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一种基于PCR扩增鉴定无Cas9突变体的快速方法
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作者 李倩 刘庆 +2 位作者 王远江 韦存虚 王娟 《植物生理学报》 北大核心 2025年第7期1046-1056,共11页
CRISPR/Cas9基因编辑技术已广泛应用于多个物种中。含Cas9的突变体存在脱靶风险,并含有潜在的转基因安全问题。当前,虽然研究者们已开发视觉辅助系统用于筛选无Cas9的植株,但基于PCR扩增的检测方法仍必不可少。然而,此过程中还普遍存在... CRISPR/Cas9基因编辑技术已广泛应用于多个物种中。含Cas9的突变体存在脱靶风险,并含有潜在的转基因安全问题。当前,虽然研究者们已开发视觉辅助系统用于筛选无Cas9的植株,但基于PCR扩增的检测方法仍必不可少。然而,此过程中还普遍存在一些问题,如快速DNA提取方法引起的扩增不稳定性、Cas9和潮霉素B磷酸转移酶编码基因(Hyg)扩增的假阳性等。本研究旨在建立一种快速可靠的基于PCR扩增Cas9和Hyg方法检测无Cas9突变体。本研究首先对3种快速DNA提取方法进行评估。其中,改良蔗糖法在扩增这两个基因时的表现最佳。其次,本研究排查PCR扩增时存在的假阳性因素。结果表明DNA提取和存储温度、PCR体系配制的环境、PCR循环数等对这两个基因的扩增均有影响。基于以上结果,本研究建立了一种可靠、高效的筛选转基因株系的方法,并验证了该方法在大规模筛选中的可操作性。除此之外,本方法也适用于以Hyg作为选择性标记的其他类型转基因株系的鉴定。 展开更多
关键词 无Cas9突变体 PCR Hyg 快速DNA提取 假阳性
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Integrating PCR-free amplification and synergistic sensing for ultrasensitive and rapid CRISPR/Cas12a-based SARS-CoV-2 antigen detection 被引量:1
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作者 Xiangxiang Zhao Zhengduo Wang +9 位作者 Bowen Yang Zilong Li Yaojun Tong Yuhai Bi Zhenghong Li Xuekui Xia Xiangyin Chen Lixin Zhang Weishan Wang Gao-Yi Tan 《Synthetic and Systems Biotechnology》 SCIE 2021年第4期283-291,共9页
Antigen detection provides particularly valuable information for medical diagnoses;however,the current detection methods are less sensitive and accurate than nucleic acid analysis.The combination of CRISPR/Cas12a and ... Antigen detection provides particularly valuable information for medical diagnoses;however,the current detection methods are less sensitive and accurate than nucleic acid analysis.The combination of CRISPR/Cas12a and aptamers provides a new detection paradigm,but sensitive sensing and stable amplification in antigen detection remain challenging.Here,we present a PCR-free multiple trigger dsDNA tandem-based signal amplification strategy and a de novo designed dual aptamer synergistic sensing strategy.Integration of these two strategies endowed the CRISPR/Cas12a and aptamer-based method with ultra-sensitive,fast,and stable antigen detection.In a demonstration