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基于转录组学分析Xenorhabdus bovienii肽基脯氨酰异构酶ppia-l20基因的表达调控 被引量:1
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作者 孙静 包浩然 张克云 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1086-1096,共11页
[目的]前期从广谱抗菌的Xenorhabdus bovienii NN6菌株的胞外蛋白中分离出一种新型杀菌蛋白PPIA-L20,为肽基脯氨酰异构酶A类似物,该蛋白能够抑制尖孢镰刀菌西瓜专化型的孢子的萌发,致使孢子死亡。经过多次试验验证ppia-l20基因的表达水... [目的]前期从广谱抗菌的Xenorhabdus bovienii NN6菌株的胞外蛋白中分离出一种新型杀菌蛋白PPIA-L20,为肽基脯氨酰异构酶A类似物,该蛋白能够抑制尖孢镰刀菌西瓜专化型的孢子的萌发,致使孢子死亡。经过多次试验验证ppia-l20基因的表达水平不稳定,与发酵时间没有明显的相关性。本文旨在探寻调控ppia-l20基因表达的调控因子,进而推测ppia-l20基因表达调控的分子机制,为进一步提高抗菌蛋白的产量提供参考。[方法]对ppia-l20的转录水平进行Real-time PCR分析并与菌株生长曲线进行相关性分析,选择ppia-l20基因表达量差异显著的2个发酵时间点进行转录组学比较,并对表达差异显著的DEG(differential expressed gene)进行GO功能注释、KEGG富集通路和蛋白网络互作分析。[结果]4~84 h发酵菌体中的ppia-l20基因表达趋势不稳定,其转录水平与时间不相关。与ppia-l20低表达量的8 h发酵菌体相比,ppia-l20高表达量的12 h发酵菌体中有466个DEG,包括193个上调基因和273个下调基因。Real-time PCR验证表明基因表达差异趋势与转录组测序结果一致,证明测序结果可信。对差异表达的基因进行GO功能注释、KEGG富集分析,发现DEG的功能与膜形成相关,富集通路与双组分调节系统、磷酸转移酶系统和阳离子抗菌肽抵制通路相关。其中,双组分调节系统中的qseC基因和opmR基因表达量均上调2倍,ppia-l20基因位于阳离子抗菌肽抵制通路,该通路上的nlpE基因(负责编码外膜脂蛋白)显著下调。蛋白互作网络中,PPIA-L20蛋白与位于外膜的AMP结合蛋白TycC、GrsB有互作关系,NlpE蛋白与双组分调节系统中cpxR基因、cpxA基因表达的蛋白有互作关系。[结论]Xenorhabdus bovienii NN6菌株可能通过双组分调节系统通路、阳离子抗菌肽抵制通路上的关键基因nlpE和磷酸转移酶系统共同调控ppia-l20的表达。 展开更多
关键词 昆虫病原线虫共生菌 Xenorhabdus bovienii NN6 转录组 ppia-l20 双组分调节系统 阳离子抗菌肽抵制通路
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聚间苯二甲酰对苯二胺(PPIA)数均分子量的测定 被引量:4
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作者 丁勇 吴红枚 +2 位作者 王孟 梁振辉 李永成 《山东化工》 CAS 2016年第11期74-77,共4页
聚间苯二甲酰对苯二胺是一种新型的芳酰胺聚合物,极有潜力发展为高性能纤维家族的新成员。由于聚间苯二甲酰对苯二胺分子链的刚性特征,使得现有凝胶渗透色谱(GPC)仪器所用的溶剂很难对其溶解,其分子量的测定不能采用凝胶渗透色谱的方法... 聚间苯二甲酰对苯二胺是一种新型的芳酰胺聚合物,极有潜力发展为高性能纤维家族的新成员。由于聚间苯二甲酰对苯二胺分子链的刚性特征,使得现有凝胶渗透色谱(GPC)仪器所用的溶剂很难对其溶解,其分子量的测定不能采用凝胶渗透色谱的方法,因此采用端基分析法测定聚间苯二甲酰对苯二胺的数均分子量。采用直接电位滴定法测定聚合物羧端基的含量,以玻璃电极做指示电极,甘汞电极为参比电极,用电位滴定仪进行测定。采取分光光度法测定聚合物的氨端基含量,利用分光光度计测定不同浓度对苯二胺溶液的吸光值,绘制出浓度-吸光值曲线,然后用已知浓度的对氯苯胺溶液进行校验,最后测定聚合物溶液的吸光值可算出氨端基含量。最后结合端羧基和端氨基的含量通过计算得到聚间苯二甲酰对苯二胺的数均分子量,此方法简单、实用,不需要复杂的仪器设备。 展开更多
