目的:探索不同中医证候下的结直肠癌患者的肠道菌群特征。方法:收集首发结直肠癌患者粪便,根据中医证候量表分为脾虚湿阻证、气滞湿阻证、气滞血瘀证、气血亏虚、脾虚气滞人群,利用Illumina Mi Seq技术对各组粪便样本DNA测序。予Alpha...目的:探索不同中医证候下的结直肠癌患者的肠道菌群特征。方法:收集首发结直肠癌患者粪便,根据中医证候量表分为脾虚湿阻证、气滞湿阻证、气滞血瘀证、气血亏虚、脾虚气滞人群,利用Illumina Mi Seq技术对各组粪便样本DNA测序。予Alpha多样性指数、PCoA分析、heatmap聚类图、LDA评分挖掘属水平的差异肠道菌群种类。结果:与其他证候相比,脾虚气滞证的Alpha多样性明显降低。各证型的微生物在PCoA分析、heatmap聚类图及LDA评分上显示在属水平上存在差异。UPGMA分析示脾虚湿阻与气血亏虚证候患者的肠道菌群存在关联,脾虚气滞与气滞湿阻患者的肠道菌群存在关联。而气滞血瘀、脾虚湿阻及气血亏虚菌群的LDA评分下多样性较为突出,且有相应证候关联菌群相富集。结论:结直肠癌不同中医证候的肠道菌群存在明显的差异,丰富了中医证候学说的物质基础。展开更多
利用双向指示种(TWINSPAN)分类技术将黄河三角洲湿地草本植被划分为7个群落类型,然后应用双变量主坐标分析(double principal coordinate analysis,DPCoA)法对其进行排序,结果表明:在物种组成上,芦苇+盐地碱蓬群落为芦苇群落和盐地碱蓬...利用双向指示种(TWINSPAN)分类技术将黄河三角洲湿地草本植被划分为7个群落类型,然后应用双变量主坐标分析(double principal coordinate analysis,DPCoA)法对其进行排序,结果表明:在物种组成上,芦苇+盐地碱蓬群落为芦苇群落和盐地碱蓬+芦苇群落、盐地碱蓬群落、盐地碱蓬+补血草+碱蓬群落、补血草群落的过渡类型,而芦苇+穗状狐尾藻群落与其他群落类型差异较大;黄河三角洲湿地草本植被的分布主要与土壤因子中的土壤盐分、土壤pH等紧密相关,而与土壤全磷、全氮、有机质等养分无显著相关关系。将DPCoA和其他一些常用的植被排序方法进行了比较,相对于主分量分析(PCA)和除趋势对应分析(DCA)而言,DPCoA信息保留量更高,能够将物种组成和类别上较为接近的植物群落聚集在一起,而将差异较大的植物群落在排序图中分散开来,在揭示群落间相互关系以及植被与环境之间关系上可能更为有效。展开更多
度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文...度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文主要介绍了从稀疏曲线演化而来的可以计算不同样本量的β多样性指数——预期共享物种数(expected species shared,ESS)及其标准化后的指数,其中详细介绍了弦标准化的预期共享物种数(chord-normalized expected species shared,CNESS)。利用真实采集的数据集,本文演示了在不同样本参数m下,CNESS经过主坐标分析(principalcoordinatesanalysis,PCo A)的二维排序结果,并比较了样本量变化后,CNESS与基于多度的Chao-Jaccard相异性指数之间的差异。模拟结果表明,CNESS指数与Chao-Jaccard指数的PCoA结果具有相关性,该相关性不随m值的变化而变化。CNESS指数较Chao-Jaccard指数具有更多优势,通过调节样本参数m,CNESS的结果可以分析优势种或者稀有种的物种组成差异,同时CNESS指数对样本量不敏感。ESS系列相异指数是基于物种多度的计算,适用于样本量不一致时的β多样性研究,建议在开展昆虫等无脊椎动物的生态学研究中使用此指数。为了更加准确地获得样方之间的物种组成差异,在数据分析的过程中应选取不同大小的m值计算CNESS。然而,由于样本量小于特定m值的样方会在计算中被剔除,因此,在实际的取样工作中,每个样方都应该尽量采集到足够多的个体,才能保证在m值足够大的时候也不丢失样方信息。展开更多
