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Innovation and development of the third-generation hybrid rice technology 被引量:8
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作者 Chancan Liao Wei Yan +3 位作者 Zhufeng Chen Gang Xie Xing Wang Deng Xiaoyan Tang 《The Crop Journal》 SCIE CSCD 2021年第3期693-701,共9页
The breeding and large-scale application of hybrid rice contribute significantly to the food supply worldwide.Currently,hybrid seed production uses cytoplasmic male sterile(CMS)lines or photoperiod/thermo-sensitive ge... The breeding and large-scale application of hybrid rice contribute significantly to the food supply worldwide.Currently,hybrid seed production uses cytoplasmic male sterile(CMS)lines or photoperiod/thermo-sensitive genic male sterile(PTGMS)lines as female parent.Despite huge successes,both systems have intrinsic problems.CMS systems are mainly restricted by the narrow restorer resources that make it difficult to breed superior hybrids,while PTGMS systems are limited by conditional sterility of the male sterile lines that makes the propagation of both PTGMS seeds and hybrid seeds vulnerable to unpredictable climate changes.Recessive nuclear male sterile(NMS)lines insensitive to environmental conditions are widely distributed and are ideal for hybrid rice breeding and production,but the lack of effective ways to propagate the pure NMS lines in a large scale renders it impossible to use them for hybrid rice production.The development of"the third-generation hybrid rice technology"enables efficient propagation of the pure NMS lines in commercial scale.This paper discusses the establishment of"the thirdgeneration hybrid rice technology"and further innovations.This new technology breaks the limitations of CMS and PTGMS systems and will bring a big leap forward in hybrid rice production. 展开更多
关键词 Hybrid rice Nuclear male sterile line The third-generation hybrid rice technology Pollen inactivation Seed sorting
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Diagnosis and treatment of refractory infectious diseases using nanopore sequencing technology:Three case reports 被引量:1
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作者 Qing-Mei Deng Jian Zhang +5 位作者 Yi-Yong Zhang Min Jia Du-Shan Ding Yu-Qin Fang Hong-Zhi Wang Hong-Cang Gu 《World Journal of Clinical Cases》 SCIE 2024年第22期5208-5216,共9页
BACKGROUND Infectious diseases are still one of the greatest threats to human health,and the etiology of 20%of cases of clinical fever is unknown;therefore,rapid identification of pathogens is highly important.Traditi... BACKGROUND Infectious diseases are still one of the greatest threats to human health,and the etiology of 20%of cases of clinical fever is unknown;therefore,rapid identification of pathogens is highly important.Traditional culture methods are only able to detect a limited number of pathogens and are time-consuming;serologic detection has window periods,false-positive and false-negative problems;and nucleic acid molecular detection methods can detect several known pathogens only once.Three-generation nanopore sequencing technology provides new options for identifying pathogens.CASE SUMMARY Case 1:The patient