制图领域,地图的表现形式呈现出显著的泛化趋势。然而,由于专业知识的缺失,普通大众在专题地图选择时容易产生“制图困惑”,难以确定恰当的专题地... 信息通讯时代,科学技术的进步极大地降低了地图制图的门槛,大量非专业制图人员涌现到地图制图领域,地图的表现形式呈现出显著的泛化趋势。然而,由于专业知识的缺失,普通大众在专题地图选择时容易产生“制图困惑”,难以确定恰当的专题地图类型。针对上述问题,本文尝试提出一种基于可视化维度理论的泛地图知识推荐方法。首先,面向专题制图需求,建立以空间数据、数据特征、泛地图可视化维度、泛地图可视化形式、应用领域为核心要素的泛地图可视化知识本体,通过知识抽取、知识存储操作,构建泛地图可视化知识图谱。其次,对知识图谱进行知识嵌入,实现地图可视化要素的知识化表达。最后,基于泛地图知识要素建立相似度计算模型,计算用户输入数据与知识图谱内空间数据特征、可视化维度、应用领域等的相似度,得出综合相似度结果,实现泛地图可视化形式的精准推荐。结果表明:面对泛化的专题信息表达,本研究提出的泛地图知识推荐方法能够为用图者的制图选择提供较为准确可视化参考,一定程度上满足普通大众的寻图需求。 展开更多

关键词 泛地图 专题制图 可视化维度 地图可视化 知识图谱 知识表达 知识推荐 相似度计算

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国产与进口聚丙烯腈基碳纤维的结构和性能 被引量：2

7

作者 纪箴 钱律 +1 位作者 张崇方 余宗森 《北京科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 1997年第4期369-373,共5页

测定了国产PAN基碳纤维和进口碳纤维T300的力学性能，用化学分析、扫描电镜、X射线衍射等方法研究了2种碳纤维的化学成分、表面形态、断口形貌及微晶结构参数，分析了原丝的结构对碳纤维的结构和性能的影响，以及碳纤维的结构和性能的... 测定了国产PAN基碳纤维和进口碳纤维T300的力学性能，用化学分析、扫描电镜、X射线衍射等方法研究了2种碳纤维的化学成分、表面形态、断口形貌及微晶结构参数，分析了原丝的结构对碳纤维的结构和性能的影响，以及碳纤维的结构和性能的关系． 展开更多

关键词 碳纤维 聚丙烯腈基 结构特征 力学性能

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“调和级数发散性”证明中体现出的思维策略 被引量：1

8

作者 石秀文 《邢台师范高专学报》 2002年第2期33-34,共2页

数学教学的根本点在于提高学生的思维水平和培养学生解决问题的创造能力。在数学教学活动中 ,从培养学生的思维品质和能力出发 ,让学生掌握一些重要的数学思维策略 ,是加强数学教学效果和提高数学教学质量的一个重要途径。本文从“调和... 数学教学的根本点在于提高学生的思维水平和培养学生解决问题的创造能力。在数学教学活动中 ,从培养学生的思维品质和能力出发 ,让学生掌握一些重要的数学思维策略 ,是加强数学教学效果和提高数学教学质量的一个重要途径。本文从“调和级数发散性” 展开更多

关键词 “调和级数发散性” 数学思维策略 进退互用 正反沟通 数形结合 数学教学 证明过程

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基于33个遗传多样性水稻材料的泛基因组分析揭示“隐藏”的基因组变异 被引量：26

9

作者 钦鹏 陈薇兰 +1 位作者 王淏 李仕贵 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期275-278,共4页

【目的】基因组结构变异(SV)和基因拷贝数变异(g CNV)是动植物中主要的遗传变异来源,全面准确地鉴定和分析SV和g CNV对挖掘优异等位基因、保障水稻粮食安全具有重要意义。【方法】利用长片段测序数据和基因组装方法(HERA),对31个具有遗... 【目的】基因组结构变异(SV)和基因拷贝数变异(g CNV)是动植物中主要的遗传变异来源,全面准确地鉴定和分析SV和g CNV对挖掘优异等位基因、保障水稻粮食安全具有重要意义。【方法】利用长片段测序数据和基因组装方法(HERA),对31个具有遗传多样性的水稻栽培稻进行了高质量基因组组装,结合日本晴和蜀恢498高质量基因组,进行了系统的基因组比较分析。【结果】共鉴定到171072个非冗余SVs和25549个g CNVs,其中82.8%的PAV未在先前基于短序列测序数据获得的PAV中鉴定到。利用非洲栽培稻CG14作为外群,对发生在亚洲栽培稻群体的SV(d SV)进行了推断,发现大多数d SV位于基因非编码区,以及泛基因组中50%(32668)基因上下游2 kbp区域在32个亚洲栽培稻种至少有一个d SV。进一步结合转录组数据分析发现SVs和g CNVs对调控基因表达量对具有重要作用。对SV形成机制分析发现,SV主要由TEI(转座子插入)和NHEJ(非同源末端连接)两种机制形成,但不同类型SV的主要形成机制有所不同。该研究还构建了水稻中首个图形基因组,结合674份材料的二代测序和叶片早衰数据,发现17.5%的SV与其附近SNP的连锁度非常低,GWAS分析发现一个与叶片早衰显著相关的位点只能被SV检测到。相关研究成果以"Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations"为题于2021年5月发表在国际期刊Cell。【结论】提供了一个高质量泛基因组水平的基因组变异资源,将促进水稻的功能基因组和进化生物学研究、优异基因资源发掘和水稻育种。 展开更多

