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用双层ONIOM方法研究MMPs抑制剂
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作者 王凤丹 魏志钢 于晓光 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期361-364,共4页
采用计算机辅助药物设计(ONOIM)方法,对基质金属蛋白酶(MMPs)与其小分子化合物抑制剂的相互作用进行计算,筛选出F-,C5H5N6-,NO3-和C2H4NO2-为能力较强的基质金属蛋白酶抑制剂(MMPIs).
关键词 基质金属蛋白酶 基质金属蛋白酶抑制剂 oniom方法
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α-丙氨酸限域在扶椅型SWBNNT(9,9)与水复合环境下的手性转变机制 被引量:9
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作者 梅泽民 佟华 +3 位作者 夏立利 吕洋 杨晓翠 王佐成 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期85-92,共8页
用量子化学ONIOM(B3LYP/6-311++G(3df,3pd):UFF)∥ONIOM(B3LYP/6-31+G(d,p):UFF)方法,研究α-Ala在SWBNNT(9,9)与水复合环境的手性转变。分子结构计算表明:反应物S型α-Ala和中间体INT1在SWBNNT(9,9)与水复合环境,与单体相比,氢转移断的... 用量子化学ONIOM(B3LYP/6-311++G(3df,3pd):UFF)∥ONIOM(B3LYP/6-31+G(d,p):UFF)方法,研究α-Ala在SWBNNT(9,9)与水复合环境的手性转变。分子结构计算表明:反应物S型α-Ala和中间体INT1在SWBNNT(9,9)与水复合环境,与单体相比,氢转移断的O-H和C-H键都略长,H与其要转移到的目标原子O的距离均短很多。反应通道研究发现:在SWBNNT(9,9)与水复合环境下,α-Ala手性转变有4条路径,每条路径上氢转移都能以1个或2个水分子为媒介实现。势能面计算发现:手性转变反应的最高能垒来自H从手性C向羰基O转移的过渡态;在氨基先异构接着羧基H转移和H从手性C向羰基O转移顺次实现的路径,并以2H2O为氢转移媒介时最高能垒被降到最小值153.8 k J·mol-1。比只在SWBNNT(9,9)内的302.7 k J·mol-1明显降低,比只在水环境的167.8 k J·mol-1也有所降低。结果表明:SWBNNT(9,9)与水复合环境,对α-Ala手性转变有较好的催化作用。 展开更多
关键词 氮化硼纳米管 Α-丙氨酸 手性转变 oniom方法 密度泛函 过渡态
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MOR分子筛对赖氨酸分子手性转变反应的限域催化 被引量:11
3
作者 闫红彦 赵晓波 +3 位作者 高峰 佟华 梅泽民 王佐成 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1437-1444,共8页
采用组合的量子化学ONIOM方法,研究MOR分子筛12元环孔道对赖氨酸分子手性转变反应的限域催化.结果表明:限域在MOR分子筛12元环孔道的客体与裸环境下的构象不同,过渡态a_TS2@MOR的1C—5N键长缩短,中间体SINT1@MOR的12H与9O,11H与9O以及12... 采用组合的量子化学ONIOM方法,研究MOR分子筛12元环孔道对赖氨酸分子手性转变反应的限域催化.结果表明:限域在MOR分子筛12元环孔道的客体与裸环境下的构象不同,过渡态a_TS2@MOR的1C—5N键长缩短,中间体SINT1@MOR的12H与9O,11H与9O以及12H与10O间的距离缩短;手性转变反应有a,b,c 3个通道;通道a为手性转变反应的主反应通道,决速步骤的Gibbs自由能垒为229.7kJ/mol,比裸反应决速步骤的Gibbs自由能垒252.6kJ/mol明显降低,即MOR分子筛对赖氨酸分子的手性转变反应有一定的限域催化作用. 展开更多
关键词 MOR分子筛 赖氨酸 手性转变 过渡态 oniom方法 密度泛函理论 微扰
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吡啶在H-MOR分子筛孔道中吸附的量子化学研究 被引量:7
