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基于eDNA技术与传统渔具调查方法的万泉河鱼类多样性的比较研究 被引量：2
1
作者 雷俊 苏园园 +5 位作者 尹连政 曾若菡 黎平 秦永强 蔡杏伟 刁晓平 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第2期147-161,共15页
万泉河是海南岛重要的河流之一,拥有丰富的鱼类资源。为探究万泉河流域鱼类多样性及群落结构特征,本研究采用环境DNA(environmental DNA,eDNA)技术,结合传统渔具调查方法进行对比分析,探讨eDNA技术与传统渔具调查方法在鱼类监测方面的... 万泉河是海南岛重要的河流之一,拥有丰富的鱼类资源。为探究万泉河流域鱼类多样性及群落结构特征,本研究采用环境DNA(environmental DNA,eDNA)技术,结合传统渔具调查方法进行对比分析,探讨eDNA技术与传统渔具调查方法在鱼类监测方面的优势。结果显示,通过eDNA技术共检测到6目32科65属76种鱼类,传统渔具调查方法共获得4目14科44属44种鱼类。两种方法共同检测到的鱼类有19种,总体上eDNA在所有采样点检测出的鱼类物种均比传统调查方法多。两种方法检测的鱼类中均以鲤形目(Cypriniformes)为主,其次是鲈形目(Perciformes)和鲇形目(Siluriformes)。本研究结果表明,eDNA技术是对万泉河传统渔具调查方法的重要补充,可为万泉河鱼类资源保护提供基础数据和技术参考。 展开更多
关键词 环境dna 万泉河 鱼类多样性
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循环肿瘤DNA在食管癌患者全程管理中的应用研究进展 被引量：2
2
作者 刘涛 金海 《海军军医大学学报》 北大核心 2025年第2期244-252,共9页
食管癌是常见的恶性肿瘤之一,我国是食管癌的高发国家。由于食管癌预防难、发现晚,有效防控是研究的热点和临床难点。以循环肿瘤DNA(ctDNA)为代表的液态活检技术的发展为食管癌早期诊断、治疗评估及预后监控提供了一种新的思路。ctDNA... 食管癌是常见的恶性肿瘤之一,我国是食管癌的高发国家。由于食管癌预防难、发现晚,有效防控是研究的热点和临床难点。以循环肿瘤DNA(ctDNA)为代表的液态活检技术的发展为食管癌早期诊断、治疗评估及预后监控提供了一种新的思路。ctDNA检测方法具有高特异度及高灵敏度,可以应用于肿瘤的筛查及诊断,并且在判断预后、指导治疗方面也具有很高的应用价值。本文就ctDNA检测技术及其在食管癌诊疗中的研究进展进行阐述。 展开更多
关键词 食管肿瘤 循环肿瘤dna 筛查 诊断 临床决策 预后
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基于eDNA技术的湘江长沙段丰水期鱼类物种多样性研究 被引量：1
3
作者 赵文玉 刘梦月 +2 位作者 林本平 郭珊 刘祯 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第2期134-143,共10页
基于高通量测序技术对湘江长沙段表层水及底泥样品中鱼类DNA片段测序,可补充湘江长沙段鱼类资源调查数据,并验证eDNA技术用于鱼类资源调查的可行性。2021年8月14日沿湘江长沙段流向采集表层水与底泥样品各18份,采用E.Z.N.A.®土壤DN... 基于高通量测序技术对湘江长沙段表层水及底泥样品中鱼类DNA片段测序,可补充湘江长沙段鱼类资源调查数据,并验证eDNA技术用于鱼类资源调查的可行性。2021年8月14日沿湘江长沙段流向采集表层水与底泥样品各18份,采用E.Z.N.A.®土壤DNA提取试剂盒,以线粒体基因的12S rRNA为靶点,采用鱼类特异性引物Tele 02进行PCR扩增,与MitoFish和NCBI核酸数据库比对并经人工核实。结果显示,调查共获得淡水鱼8目13科32属39种;鲤形目(Cypriniformes)最多,共计27种,OTU相对丰度占比最高为48.56%;其次是鲇形目(Siluriformes)占22.87%,胡瓜鱼目(Osmeriformes)占17.65%,鰕鯱目(Gobiiformes)占8.48%,鳉形目(Cyprinodontiformes)占1.48%,鲈形目(Perciformes)占0.83%,鲟形目(Acipenseriformes)占0.08%,攀鲈目(Anabantiformes)占0.05%;属分类水平下,草鱼属(Ctenopharyngodon)、银鱼属(Salanx)、拟鲿属(Pseudobagrus)、䱗属(Hemiculter)、鲤属(Cyprinus)和吻鰕鯱属(Rhinogobius)为优势属。表层水与底泥中的Alpha多样性指数分布较为均匀,且中下游鱼类多样性水平稍高于上游,可能与水源地保护措施改善了水生态质量及禁渔政策有关。研究表明,eDNA技术可作为鱼类生物多样性监测和大数据统计的重要手段,与传统调查方法结合,可用于快速监测流域鱼类资源变化情况。 展开更多
