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ERIC-PCR及其指纹图谱技术的研究 被引量:7
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作者 杨柳 张邑帆 +4 位作者 郑华 李大军 杨金龙 杨睿 付利芝 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2010年第9期845-847,共3页
肠杆菌基因间重复共有序列(Enterobacterial repetitive intergenic consensus,ERIC)是主要存在于肠道细菌中的一类基因间重复序列,长度为127 bp,该序列在肠道细菌染色体上的分布和拷贝数有种间的特异性。根据ERIC序列建立的ERIC-PCR实... 肠杆菌基因间重复共有序列(Enterobacterial repetitive intergenic consensus,ERIC)是主要存在于肠道细菌中的一类基因间重复序列,长度为127 bp,该序列在肠道细菌染色体上的分布和拷贝数有种间的特异性。根据ERIC序列建立的ERIC-PCR实际上是一种半随机性质的PCR,广泛应用于细菌分型、流行病学调查和分子微生态学研究。本文简介了ERIC-PCR反应的特点及其应用的原理,详细阐述目前广泛应用的ERIC-PCR琼脂糖凝胶电泳(PCR-PCR-AGE)技术的不足,指出该方法所获电泳图谱中相同位置的DNA条带可能包括不同的DNA序列,指纹图谱分析时可能夸大模板DNA的相似性。强调ERIC-PCR变性梯度凝胶电泳(PCR-PCR-DGGE)技术是其应用的一个新方向,所得的指纹图谱能够更加敏感、准确、有效地展示底物序列的差异,其中的DNA条带不需测序就可直接用于科研和生产实践中。 展开更多
关键词 ERIC PCR-PCR-AGE pcr-pcr-dgge 指纹图谱
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利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性 被引量:31
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作者 潘康成 陈正礼 +3 位作者 崔恒敏 冯兴 盛琴 赵爽 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期985-991,共7页
本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性。选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kgBW喂服枯草芽孢杆菌悬液(109CFU/mL),每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGG... 本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性。选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kgBW喂服枯草芽孢杆菌悬液(109CFU/mL),每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGGE条带进行回收、测序。结果表明,肉鸡口服枯草芽孢杆菌后各肠段的条带数显著多于对照组(P<0.05或P<0.01),2种方法检测结果相似,2组之间肠道总菌群相似性为53.2%;电泳指纹图谱和统计条带数量分析,PCR-DGGE明显优于ERIC-PCR;回收条带以乳杆菌属细菌为主。结果提示,34日龄肉鸡肠道菌群具有一定的稳定性,以乳杆菌为主要菌群,饲喂芽孢杆菌后能提高肉鸡肠道菌群的丰度和种群密度;PCR-DGGE检测方法明显优于ERIC-PCR。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 肉鸡 肠道菌群 多样性 ERIC-PCR PCR-DGGE
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微生物生态学研究方法进展 被引量:87
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作者 张洪勋 王晓谊 齐鸿雁 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期988-995,共8页
微生物培养及显微技术作为鉴定微生物种群的手段有很大的局限性 ,因为环境中大多数微生物处于“存活但不能培养”的状态。因此 ,不依赖于微生物培养的生物化学以及分子生物学方法正被广泛地用于微生物生态学研究。主要介绍了荧光技术 ,... 微生物培养及显微技术作为鉴定微生物种群的手段有很大的局限性 ,因为环境中大多数微生物处于“存活但不能培养”的状态。因此 ,不依赖于微生物培养的生物化学以及分子生物学方法正被广泛地用于微生物生态学研究。主要介绍了荧光技术 ,基于 PCR的分析技术和 展开更多
