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广西南宁猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株ORF5和NSP2基因的遗传变异分析 被引量：2
1
作者 李瑞雪 李承辉 +6 位作者 陈俭 李健 南世发 王瑛春 卢德章 肖书奇 殷玉鹏 《病毒学报》 北大核心 2025年第1期173-183,共11页
本文旨在监测广西南宁猪场猪繁殖与呼吸综合征病病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行情况。采集2022年广西壮族自治区南宁市4个不同规模化猪场的9322份血清样品、1348份睾丸液、402份精液样品、308... 本文旨在监测广西南宁猪场猪繁殖与呼吸综合征病病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行情况。采集2022年广西壮族自治区南宁市4个不同规模化猪场的9322份血清样品、1348份睾丸液、402份精液样品、3083份唾液样品和787份环境样品,使用qRT-PCR方法对样品中的病原进行检测,同时扩增PRRSV阳性样品的ORF5和NSP2基因;测序后利用DNAStar软件进行遗传进化分析、氨基酸序列比对分析,并对ORF5基因的N-糖基化位点进行预测。从PRRSV阳性样品中成功获得23条ORF5基因序列和18条NSP2基因序列,基于ORF5基因遗传进化分析属于PRRSV美洲型,其中NADC30-like毒株13株,NADC34-like毒株9株,VR2332-Like毒株1株。对ORF5氨基酸进行多序列比对显示,23株毒株无插入或缺失,但都存在位点突变。基于NSP2基因遗传进化分析显示为PRRSV美洲型,对NSP2氨基酸进行多序列比对显示,18株PRRSV存在1+19个氨基酸的缺失,与NADC30毒株NSP2氨基酸对应位置缺失模式一致。结果表明,该地区猪场主要流行NADC30-Like和NADC34-Like毒株,PRRSV不同流行毒株存在一定的遗传差异,本研究为广西PRRS防控和疫苗选用提供了科学依据。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸障碍综合征 orf5 NSP2 遗传进化分析
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2022—2023年广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5和Nsp2基因的遗传变异分析 被引量：1
2
作者 彭家为 李康 +5 位作者 张歆明 吴寿堂 王爽云 刘燕玲 张乐宜 宋长绪 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2025年第4期86-94,102,共10页
为了初步了解我国广东省猪场中猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行特点和遗传变异情况,试验于2022年2月份——2023年10月份采集广东省11个地区(广州市、肇庆市、河源市、江门市... 为了初步了解我国广东省猪场中猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行特点和遗传变异情况,试验于2022年2月份——2023年10月份采集广东省11个地区(广州市、肇庆市、河源市、江门市、茂名市、云浮市、韶关市、清远市、珠海市、湛江市、汕头市)27家猪场共241份疑似患猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)病猪的肺脏组织和血液样本并采用RT-PCR方法进行PRRSV检测,根据检测结果选取不同地区猪场的10份阳性样本病毒核酸对ORF5和Nsp2基因进行测序及序列遗传变异分析。结果表明:241份肺脏组织和血液样本的总阳性率为21.99%;不同地区阳性率在9.90%~42.86%之间,其中阳性率最高的地区为广州市,最低的地区为云浮市;肺脏组织样本阳性率为14.28%,血液样本阳性率为24.32%。从基于PRRSV ORF5基因构建的遗传进化树中可见,选取的10株PRRSV毒株中有1株(GDZH)位于以JXA1和CH-1a为代表的Lineage8.7亚群分支上,有5株(GDJM、GDKP、GDHY、GDMM、GDST)位于以NADC30为代表的Lineage1亚群分支上,有4株(GDGZ、GDGZ-2、GDZJ、GDGY)位于Lineage3亚群分支上。选取的10株PRRSV毒株ORF5基因之间的核苷酸序列相似性为80.1%~99.3%,其中GDGZ、GDZJ、GDGY和GDGZ-2的ORF5基因与Lineage3亚群毒株QYYZ(登录号为JQ308798.1)的核苷酸序列相似性最高,分别为90.2%、89.4%、93.7%、90.0%;GDJM、GDKP、GDHY、GDST和GDMM的ORF5基因与Lineage1亚群毒株NADC30(登录号为MH500776.1)的核苷酸序列相似性最高,分别为91.0%、92.2%、90.8%、85.7%、91.7%,GDZH的ORF5基因与Lineage8.7亚群高致病性毒株JXA1(登录号为EF11244.5)的核苷酸序列相似性最高,为96.2%。从基于PRRSV Nsp2基因构建的遗传进化树中可见,选取的10株PRRSV毒株中有5株(GDZH、GDGZ、GDGZ-2、GDZJ、GDGY)位于以JXA1和CH-1a为代表的Lineage8.7亚群分支上,有5株(GDJM、GDHY、GDST、GDMM、GDKP)位于以NADC30为代表的Lineage1亚群分支上。选取的10株PRRSV毒株Nsp2基因之间的核苷酸序列相似性为31.6%~96.6%。其中GDZH、GDGZ、GDGZ-2、GDZJ和GDGY的Nsp2基因与Lineage8.7亚群高致病性毒株JXA1(登录号为EF11244.5)的核苷酸序列相似性最高,分别为97.1%、98.1%、96.8%、91.3%、94.2%,GDJM、GDKP、GDST、GDMM、GDHY的Nsp2基因与Lineage1亚群毒株NADC30(登录号为MH500776.1)的核苷酸序列相似性最高,分别为67.6%、83.6%、82.2%、82.8%、80.3%。说明广东省猪场中流行的PRRSV毒株呈现多样性,Lineage3、Lineage1和Lineage8.7为主要流行的亚群。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 orf5基因 NSP2基因 遗传变异 广东省
