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基于RNA-seq和PER-seq联合分析探究ZmHDZ6表达调控网络
1
作者 方应浩 周波 +2 位作者 陈茹梅 杨文竹 秦慧民 《作物学报》 北大核心 2025年第4期958-968,共11页
玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系... 玉米是需水量较大的作物,而干旱是制约玉米生产的主要因素。结合前期研究基础和相关研究进展,发现ZmHDZ6受干旱诱导强烈,且过表达植株表现出优良的抗旱性能。为探究玉米转录因子ZmHDZ6的下游调控机制,通过对ZmHDZ6过表达转基因玉米株系进行RNA-seq测序,对自交系B73原生质体进行PER-seq(protoplast transient expression-based RNA-sequencing)测序,并进行联合分析。结果显示,2种测序策略得到的差异表达基因(DEGs)呈现一致性,功能主要集中在参与氧化还原反应等GO富集分析条目。KEGG分析显示功能都富集在苯并噁唑嗪酮类化合物代谢途径上。此外,基于RNA-seq的DEGs在氨基酸和核苷酸代谢途径富集,而基于PER-seq的DEGs还富集在核糖体生物发生代谢途径。因此,推测ZmHDZ6可能通过调控与氧化还原相关基因和苯并噁唑嗪酮类化合物的代谢进而增强玉米抗旱性。通过进一步在129个Co-DEGs(Common DEGs)的启动子序列扫描HDZIP I家族的DNA结合基序(motif),将潜在靶基因缩减至16个,其中8个基因的功能与玉米抗逆紧密相关。本研究利用转录组学数据分析了ZmHDZ6基因的下游表达调控网络,为进一步解析抗旱机制提供了参考。 展开更多
关键词 RNA-SEQ per-seq 转录因子 ZmHDZ6 靶基因 MOTIF
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绿豆荚粒数增多突变体snpp1的表型分析及基因定位 被引量：1
2
作者 关伊宁 邱丹 +2 位作者 李信 胡筑兵 沈振国 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第15期5071-5076,共6页
荚粒数是食用豆产量性状的构成因子,是食用豆遗传改良的育种目标之一。目前,调控绿豆荚粒数形成的遗传网络和分子基础尚不清楚。通过构建绿豆突变体库,本研究筛选获得了荚粒增加突变体snpp1,遗传分析发现该突变体受半显性基因控制。通... 荚粒数是食用豆产量性状的构成因子,是食用豆遗传改良的育种目标之一。目前,调控绿豆荚粒数形成的遗传网络和分子基础尚不清楚。通过构建绿豆突变体库,本研究筛选获得了荚粒增加突变体snpp1,遗传分析发现该突变体受半显性基因控制。通过构建F2代分离群体,筛选群体中的极端单株构建2个DNA混池(每个池包含35个极端单株),利用全基因组重测序结合集团分离分析法,将SNPP1基因初步定位在绿豆5号染色体上3.49 Mb(92640~3584000 bp)区域,包含233个注释基因。本研究将为进一步克隆SNPP1基因提供参考,为绿豆高产品种培育提供新的基因资源。 展开更多
关键词 绿豆 荚粒数 snpp1 BSA-Seq 基因定位
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