福建山樱花PEBP基因家族鉴定及FT基因功能预测

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作者 余燕华 傅成杰 +1 位作者 陈剑勇 周显臻 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第6期664-672,共9页

为探明蔷薇科植物早花性状的遗传基础及开花调控机制,以东亚特有的早花观赏树种福建山樱花为研究对象,采用全基因组比对、系统发育分析、保守基序与顺式作用元件分析、加权基因共表达网络分析等方法对其PEBP基因家族进行系统研究。结果... 为探明蔷薇科植物早花性状的遗传基础及开花调控机制,以东亚特有的早花观赏树种福建山樱花为研究对象,采用全基因组比对、系统发育分析、保守基序与顺式作用元件分析、加权基因共表达网络分析等方法对其PEBP基因家族进行系统研究。结果表明,福建山樱花PEBP基因家族在成员组成和基序结构上与近缘物种高度保守,且枝-位点模型未检测到正选择信号,推测其家族成员未发生明显功能分化。表达分析结果显示,PcamFT基因在花组织中特异性高表达,其启动子区域富含G-box光响应元件,缺失AE-box和GT1等负调控元件,提示该基因易受光周期调控。共表达网络分析鉴定出33个表达模块,其中模块25与花组织高度相关,PcamFT基因正属于该模块,并与AP1、SEP3、AGL1等关键开花调控因子共表达。蛋白互作网络预测进一步显示,PcamFT基因可能通过与这些MADS-box因子形成转录复合体,参与花分生组织的身份确立及花器官发育。 展开更多

关键词 福建山樱花 pebp基因家族 FT基因 早花性状 花期调控

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大豆PEBP基因家族的初步分析 被引量：11

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作者 张礼凤 徐冉 +4 位作者 张彦威 戴海英 王彩洁 李伟 张军 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期151-157,共7页

磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP,phosphatidyl ethanolamine-binding protein)基因家族在动物、植物和微生物中广泛存在,在控制植物开花和种子休眠中起重要作用。本研究对大豆PEBP基因家族进行了分析,发现了27个大豆PEBP基因的候选序列,其... 磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP,phosphatidyl ethanolamine-binding protein)基因家族在动物、植物和微生物中广泛存在,在控制植物开花和种子休眠中起重要作用。本研究对大豆PEBP基因家族进行了分析,发现了27个大豆PEBP基因的候选序列,其中16个具有完整PEBP结构域的全长序列被认为是大豆Gm PEBP家族基因。Gm PEBP基因分布在9条染色体上,基因结构高度保守。通过系统发生分析,可将大豆Gm PEBP基因家族成员分为FT-like、TFL1-like和MFT-like 3个亚族,并且发现Gm PEBP家族成员数目按照大豆物种特异性的方式进行了扩张。对重复基因的Ks分析表明,绝大多数重复基因主要由5900万年前和1300万年前的大豆基因组复制所致。 展开更多

关键词 大豆 pebp基因家族 进化分析

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桃PEBP基因家族全基因组鉴定及桃TFL1基因功能分析 被引量：6

3

作者 谭彬 魏鹏程 +7 位作者 栗焕楠 连晓东 陈谭星 郑先波 程钧 王伟 王小贝 冯建灿 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期1443-1454,共12页

【目的】通过生物信息学分析明确磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine-binding proteins,PEBP)家族在桃基因组中的分布、结构及进化特征,并解析桃PEBP蛋白家族成员PpTFL1基因功能,为后续利用分子手段调控桃开花时间提供理... 【目的】通过生物信息学分析明确磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine-binding proteins,PEBP)家族在桃基因组中的分布、结构及进化特征,并解析桃PEBP蛋白家族成员PpTFL1基因功能,为后续利用分子手段调控桃开花时间提供理论依据。【方法】以拟南芥6个PEBP蛋白的氨基酸序列为参考序列,检索桃基因组中的PEBP基因家族成员,并对其进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测PpTFL1基因在桃不同组织中的表达量,构建PpTFL1过表达载体转化拟南芥。【结果】从桃全基因组鉴定出5个PEBP蛋白家族基因,均由4个外显子和3个内含子组成。5个桃PEBP蛋白中都包含PEBP保守基序和决定FT/TFL1功能的关键氨基酸位点;桃PEBP蛋白基因家族可分为TFL1-like、MFT-like和FT-like三个亚族。克隆获得PpTFL1基因编码序列(CDS),片段大小为519 bp;qRT-PCR结果表明,PpTFL1在‘中油桃14号’茎尖的表达量最高;与野生型相比,5个转PpTFL1的转基因拟南芥阳性株系均表现花期推迟;PpTFL1在5个转基因植株中均有表达,但不同单株间表达量有差异。【结论】PpTFL1基因过表达导致拟南芥花期推迟,表明PpTFL1基因参与花期调控。 展开更多

