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甘肃省猪香港病毒的巢式PCR检测及VP1基因序列的系统发育分析 被引量：2
1
作者 黄晓锋 潘阳阳 +1 位作者 许芳 曾巧英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1816-1821,共6页
猪香港病毒(PHoV)于2008年在我国香港首次发现,属细小病毒新成员。本研究自甘肃省兰州、张掖、天水市养猪场和屠宰场采集血液样品147份,针对PHoV的VP1基因保守区(GenBank No.EU200677)设计2对引物,用巢式PCR(nPCR)检测PHoV。结果,甘肃... 猪香港病毒(PHoV)于2008年在我国香港首次发现,属细小病毒新成员。本研究自甘肃省兰州、张掖、天水市养猪场和屠宰场采集血液样品147份,针对PHoV的VP1基因保守区(GenBank No.EU200677)设计2对引物,用巢式PCR(nPCR)检测PHoV。结果,甘肃省生猪PHoV总阳性率为38.10%(56/147)。其中,12周龄以上猪的阳性率(55.56%)显著高于6周龄以下猪(25.00%)(P<0.05);三地区间的阳性率差异不显著(P>0.05)。从56份阳性样本中挑选具地域代表性的12份,对VP1扩增片段测序(GenBank注册号:JQ177084~JQ177095),并和GenBank中的所有VP1序列一起进行系统发育分析。结果表明,12个VP1片段序列之间的相似性为95.2%~99.0%。其中,JQ177093、JQ177085和JQ177089构成一个独立的分支;其余9株和来自GenBank的12株参考序列均处于另一分支。9株中,JQ177095、JQ177087和JQ177091构成一个亚分支,紧邻罗马尼亚野猪株(JF738366);JQ177086、JQ177090和JQ177094构成第二个亚分支,紧邻香港株HK3;JQ177088、JQ177092和JQ177084构成第三个亚分支,紧邻香港株HK5。12株PHoV的VP1基因片段序列与香港株HK1~HK6的总体相似性为96.7%~99.7%,与罗马尼亚野猪株为95.2%~99.0%。本研究结果表明,源于罗马尼亚野猪株和香港株的PHoV均在甘肃省猪群中高水平流行。 展开更多
关键词 猪香港病毒 巢式PCR 基因序列 系统发育分析
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P-PARV4全基因组克隆及序列分析
2
作者 陈芯羽 刘钟元 +4 位作者 孙文超 赵翠青 白杰英 李昌 刘立明 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1139-1144,共6页
为研究广西地区猪hokovirus(PHoV)又称猪PARV4(P-PARV4)毒株流行情况和遗传进化特征,对采自广西地区猪组织样品进行检测,扩增出其中1株全基因序列,命名为YL172(GenBank登录号:KX827773)。感染率调查结果显示,广西地区成年猪P-PARV4感染... 为研究广西地区猪hokovirus(PHoV)又称猪PARV4(P-PARV4)毒株流行情况和遗传进化特征,对采自广西地区猪组织样品进行检测,扩增出其中1株全基因序列,命名为YL172(GenBank登录号:KX827773)。感染率调查结果显示,广西地区成年猪P-PARV4感染率为95.0%。同源性分析结果显示,P-PARV4 YL172株全基因组与喀麦隆、欧洲、美国和中国参考株同源性为96.1%~99.3%;YL172株NS1基因与参考株同源性为97.0%~99.5%;YL172株VP2基因与参考株同源性为93.4%~99.1%。VP2遗传进化分析结果显示,P-PARV4分离株存在2个亚群,YL172株与中国参考株GX1、SH1、JSNJ处在同一进化分支,而美国参考株US-HK133与HK1则处在另一进化分支。 展开更多
关键词 猪hokovirus 猪细小病毒4型 系统发育演化
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