关键词 微生物生态学 研究方法 显微技术 微生物培养 生物化学 分子生物学方法 PCR PLFA
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不同年龄段川金丝猴肠道菌群结构差异分析 被引量:23
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作者 简平 王强 +5 位作者 王剑 牛李丽 祝辉 曾燕 倪学勤 曾东 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期1302-1309,共8页
本试验旨在分析幼年、成年、老年川金丝猴肠道菌群结构以及随年龄变化的趋势。将提取的幼年、成年、老年川金丝猴粪样总DNA进行聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCRDGGE),对结果进行UPGMA聚类分析、主成分分析、生物多样性比较。用荧光定... 本试验旨在分析幼年、成年、老年川金丝猴肠道菌群结构以及随年龄变化的趋势。将提取的幼年、成年、老年川金丝猴粪样总DNA进行聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCRDGGE),对结果进行UPGMA聚类分析、主成分分析、生物多样性比较。用荧光定量PCR技术检测肠道菌群中真细菌、乳酸杆菌属(Lactobacillus spp.)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、双歧杆菌属(Bifidobacterium spp.)的数量。结果显示:无论是UPGMA聚类分析,还是主成分分析以及生物多样性比较均表明,不同年龄段川金丝猴肠道菌群多样性存在明显差异;指纹图谱中成年与幼年川金丝猴的优势条带较多,老年川金丝猴的优势条带则较少。各年龄段川金丝猴肠道菌群中真细菌的数量都为同一数量级(1011);幼年川金丝猴肠道菌群中Enterobacteriaceae的数量显著少于成年和老年川金丝猴(P<0.05);成年川金丝猴肠道菌群中Lactobacillus spp.的数量极显著多于幼年和老年川金丝猴(P<0.01);老年川金丝猴肠道菌群中Bifidobacterium spp.的数量极显著少于成年和幼年(P<0.01)。由此得出,川金丝猴肠道菌群随年龄增长,多样性呈幼年到成年增加、成年到老年降低的趋势,老年时期优势菌群显著减少;此外,川金丝猴肠道各菌群的数量在不同年龄段有较大差异。 展开更多
关键词 川金丝猴 年龄 肠道菌群 荧光定量PCR PCR-DGGE
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活性污泥微生物菌群研究方法进展 被引量:33
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作者 朱海霞 陈林海 +7 位作者 张大伟 赵现方 杨天佑 陈洪卫 闫亚娟 汪杏莉 秦广雍 李宗义 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期314-322,共9页
活性污泥是活性污泥法处理污水系统的功能主体。人类对活性污泥微生物菌群的认识随着其研究方法的发展而逐步深入。传统培养方法只能检测到活性污泥中1%~15%的微生物。随着一系列基于免培养的分子生物学技术的出现,活性污泥中菌群... 活性污泥是活性污泥法处理污水系统的功能主体。人类对活性污泥微生物菌群的认识随着其研究方法的发展而逐步深入。传统培养方法只能检测到活性污泥中1%~15%的微生物。随着一系列基于免培养的分子生物学技术的出现,活性污泥中菌群的复杂性和多样性以惊人的速度被人们认识,大量依靠传统检测方法未能发现却在活性污泥中起关键作用的微生物逐渐被发现。许多模拟活性污泥菌群生存环境条件的现代培养技术开始发展,且已成功培养了一部分传统培养方法不能培养的细菌类群,这为研究基于免培养方法发现的大量新的微生物菌群的生理特性和作用机制提供了可能,也无疑将把人们对活性污泥菌群的认识推向一个新的层次.主要介绍活性污泥微生物菌群研究的一系列方法,从传统培养方法到基于免培养的现代分子生物学技术,再到现代培养技术,着重论述了现代分子生物学技术及其在活性污泥微生物菌群研究中的进展。 展开更多
关键词 活性污泥 菌群 16S RRNA PCR-DGGE PCR-SSCP FISH FCM
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白族成年人肠道菌群多样性研究 被引量:8
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作者 黄卫强 张家超 +2 位作者 郑艺 乔健敏 张和平 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期504-515,共12页
