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PCR-SSP法进行HLA分型的影响因素分析 被引量：2
1
作者 张德梅 《山西职工医学院学报》 CAS 2005年第1期6-7,共2页
目的 :探讨DNA模板质量、DNA聚合酶 (Taq)用量对人类白细胞抗原 (HLA)分型结果的影响 ,从而确定PCR 序列特异性引物 (PCR-SSP)技术的更加优化的扩增体系。方法 :采用PCR 序列特异性引物 (PCR-SSP)的方法 ,对山西地区 14 40 0名骨髓供者... 目的 :探讨DNA模板质量、DNA聚合酶 (Taq)用量对人类白细胞抗原 (HLA)分型结果的影响 ,从而确定PCR 序列特异性引物 (PCR-SSP)技术的更加优化的扩增体系。方法 :采用PCR 序列特异性引物 (PCR-SSP)的方法 ,对山西地区 14 40 0名骨髓供者的血样进行了人类白细胞抗原 (HLA)基因分型 ,回顾性分析DNA模板的纯度、DNA用量、DNA聚合酶 (Taq)酶用量对HLA分型结果的影响。结果 :每个PCR反应的DNA模板量在 3 0ng～ 5 0ng之间时PCR扩增效果最优 ;每个PCR反应所用Taq酶为 0.2 3U时PCR扩增效果最优。结论 :DNA模板量和Taq酶用量是使用PCR-SSP技术进行HLA分型的主要影响因素 ;模板DNA的纯度对实验结果影响不大。 展开更多
关键词 HLA分型 pcr-SSP法 影响因素分析 人类白细胞抗原(HLA) pcr-序列特异性引物 pcr-SSP技术 DNA模板 DNA聚合酶 PCR反应 分型结果 Taq酶 回顾性分析 模板DNA 基因分型 山西地区 结果影响 用量 纯度 增效
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应用PCR-荧光探针法和荧光PCR-毛细管电泳法联合检测SLCO1B1与ApoE基因的研究
2
作者 陈婧 刘铭 +3 位作者 卓燕杭 陈点 余鸿 赖力 《福建医药杂志》 2025年第11期20-23,共4页
目的 采用PCR-荧光探针法和荧光PCR-毛细管电泳法检测SLCO1B1和ApoE的基因多态性,探讨两种方法的临床应用价值。方法 采用PCR-荧光探针法检测5 160例福建地区群体样本的SLCO1B1和ApoE基因多态性,统计基因型频率和等位基因频率;基于检测... 目的 采用PCR-荧光探针法和荧光PCR-毛细管电泳法检测SLCO1B1和ApoE的基因多态性,探讨两种方法的临床应用价值。方法 采用PCR-荧光探针法检测5 160例福建地区群体样本的SLCO1B1和ApoE基因多态性,统计基因型频率和等位基因频率;基于检测出的野生型和变异型基因型,各挑选100例样本,按基因型进行分组,采用荧光PCR-毛细管电泳法再次检测。以PCR-荧光探针法检测结果为参照,通过Kappa检验比较两种方法分型结果的一致性,并用一代测序验证已检出基因型的碱基变异情况。结果 在5 160例样本中,共检出SLCO1B1基因的4种等位基因(*1a、*1b、*5和*15)及8种基因型,ApoE基因的3种等位基因(E2、E3和E4)及6种基因型;针对各100例已知基因型样本,荧光PCR-毛细管电泳法与PCR-荧光探针法分型结果完全一致,符合率为100%(Kappa=1.000,P<0.05)。一代测序结果证实,本研究中检出的SLCO1B1和ApoE基因的基因型全部符合c.388A>G、c.521T>C、c.388T>C和c.526C>T等位点的碱基变异情况。结论 福建地区群体中SLCO1B1*1b(388G-521T)和ApoE E3(388T-526C)为最常见的单倍体型。荧光PCR-毛细管电泳法与PCR-荧光探针法的检测结果具有高度一致性,荧光PCR-毛细管电泳法更适合大规模的SLCO1B1和ApoE基因联合筛查。 展开更多
关键词 SLCO1B1基因 载脂蛋白E基因 基因多态性 pcr-荧光探针法 荧光-PCR毛细管电泳法
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DHAV-3弱毒活疫苗株(HB80株)与野毒株鉴别检测的RT-PCR-RFLP方法的建立
3
作者 傅秋玲 万春和 +13 位作者 焦文龙 韩相敏 程龙飞 陈珍 赖志 陈红梅 梁齐章 江南松 刘荣昌 施少华 陈翠腾 苏敬良 黄瑜 傅光华 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第7期691-696,共6页