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2020-2023年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查及ORF5基因变异分析
3
作者 黄文琳 于慧 +5 位作者 蓝欣 杨圆 陈洪博 范克伟 魏春华 刘建奎 《动物医学进展》 北大核心 2025年第5期9-16,共8页
为了研究2020-2023年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行和变异规律,采用荧光定量RT-PCR方法,对福建不同地区收集的240份疑似PRRSV的组织样品和血清进行PRRSV-1和PRRSV-2检测,对阳性样品采用RT-PCR方法扩增PRRSV ORF5基因,应用... 为了研究2020-2023年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行和变异规律,采用荧光定量RT-PCR方法,对福建不同地区收集的240份疑似PRRSV的组织样品和血清进行PRRSV-1和PRRSV-2检测,对阳性样品采用RT-PCR方法扩增PRRSV ORF5基因,应用分子生物学软件进行同源性和遗传变异分析。结果显示,福建省PRRSV总体阳性率为18.8%(45/240),其中PRRSV-2的阳性率为16.3%(39/240),PRRSV-1的阳性率为2.5%(6/240)。经RT-PCR成功扩增35个PRRSV-2 ORF5基因和3个PRRSV-1 ORF5基因。序列比对分析表明,35个PRRSV-2 ORF5基因核苷酸同源性为81.3%~99.8%,与代表毒株VR2332、NADC30、NADC34、QYYZ和JXA1的核苷酸同源性为80.9%~99.3%。3个PRRSV-1 ORF5基因核苷酸同源性为82.8%~98.5%,与代表毒株LV、Amervac PRRS、FJQEU14、FJEU13等的核苷酸序列同源性为81.5%~99.7%。遗传进化分析表明,福建省PRRSV-2可分为Lineage1、Lineage3和Lineage8,其中Lineage1占比最高,为68.6%(24/35,18株为NADC30-like毒株,6株为NADC34-like毒株),PRRSV-1均属于SubtypeⅠ。氨基酸分析表明,PRRSV-1 GP5蛋白氨基酸变异主要集中于信号肽区域(aa 1-33)和2个胞外域(aa 33-67和aa 89-109);PRRSV-2 GP5蛋白氨基酸变异主要集中于信号肽区域(aa 1-25)、aa 27-36区域和抗原表位C(aa 52-62)。综上表明,PRRSV-1和PRRSV-2同时在福建省流行,NADC30-like PRRSV-2为优势流行毒株且呈现遗传多样性,NADC34-like PRRSV-2和PRRSV-1可能已在福建省潜在流行。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 orf5基因 序列分析 遗传进化分析 NADC34
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2019年~2023年我国PRRSV ORF5基因遗传变异和密码子使用偏好性分析
4
作者 翁成桢 李鸿喜 +6 位作者 黄欣欣 章蓓雯 唐歆 曹翀 唐静晖 李晓冰 陈洪博 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第3期221-230,共10页
为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况、遗传演化特征和密码子使用偏好性等,本研究从GenBank中下载2019年~2023年我国1194条PRRSV ORF5基因,采用MEGA6.0中的NJ法对上述ORF5基因和国内外26条PRRSV参考株ORF5基因构建进化... 为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况、遗传演化特征和密码子使用偏好性等,本研究从GenBank中下载2019年~2023年我国1194条PRRSV ORF5基因,采用MEGA6.0中的NJ法对上述ORF5基因和国内外26条PRRSV参考株ORF5基因构建进化树鉴定PRRSV的基因型。通过MEGA6.0中K2P模型计算相同及不同基因型PRRSV ORF5(后仅称为ORF5基因)基因核苷酸和氨基酸序列的遗传距离。采用DnaSP v5软件分析不同基因型ORF5基因的平均差异位点数、核苷酸多态性、交换频率和基因间遗传变异等分析ORF5基因的迁移。采用RDP4和SimPlot分析不同基因型ORF5基因的重组事件。采用CodonW分析不同基因型ORF5基因编码区的碱基组成,评估该基因编码区密码子使用的偏好性及影响因素。基因型鉴定结果显示,2019年~2023年我国谱系L1 PRRSV占比最高为70.4%,谱系L5最少为3.3%,基因Ⅰ型中的1亚型为2.3%。遗传距离计算结果显示,我国流行的基因Ⅱ型谱系L1、L3内ORF5基因核苷酸和氨基酸序列的遗传距离均大于其他谱系与基因Ⅰ型,且不同基因型ORF5基因核苷酸和氨基酸序列的遗传距离均大于相同基因型。迁移分析结果显示,不同基因型间ORF5基因的遗传分化程度大,但交换及传递频率较低,其中谱系L1、L3 ORF5基因比其他谱系的遗传多样性更广泛,更易发生变异。重组分析结果显示,共检测到7个发生重组的ORF5基因,且均为谱系L1、L3和L8之间的重组。密码子使用偏好性结果显示,同义密码子第3位碱基A3s含量在不同基因型ORF5基因间均最低,C3s含量在不同基因型ORF5基因间均最高。谱系L5和L8 ORF5基因的GC含量均高于50%,谱系L1、L3和1亚型ORF5基因的GC含量均低于50%,相对同义密码子使用度RSCU分析结果显示,不同基因型ORF5基因高表达密码子第3位以G/C为主,低表达密码子第3位以A/U为主;密码子偏好性的影响因素分析结果显示,不同基因型ORF5基因编码区的有效密码子数ENC在58~61(ENC>40),且均在ENC曲线上。上述结果表明,表明不同基因型ORF5基因间同义密码子第3位碱基偏好于C,很少偏好于A,且ORF5基因密码子偏好于GC,其密码子偏好性仅受突变压力影响,且使用偏好性较低。本研究为我国的PRRSV的流行病学调查和PRRS的防控提供参考依据。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 orf5 基因重组 遗传多样性 密码子
