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基于相位差测深声呐(PDBS)技术的莱州湾人工鱼礁探测
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作者 刘玉斌 张建兴 +2 位作者 宋永东 张毅涵 栾振东 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期76-86,共11页
相位差测深声呐(Phase Differencing Bathymetric Sonar,PDBS),也被称作干涉式声呐(Interferometric Sonar),可以同步采集水深点云数据和双频侧扫声呐图像,完全适用于大范围的近海人工鱼礁探测。本文采用基于PDBS原理的Edge Tech 6205... 相位差测深声呐(Phase Differencing Bathymetric Sonar,PDBS),也被称作干涉式声呐(Interferometric Sonar),可以同步采集水深点云数据和双频侧扫声呐图像,完全适用于大范围的近海人工鱼礁探测。本文采用基于PDBS原理的Edge Tech 6205地形地貌一体化测量设备对莱州湾某海域海洋牧场投礁区进行全覆盖探测,获取了高精度水深数据以及双频侧扫声呐图像。对水深数据进行地形特征变量计算,精细刻画了研究区的微地形地貌特征,并结合侧扫声呐图像通过多数据融合实现了对鱼礁边界的精准识别。在此基础上利用地理信息系统中的空间分析方法对人工鱼礁的水下物理参数进行计算和统计,并探讨了研究区地形地貌的成因及其演化模式,最后论证了基于PDBS的近海人工鱼礁探测技术具有高效率、低成本、高精度等诸多优势。研究结果表明,研究区水深介于4.1~7.3 m,鱼礁分布区有较大的海底起伏且在礁体周围存在明显的沉降和冲刷现象;鱼礁总占地面积约占研究区的14.04%,总空方量共计2528.22 m^(3),鱼礁高度介于1.26~3.63 m且呈正态分布。本研究为近海人工鱼礁探测提供了数据和技术支撑,具有较强的实践意义。 展开更多
关键词 pdbs 人工鱼礁 莱州湾 海洋牧场 多数据融合
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PDB-assistant:an integrated Web tool for analyzing and editing PDBs
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作者 Yukun ZHAO Changsen ZHOU +4 位作者 Jianhong GAN Zhi-Xiong XIAO Jianbo LU Xu MA Yang CAO 《Frontiers of Computer Science》 2025年第3期129-131,共3页
1 Introduction The rapidly growing protein structure data is a valuable biological resource and has been a focus of research in the academic community.The abundance of 3D structure data also presents challenges for re... 1 Introduction The rapidly growing protein structure data is a valuable biological resource and has been a focus of research in the academic community.The abundance of 3D structure data also presents challenges for researchers in terms of handling and analysis.Currently,the most popular format for bioinformatics programs as the input/output is the PDB format,a text-based format created in 1976 known for its clear and readable structure.Parsing PDB files provides crucial information about the structure,function,and interactions of biomolecules. 展开更多
关键词 parsingpdb files biological resource 3d structure data biomolecules PDB format protein structure data
原文传递
Windows静态物理内存取证中关键符号地址定位通用方法的研究
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作者 龚德中 《警察技术》 2025年第4期68-72,共5页
静态内存取证是从已保存或已捕获的内存转储中分析和获取信息,其难点在于内核关键符号的定位较为困难,而这些关键符号的定位工作是静态内存取证的基础。为此,研究出一种基于Windows操作系统的内核关键符号定位方法,通过对内核PDB符号文... 静态内存取证是从已保存或已捕获的内存转储中分析和获取信息,其难点在于内核关键符号的定位较为困难,而这些关键符号的定位工作是静态内存取证的基础。为此,研究出一种基于Windows操作系统的内核关键符号定位方法,通过对内核PDB符号文件的提取,获取到关键符号的RVA以及相关的结构体信息,采用System进程对RVA修正以及物理地址转换,实现对物理内存数据的分析。实验结果表明,该方法在x86和x64架构上均适用,并且从Windows XP至Windows 11都能准确地获取内存关键变量的地址,为数字取证提供了一种通用、准确的手段。 展开更多