为建立一种能快速、简便、准确鉴别检测我国鸭3型甲肝病毒(DHAV-3)野毒株与弱毒活疫苗HB80株的方法,本研究根据DHAV-3野毒株及HB80株的2A基因序列差异片段设计并合成一对特异性引物,经反应条件的优化,初步建立了鉴别检测我国DHAV-3野毒... 为建立一种能快速、简便、准确鉴别检测我国鸭3型甲肝病毒(DHAV-3)野毒株与弱毒活疫苗HB80株的方法,本研究根据DHAV-3野毒株及HB80株的2A基因序列差异片段设计并合成一对特异性引物,经反应条件的优化,初步建立了鉴别检测我国DHAV-3野毒株与HB80株的反转录聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(RTPCR-RFLP)方法。利用该方法检测DHAV-3野毒株和疫苗株,以及DHAV-1、鸭3型星状病毒、H9亚型禽流感病毒、禽坦布苏病毒、鸭瘟病毒、鸭3型腺病毒、鸭呼肠孤病毒和番鸭细小病毒,结果显示该方法仅能特异性扩增DHAV-3(包括野毒株和疫苗株)的682 bp片段,且仅DHAV-3野毒株的RT-PCR产物(682 bp片段)能够被Apa I酶切为444 bp和238 bp两个片段。将DHAV-3的RNA 10倍倍比稀释(1.7×10^(6)拷贝/μL~1.7×10^(1)拷贝/μL)后作为模板,利用该方法检测,结果显示该方法能够检出DHAV-3 RNA的最低浓度为170拷贝/μL。重复性结果显示,该方法对3个不同浓度DHAV-3野毒株和HB80株RNA的检测结果均一致。利用该方法和常规RT-PCR方法同时对疑似临床鸭肝炎组织、实验感染DHAV-3野毒株(HB株)和免疫DHAV-3活疫苗株鸭组织等10^(1)份样品检测,结果显示两者检测结果的符合率为100%。本研究首次建立了能特异性鉴别检测DHAV-3野毒株与我国弱毒活疫苗株的RT-PCR-RFLP方法,为我国鸭DHAV-3感染的防控提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸭3型甲肝病毒 野毒株 弱毒疫苗株 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法 鉴别
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PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对常见食源性感染致病菌23S rDNA基因的鉴定 被引量：4
4
作者 洪帮兴 江丽芳 +3 位作者 胡玉山 方丹云 晏辉钧 侯红斌 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期13-15,共3页
目的　探讨应用PCR RFLP和PCR SSCP进行食源性感染常见致病菌鉴定的可行性。方法　选择细菌 2 3SrDNA基因作为靶基因 ,设计合适的通用引物进行PCR扩增 ,对 13种食源性感染常见致病菌扩增产物的酶切片段进行RFLP和SSCP分析。结果　通用... 目的　探讨应用PCR RFLP和PCR SSCP进行食源性感染常见致病菌鉴定的可行性。方法　选择细菌 2 3SrDNA基因作为靶基因 ,设计合适的通用引物进行PCR扩增 ,对 13种食源性感染常见致病菌扩增产物的酶切片段进行RFLP和SSCP分析。结果　通用引物可以扩增出 13种食源性感染常见致病菌的 2 3SrDNA基因 ,HpaⅡ酶切产物的RFLP分析表明 ,不同种属的致病菌表现出不同的RFLP图谱 ;SSCP分析表明 ,13种食源性感染常见致病菌SSCP图谱变异性更大 ,不利于种属间鉴别 ,但有利于种内的鉴定。结论　运用PCR RFLP和PCR 展开更多
关键词 食源性感染 常见致病菌 pcr-RFLP pcr-SSCP技术 RDNA基因 鉴定 通用引物 酶切 种属 扩增产物
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PCR-RFLP和PCR-SSCP方法对弱精子症精子mtATPase6基因突变的检测 被引量：4
5
作者 金龙金 张春玲 +4 位作者 楼哲丰 张李雅 陈林丽 李玮 吕建新 《细胞生物学杂志》 CSCD 2007年第4期573-578,共6页