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作者 袁淑萍 段云波 +2 位作者 王建国 李永旺 焦海军 《催化学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第8期664-670,共7页
用24T模型和两种ONIOM2方法(QM/QM和QM/MM)研究了杂原子H-AlMOR和H-BMOR分子筛的结构、酸性及其对吡啶的吸附性能.吸附热以及分子筛的几何结构和电子结构数据表明,H-BMOR的B酸性远远弱于H-AlMOR,因此二者可分别应用于对酸性要求不同的... 用24T模型和两种ONIOM2方法(QM/QM和QM/MM)研究了杂原子H-AlMOR和H-BMOR分子筛的结构、酸性及其对吡啶的吸附性能.吸附热以及分子筛的几何结构和电子结构数据表明,H-BMOR的B酸性远远弱于H-AlMOR,因此二者可分别应用于对酸性要求不同的催化反应.采用QM/QM计算得到的吡啶在H-AlMOR上的吸附热(219.3 kJ/mol)与实验结果(200 kJ/mol)比较接近.QM/QM方法尽管耗时较多,但能得到更精确的结果,而QM/MM方法可用于定性研究及对模型结构的初步预测.吸附复合物的结构参数及红外振动频率等数据表明,吡啶在两种分子筛上吸附时均发生了质子转移,生成PyH+…ZeO-离子对.此外,吸附复合物中还存在多重氢键作用. 展开更多
关键词 丝光沸石 吡啶 吸附 oniom方法 量子化学
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水环境下限域在MOR分子筛内的α-丙氨酸在羟自由基作用下的旋光异构及损伤 被引量:11
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作者 董丽荣 高峰 +3 位作者 佟华 杨晓翠 丛建民 王佐成 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期78-89,共12页
用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,结合自洽反应场(SCRF)理论的SMD模型方法,对标题反应进行理论研究。研究发现:标题反应有a和b两个反应通道,a通道是羟自由基水分子簇等与α-H和氨基氮通过氢键作用形成底物,b通道是羟自由基水分子... 用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,结合自洽反应场(SCRF)理论的SMD模型方法,对标题反应进行理论研究。研究发现:标题反应有a和b两个反应通道,a通道是羟自由基水分子簇等与α-H和氨基氮通过氢键作用形成底物,b通道是羟自由基水分子簇与α-H和羰基氧通过氢键作用形成底物。势能面计算表明:羟自由基水分子簇组合作质子转移媒介,水分子拔α-H使α-Ala旋光异构,水汽相环境下,a通道具有优势,决速步能垒是136.1 kJ/mol;水液相环境下,优势反应通道是b,过渡态产生的内禀能垒是78.1 kJ/mol。水分子辅助羟自由基抽α-H致α-Ala损伤的优势通道是a,决速步能垒是25.3 kJ/mol,水溶剂效应使该能垒降到22.1 kJ/mol。结果表明:水环境下羟自由基的存在可使MOR分子筛内的α-Ala旋光异构与损伤同时发生,在竞争中损伤过程具有明显的优势;MOR分子筛的限域改变了α-Ala的异构机理并起到了较好助催化作用。 展开更多
关键词 Α-丙氨酸 旋光异构 损伤 MOR分子筛 oniom方法 密度泛函 过渡态 微扰理论 自洽反应场
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扶手椅型单壁碳纳米管的尺寸对赖氨酸分子手性转变反应的限域影响 被引量:7
6
作者 闫红彦 王佐成 +2 位作者 刘逸轩 高峰 汤得怀 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期124-134,共11页