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天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株ORF5基因的克隆及遗传变异分析
5
作者 李文忠 荣新利 +4 位作者 刘野 吴庆东 张乐 孙英峰 于海 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第2期156-164,共9页
为了解天津地区猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)的流行和遗传变异情况,收集2021-2022年天津地区养殖场209份临床疑似发病猪的组织进行检测及ORF5遗传变异分析。结果显示:PRRSV阳性样品总检出率为37.3%(78/209),并从阳性样本中选择15... 为了解天津地区猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)的流行和遗传变异情况,收集2021-2022年天津地区养殖场209份临床疑似发病猪的组织进行检测及ORF5遗传变异分析。结果显示:PRRSV阳性样品总检出率为37.3%(78/209),并从阳性样本中选择15个不同地区来源具有代表性样品进行ORF5基因克隆序列。序列及遗传进化分析显示:该15株PRRSV毒株均属于美洲型,其中8条PRRSV毒株的ORF5基因与以HuN4为代表的类HP-PRRSV毒株同源性较高,核苷酸序列与推导氨基酸序列的同源性分别为89.4%~97.3%和80.6%~95.5%,而与NADC30、VR2332、NADC34等毒株的同源性较低,分别为77.1%~87.1%和77.1%~86.6%;6条PRRSV毒株的ORF5基因与以NADC30为代表的类NADC30毒株同源性最高,核苷酸序列与推导氨基酸序列的同源性分别为91.9%-92.7%和91.5%-93.0%,而与HuN4、VR2332、NADC34等毒株的同源性较低,分别为83.6%-87.8%和79.6%~86.6%;1条PRRSV毒株的ORF5基因与以NADC34为代表的类NADC34毒株同源性最高,核苷酸序列与推导氨基酸序列的同源性为96.4%和95.5%,而与NADC30、HuN4、VR2332等毒株的同源性为86.7%~89.9%和86.6%~92.0%。结果表明,2021-2022年天津地区以类HP-PRRSV、类NADC30 PRRSV为主要流行毒株,同时出现类NADC34毒株的流行,存在明显的遗传多样性。研究结果可为天津地区PRRS的防控提供理论依据。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒 orf5基因 序列分析 遗传变异 同源性分析
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PRRSV HNHK3-2021毒株的ORF5和ORF7序列分析 被引量：2
6
作者 范悦轩 马佳镁 +5 位作者 黄春媛 郑佳馨 陈素贞 张艳 刘光亮 曹宗喜 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1292-1300,共9页
【目的】研究海南猪繁殖与呼吸综合征病毒PRRSV的流行病学特征和遗传变异规律。【方法】采集海南省海口市及周边地区样品,分离出PRRSV HNHK3-2021毒株,并测定NSP2基因以及ORF5和ORF7基因序列,采用Lasergene 7.1进行序列比对分析,用MEGA-... 【目的】研究海南猪繁殖与呼吸综合征病毒PRRSV的流行病学特征和遗传变异规律。【方法】采集海南省海口市及周边地区样品,分离出PRRSV HNHK3-2021毒株,并测定NSP2基因以及ORF5和ORF7基因序列,采用Lasergene 7.1进行序列比对分析,用MEGA-X进行遗传演化分析。【结果】分离出的PRRSV HNHK3-2021株为美洲型毒株,PRRSV HNHK3-2021株和EF112447 HEB1、EU109503 GD、EU624117 XH-GD的ORF5和ORF7的核苷酸相似性较高,分别为99.2%~99.3%和99.5%~100%,推导氨基酸相似性为99%~99.5%和100%;PRRSV HNHK3-2021株和EU864232 SHB、AY262352_HB-2(sh)2002、AY656990 Abst-1、AY032626 CH-1a、EU807840 CH-1R的ORF5和ORF7的核苷酸相似性为87.1%~96.4%和91.4%~97.3%,推导氨基酸的相似性为86.6%~93%和91.9%~97.6%;PRRSV HNHK3-2021株和JN654459 NADC30、KP860909 FJZ03、MH068878 SD17-38、AY881994 FJ-1的ORF5和ORF7的核苷酸相似性为85.4%~87.1%和89%~91.4%。氨基酸的相似性为86.1%~87.1%和89.5%~91.9%。【结论】RRSV HNHK3-2021毒株和EU624117 XH-GD具有最近的遗传距离。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 遗传进化 orf5 ORF7
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2021―2022年川渝部分地区PRRSV分子流行病学及ORF5遗传特征分析 被引量：6
7
作者 赵自亮 左妤祺 +8 位作者 赵康燕 方思颖 程钟坤 崔羽丹 朱桓奕 倪兴维 徐婷婷 刘霞 赵光伟 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期437-444,共8页