为了检测弱精子症精子mtATPase6基因突变,采用PCR方法扩增了17例弱精子症mtDNA8602～9416区域815bp目的片段,用MspI和HaeⅢ限制性内切酶酶切,分别用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和单链构像多态性(SSCP)筛查突变。筛选出3例突变标... 为了检测弱精子症精子mtATPase6基因突变,采用PCR方法扩增了17例弱精子症mtDNA8602～9416区域815bp目的片段,用MspI和HaeⅢ限制性内切酶酶切,分别用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和单链构像多态性(SSCP)筛查突变。筛选出3例突变标本,经测序确认突变位点和突变性质。结果显示17例标本全部扩增出mtDNA8602～9416的815bp目的片段,PCR产物经MspI限制性内切酶酶切后电泳结果与剑桥序列预期酶切图谱相一致。PCR产物经HaeⅢ酶切,聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱上出现泳动带的异常,在17例弱精子症中共筛选出2例酶切片段异常标本。PCR-HaeⅢ酶切产物的SSCP电泳图谱分析结果显示,在PCR-RFLP(HaeⅢ)电泳图谱正常的15例弱精子症标本中筛选出1例异常。两种方法在弱精子症精子标本中筛选出mtATPase6基因突变3例(3/17,17.7%)。3例测序结果发现A8701G、C8943T、C8964T、T8966C、G9053A、C9060A、C9075T、A9120G、C9296T共9个点突变,其中A8701G、T8966C、G9053A三个突变为错义突变,其余均为同义突变。上述结果提示,弱精子症精子mtATPase6基因存在较高突变率;PCR-RFLP和PCR-SSCP能简单、快速、灵敏地筛选mtATPase6基因突变。 展开更多
关键词 弱精子症 mtATPase6 点突变 pcr-RFLP pcr-SSCP
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基于PCR-CRISPR/Cas12a技术的肠炎沙门菌快速检测方法 被引量：1
6
作者 杨天沐 王毅恒 +1 位作者 熊文广 郭剑英 《华南农业大学学报》 北大核心 2025年第3期311-318,共8页
【目的】针对食源性病原菌肠炎沙门菌Salmonella enteritidis,开发一种CRISPR(Clustered regularly interspaced short palindromic repeat)技术结合聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)的检测方法,以实现肠炎沙门菌的早期... 【目的】针对食源性病原菌肠炎沙门菌Salmonella enteritidis,开发一种CRISPR(Clustered regularly interspaced short palindromic repeat)技术结合聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)的检测方法,以实现肠炎沙门菌的早期快速诊断和防控。【方法】根据保守基因sdfI序列,进行PCR引物筛选。使用不同质量浓度的肠炎沙门菌基因组进行灵敏度测试;利用大肠埃希菌Escherichia coli、金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus、多杀性巴氏杆菌Pasteurella multocida、粪肠球菌Salmonella choleraesuis、猪霍乱沙门氏菌Enterococcus faecalis基因组进行特异性检验。最后,使用建立的方法检测小肠样品中肠炎沙门菌的污染情况。【结果】该方法可检出小肠样品中的肠炎沙门菌,检测限为1.72×100μL^(−1),特异性良好,且与大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、多杀性巴氏杆菌、粪肠球菌、猪霍乱沙门氏菌均无交叉反应。【结论】本研究建立了一种较为轻便、可用于早期诊断肠炎沙门菌的方法,具有良好的灵敏度和特异性,为肠炎沙门菌快速诊断提供了新方法。 展开更多
关键词 肠炎沙门菌 sdfI基因 聚合酶链式反应 CRISPR/Cas12a系统
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非洲猪瘟病毒基因Ⅰ型和Ⅱ型PCR-RFLP鉴别方法的建立
7
作者 孙仁杰 徐慧玲 +6 位作者 孙思琪 柴娟 虞一聪 谢荣辉 李肖梁 赵灵燕 张传亮 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第5期1017-1028,共12页