【目的】通过研究云南白族成年人肠道菌群群落结构,探索肠道菌群结构与云南白族人健康长寿的相互关系。【方法】以43份采自云南省昆明市(Urban)和大理白族自治州洱源县农村(Rural)成年白族志愿者的粪便样品为研究对象,通过种属特异性聚... 【目的】通过研究云南白族成年人肠道菌群群落结构,探索肠道菌群结构与云南白族人健康长寿的相互关系。【方法】以43份采自云南省昆明市(Urban)和大理白族自治州洱源县农村(Rural)成年白族志愿者的粪便样品为研究对象,通过种属特异性聚合酶链式反应(定性PCR)和基于聚合酶链式反应的变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)对其中的优势菌群进行了分析,并测定样品中短链脂肪酸(SCFAs)含量。【结果】短链脂肪酸(SCFAs)含量测定结果显示,Rural和Urban志愿者的短链脂肪酸含量差异不显著;定性PCR结果显示Rural志愿者肠道内的乳杆菌属和双歧杆菌属的多样性明显区别于Urban志愿者;依据泳道轨迹光密度的不同对16S r RNA基因V3区PCR-DGGE图谱进行基于非加权平均距离聚类分析(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA),显示两组样品按照组别明显地聚为两簇,多样性指数分析也呈现Rural志愿者肠道菌群多样性大于Urban的趋势;进一步对Rural谱带回收克隆测序,并构建系统发育树图,结果显示样品中双歧杆菌属、肠杆菌属和肠球菌属具有较高的多样性,是Rural健康成年志愿者肠道中的优势菌群。【结论】综合上述分析,昆明城市志愿者和大理白族自治州洱源县农村志愿者肠道菌群群落结构呈现区分趋势,多样性差异不显著。该研究为后续探索宿主肠道菌群与健康长寿的相互关系提供了数据基础。 展开更多
关键词 白族 肠道菌群 短链脂肪酸 种属特异性聚合酶链式反应 基于聚合酶链式反应的变性梯度凝胶电泳
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应用RFLP和DGGE技术分析工厂化养殖凡纳滨对虾肠道微生物群落特征 被引量:14
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作者 李玉宏 柴鹏程 +3 位作者 胡修贵 孙艳 黄倢 宋晓玲 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2014年第2期83-89,共7页
本研究应用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和PCR-DGGE(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术,对工厂化养殖的凡纳滨对虾肠道菌群进行多样性分析。R... 本研究应用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和PCR-DGGE(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术,对工厂化养殖的凡纳滨对虾肠道菌群进行多样性分析。RFLP结果显示,8月样品中不同的克隆子为5个,其中以不可培养细菌(Unculturable bacteria)为主要优势菌,其次为鲁杰氏菌属菌种Ruegeria spp.和Rhodobacterales spp.。依据微生物多样性的覆盖率分析结果表明,所构建16S rDNA克隆文库的覆盖率为97.5%。10月样品中克隆子为8个,其中以不可培养细菌、芽孢杆菌属Bacillus spp.和弧菌属Vibrio spp.为主要优势菌属,其次为Photobacterium spp.和Neptunomonas spp.;所构建16S rDNA克隆文库的覆盖率为90.8%。应用DGGE分析8月和10月对虾肠道样品,菌群以不可培养细菌和弧菌属为主,其次为Streptomyces spp.、Ruegeria spp.、Enterococcus spp.和Photobacterium damselae。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 肠道 微生物 工厂化养殖 PCR-RFLP PCR-DGGE
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采用FISH、DGGE和Cloning对短程脱氮系统中硝化菌群的比较分析 被引量:23
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作者 曾薇 杨庆 +4 位作者 张树军 马勇 刘秀红 彭永臻 李军 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期734-739,共6页