为了解我国川渝地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行情况及分子特征,本试验以RT-PCR方法对2021―2022年间收集的来自川渝地区的临床样本进行PRRSV检测,并进一步对阳性样本的O... 为了解我国川渝地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行情况及分子特征,本试验以RT-PCR方法对2021―2022年间收集的来自川渝地区的临床样本进行PRRSV检测,并进一步对阳性样本的ORF5基因进行测序分析,探究其流行现状以及遗传变异情况。结果显示,川渝两地PRRSV阳性率为20.5%(40/195),其中四川PRRSV阳性率为18.1%(15/83),重庆为22.3%(25/112)。对其中23份阳性样本的ORF5基因分析显示,所获PRRSV均为基因Ⅱ型,包含谱系1、3、5和8,以NADC30类毒株为主;其中四川地区毒株与上海、辽宁、湖南等地区毒株存在较近的亲缘关系,重庆地区与当地毒株的同源性较高;与目前临床中使用的疫苗毒株比较,发现23株临床样本ORF5序列中有3个B细胞表位和1个T细胞表位与疫苗株存在较大差异。本试验结果表明PRRSV感染在川渝部分地区仍较为严重,美洲型NADC30类毒株是当前流行的优势毒株,且与疫苗株存在一定的变异,该结果对川渝地区PRRSV的防控具有借鉴意义。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 分子流行病学 orf5基因 遗传变异分析
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2020—2022年闽粤赣地区PRRSV ORF5基因的分子流行病学调查 被引量：6
8
作者 吕紫欣 张鑫杰 +7 位作者 薛少华 金艳冬 陈林熙 黄喜荣 罗国清 蒙宁 陈瑶 戴爱玲 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期235-242,共8页
【目的】了解闽粤赣地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行动态,为该疫病的科学防控提供参考。【方法】采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对2020—2022年闽粤赣地区1475份临床猪组织和血清样品进行检测,对PRRSV阳性样品进行ORF5... 【目的】了解闽粤赣地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行动态,为该疫病的科学防控提供参考。【方法】采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对2020—2022年闽粤赣地区1475份临床猪组织和血清样品进行检测,对PRRSV阳性样品进行ORF5基因扩增和测序,并对ORF5基因的序列进行系统发育分析。【结果】2020、2021、2022年闽粤赣地区发病猪PRRSV的阳性率分别为24.23%(95/392)、27.69%(162/585)、18.07%(90/498),2020—2022年福建、广东、江西地区PRRSV的阳性率分别为23.20%(272/1172)、23.96%(52/217)、26.44%(23/87)。挑选来自不同猪场的86份阳性样品进行PCR扩增,成功获得62株PRRSV ORF5基因序列,并下载GenBank已发布的18株2020—2022年闽粤赣地区PRRSV的ORF5基因序列,与127株PRRSV国内外参考株ORF5基因序列构建系统发育树。系统发育树显示,80株闽粤赣PRRSV分离株均属美洲株。其中,40株分布在谱系1(NADC30-like株、NADC34-like株)上,12株分布在谱系3(GM2-like株、QYYZ-like株)上,7株分布在谱系5(VR2332-like株、BJ-4-like株)上,21株分布在谱系8(JXA1-like株、CH-1a-like株)上。对核苷酸和氨基酸序列的同源性进行分析,结果显示,80株PRRSV ORF5基因编码的核苷酸序列同源性为81.2%~100%,氨基酸序列同源性为78.6%~100%。33株PRRSV ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸序列在中和表位区第39氨基酸残基处存在变异。【结论】2020—2022年闽粤赣地区PRRSV流行株以谱系1为主(50.00%),并存在谱系1、3、5、8的混合流行。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) orf5基因 遗传变异
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2019—2022年天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因遗传演化分析 被引量：2
9
作者 李文军 王欢欢 +3 位作者 邵笑 刘野 李文忠 孙英峰 《天津农学院学报》 CAS 2024年第1期71-77,共7页
为分析研究天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的分子遗传进化关系,对2019—2022年收集的20份天津地区PRRSV阳性样品进行ORF5克隆测序,以开展遗传变异研究和系统发育分析。遗... 为分析研究天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的分子遗传进化关系,对2019—2022年收集的20份天津地区PRRSV阳性样品进行ORF5克隆测序,以开展遗传变异研究和系统发育分析。遗传进化结果显示,20株毒株有11株属于谱系1.8,3株属于谱系1.5,5株属于谱系8,1株为谱系5,表明该地区PRRSV毒株流行呈现多样性。ORF5基因及推导氨基酸同源性和位点进行分析,其中11株谱系1.8毒株与NADC30毒株核苷酸同源性为91.2%~93.0%,氨基酸同源性为89.6%~93.5%;3株1.5谱系毒株与NADC34毒株核苷酸同源性为93.4%~96.5%,氨基酸同源性为92.5%~95.5%;4株分离株与HP-PRRSV毒株同源性最高,核苷酸同源性为90.0%~95.5%,氨基酸同源性为86.6%~91.0%;1株分离株与经典毒株CH-1a同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.0%和89.1%,1株谱系5毒株与VR2332毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%和96.0%。在关键的氨基酸位点上存在一定程度突变,这些关键突变很可能造成病毒致病力差异,并导致病毒逃逸发生。本研究对天津地区PRRS防控提供数据支持。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 orf5 遗传演化