本研究旨在建立一种非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)基因Ⅰ型和Ⅱ型的PCR-RFLP鉴别方法。通过对ASFV基因Ⅰ型与基因Ⅱ型基因组序列的比对分析,针对B385R基因和B125R基因保守区设计1对特异性PCR-RFLP引物,与其他临床上常... 本研究旨在建立一种非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)基因Ⅰ型和Ⅱ型的PCR-RFLP鉴别方法。通过对ASFV基因Ⅰ型与基因Ⅱ型基因组序列的比对分析,针对B385R基因和B125R基因保守区设计1对特异性PCR-RFLP引物,与其他临床上常见的9种猪病病毒均无交叉反应。通过该引物扩增获得覆盖B646L基因全长的DNA片段作为检测靶标,结合BmgBⅠ酶切进行RFLP图谱分析,即可实现对B646L基因全序列的快速检测,有效区分ASFV基因Ⅰ型和Ⅱ型,最低检测DNA质量浓度可达到5 pg·mL^(-1)。模拟临床样本的研究结果表明,本方法还能够有效应对实际检测中基因Ⅰ型和Ⅱ型的混合感染。综上,本方法操作简便、准确性高、特异性强、灵敏度高、成本较低,具有良好的应用前景,为基层兽医技术人员开展非洲猪瘟疫情的监测和流行病学研究提供了一种新方法。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性 基因Ⅰ型 基因Ⅱ型
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基于多重PCR-毛细管电泳的常见物种鉴别体系的构建与验证
8
作者 郭润泽 胡胜 +5 位作者 陈利萍 张颖 贺永锋 宋振 杨瑞琴 孙启凡 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第12期3175-3185,共11页
目的建立一种灵敏、高效的多重PCR-毛细管电泳检测体系,能够在单管反应中同时鉴别牛、小鼠、犬、大鼠、猪、中国仓鼠、猫、马、人、鸡、鸭、驴、羊等13个物种的DNA,并验证其在法医物证及食品安全领域的应用潜力。方法针对上述物种线粒体... 目的建立一种灵敏、高效的多重PCR-毛细管电泳检测体系,能够在单管反应中同时鉴别牛、小鼠、犬、大鼠、猪、中国仓鼠、猫、马、人、鸡、鸭、驴、羊等13个物种的DNA,并验证其在法医物证及食品安全领域的应用潜力。方法针对上述物种线粒体DNA,筛选具有物种特异性的序列并设计引物,构建多重PCR体系,优化引物浓度、退火温度等反应条件,使用毛细管电泳检测平台对多重PCR扩增产物进行检验,根据特征性片段长度及荧光差异表征不同物种,建立多重PCR-毛细管电泳体系,并评估其特异性、灵敏度,模拟混合样本、市售肉类样本及真实案件样本检测能力。结果所建立的多重PCR-毛细管电泳检测体系物种鉴别能力强,灵敏度在0.05~0.001 ng之间,可检测掺假比例为0.1%~0.5%的模拟混合样本,成功鉴别真实案件检材并识别出标签信息不实的肉类及肉制品。结论本研究所建立的多重PCR-毛细管电泳检测体系特异性强、灵敏度高,具有良好的物种鉴别能力,在法医物证分析、食品安全监测等司法问题中具有较好的应用价值。 展开更多
关键词 多重PCR 毛细管电泳 种属鉴别 法医物证 食品安全
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PCR-微孔板核酸杂交技术检测肺炎衣原体研究
9
作者 刘志强 肖文元 陈禹保 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 2003年第3期77-79,共3页
建立一种新的PCR ELISA技术模式 ,简便、特异、敏感地检测肺炎衣原体 ,为肺炎衣原体的检测提供一种有效的新方法。采用链霉亲和素包被于聚乙烯微孔板 ,生物素标记的引物扩增目的DNA片段与荧光素标记的探针在微孔板内进行分子杂交 ,抗荧... 建立一种新的PCR ELISA技术模式 ,简便、特异、敏感地检测肺炎衣原体 ,为肺炎衣原体的检测提供一种有效的新方法。采用链霉亲和素包被于聚乙烯微孔板 ,生物素标记的引物扩增目的DNA片段与荧光素标记的探针在微孔板内进行分子杂交 ,抗荧光素标记的辣根过氧化物酶可以与之结合 ,再加入底物即可产生颜色反应 ,通过测定其吸光度来进行结果判断。新建立的PCR ELISA方法与其它相关的六种病原体无交叉反应 ,临床标本检测检出率高 ,呼吸道感染者标本 42份检出率达 2 1 95 % ,肺炎患者标本 465份检出率为 42 1 5 % ,比套式PCR方法及其它检测方法的检出率都高。应用新建立的PCR ELISA方法检测肺炎衣原体特异、敏感 ,结果客观、稳定、可靠 ,对肺炎衣原体引起的疾病的诊断有十分重要的意义。 展开更多
关键词 肺炎衣原体 pcr-ELISA 检测 pcr-微孔板核酸杂交技术
