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6种药用菊花性状比较及亳菊psbA-trnH序列鉴别
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作者 刘凯 赵梦茹 +4 位作者 申亚楠 高俊山 李大辉 周修腾 周雪娟 《安徽农业科学》 2026年第1期95-99,共5页
[目的]收集6种药用菊花样品,通过性状比较、DNA条形码技术分析6种药用菊花psbA-trnH序列,从性状及分子水平上鉴别亳菊与其他药用菊花。[方法]收集亳菊、大马牙、贡菊、怀黄菊、祁菊、杭白菊鲜花及其叶片样品,通过比较花朵和叶片的特点,... [目的]收集6种药用菊花样品,通过性状比较、DNA条形码技术分析6种药用菊花psbA-trnH序列,从性状及分子水平上鉴别亳菊与其他药用菊花。[方法]收集亳菊、大马牙、贡菊、怀黄菊、祁菊、杭白菊鲜花及其叶片样品,通过比较花朵和叶片的特点,区分不同药用菊花的性状;收集的花朵和叶片样本,采用试剂盒法提取DNA,扩增psbA-trnH序列并进行Sanger测序,使用DNAMAN 8.0进行序列比对分析,利用MEGA 11.0进行进化树构建,对比亳菊与其他药用菊花psbA-trnH序列的差异。[结果]不同药用菊花的花、叶具有自身品种显著特点,花冠大小、舌状花形状、花朵颜色、叶片形状等均有显著差异,鲜花可以显著区分,但菊花干燥缩水后,亳菊、祁菊、贡菊、怀黄菊外形相似,干花很难区分;比对6种药用菊花的psbA-trnH序列,结果显示亳菊在443 bp长度范围内存在3个变异位点,分别位于235 bp位点(C-T)、288 bp位点(A-T)、336 bp位点(A-G);NJ树显示亳菊能单独聚到一类,可与其他药用菊花区分。[结论]psbA-trnH序列可以鉴别亳菊与大马牙、贡菊、怀黄菊、祁菊、杭白菊。 展开更多
关键词 亳菊 药用菊花 psba-trnh序列 物种鉴别 DNA条形码技术
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基于psbA-trnH序列的苗药金果榄及其混伪品分子鉴定
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作者 刘安莉 杜雪梅 +5 位作者 罗君 于佳 李云超 万明香 谭荣 李玲 《现代中药研究与实践》 2025年第6期7-13,共7页
目的利用DNA条形码技术对苗药金果榄原植物青牛胆及其混伪品进行分子鉴定,评价psbAtrnH序列鉴定金果榄的能力。方法采用试剂盒法提取青牛胆及其近缘品种、易混品种的总DNA,PCR扩增其psbA-trnH序列并进行双向测序,利用CodonCode Aligner... 目的利用DNA条形码技术对苗药金果榄原植物青牛胆及其混伪品进行分子鉴定,评价psbAtrnH序列鉴定金果榄的能力。方法采用试剂盒法提取青牛胆及其近缘品种、易混品种的总DNA,PCR扩增其psbA-trnH序列并进行双向测序,利用CodonCode Aligner软件拼接,Clustal X 2.1对序列进行多重比对,GeneDoc中生成多重序列比对图,利用MEGA 11计算并分析种内和种间遗传变异以及构建系统发育树。结果共分析出9个物种36条psbA-trnH序列(实验获取序列青牛胆4条、易混品种3条,另从NCBI下载相关序列27条),实验获取序列扩增和测序成功率均为100%,引物通用性较好;青牛胆与该属其它植物序列之间存在大量的插入、缺失、转换和颠换现象;最大种内遗传距离0.2045大于最小种间遗传距离0.1353,但其种内平均距离为0.0851远小于种间平均距离为0.4205;Barcoding gap中其种间、种内遗传距离存在一定程度重叠,但重叠部分较小且分布趋势明显。构建的NJ系统发育树中能有效将青牛胆与研究中其它物种聚类区分开。结论psbA-trnH序列可作为鉴别金果榄及其混伪品的有效辅助手段。 展开更多
关键词 金果榄 青牛胆 psba-trnh DNA条形码技术 分子鉴定
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基于ITS2和psbA-trnH序列鉴别五味子和华中五味子 被引量:3
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作者 杨楚楚 任广喜 +6 位作者 齐玉鑫 徐庆一 田俊强 程豪杰 陈晓洲 姜丹 刘春生 《中国现代中药》 2025年第1期43-51,共9页