针对4种不同的实际污水短程生物脱氮系统(SBR大型中试反应器、UASB-A/O小型反应器、A/O中试反应器和SBR小型反应器),采用Fish、PCR-DGGE和PCR-Cloning-Sequencing分子生物学方法对系统中硝化菌群AOB和NOB进行定性与定量化分析.Fish结... 针对4种不同的实际污水短程生物脱氮系统(SBR大型中试反应器、UASB-A/O小型反应器、A/O中试反应器和SBR小型反应器),采用Fish、PCR-DGGE和PCR-Cloning-Sequencing分子生物学方法对系统中硝化菌群AOB和NOB进行定性与定量化分析.Fish结果表明,在4种短程脱氮系统中,AOB相比于NOB已成为明显的优势菌群,占总菌群的3%~12%;在SBR中试和小试反应器中没有检测出NOB;A/O中试反应器中存在极少量的Nitrospira(<0.2%),而UASB-A/O小型反应器中存在极少量的Nitrobacteria(<0.2%).PCR-DGGE结果表明SBR中试、A/O和UASB-A/O 3种短程脱氮系统中的AOB均以Nitrosomonas-like为主.SBR大型中试反应器中污泥样品的PCR-Cloning-Sequencing结果表明,所有的克隆相似于Nitrosomonas,其中60%以上的克隆相似于Nitrosomonas europaea. 展开更多
关键词 短程脱氮 AOB FISH PCR-DGGE PCR-Cloning-Sequencmg
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引物选择对污泥微生物多样性分析的影响 被引量:10
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作者 徐爱玲 吴等等 +4 位作者 宋志文 任杰 夏岩 董珊珊 刘梦 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第9期3620-3626,共7页
研究不同引物对PCR-DGGE和PCR-RFLP技术分析污泥群落结构的影响,选取8对通用引物扩增16S rDNA不同可变区序列并对细菌多样性进行DGGE分析,也选取11对通用引物扩增16S rDNA片段并对细菌多样性进行RFLP分析.通过分析PCR产物琼脂糖凝胶电... 研究不同引物对PCR-DGGE和PCR-RFLP技术分析污泥群落结构的影响,选取8对通用引物扩增16S rDNA不同可变区序列并对细菌多样性进行DGGE分析,也选取11对通用引物扩增16S rDNA片段并对细菌多样性进行RFLP分析.通过分析PCR产物琼脂糖凝胶电泳图谱、DGGE图谱和酶切图谱,评价不同引物的扩增效果及其对污泥群落多样性的表征能力.结果表明,采用不同引物进行污泥群落结构DGGE分析或RFLP分析时,污泥群落多样性差异显著.PCR-DGGE分析中,引物B341F/B534R(V3区)分析效果较好,条带较丰富,能够充分反映污泥群落多样性.PCR-RFLP分析中,引物27f/8f和1500R扩增效果较好,酶切位点较多,酶切图谱条带丰富,差异性显著,能够充分表征污泥群落多样性.因此,活性污泥细菌多样性分析时,PCR-DGGE分析较优的引物为B341F和B534R,PCR-RFLP分析较优的引物为27f/8f和1500R. 展开更多
关键词 活性污泥 微生物多样性 PCR-DGGE PCR-RFLP 引物
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添加生物质炭对滨海盐碱土固氮菌丰度及群落结构的影响 被引量:25
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作者 宋延静 张晓黎 龚骏 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期2168-2175,共8页
利用荧光定量PCR和变性梯度凝胶电泳(DGGE)等技术研究了实验室条件下滨海盐碱土施加不同比例(0、5%、10%、20%,w/w)生物质炭后84 d内土壤固氮菌nifH基因丰度与群落结构的动态变化。结果表明:nifH基因拷贝数在不同取样时期的差异极为显著... 利用荧光定量PCR和变性梯度凝胶电泳(DGGE)等技术研究了实验室条件下滨海盐碱土施加不同比例(0、5%、10%、20%,w/w)生物质炭后84 d内土壤固氮菌nifH基因丰度与群落结构的动态变化。结果表明:nifH基因拷贝数在不同取样时期的差异极为显著(P=0.003),但不同添加量对其丰度影响不大(P>0.05);添加生物质炭14 d后固氮菌丰度明显增加,20%组处理42 d后nifH基因丰度显著高于对照组(P<0.05),10%组处理56d后对固氮菌的促长作用最为显著(P<0.05);对照和低比例(5%)处理组中的固氮菌群落结构较为相似,而中高比例(10%和20%)处理组则较为相似;生物质炭的添加量显著影响固氮菌的群落结构(ANOSIM,P=0.001),而处理时间对其无显著影响;施加生物质炭后,滨海盐碱土的固氮菌类群会发生改变,Ideonella和Skermanella等属的相对丰度会增加,但土壤重要的固氮菌类群如固氮螺菌属(Azospirillum)基本不受影响。 展开更多