关键词 桃 pebp基因家族 TFL1 基因功能 开花时间

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文心兰一个PEBP家族基因的克隆、表达及载体构建 被引量：3

4

作者 袁秀云 梁芳 +3 位作者 蒋素华 王默霏 刘佳 崔波 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1380-1386,共7页

采用RT-PCR方法从文心兰(Oncidium‘Sweet Sugar’)中克隆到一个PEBP家族基因,该基因命名为OnFT-like(登录号AHB86975)。该基因编码区531 bp,编码177个氨基酸。蛋白序列比对和进化树分析表明,On FT-like蛋白与蝴蝶兰FT蛋白的相似性为99%... 采用RT-PCR方法从文心兰(Oncidium‘Sweet Sugar’)中克隆到一个PEBP家族基因,该基因命名为OnFT-like(登录号AHB86975)。该基因编码区531 bp,编码177个氨基酸。蛋白序列比对和进化树分析表明,On FT-like蛋白与蝴蝶兰FT蛋白的相似性为99%,进化距离最近。qRT-PCR分析表明,On FT-like在根和花器官没有检测到表达;在苗期和花蕾期的叶片和花葶中有表达,其中在花蕾期花葶中的表达量最高;在盛花期和花后期的叶片和花葶中不表达。分析认为,On FT-like基因可能在花期转变中起调控作用。将On FT-like基因连接到p CAMBIA1301载体上,成功构建了正义和反义植物表达载体,为下一步进行文心兰On FT-like基因功能鉴定及遗传改良奠定基础。 展开更多

关键词 文心兰 pebp家族 实时荧光定量PCR 基因表达 载体构建

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小麦PEBP-like基因等位变异与籽粒大小、粒重关系研究 被引量：8

5

作者 常成 张海萍 +2 位作者 张秀英 闫长生 肖世和 《分子植物育种》 CAS CSCD 2009年第1期23-27,共5页

小麦PEBP-like基因与籽粒大小、粒重相关。本文根据水稻GS3基因序列搜索小麦及其近源种属EST序列,电子克隆小麦PEBP-like基因,并设计特异引物在万县百麦子/京411构建的重组自交系群体(recomb inant inbredl ines,RILs)鉴定该基因变异与... 小麦PEBP-like基因与籽粒大小、粒重相关。本文根据水稻GS3基因序列搜索小麦及其近源种属EST序列,电子克隆小麦PEBP-like基因,并设计特异引物在万县百麦子/京411构建的重组自交系群体(recomb inant inbredl ines,RILs)鉴定该基因变异与籽粒大小及粒重的关系。结果表明,本文小麦籽粒大小与粒重相关性较好,其中粒宽和粒重的相关性最好(0.668**),其次是粒厚(0.629**),粒长也与粒重呈极显著正相关(0.485**)。WKS3-8引物在亲本和群体中多态性较好,具有A型等位基因的家系,籽粒较小、粒重低,其大部分家系千粒重低于平均值(38.3g);而具有B型等位基因的家系,籽粒较大,粒重高,其大部分家系粒重高于平均值。上述说明PEBP-like基因等位变异与小麦粒长、粒宽、粒厚及粒重关系密切。 展开更多

关键词 小麦 pebp-like基因 等位变异 籽粒大小、 粒重

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PEBP家族基因在植物发育调控中的作用 被引量：18

6

作者 孙洪波 贾贞 韩天富 《植物生理学通讯》 CSCD 北大核心 2009年第8期739-747,共9页

文章介绍植物PEBP家族的成员组成、系统进化、时空表达特点以及基因功能的研究进展。

关键词 pebp家族基因 FT-like基因 TFLI-1ike基因 MFT-like基因

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PEBP家族基因在植物中功能的研究进展 被引量：10

7

作者 朱岩 彭振英 +1 位作者 张斌 毕玉平 《山东农业科学》 2013年第2期139-145,共7页

主要介绍了磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP)家族的成员、进化关系以及各亚家族基因在植物中功能的研究进展。