目的:基于核内转录间隔区2(ITS2)和psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对五味子和华中五味子进行序列比对分析,建立快速、准确的分子鉴定方法,筛选最佳DNA条形码序列用于鉴别五味子和华中五味子真伪。方法:以五味子和华中五味子为材料,利... 目的:基于核内转录间隔区2(ITS2)和psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对五味子和华中五味子进行序列比对分析,建立快速、准确的分子鉴定方法,筛选最佳DNA条形码序列用于鉴别五味子和华中五味子真伪。方法:以五味子和华中五味子为材料,利用DNA提取试剂盒,分别提取五味子和华中五味子的总DNA,对ITS2序列和psbA-trnH序列进行聚合酶链式反应扩增及测序分析,使用DNAMAN 6.0软件统计其片段长度及变异位点个数,使用MEGA 5.0软件对数据进行分析比对,计算Kimura 2-parameter遗传距离,通过数据库预测二级结构,并利用邻接法建立系统发育树进行分析。结果:五味子和华中五味子ITS2序列片段长度为231 bp,鉴别位点为腺嘌呤(A)-胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)-T、T-A;在psbA-trnH序列中,存在7个稳定的鉴别位点,分别为GA、T-G、胞嘧啶(C)-A、T-A、缺失-T、A-T、G-T,五味子和华中五味子ITS2序列二级结构存在明显差异,能将两者进行区分。结论:ITS2和psbA-trnH条形码均可以用于区分五味子和华中五味子,但psbA-trnH条形码种内遗传更稳定,种间鉴别位点更多,研究为五味子和华中五味子的快速、准确鉴定和用药安全提供科学依据。 展开更多
关键词 五味子 华中五味子 DNA条形码 内转录间隔区2序列 叶绿体基因间隔区序列
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枫斗类石斛cpDNA psbA-trnH的序列分析与鉴别 被引量:38
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作者 邵世光 韩丽 +3 位作者 马艳红 沈洁 张伟超 丁小余 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1173-1178,共6页
本研究对常见枫斗类石斛cpDNA的psbA-trnH区进行了测序,利用MEGA4.0对该区序列进行了比较分析。结果显示:15种常见的枫斗类石斛的psbA-trnH序列长度为721~767bp,变异位点42个,简约信息位点11个。以Kimura-2参数计算遗传距离,常见枫斗... 本研究对常见枫斗类石斛cpDNA的psbA-trnH区进行了测序,利用MEGA4.0对该区序列进行了比较分析。结果显示:15种常见的枫斗类石斛的psbA-trnH序列长度为721~767bp,变异位点42个,简约信息位点11个。以Kimura-2参数计算遗传距离,常见枫斗类石斛的种间遗传距离为0.0013~0.0183,平均遗传距离为0.0148。不同石斛种间均存在序列差异,全序列中共出现6处indels,导致种间片段长度差异较大;暂未发现所检测的枫斗类石斛居群间在psbA-trnH区的序列存在差异。利用枫斗类石斛psbA-trnH序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种的psbA-trnH序列的测定,成功鉴别了待检种。cpDNA的psbA-trnH区可作为枫斗类石斛分子鉴别的候选标记。 展开更多
关键词 石斛属 枫斗类石斛 psba-trnh 分子鉴别
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ITS2和psbA-trnH序列鉴别马鞭草科药用植物 被引量:16
5
作者 陈倩 刘义梅 +2 位作者 刘震 陈士林 陈科力 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1107-1113,共7页
目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest... 目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest Distance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。结果:对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现,matK的扩增成功率太低,未纳入后续分析;ITS,ITS2,psbA-trnH以及rbcL的扩增及测序成功率分别为83.6%,83.6%,96.4%,98.2%,其鉴定成功率除rbcL为77.8%,75.9%外都为100%,但ITS2序列的种间,种内差异,barcoding gap较psbA-trnH,ITS有明显优势。ITS2序列进一步纳入网上163个样品的数据后其鉴定成功率依然可以达到89.5%,87.6%。结论:考虑到psbA-trnH较高的测序成功率,ITS2和psbA-trnH是适合马鞭草科植物鉴别的一个较好DNA条形码序列组合。 展开更多