of this method,the limit of detection was at the single virus level(0.17 fM,approximately two copies/μL)in SARS-CoV-2 antigen nucleocapsid protein analysis of saliva or serum samples.The entire procedure required only 20 min.Given our system’s simplicity and modular setup,we believe that it could be adapted reasonably easily for general applications in CRISPR/Cas12a-aptamer-based detection. 展开更多
关键词 CRISPR/Cas12a Aptamer Antigen detection SARS-CoV-2 pcr-free amplification Synergistic sensing
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PCR双向开启硫黄素T/G四链体探针无标记检测牛奶中沙门氏菌方法研究
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作者 尚慧杰 徐建国 +2 位作者 彭育勃 陈伟 姚丽 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期677-681,687,共6页
文章提出一种基于聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的硫黄素T(ThT)/G-四链体探针无标记检测牛奶中沙门氏菌(Salmonella)方法。以沙门氏菌的invA基因为检测目标,设计特异性发卡引物,通过PCR和特异功能的G-四链体实现对沙... 文章提出一种基于聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的硫黄素T(ThT)/G-四链体探针无标记检测牛奶中沙门氏菌(Salmonella)方法。以沙门氏菌的invA基因为检测目标,设计特异性发卡引物,通过PCR和特异功能的G-四链体实现对沙门氏菌的检测。结果表明,该检测方法操作简便、特异性强、灵敏度高。在最优反应体系下,沙门氏菌的浓度与信号输出值具有良好的线性关系,其回归方程为Y=27.149X+0.292,R^(2)=0.981,其线性范围为10^(2)~10^(6) CFU/mL。纯菌样品和实际样品都能在细菌浓度为10^(2) CFU/mL时检测出信号,表明该方法具有抗基质效应。研究结果为食源性致病菌的检测提供了一种新的思路。 展开更多
关键词 G-四链体 硫黄素T 沙门氏菌 无标记检测 聚合酶链式反应(PCR)
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糙果苋快速分子检测技术研究
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作者 吴晶 郭静 +5 位作者 伏建国 杨晓军 张新第 马元伟 梁建国 李井干 《植物检疫》 2025年第6期57-61,共5页
糙果苋(Amaranthus tuberculatus)是当前美国农田的一种恶性杂草,已对多种除草剂产生了抗药性,可造成农作物大量减产。进口美国大豆、玉米等粮谷中经常截获糙果苋种子。为了准确、快速地鉴定糙果苋种子,本文设计了糙果苋特异性引物探针... 糙果苋(Amaranthus tuberculatus)是当前美国农田的一种恶性杂草,已对多种除草剂产生了抗药性,可造成农作物大量减产。进口美国大豆、玉米等粮谷中经常截获糙果苋种子。为了准确、快速地鉴定糙果苋种子,本文设计了糙果苋特异性引物探针,利用核酸快释技术,改进了实时荧光PCR仪的升降温速度,可以在30 min左右准确检测出进境粮谷中携带的单粒糙果苋种子。该技术大大缩短了进口粮谷中糙果苋的检疫鉴定时间,还可应用于口岸一线杂草监测工作。 展开更多
关键词 糙果苋 核酸免提取 实时荧光PCR 快速检测
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产前无创胎儿多重血型抗原基因型联合检测在胎儿新生儿溶血病产前早期诊断中的临床意义
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作者 胡舒瑶 赵亚琦 +3 位作者 邓罗华 岳银萍 李艳 韩卫 《中国输血杂志》 2025年第11期1535-1541,共7页