was admitted to the hospital with abdominal pain for three days and cessation of defecation for five days,accompanied by cough and sputum.Nanopore sequencing of the drainage fluid revealed the presence of orallike bacteria,leading to a clinical diagnosis of bronchopleural fistula.Cefoperazone sodium sulbactam treatment was effective.Case 2:The patient was admitted to the hospital with fever and headache,and CT revealed lung inflammation.Antibiotic treatment for Streptococcus pneumoniae,identified through nanopore sequencing of cerebrospinal fluid,was effective.Case 3:The patient was admitted to our hospital with intermittent fever and an enlarged neck mass that had persisted for more than six months.Despite antibacterial treatment,her symptoms worsened.The nanopore sequencing results indicate that voriconazole treatment is effective for Aspergillus brookii.The patient was diagnosed with mixed cell type classical Hodgkin's lymphoma with infection.CONCLUSION Three-generation nanopore sequencing technology allows for rapid and accurate detection of pathogens in human infectious diseases. 展开更多
关键词 Nanopore sequencing technology third-generation sequencing technology INFECTION PATHOGEN Case report
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基于深度学习的PacBio测序数据DNA甲基化检测方法
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作者 刘亚东 刘忠宇 +3 位作者 崔淼 卢振浩 杨忠博 王亚东 《生物信息学》 2025年第3期175-183,共9页
DNA甲基化是存在于真核细胞中的一种关键的表观遗传修饰形式,它能在不改变碱基序列的前提下控制基因表达,并影响生物的发展进程。研究DNA甲基化有助于揭示发育过程中的表观遗传调控机制,为疾病诊断和精准医疗的发展提供重要支撑。Pacifi... DNA甲基化是存在于真核细胞中的一种关键的表观遗传修饰形式,它能在不改变碱基序列的前提下控制基因表达,并影响生物的发展进程。研究DNA甲基化有助于揭示发育过程中的表观遗传调控机制,为疾病诊断和精准医疗的发展提供重要支撑。Pacific Biosciences(PacBio)的单分子实时测序技术能够进行单分子甲基化检测,无需依赖化学转换过程,保留了更完整的表观遗传信息;并且能够产生平均长度达10000 bp的测序片段,有助于跨越复杂区域并提供更连贯的甲基化信息。然而,现有面向PacBio测序数据的甲基化检测可选工具仍然较少,且存在检测精度不足的瓶颈问题。因此,本研究提出一种基于深度学习技术的面向PacBio测序数据的DNA甲基化检测方法,该方法通过交叉注意力融合机制,并利用Transformer和BiGRU网络融合碱基特征与信号特征,以充分识别潜在的甲基化位点,实现DNA甲基化的高效和精准检测。文中使用GIAB标准品HG002的全基因组PacBio测序数据进行DNA甲基化检测,与当前主流工具相比,本文提出的方法在单片段水平以及基因组水平上均有最高的检测准确性。同时,该方法采用并行处理显著降低了分析时间,并在内存使用上保持了可控性,为大规模人群甲基化的高效检测提供了重要的技术支撑。 展开更多
关键词 DNA甲基化 pacbio测序技术 深度学习
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Thoughts on the Development of Bridge Technology in China 被引量:42
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作者 Xuhong Zhou Xigang Zhang 《Engineering》 SCIE EI 2019年第6期1120-1130,共11页
In the history of bridge engineering, demand has always been the primary driving force for development. Driven by the huge demand for construction since China’s reform and opening-up, Chinese bridge has leapt forward... In the history of bridge engineering, demand has always been the primary driving force for development. Driven by the huge demand for construction since China’s reform and opening-up, Chinese bridge has leapt forward both quantitatively and qualitatively in three major stages, by completing the transition from “follower” to “competitor,” and nally to “leader.” A new future is emerging for Chinese bridge engi- neering. As an important part of China’s transportation infrastructure, the bridge engineering industry is facing challenges in this new era on how to support the construction of a new form of transportation. This