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FBAT和PLINK软件计算等位基因频率和传递不平衡分析的应用研究 被引量：6
1
作者 贾小芳 王红 《中国优生与遗传杂志》 2009年第10期20-22,共3页
目的研究FBAT和PLINK软件计算等位基因频率(allele frequency,Afreq)和传递不平衡分析(transmission disequilibrium test,TDT)的应用。方法对137个台湾非综合征型唇/腭裂核心家系,利用FBAT、PLINK和SPSS软件分别对核心家系和奠基者数... 目的研究FBAT和PLINK软件计算等位基因频率(allele frequency,Afreq)和传递不平衡分析(transmission disequilibrium test,TDT)的应用。方法对137个台湾非综合征型唇/腭裂核心家系,利用FBAT、PLINK和SPSS软件分别对核心家系和奠基者数据计算FGF19基因rs1789364的微效等位基因频率(minor allele frequency,MAF)。分别用FBAT、PLINK、SAS和SPSS软件及McNemar公式手工计算的方法,对家系数据进行TDT分析。结果FBAT软件2.0.2c版本对全部核心家系数据和奠基者数据计算的MAF不同,分别为20.8%和21.2%;FBAT软件1.7.3版本和PLINK软件对上述两种数据计算的MAF均为21.2%;SPSS软件对上述两种数据计算的MAF分别为20.8%和21.2%。FBAT软件两版本、PLINK和SAS软件与按McNemar公式手工计算的传递不平衡分析统计量等价(Z=-0.612,P=0.540);SPSS软件与McNemar校正公式的分析结果相同(χ2=0.260,P=0.610)。结论应用FBAT软件的1.7.3版本和PLINK软件计算奠基者的等位基因频率时,可以使用全部核心家系或单独奠基者的数据;用FBAT软件的2.0.2c版本时,只能用单独奠基者的数据。FBAT软件两版本和PLINK软件tdt命令的传递不平衡分析均为McNemar检验方法,PLINK软件的perm选项可提供确切概率。FBAT和PLINK软件是专门的遗传统计分析软件,可以直接利用家系数据计算等位基因频率和进行TDT等多项分析,SPSS和SAS软件的非遗传统计模块不宜作为家系资料分析的常规方法。研究者在使用相关软件和命令以前,利用公式或熟悉的软件对拟使用的软件命令进行研究,有助于避免误用,并对研究结果做出合理的解释。 展开更多
关键词 FBAT plink 等位基因频率 传递不平衡分析 唇腭裂
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全基因组关联分析与PLINK软件的应用 被引量：2
2
作者 李瑞 张引娣 刘奋进 《中国数字医学》 2017年第3期44-45,78,共3页
全基因组关联性分析是近几年发展起来的一种复杂性状的研究方法,与以往的候选基因研究策略所不同的是它不再受预先设定候选基因的限制,从而为进一步了解和控制人类复杂性疾病发生的遗传特征提供了重要的线索。现以1000个样本为例,为了... 全基因组关联性分析是近几年发展起来的一种复杂性状的研究方法,与以往的候选基因研究策略所不同的是它不再受预先设定候选基因的限制,从而为进一步了解和控制人类复杂性疾病发生的遗传特征提供了重要的线索。现以1000个样本为例,为了便于数据分析,用MATLAB软件将每个位点的碱基编码方式转换成数值编码方式,接着用概率统计的思想和MATLAB对数据进行预处理。然后通过PLINK软件对这1000个样本的碱基对进行分析,得出这些位点的曼哈顿图、检验显著性值和发病风险率,最后结合全基因组关联性分析筛选出与疾病有显著性关联的位点是:rs227328。从分析疾病与致病位点关系的过程中可以体会到巧妙运用一些数据处理软件可以减少遗传学研究过程中的成本。 展开更多
关键词 全基因组关联分析 基因识别 plink软件 曼哈顿图
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全基因组数据分析软件PLINK在统计遗传学教学中的应用 被引量：1
3
作者 吕洪超 张瑞杰 +2 位作者 姜永帅 段炼 李晋 《科学中国人》 2016年第10X期245-246,共2页