采用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究了限域在几种不同尺寸的扶手椅型单壁碳纳米管内赖氨酸分子的手性转变机理.结构分析表明:随着纳米管管径的减小,限域其中的赖氨酸分子构型的形变越来越明显,骨架碳原子间的键角明显增大;手... 采用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究了限域在几种不同尺寸的扶手椅型单壁碳纳米管内赖氨酸分子的手性转变机理.结构分析表明:随着纳米管管径的减小,限域其中的赖氨酸分子构型的形变越来越明显,骨架碳原子间的键角明显增大;手性碳上的H与氨基N的距离逐渐变小.反应通道研究发现:标题反应在不同尺寸的纳米管内具有不同的通道,在SWCNT(5,5),SWCNT(6,6)和SWCNT(7,7)分别具有1个、4个和3个反应通道.势能面计算表明,赖氨酸限域在SWCNT(5,5)时,手性转变的吉布斯自由能垒被降到最低值192.8kJ·mol-1,是由手性碳上的质子向氨基氮和氨基上的质子向羰基氧双质子协同迁移的过渡态产生的.与裸反应的此通道决速步能垒252.6kJ·mol-1相比较有显著降低.结果表明:SWCNT(5,5)对赖氨酸的手性转变反应具有较好的限域催化作用,可作为实现赖氨酸旋光异构的纳米反应器. 展开更多
关键词 纳米管 赖氨酸 手性转变 oniom方法 密度泛函 过渡态
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单壁碳纳米管尺寸和手性对α-丙氨酸分子手性转变限域的影响 被引量:9
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作者 王佐成 梅泽民 +1 位作者 闫红彦 邹晓威 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期791-801,共11页
用量子化学ONIOM(B3LYP/6-31++g*:UFF)方法,考察扶椅型单壁碳纳米管SWCNT(5,5),(6,6),(7,7)、锯齿型SWCNT(9,0),(10,0),(11,0)和螺旋型SWCNT(8,2),(8,3),(8,4),(9,1),(9,2),(9,3)中的α-Ala分子结构和手性转变机制.结果表明:与单体相比... 用量子化学ONIOM(B3LYP/6-31++g*:UFF)方法,考察扶椅型单壁碳纳米管SWCNT(5,5),(6,6),(7,7)、锯齿型SWCNT(9,0),(10,0),(11,0)和螺旋型SWCNT(8,2),(8,3),(8,4),(9,1),(9,2),(9,3)中的α-Ala分子结构和手性转变机制.结果表明:与单体相比,当α-Ala分子限域在直径小的SWCNT中时,其C—C—C键角、C—C—N—C二面角和H—N—H键角增加较大,其他结构参数值略有增减;只存在H先在羧基内转移,手性碳上的H再以羰基11O为桥梁转移的反应通道;当α-Ala分子限域在SWCNT(5,5),(9,0),(8,2),(9,1)中时,羧基内H转移和H从手性碳转移到羰基的能垒较低;α-Ala分子限域在SWCNT中的H转移反应能垒随管径的减小而降低;不同手性的SWCNT对H转移反应能垒影响较小. 展开更多
关键词 单壁碳纳米管 Α-丙氨酸 手性转变 密度泛函理论 过渡态 oniom方法
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ZSM-5分子筛中相邻酸性位的酸性强度及其对乙烯质子化反应影响的理论计算 被引量:7
8
作者 王善鹏 王伊蕾 +2 位作者 曹亮 邢双英 周丹红 《催化学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第4期305-311,共7页
应用量子力学与分子力学联合的ONIOM2(B3LYP/6-31G(d,p):UFF)方法,对ZSM-5分子筛中与T6,T9和T12位相邻的骨架铝的落位稳定性以及酸性强度进行了理论计算.根据Si/Al替代能确定了最稳定的相邻酸性位在Al6-Al6位,其次是Al6-Al9位,通过(Si/A... 应用量子力学与分子力学联合的ONIOM2(B3LYP/6-31G(d,p):UFF)方法,对ZSM-5分子筛中与T6,T9和T12位相邻的骨架铝的落位稳定性以及酸性强度进行了理论计算.根据Si/Al替代能确定了最稳定的相邻酸性位在Al6-Al6位,其次是Al6-Al9位,通过(Si/Al,H)替代能计算确定了氢质子的落位.计算结果证明了相邻骨架铝会导致酸性强度降低,而且Al6-Al9位的酸性低于Al6-Al6位.应用密度泛函理论方法进一步考察了相邻酸性位对乙烯分子吸附和质子化反应历程的影响.结果表明,-Al-O-Si-O-Al-结构的相邻酸性位对乙烯分子的吸附以及质子化反应历程有明显影响,尤其是使乙醇盐产物更不稳定. 展开更多
关键词 ZSM-5分子筛 相邻酸性位 乙烯质子化 oniom方法