关键词 生物质炭 滨海盐碱土 凡归基因 荧光定量PCR DGGE
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PCR-DGGE解析浓香型大曲发酵、储藏过程真菌群落的演替规律 被引量:7
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作者 叶光斌 李丹宇 +2 位作者 杨跃寰 罗惠波 杨晓东 《四川理工学院学报(自然科学版)》 CAS 2013年第4期5-9,共5页
以浓香型大曲培菌发酵期(0-10 d)和储藏期(20-100 d)共12个大曲样品为研究对象,采用PCR-DGGE技术解析浓香型大曲制备过程真菌群落结构的变化。PCR-DGGE图谱表征的微生物群落丰度、优势度及多样性指数分析结果表明:大曲制备过程中,真核... 以浓香型大曲培菌发酵期(0-10 d)和储藏期(20-100 d)共12个大曲样品为研究对象,采用PCR-DGGE技术解析浓香型大曲制备过程真菌群落结构的变化。PCR-DGGE图谱表征的微生物群落丰度、优势度及多样性指数分析结果表明:大曲制备过程中,真核微生物群落结构复杂多样。发酵环境的剧烈变化及真菌群落间的协同和制约效应均对大曲制备过程中真核微生物群落组成产生影响。 展开更多
关键词 浓香型大曲 真菌 18S RRNA基因 PCR-DGGE 微生物群落演替
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应用PCR-DGGE技术比较绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃菌群的多样性 被引量:8
12
作者 曾燕 曾东 +3 位作者 倪学勤 张艳 祝辉 唐雨蕊 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期298-304,共7页
本研究采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术结合DGGE图谱条带的克隆和测序比较了绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃菌群的多样性,同时对菌群进行了聚类分析和主成分分析。结果表明:绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃内容物DGGE图谱... 本研究采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术结合DGGE图谱条带的克隆和测序比较了绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃菌群的多样性,同时对菌群进行了聚类分析和主成分分析。结果表明:绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃内容物DGGE图谱的平均条带数分别为18、13、16和15条;瘤胃和瓣胃内菌群的多样性指数、均匀度和丰富度均较高,分别为2.83、0.79、17.00和2.82、0.79、16.80,而网胃和皱胃内容物较低,分别为2.52、0.70、12.60和2.73、0.76、15.40;聚类分析结果显示不同胃的内容物菌群具有一定差异,但不同动物个体相同胃的内容物相似性系数均高于0.63;PCR-DGGE图谱中测序的条带大多数归为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)细菌、拟杆菌门(Bacteroidetes)细菌、未培养瘤胃细菌(uncultured rumen bacterium)、未培养细菌(uncultured bacterium)和韦荣球菌科(Veillonellaceae)细菌,特异性细菌为不动杆菌属(Acinetobacter sp.)细菌和瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)细菌。结果提示,绵羊4个胃中均含有种类丰富和数量巨大的细菌,且随着消化道部位由前往后的顺序,菌群的多样性呈现先高后降低再升高的趋势。 展开更多
关键词 绵羊 细菌 PCR-DGGE 聚类分析 主成分分析
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铁矿区内重金属对土壤氨氧化微生物群落组成的影响 被引量:16
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作者 洪晨 邢奕 +1 位作者 司艳晓 李洋 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1212-1221,共10页