文摘目的:探索不同中医证候下的结直肠癌患者的肠道菌群特征。方法:收集首发结直肠癌患者粪便,根据中医证候量表分为脾虚湿阻证、气滞湿阻证、气滞血瘀证、气血亏虚、脾虚气滞人群,利用Illumina Mi Seq技术对各组粪便样本DNA测序。予Alpha多样性指数、PCoA分析、heatmap聚类图、LDA评分挖掘属水平的差异肠道菌群种类。结果:与其他证候相比,脾虚气滞证的Alpha多样性明显降低。各证型的微生物在PCoA分析、heatmap聚类图及LDA评分上显示在属水平上存在差异。UPGMA分析示脾虚湿阻与气血亏虚证候患者的肠道菌群存在关联,脾虚气滞与气滞湿阻患者的肠道菌群存在关联。而气滞血瘀、脾虚湿阻及气血亏虚菌群的LDA评分下多样性较为突出,且有相应证候关联菌群相富集。结论:结直肠癌不同中医证候的肠道菌群存在明显的差异,丰富了中医证候学说的物质基础。
文摘利用双向指示种(TWINSPAN)分类技术将黄河三角洲湿地草本植被划分为7个群落类型,然后应用双变量主坐标分析(double principal coordinate analysis,DPCoA)法对其进行排序,结果表明:在物种组成上,芦苇+盐地碱蓬群落为芦苇群落和盐地碱蓬+芦苇群落、盐地碱蓬群落、盐地碱蓬+补血草+碱蓬群落、补血草群落的过渡类型,而芦苇+穗状狐尾藻群落与其他群落类型差异较大;黄河三角洲湿地草本植被的分布主要与土壤因子中的土壤盐分、土壤pH等紧密相关,而与土壤全磷、全氮、有机质等养分无显著相关关系。将DPCoA和其他一些常用的植被排序方法进行了比较,相对于主分量分析(PCA)和除趋势对应分析(DCA)而言,DPCoA信息保留量更高,能够将物种组成和类别上较为接近的植物群落聚集在一起,而将差异较大的植物群落在排序图中分散开来,在揭示群落间相互关系以及植被与环境之间关系上可能更为有效。
文摘石竹科繁缕属(Stellaria L.)和孩儿参属(Pseudostellaria Pax)的关系一直备受关注。为了弄清它们之间的关系及属下分类等问题,选择繁缕属22种和孩儿参属8种,共30种植物51个形态特征,利用NTSYS-pc 2.10e软件中的UPGMA聚类分析方法和主坐标分析方法,对这2个属进行数值分类学研究。结果表明,繁缕属与孩儿参属是2个自然类群,除繁缕属的繁缕(S.media(L.)Cyr.)和鸡肠繁缕(S.neglecta Weihe ex Bluff et Fingerh)在聚类中不能分开外,其它物种都能很好地分开。两属有较近的关系,其中巫山繁缕(S.wushanensis Williams)是过渡种。此外,数量分类结果建议将细叶孩儿参(P.sylvatica(Maxim.)Pax)作为一个独立组处理。对性状的主坐标排序分析显示,根的形状、叶缘质地、花的形态(是否具花瓣、花瓣长度、花瓣裂数、深裂还是浅裂)和种子表面纹饰(是否具齿轮状、疣状突起)等在繁缕属与孩儿参属的分类中具有重要作用。
文摘度量样方间物种组成的差异,即β多样性,是生态学研究中的常用手段。在开展生态学研究的过程中,不同样方获取的样本量通常不同。使用物种稀疏曲线可以计算不同样本量的α多样性,但常用的β多样性指数的计算却没有考虑样本量的差异。本文主要介绍了从稀疏曲线演化而来的可以计算不同样本量的β多样性指数——预期共享物种数(expected species shared,ESS)及其标准化后的指数,其中详细介绍了弦标准化的预期共享物种数(chord-normalized expected species shared,CNESS)。利用真实采集的数据集,本文演示了在不同样本参数m下,CNESS经过主坐标分析(principalcoordinatesanalysis,PCo A)的二维排序结果,并比较了样本量变化后,CNESS与基于多度的Chao-Jaccard相异性指数之间的差异。模拟结果表明,CNESS指数与Chao-Jaccard指数的PCoA结果具有相关性,该相关性不随m值的变化而变化。CNESS指数较Chao-Jaccard指数具有更多优势,通过调节样本参数m,CNESS的结果可以分析优势种或者稀有种的物种组成差异,同时CNESS指数对样本量不敏感。ESS系列相异指数是基于物种多度的计算,适用于样本量不一致时的β多样性研究,建议在开展昆虫等无脊椎动物的生态学研究中使用此指数。为了更加准确地获得样方之间的物种组成差异,在数据分析的过程中应选取不同大小的m值计算CNESS。然而,由于样本量小于特定m值的样方会在计算中被剔除,因此,在实际的取样工作中,每个样方都应该尽量采集到足够多的个体,才能保证在m值足够大的时候也不丢失样方信息。