关键词 静态内存取证 PDB符号定位 符号地址修正 线性地址转换
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分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式
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作者 王恒越 张志勇 《中国科学技术大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1-6,I0007,共7页
分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直... 分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直到2014年,PDB文件格式一直是蛋白质结构的标准格式。然而,PDB格式存在一些内在缺陷,例如以固定宽度存储结构信息,这对于超大型蛋白质复合物来说存在问题。因此,CIF文件格式被提出来替代PDB格式,前者的特点是具有出色的扩展性。据我们所知,目前主流的MD软件包只支持PDB格式,而不直接支持CIF格式。在本研究中,我们修改了一个MD软件包GROMACS的源代码,使其能够支持输入CIF格式的蛋白质结构文件,并生成拓扑文件。这项工作将简化大型蛋白质复合物MD模拟中的预处理过程。 展开更多
关键词 蛋白质数据库 PDB格式 CIF格式 分子动力学模拟 GROMACS
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激光SLAM自主导航的线段特征提取混合算法研究 被引量:5
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作者 桑迪 周军 +1 位作者 皇攀凌 李蕾 《机械设计与制造》 北大核心 2021年第5期264-268,共5页
移动机器人在未知环境中自主导航时定位需要精确的地图,同时为了构建精确的地图必须确定机器人的位姿,同时定位与地图构建(SLAM)问题便产生。基于激光雷达SLAM自主导航算法是研究的方向之一,激光雷达具有测距精度高、测距远等优点,但是... 移动机器人在未知环境中自主导航时定位需要精确的地图,同时为了构建精确的地图必须确定机器人的位姿,同时定位与地图构建(SLAM)问题便产生。基于激光雷达SLAM自主导航算法是研究的方向之一,激光雷达具有测距精度高、测距远等优点,但是由于激光雷达的数据量少、传感器本身噪声的影响,容易导致机器人构建地图精度低、定位误差大等问题。针对激光雷达的数据测得的距离信息进行线段特征提取算法,通过将常用PDBS、IEPF算法优缺点进行综合,提出了一种混合特征提取算法。最后通过对SICK的LMS111-10100激光雷达获取环境中的一组数据进行处理,分别对PDBS、IEPF算法及混合算法提取效果与实际环境对比,验证了特征提取混合算法的有效性。 展开更多
关键词 移动机器人 SLAM 激光雷达 pdbs、IPEF算法 线段特征提取
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福建省近岸港湾沉积物质量状况 被引量:18
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作者 王宪 李文权 张钒 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期127-131,共5页
关键词 沉积物 污染 福建 海岸线 海洋环境 DDC PDB
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基于Java3D的蛋白质分子可视化工具的性能优化 被引量:3
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作者 陈传波 张少伟 谢欣荣 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2004年第18期131-133,168,共4页
该文通过一个基于Java3D技术的蛋白质分子可视化工具——HJMV,深入分析了用Java3D开发这类程序可能存在的性能问题,然后给出相应的解决方案,最后通过实验数据证明了HJMV满足了对性能的要求。
关键词 JAVA3D HJMV PDB 场景图 垃圾收集器
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iFIX组态软件在太浦闸工程中的应用 被引量:3
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作者 吕国芳 鲁治国 +2 位作者 秦川 徐金龙 皱爱平 《测控技术》 CSCD 2004年第12期55-57,共3页
简要介绍了iFIX软件在太浦闸水利工程中的应用,并给出了整个LAN网的结构模式,叙述了怎样进行冗余配置以及用于发布信息iwebserver软件。通过使用该软件作为工程的解决方案,取得了预定实际效果,软件现己在实际的工程中成功运作。
关键词 IFIX SCADA冗余 HOSTS文件 PDB数据库 网络模式
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内生真菌Penicillium polonicum次生代谢产物研究 被引量:2
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作者 刘静 丁广治 +1 位作者 方磊 庾石山 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第20期3974-3977,共4页