以密云水库上游某铁矿区为研究对象,采用荧光定量PCR和变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析了矿区内不同采样点的土壤中氨氧化微生物的数量和群落结构的变化,结果表明,土样中氨氧化细菌(AOB)和氨氧化古菌(AOA)的数量变化范围分别为3.01... 以密云水库上游某铁矿区为研究对象,采用荧光定量PCR和变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析了矿区内不同采样点的土壤中氨氧化微生物的数量和群落结构的变化,结果表明,土样中氨氧化细菌(AOB)和氨氧化古菌(AOA)的数量变化范围分别为3.01×107~1.08×109copies/g干土和8.65×107~2.69×109copies/g 干土.重金属含量与氨氧化微生物数量的相关性分析以及氨氧化微生物群落结构的冗余分析结果表明,该矿区内重金属污染改变了土壤中的氨氧化微生物的数量和结构.Cu污染对AOA的数量起到了显著抑制作用(r=-0.653*, P〈0.05),但是对AOB则没有明显作用;Zn污染对尾矿库区域土壤的AOA/AOB比值影响显著(r=-0.606*, P〈0.05);Cd污染改变了AOB的种群分布,降低了AOB 的多样性水平.土壤中 Cr 长期干扰并没有改变氨氧化微生物的数量和结构,但是明显得抑制了氨氧化速率,表明重金属污染在一定程度上也影响了土壤生态系统的氮循环. 展开更多
关键词 铁矿区 氨氧化古菌(AOA) 氨氧化细菌(AOB) ARCHAEA (AOA) ammonia-oxidizing bacteria (AOB)
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分子生物学技术在肠道微生物研究中的应用进展 被引量:12
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作者 杨翠 李祖明 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2017年第2期229-233,238,共6页
肠道微生物与宿主的健康状况息息相关,已成为当今的热点研究领域。随着分子生物学技术的快速发展,高通量测序技术、实时荧光定量PCR技术和PCR-DGGE技术等凭借其高灵敏度、高通量、无需体外培养等优势,为研究微生物结构和功能基因组提供... 肠道微生物与宿主的健康状况息息相关,已成为当今的热点研究领域。随着分子生物学技术的快速发展,高通量测序技术、实时荧光定量PCR技术和PCR-DGGE技术等凭借其高灵敏度、高通量、无需体外培养等优势,为研究微生物结构和功能基因组提供了新方法,并在肠道菌群的研究中应用广泛。本文对这三种分子生物学技术在肠道微生物研究中的应用进行了综述,总结了这三种技术在肠道微生物研究中的应用范围和优缺点,并展望了其在肠道微生物研究中的广阔应用前景。 展开更多
关键词 肠道微生物 高通量测序 实时荧光定量PCR 变性梯度凝胶电泳
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ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析壳聚糖对抗生素引起肠道菌群失调小鼠的影响 被引量:2
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作者 赵鑫 王佳 +2 位作者 邢宇 张迪 李新莉 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2017年第12期1378-1381,1386,共5页
目的应用肠杆菌基因间重复共有序列基因扩增(ERIC-PCR)和聚合酶链式反应——变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析壳聚糖对抗生素致肠道菌群失调小鼠的影响。方法 SPF级昆明小鼠24只,每组8只,依次分为模型组(N)、壳聚糖高(CS-H)和低浓度组(CS... 目的应用肠杆菌基因间重复共有序列基因扩增(ERIC-PCR)和聚合酶链式反应——变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析壳聚糖对抗生素致肠道菌群失调小鼠的影响。方法 SPF级昆明小鼠24只,每组8只,依次分为模型组(N)、壳聚糖高(CS-H)和低浓度组(CS-L),盐酸左氧氟沙星灌胃6d后使用相应药物灌胃24d,收集鼠便,提取粪便细菌DNA,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE电泳获得肠道菌群指纹图谱,主成分分析(PCA)和聚类分析(UPGMA)研究肠道菌群整体差异,并鉴定优势条带序列。结果 ERIC-PCR表明菌群失调组小鼠肠道中细菌条带减少明显,以300bp左右的条带为特征条带,PCR-DGGE显示屎肠球菌为优势菌型;壳聚糖灌胃小鼠肠道菌群结构组成发生改变,乳酸菌成为优势菌型。结论壳聚糖扶持乳酸菌等益生菌、抑制肠球菌等病原菌的增殖,起到益生元的作用进而调节肠道微生态均衡。 展开更多