paper provides a summary of the status of bridge technology in China, based on a basic analysis of stock demand, incremental demand, and management demand. It is our belief that the Chinese bridge engi- neering industry must ful ll three outstanding requirements: construction ef ciency, management effec- tiveness, and long-term service. Intelligent technology based on information technology provides a new opportunity for innovation in bridge engineering. As a result, the development path of bridge engineering needs to be changed. This paper puts forward the idea of developing a third-generation bridge project that is characterized by intelligence, and discusses this project’s implications, development focus, and plan. In this way, this work provides a direction for the improvement of the core competitiveness of China’s bridge engineering industry. 展开更多
关键词 Chinese bridge engineering third-generation bridge engineering Intelligent bridge Science and technology plan Construction technology Management technology Information technology
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基于PacBio三代测序技术鉴定cisAB亚型及利用分子对接探究其分子机制 被引量:1
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作者 夏悦昕 邵林楠 +2 位作者 李宁 周世航 刘志远 《临床输血与检验》 CAS 2024年第6期792-796,共5页
目的利用血清学及PacBio三代测序技术鉴定1例罕见cisAB亚型,利用分子对接探讨糖基转移酶氨基酸突变导致亚型的分子机制。方法利用免疫血清学试验鉴定ABO表型,利用PacBio三代测序方法鉴定其基因型。突变后的糖基转移酶同源建模和分子对接... 目的利用血清学及PacBio三代测序技术鉴定1例罕见cisAB亚型,利用分子对接探讨糖基转移酶氨基酸突变导致亚型的分子机制。方法利用免疫血清学试验鉴定ABO表型,利用PacBio三代测序方法鉴定其基因型。突变后的糖基转移酶同源建模和分子对接后,与野生型α1,3-N-乙酰氨基半乳糖转移酶(α1-3-N-acetylgalactosaminyltransferase,GTA)进行结构叠加和比对,探究关键位点氨基酸突变后糖基转移酶的结构变化。结果免疫血清学试验鉴定表型为AB型,三代基因测序技术结果显示该患者基因型为cisAB.01/O.01.02,分子对接结果显示与野生型相比,cisAB01糖基转移酶p.Pro156Leu和p.Gly268Ala突变导致临近氨基酸结构朝向改变,催化口袋凹槽结构改变,出现双功能酶活性。结论p.Pro156Leu和p.Gly268Ala突变是形成cisAB01糖基转移酶双功能活性的关键位点。 展开更多
关键词 cisAB亚型 pacbio三代测序 同源建模 分子机制 分子对接
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17例ABO血型鉴定中混合视野现象的分析及利用三代测序技术鉴定其等位基因 被引量:1
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作者 夏悦昕 杨宜承 +2 位作者 李春祥 周世航 刘志远 《临床输血与检验》 2025年第3期306-309,共4页
目的对17例在ABO血型鉴定中出现混合视野的血液标本进行单倍体基因型的测定以期准确鉴定ABO血型。方法利用免疫血清学试验鉴定ABO表型,采用PacBio单分子实时荧光(single molecule real-time,SMRT)测序技术检测单倍型。结果17例标本免疫... 目的对17例在ABO血型鉴定中出现混合视野的血液标本进行单倍体基因型的测定以期准确鉴定ABO血型。方法利用免疫血清学试验鉴定ABO表型,采用PacBio单分子实时荧光(single molecule real-time,SMRT)测序技术检测单倍型。结果17例标本免疫血清学试验均为亚型特征,三代基因测序技术结果显示其中亚型为9例,分别为:5例A1Bweak,2例cisAB,1例Bweak,1例B(A);非亚型8例,分别为:6例A1B,1例A1,1例B。结论利用血清学试验及基因测序技术相结合的方法,通过测定其基因型,从而可以准确鉴定其血型,保障临床输血安全。 展开更多
关键词 ABO基因分型 pacbio三代测序 混合视野
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自然发酵酸马奶对人体肠道菌群的影响——基于PacBio SMRT测序技术 被引量:7
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作者 温永平 侯强川 张和平 《中国乳品工业》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期4-7,共4页
采用PacBio SMRT测序技术研究了内蒙古锡林郭勒盟地区一名健康志愿者在连续饮用酸马奶60 d前后肠道菌群的变化。结果表明,连续饮用酸马奶可以增加志愿者肠道菌群的丰度和多样性,使志愿者肠道菌群更加趋于健康化。此外,志愿者肠道中存在... 采用PacBio SMRT测序技术研究了内蒙古锡林郭勒盟地区一名健康志愿者在连续饮用酸马奶60 d前后肠道菌群的变化。结果表明,连续饮用酸马奶可以增加志愿者肠道菌群的丰度和多样性,使志愿者肠道菌群更加趋于健康化。此外,志愿者肠道中存在大量的"肠道核心微生物群",饮用酸马奶会使志愿者肠道中硬壁菌门的相对含量升高。在种的水平上,饮用酸马奶可以促进部分有益生菌如柔嫩梭菌群、多形拟杆菌的生长,这可能是酸马奶具有众多益生作用的原因之一。 展开更多
关键词 酸马奶 肠道菌群 pacbioSMRT测序技术
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基于PacBio SMRT技术的婴幼儿配方奶粉微生物安全性评价 被引量:3