统计遗传学是一门理论实践相结合的课程,是生物信息学专业重要的必须课程。我们在讲授理论知识的同时,注重培养学生的实践操作技能,引入了PLINK等当前国际流行的统计分析软件。通过指导学生利用PLINK软件对一套类风湿性关节炎的真实案... 统计遗传学是一门理论实践相结合的课程,是生物信息学专业重要的必须课程。我们在讲授理论知识的同时,注重培养学生的实践操作技能,引入了PLINK等当前国际流行的统计分析软件。通过指导学生利用PLINK软件对一套类风湿性关节炎的真实案例的分析,即促进了学生理论联系实际,又激发了学习的积极主动性,为将来顺利开展科研训练打下基础。 展开更多
关键词 统计遗传学 plink软件 关联分析
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基于R语言和PLINK程序的遗传性疾病的遗传位点分析 被引量：1
4
作者 李鹏 刘希望 +2 位作者 张双飞 赵芳 罗文志 《数学的实践与认识》 2021年第22期86-91,共6页
目前发现很多疾病与遗传相关,而遗传性疾病的遗传位点分析尚未得到有效的研究方法.现以1000个样本为例,首先利用R语言将基因位点进行二进制和十进制编码,然后用概率统计的方法和R语言对数据进行预处理,接着利用PLINK程序对样本进行数据... 目前发现很多疾病与遗传相关,而遗传性疾病的遗传位点分析尚未得到有效的研究方法.现以1000个样本为例,首先利用R语言将基因位点进行二进制和十进制编码,然后用概率统计的方法和R语言对数据进行预处理,接着利用PLINK程序对样本进行数据分析,结合R语百得到较为清晰的Manhattan图及Cytoscape网络可视化模型•首次结合R语言和PLINK程序对遗传性疾病的遗传位点分析,能提高整个数据分析的速度,减少数据分析的成本,为解决遗传性疾病的遗传位点分析提供技术支持.同时此模型可以更方便地应用于实际生活中. 展开更多
关键词 R语言 plink Cytoscape 遗传位点(SNPs) GWAS
原文传递
基于SNP标记的80份雪茄烟叶种质资源遗传多样性分析
5
作者 杜帅斌 李媛 +7 位作者 向小华 焦芳婵 夏长剑 陈德鑫 郭栋 颜统晶 梁滢玥 吕洪坤 《山西农业科学》 2025年第5期76-83,共8页
为了满足我国雪茄烟叶生产需求,海南、云南、四川等雪茄烟叶主产区积极引进国外雪茄烟叶品种进行试种,通过分析国外引进品种的遗传多样性对于去除重复引进种质和优良雪茄烟叶种质资源的高效利用具有重要意义。利用1.5K mGPS液相芯片对8... 为了满足我国雪茄烟叶生产需求,海南、云南、四川等雪茄烟叶主产区积极引进国外雪茄烟叶品种进行试种,通过分析国外引进品种的遗传多样性对于去除重复引进种质和优良雪茄烟叶种质资源的高效利用具有重要意义。利用1.5K mGPS液相芯片对80份雪茄烟叶种质资源进行了全基因组基因型检测,一共得到1212个高质量的SNP位点。通过计算多态性指标发现,最小等位基因频率(MAF)的变化范围为0.05~0.50,平均值为0.19;多态性信息含量(PIC)的变化范围为0.0905~0.3750,平均值为0.23;杂合率大于2%的有18份,大于5%的有3份,80份雪茄烟叶种质资源间的位点遗传多样性较低。通过Admixture软件分析80份雪茄烟叶种质资源的遗传组分和群体结构,将供试材料分成7个亚群,7个亚群之间基因交流不频繁,群内遗传背景单一,少部分材料具有混合的遗传背景。利用plink软件计算IBS遗传距离,通过精准鉴定,去除3份重复种质并准确区分其余相似种质。 展开更多
关键词 SNP分子标记 雪茄烟叶 种质资源 邻接法 Admixture、plink软件 遗传多样性
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批处理程序引导的远程抓包平台
6
作者 冀云帅 潘益民 《机电工程技术》 2014年第1期57-59,共3页
批处理程序运行在DOS系统,具有使用方便、灵活、自动化程度高的特点。利用批处理程序、Plink软件、Wireshark网络分析软件在Windows平台上搭建一个远程抓包平台,可以抓取远程Linux系统终端网卡上的数据报文并进行分析。该平台具有使用... 批处理程序运行在DOS系统,具有使用方便、灵活、自动化程度高的特点。利用批处理程序、Plink软件、Wireshark网络分析软件在Windows平台上搭建一个远程抓包平台,可以抓取远程Linux系统终端网卡上的数据报文并进行分析。该平台具有使用方便、高效、快捷的技术特点,是工程技术人员的良好助手。 展开更多
关键词 批处理
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