关键词 壳聚糖 肠道菌群 ERIC-PCR PCR-DGGE
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20℃EGSB反应器中颗粒污泥的微生物种群结构分析 被引量:13
16
作者 邢薇 左剑恶 +1 位作者 林甲 李津 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第9期2558-2563,共6页
利用PCR-DGGE和RTQ-PCR等技术,对6个取自20℃下小试EGSB反应器中不同有机负荷下的颗粒污泥进行研究.结果表明,在20℃下反应器有机负荷从1.5 kg/(m3.d)逐渐提升至10.0 kg/(m3.d)的过程中,未对其污泥中古菌和真细菌的种群结构产生明显影响... 利用PCR-DGGE和RTQ-PCR等技术,对6个取自20℃下小试EGSB反应器中不同有机负荷下的颗粒污泥进行研究.结果表明,在20℃下反应器有机负荷从1.5 kg/(m3.d)逐渐提升至10.0 kg/(m3.d)的过程中,未对其污泥中古菌和真细菌的种群结构产生明显影响,各污泥样品中古菌种群相似性较高,其多样性指数分别为5.51、5.88、5.47、5.25、5.32和5.11;除接种污泥外,其余5个污泥样品中真细菌种群相似性也较高,其多样性指数分别为2.97、5.07、5.44、6.38、6.66和5.21;6个污泥样品中主要优势古菌为Methanobacterium、Methanocorpusculum、Methanosaeta和Methanospirillum等,随着有机负荷的增加和运行时间的延长,与氢营养型产甲烷菌Methanocorpusculum parvum和Methanospirillum hungatei相似的菌种的优势地位明显增强;各污泥样品中古菌的相对数量先略有降低而后逐渐升高,最终明显超过接种时的水平. 展开更多
关键词 低温厌氧处理 颗粒污泥 微生物种群 PCR-DGGE RTQ-PCR
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高效厌氧产甲烷颗粒污泥微生物多样性及定量化研究 被引量:20
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作者 孙寓姣 左剑恶 +2 位作者 邢薇 李建平 鲁颐琼 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第11期2354-2357,共4页
以小试高效厌氧反应器不同运行阶段的颗粒污泥为对象,利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)、荧光原位杂交(FISH)和实时定量链式聚合酶反应(RTQ-PCR)等技术研究了其中微生物种群的多样性、特征微生物的空间分布和定量关系,结果表明:随着反应器有... 以小试高效厌氧反应器不同运行阶段的颗粒污泥为对象,利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)、荧光原位杂交(FISH)和实时定量链式聚合酶反应(RTQ-PCR)等技术研究了其中微生物种群的多样性、特征微生物的空间分布和定量关系,结果表明:随着反应器有机负荷逐渐提高,颗粒污泥中古菌的群落结构的变化较细菌更为明显;细菌多分布在颗粒外层,而古菌则主要分布在颗粒内层;古菌含量略少于细菌,但有逐渐增多的趋势;产甲烷丝菌在古菌中的含量增加明显. 展开更多
关键词 产甲烷颗粒污泥 微生物群落结构 PCR—DGGE FISH RTQ—PCR
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城市污水SBR法短程生物脱氮系统硝化菌群的定量分析 被引量:5
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作者 杨庆 彭永臻 +3 位作者 曾薇 杨岸明 Hiroyasu Satoh Takashi Mino 《北京工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第8期843-848,共6页
为了研究实时控制对短程生物脱氮中试系统内硝化菌群结构组成的影响,在考察系统常温条件下处理城市污水时短程硝化效果的同时,采用FISH、PCR-DGGE和PCR-克隆序列(Cloning Sequencing)分子生物学方法对SBR中试系统(有效容积为54 m^3)硝... 为了研究实时控制对短程生物脱氮中试系统内硝化菌群结构组成的影响,在考察系统常温条件下处理城市污水时短程硝化效果的同时,采用FISH、PCR-DGGE和PCR-克隆序列(Cloning Sequencing)分子生物学方法对SBR中试系统(有效容积为54 m^3)硝化菌群中的氨氧化菌(AOB)和亚硝酸氧化菌(NOB)进行定性与定量化分析.FISH结果表明,在短程脱氮系统中,AOB相比于NOB已成为明显的优势菌群,占总菌群的3%~12%;且没有检测出NOB.PCR-DGGE结果表明,SBR短程脱氮中试系统中的AOB均以Nitrosomonas-like为主.污泥样品的PCR-Cloning-Sequencing结果表明,所有的克隆相似于Nitrosomonas,其中60%以上的克隆相似于Nitro- somonas europaea. 展开更多