关键词 pebp家族基因 FT—LIKE亚家族基因 TFL—LIKE亚家族基因 MFT—LIKE亚家族基因

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在HSVI感染细胞中类PEBP蛋白基因的克隆及分析 被引量：3

8

作者 王炯 刘龙丁 +4 位作者 孙明 董承红 王丽春 王晶晶 李琦涵 《中国病毒学》 CSCD 2002年第2期97-101,共5页

在细胞对病毒感染后的基因反应研究中 ,从克隆的HSVI感染后细胞特异cDNA文库中筛选出一个 70 5bp克隆基因—HSP 714,基因测序分析表明为一新的全基因序列 (GeneBankAccessionNumber:AF372 6 2 4) ,含有完整的ORF框架 ,编码 12 6个氨基... 在细胞对病毒感染后的基因反应研究中 ,从克隆的HSVI感染后细胞特异cDNA文库中筛选出一个 70 5bp克隆基因—HSP 714,基因测序分析表明为一新的全基因序列 (GeneBankAccessionNumber:AF372 6 2 4) ,含有完整的ORF框架 ,编码 12 6个氨基酸 ;信息生物学分析结果表明该蛋白含有磷脂酰乙醇胺结合蛋白 (PEBP)结构域 ,与植物、哺乳动物等多物种类CEN家族产物有高度的同源性 ,此外该基因的进化分析结果表明此基因更接近于植物的类CEN家族。据此推测 。 展开更多

关键词 HSVI感染细胞 类pebp蛋白 类磷脂酰乙醇胺结合蛋白 病毒感染 克隆 单纯疱疹病毒Ⅰ

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PEBP1基因对胃癌细胞生物学特性影响的体外实验研究 被引量：2

9

作者 张林 李楠 +3 位作者 吴凯 王艳梅 朱超慧 翟俊山 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2009年第11期1002-1006,共5页

目的探讨PEBP1基因对于胃癌细胞增殖状态、细胞周期、凋亡状态等生物学特性及成瘤、浸润转移能力等恶性表型的影响。方法将PEBP1基因插入载体pcDNA3.1构建PC-PEBP1真核表达载体。脂质体转染胃癌细胞系MKN45建立稳定转染细胞系(MKN-PEBP... 目的探讨PEBP1基因对于胃癌细胞增殖状态、细胞周期、凋亡状态等生物学特性及成瘤、浸润转移能力等恶性表型的影响。方法将PEBP1基因插入载体pcDNA3.1构建PC-PEBP1真核表达载体。脂质体转染胃癌细胞系MKN45建立稳定转染细胞系(MKN-PEBP1),而后使用生长曲线法、平板克隆形成实验法、流式细胞仪、细胞迁徙实验法等分析稳定表达株相关生物学特性变化。同时设立pcDNA3.1空载体转染组(MKN-PC)和空白MKN45细胞组(MKN45)为对照。结果与MKN-PC组和MKN45组相比,转染MKN-PEBP1载体的稳定表达细胞株生长显著减慢,MKN-PC组和MKN45组之间无显著差异,平板克隆形成实验结果显示,MKN-PEBP1转染组平均克隆形成率显著低于MKN-PC组和MKN45组(P<0.05),细胞周期检测显示MKN-PEBP1组处于G0/G1期的细胞比例显著高于未处理的MKN45组细胞和MKN-PC组细胞(P<0.05),而处于G2-M期的细胞比例显著均低于其他两组(P<0.05),其他各期细胞比例均无显著差异。流式细胞仪法检测细胞凋亡结果显示各组细胞的凋亡比例均为2.0%左右,统计学检验无显著差异(P>0.05)。细胞迁徙实验结果提示MKN-PEBP1组穿膜率与MKN-PC组和MKN45组相比显著降低(P<0.05)。结论PEBP1基因可能具有抑制细胞生长增殖及分裂作用,同时可影响细胞周期,但对细胞凋亡的影响作用较小。PEBP1基因可能对胃癌细胞侵袭转移能力有一定抑制作用。该基因对抑制细胞恶性表型有一定意义。 展开更多