目的建立基于荧光定量PCR(fluorescence quantitative PCR,FQ-PCR)技术的产前无创胎儿ABO、RhD及RhCE血型基因型联合检测方法,并评估其在胎儿新生儿溶血病(Hemolytic Disease of the Fetus and Newborn,HDFN)产前早期诊断中的临床价值... 目的建立基于荧光定量PCR(fluorescence quantitative PCR,FQ-PCR)技术的产前无创胎儿ABO、RhD及RhCE血型基因型联合检测方法,并评估其在胎儿新生儿溶血病(Hemolytic Disease of the Fetus and Newborn,HDFN)产前早期诊断中的临床价值。方法前瞻性纳入2022年1月至2024年12月于本院产检的200例单胎妊娠高风险孕妇,分为ABO血型不合组100例、RhD血型不合组50例、RhCE血型不合组50例及对照组200例,采用FQ-PCR技术检测母体血浆中胎儿游离DNA(cff-DNA),靶向ABO系统(261delG、796C>A)、RHD基因外显子5/7及RhCE系统(C/c、E/e)关键位点。产后通过脐带血血清学验证血型及溶血三项检测(直接抗人球蛋白试验、游离抗体试验、抗体释放试验),评估检测一致性及高危因素。结果ABO、RhD及RhCE血型的检测符合率分别为98.0%(98/100)、100.0%(50/50)及96.0%(48/50)。ABO血型不合组HDFN发生率为69.0%(69/100),显著高于RhD血型不合组(10.0%,5/50)及RhCE血型不合组(2.0%,1/50)。多因素分析显示,母亲O型血(OR=3.021)、母亲RhD阴性(OR=5.253)及产妇年龄≥35岁(OR=1.950)为HDFN独立危险因素(P均<0.05)。结论产前无创多重血型抗原基因型联合检测可显著提升HDFN早期诊断效能,为高危孕妇提供精准预警。 展开更多
关键词 胎儿新生儿溶血病 无创产前诊断 荧光定量PCR RhCE血型 胎儿游离DNA
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血液样本中DNA与RNA提取效率的研究
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作者 宿星蕾 路平 +3 位作者 彭俊杰 汪滋民 宋萍 韩达 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期476-486,共11页
目的·全面评估不同试剂盒及不同方法对血液样本中DNA与RNA提取的效率。方法·收集来自阿尔茨海默病(20例)、纤维化(5例)、结直肠癌患者(108例)及健康个体(12例)的血液样本,共145例。采用柱法试剂盒(Kit A)和核酸提取仪来提取... 目的·全面评估不同试剂盒及不同方法对血液样本中DNA与RNA提取的效率。方法·收集来自阿尔茨海默病(20例)、纤维化(5例)、结直肠癌患者(108例)及健康个体(12例)的血液样本,共145例。采用柱法试剂盒(Kit A)和核酸提取仪来提取血液中白细胞的基因组DNA(genomic DNA,gDNA)。使用5种试剂盒(Kit B~F),通过柱法(Kit B、E)或磁珠法(Kit C、D、F)对血浆中的游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)和游离RNA(cell-free RNA,cfRNA)进行提取。对Kit B提取过程进行优化,包括增加血浆上样体积和延长洗脱孵育时间,并且采用该方案对100例结直肠癌患者血浆样本cfDNA进行提取。使用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)对提取出的DNA和RNA进行定量分析,比较提取的DNA或RNA分子的数量以评估提取效率,并结合成本及操作时间等进行综合评价。结果·在gDNA提取中,尽管核酸提取仪缩短了操作时间,但Kit A(柱法)提取的DNA分子数的中位数是其25.36倍(P<0.001)。对于cfDNA提取,3种试剂盒(Kit B~D)的总体效率相近,但Kit B(柱法)在低浓度样本中的表现较为突出,其DNA提取量的平均值分别是基于磁珠法的Kit D和Kit C的4.24倍和1.18倍。提取步骤优化后的Kit B进一步提高了cfDNA的提取效率。对比3例样本在不同血浆上样体积下的cfDNA提取量,结果显示大上样体积提取的cfDNA量分别为小上样体积的3.98倍、2.38倍和3.82倍;对100例结直肠癌患者血浆样本cfDNA提取结果表明,该提取方案可在临床样本中稳定提取足够量的cfDNA。在cfRNA提取方面,Kit E(柱法)因其高效、便捷且经济性好,被广泛推荐;其提取的cfRNA含量中位数是Kit F(磁珠法)的5.01倍。比较血浆中cfDNA与cfRNA的拷贝数,结果显示每毫升血浆中cfRNA的拷贝数平均数是cfDNA的27.65倍。结论·Kit A、Kit B和Kit E分别在白细胞gDNA、血浆cfDNA以及血浆cfRNA提取方面表现出更高的效率。然而,尽管Kit E在提取效率和成本上具有优势,其安全性仍需进一步评估。 展开更多
