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同步检测PMWaV-1、PMWaV-2和PMWaV-3的三重RT-qPCR方法的初步建立 被引量:2
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作者 胡加谊 罗志文 +5 位作者 何凡 李向宏 胡福初 范鸿雁 刘志昕 张治礼 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2017年第2期38-44,共7页
目前我国菠萝产区已相继报道3种菠萝凋萎相关病毒(PMWaV-1、PMWaV-2和PMWaV-3)。通过建立这3种菠萝凋萎相关病毒实时荧光定量RT-PCR(RT-q PCR)同步定量检测方法,为菠萝凋萎病毒的定性定量研究提供技术手段。根据这3种菠萝凋萎相关病毒... 目前我国菠萝产区已相继报道3种菠萝凋萎相关病毒(PMWaV-1、PMWaV-2和PMWaV-3)。通过建立这3种菠萝凋萎相关病毒实时荧光定量RT-PCR(RT-q PCR)同步定量检测方法,为菠萝凋萎病毒的定性定量研究提供技术手段。根据这3种菠萝凋萎相关病毒的外壳蛋白基因序列分别设计特异性引物和Taq Man水解探针,在优化PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3三重RT-q PCR反应体系后,以PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3 CP基因目的片段的重组质粒为标准品绘制标准曲线,初步建立了PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3三重RT-q PCR检测方法。其中PMWaV-1标准曲线为y=-3.283logx+39.02,其扩增效率达101.7%,线性相关系数R2=0.999;PMWaV-2标准曲线为y=-3.393logx+37.53,其扩增效率为97.1%,线性相关系数R2=0.998;PMWaV-3标准曲线为y=-3.171 logx+38.48,其扩增效率为106.7%,线性相关系数R2=0.996;这表明3种菠萝凋萎相关病毒质粒标准品在同一反应体系中可稳定扩增,且线性关系表现良好,可用于后续试验。灵敏度试验数据表明,该方法对PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3的最低检测线分别为99,98,868拷贝;重复性试验表明PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3三重RT-q PCR扩增曲线的标准差小于0.267,变异系数小于1.44%。这表明建立的三重RT-q PCR检测方法可快速、准确、稳定地定量检测PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3等3种病毒,为PMWaV的定性定量研究和复合侵染机制的探索提供了技术基础。 展开更多
关键词 菠萝凋萎病 检测方法 实时荧光定量RT-PCR pmwav TAQMAN探针
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菠萝凋萎相关病毒–2实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:12
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作者 胡加谊 罗志文 +3 位作者 范鸿雁 李向宏 刘志昕 何凡 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1257-1266,共10页
菠萝凋萎相关病毒(Pineapple mealybug wilt associated virus-2,PMWaV-2)是引起的菠萝凋萎病(Mealybug wilt of pineapple,MWP)的重要病原。本研究中根据PMWaV-2外壳蛋白基因序列设计特异性引物和探针,建立基于TaqMan探针的实时荧光定... 菠萝凋萎相关病毒(Pineapple mealybug wilt associated virus-2,PMWaV-2)是引起的菠萝凋萎病(Mealybug wilt of pineapple,MWP)的重要病原。本研究中根据PMWaV-2外壳蛋白基因序列设计特异性引物和探针,建立基于TaqMan探针的实时荧光定量RT-PCR检测方法。该方法能高灵敏检测出阳性样品,对阴性样品及空白对照均无荧光反应;灵敏度比普通PCR高100倍;重复性试验表明批内和批间变异系数均在1.85%以内,表明本方法是一种操作简便、特异性强、灵敏度高、重复性较好的PMWaV-2定量检测方法。 展开更多
关键词 菠萝 菠萝凋萎病毒–2(pmwav-2) TAQMAN探针 实时荧光定量RT-PCR 检测
原文传递
菠萝凋萎相关病毒-1实时荧光定量RT-PCR检测体系的建立与应用 被引量:4
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作者 胡加谊 罗志文 +6 位作者 李向宏 范鸿雁 周朋 章绍延 张治礼 刘志昕 何凡 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期116-121,125,共7页
菠萝凋萎相关病毒-1(Pineapple mealybug wilt associated virus-1,PMWaV-1)是田间检出率最高的菠萝凋萎病毒。本研究根据PMWaV-1CP基因保守序列设计特异性TaqMan探针和引物,建立并优化了PMWaV-1实时荧光定量RT-PCR检测方法。优化后的... 菠萝凋萎相关病毒-1(Pineapple mealybug wilt associated virus-1,PMWaV-1)是田间检出率最高的菠萝凋萎病毒。本研究根据PMWaV-1CP基因保守序列设计特异性TaqMan探针和引物,建立并优化了PMWaV-1实时荧光定量RT-PCR检测方法。优化后的反应体系制备的标准曲线为y=-3.307×log x+38.18,相关系数r2为0.998。试验结果表明,该方法能特异性地检测PMWaV-1,对PMWaV-2、3和阴性对照均无反应;最低检测限达到40拷贝。重复性试验表明批内和批间变异系数均小于1.98%,是一种操作简便、特异性强、灵敏度高、重复性较好的PMWaV-1定量检测方法。样品检测结果表明PMWaV-1在菠萝植株老叶、嫩叶和吸芽中的病毒含量呈递减趋势。 展开更多
关键词 菠萝凋萎相关病毒-1 TAQMAN探针 实时荧光定量RT-PCR 检测
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Establishment of a Real-time Fluorescent Quantita- tive RT-PCR Method for Pineapple mealybug wilt as. sociated virus-2 被引量:1
4
作者 Fan Hongyan Hu Jiayi +6 位作者 Luo Zhiwen Guo Lijun He Shu Hu Fuchu Li Xianghong He Fan Zhang Zhiyi 《Plant Diseases and Pests》 CAS 2016年第1期22-26,共5页
Pineapple mealybug wilt associated virus-2 (PMWaV-2) is an important pathogen causing Mealybug wilt of pineapple (MWP). We established a realtime quantitative RT-PCR (RT-qPCR) method with TaqMan probe based on s... Pineapple mealybug wilt associated virus-2 (PMWaV-2) is an important pathogen causing Mealybug wilt of pineapple (MWP). We established a realtime quantitative RT-PCR (RT-qPCR) method with TaqMan probe based on specific primers of conserved nucleotide sequence of PMWaV-2 coat protein gene. The results showed that the method was higldy sensitive to positive sample, but had no fluorescence signal to health sample and blank control. The sensitivity of RTqPCR was about 100 times higher than general PCR. Reproducibihty test revealed that the coefficients of variation between intra-and inter-assay were beth within 1.85%, indicating it was a quantitative detection method for PMWaV-2 with simple operation, strong specificity, high sensitivity, and reliable reproducibility. 展开更多
关键词 PINEAPPLE pmwav-2 TaqMan probe RT-QPCR Detection
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