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作者 边燕飞 席晓霞 +3 位作者 郑艺 侯强川 孙天松 孙志宏 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第10期212-220,共9页
目的:婴幼儿配方奶粉中的大量细菌已被灭活,然而灭活微生物仍影响产品品质和货架期。现行纯培养技术只能对食品基质中活菌进行检测,无法全面评估污染微生物组成,而基于宏基因组学策略能够对婴幼儿配方奶粉加工过程中污染微生物进行全面... 目的:婴幼儿配方奶粉中的大量细菌已被灭活,然而灭活微生物仍影响产品品质和货架期。现行纯培养技术只能对食品基质中活菌进行检测,无法全面评估污染微生物组成,而基于宏基因组学策略能够对婴幼儿配方奶粉加工过程中污染微生物进行全面客观的评价。方法:采集6份婴幼儿配方奶粉,使用细菌纯培养、单分子实时测序技术(PacBio SMRT)和微滴式数字PCR(ddPCR)联用技术对其污染微生物组成进行评价。结果:采用纯培养技术在样品中均未检测到大肠菌群、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、阪崎肠杆菌和芽孢。使用PacBio SMRT测序技术,在婴幼儿配方奶粉中共鉴定出14个细菌门、138个细菌属和255个细菌种。其中6份样品均存在过嗜冷菌蜡样芽孢杆菌,其平均相对含量高达23.54%,这一灭活的细菌也会影响产品货架期。此外,在IF3、IF4、IF5和IF6样品中,检测到相对含量较低的致病菌大肠杆菌,其相对含量分别为0.06%,0.01%,0.15%和0.05%。采用ddPCR技术对SMRT测序方法检测到的致病菌蜡样芽孢杆菌和大肠杆菌进行定量分析,发现每克奶粉样品中蜡样芽孢杆菌和大肠杆菌的平均拷贝数取对数后分别为5.45和4.89。结论:在6份婴幼儿配方奶粉中均未检出致病菌,符合食品安全国家标准,然而奶粉中被灭活的蜡样芽孢杆菌和大肠杆菌可能增加产品腐败的风险,影响产品的货架期。本研究结合多个技术全面评价婴幼儿配方奶粉的微生物污染情况,初步建立婴幼儿配方奶粉的微生物检测技术。 展开更多
关键词 婴幼儿配方奶粉 污染微生物 纯培养 ddPCR pacbio SMRT测序
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DNA聚合酶对PacBio SMRT测序结果影响的评价 被引量:3
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作者 王彦杰 徐海燕 +3 位作者 侯强川 马慧敏 张和平 孙志宏 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2018年第1期93-99,共7页
目的评估不同DNA聚合酶是否会对以16SrRNA全长为测序靶点的肠道微生物多样性研究结果产生影响。方法用美国太平洋公司的三代测序仪(PacBio single molecule real-time sequencing technology)对3份分别采用KAPA HiFi^(TM) HotStart DNA... 目的评估不同DNA聚合酶是否会对以16SrRNA全长为测序靶点的肠道微生物多样性研究结果产生影响。方法用美国太平洋公司的三代测序仪(PacBio single molecule real-time sequencing technology)对3份分别采用KAPA HiFi^(TM) HotStart DNA聚合酶和PCRBIO HotStart DNA聚合酶扩增的军犬粪便样品进行精确至"种"水平的测序分析。结果经配对Mann-Whitney U检验显示,不同DNA聚合酶扩增的同一样品在门、属和种水平上差异无统计学意义(P>0.05),然而在某些相对含量较少的操作分类单元(OTU)上,其扩增效率存在差异。经基于非加权UniFrac距离的非加权组平均法聚类分析和基于加权UniFrac距离的非参数多元方差分析发现不同DNA聚合酶扩增的同一样品其多样性差异无统计学意义(P>0.05)。结论 KAPA HiFi^(TM) HotStart DNA聚合酶和PCRBIO HotStart DNA聚合酶虽对模板DNA扩增存在一定的偏好性,但该偏好性不影响PacBio SMRT测序结果。 展开更多
关键词 DNA聚合酶 pacbio SMRT测序技术 肠道微生物
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基于PacBio三代测序的香瓜茄(人参果)基因组的组装 被引量:3
10
作者 司诚 钟启文 杨世鹏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期180-190,共11页
香瓜茄又名人参果,具有抗氧化、抗肿瘤、抗糖尿病等多种生物活性。为丰富茄科作物基因组信息及进化发育历程,获取香瓜茄全基因组序列信息,同时为香瓜茄相关分子研究奠定基础。以香瓜茄植物组织为试验材料,基于Illumina HiSeq构建小片段... 香瓜茄又名人参果,具有抗氧化、抗肿瘤、抗糖尿病等多种生物活性。为丰富茄科作物基因组信息及进化发育历程,获取香瓜茄全基因组序列信息,同时为香瓜茄相关分子研究奠定基础。以香瓜茄植物组织为试验材料,基于Illumina HiSeq构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术构建及组装香瓜茄全基因组数据库。利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装、功能注释以及进化分析研究。结果表明,获得54.11 Gb Illumina HiSeq数据;获得55.08 Gb PacBio数据,reads平均长度为14 179 bp;获得Hi-C数据量约143 Gb;拼接得到该基因组contig序列总长为1.16 Gb,Hi-C纠错后contig N50为22.63 Mb;Hi-C挂载染色体,共有1.12 Gb长度的序列可以挂载到12条染色体上,占比97.16%;其中,能够确定顺序和方向的序列长度为1.08 Gb,占定位染色体序列总长度的96.11%,得到基因组大小1.25 Gb;预测有64.22%的重复序列,41 571个基因,99.06%的基因可以注释到NR、GO、KEGG等数据库中;预测得到4 360个tRNA、5 677个rRNA、154个miRNA;得到449个假基因。香瓜茄与马铃薯的进化时间大约在12.82 MYA。 展开更多
关键词 香瓜茄 基因组 pacbio三代测序技术 基因注释
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基于PacBio三代测序的高质量汶上芦花鸡基因组的组装 被引量:3
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作者 薛倩 邢伟杰 +6 位作者 李国辉 周成浩 张会永 殷建玫 蒋一秀 朱云芬 韩威 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期3869-3881,共13页