关键词 胃癌 pebp1基因 细胞周期 转染

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脑胶质瘤ABCC3、PEBP4及Anxa7的表达及与病理特征和预后的关系 被引量：4

10

作者 赵树鹏 马继伟 +4 位作者 王向阳 胡朝帅 梁甲宁 葛立可 赵新利 《分子诊断与治疗杂志》 2022年第3期434-438,共5页

目的 研究脑胶质瘤ATP结合盒转运蛋白3(ABCC3)、磷脂酰乙醇胺结合蛋白4(PEBP4)及膜联蛋白7(Anxa7)的表达与病理特征、预后的关系。方法 收集2016年5月至2018年6月于新乡医学院第一附属医院行肿瘤切除术的88例脑胶质瘤患者的胶质瘤组织... 目的 研究脑胶质瘤ATP结合盒转运蛋白3(ABCC3)、磷脂酰乙醇胺结合蛋白4(PEBP4)及膜联蛋白7(Anxa7)的表达与病理特征、预后的关系。方法 收集2016年5月至2018年6月于新乡医学院第一附属医院行肿瘤切除术的88例脑胶质瘤患者的胶质瘤组织作为实验组,同时收集瘤旁组织(距离肿瘤5 cm处)作为对照组;根据预后分为生存组(n=51)及死亡组(n=37)。对比各组间ABCC3、PEBP4及Anxa7表达情况;分析脑胶质瘤中ABCC3、PEBP4及Anxa7的表达与病理特征、预后的关系。结果 实验组ABCC3、PEBP4阳性率及Anxa7阴性率较对照组高,差异有统计学意义(P<0.05)。ABCC3、PEBP4阳性及Anxa7阴性患者的分化程度、远处转移、TNM分期高于ABCC3、PEBP4阴性及Anxa7阳性患者,差异具有统计学意义(P<0.05)。死亡组ABCC3、PEBP4阳性率及Anxa7阴性率较生存组高,差异有统计学意义(P<0.05)。组织分化程度、远处转移、TNM分期、ABCC3、PEBP4、Anxa7为影响脑胶质瘤预后的独立危险因素(P<0.05)。结论 脑胶质瘤中ABCC3、PEBP4阳性表达高,Anxa7阴性表达高,三者可作为脑胶质瘤患者病情预后有效评估指标。 展开更多

关键词 脑胶质瘤 ABCC3 pebp4 Anxa7

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抗寒SiPEBP基因表达载体构建及转化水稻的研究 被引量：1

11

作者 张燕红 王奉斌 +3 位作者 袁杰 赵志强 布哈丽且木.阿布力孜 文孝荣 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期1591-1597,共7页

【目的】构建抗潮霉素标记基因的雪莲抗寒SiPEBP基因植物表达载体,转化新疆粳稻,为提高水稻的抗寒性奠定基础。【方法】用PCR方法扩增目的基因,连接到pMD19-T Vector载体上,测序验证,经BamHⅠ和SacⅠ双酶切,将目的片段连接到pMDC32表达... 【目的】构建抗潮霉素标记基因的雪莲抗寒SiPEBP基因植物表达载体,转化新疆粳稻,为提高水稻的抗寒性奠定基础。【方法】用PCR方法扩增目的基因,连接到pMD19-T Vector载体上,测序验证,经BamHⅠ和SacⅠ双酶切,将目的片段连接到pMDC32表达载体上,通过冻融法将该载体导入根癌农杆菌EHA105中,通过根癌农杆菌介导法转化新疆粳稻品种秋田小町。【结果】得到抗寒基因SiPEBP,并构建成SiPEBP植物表达载体。获得了具有潮霉素抗性的水稻愈伤组织,经PCR技术鉴定,目的基因已整合到水稻基因组中。【结论】获得了转雪莲抗寒SiPEBP基因的水稻植株,这对深入研究该基因在水稻中的功能并探讨其在水稻耐冷分子育种中的应用价值奠定了基础。 展开更多

关键词 粳稻 Sipebp基因 载体构建 遗传转化

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转录组和表达谱分析揭示PEBP基因家族成员参与调节滴水珠的珠芽发育 被引量：3