关键词 DNA条形码 ITS2 ITS RBCL psba-trnh 马鞭草科
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基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定肉苁蓉属植物(英文) 被引量:27
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作者 韩建萍 宋经元 +6 位作者 刘昶 陈君 钱俊 朱英杰 石林春 姚辉 陈士林 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期126-130,共5页
肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, ... 肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, 获得了该区间的完整序列, 用 K-2P 法建立了系统进化树, 聚类结果与形态分类相符。所得结果显示, psbA-trnH 片段序列在肉苁蓉及混淆品种间存在丰富的变异, 肉苁蓉属各种的种间遗传距离从 0.077% 到 0.743%, 种内遗传距离从 0% 到 0.007%, 种内和种间存在明显的"barcoding gap"。肉苁蓉属各种与黄花列当的遗传距离为 0.979% 至 1.149%, 与草苁蓉的遗传距离为 1.066% 至 1.224%。研究结果表明psbA-trnH 基因间区可以作为条形码来鉴定肉苁蓉及其混淆品。 展开更多
关键词 psba-trnh基因间区 肉苁蓉 鉴定
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ITS和psbA-trnH序列鉴别绿绒蒿属藏药植物 被引量:18
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作者 倪梁红 赵志礼 +2 位作者 孟千万 嘎务 米玛 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期541-545,共5页
目的应用核基因ITS和叶绿体psbA-trnH序列对绿绒蒿属Meconopsis Vig.藏药进行鉴别。方法采集欧贝()3种基原植物罂粟科绿绒蒿属毛瓣绿绒蒿Meconopsis torquata、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia,才温... 目的应用核基因ITS和叶绿体psbA-trnH序列对绿绒蒿属Meconopsis Vig.藏药进行鉴别。方法采集欧贝()3种基原植物罂粟科绿绒蒿属毛瓣绿绒蒿Meconopsis torquata、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia,才温()2种基原植物罂粟科绿绒蒿属总状绿绒蒿Meconopsis racemosa、多刺绿绒蒿Meconopsis horridula,对植物核糖体DNA内转录间隔区、叶绿体psbA-trnH非编码区序列进行测定与分析。结果 ITS序列分析显示,总状绿绒蒿与多刺绿绒蒿序列一致,其余任意两种间具有变异位点;psbA-trnH序列分析显示,任意两种间均有变异位点;两者结合可有效对所有5种植物进行区分鉴定。结论 ITS和psbA-trnH序列相结合可用于绿绒蒿属藏药欧贝和才温的分子鉴定。 展开更多
关键词 ITS psba-trnh 藏药 绿绒蒿属 欧贝 才温 毛瓣绿绒蒿 红花绿绒蒿 全缘叶绿绒蒿 总状绿绒蒿 多刺绿绒蒿
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蕨类药材石韦及其混伪品的psbA-trnH序列鉴定 被引量:13
8
作者 张雅琴 石钺 +5 位作者 宋明 林韵涵 马孝熙 孙伟 向丽 刘霞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2222-2226,共5页