【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试... 【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试验动物,基于BGI MGISEQ构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术组装及构建汶上芦花鸡全基因组信息数据库,利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装和功能注释。【结果】试验共获得BGI二代测序数据量59.70 Gb;获得PacBio三代测序数据量31.13 Gb,reads平均长度为15362 bp;获得Hi-C数据量95.37 Gb;拼接和初步组装得到基因组大小为1.12 Gb,经Hi-C辅助组装后,共有1.07 Gb的序列挂载到41条染色体上,挂载率95.62%,基因组contigs N50为9.61 Mb,scaffold N50为91.29 Mb,BUSCO评估为98.50%,基因组连续性和完整度良好;预测基因组有22.57%的重复序列,有426个tRNAs、56个rRNAs、260个miRNAs和308个snRNAs;共预测得到蛋白编码基因17338个,其中96.00%的基因在数据库中得到了功能注释;组装获得汶上芦花鸡Z染色体长度约88.23 Mb,预测并注释到蛋白编码基因742个,这些基因显著富集于氨基酸、脂肪等代谢相关通路,在汶上芦花鸡Z染色体上准确定位了TYRP 1、CDKN 2 A、SLC 45 A 2等羽色相关基因。【结论】研究获得了汶上芦花鸡高质量染色体水平基因组,丰富了家鸡基因组遗传信息,准确定位了Z染色体上一些羽色相关基因。研究结果可为从全基因组水平挖掘汶上芦花鸡优异性状调控机制奠定基础。 展开更多
关键词 汶上芦花鸡 基因组组装 pacbio三代测序技术 基因组注释 Z染色体 伴性芦花羽
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基于PacBio三代测序的茯茶加工过程真菌群落分析 被引量:2
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作者 白亚妮 冯璞阳 +2 位作者 秦涛 冯志珍 陈卫锋 《中国茶叶加工》 2023年第1期63-68,共6页
茯茶是陕西省地理标志产品,具有重要商业价值。目前茯茶生产过程中的真菌群落组成变化情况尚不清楚。为了解茯茶生产过程中真菌群落变化情况,为生产过程的微生物安全控制提供数据支撑,文章以茯茶生产过程中主要阶段的制品样品为研究对象... 茯茶是陕西省地理标志产品,具有重要商业价值。目前茯茶生产过程中的真菌群落组成变化情况尚不清楚。为了解茯茶生产过程中真菌群落变化情况,为生产过程的微生物安全控制提供数据支撑,文章以茯茶生产过程中主要阶段的制品样品为研究对象,采用PacBio三代测序技术分析原毛茶、渥堆期、发花期、干燥期和陈化期真菌群落多样性及组成。结果表明样品测序获得的序列数范围从12771到13110,获得序列的平均长度分别为554 bp。样品香农指数随着序列数的增加趋于平稳,覆盖率均达到1,测序结果反映了实际的群落组成,且测序深度已经基本覆盖到样品中的所有物种。从茯茶原毛茶到渥堆期,再到发花期,真菌群落多样性不断减少,干燥期和陈化期群落多样性和组成与发花期基本相似,原毛茶时期表征真菌群落多样性的香农指数高达1.99,渥堆期降为1.06,而发花期、干燥期和陈化期分别为0.15、0.11和0.21。在群落组成方面,原毛茶比发酵茯茶含有相对丰度较高的节担菌纲种群(Wallemiomycetes),相对丰度约为27.3%。在渥堆期,银耳纲(Tremellomycetes)、伞菌纲(Agaricomycetes)和锤舌菌纲(Leotiomycetes)相比其他时期丰度增加。在随后的生产过程中,包括发花期、干燥期、陈化期,主要优势菌种是冠突散囊菌(Eurotiomycetes)中的曲霉属(Aspergillus),相对丰度达到98%以上,是这三个时期的生物标记种群。以上研究结果为茯茶标准化生产中微生物控制提供了数据基础。 展开更多
关键词 茯茶 加工时期 pacbio测序技术 真菌群落 散囊菌
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利用三代测序技术鉴定c.586T>C突变导致的Bel亚型 被引量:7
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作者 崔文燕 刘金华 付威义 《临床输血与检验》 CAS 2024年第2期262-266,共5页
目的利用PacBio三代测序技术鉴定c.586T>C突变导致的Bel亚型,并分析Bel亚型家系的血型血清学特点。方法ABO血型表型检测使用血清学方法,对ABO正反定型不符的家系标本进行ABO基因第6、7号外显子Sanger测序。利用PacBio三代技术对先证... 目的利用PacBio三代测序技术鉴定c.586T>C突变导致的Bel亚型,并分析Bel亚型家系的血型血清学特点。方法ABO血型表型检测使用血清学方法,对ABO正反定型不符的家系标本进行ABO基因第6、7号外显子Sanger测序。利用PacBio三代技术对先证者及其子女的3例样本进行ABO基因全长单体型分析。结果先证者血清学表型为Bel亚型,测序技术鉴定ABO基因序列第7外显子存在c.586T>C位点突变,三代测序单体型鉴定先证者ABO基因型为ABO^(*)BEL(c.586T>C)/O01.02,其长子和长女基因型为:ABO^(*)A1.02/BEL(c.586T>C)、ABO^(*)B.01/BEL(c.586T>C)。结论c.586T>C位点突变是导致本例Bel的分子基础,PacBio三代测序技术能够精准鉴定ABO亚型单体型。 展开更多
关键词 Bel亚型 血型血清学 分子机制 单体型鉴定 pacbio三代测序技术
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低温胁迫下巴西橡胶树三倍体全长转录组测序分析 被引量:3
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作者 毛常丽 李玲 +3 位作者 张凤良 李小琴 杨湉 吴裕 《热带农业科技》 2022年第1期1-6,共6页
低温寒害是制约我国橡胶树种植业发展的关键因素,为了增加国内橡胶自给率,培育抗寒能力强的无性系以扩大种植面积是有效途径之一。本研究以云南培育的三倍体无性系“云研77-4”为材料,采用PacBio测序技术对不同时间低温胁迫处理的混合... 低温寒害是制约我国橡胶树种植业发展的关键因素,为了增加国内橡胶自给率,培育抗寒能力强的无性系以扩大种植面积是有效途径之一。本研究以云南培育的三倍体无性系“云研77-4”为材料,采用PacBio测序技术对不同时间低温胁迫处理的混合样进行全长转录组测序及分析,共产出41.85 Gb的clean data数据,分析得到高质量转录本154484条,平均每条序列长度为2181 bp,其中新转录本70055条。经对新发现转录本的SSR、编码区序列预测、lncRNA及转录因子分析,并对新转录本进行功能注释,共发现80432个SSRs,66182个ORF,66684个功能基因,预测到转录因子12064个,其中包含了与抗逆性相关的MYB、C3H转录因子。本研究可为进一步筛选抗寒性相关的转录因子和抗寒三倍体育种提供参考。 展开更多