关键词 环境dna 鱼类多样性 丰水期 湘江长沙段
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数字PCR技术对HEK293细胞系基因组DNA的定量 被引量：1
4
作者 毕华 问芬芬 +5 位作者 陶磊 魏玲慧 杨靖清 卢宁 秦玺 梁成罡 《中国生物制品学杂志》 2025年第2期190-196,203,共8页
目的通过微流体芯片式数字PCR技术对HEK293细胞基因组DNA进行定量研究,为更加准确地定量基因以及基因组DNA相关检测提供新思路。方法首先通过柱提法获得HEK293细胞DNA,经琼脂糖凝胶电泳进行鉴定及纯度分析,再采用传统分光光度法、Qubit... 目的通过微流体芯片式数字PCR技术对HEK293细胞基因组DNA进行定量研究,为更加准确地定量基因以及基因组DNA相关检测提供新思路。方法首先通过柱提法获得HEK293细胞DNA,经琼脂糖凝胶电泳进行鉴定及纯度分析,再采用传统分光光度法、Qubit法和微流体芯片式数字PCR技术分别对HEK293细胞基因组DNA进行定量并进行统计分析。结果分光光度法测定HEK293细胞基因组DNA浓度为100.08 ng/μL,Qubit法测定值为93.98 ng/μL,数字PCR法检测拷贝数为29722.81 copies/μL,按照1个人类单拷贝基因组约3.3 pg粗略回算,分光光度和Qubit法换算的拷贝数分别约为30327和28479 copies/μL,数字PCR法测定值与分光光度法测定值的偏差仅为2%,而与Qubit法测定值的偏差仅为4%。结论本研究通过数字PCR、分光光度和Qubit法对HEK293细胞基因组进行DNA测定并比较,为DNA的定量提供了一种新的测定方法及思路,同时也为其他核酸类物质的定量提供了参考。 展开更多
关键词 HEK293细胞 数字PCR 宿主dna dna定量
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磁控忆阻器耦合Hindmarsh-Rose神经元模型及其在DNA图像加密中的应用 被引量：1
5
作者 赵益波 杨清 +1 位作者 于程程 刘明华 《计算物理》 北大核心 2025年第2期232-242,共11页
提出一种磁控忆阻器模型,建立磁感应耦合Hindmarsh-Rose(HR)神经元模型。通过分岔图、李雅普诺夫指数谱、相位图以及时序图对所构建的神经元模型进行非线性动力学分析,进而将模型所产生的混沌序列应用于DNA混沌图像加密算法。实验结果表... 提出一种磁控忆阻器模型,建立磁感应耦合Hindmarsh-Rose(HR)神经元模型。通过分岔图、李雅普诺夫指数谱、相位图以及时序图对所构建的神经元模型进行非线性动力学分析,进而将模型所产生的混沌序列应用于DNA混沌图像加密算法。实验结果表明:这种电磁感应HR神经元模型在磁感应强度的影响下能够产生多种放电模式和复杂的混沌行为,并且基于该模型产生的混沌序列具有随机性,初值敏感性,遍历性等特点,应用于混沌图像加密算法中具有较强的安全性。为理解神经元隐藏动力学机制和构建忆阻器神经元网络提供支持,对神经元相关的病变治疗具有价值。 展开更多
关键词 忆阻器 Hindmarsh-Rose神经元 dna序列 混沌图像加密
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人工老化大豆种子的幼苗生理特性及DNA甲基化变异
6
作者 赵欣欣 孙明春 +2 位作者 贾恩吉 刘光涛 赵仁贵 《吉林农业大学学报》 北大核心 2025年第3期415-421,共7页
为了探究老化种子对幼苗的生理状态和表观遗传的影响,选用2个大豆品种“吉农43”和“吉农36号”作为试验材料,在(55±1)℃相对湿度(RH)100%条件下,人工老化处理种子5,10,15 min,以未处理种子作为对照,测定幼苗的生理指标和分析DNA的... 为了探究老化种子对幼苗的生理状态和表观遗传的影响,选用2个大豆品种“吉农43”和“吉农36号”作为试验材料,在(55±1)℃相对湿度(RH)100%条件下,人工老化处理种子5,10,15 min,以未处理种子作为对照,测定幼苗的生理指标和分析DNA的5'-CCGG位点的甲基化变异。结果表明:随老化时间延长,老化大豆种子幼苗的过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)活性表现为下降趋势,当老化15 min时,两品种的POD活性极显著地低于ck 32.9%和14.5%,SOD的活性分别比ck降低了16.4%和22.2%,CAT的活性则降低了9.3%和9.1%。老化大豆种子幼苗的MDA含量则随老化时间延长表现为升高趋势,老化15 min时,“吉农43”和“吉农36号”的MDA含量分别是2.92μmol/g和3.23μmol/g。老化种子15 min时,DNA的5'-CCGG位点单链CHG半甲基化和双链CG全甲基化水平随老化程度加深呈升高趋势,而内外胞嘧啶同全甲基化水平则表现为降低。研究结果表明人工老化大豆种子会降低生理活性酶的活性,对DNA的5'-CCGG位点的甲基化总体水平改变较小,但不同模式的甲基化水平因老化而改变较大且表现为不同变化趋势。 展开更多