关键词 核酸提取 血浆游离DNA 血浆游离RNA 提取试剂盒 实时荧光定量PCR
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重组腺相关病毒中游离与错误包装宿主细胞DNA检测的两种前处理方法的比较 被引量:1
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作者 王光裕 胡倩 +3 位作者 史新昌 闫书美 周勇 刘宾 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2024年第5期527-531,共5页
目的采用DNA酶(deoxyribonuclease,DNase)处理与填料亲和两种前处理方法检测重组腺相关病毒(recombinant adeno-associated virus,rAAV)游离与错误包装宿主细胞DNA(host cell DNA,HCDNA)残留量,并进行比较。方法分别采用DNase处理法和... 目的采用DNA酶(deoxyribonuclease,DNase)处理与填料亲和两种前处理方法检测重组腺相关病毒(recombinant adeno-associated virus,rAAV)游离与错误包装宿主细胞DNA(host cell DNA,HCDNA)残留量,并进行比较。方法分别采用DNase处理法和填料亲和法分离游离与错误包装HCDNA,再进行核酸提取及qPCR检测。比较两种前处理方法检测HCDNA残留量的准确度和重复性。结果采用DNase处理的方式,DNase未处理组核酸定量检测结果为HCDNA总残留量,DNase处理组为错误包装HCDNA量,二者差值为游离HCDNA残留量。DNase未处理和处理组回收率均为75%以上,重复性RSD小于30%。采用亲和提取方式,填料偶联亲和配基,结合rAAV,检测错误包装HCDNA回收率为75%以上,检测游离HCDNA回收率仅为36%。结论DNase处理法可有效检出游离与错误包装HCDNA,可为后续研究奠定基础。 展开更多
关键词 腺相关病毒 DNA酶 亲和填料 PCR 宿主细胞DNA 游离 错误包装
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基于甲基化特异性PCR的外周血循环游离DNA甲基化检测对乳腺癌诊断价值的荟萃分析
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作者 刘杰 朱启富 +4 位作者 张丹 余琦慧 郑欣 姚水洪 汪新华 《当代医学》 2024年第13期1-5,共5页
目的通过Meta分析系统评估基于甲基化特异性PCR(MSP)的外周血循环游离DNA(cfDNA)甲基化检测对乳腺癌的诊断价值。方法检索PubMed、Embase、Cochrane数据库,检索时间为2011年1月至2021年12月,以“Breast neoplasms”“Breast cancer”“M... 目的通过Meta分析系统评估基于甲基化特异性PCR(MSP)的外周血循环游离DNA(cfDNA)甲基化检测对乳腺癌的诊断价值。方法检索PubMed、Embase、Cochrane数据库,检索时间为2011年1月至2021年12月,以“Breast neoplasms”“Breast cancer”“Methylation”“Cell-free DNA”等为检索词,检索有关血液循环cfDNA甲基化用于乳腺癌诊断的文献,根据纳入及排除标准筛选文献。使用QUADAS-2对纳入文献进行质量评价,提取研究数据并使用Stata 16.0对各效应量进行合并,分析异质性及来源,以Deek’s法检验发表偏倚。结果共检索318篇文献,最终纳入12篇文献的27项研究进行Meta分析,患者2195例,纳入研究存在高度异质性(I^(2)>50.00%)。采用随机效应模型合并灵敏度为0.43[95%CI(0.31~0.56)],合并特异度为0.97[95%CI(0.94~0.99)],合并阳性似然比(LR+)为16.30[95%CI(7.00~37.80)],合并阴性似然比(LR-)为0.59[95%CI(0.47~0.73)],合并诊断比值比(DOR)为28.00[95%CI(11.00~70.00)],合并AUC为0.85[95%CI(0.82~0.88)]。结论基于MSP的外周血cfDNA甲基化检测对乳腺癌有较高的辅助诊断价值。 展开更多
关键词 循环游离DNA 甲基化 乳腺癌 甲基化特异性PCR 荟萃分析
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DNA免提取结合qPCR冻干试剂的肉制品掺假鉴定方法