关键词 巴西橡胶树 三倍体无性系 RNA-SEQ pacbio测序
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摩洛哥自然发酵驼乳中乳酸菌分离鉴定及特性研究 被引量:8
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作者 柳青 史迪 +1 位作者 刘文俊 张和平 《食品科学技术学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期85-95,137,共12页
为了丰富菌种资源库资源,探索乳品细菌多样性及菌株生化特性,对摩洛哥阿尤恩地区4份自然发酵驼乳的乳酸菌应用传统纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术进行分离、鉴定,同时对细菌宏基因组测序进行多样性研究及单菌株生化特性研究... 为了丰富菌种资源库资源,探索乳品细菌多样性及菌株生化特性,对摩洛哥阿尤恩地区4份自然发酵驼乳的乳酸菌应用传统纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术进行分离、鉴定,同时对细菌宏基因组测序进行多样性研究及单菌株生化特性研究。由纯培养结果可知:4份样品中分离乳酸菌株包含3个属、8个种,共82株乳酸菌,其中58.54%为Lactococcus lactis;根据宏基因组测序结果可知:4份样品中分离的细菌分属于7个门、78个属和147个种,Proteobacteria(54.64%)和Firmicutes(41.77%)是样品中的优势菌门,Lactococcus(31.87%)及Lactococcus lactis(22.95%)占比较高,是样品中优势菌属及菌种。通过比较不同乳酸菌在相同环境下的生长情况及产酸速率,从样品中分离得到的48株Lactococcus lactis中筛选得到2株生长快、产酸速率高的菌株IMAU98054和IMAU98084。2株菌最适生长温度为37℃,pH值为5.5~7.5,且有一定的盐耐受性,NaCl质量分数小于6%时生长不会受到明显抑制。2种菌株在37℃发酵18 h后其OD600可达到2.5218和2.5172。研究结果表明:摩洛哥阿尤恩地区自然发酵驼乳中包含多类细菌,Lactococcus lactis是其中的优势菌种,并从其中筛选出2株生长快、产酸速率高的菌株IMAU98054和IMAU98084。 展开更多
关键词 乳酸菌 自然发酵驼乳 pacbio SMRT测序技术 生物多样性 生物学特性
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新疆自然发酵酸牛乳连续发酵期间乳酸菌菌群动态变化
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作者 纪欣 刘文俊 +1 位作者 郭艳荣 孙天松 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第14期9-15,共7页
为了阐明自然发酵酸牛乳长期连续发酵过程中乳酸菌菌群结构动态变化,为其工业化生产提供参考依据,该研究对3份新疆自然发酵酸牛乳样品进行实验室连续发酵9个月,利用纯培养方法及PacBio SMRT测序技术研究酸牛乳样品中乳酸菌多样性。结果... 为了阐明自然发酵酸牛乳长期连续发酵过程中乳酸菌菌群结构动态变化,为其工业化生产提供参考依据,该研究对3份新疆自然发酵酸牛乳样品进行实验室连续发酵9个月,利用纯培养方法及PacBio SMRT测序技术研究酸牛乳样品中乳酸菌多样性。结果表明,随着连续发酵,酸牛乳中微生物群落产酸能力增强,乳酸菌活菌数下降,最终维持在7.0 lgCFU/mL以上。此外,乳酸菌菌群结构不稳定,Lactobacillus delbrueckii、Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus、Streptococcus thermophilus、Lactococcus lactis、Streptococcus salivarius等菌种减少或消失,而Lactobacillus helveticus、Lactobacillus fermentum、Lactobacillus gallinarum、Enterococcus durans含量增加。将自然发酵酸牛乳中混合菌种直接用于酸牛乳工业化生产尚需更多的研究支撑,从自然发酵乳中筛选发酵特性优良的乳酸菌,确定最佳发酵菌种组合,对酸牛乳工业化生产具有重要意义。 展开更多
关键词 自然发酵酸牛乳 连续发酵 pacbio SMRT测序技术 乳酸菌 菌群变化
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Koumiss Consumption Alleviates Symptoms of Patients with Chronic Atrophic Gastritis:A Possible Link to Modulation of Gut Microbiota 被引量:3
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作者 Chang Kun Li Qiang Chuan Hou +8 位作者 Duolana Wuri Laga Hong Xin Liu Siqinbateer Bao Ying Sun Aoqi Lai-Yu Kwok He Ping Zhang Bilige Menghe 《Journal of Nutritional Oncology》 2017年第1期36-51,共16页
Intestinal dysbiosis is closely related to a variety of medical conditions,especially gastrointestinal diseases.The present study aimed to investigate the effects of koumiss on chronic atrophic gastritis(CAG)in an out... Intestinal dysbiosis is closely related to a variety of medical conditions,especially gastrointestinal diseases.The present study aimed to investigate the effects of koumiss on chronic atrophic gastritis(CAG)in an outpatient clinical trial(n=10;all female subjects aged 41-55;body mass index ranging from 19.5 to 25.8).Each patient consumed three servings of koumiss per day(i.e.250 ml daily before each of 3 meals)for a 60-day period.The improvement of patients'symptoms was