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鸡PLIN1基因的生物信息学分析及其SNP与F2代鸡经济性状的关联分析 被引量：1
1
作者 杨修贤 任团辉 +2 位作者 林武坚 何世梓 张细权 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第19期38-45,118,共9页
为了探究围脂滴蛋白1(perilipin 1,PLIN1)的生物学特性及其基因启动子区的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与杏花鸡×白洛克鸡杂交二代(F2代)鸡经济性状之间的关联性,试验以清远麻鸡各器官/组织c DNA为模板,克... 为了探究围脂滴蛋白1(perilipin 1,PLIN1)的生物学特性及其基因启动子区的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与杏花鸡×白洛克鸡杂交二代(F2代)鸡经济性状之间的关联性,试验以清远麻鸡各器官/组织c DNA为模板,克隆PLIN1基因的编码区(coding sequence,CDS)序列,然后对PLIN1基因进行生物信息学分析;随后利用实时荧光定量PCR方法检测各器官/组织中PLIN1基因的相对表达量,并利用PCR-RFLP方法对PLIN1基因进行分型,最后利用SPSS 22.0软件对基因启动子区域的SNP位点与F2代鸡的经济性状进行关联分析。结果表明:鸡PLIN1基因CDS序列全长为1554 bp,共编码518个氨基酸;PLIN1蛋白分子量为125.14 ku,等电点为4.70;二级结构中,α-螺旋占比为53.19%,延伸链占比为2.71%;三级结构预测模型主要为α-螺旋、无规则卷曲等;PLIN1基因编码蛋白与过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)和脂肪酸结合蛋白4(FABP4)等蛋白质具有互作关系;红原鸡和日本鹌鹑的PLIN1基因进化关系较近;除斑马鱼外,PLIN1基因在各物种中呈现保守性。PLIN1基因启动子区域的SNP位点与F2代鸡的胸肌剪切力、63 d胫长和肤色性状显著关联(P<0.05);TT基因型是肤色和胸肌剪切力的优势基因型,而CC基因型是63 d胫长的优势基因型;PLIN1基因在腹部脂肪组织中的相对表达量最高,腹部脂肪组织与其他组织的相对表达量均具有显著差异(P<0.05)。说明PLIN1基因可能与鸡的经济性状有关,并在鸡的脂肪生成中扮演重要角色。 展开更多
关键词 鸡 PLIN1基因 生物信息学分析 单核苷酸多态性(SNP) 经济性状
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