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作者 张娴雅 葛志强 《食品与生物技术学报》 CSCD 北大核心 2024年第12期146-153,共8页
【目的】建立肉制品中牛、鸭源性成分的现场快速定量检测方法。【方法】将DNA免提取法与荧光定量PCR(qPCR)冻干试剂法相结合,采用DNA免提取法制备qPCR反应模板。通过冻干工艺制备出的预混qPCR试剂,利用便携式qPCR系统对冻干试剂进行扩... 【目的】建立肉制品中牛、鸭源性成分的现场快速定量检测方法。【方法】将DNA免提取法与荧光定量PCR(qPCR)冻干试剂法相结合,采用DNA免提取法制备qPCR反应模板。通过冻干工艺制备出的预混qPCR试剂,利用便携式qPCR系统对冻干试剂进行扩增。【结果】DNA免提取法简化了样品的提取、纯化步骤,该过程可在10 min内完成。DNA免提取法结合qPCR冻干试剂法的检测限可达1 pg/μL,从采样到得出结果只需45 min。预混qPCR冻干试剂可在4℃下保存6个月、室温下保存4个月、37℃下保存14 d。【结论】利用便携式qPCR系统即可对qPCR冻干检测试剂进行扩增,从而实现肉制品掺假的快速鉴别。 展开更多
关键词 DNA免提取 肉制品掺假 冻干试剂 荧光定量PCR 现场检测
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无菌鼠细菌检测方法的选择与探讨
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作者 韩磊 蔡利东 +4 位作者 李灵恩 吴东 王馨宇 熊艳 杨慧欣 《实验动物科学》 2024年第1期51-57,共7页
目的 比较培养法、革兰染色镜检法和16S rRNA PCR方法对无菌小鼠粪便样品细菌检测的检测性能,为无菌鼠细菌检测方法的选择提供依据。方法 利用培养法、革兰染色镜检法、16S rRNA PCR方法,分别检测GF小鼠粪便、SPF小鼠粪便以及已知含菌... 目的 比较培养法、革兰染色镜检法和16S rRNA PCR方法对无菌小鼠粪便样品细菌检测的检测性能,为无菌鼠细菌检测方法的选择提供依据。方法 利用培养法、革兰染色镜检法、16S rRNA PCR方法,分别检测GF小鼠粪便、SPF小鼠粪便以及已知含菌量的测试样品(无菌小鼠粪便与金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌混合,人为制作而成),验证3种方法对无菌小鼠粪便中细菌的检测限度;并同时使用3种方法检测临床样品,对比3种检测方法的优缺点,分析3种方法在实际检测中的可行性。结果 培养法、革兰染色镜检法和16S rRNA PCR方法检测灵敏度分别为102CFU/g、108CFU/g和106CFU/g,临床样品检测中阳性率均为1.36%(6/441)。结论 培养法、革兰染色镜检法、16S rRNA PCR法3种检测方法各有优缺点,需要联合使用,取长补短,确保检测结果的可靠。 展开更多
关键词 无菌小鼠 细菌检测 培养法 PCR 革兰染色镜检
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华氏巨球蛋白血症患者不同样本类型中MYD88 L265P突变检出率差异比较
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作者 朱宁 张丽丽 +3 位作者 李玉侠 李岱阳 胡晓庄 郑仲征 《检验医学与临床》 CAS 2024年第S02期86-90,共5页
目的探讨华氏巨球蛋白血症(WM)患者不同样本类型的MYD88基因L265P突变检出率差异及意义。方法回顾性分析2018年4月至2022年3月送检该机构的WM患者行MYD88 L265P突变的数字PCR检测数据,结合患者同时间送检的不同样本类型中的数据进行分... 目的探讨华氏巨球蛋白血症(WM)患者不同样本类型的MYD88基因L265P突变检出率差异及意义。方法回顾性分析2018年4月至2022年3月送检该机构的WM患者行MYD88 L265P突变的数字PCR检测数据,结合患者同时间送检的不同样本类型中的数据进行分析。结果共收集得到符合要求的170例WM患者的208株有效样本。整体MYD88 L265P阳性率为43.53%。骨髓样本MYD88 L265P突变阳性率显著高于外周血(53.85%vs.36.54%,P=0.037)和血浆cfDNA(53.85%vs.23.08%,36.54%vs.23.08%,P<0.005),且骨髓类型样本的比例高于外周血(25.00%)和血浆cfDNA(6.25%)。结论样本类型差异在一定程度上影响WM患者的MYD88 L265P突变检测结果判读,骨髓中的MYD88 L265P检出率与疾病发生率之间强相关。WM患者治疗期间可考虑结合送检外周血监测突变以辅助分析疾病状态,需进一步扩大样本量加以证实。 展开更多
关键词 数字PCR 华氏巨球蛋白血症 骨髓 外周血 血浆细胞游离DNA