关键词 聚间苯二甲酰对苯二胺(ppia) 高性能纤维 数均分子量 直接电位滴定法 分光光度法
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基于PPIA序列检测结直肠癌患者血液游离DNA的临床意义
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作者 梁鸿斌 周婉瑜 +4 位作者 冯伟龙 曾祥胜 陈新彬 吴锦顺 祝琰 《广东医科大学学报》 2020年第6期686-688,共3页
目的建立基于肽基脯氨酰异构酶A(PPIA)序列检测结直肠癌(CRC)患者血液游离DNA(cf-DNA)方法并探讨其临床意义。方法设计特异性引物并利用荧光定量PCR技术建立血液游离DNA检测方法,定量检测结直肠癌患者(A组)、结直肠息肉患者(B组)和健康... 目的建立基于肽基脯氨酰异构酶A(PPIA)序列检测结直肠癌(CRC)患者血液游离DNA(cf-DNA)方法并探讨其临床意义。方法设计特异性引物并利用荧光定量PCR技术建立血液游离DNA检测方法,定量检测结直肠癌患者(A组)、结直肠息肉患者(B组)和健康对照者(C组)各30例的cf-DNA水平;比较肿瘤患者不同TNM分期cf-DNA水平。结果PPIA116扩增曲线:y=-3.936x+11.415,R2=0.995,扩增效率79.5%。PPIA熔解温度为80.00℃,批内CV 0.83%~0.87%,重复性良好。cf-DNA水平:A组最高,B组次之,C组最低(P<0.01)。不同TNM分期患者cf-DNA水平差异具有统计学意义(P<0.01或0.05)。结论基于PPIA序列定量检测cf-DNA具有可行性,监测cf-DNA有助于CRC诊断和分期。 展开更多
关键词 ppia序列 结直肠癌 游离DNA
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结核分枝杆菌PpiA蛋白的生物信息学分析及功能预测 被引量:2
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作者 刘相群 伊正君 付玉荣 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2020年第6期661-666,共6页
目的应用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv0009基因编码蛋白PpiA的结构与功能进行预测和分析。方法由NCBI数据库中获得Rv0009基因及PpiA蛋白的相关序列信息;运用ProtParam及ProtScale对PpiA蛋白的理化特性和亲疏水性进行分析;运用NetPhos... 目的应用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv0009基因编码蛋白PpiA的结构与功能进行预测和分析。方法由NCBI数据库中获得Rv0009基因及PpiA蛋白的相关序列信息;运用ProtParam及ProtScale对PpiA蛋白的理化特性和亲疏水性进行分析;运用NetPhos、TMHMM分析PpiA的磷酸化位点及跨膜区结构;分别运用SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred预测PpiA蛋白的二级结构和三级结构;运用SYFPEITHI软件进行抗原表位的预测分析;运用STRING预测PpiA的相互作用蛋白,并对其生物过程进行功能富集分析。结果结核分枝杆菌蛋白PpiA由182个氨基酸组成,分子式为C848H1310N238O267S4,属于稳定的亲水性蛋白;其二级结构中无规则卷曲(Cc)含量占53.85%,α-螺旋(Hh)含量占18.68%,β-折叠(Ee)占20.88%,β-折角(Tt)含量占6.59%。