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磷在P-ZSM-5沸石中存在的形态 被引量:6
9
作者 杨静 孙迎新 +1 位作者 赵立峰 孙淮 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1823-1830,共8页
用密度泛函理论和ONIOM(our own N-layer integrated molecular orbital molecular mechanics)方法研究磷改性的ZSM-5沸石中含磷基团的可能存在形态.计算的反应焓和自由能数据表明P-ZSM-5沸石中以磷进入骨架和在骨架外的形成磷酸根离子... 用密度泛函理论和ONIOM(our own N-layer integrated molecular orbital molecular mechanics)方法研究磷改性的ZSM-5沸石中含磷基团的可能存在形态.计算的反应焓和自由能数据表明P-ZSM-5沸石中以磷进入骨架和在骨架外的形成磷酸根离子对是合理的稳定结构.而且,计算结果表明离子对模型F和G更适合在室温下存在,磷进入骨架的酸性结构C?在高温下更稳定,而磷进入骨架的结构C对温度变化不敏感.计算得到的27Al,31P,29Si化学位移、酸性的变化趋势和结构参数与相关实验数据吻合. 展开更多
关键词 H-ZSM-5沸石 磷改性 oniom方法 密度泛函理论
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α-丙氨酸分子在扶手椅型SWBNNT(9,9)内的手性转变机制 被引量:8
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作者 王佐成 梅泽民 吕洋 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期206-216,共11页
采用组合的量子化学ONIOM(our own n-layered integrated molecule orbit and molecule mechanics)(B3LYP/6-31++G(d,p):UFF)方法,研究了限域在SWBNNT(9,9)内α-丙氨酸的分子结构和手性转变通道.为得到高水平的能量,在ONIOM(B3LYP/6-311... 采用组合的量子化学ONIOM(our own n-layered integrated molecule orbit and molecule mechanics)(B3LYP/6-31++G(d,p):UFF)方法,研究了限域在SWBNNT(9,9)内α-丙氨酸的分子结构和手性转变通道.为得到高水平的能量,在ONIOM(B3LYP/6-311++G(3df,3pd):UFF)水平,计算了各个包结物的单点能.分子结构分析表明:与单体α-丙氨酸相比,受限在SWBNNT(9,9)内时,骨架碳氮原子间的键长不同程度地缩短,骨架碳原子的键角及骨架碳氮原子的二面角略有增大.反应路径研究发现:α-丙氨酸分子在SWBNNT(9,9)内的手性转变有两条同单体情况大致相同的反应通道,不存在单体情况的含有羰基H和甲基H协同转移过程的反应通道.手性转变反应过程的势能面计算发现:与单体α-丙氨酸手性转变反应过程的主要能垒相比较,在纸外面的氢从手性碳直接到羰基氧的过渡态产生的能垒,从326.5kJ·mol-1降到319.7kJ·mol-1;氢首先在羧基内转移,而后手性碳的氢在纸面外转移到羰基,这两个过程的能垒从198.0kJ·mol-1和320.3kJ·mol-1降到135.5kJ·mol-1和302.7kJ·mol-1.结果表明:限域在SWBNNT(9,9)内的α-丙氨酸,其手性转变过程中不同的氢转移反应能垒被不同程度地降低. 展开更多
关键词 氮化硼纳米管 Α-丙氨酸 手性转变 密度泛函理论 过渡态 oniom方法
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水与扶手椅型SWCNT复合环境下α-Ala分子的手性转变机理 被引量:3
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作者 孙大春 闫红彦 +2 位作者 王佐成 梅泽民 佟华 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期892-901,共10页