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传粉网络构建的定性定量分子研究:应用与展望 被引量:12
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作者 郎丹丹 唐敏 周欣 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期445-456,共12页
传粉者是重要的生态功能提供者,在维持稳定的生态系统和高效的农业生产力中发挥着重要作用。因此,传粉网络的构建和监测工作对评价生态系统平衡和调控农业生产至关重要。该工作的基础就是通过对传粉者及植物的物种鉴定构建其相关性。传... 传粉者是重要的生态功能提供者,在维持稳定的生态系统和高效的农业生产力中发挥着重要作用。因此,传粉网络的构建和监测工作对评价生态系统平衡和调控农业生产至关重要。该工作的基础就是通过对传粉者及植物的物种鉴定构建其相关性。传统的形态学物种鉴定对分类学专家的专业知识、时间和经验都提出较高的要求。DNA条形码和高通量测序技术(high-throughput sequencing,HTS)的发展及其在传粉网络研究中的应用,提供了高效、准确鉴定传粉者与植物的方法,大大提高了传粉网络构建的效率。本文阐述了传粉网络研究相关的研究方法和技术进展,并提出利用高通量测序技术结合无PCR扩增(PCR-free)的"超级条形码"技术,有望实现以更高的灵敏度和分辨率对混合物种样品进行定性及相对定量的监测。该方法的有效性已在其他生物多样性研究中得以验证,在传粉网络研究中虽处于初始阶段,但应用前景广阔。 展开更多
关键词 线粒体 叶绿体 花粉 宏条形码 宏基因组 pcr-free 定量
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乳腺癌新辅助化疗PCR与生存获益的研究进展 被引量:13
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作者 李晓瑛 曹彧 +1 位作者 王玉颖 金锋 《现代肿瘤医学》 CAS 2017年第3期502-505,共4页
乳腺癌的治疗理念已经从局部疾病转变为全身疾病,随着近几年的研究,新辅助化疗的治疗方式被应用的越来越广泛,它不仅可以缩小肿瘤的大小,达到可手术切除的目的,而且可以使有保乳意愿的年轻患者实现保乳,同时也间接的起到体内药敏试验的... 乳腺癌的治疗理念已经从局部疾病转变为全身疾病,随着近几年的研究,新辅助化疗的治疗方式被应用的越来越广泛,它不仅可以缩小肿瘤的大小,达到可手术切除的目的,而且可以使有保乳意愿的年轻患者实现保乳,同时也间接的起到体内药敏试验的效果,更好地指导手术后的化疗方案选择。新辅助化疗后病理完全缓解被认为是长期生存获益的替代指标,受到越来越多的关注。 展开更多
关键词 新辅助化疗 病理完全缓解(PCR) 无进展生存期 总生存期
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茯苓多糖对受照射白血病K562细胞N-乙酰氨基半乳糖转移酶-9和自由基等的影响 被引量:6
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作者 刘可人 杨雪枫 +2 位作者 吴士良 范雁 徐爱华 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第S1期94-96,共3页
目的用化学方法提取茯苓多糖,并观察其对肿瘤细胞的作用。方法利用乙酸沉淀法、DEAE-纤维素层析法提取并分离茯苓多糖,并运用RT-PCR方法和流式细胞技术,检测其对受照射后肿瘤细胞的多肽:N-乙酰氨基半乳糖转移酶-9(ppGalNAc-T9)mRNA表... 目的用化学方法提取茯苓多糖,并观察其对肿瘤细胞的作用。方法利用乙酸沉淀法、DEAE-纤维素层析法提取并分离茯苓多糖,并运用RT-PCR方法和流式细胞技术,检测其对受照射后肿瘤细胞的多肽:N-乙酰氨基半乳糖转移酶-9(ppGalNAc-T9)mRNA表达、自由基活力以及细胞周期的影响。结果茯苓多糖可使经γ射线照射后的K562细胞中的自由基增多、ppFalNAc-T9表达增高、G_1期受阻明显。结论茯苓多糖对肿瘤细胞中自由基具有一定的清除作用,同时还可以增加ppGalNAc-T9在mRNA水平的表达。 展开更多
关键词 茯苓多糖 肿瘤 RT-PCR 多肽 N-乙酰氨基半乳糖转移酶 自由基 细胞周期
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3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙型肝炎患者血清中HBV DNA的比较 被引量:3