关键词 大豆 种子老化 生理指标 dna甲基化
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循环游离DNA在肝细胞癌诊治中的应用研究进展 被引量：1
7
作者 周凯 陈刚 +1 位作者 宋书贤 帕成周 《中国普外基础与临床杂志》 2025年第2期237-243,共7页
目的总结循环游离DNA(circulating free DNA,cfDNA)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)诊断及治疗过程中的应用研究进展。方法查阅近年来国内外关于cfDNA在HCC诊断及治疗过程中应用的相关文献报道并进行分析。结果cfDNA是近年来... 目的总结循环游离DNA(circulating free DNA,cfDNA)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)诊断及治疗过程中的应用研究进展。方法查阅近年来国内外关于cfDNA在HCC诊断及治疗过程中应用的相关文献报道并进行分析。结果cfDNA是近年来一种新兴的生物标志物,目前有大量研究报道了cfDNA的不同检测方法,通过检测cfDNA中的异常甲基化、热点突变、基因拷贝数变异,以及定量检测cfDNA浓度等方式,发现cfDNA可用于HCC患者早期诊断、治疗指导、疗效评估等管理过程中。结论cfDNA检测是一种HCC诊断及治疗过程中的良好工具,可以为临床医生决策提供帮助,为HCC的诊断及治疗提供了更多可能性,这对改变当前HCC的诊断及治疗现状具有重要意义;但是在成本控制、技术优化、评判指标标准化等方面仍面临诸多挑战。随着分子生物学技术和人工智能的不断进步,cfDNA在HCC的诊断及治疗中的应用范围将进一步扩大,其优点将得到更好地发挥,同时相关缺点也将逐步有望得到解决。 展开更多
关键词 循环游离dna 肝细胞癌 精准医疗 疾病管理
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用于非洲猪瘟病毒多靶标核酸检测的DNA假病毒制备及定量
8
作者 邓俊花 李昊轩 +6 位作者 陈冬杰 吕继洲 王晶晶 张舟 袁向芬 魏方 吴绍强 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第7期3555-3560,共6页
本研究旨在研制一种全程质控非洲猪瘟病毒(ASFV)核酸检测、避免质粒交叉污染的DNA假病毒。将ASFV B646L/CD2v/MGF505-1R/MGF360-12L 4种检测关键基因及EGFP基因共构建于杆状病毒的转移载体pFastBac^(TM)Dual中,转化形成重组Bacmid pFast... 本研究旨在研制一种全程质控非洲猪瘟病毒(ASFV)核酸检测、避免质粒交叉污染的DNA假病毒。将ASFV B646L/CD2v/MGF505-1R/MGF360-12L 4种检测关键基因及EGFP基因共构建于杆状病毒的转移载体pFastBac^(TM)Dual中,转化形成重组Bacmid pFastBac-EGFP-ASFV,转染至sf21细胞,包装产生ASFV重组杆状病毒。结果显示:通过荧光倒置显微镜观察,表达的EGFP蛋白绿色荧光信号指示成功获取AcMNPV-EGFP-ASFV病毒;重组杆状病毒基因组溯源分析,ASFV B646L/CD2v/MGF505-1R/MGF360-12L基因序列满足现行检测方法质控需求;ASFV质控品均匀、稳定,-20℃保存至少可稳定24个月。采用ddPCR定量为4.09×10^(3) copies·μL^(-1)。本研究非洲猪瘟病毒DNA假病毒的制备,为非洲猪瘟疫情监测提供了新的技术支撑。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 dna假病毒 定量
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新型超声快速处理活检标本保存不同年限对DNA质量的影响
9
作者 石晨曦 朱卫东 +3 位作者 李三恩 李秀明 师逢 丁亚云 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第13期2655-2660,共6页
背景:新型超声组织处理技术越来越多地被用来进行分子生物学分析,研究新型超声处理不同存储年限组织DNA的质量,对进一步分子检测的标本质控具有重要意义。目的:探讨新型超声处理活检标本存储不同年限对DNA质量的影响,以期为分子检测探... 背景:新型超声组织处理技术越来越多地被用来进行分子生物学分析,研究新型超声处理不同存储年限组织DNA的质量,对进一步分子检测的标本质控具有重要意义。目的:探讨新型超声处理活检标本存储不同年限对DNA质量的影响,以期为分子检测探索最佳的标本存储时间。方法:收集40例乳腺穿刺小活检组织,采用超声技术制作石蜡标本,按照存储年限分为4组:<1年组、1-3年组、>3-5年组及>5年组,每组10例,对石蜡标本进行切片,每张切片厚3μm,切片10-15张,提取DNA后通过Nanophotometer N60超微量分光光度计和Qubit 4.0荧光计检测DNA的质量浓度,记录A_(260)/A_(280)比值判定DNA的纯度,利用全自动毛细管电泳核酸分析仪(Qsep 100)检测DNA片段完整性,以评估DNA片段的质量。