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我国猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因变异及全基因组重组分析 被引量：1
10
作者 覃珍珍 王志远 +4 位作者 文波 潘红丽 凌洪 郑蓉 吴先华 《中国猪业》 2024年第6期66-75,共10页
为了解我国猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的流行和遗传变异情况,本研究对我国2023年以来上传至NCBI数据库中的PRRSV ORF5基因和全基因组序列进行了生物信息学分析,并通过比对PRRSV基因序列,对其相似性、系统发育学和基因重组进行探讨。本研... 为了解我国猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的流行和遗传变异情况,本研究对我国2023年以来上传至NCBI数据库中的PRRSV ORF5基因和全基因组序列进行了生物信息学分析,并通过比对PRRSV基因序列,对其相似性、系统发育学和基因重组进行探讨。本研究共收集了41条PRRSV ORF5基因序列和13条全基因组序列,13条PRRSV全基因序列相似性分析表明:所有序列与NADC30、JXA1、VR2332、QYYZ、NADC34、Lelystad毒株的相似性分别为43.8%~92.5%、43.4%~84.4%、43.7%~83.3%、42.2%~81.3%、43.3%~95.2%、56.2%~89%。系统发育学分析表明:PRRSV ORF5基因分群表明,谱系1.8毒株占比58.5%(24/41),谱系1.5占比4.8%(2/41),谱系5.1占比12.2%(5/41),谱系8.7占比24.39%(10/41);PRRSV全基因组分群表明,谱系1.8毒株占比76.92%(10/13),谱系1.5占比7.69%(1/13),基因Ⅰ型毒株占比15.38%(2/13)。基因重组分析表明:有10条全基因组序列存在基因重组(10/13),重组的主要亲本毒株为NADC30(10/10),次要亲本毒株为JXA1(10/10),此外,NADC34也参与基因重组(4/10),VR2332参与了一株PRRSV重组(1/10)。研究分析结果发现,NADC30-Like毒株持续占据我国PRRSV流行的主要毒株,HP-PRRSV毒株的流行数量仅次于NADC30-Like,NADC34-Like毒株的流行日益增多。NADC30是参与基因重组最为活跃的毒株,其次为JXA1和NADC34,同时,PRRSV基因Ⅰ型毒株在我国呈潜在流行。 展开更多
关键词 猪 繁殖与呼吸综合征 PRRSV orf5 基因组 序列 系统发育 重组分析
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PRRSV BJ-4株ORF5基因的原核表达与重组蛋白的纯化 被引量：36
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作者 谷红 杨汉春 +1 位作者 郭鑫 陈艳红 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期64-69,共6页
为成功表达猪繁殖与综合征病毒(PRRSV)结构蛋白GP5,通过PCR方法从重组质粒pGEM ORF5扩增得到缺失N端疏水序列的基因片段dORF5(deletingORF5)。将dORF5克隆至原核高效表达载体pGEX 4T 2,在E.coliBL21细胞中成功表达了重组蛋白GST dORF5,... 为成功表达猪繁殖与综合征病毒(PRRSV)结构蛋白GP5,通过PCR方法从重组质粒pGEM ORF5扩增得到缺失N端疏水序列的基因片段dORF5(deletingORF5)。将dORF5克隆至原核高效表达载体pGEX 4T 2,在E.coliBL21细胞中成功表达了重组蛋白GST dORF5,表达产物以包涵体的形式存在,表达量为20 8%。Western Blot结果表明重组蛋白可被PRRSV阳性血清所识别。利用融合肽进行亲和层析得到高纯度的重组蛋白,为进一步研究PRRS病毒结构蛋白的结构和功能奠定了基础。 展开更多
关键词 PRRSV BJ-4株 orf5基因 原核表达 重组蛋白 分离纯化 猪 繁殖与呼吸综合症
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高致病性PRRSV的分离及其Nsp2和ORF5基因的序列分析 被引量：29
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作者 马静云 李浩波 +4 位作者 王玲玲 何晓明 王连想 谢青梅 毕英佐 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期650-657,共8页
从广东省不同地区疑似高致病性猪生殖与呼吸综合征病料中分离出能引起Marc-145细胞病变的病毒，经RT-PCR检测，确定分离物中存在美洲型猪生殖与呼吸综合征病毒（PRRSV），将此细胞病毒液命名为GDBl，用其感染回归5头40日龄健康仔猪，采... 从广东省不同地区疑似高致病性猪生殖与呼吸综合征病料中分离出能引起Marc-145细胞病变的病毒，经RT-PCR检测，确定分离物中存在美洲型猪生殖与呼吸综合征病毒（PRRSV），将此细胞病毒液命名为GDBl，用其感染回归5头40日龄健康仔猪，采集发病及死亡猪组织，重新用Marc-145细胞进行病毒分离，将再次分离到的病毒命名为GDB1F。对GDB1、GDBIF的Nsp2、ORF5基因序列进行测定分析。结果表明，单独感染猪2／2发病死亡，同居感染的3头猪全部发病，2头死亡；感染后2～4d所有感染猪均出现体温升高。死亡猪表现为严重的出血性、间质性肺炎，肢体远端皮表出血。序列分析结果表明，GDB1和GDB1F株的Nsp2基因与国内高致病性PRRSV分离株JXA1、HN2Nsp2、HNXT1、HNyz、HUB2、HUN1的同源性很高，达98．4％～99．0％。GDB1和GDB1F株的ORF5基因存在部分突变，没有缺失，与国内高致病性PRRSV分离株JXA1、HUB2、JX0612、GDZC1的同源性高达97．5％～99．8％。 展开更多