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作者 王秋平 陈斌 +3 位作者 张琼 雷秀霞 周小棉 匡艳华 《广东医学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第17期2251-2253,共3页
目的比较3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙型肝炎患者血清中乙型肝炎病毒(HBV)DNA的灵敏度和特异度,初步探讨其用于HBV DNA检测的临床价值。方法用3种免核酸提取PCR试剂盒分别检测30例慢性乙型肝炎患者及30例阴性参比血清标本中的HBV DNA,... 目的比较3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙型肝炎患者血清中乙型肝炎病毒(HBV)DNA的灵敏度和特异度,初步探讨其用于HBV DNA检测的临床价值。方法用3种免核酸提取PCR试剂盒分别检测30例慢性乙型肝炎患者及30例阴性参比血清标本中的HBV DNA,以荧光定量PCR结果为标准,比较3种试剂检测灵敏度和特异度。结果 3种试剂盒的HBV DNA阳性检出率分别为93.3%(28/30)、96.7%(29/30)、100%(30/30);3种试剂检测HBV阴性的特异度均为100%;3种试剂检测灵敏度A公司为103 IU/mL,B、C公司均为102 IU/mL。结论使用免核酸提取PCR试剂检测HBV快速、简便、高效,可用于临床HBV DNA快速检测。 展开更多
关键词 乙型肝炎 HBV DNA 免核酸提取PCR
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应用巢式PCR检测孕妇血浆中cffDNA RHD基因型的研究 被引量:3
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作者 陈利萍 左琴琴 +2 位作者 徐华 周华友 张印则 《中国输血杂志》 CAS 北大核心 2016年第8期785-787,共3页
目的建立巢式PCR技术检测RhD阴性孕妇血浆中游离胎儿DNA(cffDNA)的RHD基因型,以预测胎儿RhD血型。方法采用QIAamp DNA Blood Mini Kit提取32例RhD阴性孕妇血浆游离DNA,针对RHD外显子7和10分别设计外侧、内侧2组特异性引物,巢式PCR方法... 目的建立巢式PCR技术检测RhD阴性孕妇血浆中游离胎儿DNA(cffDNA)的RHD基因型,以预测胎儿RhD血型。方法采用QIAamp DNA Blood Mini Kit提取32例RhD阴性孕妇血浆游离DNA,针对RHD外显子7和10分别设计外侧、内侧2组特异性引物,巢式PCR方法检测孕妇血浆游离胎儿DNA的RHD型,测序验证PCR产物的序列特异性。结果孕妇血浆游离DNA经巢式PCR扩增后,有27例成功扩增出RHD外显子7、10特异性条带,5例未检测到RHD基因特异性扩增,32例中有30例胎儿RHD型与出生后血型相符,检测准确率为93.1%。结论采用巢式PCR技术检测RhD阴性孕妇血浆游离胎儿DNA来判定胎儿RHD型,具有良好的准确性、敏感性和特异性,为RhD新生儿溶血病的早期诊断提供了一种新的、可靠的检测手段。 展开更多
关键词 巢式PCR 血浆游离胎儿DNA RHD RhD新生儿溶血
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游离DNA完整性检测对良恶性胸腹腔积液鉴别诊断的价值研究 被引量:2
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作者 许波银 鞠少卿 +4 位作者 汪晓莺 郝天波 戚菁 王跃国 刘才旺 《广东医学》 CAS 北大核心 2017年第9期1363-1366,共4页
目的探讨游离DNA(cfDNA)的完整性(ALU247/ALU115)检测对良恶性胸腹腔积液鉴别诊断价值。方法采用实时荧光定量PCR方法,测定86份良恶性胸腹腔积液标本中ALU115和ALU247片段浓度并计算完整性;同时对标本中LDH、AFP、CEA、SF、SCC等传统指... 目的探讨游离DNA(cfDNA)的完整性(ALU247/ALU115)检测对良恶性胸腹腔积液鉴别诊断价值。方法采用实时荧光定量PCR方法,测定86份良恶性胸腹腔积液标本中ALU115和ALU247片段浓度并计算完整性;同时对标本中LDH、AFP、CEA、SF、SCC等传统指标进行检测。绘制受试者工作曲线(ROC曲线),根据曲线下面积评估各标记物诊断意义;运用统计学方法,与传统指标进行对比,评价cf DNA完整性在良恶性胸腹腔积液鉴别诊断中的应用价值。结果恶性组DNA完整性指数(ALU247/ALU115)显著高于良性组,差异具有统计学意义(P<0.01),ROC曲线下面积为0.70。cfDNA浓度和完整性联合检测的灵敏度、特异度及准确度均显著高于其他各项指标单独或联合检测。该联合检测方式与cfDNA联合传统指标在鉴别诊断良恶性胸腹腔积液方面比较差异无统计学意义。结论 cfDNA完整性检测是良恶性胸腹腔积液鉴别诊断可能的良好靶标。ALU115、ALU247片段浓度和完整性(ALU247/ALU115)三项联合检测诊断价值更高。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR 游离DNA 良恶性胸腹腔积液