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PCR-RFLP和PCR-SSCP在食源性感染致病菌检验中的应用
10
作者 谭炜炜 董进浪 吕建辉 《国际医药卫生导报》 2018年第13期1970-1973,共4页
目的 探讨PCR-RFLP和PCR-SSCP在食源性感染致病菌检验中的应用。方法 将鉴别靶基因设定为食源性感染14种常见致病菌的23S rRNA基因,扩增时运用通用引物PCR(UP-PCR),并运用单链构象多态性分析(SSCP)和限制性酶切片段长度多态性分析(RFLP... 目的 探讨PCR-RFLP和PCR-SSCP在食源性感染致病菌检验中的应用。方法 将鉴别靶基因设定为食源性感染14种常见致病菌的23S rRNA基因,扩增时运用通用引物PCR(UP-PCR),并运用单链构象多态性分析(SSCP)和限制性酶切片段长度多态性分析(RFLP)分析PCR产物的酶切片段。结果 针对23S rRNA基因片段的Hpa II酶切产物的RFLP分析表明,不同种属的致病菌表现的RFLP图谱相似;SSCP分析显示,SSCP图谱具有较大的变异性,能够为细菌鉴定提供有效依据。结论 PCR-SSCP技术能够快速鉴定食源性感染致病菌,值得在临床推广应用。 展开更多
关键词 pcr-RFLP pcr-SSCP 食源性感染致病菌 检验 应用
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大豆转基因检测体系PCR-CRISPR/Cas12b的创建 被引量：2
11
作者 陈珊珊 乾义柯 +2 位作者 牛蒙亮 胡广 王智 《核农学报》 北大核心 2025年第10期2104-2113,共10页
为建立转基因大豆CV127、DP305423、FG72的快速准确检测方法,本研究利用聚合酶链式反应(PCR)结合簇状规则间隔短回文重复序列及相关蛋白Cas12b(CRISPR/Cas12b)检测技术,根据转基因大豆CV127、DP305423、FG72三种元件及内源基因18S rRNA... 为建立转基因大豆CV127、DP305423、FG72的快速准确检测方法,本研究利用聚合酶链式反应(PCR)结合簇状规则间隔短回文重复序列及相关蛋白Cas12b(CRISPR/Cas12b)检测技术,根据转基因大豆CV127、DP305423、FG72三种元件及内源基因18S rRNA设计特异引物和CRISPR/Cas12b sgRNA,优化反应温度、反应时间和验证特异性、灵敏度,建立了PCR扩增结合CRISPR/Cas12b快速检测方法。通过PCR扩增反应35个循环后,取1μL扩增产物加入CRISPR/Cas12b体系中,45℃恒温条件下,15 min内即可观察到明显荧光信号;内源基因18S rRNA对应的sgRNA检测转基因与非转基因大豆均有荧光信号,CV127、DP305423、FG72对应的sgRNA仅在含有对应转基因元件的样品中检测到荧光信号,特异性较强;18S rRNA、CV127、DP305423、FG72对应检测体系最低检出限为10-1 pg·μL^(-1)、10-1 pg·μL^(-1)、1 fg·μL^(-1)和1 fg·μL^(-1),灵敏度较高;PCR-CRISPR/Cas12b检测法能快速准确鉴定CV127、DP305423、FG72三种转基因大豆。本研究为转基因作物提供了分子检测新方法,对提升转基因作物监管能力、有序推进生物育种产业化应用意义重大。 展开更多
关键词 转基因大豆 PCR CRISPR/Cas12b 检测
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一种鉴别山豆根的PCR-RFLP方法研究
12
作者 肖阳央 林锦锋 +3 位作者 张金聚 黄国凯 陆佳 刘潇潇 《中国药事》 2025年第9期1027-1037,共11页
目的:建立鉴别山豆根的聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法,有效区分山豆根和混伪品苦参。方法:通过对山豆根和混伪品苦参的DNA条形码进行对比分析,寻找山豆根的关键差异性位点并建立相应的PCR-RFLP方法。此外,优化... 目的:建立鉴别山豆根的聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法,有效区分山豆根和混伪品苦参。方法:通过对山豆根和混伪品苦参的DNA条形码进行对比分析,寻找山豆根的关键差异性位点并建立相应的PCR-RFLP方法。此外,优化PCR-RFLP反应体系和程序,进行退火温度、反应循环数、仪器品牌、样品DNA模板量、酶切反应体系的方法学考察。结果:山豆根和混伪品苦参的ITS2序列具有明显差异,山豆根序列有1个关键差异性位点可被限制性内切酶BamHI识别和酶切。经PCR-RFLP反应后,山豆根在200~300 bp附近有2条条带,混伪品苦参无条带。其中,最适退火温度为58℃,最适循环次数为35次。结论:建立了有效区分山豆根和混伪品苦参的PCR-RFLP方法。 展开更多