结果与结论:4组样本A_(260)/A_(280)均值在1.8-2.0之间,达到纯度要求,无明显差异。4组样本的DNA质量浓度(Qubit浓度)均值分别为30.39,14.33,2.52,1.95 ng/μL;DNA的平均N/Q比值分别为6.48,14.18,24.56,29.86;DNA质量数均值分别为5.64,1.76,1.24,0.80;大片段占比均值分别为56.08%,17.72%,12.68%,7.90%。PCR检测内控基因Ct均值分别为15.32,17.09,18.39,21.24。与<1年组相比,其余3组DNA浓度显著降低,N/Q比值显著增加,DNA质量数和大片段占比均值显著降低,Ct值升高,差异有显著性意义(P<0.05)。实验结果表明,对于新型超声处理活检标本,应优先选择存储<1年的样本进行日常分子检测,储存3年内的样本可满足二代测序等检测要求,5年内样本仅可尝试进行PCR等检测,存储超过5年的样本不建议进行后续分子检测。 展开更多
关键词 超声处理 存储年限 dna质量 片段完整性 降解程度 二代测序
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基于全基因组重测序和叶绿体DNA序列的河北魏县梨地方品种资源分析
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作者 齐丹 董星光 +11 位作者 李振江 曹玉芬 路露 田路明 李军喜 张莹 霍宏亮 苗秀晨 徐家玉 刘超 李金岭 朱蕊颖 《果树学报》 北大核心 2025年第4期707-720,共14页
【目的】解析河北魏县梨地方品种的遗传背景,探讨魏县梨种质间的亲缘关系。【方法】以20个河北省魏县梨地方品种以及10个河北其他地区代表性梨地方品种为研究试材,基于全基因组重测序数据和叶绿体DNA变异信息开展河北魏县梨地方品种的... 【目的】解析河北魏县梨地方品种的遗传背景,探讨魏县梨种质间的亲缘关系。【方法】以20个河北省魏县梨地方品种以及10个河北其他地区代表性梨地方品种为研究试材,基于全基因组重测序数据和叶绿体DNA变异信息开展河北魏县梨地方品种的分子鉴定。【结果】魏县梨地方品种具有明显的群体遗传结构,可分为两大类:类群1由魏县红梨等9份材料组成,与南方梨品种群亲缘关系较近,类群2由小白面等11份材料组成,更接近北方梨品种群。叶绿体DNA非编码区域的测序结果显示,在魏县梨地方品种中检测到3种较进化的单倍型,大部分地方品种的单倍型为H_3,魏县红梨的单倍型为H_2,雪花以及除金丰鸭梨外的鸭梨品种群的单倍型为H_1。分析品种间的亲缘关系和单倍型类别,鉴定金丰鸭梨并非鸭梨的芽变品种,可能为鸭梨的实生后代选育而成。白雪花不是雪花的芽变,白红梨不是魏县红梨的芽变,油秋与武安油秋两者的遗传背景存在显著差异,证实白砘子梨是砘子梨的芽变选育品种。【结论】明确魏县梨地方品种的亲缘关系和遗传背景,为魏县地方梨种质资源的保护和高效利用提供理论基础。 展开更多
关键词 魏县梨 全基因组重测序 叶绿体dna 亲缘关系
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基于DNA宏条形码技术分析布氏田鼠的食物组成及其季节差异
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作者 刘涛 明明 +5 位作者 袁帅 付和平 那顺孟克 格根塔娜 杨文蕾 武晓东 《草地学报》 北大核心 2025年第8期2474-2481,共8页
布氏田鼠(Lasiopodomys brandtii)是典型草原的主要鼠种,针对其开展食性分析能够加深对布氏田鼠采食策略的理解,为合理管理布氏田鼠种群提供一定的参考。本研究在内蒙古锡林郭勒盟东乌珠穆沁旗典型草原,分别于2022年5、7、9、11月,每月... 布氏田鼠(Lasiopodomys brandtii)是典型草原的主要鼠种,针对其开展食性分析能够加深对布氏田鼠采食策略的理解,为合理管理布氏田鼠种群提供一定的参考。本研究在内蒙古锡林郭勒盟东乌珠穆沁旗典型草原,分别于2022年5、7、9、11月,每月采集布氏田鼠成体胃内容物20份(10♀,10♂),共计80份(40♀,40♂)胃内容物。利用DNA宏条形码技术进行食性鉴别,分析其季节性差异。结果发现:(1)布氏田鼠胃内容物中共鉴定出植物9科14属16种;(2)布氏田鼠食物多样性无显著的季节间差异,但秋季食物丰富度显著高于夏季(P<0.01)和冬季(P<0.05);(3)布氏田鼠对黄芪(Astragalus membranaceus)、多根葱(Allium polyrhizum)、糙隐子草(Cleistogenes squarrosa)、虎尾草(Chloris virgata)、二裂委陵菜(Potentilla bifurca)和地锦(Parthenocissus tricuspidata)的取食比例存在显著的季节差异(P<0.05)。对灰绿藜(Oxybasis glauca)、羊草(Leymus chinensis)、小画眉草(Eragrostis minor)和野韭(Allium ramosum)的取食存在极显著的季节差异(P<0.01)。 展开更多