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三种百合种球病毒RT-PCR检测 被引量:5
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作者 郑丽娜 刁义维 +2 位作者 吴沙沙 吕英民 张启翔 《分子植物育种》 CAS CSCD 2009年第5期948-953,共6页
本研究以4个百合品种为试材进行种球病毒分子生物学检测。研究结果表明,通过设计兼容性好、性状稳定的三对特异性引物,提高了PCR扩增的效率,改良了RNA的提取方法;改进Trizol法使其适合于内层鳞片及脱毒苗叶片总RNA的提取,而中外层鳞片... 本研究以4个百合品种为试材进行种球病毒分子生物学检测。研究结果表明,通过设计兼容性好、性状稳定的三对特异性引物,提高了PCR扩增的效率,改良了RNA的提取方法;改进Trizol法使其适合于内层鳞片及脱毒苗叶片总RNA的提取,而中外层鳞片则采用改进的CTAB法,得到高纯度、高质量以及完整度好的RNA;各反应成分的扩增条件得到了优化,建立了灵敏、快速、低成本的种球病毒RT-PCR检测反应体系及程序。 展开更多
关键词 百合种球病毒 RT-PCR检测 无病毒鳞茎繁殖
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用不提取核酸PCR扩增孕妇血浆中胎儿游离DNA的SRY和FMR1基因 被引量:3
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作者 陈斌 严伟 +3 位作者 张琼 邹晓 周小棉 钟志敏 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期253-255,共3页
目的建立一种不提取核酸的孕妇血浆中胎儿游离DNA的检测方法。方法构建不提取核酸PCR法,用巢式PCR扩增Y染色体上的SRY基因序列和X染色体上的FMR1基因序列,检测44例孕妇血浆中游离DNA。根据随访判断结果的准确性。结果 44例孕妇经随访确... 目的建立一种不提取核酸的孕妇血浆中胎儿游离DNA的检测方法。方法构建不提取核酸PCR法,用巢式PCR扩增Y染色体上的SRY基因序列和X染色体上的FMR1基因序列,检测44例孕妇血浆中游离DNA。根据随访判断结果的准确性。结果 44例孕妇经随访确认24例有男性胎儿,20例有女性胎儿。24例孕男性胎儿的孕妇血浆标本中有21例扩增出SRY基因和FMR1基因,敏感性为87.5%(21/24);20例孕女性胎儿的孕妇血浆标本中有17例扩增出FMR1基因,敏感性为85.0%(17/20)。结论建立的不提取核酸PCR法具有快速、简便等优点,可用于性连锁遗传病的产前诊断。 展开更多
关键词 胎儿游离DNA SRY基因 FMR1基因 不提取核酸聚合酶链反应
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流沙河流域土壤自生固氮菌数值分类及BOX-PCR研究 被引量:14
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作者 陈晓琴 陈强 +3 位作者 张世熔 赵芯 赵珂 吴翔 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第B09期528-532,共5页
对分离自流沙河流域不同海拔高度土壤中的53株自生固氮菌,进行了数值分类及BOX-PCR分析。数值分析结果表明,供试菌株在碳、氮源的利用及抗逆性能等方面存在明显差异,表现出丰富的表型多样性,在82.6%相似水平处,所有供试菌株被分成17个... 对分离自流沙河流域不同海拔高度土壤中的53株自生固氮菌,进行了数值分类及BOX-PCR分析。数值分析结果表明,供试菌株在碳、氮源的利用及抗逆性能等方面存在明显差异,表现出丰富的表型多样性,在82.6%相似水平处,所有供试菌株被分成17个表观群,其中第5和第12表观群最大,分别由9个和14个菌株组成,表明它们是该区域的优势自生固氮菌;BOX-PCR较好地揭示了不同菌株间的差异,供试菌株被划分成10个不同的遗传类群,聚群结果与数值分类有较好的一致性。 展开更多
关键词 自生固氮菌 数值分类 BOX—PCR
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