monitored by comparing the total scores of symptoms before and after the treatment.Meanwhile,the changes in the patients’fecal microbiota composition and specific blood parameters were determined.After the 60-day koumiss administration,significant symptom improvements were observed,as evidenced by the reduction of the total symptoms score,and changes in blood platelet and cholesterol levels.The changes in patients’fecal microbiota composition were found.The patients’fecal microbiota fell into two distinct enterotypes,Bacteroides dorei/Bacteroides uniformis(BB-enterotype)and Prevotella copri(P-enterotype).Significant less Bacteroides uniformis was found in the BB-enterotype patient group,while significant more butyrate-producing bacteria(e.g.Eubacterium rectale and Faecalibacterium prausnitzii)were found in the P-enterotype patient group,following koumiss administration.After stopping koumiss consumption,the relative abundance of some biomarker taxa returned to the original level,suggesting that the gut microbiota modulatory effect was not permanent and that continuous koumiss administration was required to maintain the therapeutic effect.In conclusion,koumiss consumption could alleviate the symptoms of CAG patients.Our results may help understand the mechanism of koumiss in alleviating CAG disease symptoms,facilitating the development of such products with desired therapeutic functions. 展开更多
关键词 KOUMISS Chronic ATROPHIC GASTRITIS GUT MICROBIOTA pacbio single molecule real-time sequencing technology Enterotype
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河南回族人群Duffy血型基因遗传多样性的研究
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作者 崔文燕 杨贺才 +6 位作者 孔存权 孔永奎 游云飞 刘毓璟 刘金华 陈茂才 张玉林 《中华医学遗传学杂志》 2025年第3期274-281,共8页
目的利用PacBio长读长测序技术分析Duffy血型基因在河南回族人群中的遗传多样性。方法随机选取30例上三代均为河南回族的个体作为研究对象, 利用PacBio长读长测序技术检测其Duffy血型基因的全长序列, 测定预测表型和基因型频率的分布, ... 目的利用PacBio长读长测序技术分析Duffy血型基因在河南回族人群中的遗传多样性。方法随机选取30例上三代均为河南回族的个体作为研究对象, 利用PacBio长读长测序技术检测其Duffy血型基因的全长序列, 测定预测表型和基因型频率的分布, 分析Duffy血型相关单体型与变异位点之间的连锁关系, 并评估基因遗传多样性、自然选择压力及群体遗传学特征。本研究通过了郑州大学第二附属医院医学伦理委员会的审查(批准号:2022223)。结果受检个体Duffy血型表型预测以Fy(a+b-)为主。共鉴定出3个新的FY*01等位基因相关的单核苷酸多态性(SNP)位点, 总频率为13.33%, 其中以FY*01.NEW^(1)(c.199C>T)最为常见。共发现32个变异位点, 其中28个位于内含子区, 遗传多样性主要集中在内含子区。Duffy血型基因受到负向选择压力(d_(N)/d_(S) < 1, Tajima′sD、Fu and Li′sD^(*)&F^(*)偏离0), 整体较为保守。河南回族Duffy血型的等位基因频率与新疆回族、新疆哈萨克族、内蒙古蒙古族、山西运城汉族相近, 而与大多数地区的汉族和其他民族存在显著差异(P<0.05)。结论本研究分析了河南回族人群Duffy基因的遗传学特征, 并证实PacBio长读长测序技术在单体型解析、遗传多样性研究及新变异点鉴定方面具有显著的优势。 展开更多
关键词 DUFFY血型 pacbio长读长测序技术 回族 遗传多样性
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内蒙古地区母乳中乳酸菌和双歧杆菌的多样性 被引量:6
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作者 徐海燕 刘亚华 +5 位作者 靳昊 王佼 余中节 刘文俊 张和平 孙志宏 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第3期348-359,共12页