采用组合量子化学ONIOM方法,基于氨基作为氢迁移桥梁,考察单壁碳纳米管(SWCNT)与水复合环境下α-丙氨酸分子(α-Ala)的手性转变机理.结果表明:基于氨基作为氢迁移桥梁的手性转变反应有a和b两个通道,其中通道a最具优势;水与扶手椅型SWCN... 采用组合量子化学ONIOM方法,基于氨基作为氢迁移桥梁,考察单壁碳纳米管(SWCNT)与水复合环境下α-丙氨酸分子(α-Ala)的手性转变机理.结果表明:基于氨基作为氢迁移桥梁的手性转变反应有a和b两个通道,其中通道a最具优势;水与扶手椅型SWCNT复合环境对氢迁移反应具有较好的催化作用;在SWCNT(8,8)的限域环境下,3个水分子构成的链使主反应通道的决速步骤能垒从裸反应的266.1kJ/mol降至117.8kJ/mol.表明SWCNT(8,8)与水构成的复合环境可作为实现α-Ala手性转变的理想纳米反应器,生命体内α-Ala分子可在类似的纳米环境实现旋光异构. 展开更多
关键词 手性转变 Α-丙氨酸 碳纳米管 oniom方法 密度泛函理论 过渡态 微扰理论
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用平均场理论研究盘状液晶分子间氢键对清亮点的影响 被引量:3
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作者 汪必琴 丁涪江 赵可清 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第6期627-632,共6页
我们前期的合成和实验发现,对于一系列含酰胺基支链的苯并菲分子,其生成的液晶的清亮点的高低与分子间氢键的数目有关.采用Gay-Berne势模拟液晶分子的双体势,用量子化学和分子力学相结合的ONIOM(HF/STO-3G:UFF)方法优化含酰胺基支链的... 我们前期的合成和实验发现,对于一系列含酰胺基支链的苯并菲分子,其生成的液晶的清亮点的高低与分子间氢键的数目有关.采用Gay-Berne势模拟液晶分子的双体势,用量子化学和分子力学相结合的ONIOM(HF/STO-3G:UFF)方法优化含酰胺基支链的苯并菲分子的单体和双体的构型和能量,从而获得Gay-Berne势的参数.在此基础上,根据平均场理论,解一个关于序参量和温度的积分方程,求出液晶的清亮点.计算结果与实验一致,可以解释清亮点和分子间氢键的关系. 展开更多
关键词 盘状液晶 清亮点 平均场 Gay-Berne势 oniom方法
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适用于液晶大分子的量子化学计算方法以及六烷氧基苯并菲取代的1,3,5-三酰胺苯液晶的研究 被引量:4
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作者 丁涪江 赵可清 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第8期660-666,共7页
盘状液晶分子之间的相互作用决定液晶的性质,为了选择合适的计算方法,以便用量子化学研究液晶大分子,设计了对位取代苯和三酰胺苯作为模型分子,用高水平的ONIOM[MP2/6-31G*(0.25):HF/6-31G(d,p)]计算提供了与晶体结构资料相符合的较准... 盘状液晶分子之间的相互作用决定液晶的性质,为了选择合适的计算方法,以便用量子化学研究液晶大分子,设计了对位取代苯和三酰胺苯作为模型分子,用高水平的ONIOM[MP2/6-31G*(0.25):HF/6-31G(d,p)]计算提供了与晶体结构资料相符合的较准确的二体相互作用结果,然后与各种较低级别的计算进行比较,说明ONIOM(HF/STO-3G:AM1:UFF)水平比较合适,盘重叠部分的相互作用主要是色散作用,用UFF力场处理,氢键主要是静电作用,用HF/STO-3G处理,其余部分用AM1处理,通过对苯取代的1,3,5-三酰胺苯的双分子构型优化,并与晶体结构数据进行比较,进一步说明ONIOM(HF/STO-3G:AM1:UFF)水平计算的适用性,在此基础上,对六烷氧基苯并菲取代的1,3,5-三酰胺苯的双分子构型进行了优化,为解释它所形成的液晶具有较高的电荷传输能力提供了有用的信息。 展开更多
关键词 盘状液晶 电荷传输 量子化学 oniom方法
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含乙烯氧基柔链的苯并菲盘状液晶清亮点的平均场理论研究 被引量:1
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作者 丁涪江 赵可清 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第20期2290-2294,共5页