PpiA蛋白无信号肽和跨膜区结构,具有14个磷酸化优势位点;该蛋白含有18个B细胞抗原优势表位以及3个CTL细胞抗原优势表位,其互作蛋白分别为groEL2、groEs、TB18.6、dnak、tpx和tur等,并参与多种生物学过程。结论生物信息学分析PpiA蛋白具有良好的抗原优势表位和氨基酸磷酸化位点,参与分子伴侣介导的蛋白质折叠、抵抗压力以及应激调节等生物学过程,是探索结核分枝杆菌持久性感染机制的重要研究靶标。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 ppia蛋白 潜伏结核 生物信息学
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PPIA基因rs6850位点多态性与冠心病合并2型糖尿病的关系 被引量:1
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作者 尹明月 李秋菊 王宁 《山东医药》 CAS 2023年第14期25-28,共4页
目的探讨PPIA基因rs6850位点多态性与冠心病(CAD)患者合并2型糖尿病(T2DM)的关系。方法选取CAD、CAD合并T2DM患者各100例,采集患者静脉血,采用直接测序法检测PPIA基因rs6850位点的基因多态性。比较两组基因型和等位基因频率分布情况,对... 目的探讨PPIA基因rs6850位点多态性与冠心病(CAD)患者合并2型糖尿病(T2DM)的关系。方法选取CAD、CAD合并T2DM患者各100例,采集患者静脉血,采用直接测序法检测PPIA基因rs6850位点的基因多态性。比较两组基因型和等位基因频率分布情况,对比不同基因型患者的临床资料,采用Logistic回归分析冠心病患者发生2型糖尿病的影响因素。结果PPIA基因rs6850位点基因型、等位基因、显性模型和隐性模型在CAD+T2DM组和CAD组间的分布差异无统计学意义(P均>0.05)。GA基因型携带者BMI较AA、GG基因型携带者升高(P均<0.05)。调整混杂因素后,Logistic回归分析显示,GG、GA、AA三种基因型均不是冠心病患者发生2型糖尿病的影响因素(P均>0.05)。结论PPIA基因rs6850位点多态性与冠心病合并2型糖尿病患者的遗传易感性无关。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 ppia基因 2型糖尿病 冠状动脉粥样硬化性心脏病
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日本血吸虫Sj CyclophilinA基因的克隆、表达及其生物学功能研究 被引量:1
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作者 彭金彪 韩宏晓 +5 位作者 洪炀 王欣之 石耀军 傅志强 刘金明 林矫矫 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期1531-1538,共8页
【目的】克隆和表达了日本血吸虫CyclophilinA(Sj CyPA)编码基因cDNA,分析其在日本血吸虫不同发育阶段虫体的表达情况,评估该重组抗原在小鼠体内诱导的抗血吸虫免疫保护效果。【方法】从实验室构建的7天童虫消减cDNA文库中,PCR扩增一ES... 【目的】克隆和表达了日本血吸虫CyclophilinA(Sj CyPA)编码基因cDNA,分析其在日本血吸虫不同发育阶段虫体的表达情况,评估该重组抗原在小鼠体内诱导的抗血吸虫免疫保护效果。【方法】从实验室构建的7天童虫消减cDNA文库中,PCR扩增一EST序列的基因全长cDNA,提交到NCBI,登录号为GQ403666。应用荧光实时定量PCR分析该基因在日本血吸虫不同发育阶段虫体的表达情况,以pET28a(+)为载体构建重组表达质粒,并在大肠杆菌中表达。诱导、表达、纯化和复性重组蛋白,测定其PPIase活性。利用Western blot检测重组蛋白的抗原性。以重组抗原免疫小鼠,评估其对小鼠诱导的免疫保护效果。