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蓖麻PIP5Ks基因的生物信息学及荧光定量PCR分析 被引量：5
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作者 梁塔娜 赵永 +7 位作者 何智彪 曹清国 张幽静 张艳欣 李丽丽 杨丽凤 常如慧 黄凤兰 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第24期5892-5900,共9页
目的预测磷脂酰肌醇4-磷酸5-激酶(PIP5Ks)基因家族7个基因的表达部位;测定Lm型雌性系蓖麻a Lm AB23种品系不同时期的蓖麻花序中PIP5Ks各成员相对表达量。方法利用生物信息学分析在线软件进行蛋白质理化性质分析、蛋白质疏水性分析、亚... 目的预测磷脂酰肌醇4-磷酸5-激酶(PIP5Ks)基因家族7个基因的表达部位;测定Lm型雌性系蓖麻a Lm AB23种品系不同时期的蓖麻花序中PIP5Ks各成员相对表达量。方法利用生物信息学分析在线软件进行蛋白质理化性质分析、蛋白质疏水性分析、亚细胞定位预测、跨膜区分析。采用荧光定量PCR方法进行蓖麻PIP5Ks基因家族的生物信息学分析和采用DNAMAN程序进行序列比对。结果蓖麻PIP5Ks共有7个成员,分别为PIP5K1、PIP5K2、PIP5K4、PIP5K6、PIP5K8、PIP5K9、PIP5K11;蓖麻PIP5K对应的蛋白之间的氨基酸序列同源性达到48.06%,蓖麻PIP5Ks所对应蛋白均为亲水性蛋白,除PIP5K9和PIP5K11为不稳定蛋白质其余均为稳定蛋白质;PIP5Ks对应蛋白均不存在跨膜结构域,均为非跨膜蛋白。亚细胞定位结果显示PIP5K1、PIP5K4、PIP5K6、PIP5K9、PIP5K11蛋白具有导肽的可能性较低,并且无对应的氨基酸切割位点,即定位在其他细胞器或者可能为胞浆蛋白;PIP5K2蛋白定位在叶绿体,叶绿体转运肽数值较高;PIP5K8蛋白定位在分泌通路。利从PIP5Ks在差异表达的相对表达量变化上来看,除PIP5K4并未检测到荧光,其余PIP5Ks均有一定的差异表达,PIP5Ks的相对表达量的变化趋势均较为相近,PIP5K1、PIP5K2的相对表达量较多,其次为PIP5K8、PIP5K9的相对表达量,PIP5K6及PIP5K11只有少量的表达。结论 PIP5Ks在蓖麻中对花序轴性状可能有一定的影响,PIP5Ks在花序轴上的差异含量与花序发育具有一定的规律性。 展开更多
关键词 蓖麻 pip5ks生物信息学分析 荧光定量 花序
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