关键词 高致病性猪生殖与呼吸综合征病毒 分离 NSP2基因 orf5基因 序列分析
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猪繁殖与呼吸综合征病毒河南分离株ORF5基因的克隆与变异分析 被引量：21
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作者 周海范 夏平安 +3 位作者 崔保安 柴春霞 张红英 杨霞 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期810-813,817,共5页
从河南郑州、新乡、周口不同地区猪场的急性病猪中分离到3株猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproduc-tive and respiratory syndrome virus,PRRSV),分别命名为PRRSV Hn-1/06、PRRSV Hn-2/06和PRRSV Hn-3/06,细胞中和试验证实其血清型... 从河南郑州、新乡、周口不同地区猪场的急性病猪中分离到3株猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproduc-tive and respiratory syndrome virus,PRRSV),分别命名为PRRSV Hn-1/06、PRRSV Hn-2/06和PRRSV Hn-3/06,细胞中和试验证实其血清型与美洲型一致。利用RT-PCR方法克隆了它们的ORF5基因,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与7个不同来源的PRRSV毒株进行了同源性和亲缘关系比较分析,结果表明,3个分离株之间的ORF5基因及其推导的氨基酸均同源性均大于95.5%;与VR-2332标准北美洲株和疫苗株RespPRRS MLV间的同源性均低于与中国CH-1a毒株,而与流行的欧洲株间的同源性均低于54.5%。同时对推导氨基酸序列与6个北美洲型PRRSV株进行变异分析比较,证实其推导氨基酸序列发生了变异,特别是中和位点处第39位明显不同,表明河南省流行的PRRSV为北美洲型的变异株。 展开更多
关键词 PRRSV 河南分离株 orf5基因 变异分析
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中国部分地区2005-2007年猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株ORF5基因和Nsp2基因遗传变异分析 被引量：15
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作者 薛青红 张彦明 +4 位作者 刘湘涛 郎洪武 邹敏 高金源 邓永 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期1805-1812,共8页
【目的】为分析2005-2007年间中国部分省区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的分子生物学特征,了解其遗传演化规律,查明中国目前PRRSV流行毒株现状。【方法】应用病毒分离方法从中国4个省份在2005-2007年间采集的81份疑似蓝耳病... 【目的】为分析2005-2007年间中国部分省区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的分子生物学特征,了解其遗传演化规律,查明中国目前PRRSV流行毒株现状。【方法】应用病毒分离方法从中国4个省份在2005-2007年间采集的81份疑似蓝耳病病料中分离到36株猪繁殖与呼吸综合征病毒,应用RT-PCR方法对36株PRRSV现地分离株的ORF5基因和Nsp2基因进行扩增和序列分析。【结果】36株现地分离株均属于美洲型PRRSV,ORF5基因全长均为603bp,未发现有基因缺失或插入,编码约200个氨基酸,分离株推导氨基酸序列变异主要发生在9～39位;36个分离株中有15株PRRSVNsp2基因全长为2940bp,21株PRRSVNsp2基因全长为2850bp;发生Nsp2缺失的PRRSV在Nsp2基因第481位、532～560位发生了不连续缺失,共缺失30个氨基酸。与GeneBank中收录的14个PRRSVORF5、Nsp2基因进行核苷酸及氨基酸序列比较和分析,系统进化关系显示,除B02-2005株可能与疫苗株有关外,多数现地分离株与Ch-1a株遗传距离较近,不同年份分离到的毒株与早期PRRSV分离株的同源性逐年降低。【结论】根据氨基酸变异情况对PRRSV现地分离株进行亚群聚类分析,发现36株现地分离株分别归属于以VR-2332为代表的4亚群,以BJ-4为代表的1亚群和以Ch-1a为代表的2亚群。进化关系表明PRRSVORF5、Nsp2基因及其推导的氨基酸序列均发生了较大变异,不同地区PRRSV分离株的遗传关系存在交叉现象,地域特征不明显。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 病毒分离 orf5基因 NSP2基因 遗传变异
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基因枪与肌肉注射猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因疫苗诱导小鼠体液及细胞免疫的比较研究 被引量：10
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作者 陈希文 程安春 +6 位作者 汪铭书 刘菲 希尼尼根 豆文波 刘伍梅 李雪梅 张平英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第8期812-818,共7页
猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因疫苗(pcDNA-PRRSV-ORF5)以不同免疫途径(基因枪和肌肉注射)免疫BALB/c小鼠,以PBS和空载质粒pcDNA3.1(+)为对照,采用流式细胞仪(FACS)、淋巴细胞增殖试验(MTT法)及间接ELISA试验分别对小鼠外周血中CD4+、C... 猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因疫苗(pcDNA-PRRSV-ORF5)以不同免疫途径(基因枪和肌肉注射)免疫BALB/c小鼠,以PBS和空载质粒pcDNA3.1(+)为对照,采用流式细胞仪(FACS)、淋巴细胞增殖试验(MTT法)及间接ELISA试验分别对小鼠外周血中CD4+、CD8+T淋巴细胞数、T淋巴细胞的转化功能及小鼠血清中特异性PRRSV血清抗体IgG动态变化进行了检测。结果表明,pcDNA-PRRSV-ORF5基因疫苗接种小鼠后外周血对ConA有明显的反应性,试验组与对照组比较差异极显著(P<0.01)或显著(P<0.05),CD4+T淋巴细胞数在免疫后7d高于对照组(P<0.01),CD8+T淋巴细胞在免疫后28d高于对照组,不同途径基因疫苗接种小鼠后均诱导小鼠产生PRRSV特异性IgG。在诱导细胞免疫方面,基因枪和肌肉注射各组间无明显差异;在诱导体液免疫方面,基因枪法优于肌肉注射。研究表明制备的pcDNA-PRRSV-ORF5基因疫苗免疫小鼠能够诱导其机体产生良好的体液和细胞免疫应答,基因枪法较肌肉注射更能诱导体液免疫应答的产生。 展开更多
关键词 基因枪 肌肉注射 猪 繁殖呼吸综合征 orf5基因疫苗 小鼠 体液免疫 细胞免疫
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PRRSV NJ-a株ORF5基因A表位的修饰与糖基化位点的突变对其DNA疫苗免疫效力的影响 被引量：13
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作者 郑其升 李鹏 +5 位作者 毕志香 牛明福 曹瑞兵 周斌 陈德胜 陈溥言 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期33-39,共7页
为了提高PRRSVORF5基因的免疫效力,对ORF5基因进行了改造,将CpG序列和通用型辅助性T淋巴细胞表位插入A表位与B表位之间,并对N33与N51位糖基化位点进行了点突变,获得改造的ORF5基因。在此基础上构建了由两个CMV启动子调控的共表达改造的O... 为了提高PRRSVORF5基因的免疫效力,对ORF5基因进行了改造,将CpG序列和通用型辅助性T淋巴细胞表位插入A表位与B表位之间,并对N33与N51位糖基化位点进行了点突变,获得改造的ORF5基因。在此基础上构建了由两个CMV启动子调控的共表达改造的ORF5(MORF5)与ORF6基因的真核表达质粒pcDNA-M5A-6A。经Western-blot与IFA验证真核质粒的体外表达后,免疫6周龄Balb/c小鼠,利用微量中和试验检测免疫后的中和抗体,利用MTT法检测免疫后淋巴细胞的增生情况,并与未改造ORF5基因真核表达质粒pcDNA-5A-6A、弱毒疫苗以及灭活疫苗的免疫效果进行比较。结果表明,pcDNA-M5A-6A不但能够刺激免疫小鼠在较短的时间内产生更高水平的中和抗体,而且可以诱导产生更强烈的T淋巴细胞增殖反应。所构建的共表达PRRSV改造的ORF5基因与ORF6基因的DNA疫苗pcDNA-M5A-6A,能够较好的诱发小鼠产生较高的特异性针对PRRSV的中和抗体和细胞免疫应答,为研究能够更好地防制PRRSV的新型疫苗提供了新的思路。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 orf5基因 基因改造 DNA疫苗
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2008-2010年中国华东地区PRRSV ORF5基因遗传变异分析 被引量：11
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作者 王小敏 何孔旺 +10 位作者 张文文 陈蔚 茅爱华 俞正玉 温立斌 倪艳秀 张雪寒 吕立新 郭容利 周俊明 李彬 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第18期3886-3894,共9页
【目的】对来自2008-2010年中国华东地区7个不同省市的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场送检的病料进行PRRSV检测,并对其ORF5基因进行测序,确定当前PRRSV在中国华东地区的分子流行病学特征,并分析PRRSV在中国的遗传演化规律。【方... 【目的】对来自2008-2010年中国华东地区7个不同省市的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场送检的病料进行PRRSV检测,并对其ORF5基因进行测序,确定当前PRRSV在中国华东地区的分子流行病学特征,并分析PRRSV在中国的遗传演化规律。【方法】利用RT-PCR方法对采集的样品进行PRRSV检测,并对PRRSV检测呈阳性的36份病料进行ORF5基因的序列测定和分析。【结果】260份病料中共检测到118份PRRSV阳性样品,阳性率为45.4%。ORF5序列分析和系统进化树分析结果表明,本试验所获得的36株PRRSV毒株序列均属于北美型,与GenBank中高致病性PRRSV(HP-PRRSV)参考毒株的氨基酸同源性为94.6%-100%,并可分为5个亚群,亚群III与HP-PRRSV同源性最高,几乎所有的亚群中和表位(primary neutralizing epitope,PNE)都存在变异,亚群III和IV相对于其它亚群具有更多的糖基化位点。由于36个毒株是于2008-2010年间采集自安徽、江苏、上海等7省,进化树分析结果表明,病毒的分型并没有呈现明显的地域性。【结论】2008-2010年间中国华东地区普遍存在PRRSV感染,PRRSV流行株为HP-PRRSV,其遗传演化相对稳定,但也具有不同的遗传特征。来源于不同省市的PRRSV毒株的遗传关系存在交叉,虽然亚群IV和V只出现在部分省市,但PRRSV的分布没有呈现明显的地域特征。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征(PRRS) 华东地区 orf5基因 遗传变异
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猪繁殖与呼吸综合征病毒YA株ORF5基因的克隆与序列分析 被引量：9