12

作者 刘丹 罗睿 +2 位作者 陈海丽 夏丽莎 高华霞 《贵州大学学报（自然科学版）》 2018年第2期48-53,共6页

为进一步揭示半夏属植物珠芽发育的分子机理,本文利用Illumina Hiseq平台对滴水珠进行转录组和表达谱测序。转录组测序获得6.68 Gb的数据,组装去冗余后得到66,907个Unigene,平均长度为893 bp。将Unigene比对到Nr、KOG、GO和KEGG数据库中... 为进一步揭示半夏属植物珠芽发育的分子机理,本文利用Illumina Hiseq平台对滴水珠进行转录组和表达谱测序。转录组测序获得6.68 Gb的数据,组装去冗余后得到66,907个Unigene,平均长度为893 bp。将Unigene比对到Nr、KOG、GO和KEGG数据库中,分别获得了34,947、27,886、9,149和27,006个注释信息。叶柄、珠芽和块茎表达谱测序分别获得24.08、24.02和24.06 Mb的数据库,其中6,961个Unigene的表达量在叶柄、珠芽与块茎之间同时存在差异(6,576和4,021个差异Unigene分别比对到GO和KEGG数据库)。转录组测序获得13个Unigene为PEBP基因家族成员相关序列,其中4个为差异表达。结果表明转录组和表达谱测序可用于筛选调控珠芽发育的候选基因,PEBP基因家族成员在珠芽发育调控中的作用值得进一步研究。 展开更多

关键词 滴水珠 珠芽发育 转录组 表达谱 pebp基因家族

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转录因子PEBP2/CBF与白血病 被引量：2

13

作者 肖志坚 《国外医学（输血及血液学分册）》 1998年第2期77-80,共4页

随着对白血病发病分子机制的不断深入研究,越来越多的研究揭示转录因子(TF)在白血病发病分子机制中起着非常重要的作用。多瘤病毒增强子结合蛋白2(PEBP2)/核心结合因子(CBF)是九十年代初发现的一个TF,迄今发现其在不同类型的白血病中广... 随着对白血病发病分子机制的不断深入研究,越来越多的研究揭示转录因子(TF)在白血病发病分子机制中起着非常重要的作用。多瘤病毒增强子结合蛋白2(PEBP2)/核心结合因子(CBF)是九十年代初发现的一个TF,迄今发现其在不同类型的白血病中广泛受累。本文就该领域的最新研究现况作了一简要的概述。 展开更多

关键词 白血病 转录因子 发病机制 pebp2 CBF

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甘蓝型油菜PEBP基因家族的鉴定与表达分析 被引量：10

14

作者 荐红举 杨博 +4 位作者 李阳阳 杨鸿 刘列钊 徐新福 李加纳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期354-364,共11页

植物磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidylethanolamine-bindingprotein,PEBP)基因对于控制开花时间具有重要作用。油菜作为世界上最重要的油料作物之一,与模式植物拟南芥具有相似的开花习性。但有关油菜开花基因的功能研究相对较少。本... 植物磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidylethanolamine-bindingprotein,PEBP)基因对于控制开花时间具有重要作用。油菜作为世界上最重要的油料作物之一,与模式植物拟南芥具有相似的开花习性。但有关油菜开花基因的功能研究相对较少。本研究利用拟南芥PEBP基因家族蛋白序列在油菜基因组内进行BlastP分析,获得油菜PEBP家族成员,并对其进行基因结构分析、motif预测、复制事件、进化树构建、选择压力分析和组织表达分析。结果表明,共有26个油菜PEBP基因成员得到鉴定,大部分成员含有4个外显子和3个内含子, motif-1和motif-2是PEBP成员的特征基序,超过76.9%的成员属于片段复制扩增事件。进化树分析显示, PEBP分为3个亚家族,基于转录组测序的组织表达数据表明油菜26个PEBP成员具有非常明显的组织表达特性。以上研究结果,极大丰富了我们对甘蓝型油菜开花基因及调控模式的认识,为进一步的分子育种提供了理论基础。 展开更多

关键词 油菜 开花基因 pebp 进化 表达

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大麻PEBP基因家族鉴定及生物信息学分析 被引量：3

15

作者 陈晗 徐洪国 +3 位作者 王志刚 徐伟慧 葛宵启 祁宏英 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1016-1024,共9页