关键词 水稻 泛基因组 高质量基因组 结构性变异 基因拷贝数变异 图形基因组

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单位区间图的泛连通性

10

作者 单而芳 原晋江 康丽英 《石家庄铁道学院学报》 1995年第4期69-71,共3页

证明了顶点数至少是4的单位区间图是泛连通的当且仅当它是3-连通的。

关键词 图 单位区间图 边泛圈性 泛连通性

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360度群体遗传变异扫描——大豆泛基因组研究 被引量：4

11

作者 祝光涛 黄三文 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期403-406,共4页

大豆(Glycinemax)是重要的油料和蛋白作物,其丰富的遗传变异为生物学性状挖掘和育种改良提供了重要的资源基础。然而,单个基因组信息无法全面揭示种质资源的遗传变异,泛基因组研究为解决这一不足提供了新方案。近日,中国科学院遗传与发... 大豆(Glycinemax)是重要的油料和蛋白作物,其丰富的遗传变异为生物学性状挖掘和育种改良提供了重要的资源基础。然而,单个基因组信息无法全面揭示种质资源的遗传变异,泛基因组研究为解决这一不足提供了新方案。近日,中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜和梁承志研究团队从2898份大豆种质中选取26份代表性材料,并整合已有的3个基因组,构建了包含野生和栽培大豆的泛基因组和图基因组(graph-basedgenome),鉴定了整个群体的绝大多数结构变异数据集,确定了大豆种质的核心、非必需和个体特异的基因集。利用这些数据系统地揭示了生育期位点E3的等位基因变异和基因融合事件、种皮颜色基因I的单体型和演化关系以及结构变异对铁离子转运基因表达和地区适应性选择的影响。该研究为作物基因组学研究提供了一个新的模式,同时将加速推动大豆遗传变异的鉴定、性状解析和种质创新。 展开更多

关键词 大豆 泛基因组 图基因组 遗传变异 农艺性状

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全空间智能GIS平台关键技术及应用 被引量：4

12

作者 李清清 陶留锋 +3 位作者 陈小佩 黄波 王鹏 潘明敏 《测绘地理信息》 CSCD 2023年第1期24-29,共6页

基于全空间智能MapGIS平台,重点阐述了全空间GIS建模与可视化、大数据治理、智能分析等关键技术,并从地下空间透明化及城市管理智能化的角度,介绍了全空间智能MapGIS平台的应用场景和推广价值。

关键词 全空间 智能GIS 时空大数据 地理知识图谱

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全空间地球信息系统软件关键技术与应用

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作者 陶留锋 徐永洋 +3 位作者 吴晔晖 陈占龙 吴亮 谢忠 《软件导刊》 2023年第11期1-8,F0003,共9页

随着地球信息系统应用领域、应用模式的不断拓展,地球信息系统相关技术和软件日益发展,但仍存在全空间三维立体模型构建的效率问题、多种数据类型和复杂关系的整合难题、大规模多源异构数据的渲染等问题。为此,基于MapGIS平台,从全空间... 随着地球信息系统应用领域、应用模式的不断拓展,地球信息系统相关技术和软件日益发展,但仍存在全空间三维立体模型构建的效率问题、多种数据类型和复杂关系的整合难题、大规模多源异构数据的渲染等问题。为此,基于MapGIS平台,从全空间认知模型与可视化、大数据管理、智能分析、智能化制图4个方面重点阐述全空间地球信息系统的关键技术。从多粒度、多类型、多变化、多关联等角度对现实世界实体进行抽象,建模形成全空间的认知模型。从海量、多样、实时的特性出发,阐述全空间信息系统需要的大数据管理技术。从知识驱动、人工智能及数据科学计算的角度,阐述全空间智能分析技术。从智能化的角度,阐述全空间地图制图技术、MapGIS平台架构及其应用推广价值,为全空间地球信息系统平台技术的发展提供参考与借鉴。 展开更多

关键词 全空间 地球信息系统 时空大数据 地理知识图谱 建模与可视化

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