我们前期的合成和实验发现,对于一系列含端烯氧基醚链的苯并菲分子,它们没有分子间氢键,其生成的液晶的清亮点的高低与端烯氧基醚链的数目有关.本工作采用Gay-Berne势模拟液晶分子的双体势,用量子化学和分子力学相结合的ONIOM(MP2/6-31G... 我们前期的合成和实验发现,对于一系列含端烯氧基醚链的苯并菲分子,它们没有分子间氢键,其生成的液晶的清亮点的高低与端烯氧基醚链的数目有关.本工作采用Gay-Berne势模拟液晶分子的双体势,用量子化学和分子力学相结合的ONIOM(MP2/6-31G*(0.25):UFF)方法优化含端烯氧基醚链的苯并菲分子的单体和双体的构型和能量,从而获得Gay-Berne势的参数.在此基础上,根据平均场理论,解一个关于序参量和温度的积分方程,求出液晶的清亮点.计算结果与实验趋势相同,可以解释清亮点和分子端烯氧基醚链数目的关系. 展开更多
关键词 盘状液晶 清亮点 平均场 Gay—Berne势 oniom方法
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限域在扶手椅型SWBNNT内Lys分子手性转变的反应机理和动力学
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作者 董丽荣 刘逸轩 +2 位作者 高峰 闫红彦 王佐成 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期435-443,共9页
采用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究限域在扶手椅型单壁氮化硼纳米管(SWBNNT)内赖氨酸(Lys)分子手性转变的反应机理.采用原子中心密度矩阵传播(ADMP)分子动力学方法,研究Lys分子在SWBNNT(5,5)内手性转变反应通道入口与出口势... 采用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究限域在扶手椅型单壁氮化硼纳米管(SWBNNT)内赖氨酸(Lys)分子手性转变的反应机理.采用原子中心密度矩阵传播(ADMP)分子动力学方法,研究Lys分子在SWBNNT(5,5)内手性转变反应通道入口与出口势能面上的动态反应路径,给出中间体和产物的微观动态反应图像.结果表明:随着纳米管管径的减小,限域其中的Lys分子骨架C原子间的键角明显增大;手性C上的H与氨基N的距离逐渐变小;在SWBNNT(5,5)内,通过2个基元反应Lys分子实现了手性转变;在SWBNNT(6,6)和SWBNNT(7,7)内,通过3个和4个基元反应Lys分子实现了手性转变;在SWBNNT(5,5)内,Lys分子手性转变反应决速步骤自由能垒降为最低值190.1kJ/mol.在SWBNNT(7,7)内,决速步骤能垒与裸反应基本相同. 展开更多
关键词 纳米管 赖氨酸 手性转变 oniom方法 密度泛函 过渡态
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螺旋手性SWCNT的尺寸对赖氨酸分子手性转变反应的限域影响
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作者 刘芳 潘宇 +5 位作者 佟海霞 刘红艳 张雪婷 孙秀莲 张金猛 王佐成 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期776-784,共9页
采用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究了两种构象的赖氨酸分子限域在螺旋手性单壁碳纳米管内的手性转变机理.结构分析表明:纳米管管径越小,限域在其中的赖氨酸分子骨架形变越明显,手性碳上的氢原子与氨基上氮的氮原子距离越小.... 采用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究了两种构象的赖氨酸分子限域在螺旋手性单壁碳纳米管内的手性转变机理.结构分析表明:纳米管管径越小,限域在其中的赖氨酸分子骨架形变越明显,手性碳上的氢原子与氨基上氮的氮原子距离越小.势能面计算表明,两种构象的赖氨酸分子限域在SWCNT(6,4)时,旋光异构反应决速步的吉布斯自由能垒分别是194.72和170.08kJ·mol^(-1),分别由质子从手性碳向氨基氮和质子从手性碳向氨基氮与氨基上的质子向羰基氧双质子协同迁移的过渡态产生的.与裸反应的此通道决速步能垒252.6kJ·mol^(-1)相比较有显著降低.两种构象的赖氨酸分子限域在SWCNT(6,4)内旋光异构反应的表观能垒分别是160.00和178.59kJ·mol^(-1).他们限域在SWCNT(7,4)内时,旋光异构反应决速步的能垒分别是238.28和217.18kJ·mol^(-1);限域在SWCNT(8,4)内时,旋光异构反应决速步的能垒分别是253.00和250.11kJ·mol^(-1).结果表明:螺旋手性单壁碳纳米管的孔径越小,对赖氨酸分子手性转变反应的限域催化作用越好;限域在SWCNT(6,4)内的赖氨酸分子构象1更容易旋光异构. 展开更多