为考察psbA-trnH序列鉴定蕨类药材的可行性,该研究以蕨类药材石韦及其混伪品作为研究对象,对其106份样品提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增其叶绿体psbA-trnH序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离... 为考察psbA-trnH序列鉴定蕨类药材的可行性,该研究以蕨类药材石韦及其混伪品作为研究对象,对其106份样品提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增其叶绿体psbA-trnH序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用最大似然法(ML)构建系统聚类树。结果表明:石韦药材3个基原植物的psbA-trnH序列种内最大遗传距离均小于其与混伪品的种间最小遗传距离;ML树显示石韦药材可与其混伪品明显分开;psbA-trnH序列可作为蕨类药材的DNA条形码,能准确、稳定鉴定蕨类药材石韦及其混伪品。 展开更多
关键词 石韦 DNA条形码 psba-trnh序列 混伪品 蕨类
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叶绿体psbA-trnH序列鉴定药食同源肉桂类药材 被引量:12
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作者 杨培 周红 +3 位作者 马双姣 孙伟 李永华 姚辉 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第17期1496-1499,共4页
目的基于叶绿体psbA-trn H序列对肉桂类药材进行鉴定研究,促进规范用药,保障食品安全规范。方法对8种肉桂类药材psbA-trnH序列进行扩增和测序,应用MEGA 5.0分析其种内种间K2P遗传距离,并构建系统进化树。结果肉桂psb A-trnH序列长度368 ... 目的基于叶绿体psbA-trn H序列对肉桂类药材进行鉴定研究,促进规范用药,保障食品安全规范。方法对8种肉桂类药材psbA-trnH序列进行扩增和测序,应用MEGA 5.0分析其种内种间K2P遗传距离,并构建系统进化树。结果肉桂psb A-trnH序列长度368 bp,种内序列高度保守,肉桂与其近缘物种种间变异位点多,种间K2P遗传距离明显大于种内K2P遗传距离,NJ树显示肉桂能与近缘物种完全区分开。结论基于psbA-trnH序列的DNA条形码技术能够准确鉴定肉桂及其相关近缘种。 展开更多
关键词 肉桂 樟属 psba-trnh 鉴定 DNA条形码
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基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定山东丹参为新种 被引量:12
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作者 李晓娟 韩建萍 +5 位作者 李建秀 陈晓辰 张龙霏 李佳 顾正位 张永清 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1338-1344,共7页
为从分子水平鉴定山东丹参(Salvia shandongensis)及其近缘物种,本研究采用psbA-trnH序列对山东丹参、丹参(S.miltiorrhiza)和白花丹参(S.miltiorrhiza f.alba)共计33份材料进行了PCR扩增并测序,获得了该间隔区的完整序列。采用CodonCod... 为从分子水平鉴定山东丹参(Salvia shandongensis)及其近缘物种,本研究采用psbA-trnH序列对山东丹参、丹参(S.miltiorrhiza)和白花丹参(S.miltiorrhiza f.alba)共计33份材料进行了PCR扩增并测序,获得了该间隔区的完整序列。采用CodonCodeAligner进行序列拼接,应用MEGA5.0计算山东丹参及其近缘种的种内、种间的K2P距离,构建UPGMA树。结果显示,山东丹参psbA-trnH序列长度约为391 bp,丹参和白花丹参psbA-trnH序列长度约为386 bp,psbA-trnH序列在山东丹参及其近缘种种间存在丰富的变异,山东丹参种内平均K2P遗传距离为0,丹参和白花丹参种内平均K2P遗传距离分别为0.002和0.001,山东丹参与丹参种间遗传距离为0.034~0.04,与白花丹参种间遗传距离为0.005~0.008,山东丹参种内平均K2P遗传距离均远远小于丹参和白花丹参种间平均K2P遗传距离;聚类结果显示山东丹参与丹参、白花丹参(变型)可明显区分,这与形态分类特征相符。本研究首次从分子水平确立了山东丹参在植物分类学上的地位,揭示了山东丹参与近缘种之间的亲缘关系,为山东丹参药用植物新资源的开发提供DNA遗传分子鉴定的科学依据。研究结果表明psbA-trnH基因间区可作为条形码来鉴定山东丹参及其近缘种。 展开更多