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作者 方六荣 牛传双 +3 位作者 肖少波 方兵兵 张辉 陈焕春 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第6期501-505,共5页
以猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)YA株为材料 ,采用RT -PCR扩增其ORF5基因全长cDNA并进行序列测定和比较分析。结果YA株ORF5基因cDNA编码区长 6 0 3bp ,可编码 2 0 0个氨基酸残基。与欧洲型代表株LV株、美洲型代表株VR - 2 332株在氨... 以猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)YA株为材料 ,采用RT -PCR扩增其ORF5基因全长cDNA并进行序列测定和比较分析。结果YA株ORF5基因cDNA编码区长 6 0 3bp ,可编码 2 0 0个氨基酸残基。与欧洲型代表株LV株、美洲型代表株VR - 2 332株在氨基酸水平上的同源性分别为 5 8%和 90 % ,与国内首株分离株 (CH - 1a)的同源性高达 95 % ,推测YA株属于美洲型。根据YA株ORF5基因编码的氨基酸序列 ,与具有代表性的 12株美洲型毒株和 2株欧洲型毒株绘制进化系统树 ,结果也显示YA株与美洲型分离毒株的遗传关系较近 ,而与欧洲型毒株的遗传关系较远。进一步采用序列分析软件对推导的氨基酸进行比较分析 ,发现YA株ORF5编码的E蛋白存在 5个潜在的N -糖基化位点 ,6个抗原位点 ,其糖基化位点的数目及抗原位点的分布与其它美洲型毒株均存在一定程度的差异 ,但 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 YA株 克隆 序列分析 orf5基因
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PRRSV SC-GY变异株Nsp2、ORF5、ORF3基因遗传变异分析 被引量：9
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作者 陈希文 李莲 +6 位作者 尹苗 赖守勋 汪谦 罗文涛 叶兆美 王雄清 周杰珑 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期1433-1441,共9页
为了监测PRRSV流行毒株的基因变异情况,采用RT-PCR方法对四川省广元市某疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)发病猪场病料进行分子鉴定,获得1株PRRSV命名为SC-GY株,并对SC-GY株的Nsp2、ORF5及ORF3基因进行测序比对和系统进化树构建。结... 为了监测PRRSV流行毒株的基因变异情况,采用RT-PCR方法对四川省广元市某疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)发病猪场病料进行分子鉴定,获得1株PRRSV命名为SC-GY株,并对SC-GY株的Nsp2、ORF5及ORF3基因进行测序比对和系统进化树构建。结果表明,SC-GY株为Nsp2基因发生30个氨基酸不连续缺失、ORF3基因第17位插入1个丝氨酸(S)的美洲型高致病性PRRSV变异毒株,其Nsp2、ORF5、ORF3基因与VR2332、SC2012、CH-1a、JXA1、HUN4、NADC30、HENAN-XINX等国内外代表毒株的核苷酸同源性分别为70.3%~97.9%,82.4%~97.6%,83.1%~98.2%,编码氨基酸同源性分别为62.3%~96.3%,78.0%~95.7%,81.6%~96.5%;而与LV等欧洲型毒株的核苷酸同源性分别为18.9%,60.8%,63.7%,编码氨基酸同源性分别为14.0%,54.9%,57.2%。基因遗传进化树分析表明,SC-GY株与JXA1、TJ、HUN4等前期分离的毒株以及近期在四川周边分离的SC2012、SCwhn09CD、SCwhn14DY等毒株都相距较远。由此表明,该地区PRRSV在当前高频度活疫苗免疫下,流行毒株基因仍在不断变异,猪场应减少PRRSV活疫苗的免疫并加强对临床PRRSV流行毒株的监测。 展开更多
关键词 PRRSV NSP2 orf5 ORF3 遗传变异
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鲤疱疹病毒2型ORF5截短基因的克隆表达及免疫原性研究 被引量：9
20
作者 廖红 林华 +9 位作者 郝中香 佘容 陈世界 杨苗 陈珍容 薛昌华 赵珊 韩国全 曹三杰 颜其贵 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1394-1400,共7页
根据G en Bank上已登录的鲤疱疹病毒2型的O RF5基因序列(登录号:AFJ20457.1)设计1对引物,采用PCR扩增技术获得目的基因。序列分析表明,目的基因长357 bp,是一个完整的开放阅读框,编码119个氨基酸,理论分子质量为13 059.70 u,无信号肽,... 根据G en Bank上已登录的鲤疱疹病毒2型的O RF5基因序列(登录号:AFJ20457.1)设计1对引物,采用PCR扩增技术获得目的基因。序列分析表明,目的基因长357 bp,是一个完整的开放阅读框,编码119个氨基酸,理论分子质量为13 059.70 u,无信号肽,无跨膜区,含有4个抗原表位。将扩增片段克隆至原核表达载体p ET-32a中,并将获得的重组质粒转化至大肠杆菌BL21中进行诱导表达。对表达蛋白进行复性纯化后免疫小鼠和异育银鲫,SD S-PAGE和W estern-blot检测分析表明,重组蛋白的分子质量约为33 ku,与预期相符,表达形式为包涵体,该蛋白能够与抗H is标签的抗体发生特异性反应,也能识别病毒粒子上的ORF5蛋白。对免疫的异育银鲫进行攻毒,结果显示注射生理盐水组的银鲫保护率为0,注射15、25、50 g重组蛋白组的保护率分别为20%、30%、35%,表明免疫重组蛋白组的保护率高于对照组。本研究证实了表达的融合蛋白具有一定的免疫原性,丰富了鲤疱疹病毒2型ORF5基因及基因组的研究,为研发制备新型鲤疱疹病毒2型的疫苗和诊断试剂盒奠定了基础。 展开更多
关键词 鲤疱疹病毒2型 orf5截短基因 序列分析 克隆表达 攻毒保护试验
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