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PDB-assistant:an integrated Web tool for analyzing and editing PDBs
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作者 Yukun ZHAO Changsen ZHOU +4 位作者 Jianhong GAN Zhi-Xiong XIAO Jianbo LU Xu MA Yang CAO 《Frontiers of Computer Science》 2025年第3期129-131,共3页
1 Introduction The rapidly growing protein structure data is a valuable biological resource and has been a focus of research in the academic community.The abundance of 3D structure data also presents challenges for re... 1 Introduction The rapidly growing protein structure data is a valuable biological resource and has been a focus of research in the academic community.The abundance of 3D structure data also presents challenges for researchers in terms of handling and analysis.Currently,the most popular format for bioinformatics programs as the input/output is the PDB format,a text-based format created in 1976 known for its clear and readable structure.Parsing PDB files provides crucial information about the structure,function,and interactions of biomolecules. 展开更多
关键词 parsingpdb files biological resource 3d structure data biomolecules pdb format protein structure data
原文传递
分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式
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作者 王恒越 张志勇 《中国科学技术大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1-6,I0007,共7页
分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直... 分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直到2014年,PDB文件格式一直是蛋白质结构的标准格式。然而,PDB格式存在一些内在缺陷,例如以固定宽度存储结构信息,这对于超大型蛋白质复合物来说存在问题。因此,CIF文件格式被提出来替代PDB格式,前者的特点是具有出色的扩展性。据我们所知,目前主流的MD软件包只支持PDB格式,而不直接支持CIF格式。在本研究中,我们修改了一个MD软件包GROMACS的源代码,使其能够支持输入CIF格式的蛋白质结构文件,并生成拓扑文件。这项工作将简化大型蛋白质复合物MD模拟中的预处理过程。 展开更多
关键词 蛋白质数据库 pdb格式 CIF格式 分子动力学模拟 GROMACS
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