【结果】PCR获得了Sj CyPA编码基因的全长cDNA,其开放阅读框为519bp。荧光实时定量PCR分析表明,该基因在13d童虫表达量最高,为童虫期高表达基因。构建了重组表达质粒pET28a(+)-Sj CyPA,并在大肠杆菌中成功表达。复性重组蛋白具有PPIase活性。Western blot试验显示该重组蛋白具有良好的抗原性,在小鼠免疫试验中,与空白对照组比较,免疫组小鼠获得18.72%的减虫率和44.6%的肝脏减卵率。【结论】获得了日本血吸虫童虫期高表达的Sj CyPA基因的全长cDNA,成功构建了Sj CyPA原核重组表达质粒,在大肠杆菌中成功表达,纯化复性得到有PPIase活性的Sj CyPA重组蛋白,并证实该重组抗原在小鼠体内诱导产生了部分免疫保护效果。 展开更多
关键词 日本血吸虫 CYCLOPHILIN A(CyPA) 克隆和表达 ppia se活性 免疫保护效果
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扁桃体和(或)腺样体切除全麻手术患儿父母陪伴体验的质性研究 被引量:2
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作者 陈诚 王妍 《泰州职业技术学院学报》 2023年第5期77-80,共4页
目的探讨父母陪伴患儿全麻诱导(Parent-Present Induction of Anesthesia,PPIA)及苏醒过程中真实的体验。方法选择2021年2月~2022年2月在本院OSAHS(阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征)行扁桃体和(或)腺样体切除手术患儿的15例父母为研究对... 目的探讨父母陪伴患儿全麻诱导(Parent-Present Induction of Anesthesia,PPIA)及苏醒过程中真实的体验。方法选择2021年2月~2022年2月在本院OSAHS(阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征)行扁桃体和(或)腺样体切除手术患儿的15例父母为研究对象,用质性研究方法对其进行半结构式访谈,借助NVivo 8.0统计软件,根据Colaizzi的7步分析法对资料进行分析,提炼主题。结果全麻手术患儿父母陪伴的真实体验可归纳为5个关键点:认识到父母陪伴的重要性、兴奋和焦虑并存、困惑与无措感、自责与感恩以及自我调适。结论在肯定父母陪伴对患儿焦虑、苏醒躁动、行为改变等有改善效果的同时,还应考虑陪伴父母的心理感受,术前评估父母的应激能力,针对其需求给予个性化的心理疏导与支持,促进父母陪伴的正性效应。 展开更多
关键词 ppia 全身麻醉 麻醉诱导 体验 质性研究
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水体中蓝藻毒素检测方法研究进展 被引量:1
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作者 陆羚子 刘婷 +3 位作者 吴俣 倪鲁波 蒋玲波 唐雷鸣 《生物化工》 2023年第1期155-157,162,共4页
蓝藻多肽类代谢产物(Cyanopeptides)占已知蓝藻生物活性物质数量的60%以上,具有多器官毒性、遗传毒性、强致癌性等特点,会通过饮用水进入人体,对人体健康造成威胁。近年来,蓝藻藻华频繁暴发,对饮用水体中蓝藻毒素进行检测刻不容缓。本... 蓝藻多肽类代谢产物(Cyanopeptides)占已知蓝藻生物活性物质数量的60%以上,具有多器官毒性、遗传毒性、强致癌性等特点,会通过饮用水进入人体,对人体健康造成威胁。近年来,蓝藻藻华频繁暴发,对饮用水体中蓝藻毒素进行检测刻不容缓。本文对不同类型蓝藻毒素进行阐述,重点归纳了不同毒素类型的结构特点及各种检测方式的优缺点,以期为进一步研究蓝藻毒素的精准测定提供参考。 展开更多
关键词 蓝藻毒素 高效液相色谱法 高效液相色谱-串联质谱法 酶联免疫吸附法 蛋白磷酸酶抑制法
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