关键词 山豆根 苦参 ITS2 BamHI 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析
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ADD1基因PCR-SSCPs标记与猪肌内脂肪含量及背膘厚的关系 被引量：22
13
作者 陈杰 赵茹茜 +2 位作者 杨晓静 佟辉 刘红林 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期66-69,共4页
采用PCR SSCPs方法在苏太猪脂肪细胞定向分化因子 1(ADD1)基因第 347和 374位点发现单核苷酸多态性(SNP) ,分别为ADD1第 90和 99位氨基酸密码子的第 3位碱基 ,但这两个位点碱基的替换均没有引起氨基酸序列的变化。通过对 10 0头苏太猪... 采用PCR SSCPs方法在苏太猪脂肪细胞定向分化因子 1(ADD1)基因第 347和 374位点发现单核苷酸多态性(SNP) ,分别为ADD1第 90和 99位氨基酸密码子的第 3位碱基 ,但这两个位点碱基的替换均没有引起氨基酸序列的变化。通过对 10 0头苏太猪肥育猪背最长肌中肌内脂肪含量的相关分析 ,发现杂合子AB肌内脂肪含量最高 ,极显著地高于AA纯合子 (P <0 0 1) ,BB纯合子肌内脂肪含量介于AB和AA之间 ,并有高于AA纯合子的趋势 (P =0 11)。各基因型间背膘厚没有显著差异。提示ADD1基因该位点上的PCR SSCPs可能作为选择肌内脂肪含量 。 展开更多
关键词 脂肪细胞定向分化因子1 ADD1 基因 猪 肌内脂肪 pcr-单链构型多态性 背膘厚
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冷却猪肉不同前处理对细菌DNA提取及PCR-DGGE的影响 被引量：16
14
作者 江芸 高峰 +2 位作者 徐幸莲 叶可萍 周光宏 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第6期258-262,共5页
比较研究冷却猪肉不同前处理对细菌DNA提取及PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)的影响。冷却猪肉4℃贮藏至第5天时,分别采用冻融、超声、摇床和匀浆前处理后,提取细菌DNA,进行Dilution-PCR和DGGE分析。结果表明,不同前处理方法所制备的DNA量... 比较研究冷却猪肉不同前处理对细菌DNA提取及PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)的影响。冷却猪肉4℃贮藏至第5天时,分别采用冻融、超声、摇床和匀浆前处理后,提取细菌DNA,进行Dilution-PCR和DGGE分析。结果表明,不同前处理方法所制备的DNA量稍有差别,但对PCR-DGGE结果无显著影响,故可根据实际情况选择上述不同前处理方法。同时对16S rDNA V3区的DGGE图谱进行割胶测序,检测到腐败菌主要是假单胞菌属,其他还有不动杆菌属、环丝菌属和沙雷氏菌属。 展开更多
关键词 冷却猪肉 前处理方法 细菌 DNA提取 pcr-变性梯度凝胶电泳
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奶牛瘤胃需氧及兼性厌氧菌的PCR-16S rDNA鉴定及日粮的影响 被引量：9
15
作者 巩庆亮 王振勇 +4 位作者 柴同杰 侯志高 贾玉东 王允田 马健 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1367-1372,共6页