【目的】对大麻中磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine binding protein,PEBP)进行鉴定和生物信息学分析,为PEBP基因家族调控大麻的生长发育及开花奠定基础。【方法】以拟南芥PEBP家族基因作为参考序列,利用NCBI、MEME、TBt... 【目的】对大麻中磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine binding protein,PEBP)进行鉴定和生物信息学分析,为PEBP基因家族调控大麻的生长发育及开花奠定基础。【方法】以拟南芥PEBP家族基因作为参考序列,利用NCBI、MEME、TBtools等生物信息学工具对已有的大麻基因组数据进行筛选并鉴定大麻PEBP基因。【结果】从大麻基因组中共筛选出12个PEBP基因,分为FT-LIKE、TFL-LIKE、MET-LIKE三个亚家族,均为亲水性蛋白,分布于细胞质与细胞核中;motif1-motif5为大麻PEBP基因的特征基序,定位在7条染色体上。大麻PEBP基因含有2个外显子及2个以上内含子,其启动子主要含有光反应顺式调节元件、各类激素顺式调控元件,编码蛋白主要由无规则卷曲构成。【结论】共鉴定出12个CsPEBP基因家族成员,通过motif分析、多物种构建进化树,确定大麻PEBP基因具有高度保守性,并预测和分析其潜在的分子功能。 展开更多

关键词 工业大麻 pebp基因 功能鉴定 生物信息学分析

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苹果磷脂酰乙醇胺结合蛋白PEBP家族基因的鉴定与比较分析 被引量：3

16

作者 王寻 高凝 +4 位作者 张富军 韩月彭 王小非 由春香 郝玉金 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1996-2010,共15页

磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP)控制植物开花转变和营养生长。本研究在GDDH13苹果参考基因组中鉴定了9个苹果PEBP基因。通过序列比较和进化分析,苹果(Malus domestica) PEBP蛋白由1个MFT-like蛋白、1个FT-like蛋白、6个TFL1-like蛋白和另外... 磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP)控制植物开花转变和营养生长。本研究在GDDH13苹果参考基因组中鉴定了9个苹果PEBP基因。通过序列比较和进化分析,苹果(Malus domestica) PEBP蛋白由1个MFT-like蛋白、1个FT-like蛋白、6个TFL1-like蛋白和另外的1个PEBP-like成员构成。在保守位点的位置和组成方面,这四组PEBP蛋白具有一定的相似性,且在组内也有独特性。9个苹果PEBP成员具有相似的结构域分布和蛋白质结构, Motif 4、Motif 3、Motif 1和Motif 2共同构成了PEBP结构域,无规卷曲在二级结构中占有较大比例。苹果PEBP启动子区含有多种调控元件,如响应光照的G-box、响应低温的LTR、响应脱落酸的ABRE元件等。通过表达分析,发现不同的MdPEBP基因具有多样化的表达模式,部分成员可能参与低温过程、脱落酸和水杨酸响应。 展开更多

关键词 苹果 pebp基因 序列比较 氨基酸位点 结构域分析 表达特征

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染井吉野樱PEBP基因家族鉴定及生物信息学分析 被引量：2

17

作者 吴水涵 宋炎峰 +4 位作者 李蒙 叶琦 伊贤贵 王绍军 王贤荣 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第7期2152-2160,共9页

磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine binding protein,PEBP)基因家族的氨基酸结构中存在保守的磷脂酰乙醇胺结合蛋白结构域,对调控植物开花起着至关重要的作用。本研究以染井吉野樱全基因组数据为基础,采用生物信息学方法... 磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine binding protein,PEBP)基因家族的氨基酸结构中存在保守的磷脂酰乙醇胺结合蛋白结构域,对调控植物开花起着至关重要的作用。本研究以染井吉野樱全基因组数据为基础,采用生物信息学方法鉴定出13个PEBP基因,依次命名为PYPEBP1~PYPEBP13,然后进一步分析了家族中各基因结构、理化性质,对PEBP蛋白的亚细胞定位、二级结构以及磷酸化位点进行预测,并构建系统发育树。结果表明,染井吉野樱的PEBP基因家族不同蛋白质序列的长度和特性都存在较大差异;13个染井吉野樱PEBP基因大部分成员含有4个外显子和3个内含子,motif 3、motif 4、motif 5和motif 6是染井吉野樱PEBP基因的特征基序;蛋白的亚细胞定位预测显示,这13个PEBP基因的蛋白分别位于细胞核与细胞质中;蛋白质二级结构分析显示,染井吉野樱PEBP基因的蛋白质二级结构十分相似,PYPEBP5和PYPEBP12蛋白结构中无规则卷曲占比最高,而β-转角比例最低;潜在的磷酸化位点预测分析表明,除PYPEBP3、PYPEBP7、PYPEBP8和PYPEBP10蛋白没有潜在的酪氨酸Tyr磷酸化位点外,其余PEBP蛋白均含有潜在的丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)磷酸化位点,各蛋白中不同磷酸化位点的数量差异显著;系统发育分析表明,染井吉野樱PEBP基因与拟南芥PEBP基因亲缘关系最近,各个家族成员均可聚到一起。本研究结果为后续深入研究染井吉野樱PEBP基因家族的功能提供参考。 展开更多