选用PDB培养基发酵菌株,对内生真菌Penicillium polonicum次生代谢产物进行化学成分研究。结合运用凝胶Sephadex LH-20柱色谱、反相柱色谱和制备HPLC等多种色谱技术的方法从菌液的乙酸乙酯萃取物中分离鉴定了6个化合物,采用波谱学方法... 选用PDB培养基发酵菌株,对内生真菌Penicillium polonicum次生代谢产物进行化学成分研究。结合运用凝胶Sephadex LH-20柱色谱、反相柱色谱和制备HPLC等多种色谱技术的方法从菌液的乙酸乙酯萃取物中分离鉴定了6个化合物,采用波谱学方法鉴定其结构分别为[3,5-二羟基-2-(7-羟基-辛酰)]-苯乙酸乙酯(1),(3,5-二羟基-2-辛酰)-苯乙酸乙酯(2),(5,7-二羟基-9-庚基)-异苯二氢吡喃-3-酮(3),3-(羟甲基)-4-(1E)-1-丙烯-1-基-(1R,2S,5R,6S)-7-氧双环[4.1.0]庚-3-烯-2,5-二醇(4),(E)-2-甲氧基-3-(1-丙烯基)苯酚(5),对羟基苯乙醇(6)。 展开更多
关键词 PDB培养基 内生真菌Penicillium polonicum 次生代谢产物
原文传递
生物学信息数据库简介 被引量:6
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作者 廖志华 谌容 +1 位作者 陈敏 杨春贤 《生物学教学》 北大核心 2006年第1期61-62,共2页
生物学信息数据库是生物信息学教学和学习最重要的资料和数据来源。本文介绍以GenBank为代表的核酸数据库、以SWISS-PROT为代表的蛋白质数据库和以PBD为代表的蛋白质结构数据库。
关键词 生物学信息数据库 GENBANK SWISS-PROT PDB 数据来源 蛋白质
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蛋白质结构样板库的构建及其总体特征 被引量:4
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作者 李炜疆 张颖 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 2000年第5期471-478,共8页
按照分辨率较高、同一性较低的标准 ,从 PDB库中选取高质量的蛋白质空间结构数据 ,构建了精度高于 0 .2 5nm、序列同一性低于 2 5%的样板数据库 SL CTBASE,其中有效残基数近 1 9万 .建库过程中 ,对 PDB原始数据文件进行了详细检验 ,发... 按照分辨率较高、同一性较低的标准 ,从 PDB库中选取高质量的蛋白质空间结构数据 ,构建了精度高于 0 .2 5nm、序列同一性低于 2 5%的样板数据库 SL CTBASE,其中有效残基数近 1 9万 .建库过程中 ,对 PDB原始数据文件进行了详细检验 ,发现其中包含有错误及可疑数据 .本文还统计了 SLCTBASE中主链键长、CA-CA距离。 展开更多
关键词 蛋白质空间结构 PDB 样板库 构建 总体特征
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基于Autodesk Map地图符号库的设计与开发 被引量:2
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作者 武振枝 谢永智 覃辉 《桂林工学院学报》 CAS 北大核心 2006年第4期525-528,共4页
在地图数字化过程中,经常需要使用一些专门的点、线、面符号来表示特定的地物,而在AutodeskMap的标准符号库中没有这类地图符号.为避免重复繁琐地绘制这些符号实体,在AutodeskMap环境下,依据地图符号的一般特点和编码原则,根据点、线和... 在地图数字化过程中,经常需要使用一些专门的点、线、面符号来表示特定的地物,而在AutodeskMap的标准符号库中没有这类地图符号.为避免重复繁琐地绘制这些符号实体,在AutodeskMap环境下,依据地图符号的一般特点和编码原则,根据点、线和面符号复杂程度和结构形状的不同,采用定制法、PDB开发方法和ObjectARX二次开发方法,设计并创建了特定地物的地图符号库. 展开更多
关键词 AUTODESK Map 地图符号库 OBJECT ARX PDB 定制
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汽车偏置前撞试验用渐变强度可变形壁障的有限元模型 被引量:3
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作者 王永宁 李大永 Pierre Culiere 《汽车工程》 EI CSCD 北大核心 2007年第10期847-850,共4页
建立了渐变强度可变形壁障(PDB)的有限元模型。PDB的两个铝蜂窝芯采用壳单元并用"等同化"方法使之与实际的蜂窝结构一致,铝蜂窝窝孔中的空气采用阻尼杆单元表示。对PDB偏置板和横梁的碰撞实验过程进行了仿真,结果表明测力墙... 建立了渐变强度可变形壁障(PDB)的有限元模型。PDB的两个铝蜂窝芯采用壳单元并用"等同化"方法使之与实际的蜂窝结构一致,铝蜂窝窝孔中的空气采用阻尼杆单元表示。对PDB偏置板和横梁的碰撞实验过程进行了仿真,结果表明测力墙受力和壁障碰撞后变形与实验结果高度吻合,验证了模型的正确性。 展开更多
关键词 正面偏置碰撞 PDB 汽车碰撞安全
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蛋白质数据库(PDB)在基础生物化学课程教学中的应用 被引量:8
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作者 张斌 黄伟伟 《高教学刊》 2018年第1期71-72,75,共3页
蛋白质的结构与功能是基础生物化学课程教学中的重点和难点,对生物化学课程知识体系的构建起至关重要的作用。蛋白质分子结构抽象,功能复杂,文章将蛋白质结构数据库中丰富的立体结构资源引入课程教学,对于提升学生的学习兴趣和教学效果... 蛋白质的结构与功能是基础生物化学课程教学中的重点和难点,对生物化学课程知识体系的构建起至关重要的作用。蛋白质分子结构抽象,功能复杂,文章将蛋白质结构数据库中丰富的立体结构资源引入课程教学,对于提升学生的学习兴趣和教学效果起积极作用。 展开更多