关键词 布氏田鼠 食性 dna宏条形码 季节差异
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DNA类材料力学性能的研究进展
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作者 张能辉 张乘胤 +1 位作者 谭邹卿 刘翰林 《力学季刊》 北大核心 2025年第3期541-569,共29页
作为生命的核心遗传物质,脱氧核糖核酸(DeoxyribonucleicAcid,DNA)拥有独特的物理与化学特性,展现出丰富的力学性能,在基因表达调控、病毒侵染机制、疾病诊断和智能纳米器件中起到了关键性作用.深入理解DNA类材料从分子尺度到宏观器件... 作为生命的核心遗传物质,脱氧核糖核酸(DeoxyribonucleicAcid,DNA)拥有独特的物理与化学特性,展现出丰富的力学性能,在基因表达调控、病毒侵染机制、疾病诊断和智能纳米器件中起到了关键性作用.深入理解DNA类材料从分子尺度到宏观器件尺度的力学性能与力学行为,为揭示生命活动物理本质、发展生物医学检测技术、实现动态纳米器件精准设计提供了基础.本文系统概括了DNA类材料力学性能的研究进展及其在生物医学与纳米技术中的应用.首先,介绍了不同尺度DNA系统的重要实验进展,重点阐述了实验揭示的微观结构和环境条件对于DNA类材料力学性能与响应的影响.其次,探讨了DNA类材料力学行为理论模型的发展,揭示了相关实验结果的潜在力学机制.最后,指出当前关于DNA类材料力学研究与推广应用中存在的问题,展望了通过“数智力学”等新研究范式推动DNA类材料力学研究发展的前景. 展开更多
关键词 dna类材料 微梁检测 dna纳米结构 多尺度力学
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基于环境DNA宏条形码的三峡水库变动回水区鱼类多样性研究 被引量：3
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作者 杨威 舒政博 +3 位作者 张先炳 王丽 杨胜发 李文杰 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第2期122-133,共12页
应用环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)检测三峡水库变动回水区鱼类多样性,为区域鱼类多样性监测和保护提供新方法。2021年8月在三峡水库变动回水区5个典型江段共26个采样区域进行水样采集,应用e DNA宏条形码标准化分析流程共检测分... 应用环境DNA宏条形码(eDNA metabarcoding)检测三峡水库变动回水区鱼类多样性,为区域鱼类多样性监测和保护提供新方法。2021年8月在三峡水库变动回水区5个典型江段共26个采样区域进行水样采集,应用e DNA宏条形码标准化分析流程共检测分析出鱼类68种,隶属于8目18科56属,包括国家一级重点保护鱼类1种,国家二级重点保护鱼类3种,长江上游特有鱼类15种,重庆市重点保护鱼类3种,外来鱼类1种,鲤(Cyprinus carpio)、草鱼(Ctenopharyngodon idella)、鲇(Silurus asotus)、鳙(Aristichthys nobilis)、波氏吻虾虎鱼(Rhinogobius cliffordpopei)等为优势种且具有较高的操作分类单元(OTU)序列数。5个典型江段的鱼类组成存在差异,且在平绥坝—丝瓜碛等重点淤积的江段检测出较高的鱼类丰度,库区新形成的边滩生境可能是鱼类重要的育幼场。研究结果表明eDNA宏条形码可用于快速检测三峡水库变动回水区鱼类多样性及其空间分布,可作为关键技术组建无损伤性的鱼类资源监测体系。 展开更多
关键词 环境dna宏条形码 鱼类多样性 变动回水区 三峡水库
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基于eDNA技术的浙江衢江流域鱼类多样性初探
14
作者 房瑶瑶 汪清华 +3 位作者 李贺鹏 张晓勉 岳春雷 朱弘 《中国环境监测》 北大核心 2025年第5期184-192,共9页