设计9个精料梯度的日粮饲喂干乳期成年荷斯坦奶牛,并对其瘤胃液中的部分细菌进行了分离,PCR-16SrDNA鉴定和动态检测。结果显示,以瘤胃液为原料,采用人工培养基共分离到56株细菌,并对7株具代表性的细菌进行了PCR扩增,经序列同源性比较,... 设计9个精料梯度的日粮饲喂干乳期成年荷斯坦奶牛,并对其瘤胃液中的部分细菌进行了分离,PCR-16SrDNA鉴定和动态检测。结果显示,以瘤胃液为原料,采用人工培养基共分离到56株细菌,并对7株具代表性的细菌进行了PCR扩增,经序列同源性比较,最终把细菌鉴定为牛链球菌(A0625、A1212、0131)、蜡样芽孢杆菌(0113)、地衣芽孢杆菌(0091)、短小芽孢杆菌(0083)和嗜热链球菌(0123)。同时还发现随精料浓度的增加,牛链球菌、芽孢杆菌及嗜热链球菌的数量均呈不同程度的上升趋势。结果表明不同精料浓度的日粮对奶牛瘤胃需氧及兼性厌氧菌有着不同程度的影响,其中对牛链球菌影响最大,从系统发育分析可知所分离细菌虽未形成新的细菌进化枝,但牛链球菌和嗜热链球菌的核苷酸序列仍发生了多处碱基突变。 展开更多
关键词 奶牛 瘤胃细菌 pcr-16S rDNA鉴定 日粮影响
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滤食性鲢、鳙肠含物PCR-DGGE指纹分析 被引量：8
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作者 颜庆云 余育和 +2 位作者 张堂林 冯伟松 李学梅 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期972-979,共8页
以采自武汉东湖的滤食性鲢、鳙为对象,通过PCR-DGGE并结合序列分析对其肠道微生物及肠含物中残留的食物组分进行了探索研究。在所有个体中都能检测到不同的PCR-DGGE指纹谱带,其中包括肠道细菌在内的原核谱带较多,真核谱带相对较少;分析... 以采自武汉东湖的滤食性鲢、鳙为对象,通过PCR-DGGE并结合序列分析对其肠道微生物及肠含物中残留的食物组分进行了探索研究。在所有个体中都能检测到不同的PCR-DGGE指纹谱带,其中包括肠道细菌在内的原核谱带较多,真核谱带相对较少;分析结果表明针对鲢、鳙肠含物这一特殊生境样品进行PCR-DGGE指纹分析是可行的。PCR-DGGE指纹结构及针对部分特定PCR-DGGE谱带的序列分析显示,从武汉东湖采集的鲢、鳙在食性上存在很大的重叠,并没有像基于常规食性分析文献报道的那样明显不同。基于肠含物DNA来进行鱼类食性分析的方法不受对食物碎片分类鉴定的制约,可同时对多个样品平行进行分析,且不同研究者间的研究结果便于进行比较,以便总结生态学的内在规律。 展开更多
关键词 鲢 鳙 pcr-变性梯度凝胶电泳 肠含物 武汉东湖
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小叶锦鸡儿根瘤菌的分离及其16S rDNA PCR-RFLP分析 被引量：7
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作者 严雪瑞 陈文峰 +3 位作者 陈文新 傅俊范 薛彩云 隋新华 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期141-146,共6页
对辽宁地区与小叶锦鸡儿共生的根瘤菌资源进行了初步调查。采自5个不同地区样品的根瘤,通过分离、纯化、回接验证等试验共获得65株供试根瘤菌菌株。进一步选用4种限制性内切酶对供试根瘤菌进行了16S rDNA PCR-RFLP研究,结果表明其系统... 对辽宁地区与小叶锦鸡儿共生的根瘤菌资源进行了初步调查。采自5个不同地区样品的根瘤,通过分离、纯化、回接验证等试验共获得65株供试根瘤菌菌株。进一步选用4种限制性内切酶对供试根瘤菌进行了16S rDNA PCR-RFLP研究,结果表明其系统发育地位位于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobiumspp.),并在96%相似性水平上分为5个不同的类群,分别由相应的rDNA图谱组合代表。丰富度及频度分析表明,组合15是辽宁省的优势群,组合18丰富度居第二位,但频度最高,也是辽宁省的主要类群。 展开更多
关键词 小叶锦鸡儿 根瘤菌 16S RDNA pcr- RFLP 辽宁省
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PCR-流式荧光杂交技术在地中海贫血产前基因诊断中的应用价值 被引量：10
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作者 刘春林 陈培松 +3 位作者 何小洪 余学高 黄浩 黄彬 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期221-227,共7页