关键词 纳米管 赖氨酸 手性转变 oniom方法 密度泛函 过渡态
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SWCNT(8,8)与水复合环境对α-Ala的质子从季碳向羰基氧迁移的催化机理
17
作者 张新 于卓 闫红彦 《白城师范学院学报》 2016年第8期25-30,共6页
用量子力学与分子力学组合的ONIOM(MP2/6-311++G(3df,3pd):UFF)//ONIOM(CAM-B3LYP/6-31+G(d,p):UFF)方法,研究了标题反应的机理.分子结构计算表明:Sα-Ala·2H2O@SWCNT(8,8)和Sα-Ala·3H2O@SWCNT(8,8)中,季碳与其上面氢的键长... 用量子力学与分子力学组合的ONIOM(MP2/6-311++G(3df,3pd):UFF)//ONIOM(CAM-B3LYP/6-31+G(d,p):UFF)方法,研究了标题反应的机理.分子结构计算表明:Sα-Ala·2H2O@SWCNT(8,8)和Sα-Ala·3H2O@SWCNT(8,8)中,季碳与其上面氢的键长分别是0.11055和0.11100(nm),比Sα-Ala·1H2O@SWCNT(8,8)的季碳与其上面氢的键长0.10991nm明显长;环形过渡态TS1·2H2O@SWCNT(8,8)和TS1·3H2O@SWCNT(8,8)的氢键键角比TS1·1H2O@SWCNT(8,8)的明显增大.势能面计算发现:在SWCNT(8,8)内以1个、2个和3个H2O分子为氢转移媒介,α-Ala的质子从季碳向羰基氧迁移的能垒是208.6、160.9和154.4(k J·mol-1).比α-Ala限域在SWCNT(8,8)内质子从季碳向羰基氧迁移的能垒322.7 k J·mol-1大幅降低.结果表明:SWCNT(8,8)与水的复合环境对α-Ala的质子从季碳向羰基氧迁移具有较好的催化作用. 展开更多
关键词 纳米管 Α-丙氨酸 质子迁移 oniom方法 密度泛函 过渡态
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水环境下MOR分子筛对α-丙氨酸旋光异构的限域催化 被引量:5
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作者 姜春旭 高峰 +3 位作者 佟华 杨晓翠 丛建民 王佐成 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期256-268,共13页
用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法结合自洽反应场(SCRF)理论的smd模型方法,对标题反应进行理论研究.研究发现:水环境下限域在MOR分子筛内的α-丙氨酸可以在3个反应通道实现旋光异构,分别是质子α-氢以氨基氮、顺次以羰基氧与氨基氮... 用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法结合自洽反应场(SCRF)理论的smd模型方法,对标题反应进行理论研究.研究发现:水环境下限域在MOR分子筛内的α-丙氨酸可以在3个反应通道实现旋光异构,分别是质子α-氢以氨基氮、顺次以羰基氧与氨基氮和只以羰基氧为桥,从α-碳的一侧迁移到另一侧.计算表明:质子以氨基氮为桥转移的通道具有绝对优势,α-氢从α-碳向氨基氮的迁移是决速步骤;水溶剂环境下2个和3个水分子簇做α-氢迁移媒介以及分子筛的限域作用,使决速步的吉布斯自由能垒从裸反应的266.1kJ·mol^(-1)降为116.1和111.2kJ·mol^(-1),也比只在水环境下的138.6和122.5kJ·mol^(-1)显著降低.结果表明:水环境下MOR分子筛对α-丙氨酸的旋光异构具有较好的限域助催化作用,水与MOR分子筛的复合环境可作为α-丙氨酸旋光异构反应的纳米反应器. 展开更多