为探究浙江衢江流域鱼类组成和分布特征,采用环境DNA(eDNA)技术对该流域进行了鱼类多样性分析,结果表明:1)在衢江干流龙游段及其最大支流灵山江11个位点表层水样中,共检出隶属5目10科28属33种鱼类,其中鲤形目(Cypriniformes)及鲤科(Cypr... 为探究浙江衢江流域鱼类组成和分布特征,采用环境DNA(eDNA)技术对该流域进行了鱼类多样性分析,结果表明:1)在衢江干流龙游段及其最大支流灵山江11个位点表层水样中,共检出隶属5目10科28属33种鱼类,其中鲤形目(Cypriniformes)及鲤科(Cyprinidae)占主导优势,分别占鱼类总目、科数的81.82%和66.67%。2)相对序列丰富度分析表明,鲫(Carassius auratus)、团头鲂(Megalobrama amblycephala)、草鱼(Ctenopharyngodon idella)和银鮈(Squalidus argentatus)为衢江的优势种;同时,研究还检测出国家二级重点保护物种胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus),以及外来入侵物种食蚊鱼(Gambusia affinis)。3)鱼类α多样性显示,优势度(D)、多样性(H')和均匀度指数(J')最高出现在采样点位MC3,最低出现在采样点位Z2;独立样本t检验显示,灵山江整体均显著高于衢江干流龙游段(P<0.05),体现了衢江鱼类多样性分布在上下游空间上的异质性特征。4)RDA排序显示,无机碳(IC)是影响衢江鱼类物种组成和分布的主要环境驱动因子,而溶解氧(DO)、海拔和总有机碳(TOC)则是影响鱼类多样性的主要因子。研究为eDNA技术在衢江鱼类多样性监测中的应用提供了探索性研究,将有助于衢江生物多样性的保护。 展开更多
关键词 环境dna(edna) 12S rRNA 衢江 灵山江 鱼类多样性
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鸭骨骼肌发育及DNA甲基化相关基因的表达和相关性分析
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作者 陆应林 周竞 +7 位作者 何宗亮 虞德兵 李帆 曹恒 张星雨 嵇宏杰 吕鲲鹏 于敏莉 《南京农业大学学报》 北大核心 2025年第3期631-640,共10页
[目的]本研究通过分析鸭肌肉发育关键基因mRNA表达水平与甲基化水平的相关性,探讨DNA甲基化在鸭肌纤维生长中的调控作用。[方法]鸭胚孵化至21和28 d时,采集雄性鸭胚的胸肌和腿肌样本,通过亚硫酸氢盐测序(BSP)技术分析目的基因的甲基化水... [目的]本研究通过分析鸭肌肉发育关键基因mRNA表达水平与甲基化水平的相关性,探讨DNA甲基化在鸭肌纤维生长中的调控作用。[方法]鸭胚孵化至21和28 d时,采集雄性鸭胚的胸肌和腿肌样本,通过亚硫酸氢盐测序(BSP)技术分析目的基因的甲基化水平;出雏后,育雏期(0~2周)雏鸭进行网床养殖,育成期(3~7周)鸭进行大棚旱养。分别于1日龄和1、3、5和7周龄时随机选取12只体重相近的公鸭屠宰并取样,通过HE染色对肌纤维形态进行观察和分析;用荧光定量PCR技术分析鸭生长期骨骼肌中候选基因及DNA甲基化调控相关基因的表达状况;通过相关性分析研究候选基因在鸭生长期的调控作用。[结果]胸肌重和胸肌率从5周龄(W5)开始显著增加(P<0.05),而腿肌重和腿肌率从3周龄(W3)开始显著增加(P<0.05)。从W3开始,骨骼肌直径和面积均显著增加(P<0.05)。在胸肌中Erbin和Klhl38在W3表现出较高表达水平(P<0.05);胸肌中Mylk2和Got1表达水平在W5达到峰值(P<0.05),而Klf2在W5达到最低(P<0.05)。在胸肌发育过程中,Tet1和Tet3的表达水平呈现先下降后上升的趋势(P<0.05);Tet2、Dnmt1、Dnmt3a和Dnmt3b的表达水平在W5显著升高(P<0.05)。在腿肌中,Dnmt3a和Dnmt3b表达水平在W3显著升高(P<0.05)。相关性分析表明:胸肌和腿肌中Tet2与Erbin、Mylk2和Got1基因的表达均呈显著正相关(P<0.01),Dnmt1与Mylk2的表达呈显著正相关(P<0.01);胸肌肌纤维面积与Mylk2和Got1的表达显著正相关,而与Klf2和Klhl38的表达则呈现显著负相关(P<0.05)。[结论]DNA甲基化调控肌纤维发育关键基因Erbin、Mylk2、Erbin、Got1和Klhl38的表达,鸭生长期肌纤维中这些基因的表达影响骨骼肌的生长和鸭肉产量。 展开更多
关键词 鸭 生长期 骨骼肌生长 候选基因 dna甲基化 相关性分析
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基于微生物DNA测序的高含水井组井间连通性评价
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作者 陆红军 薛纯琦 +5 位作者 常笃 冯飞 苏良银 刘建升 王灼 王硕亮 《钻采工艺》 北大核心 2025年第5期128-135,共8页