关键词 psba-trnh基因间区 山东丹参 丹参 白花丹参 DNA分子鉴定
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滇重楼的psbA-trnH条形码分子鉴定研究 被引量:16
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作者 刘涛 赵英良 +5 位作者 杨莹 王玲 李玛 王欣林 周博 杨生超 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期758-762,共5页
为探讨滇重楼药材鉴定新方法,本研究通过对重楼样品提取基因组DNA,PCR扩增叶绿体psb A-trn H序列并进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离(K2P),构建邻接数(neighbor-jo... 为探讨滇重楼药材鉴定新方法,本研究通过对重楼样品提取基因组DNA,PCR扩增叶绿体psb A-trn H序列并进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离(K2P),构建邻接数(neighbor-joining tree)进行结果分析。研究表明,叶绿体psb A-trn H片段在滇重楼种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.007,而滇重楼与其它重楼种间平均K2P遗传距离为0.025,滇重楼种间最大K2P遗传距离明显小于滇重楼与重楼属其它种内的最小K2P遗传距离。中药材DNA条形码鉴定系统比对和NJ树鉴定结果均表明psb A-trn H序列可区分滇重楼及其同属物种,且具有较好的稳定性和准确性,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。 展开更多
关键词 滇重楼 DNA条形码 psba-trnh 分子鉴定
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巴山榧树及近缘种的psbA-trnH序列分析 被引量:12
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作者 周先容 尚进 +2 位作者 陈发波 宋晓宏 江波 《西部林业科学》 CAS 2015年第1期16-21,共6页
采用PCR产物直接测序法对巴山榧树12个地理种群的叶绿体psb A-trn H序列进行了测定,并从Gen Bank搜索并下载巴山榧树近缘种的psb A-trn H序列,运用Clustal X和MEGA 4.1软件分析和构建系统发育树。结果表明,巴山榧树12个地理种群间的遗... 采用PCR产物直接测序法对巴山榧树12个地理种群的叶绿体psb A-trn H序列进行了测定,并从Gen Bank搜索并下载巴山榧树近缘种的psb A-trn H序列,运用Clustal X和MEGA 4.1软件分析和构建系统发育树。结果表明,巴山榧树12个地理种群间的遗传分化程度较低;巴山榧树与云南榧、日本榧树的亲缘关系较近,而与长叶榧、榧树、加州榧和佛罗里达榧的亲缘关系较远。研究结果为进一步探讨巴山榧树分子谱系地理学及榧树属的分子系统发育提供了理论依据。 展开更多
关键词 巴山榧树 地理种群 近缘种 psba-trnh序列 系统发育树
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基于叶绿体基因rbcL和psbA-trnH间区探讨石杉科植物系统关系(英文) 被引量:12
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作者 姬生国 霍克克 +1 位作者 王峻 潘胜利 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2008年第2期213-219,共7页
关于石杉科Huperziaceae植物的分类,一直存在一些争议。在旧的分类体系中石杉科植物被包含在一个混合的石松科Lycopodiaceae和多谱系的石松属Lycopodium中。本文利用叶绿体rbcL基因和psbA-trnH基因间区序列探讨石杉科植物的系统位置及... 关于石杉科Huperziaceae植物的分类,一直存在一些争议。在旧的分类体系中石杉科植物被包含在一个混合的石松科Lycopodiaceae和多谱系的石松属Lycopodium中。本文利用叶绿体rbcL基因和psbA-trnH基因间区序列探讨石杉科植物的系统位置及石杉科内部的分类关系,用最大简约法和邻接法对自测序列结合由GenBank下载的rbcL及psbA-trnH基因间区序列进行系统发育分析。结果显示,石杉科与Phylloglossum属关系较近,与石松科关系较疏远。在石杉科中热带石杉属Huperzia植物和马尾杉属Phlegmariurus植物的关系要比它们与其他石杉属植物更近。所以,我们的rbcL基因数据不支持秦仁昌关于石杉科分为石杉属和马尾杉属的分类处理。但是,因为我们的psbA-trnH序列没有包括热带种类,对石杉属植物和马尾杉属植物的关系无验证。因此需要更多的样品和序列数据进一步探讨石杉科的演化关系。 展开更多