关键词 生物化学 蛋白质 PDB
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应用ObjectARX工具进行二次开发的AutoCAD对话框设计 被引量:2
15
作者 李丽 卢毅勤 《微型电脑应用》 2008年第10期62-64,6,共3页
ObjectARX2000为AutoCAD最重要的开发工具。该文介绍了在Visual C++6.0集成开发环境中,应用ObjectARX工具,进行二次开发设计AutoCAD2000的两种格式的对话框,一种是AutoCAD系统本身提供的可编程对话框技术PDB格式,另一种是使用Windows机... ObjectARX2000为AutoCAD最重要的开发工具。该文介绍了在Visual C++6.0集成开发环境中,应用ObjectARX工具,进行二次开发设计AutoCAD2000的两种格式的对话框,一种是AutoCAD系统本身提供的可编程对话框技术PDB格式,另一种是使用Windows机制的对话框设计技术。探讨了其设计方法步骤及程序实现的过程。 展开更多
关键词 OBJECTARX AUTOCAD 对话框 PDB格式 MFC
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人p17.3基因及其推导蛋白的结构和功能分析 被引量:4
16
作者 崔映宇 龚若沐 余龙 《生物信息学》 2005年第2期62-65,共4页
用生物信息学技术研究人类神经元蛋白p17.3的基因结构、染色体定位、组织表达特征及其推导蛋白的理化特性、空间结构和功能等。以高通量基因组序列(HTGS)数据库及SAGE文库为基础对p17.3基因进行染色体定位及组织表达谱分析。通过DAS和TM... 用生物信息学技术研究人类神经元蛋白p17.3的基因结构、染色体定位、组织表达特征及其推导蛋白的理化特性、空间结构和功能等。以高通量基因组序列(HTGS)数据库及SAGE文库为基础对p17.3基因进行染色体定位及组织表达谱分析。通过DAS和TMpred等程序预测其蛋白质结构及功能。利用PDB程序模拟其三维空间结构。研究表明p17.3基因定位于人类染色体Xp11.2-3,在多种组织中广谱表达,但在前列腺表达量最高。其编码蛋白含有一个PEST区域、一个线粒体靶向序列和一个潜在“跨膜螺旋”结构。p17.3基因可能是一个参与神经元发育调控的基因。 展开更多
关键词 功能分析 推导 染色体定位 三维空间结构 生物信息学 表达谱分析 基因组序列 蛋白质结构 人类染色体 基因结构 理化特性 表达特征 SAGE 程序模拟 基因定位 PEST 编码蛋白 发育调控 神经元 组织 数据库 高通量 DAS PDB 表达量
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PDB数据库在药物化学课程中的应用 被引量:1
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作者 张磊 王强 《化学教育》 CAS 北大核心 2014年第18期45-47,共3页
通过2个例子说明了PDB数据库在药物化学教学中的应用.这些应用极大地丰富了课堂教学内容,提高了教学质量.
关键词 PDB数据库 药物化学
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生物大分子空间结构数据库(PDB)简介 被引量:1
18
作者 王三山 《生命的化学》 CAS CSCD 1991年第2期13-15,共3页
随着分子生物学的迅速发展,生物大分子结构与功能关系的研究成为当代生物化学的热点之一。越来越多的研究者对于核酸、蛋白质及其它生物大分子的空间结构的兴趣与日俱增。仅仅对于生物大分子立体结构的笼统描述已经不能满足研究人员的需... 随着分子生物学的迅速发展,生物大分子结构与功能关系的研究成为当代生物化学的热点之一。越来越多的研究者对于核酸、蛋白质及其它生物大分子的空间结构的兴趣与日俱增。仅仅对于生物大分子立体结构的笼统描述已经不能满足研究人员的需要,为了深入了解诸如酶与底物相互作用等问题的确切图象。 展开更多
关键词 生物大分子 空间结构 数据库 PDB
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一种蛋白质三维结构中残基重心的计算方法
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作者 陆文伟 韦廷宗 +2 位作者 李涛 杜丽琴 黄日波 《广西科学》 CAS 2013年第2期132-136,共5页
基于蛋白质三维结构数据PDB,给出一种蛋白质残基重心的计算方法,同时阐述该方法的python语言的实现过程.该方法不需要知道残基侧链原子的坐标,只需知道主链上原子的坐标即可计算蛋白质残基间的距离.
关键词 PDB 球坐标 直角坐标 残基重心 PYTHON语言
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ObjectARX开发环境下的AutoCAD对话框设计 被引量:1
20
作者 李丽 《上海电力学院学报》 CAS 2007年第4期377-380,共4页
介绍了以ObjectARX为开发工具进行二次开发,以及在Visual C++6.0集成开发环境中AutoCAD2000的两种格式的对话框设计,即:AutoCAD系统本身提供的可编程对话框技术PDB格式;使用Windows机制的对话框设计技术.探讨了其设计方法步骤及程序实... 介绍了以ObjectARX为开发工具进行二次开发,以及在Visual C++6.0集成开发环境中AutoCAD2000的两种格式的对话框设计,即:AutoCAD系统本身提供的可编程对话框技术PDB格式;使用Windows机制的对话框设计技术.探讨了其设计方法步骤及程序实现的过程. 展开更多
关键词 OBJECTARX AUTOCAD 对话框 PDB格式 MFC
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