关键词 Α-丙氨酸 旋光异构 MOR分子筛 oniom方法 密度泛函 过渡态 微扰理论 自洽反应场
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水环境下扶椅型单臂碳纳米管内缬氨酸旋光异构及羟自由基致损伤机理 被引量:1
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作者 赵宇 王艳 +4 位作者 王佐成 佟华 绳绍旭 白杰 张新楠 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期307-316,共10页
用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,结合自洽反应场的SMD(slovation model density)模型方法,对水环境下单臂碳纳米管(SWCNT)内缬氨酸的旋光异构及羟自由基致损伤机理进行了研究.势能面计算表明:以2个水分子簇作传递质子媒介,氨基氮... 用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,结合自洽反应场的SMD(slovation model density)模型方法,对水环境下单臂碳纳米管(SWCNT)内缬氨酸的旋光异构及羟自由基致损伤机理进行了研究.势能面计算表明:以2个水分子簇作传递质子媒介,氨基氮作质子迁移桥梁时,缬氨酸限域在SWCNT(8,8)和SWCNT(7,7)内旋光异构的决速步能垒分别是115.80和165.64 kJ/mol,水溶剂效应使这2个能垒降到104.34和150.07 kJ/mol.限域在SWCNT(8,8)内的缬氨酸,羟自由基抽氢致其损伤的能垒是 13.31 kJ/mol ,水分子辅助羟自由基抽氢致其损伤的能垒约15.00 kJ/mol,水溶剂效应使它们相应地上升至18.85和约 20.00 kJ/mol .结果表明:SWCNT(8,8)和SWCNT(7,7)的限域对水环境下缬氨酸的旋光异构分别具有正催化和负催化作用,水溶剂具有助催化作用;SWCNT(8,8)的限域对水环境下羟自由基致缬氨酸损伤具有显著的催化作用,水溶剂则会阻碍羟自由基致缬氨酸损伤. 展开更多
关键词 缬氨酸 旋光异构 损伤 碳纳米管 oniom方法
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扶手椅型单壁碳纳米管孔径对缬氨酸分子旋光异构的限域影响 被引量:2
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作者 高峰 潘宇 +3 位作者 乔朝阳 闫红彦 庄严 王佐成 《武汉大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期1-10,共10页
采用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究了扶手椅型单壁碳纳米管(SWCNT)孔径对缬氨酸(valine,Val)分子两种构象Val_1和Val_2旋光异构的限域影响。结构分析表明:扶手椅型SWCNT(5,5)的限域作用致Val分子骨架明显形变,同时SWCNT(5,5)... 采用量子力学与分子力学组合的ONIOM方法,研究了扶手椅型单壁碳纳米管(SWCNT)孔径对缬氨酸(valine,Val)分子两种构象Val_1和Val_2旋光异构的限域影响。结构分析表明:扶手椅型SWCNT(5,5)的限域作用致Val分子骨架明显形变,同时SWCNT(5,5)也发生了明显形变。势能面研究表明:限域在SWCNT内的Val分子以氨基氮为质子转移桥梁的旋光异构反应通道具有优势;Val_1和Val_2限域在SWCNT(5,5)内,在优势通道上旋光异构决速步骤的内禀能垒分别为340.55和361.13kJ·mol^(-1),限域在SWCNT(6,6)内,在优势通道上旋光异构决速步骤的内禀能垒分别为302.80和293.11kJ·mol^(-1),限域在SWCNT(7,7)内,在优势通道上旋光异构决速步骤的内禀能垒为265.54kJ·mol^(-1)左右。计算结果表明:SWCNT(5,5)的限域作用及其固体溶剂效应对Val分子的旋光异构反应具有显著的阻碍作用,SWCNT(5,5)可以安全地储存光学纯Val。 展开更多
关键词 缬氨酸 旋光异构 单壁碳纳米管 oniom方法 密度泛函理论 过渡态 微扰论
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