关键词 石杉科 系统发育 psba-trnh RBCL基因
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青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析 被引量:15
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作者 张得钧 高庆波 +1 位作者 李福安 李永平 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第25期15215-15217,共3页
[目的]研究青海栽培黄管秦艽(Gentiana officinalis H.Smith)的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10... [目的]研究青海栽培黄管秦艽(Gentiana officinalis H.Smith)的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性(h=0.771),单倍型多态性水平(h)为0.563~0.857,核苷酸多态性水平(π)为0.002 43~0.006 31。居群遗传分化系数Gst为0.196 0,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。 展开更多
关键词 黄管秦艽 叶绿体DNA psba-trnh 遗传变异
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基于psbA-trnH序列变异分析川明参属亲缘关系及分类地位 被引量:7
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作者 宋春凤 吴宝成 +1 位作者 周伟 刘启新 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期19-26,共8页
采用PCR直接测序法对伞形科( Apiaceae)前胡族( Trib. Peucedaneae)种类川明参( Chuanminshen violaceum Sheh et Shan)、泰山前胡〔Peucedanum wawrae ( H. Wolff) Su〕和华中前胡( P. medicum Dunn)以及美味芹族( Trib. Sm... 采用PCR直接测序法对伞形科( Apiaceae)前胡族( Trib. Peucedaneae)种类川明参( Chuanminshen violaceum Sheh et Shan)、泰山前胡〔Peucedanum wawrae ( H. Wolff) Su〕和华中前胡( P. medicum Dunn)以及美味芹族( Trib. Smyrnieae)种类明党参(Changium smyrnioides H. Wolff)、宝兴棱子芹(Pleurospermum davidii Franch.)、丽江棱子芹( P. foetens Franch.)和鸡冠棱子芹( P. cristatum de Boiss.)的叶绿体基因组psbA-trnH片段进行了扩增测序,获得的序列已提交至GenBank,登录号为KF557756-KF557762。结合引自GenBank的前胡族阿魏属( Ferula Linn.)1种、大瓣芹属( Semenovia Regel et Herder)1种、当归属( Angelica Linn.)2种和美味芹族的舟瓣芹属( Sinolimprichtia H. Wolff)1种、羌活属( Notopterygium de Boiss.)1种、瘤果芹属( Trachydium Lindl.)1种以及针果芹族( Trib. Scandicineae)刺果芹〔Turgenia latifolia ( Linn.) Hoffm.〕的psbA-trnH片段序列,对各种类的psbA-trnH片段信息进行分析;并以刺果芹为外类群构建了MP、ML和BI系统发育树。结果表明:川明参和明党参的psbA-trnH片段长度均为258 bp、GC含量均为23%,而其他种类的psbA-trnH片段长度为228~405 bp、GC含量为26%~35%;排序后psbA-trnH 序列总长度为553 bp(包括空位),其中变异位点237个、信息位点178个。