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miR-61与PIK3R5在绵羊尾部脂肪中的表达及其靶向关系验证 被引量:1
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作者 费晓娟 金美林 +7 位作者 李桃桃 卢曾奎 王慧华 陆建 权凯 王玉琴 狄冉 魏彩虹 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2022年第7期148-155,共8页
本课题组前期通过高通量测序发现miR-61在湖羊和藏羊的尾部脂肪组织中差异表达,推测其可能在绵羊尾部脂肪沉积的过程中发挥着重要作用。本研究旨在对miR-61的靶基因进行生物信息学预测和分析,验证了miR-61与PIK3R5之间的靶向关系并对miR... 本课题组前期通过高通量测序发现miR-61在湖羊和藏羊的尾部脂肪组织中差异表达,推测其可能在绵羊尾部脂肪沉积的过程中发挥着重要作用。本研究旨在对miR-61的靶基因进行生物信息学预测和分析,验证了miR-61与PIK3R5之间的靶向关系并对miR-61和PIK3R5在绵羊尾部脂肪中的表达进行了分析。结果表明,miR-61启动子区有CEBPA、RUNX2、CEBPB、CTCF和CCAAT等多个转录因子结合位点;靶基因富集分析结果涉及到PI3K-Akt、EMC-receptor Interaction和Focal Adhesion等8个信号通路。双荧光素酶报告基因的结果表明miR-61和PIK3R5之间存在靶向关系。RT-qPCR结果显示,miR-61在湖羊的尾部脂肪组织中的表达显著高于藏羊,此结果与高通量测序结果一致;靶基因PIK3R5在藏羊的尾部脂肪组织中的表达显著高于湖羊;Western Blot结果显示PIK3R5在湖羊中的表达显著高于藏羊。由此推测,miR-61受到CEBPA、RUNX2、CEBPB、CTCF和CCAA等多种转录因子的调控,并通过靶向调控PI3K-Akt信号中的PIK3R5从而调控绵羊尾部脂肪沉积。本研究可为今后深入研究miR-61在绵羊尾部脂肪沉积过程中的调控机制提供理论依据。 展开更多
关键词 绵羊 miR-61 pik3r5 尾部脂肪
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<i>In silico</i>analysis of influence of the missense mutation P629S on the molecular interaction and 3D properties of PIK3R5
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作者 Jameela Shinwari Asma I. Tahir +1 位作者 Saeed Bohlega Nada AlTassan 《Advances in Biological Chemistry》 2013年第4期408-417,共10页
PIK3R5 is the regulatory subunit of Phosphoinositide 3-kinase γ (PI3Kγ) that is responsible for phosphory-lating membrane lipids to activate the AKT pathway. PIK3R5 binds Gβγ and facilitates the interaction with p... PIK3R5 is the regulatory subunit of Phosphoinositide 3-kinase γ (PI3Kγ) that is responsible for phosphory-lating membrane lipids to activate the AKT pathway. PIK3R5 binds Gβγ and facilitates the interaction with p110γ catalytic subunit (PIK3CG) during PI3Kγ activation. The identification of PIK3R5 P629S mutation in AOA2 patients indicated a potential defect in the AKT pathway resulting from impaired PIK3R5 interaction with Gβγ and PIK3CG, defective AKT pathway can result in cerebellar cell death causing neurological symptoms. Our in silico macromolecular docking of the wild type and mutant PIK3R5 protein models with ligand revealed an energy requirement to maintain the mutant complexes compared to no energy required to maintain the wild type complexes, in addition, the mutant structures were loose compared to rigid wild type structures, such structural changes may impair the molecular function of the PIK3R5 and hence affect the AKT pathway. 展开更多
关键词 pik3r5 MISSENSE MUTATION Protein Modelling PROTEIN-PROTEIN DOCKING PIK3CG Gβγ
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基于全基因组重测序的海南黄牛群体遗传多样性分析及热适应相关候选基因筛选 被引量:2
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作者 吴慧 李世元 +7 位作者 蒋俊明 王欢 吴官胜 李连彬 陈巧玲 杜丽 王凤阳 陈思 《南方农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第12期3707-3717,共11页
【目的】基于全基因组重测序分析海南黄牛群体遗传多样性并筛选热适应相关候选基因,为我国地方家牛种质资源的保护与开发利用提供理论参考。【方法】使用FASTP v0.20.0对海南黄牛、蒙古牛和藏牛的全基因组数据进行质量控制和过滤,BWA进... 【目的】基于全基因组重测序分析海南黄牛群体遗传多样性并筛选热适应相关候选基因,为我国地方家牛种质资源的保护与开发利用提供理论参考。【方法】使用FASTP v0.20.0对海南黄牛、蒙古牛和藏牛的全基因组数据进行质量控制和过滤,BWA进行序列比对,GATK v3.5-0-g36282e4进行变异检测,ANNOVAR Documentation构建注释所需的数据库。基于常染色体SNP位点信息,利用MEGA X构建系统发育进化树,通过EIGENSOFT v7.2.1进行主成分分析(PCA)并进行均匀流形近似和投影(UMAP)聚类,使用Structure v2.3.4进行群体结构分析并通过计算核苷酸多样性及连锁不平衡衰减来探究群体遗传多样性。通过PopGenome对全基因组进行扫描,使用核苷酸多样性比值(θπ)和核苷酸多样性及群体间遗传分化系数(FST)筛选海南黄牛基因组中受正向选择的候选区域,并将注释到的基因通过DAVID进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,挑选与热适应相关的基因,并预测其编码蛋白的结构和理化性质。【结果】经质控后共检测出20075403个高质量常染色体SNP位点。海南黄牛、蒙古牛和藏牛群体不存在血统混杂现象。相较于蒙古牛和藏牛,海南黄牛连锁不平衡衰减速度更快,核苷酸多样性更高,受人工选择强度较低且具有较高的群体遗传多样性。以蒙古牛和藏牛为参考群体,在海南黄牛中共筛选出144个受正向选择的基因。在海南黄牛群体中存在磷酸肌醇3激酶调节亚基5(PIK3R5)基因的错义突变(AC_000176.1:28979868,c.987C>A,p.331D>Y),该突变能引起PIK3R5基因mRNA二级结构和PIK3R5蛋白二级结构的改变。【结论】海南黄牛较高的遗传多样性和较低的人工选择强度表明其在热带环境中保留了丰富的遗传变异。海南黄牛PIK3R5基因存在错义突变,可能通过调控PI3K/Akt/mTOR信号通路影响热应激响应和代谢调节,从而增强其热适应能力。 展开更多
关键词 海南黄牛 全基因组重测序 热适应 pik3r5基因 遗传多样性
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