母乳中存在的乳酸菌和双歧杆菌对婴儿健康有着直接的影响.本研究从内蒙古呼和浩特市采集了25份母乳样品,利用乳酸菌和双歧杆菌特异性引物分别扩增样品中乳酸菌的16S r RNA基因v1~v4区和双歧杆菌(Bifidobacterium)的rps K基因,由三代测... 母乳中存在的乳酸菌和双歧杆菌对婴儿健康有着直接的影响.本研究从内蒙古呼和浩特市采集了25份母乳样品,利用乳酸菌和双歧杆菌特异性引物分别扩增样品中乳酸菌的16S r RNA基因v1~v4区和双歧杆菌(Bifidobacterium)的rps K基因,由三代测序技术(Pacific Biosciences(Pac Bio)single molecule real-time sequencing technology,SMRT)对其扩增产物进行靶序列测定,采用生物信息学方法全面解析母乳中的乳酸菌和双歧杆菌的组成和结构.结果发现,母乳中含有德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、Lactobacillus gallinarum、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、轻型链球菌(Streptococcus mitis)、唾液链球菌(Streptococcus salivarius)等120种乳酸菌以及链状双歧杆菌(Bifidobacterium catenulatum)、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、粪双歧杆菌(Bifidobacterium stercoris)和两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)等11种双歧杆菌.乳酸菌的结构和组成与泌乳阶段显著相关,而双歧杆菌的结构不随泌乳阶段而改变.其中,过渡乳中的德氏乳杆菌(P<0.01)、植物乳杆菌(P<0.01)、婴儿链球菌(Streptococcus infantarius)(P<0.05)等乳酸菌的相对含量显著低于初乳和成熟乳,而初乳中的鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)相对含量显著高于过渡乳和成熟乳(P<0.05),过渡乳中的瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)相对含量显著高于其他两个时间段的母乳(P<0.05).基于母乳中乳酸菌种水平相对含量的差异,内蒙古地区的母乳可分为3个类型.有趣的是,大部分样品的分型和泌乳阶段有着密切的关系,88.88%成熟乳属于第Ⅰ型,75%的过渡乳归为Ⅱ型,只有初乳被分散在了Ⅰ和Ⅱ两个类型中.本研究为特定生境中乳酸菌和双歧杆菌多样性研究建立新的方法,同时为分离筛选适合国人的母乳源益生菌提供了理论基础和指导意义. 展开更多
关键词 母乳 乳酸菌 双歧杆菌 多样性 三代测序技术
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The effects of probiotics administration on the milk production,milk components and fecal bacteria microbiota of dairy cows 被引量:30
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作者 Haiyan Xu Weiqiang Huang +6 位作者 Qiangchuan Hou Lai-yu Kwok Zhihong Sun Huimin Ma Feiyan Zhao Yuan-Kun Lee Heping Zhang 《Science Bulletin》 SCIE EI CAS CSCD 2017年第11期767-774,共8页
Probiotics administration can improve host health. This study aims to determine the effects of probiotics (Lactobacillus casei Zhang and Lactobacillus plantarum P-8) administration on milk production, milk func- tio... Probiotics administration can improve host health. This study aims to determine the effects of probiotics (Lactobacillus casei Zhang and Lactobacillus plantarum P-8) administration on milk production, milk func- tional components, milk composition, and fecal microbiota of dairy cows. Variations in the fecal bacteria microbiota between treatments were assessed based on 16S rRNA profiles determined by PacBio single molecule real-time sequencing technology. The probiotics supplementation significantly increased the milk production and the contents of milk immunoglobulin C (IgG), lactoferrin (LTF), lysozyme (LYS) and lactoperoxidase (LP), while the somatic cell counts (SCC) significantly decreased (P〈0.01). However, no significant difference was found in the milk fat, protein and lactose contents (P 〉 0.05). Although the probiotics supplementation did not change the fecal bacteria richness and diversity, significantly more rumen fermentative bacteria ( Bacteroides, Roseburia, Ruminococcus, CIostridium, Coprococcus and Dorea) and beneficial bacteria (Faecalibacterium prausnitzii) were found in the probiotics treatment group. Meanwhile, some opportunistic pathogens e.g. Bacillus cereus, Cronobacter sakazakii and Alkaliphilus oremlandii, were suppressed. Additionally, we found some correlations between the milk production, milk components and fecal bacteria. To sum up, our study demonstrated the beneficial effects of probiotics application in improving the quality and quantity of cow milk production. 展开更多
关键词 Milk production Milk components Fecal bacteria Prnbintics Dairy cow pacbio single molecule real-time sequencing technology
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