川明参与明党参间的相对遗传距离最小(仅为0.02),而川明参与其他种类间的相对遗传距离为0.10~1.34,且总体上川明参与美味芹族种类的相对遗传距离较小,表明川明参与明党参及美味芹族种类的亲缘关系较近。在3类系统树上,川明参与明党参均聚在一起,并与美味芹族的属种聚为一大支,而远离由前胡族属种构成的另一大支。结合外部形态和果实解剖结构特征,建议将川明参属( Chuanminshen Sheh et Shan )从前胡族中分出并置于美味芹族中,与明党参属( Changium H. Wolff)为姐妹类群。 展开更多
关键词 川明参属 psba-trnh片段 美味芹族 前胡族 GC含量 分类地位
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禾本科psbA-trnH基因的序列分析及其在斑点野生稻鉴定中的应用 被引量:7
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作者 许瑾 徐涛 +2 位作者 肖正康 朱水芳 张万霞 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期85-92,共8页
通过对稻属(Oryza L.)及其近缘种等禾本科(Gramineae)植物叶绿体psbA-trnH基因进行扩增和测序,分析其系统进化关系及序列差异,并设计鉴定斑点野生稻(O.punctata)的特异分子标记。序列分析的结果表明,栽培稻材料间psbA-trnH基因序列没有... 通过对稻属(Oryza L.)及其近缘种等禾本科(Gramineae)植物叶绿体psbA-trnH基因进行扩增和测序,分析其系统进化关系及序列差异,并设计鉴定斑点野生稻(O.punctata)的特异分子标记。序列分析的结果表明,栽培稻材料间psbA-trnH基因序列没有或很少存在碱基差异,野生稻相对变异丰富,其中靠近3′端下游序列碱基变异较为丰富,5′端相对保守。根据斑点野生稻psbA-trnH基因序列的特异位点设计的引物,扩增的目的片段ptBD118长118bp,退火温度在62℃时特异性最佳。在条码基因差异位点分析的基础上,开发的特异分子标记用于物种的快速鉴定,为珍贵物种的口岸鉴定提供了检测方法。 展开更多
关键词 psba-trnh基因 斑点野生稻 分子标记 物种鉴定
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基于psbA-trnH序列对穿龙薯蓣及同属物种的鉴别研究 被引量:7
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作者 赵容 邵飞 +1 位作者 尹海波 康廷国 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期938-944,共7页
利用psbA-trrtH序列建立一种能快速精准,将穿龙薯蓣区别于其他同属物种的方法。该实验收集全国17个不同产区,共144份穿龙薯蓣样本,从GenBank上下载的23份薯蓣属其他植物的psbA-trnH序列,使用DNAMAN8.0软件对测序后所得到的峰图进... 利用psbA-trrtH序列建立一种能快速精准,将穿龙薯蓣区别于其他同属物种的方法。该实验收集全国17个不同产区,共144份穿龙薯蓣样本,从GenBank上下载的23份薯蓣属其他植物的psbA-trnH序列,使用DNAMAN8.0软件对测序后所得到的峰图进行拼接和校对,使用MEGA6.0软件对序列进行分析比对。结果表明:穿龙薯蓣与毛胶薯蓣亲缘关系最近,与盾叶薯蓣亲缘关系最远,使用psbA-trnH序列作为DNA条形码能有效区分穿龙薯蓣与薯蓣属中的其他植物。 展开更多
关键词 psba-trnh序列 穿龙薯蓣 薯蓣属
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基于核基因ITS及叶绿体psbA-trnH和trnS-trnG基因怀地黄栽培起源探讨 被引量:8
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作者 夏至 黄勇 +2 位作者 李贺敏 周艳 高致明 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第2期423-430,共8页