关键词 SBR 短程生物脱氮 Fish PCR-DGGE PCR-克隆序列
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基于16S rRNA基因和细菌基因组间重复序列的DNA指纹图谱技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道菌群多样性的研究 被引量:7
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作者 刘霞 刘社兰 +1 位作者 解奕瑞 阮冰 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2010年第3期193-198,共6页
目的应用PCR-DGGE和rep-PCR技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道菌群多样性进行研究,探讨肠道菌群多样性的变化,并比较这两种方法在菌群分析中的作用。方法首先建立CCL4诱导肝硬化大鼠的肝移植模型,收取对照组、肝硬化成模时、肝移植后7 d和... 目的应用PCR-DGGE和rep-PCR技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道菌群多样性进行研究,探讨肠道菌群多样性的变化,并比较这两种方法在菌群分析中的作用。方法首先建立CCL4诱导肝硬化大鼠的肝移植模型,收取对照组、肝硬化成模时、肝移植后7 d和肝移植后30 d的大鼠粪便,提取细菌基因组DNA,采用PCR-DGGE和rep-PCR[BOX-PCR,ERIC-PCR,ERIC2-PCR,(GTG)5-PCR,REP-PCR]进行DNA指纹图谱分析。结果PCR-DGGE可明确将正常大鼠、肝硬化大鼠、肝移植大鼠分为3个簇,并显示出肝硬化、肝移植大鼠肠道菌群多样性明显增多。rep-PCR技术也可将各组分开,其中ERIC-PCR、ERIC2-PCR及REP-PCR三者扩增条带各组差异有显著性,鉴别效果更好。结论应用基于16S rRNA基因和细菌基因组间重复序列的指纹图谱技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道微生态的研究具有重要价值,可对临床肝硬化、肝移植患者肠道微生态制剂的使用起到指导作用。 展开更多
关键词 肝硬化 肝移植 PCR-DGGE REP-PCR 菌群多样性
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氨氮浓度对CANON工艺功能微生物丰度和群落结构的影响 被引量:26
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作者 刘涛 李冬 +2 位作者 曾辉平 畅晓燕 张杰 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第2期773-780,共8页
为了研究CANON工艺在常温低氨氮基质条件下的宏观运行效能及微观生态系统,通过调节曝气量和水力停留时间(HRT)实现了CANON工艺在不同进水氨氮浓度下的稳定运行,并基于PCR-DGGE和荧光定量PCR方法,分析了氨氮浓度对反应器中氨氧化细菌(AOB... 为了研究CANON工艺在常温低氨氮基质条件下的宏观运行效能及微观生态系统,通过调节曝气量和水力停留时间(HRT)实现了CANON工艺在不同进水氨氮浓度下的稳定运行,并基于PCR-DGGE和荧光定量PCR方法,分析了氨氮浓度对反应器中氨氧化细菌(AOB)和厌氧氨氧化菌(ANAMMOX菌)群落结构及丰度的影响.结果表明,较高氨氮环境中总氮去除负荷在1.0 g·(L·d)-1以上,当氨氮浓度降至100 mg·L-1时,总氮去除负荷明显降低.进水氨氮浓度对AOB的群落结构有重要影响,而对ANAMMOX菌群落影响较小.AOB和ANAMMOX菌的丰度随氨氮浓度的降低而减少,而亚硝酸盐氧化菌(NOB)的丰度随氨氮浓度的降低而增加,这可能是导致系统脱氮效果下降的主要原因.因此,需要通过一定的调控手段,减少AOB和ANAMMOX菌的损失,抑制NOB的生长,以便维持系统在低氨氮条件下的脱氮性能. 展开更多
关键词 CANON工艺 常温 低氨氮 PCR-DGGE 荧光定量PCR AOB ANAMMOX菌
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