鄂尔多斯盆地超低渗油藏储层非均质性强,长期水驱开发导致注采矛盾加剧,井间连通性精准评价成为剩余油挖潜的关键技术瓶颈。针对传统示踪剂监测存在的成本高、时效性差及潜在环境污染等问题,文章开展了基于微生物DNA测序的井间连通性评... 鄂尔多斯盆地超低渗油藏储层非均质性强,长期水驱开发导致注采矛盾加剧,井间连通性精准评价成为剩余油挖潜的关键技术瓶颈。针对传统示踪剂监测存在的成本高、时效性差及潜在环境污染等问题,文章开展了基于微生物DNA测序的井间连通性评价。以长庆油田G271典型高含水井组为研究对象,系统采集注水井(1口)与采油井(4口)的产液样本,通过16S rRNA基因扩增子高通量测序技术,构建以扩增子序列变异(Amplicon Sequence Variants,ASV)为分类单元的微生物群落特征数据库。采用Upset集成图解析注采井间微生物群落重叠特征,结合网络图模型定量表征优势菌群的井间连通关系,并同步开展化学示踪剂对比验证实验。研究结果表明:微生物DNA测序技术可实现注采通道的精准识别,与示踪剂监测结果吻合度高,且操作周期缩短40%以上;油藏原位微生物群落具有显著的“井间指纹”特征,优势菌属(如Pseudomonadales、Burkholderiales)的丰度梯度变化可表征优势渗流通道。该项技术结合了环境友好型和成本效益优势,适应于油藏开发全周期的动态监测,为超低渗油藏高含水期剩余油靶向挖潜提供了创新性技术手段,对实现油田绿色高效开发具有重要应用价值。 展开更多
关键词 高含水井组 井间连通性评价 微生物dna测序 ASV分类单元 示踪剂监测
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外周血cfDNA联合IL-10对弥漫大B细胞淋巴瘤中枢神经系统浸润的预测价值
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作者 张媛 王莉华 +3 位作者 郭燕 吕国庆 吴隼 张景航 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第4期1063-1068,共6页
目的:探讨外周血循环游离DNA(cf DNA)联合白介素10(IL-10)对弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中枢神经系统浸润(CNSI)的预测价值。方法:回顾性分析2021年5月至2023年4月在本院就诊的63例DLBCL患者的临床资料。根据是否发生CNSI将患者分为CNSI组... 目的:探讨外周血循环游离DNA(cf DNA)联合白介素10(IL-10)对弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中枢神经系统浸润(CNSI)的预测价值。方法:回顾性分析2021年5月至2023年4月在本院就诊的63例DLBCL患者的临床资料。根据是否发生CNSI将患者分为CNSI组(15例)和non-CNSI组(48例)。比较两组患者的年龄、性别、Ann Arbor分期、ECOG评分、IPI风险、CNS-IPI风险、累及的结外站点数量、骨髓受累、肥大性疾病、B症状、来源细胞、葡萄糖定量、潘氏试验、脑脊液氯、脑脊液有核细胞计数、脑脊液蛋白、外周血cf NDA、IL-10的情况。Pearson相关性分析外周血cf DNA、IL-10与脑脊液蛋白的相关性。ROC曲线分析外周血cf DNA、IL-10对DLBCL患者继发CNSI的预测价值。末次随访时间为2023年11月30日,Kaplan-Meier法计算non-CNSI组患者继发CNSI的时间。结果:CNSI组的IPI风险、CNS-IPI风险、累及的结外站点数量、脑脊液蛋白水平均明显高于non-CNSI组(均P<0.05)。CNSI组患者外周血cf DNA、IL-10水平均明显高于non-CNSI组(均P<0.01)。外周血cf DNA、IL-10与脑脊液蛋白均呈正相关(r=0.4024,0.3151)。ROC曲线分析结果显示,外周血cf DNA、IL-10对CNSI具有一定预测价值,其曲线下面积分别为0.829、0.742,二者联合检测的曲线下面积为0.910,敏感度为80.00%,特异度为93.70%,诊断效能明显高于二者单独检测。中位随访时间20(6-31)个月,以外周血cf DNA联合IL-10阳性或阴性对non-CNSI患者分组,阳性组患者继发CNSI的时间明显短于阴性组的患者(P<0.05)。结论:DLBCL合并CNSI患者外周血cf DNA、IL-10的水平显著升高,二者联合检测对CNSI具有良好预测价值。 展开更多
关键词 外周血 循环游离dna 白介素10 弥漫大B细胞淋巴瘤 中枢神经系统浸润 预测价值
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eDNA技术在河流水库生境鱼类多样性评估中的应用——以重庆玉滩湖为例 被引量：1
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作者 沈子伟 谢浪 +5 位作者 刘寒文 邓华堂 田辉伍 薛洋 陈大庆 段辛斌 《湖泊科学》 北大核心 2025年第4期1096-1105,共10页
