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版纳微型猪近交系精子发生相关基因PHF7的分子特征及转录调控研究
1
作者 刘志朋 代红梅 +6 位作者 杨忠 张霞 霍海龙 王配 李卫真 赵筱 霍金龙 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2022年第2期243-252,共10页
【目的】获得版纳微型猪近交系(Banna mini-piginbredline,BMI)精子发生相关基因PHF7的分子特征,构建其转录调控网络。【方法】通过RNA-seq技术对BMI睾丸进行全转录组测序;利用RT-PCR技术从BMI睾丸分离PHF7全长编码序列并分析其分子特... 【目的】获得版纳微型猪近交系(Banna mini-piginbredline,BMI)精子发生相关基因PHF7的分子特征,构建其转录调控网络。【方法】通过RNA-seq技术对BMI睾丸进行全转录组测序;利用RT-PCR技术从BMI睾丸分离PHF7全长编码序列并分析其分子特征和蛋白功能;进一步基于睾丸全转录组测序数据,借助相关数据库对PHF7基因进行功能注释,分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系,并构建其转录调控网络。【结果】成功获得了BMI睾丸转录组数据;通过RT-PCR获得了BMI PHF7 CDS区全长1155 bp,编码384个氨基酸;生物信息分析表明该基因位于猪13号染色体,含11个外显子,PHF7蛋白包含由54个氨基酸组成的PHD锌指结构域和112个氨基酸组成的扩展PHD锌指结构域,无规则卷曲在二级结构中占比最高;进化分析表明,BMI PHF7氨基酸序列在哺乳动物中较为保守,与双峰驼和羊驼的亲缘关系最为接近;蛋白互作网络分析发现,BMI PHF7与10个蛋白存在相互作用;基因功能分析发现,PHF7主要参与金属离子结合过程;基因靶向作用分析发现,猪PHF7受ssc-miR-149、sscmiR-769-3p、ssc-miR-324、ssc-miR-296-3p、ssc-miR-133b、ssc-miR-7142-3p、ssc-miR-27b-3p、ssc-miR-193a-5p等8个miRNA的靶向调控。【结论】阐明了BMI PHF7基因的分子特征、蛋白质结构并构建了转录调控网络,为深入研究PHF7在BMI精子发生过程的功能奠定基础。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 睾丸 phf7 精子发生 功能注释 调控网络
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PHF7在人精子中相互作用蛋白分析
2
作者 曹梦阳 林浩成 姜辉 《中国男科学杂志》 CAS CSCD 2020年第2期15-22,共8页
目的筛选人精子中与PHF7相互作用的蛋白质并分析其作用。方法构建质粒表达GST-PHF7融合蛋白,通过GST pull-down实验串联质谱检测人精子中与PHF7特异性结合的蛋白质,进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果利用GST-PHF7诱饵蛋白从人精子细... 目的筛选人精子中与PHF7相互作用的蛋白质并分析其作用。方法构建质粒表达GST-PHF7融合蛋白,通过GST pull-down实验串联质谱检测人精子中与PHF7特异性结合的蛋白质,进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果利用GST-PHF7诱饵蛋白从人精子细胞总蛋白中成功钓取靶蛋白。经过质谱检测,筛选出人精子中与PHF7特异结合的蛋白75个。GO分析结果表明,这些蛋白在生物学过程上主要富集在蛋白运输和细胞内定位等;在细胞成分上主要富集在细胞器,囊泡和外泌体等;在分子功能上主要富集在结合蛋白质,核酸和酶类等。KEGG分析结果表明,这些蛋白富集在细胞代谢和遗传信息的处理等通路。结论 PHF7与精子内多种蛋白质相互作用,调节蛋白合成,运输和降解及能量代谢等可能是其调节精子发生的机制。 展开更多
关键词 植物同源结构域指蛋白7 精子 GST pull-down实验 GO富集分析 KEGG信号通路
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