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分支系统学软件PHYLIP系统及其使用 被引量:6
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作者 肖中新 潘孝铭 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期438-444,共7页
PHYLIP是一个系统发育推断软件。PHYLIP软件由 30个程序组成 ,针对不同的数据 ,采用不同的程序。本文对 PHYLIP软件的输入与输出文件的格式、输入文件的选项、应答选项、建树的策略都作了详细论述。为便于理解 ,文中给出了丰富的例子阐述
关键词 phylip软件 分支系统学 系统发育系统学 使用 系统发育推断软件
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PHYLIP-GUI-Tool (PHYGUI): adapting the functions of the graphical user interface for the PHYLIP package
2
作者 Yukinori Eguchi 《Journal of Biomedical Science and Engineering》 2011年第2期90-93,共4页
The PHYGUI for the PHYLIP package is a simple and user-friendly piece of software that acts such as a Windows based graphical-user-interface for the PHYLIP phylogenetic data analysis package. PHYLIP is a useful and po... The PHYGUI for the PHYLIP package is a simple and user-friendly piece of software that acts such as a Windows based graphical-user-interface for the PHYLIP phylogenetic data analysis package. PHYLIP is a useful and powerful tool for phylogenetic research that is regretfully operated using a character-user-interface. Therefore, PHYLIP is difficult for beginner level users. The PHYGUI for PHYLIP adds a GUI function, which makes it a more user-friendly and powerful tool. PHYGUI runs on multiple platforms such as MS-Windows and X windows on Mac OS-X and Linux systems and is mainly operated using a mouse. The input data file and the output result data files can be viewed and edited using internal or ex-ternal text editors, which can be accessed via a button on the PHYGUI for PHYLIP. 展开更多
关键词 phylip PHYLOGENY GUI Software
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中国狼蛛科的系统发育 被引量:7
3
作者 何继满 宋大祥 《蛛形学报》 1996年第1期13-20,共8页
运用分支分析法,采用支序分析软件Phylip程序,以盗蛛科和褛网蛛科为外群,从形态、生态等方面选取了18个特征对中国狼蛛11个属(脉狼蛛属未在其列)进行支序分析。分析结果表明,马蛛亚科(包括马蛛属和水狼蛛属)最为原始,潮浪蛛亚科次之;熊... 运用分支分析法,采用支序分析软件Phylip程序,以盗蛛科和褛网蛛科为外群,从形态、生态等方面选取了18个特征对中国狼蛛11个属(脉狼蛛属未在其列)进行支序分析。分析结果表明,马蛛亚科(包括马蛛属和水狼蛛属)最为原始,潮浪蛛亚科次之;熊蛛属和獾蛛属构成的分支更次,狼蛛亚科和豹蛛亚科构成姊妹群最为进化。所以潮浪蛛属、熊蛛属和獾蛛属应分别从狼蛛亚科中独立出来,皆自成亚科,分别名潮浪蛛亚科和獾蛛亚科。 展开更多
关键词 狼蛛科 支序分类 phylip程序 祖征 衍征 外群 内群
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系统树的构建及其在SARS病毒分类中的应用 被引量:1
4
作者 黄丽红 荀鹏程 +1 位作者 赵杨 陈峰 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2006年第4期315-318,共4页
目的探讨系统发育在SARS病毒分类中的应用。方法系统发育分析是通过构建系统树来评价物种或分子之间进化关系的一种方法。本文采用目前比较成熟、应用较为广泛的系统发育分析软件PHYLIP,根据GenBank中14个冠状病毒、17个SARS病毒和来自F... 目的探讨系统发育在SARS病毒分类中的应用。方法系统发育分析是通过构建系统树来评价物种或分子之间进化关系的一种方法。本文采用目前比较成熟、应用较为广泛的系统发育分析软件PHYLIP,根据GenBank中14个冠状病毒、17个SARS病毒和来自Flaviviridae和Togaviridae两个科的4个单链RNA病毒的完全基因组数据,选用UPGMA距离法构建系统树,构建SARS病毒分类。结果SARS病毒在冠状病毒中自身构成一个独立分支,与哺乳动物为宿主的冠状病毒的亲缘关系最近。结论系统发育树可以用于新型病毒的分类。 展开更多
关键词 系统树 phylip软件 SARS病毒
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几个群体遗传学分析软件的使用 被引量:3
5
作者 梁琛 张建海 《农业网络信息》 2005年第7期55-56,78,共3页
本文对PHYLIP,GENEPOP,FSTAT和BOTTLENECK等几个常用的群体遗传学分析软件的概况及使用,作了简单介绍。
关键词 群体遗传学 软件 phylip GENEPOP FSTAT BOTTLENECK
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鲤斜管虫的分子系统发育研究 被引量:2
6
作者 吴静 《江西农业学报》 CAS 2010年第10期122-125,共4页
测定了鲤斜管虫(Chilodonella cyprini)的ITS1-5.8S-ITS2基因序列,使用PHYLIP3.66软件及MEGA3.1软件构建了其NJ及UPGMA两种分子系统发育树。结果表明:无论采用何种软件,鲤斜管虫都表现出与四膜虫亲缘关系最接近,而与同一属的钩刺斜管虫... 测定了鲤斜管虫(Chilodonella cyprini)的ITS1-5.8S-ITS2基因序列,使用PHYLIP3.66软件及MEGA3.1软件构建了其NJ及UPGMA两种分子系统发育树。结果表明:无论采用何种软件,鲤斜管虫都表现出与四膜虫亲缘关系最接近,而与同一属的钩刺斜管虫亲缘关系较远。 展开更多
关键词 斜管虫 分子系统发育 Molecular Phylogeny 亲缘关系 软件构建 系统发育树 基因序列 四膜虫 phylip UPGMA 结果 测定
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木霉属Trichoderma组和Pachybasium组的分子系统学研究 被引量:9
7
作者 章初龙 徐同 《菌物系统》 CSCD 北大核心 2002年第4期538-546,共9页
对来源不同的木霉及其有性型Longibrachiatum组、Trichoderma 组和Pachybasium组的81个菌株进行了ITS序列测定,并对ITS1序列用PHYLIP程序包中的DNAPARS程序进行系统发育分析。结果表明Trichoderma 组和Pachybasium组的所有菌株可分成两... 对来源不同的木霉及其有性型Longibrachiatum组、Trichoderma 组和Pachybasium组的81个菌株进行了ITS序列测定,并对ITS1序列用PHYLIP程序包中的DNAPARS程序进行系统发育分析。结果表明Trichoderma 组和Pachybasium组的所有菌株可分成两个群(A,B),B群进一步分为4个分支(B1,B2,B3,B4);A群由Trichoderma 组的H. aureoviridis和未鉴定到种的3个Hypocrea菌株构成;B1,B2,B4群均由Pachybasium组菌株构成;B3群由Pachybasium组的T. hamatum、T. strigosum和Trichoderma 组的T. asperellum、T. atroviride、T. koningii、T. viride和Hypocrea菌株T261构成。2个组相互交叉,组间没有明确的区分,进一步证明Pachybasium组是多系的。建议将Trichoderma 组中的T. viride aggr.、T. atroviride、T. koningii归并入Pachybasium组,对Trichoderma 组重新定义。 展开更多
关键词 木霉属 Trichoderma组 Pachybasium组 分子系统学
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