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题名杏扁PaCBF1基因的克隆及其生物信息学分析
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作者
王连荣
薛拥志
王宝地
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机构
河北北方学院园艺系
河北北方学院动物科技学院
河北北方学院理学院
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出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2018年第2期58-64,共7页
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基金
河北省高等学校科学技术研究项目(NQ2015202)
河北科技厅项目(17226303D)
张家口科技局项目(1611047C)
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文摘
CBF转录因子在多种植物的非生物逆境环境中起着重要的作用,可提高植物的抗逆性。为研究CBF基因在杏扁非生物逆境中的作用与功能,以杏扁品种围选1号为试验材料,利用RT-PCR技术克隆了1个CBF/DREB1转录因子基因CBF,命名为PaCBF1,Gen Bank登录号为MF491392。对其进行生物信息学分析,结果显示:该基因开放阅读框长度为723 bp,编码240个氨基酸,分子量为26.928 ku,等电点为6.35,亲水性平均值为-0.555;PaCBF1蛋白含有一个高度保守的AP2结构域,以及植物CBF蛋白的保守结构域PKKRAGRRVFKETRHP和DSAWR;二级结构预测显示该蛋白主要由38.75%的无规则卷曲、29.58%的α-螺旋、22.92%的延伸链和8.75%的β-转角组成;三级结构的预测结果显示含有α-螺旋、β-折叠和β-转角;该蛋白定位在细胞核,不存在信号肽序列,为非分泌性亲水蛋白,共含有13个磷酸化位点。结果为今后进一步深入研究杏扁CBF转录因子的功能以及对逆境环境的抵抗机制提供了理论基础。
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关键词
杏扁
pacbf1
基因克隆
生物信息学
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Keywords
Kernel apricot
pacbf1
Gene clone
Bioinformatics
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分类号
Q78
[生物学—分子生物学]
S662.03
[农业科学—果树学]
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