目的:探讨PCR-流式荧光杂交技术在地中海贫血产前基因诊断中的临床价值。方法:选取2016年1月-2019年8月在中山大学附属第一医院进行常规产前检查或优生遗传咨询的孕妇及其配偶1 001例,受检夫妻双方均为地中海贫血基因携带者,适时抽取羊... 目的:探讨PCR-流式荧光杂交技术在地中海贫血产前基因诊断中的临床价值。方法:选取2016年1月-2019年8月在中山大学附属第一医院进行常规产前检查或优生遗传咨询的孕妇及其配偶1 001例,受检夫妻双方均为地中海贫血基因携带者,适时抽取羊水等样本,提取基因组DNA,采用PCR-流式荧光杂交技术和传统多重Gap-PCR和PCR-RDB技术对样本进行α和β-地中海贫血基因平行检测,分析基因诊断结果,评估两者在地中海贫血基因诊断中的一致性。结果:2种方法均检出正常基因型389 (占38.86%,389/1001)例,异常基因型59种,共612 (占61.14%,612/1001)例,包括α-地中海贫血416例、β-地中海贫血162例和αβ-复合地中海贫血34例。α-地中海贫血基因型主要为--SEA、-α3.7和-α4.2;β-地中海贫血中检出Cd41-42突变频率最高,其次是IVS-Ⅱ-654和CD17。检出罕见型HKαα/--SEA1例。与Gap-PCR和PCR-RDB技术相比,PCR-流式荧光杂交法的灵敏度、特异性、阳性预测值、阴性预测值和总符合率均为100%,这2种检测方法结果一致性很好。结论:PCR-流式荧光杂交技术操作简便快速,与传统技术联合平行检测有助于提高地中海贫血孕妇产前诊断的准确性。 展开更多
关键词 pcr-流式荧光杂交技术 地中海贫血 产前诊断
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PCR-DGGE技术在肉品微生物生态学中的应用 被引量：7
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作者 李沛军 孔保华 +2 位作者 郑冬梅 王营 杨赫鸿 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第19期338-343,共6页
人们一直通过传统的纯化、培养方法对肉和肉制品中的微生物进行研究,其操作过程复杂且无法准确描述完整的菌群结构。聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术因其具有快速、精确的特点在微生物生态学中得到了广泛应用。本文主要... 人们一直通过传统的纯化、培养方法对肉和肉制品中的微生物进行研究,其操作过程复杂且无法准确描述完整的菌群结构。聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术因其具有快速、精确的特点在微生物生态学中得到了广泛应用。本文主要介绍PCR-DGGE技术的原理,从非发酵肉制品腐败和发酵肉制品成熟两个角度综述其在肉品微生物生态学研究中的应用,并对该技术今后在肉品微生物研究中的应用进行展望。 展开更多
关键词 pcr-变性梯度凝胶电泳 肉制品 微生物生态 原料肉 发酵
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二花脸猪FSHR座位PCR-SSCP标记与产活仔数的关系 被引量：14
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作者 陈杰 刘红林 +1 位作者 姜志华 吴彦宁 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期53-56,共4页
采用PCR SSCP (PCR 单链构型多态性 )作为遗传标记 ,对二花脸猪促卵泡素受体 (FSHR)基因座位与产活仔数性状的关系进行了研究。结果表明 ,PCR SSCP分型共产生 2种等位基因 ,3种基因型。对不同标记基因型的二花脸猪群头胎产活仔数、头三... 采用PCR SSCP (PCR 单链构型多态性 )作为遗传标记 ,对二花脸猪促卵泡素受体 (FSHR)基因座位与产活仔数性状的关系进行了研究。结果表明 ,PCR SSCP分型共产生 2种等位基因 ,3种基因型。对不同标记基因型的二花脸猪群头胎产活仔数、头三胎产活仔数之和 ,及最高产活仔数进行单因子方差分析 ,发现该标记座位与最高产活仔数显著相关 ,其贡献率达 10 9%。基因效应分析表明 ,等位基因B的加性效应值为 0 37头 ,等位基因A的加性效应值为 - 0 6 0头。 展开更多
关键词 二花脸猪 促卵泡素受体(FSHR) pcr-单链构型多态性 产活仔数
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