玉滩湖是重庆市西部四大供水工程之一,有2条入河河流,是一个典型的多栖境生态系统。截至目前,尚未见玉滩湖鱼类组成和多样性的相关报道。本研究采用环境DNA(eDNA)技术,与传统鱼类网具调查结果进行对比分析,研究玉滩湖鱼类群落多样性和... 玉滩湖是重庆市西部四大供水工程之一,有2条入河河流,是一个典型的多栖境生态系统。截至目前,尚未见玉滩湖鱼类组成和多样性的相关报道。本研究采用环境DNA(eDNA)技术,与传统鱼类网具调查结果进行对比分析,研究玉滩湖鱼类群落多样性和结构特征,探索eDNA技术在河流水库生境鱼类多样性中的应用潜力。结果显示:应用eDNA技术共检测出鱼类36种,隶属于4目11科32属,物种相对序列丰度分析发现鳙(Hypophthalmichthys nobilis)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)的相对丰度较高;传统鱼类网具调查共检测出21种鱼类,隶属于3目9科20属。eDNA技术与传统鱼类网具调查共检测出鱼类42种,其中15种为共有物种,占传统鱼类网具调查鱼类总数的71.43%。基于序列丰度的α和β多样性分析表明,湖区、河口和入库缓冲区鱼类组成和多样性呈现出一定的差异,河口和入库缓冲区的鱼类多样性高于湖区。综上,eDNA技术在鱼类物种检出率上高于传统鱼类网具调查,eDNA可作为一项重要的无损伤性鱼类资源监测辅助手段,在河流水库生境资源监测中进一步增加监测的可靠性。 展开更多
关键词 玉滩湖 Edna 鱼类多样性 河流水库生境
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中国仓鼠卵巢细胞宿主DNA残留检测标准物质
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作者 梁文 曹梅霞 刘刚 《计量学报》 北大核心 2025年第5期754-761,共8页
为解决生物制药产品中外源性宿主细胞DNA残留检测的计量溯源难题,大批量培养中国仓鼠卵巢(Chinese hamster ovary,CHO)细胞,研究柱层析、乙醇沉淀法、超滤法等多种提取方法,提取得到高纯度的CHO细胞基因组DNA,选择充分研究和优化的数字... 为解决生物制药产品中外源性宿主细胞DNA残留检测的计量溯源难题,大批量培养中国仓鼠卵巢(Chinese hamster ovary,CHO)细胞,研究柱层析、乙醇沉淀法、超滤法等多种提取方法,提取得到高纯度的CHO细胞基因组DNA,选择充分研究和优化的数字PCR方法作为基因组DNA的定量方法。结果表明,相比传统的UV检测,基于数字PCR的方法能有效解决基质干扰问题,结果一致性显著提升。标准物质的均匀性和稳定性通过检验,利用10家单位的5种不同的数字PCR平台给标准物质定值,最终的拷贝数浓度定值结果为(1.06±0.12)×10^(4)copies/μL。该标准物质可促进DNA残留量检测试剂盒的开发,促进各生物制品公司DNA残留量检测结果的互认统一,实现检测结果的量值溯源。 展开更多
关键词 生物计量学 中国仓鼠卵巢细胞 宿主dna 残留检测 数字PCR 标准物质
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西安地区2649例疑似百日咳患者BpDNA检测及临床和实验室结果分析
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作者 吴晓康 熊朝亮 +8 位作者 尹佳锋 张妮 雷珂 靳莉 张月 睢雯婷 陈栋 杨拴盈 何谦 《现代检验医学杂志》 2025年第5期158-161,171,共5页
目的分析西安地区2649例疑似百日咳感染者状况及实验室诊断指标的变化。方法收集2023年6月~2025年5月西安交通大学第二附属医院就诊疑似百日咳感染2649例患者作为研究对象。采集患者鼻咽拭子,应用聚合酶链反应(PCR)-荧光探针法进行百日... 目的分析西安地区2649例疑似百日咳感染者状况及实验室诊断指标的变化。方法收集2023年6月~2025年5月西安交通大学第二附属医院就诊疑似百日咳感染2649例患者作为研究对象。采集患者鼻咽拭子,应用聚合酶链反应(PCR)-荧光探针法进行百日咳核酸检测,并对实验室诊断指标进行分析。结果2649例样本中百日咳核酸阳性250例,阳性率9.44%;男性患者检出率9.37%(127/1356),女性患者检出率9.51%(123/1293),二者比较差异无统计学意义(χ^(2)=0.019,P=0.894)。不同年龄组阳性检出率的差异具有统计学意义(χ^(2)=46.473,P<0.05),以7~19岁年龄组的阳性检出率最高(14.98%)。百日咳流行呈现以4~9月份为高峰的季节性特征。21.20%(53/250)的阳性患者为混合感染。1~14岁百日咳感染组白细胞计数(WBC)、淋巴细胞百分比(LYMP%)、淋巴细胞计数(LYMP#)高于肺炎支原体(MP)感染组(t=10.179,5.819,8.614)和呼吸道合胞病毒(RSV)感染组(t=16.570,2.618,7.185),差异具有统计学意义(均P<0.05)。14岁以上百日咳感染组LYMP%,LYMP#高于MP感染组(t=3.275,2.319)和RSV感染组(t=2.401,4.617),差异具有统计学意义(均P<0.05)。结论西安地区2023~2025年百日咳感染状况呈现出显著年龄、季节及实验室检查结果的特征,应进一步完善本地区百日咳监测体系,优化临床诊疗流程和加强百日咳疫苗接种的工作。 展开更多
关键词 百日咳 dna检测 流行特征
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