关键词 染井吉野樱 pebp 生物信息学分析 蔷薇科

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辣椒PEBP基因家族的全基因组鉴定、比较进化与组织表达分析 被引量：10

18

作者 牛西强 罗潇云 +4 位作者 康凯程 黄先忠 胡能兵 隋益虎 艾昊 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期947-959,共13页

植物磷脂酰乙醇胺结合蛋白(Phosphatidyl ethanolamine-binding protein,PEBP)分为MFT、FT和TFL1共3个亚家族,其中FT和TFL1亚家族蛋白构成了植物的成花激素—抗成花激素系统,调控开花时间和株形结构。基于辣椒(Capsicum annuum)全基因... 植物磷脂酰乙醇胺结合蛋白(Phosphatidyl ethanolamine-binding protein,PEBP)分为MFT、FT和TFL1共3个亚家族,其中FT和TFL1亚家族蛋白构成了植物的成花激素—抗成花激素系统,调控开花时间和株形结构。基于辣椒(Capsicum annuum)全基因组数据,对辣椒PEBP基因家族进行鉴定,并对基因和蛋白结构、比较进化、共线性和组织表达特征等进行了分析。结果表明,辣椒基因组包含9个PEBP成员,并且9个基因均含有4个外显子和3个内含子,定位在6条染色体上,其编码蛋白质定位在细胞质和细胞核中。与番茄PEBP同源基因的比较进化分析表明,辣椒的PEBP基因受纯化选择,其中CaFT2和CaFT4在进化中较稳定,辣椒和番茄之间存在8对共线性基因。qRT-PCR分析表明CaPEBP基因在所检测的组织中明显差异表达,如CaMFT/CaTFL1-1在果实中高表达,CaFT1在叶片中相对表达量最高,Ca FT3在顶端分生组织和花中表达量最高,CaTFL1-4在根中特异表达。 展开更多

关键词 辣椒 成花素 pebp基因家族 全基因组鉴定 开花调控 基因表达

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甜橙PEBP基因家族的鉴定及在成花过程的表达分析 被引量：2

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作者 杨杰 贺新兴 +3 位作者 陈蓉 胡乐贞 佟晓楠 李兴涛 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第4期1127-1136,共10页

磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine-binding protein,PEBP)基因家族的氨基酸结构中有保守的磷脂酰乙醇胺结合蛋白结构域,对控制植物花器发育和开花时间具有重要作用。本试验旨在研究CsPEBP基因家族对甜橙花期诱导的调控模... 磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine-binding protein,PEBP)基因家族的氨基酸结构中有保守的磷脂酰乙醇胺结合蛋白结构域,对控制植物花器发育和开花时间具有重要作用。本试验旨在研究CsPEBP基因家族对甜橙花期诱导的调控模式,利用PEBP蛋白特征结构域PBP的隐马尔可夫模型在甜橙基因组中进行HMMER分析,鉴定出7个Cs PEBP基因,并对CsPEBPs编码蛋白的理化性质、蛋白基序、进化关系、顺式调控元件和表达谱等方面进行研究。结果表明CsPEBPs分布在甜橙5条染色体上。遗传进化树聚类成4个亚族,CsPEBP基因家族成员被分在TFL1-subclade、MFT-subclade、FT-subclade 3个亚族中。7个CsPEBP基因均含有光响应元件,表明CsPEBPs受光诱导调控。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析发现,CsPEBP基因在两个甜橙品种花芽和叶片的表达模式不同,其中CsFT1和CsFT2在两甜橙品种花芽和叶片中的相对表达量均有显著上调的趋势,而CsTFL1a、CsTFL1b和CsTFL1c在它们花芽和叶片中的相对表达量均显著下调;另外,早熟品种‘赣南早’开花时期,‘赣南早’花芽和叶片中CsFT亚族基因的表达量高于对照品种‘纽荷尔’,而CsTFL1亚族基因是相反的,说明花芽细胞内CsFTs高表达和CsTFL1s低表达导致了甜橙花期提前,Cs PEBPs对调控甜橙开花时间起重要作用。本研究获取了甜橙PEBP基因家族成员的序列和部分功能信息,为进一步分析CsPEBP基因家族在甜橙成花转变中的功能提供参考。 展开更多