目的 从野生型驯化为栽培品种角度分析地黄Rehmannia glutinosa的遗传多样性,探讨河南焦作地区怀地黄的栽培起源。方法 对地黄野生自然居群,栽培品种及其近缘物种ITS、psb A-trn H和trn S-trn G序列进行扩增和测序,分析比较中药材地黄... 目的 从野生型驯化为栽培品种角度分析地黄Rehmannia glutinosa的遗传多样性,探讨河南焦作地区怀地黄的栽培起源。方法 对地黄野生自然居群,栽培品种及其近缘物种ITS、psb A-trn H和trn S-trn G序列进行扩增和测序,分析比较中药材地黄野生自然居群,栽培品种间各序列的单倍型类型和核苷酸多态性,构建Neighbor-Joining(NJ)分子系统发育树。结果 单倍型分析结果显示,地黄野生居群单倍型类型数量(ITS 6个,psb A-trn H 8个,trn S-trn G 9个)明显高于怀地黄栽培品种单倍型类型数量(ITS 3个,psb A-trn H 2个,trn S-trn G 3个)。地黄野生居群的单倍型多样性和核苷酸多样性均远高于怀地黄栽培品种间,在3个基因联合系统树上,地黄野生居群和栽培品种所有样品与茄叶地黄聚在一支,支持率为90%;23个栽培品种(29个样本)与来自温县的10号地黄野生居群聚为一支,支持率为78%。结论 地黄野生型驯化为栽培品种过程发生了明显的遗传瓶颈,导致现存怀地黄栽培品种遗传基础狭窄,遗传多样性降低。怀地黄栽培品种可能起源于河南温县区域的地黄野生群体。 展开更多
关键词 ITS psba-trnh trnS-trnG 怀地黄 起源
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薯蓣属28种山药psbA-trnH序列系统学分析 被引量:5
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作者 张佳佳 霍秀文 +3 位作者 王志敏 于文华 邵盈 敖兰吉亚 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期2412-2419,共8页
通过分析山药28个不同样品的psbA-trnH序列,研究山药亲缘关系和系统进化关系。采用分子生物技术方法对不同来源地的28种山药资源进行PCR扩增、测序,通过构建系统发育树分析不同样品psbA-trnH片段的长度、变异位点、G+C含量、系统关系。... 通过分析山药28个不同样品的psbA-trnH序列,研究山药亲缘关系和系统进化关系。采用分子生物技术方法对不同来源地的28种山药资源进行PCR扩增、测序,通过构建系统发育树分析不同样品psbA-trnH片段的长度、变异位点、G+C含量、系统关系。扩增psbA-trnH长度在382~409 bp,GC含量在36.0%~34.72%之间,利用MEGA6.0计算核苷酸变异位点193个,信息位点183个保守位点226个。通过系统进化树的构建把不同产地山药样品分为2类。实验证明psbA-trnH片段能够处理种间的系统发育关系,对不同产地之间的样品也有一定的区分能力,为今后的山药分类提供分子水平的依据,为下一步研究不同产地山药之间的亲缘关系和解决品种间的混淆问题奠定基础。 展开更多
关键词 山药 psba-trnh序列 遗传距离 系统分析
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基于psbA-trnH序列的土茯苓基原植物及其近缘种DNA分子鉴定 被引量:5
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作者 王振涛 郝虹 +2 位作者 林丽珍 余悦 李书渊 《中药材》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期1368-1371,共4页
目的:对土茯苓基原植物及其近缘种进行psbA-trnH条形码鉴定。方法:提取样品DNA,利用PCR技术对样品进行叶绿体基因psbA-trnH片段扩增并双向测序。所得序列经CodonCode Aligner拼接后,利用MEGA 6.0软件进行数据分析;计算种内种间K2P遗传... 目的:对土茯苓基原植物及其近缘种进行psbA-trnH条形码鉴定。方法:提取样品DNA,利用PCR技术对样品进行叶绿体基因psbA-trnH片段扩增并双向测序。所得序列经CodonCode Aligner拼接后,利用MEGA 6.0软件进行数据分析;计算种内种间K2P遗传距离并采用邻接法构建NJ系统树。结果:土茯苓基原植物种内最大K2P遗传距离远小于种间最小K2P遗传距离;由构建的系统聚类树图可以看出,不同来源的土茯苓基原植物聚成一支,表现为单性系,并与其近缘种明显分开。结论:psbA-trnH序列作为DNA条形码可以有效地鉴别土茯苓基原植物及其近缘种,为土茯苓药材基原鉴定及临床安全用药提供了分子依据。 展开更多
关键词 土茯苓 近缘种 psba-trnh 分子鉴定
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