关键词 甜橙 pebp基因家族 生物信息学 进化关系 表达

原文传递

薯蓣茎生珠芽发生相关的转录组和PEBP家族基因表达特性分析 被引量：1

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作者 孙玲 王月 +3 位作者 陈闽 孙小芹 杭悦宇 张艳梅 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期8-19,共12页

以薯蓣(Dioscorea polystachya Turcz.)的具茎生珠芽品种‘铁棍山药’(‘Tiegun’)和无茎生珠芽品种‘花籽山药’(‘Huazi’)为研究对象,采集‘铁棍山药’具茎生珠芽、茎基部无茎生珠芽和茎上部无茎生珠芽的叶腋部位以及‘花籽山药’的... 以薯蓣(Dioscorea polystachya Turcz.)的具茎生珠芽品种‘铁棍山药’(‘Tiegun’)和无茎生珠芽品种‘花籽山药’(‘Huazi’)为研究对象,采集‘铁棍山药’具茎生珠芽、茎基部无茎生珠芽和茎上部无茎生珠芽的叶腋部位以及‘花籽山药’的叶腋部位4组样品进行转录组测序,并以‘铁棍山药’不同发育期茎生珠芽的叶腋部位为样品进行qRT-PCR分析,以期明确与薯蓣茎生珠芽发生相关的调控基因。结果显示:从2个品种不同部位的4组样品中共获得77981个All-unigenes,长度主要集中于300~3000 bp,占总量的99.44%;All-unigenes的平均长度为1050 bp,N50值为1764 bp,GC含量为42.66%;转录组unigenes与油棕(Elaeis guineensis Jacq.)和海枣(Phoenix dactylifera Linn.)的同源性较高。对具茎生珠芽叶腋样品与3组无茎生珠芽叶腋样品的差异unigenes进行功能注释和表达量比较。结果显示:经过GO注释分析,3组转录组分别有6098、8840和9141个差异unigenes注释在细胞组分、分子功能和生物过程3大类43个亚类中,其中,注释在代谢过程亚类的差异unigenes数分别占对应注释unigenes总数的10.6%、10.5%和10.7%;3组转录组分别有11182、13552和15918个差异unigenes注释在KEGG代谢通路,且主要集中在代谢和遗传信息处理;表达量均上调的unigenes有3531个,表达量均下调的unigenes有1084个;在具茎生珠芽叶腋部位中特异性表达的unigenes有235个,而在无茎生珠芽叶腋部位中均特异性表达的unigene仅1个。从转录组中共鉴定出11个PEBP家族成员,且在系统演化树上这些PEBP家族基因主要分布在TFL 1-like和FT-like分支上,其中位于TFL 1-like分支的Unigene40804_All与拟南芥〔Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.〕中已知功能的TFL 1基因高度同源,被命名为DpTFL 1,且DpTFL 1基因仅在‘铁棍山药’具茎生珠芽的叶腋部位表达。qRT-PCR分析结果显示:随‘铁棍山药’茎生珠芽发育,DpTFL 1基因的表达量逐渐升高,在发育成熟期达到最高。综合分析结果表明:与淀粉合成相关的SUS等基因以及与激素和糖代谢相关的基因可能参与‘铁棍山药’茎生珠芽发育的调控;DpTFL 1基因在‘铁棍山药’具茎生珠芽的叶腋部位特异性表达,其可能与薯蓣茎生珠芽发生有关。 展开更多

关键词 薯蓣 茎生珠芽 转录组 pebp家族基因 TFL 1-like 相对表达量

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