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基于Illumina Novaseq 6000测序技术研究头花蓼不同入药部位转录组特征
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作者 杨杰 郭步伐 +2 位作者 彭启伦 叶茂 易伟 《上海中医药大学学报》 2025年第3期18-26,共9页
目的:获取头花蓼茎、花和叶的转录组特征。方法:从头花蓼茎、花和叶中提取总RNA,质量检测合格后构建转录组文库。文库质检合格后,使用Illumina Novaseq 6000测序平台进行测序,生成150 bp的双端序列。随后,采用相关生物信息学方法分析其... 目的:获取头花蓼茎、花和叶的转录组特征。方法:从头花蓼茎、花和叶中提取总RNA,质量检测合格后构建转录组文库。文库质检合格后,使用Illumina Novaseq 6000测序平台进行测序,生成150 bp的双端序列。随后,采用相关生物信息学方法分析其转录组特性。结果:共获取122.11G clean data。经Trinity软件配对末端拼接与CD-HIT软件去冗余后得到66021条unigene,平均长度为1358.84 bp。序列同源性比对分析表明,unigenes在7个数据库中注释的比对率为90.82%~92.34%。已注释的unigene,可归入基因本体(GO)数据库分类的细胞组分、生物学过程、分子功能3大类64小类,涉及133条京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路,含有15条次生代谢产物生物合成通路。KEGG通路富集分析结果显示,头花蓼茎、花、叶三者之间两两比较,差异表达unigenes主要富集于苯丙素生物合成途径和黄酮类生物合成途径。蛋白编码框序列49440条。利用MISA软件预测出16643条简单重复序列(SSRs)。结论:利用高通量测序技术挖掘出头花蓼不同入药部位的功能基因组信息,为后续头花蓼基因功能鉴定及次生代谢产物生物合成途径解析和调控机制研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 头花蓼 Illumina novaseq 6000测序技术 不同入药部位 基因表达 次生代谢产物生物合成
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Analysis of Microbial Community Structure and Diversity in Crop Rhizosphere Soil Based on Illumina NovaSeq Sequencing Platform
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作者 Huanhuan JIANG Lu CHEN +4 位作者 Jiamin ZHANG Honghuo HE Xiao CHEN Sainan LI Gang CHEN 《Asian Agricultural Research》 2024年第11期20-24,共5页
[Objectives]To make full use of crop rhizosphere microbial resources.[Methods]Illumina NovaSeq sequencing platform was used to analyze the richness and diversity of microbial community structure in rhizosphere soil of... [Objectives]To make full use of crop rhizosphere microbial resources.[Methods]Illumina NovaSeq sequencing platform was used to analyze the richness and diversity of microbial community structure in rhizosphere soil of rice and maize crops in Baitu Town,Gaoyao District,Zhaoqing City.[Results]A total of 14936 OTUs of bacteria and 1905 OTUs of fungi were obtained from three samples of rice rhizosphere soil,and 13437 OTUs of bacteria and 1413 OTUs of fungi were obtained from three samples of maize rhizosphere soil.The diversity and richness of bacterial communities were higher than those of fungi.There are differences in soil bacterial and fungal communities among different crop samples.The analysis of species with bacteria difference at genus level among crop rhizosphere soil samples showed that 18 genera with significant differences were obtained from 6 samples;species analysis of fungi at the genus level showed that 3 genera with significant differences were obtained from 6 samples.[Conclusions]The research results of this paper have positive significance for the development and utilization of soil resources in Zhaoqing City and the full exploitation of rice and maize rhizosphere microbial resources. 展开更多
关键词 Rhizosphere soil Microbial flora Community diversity Illumina novaseq sequencing
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MGISEQ-2000、HiSeq 2000与NovaSeq 6000平台全基因组重测序数据的比较分析 被引量:4
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作者 李伟宁 刘刚 +3 位作者 周荣 唐中林 刘剑锋 孙飞舟 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2021年第11期156-162,共7页
全基因组重测序已经成为生物信息学获取数据的最主要途径之一,但不同二代测序平台的数据质量及稳定性可能存在差异,从而对研究结果产生影响。本研究基于MGISEQ-2000、HiSeq 2000和NovaSeq 60003个测序平台分别对猪DNA样本进行全基因组... 全基因组重测序已经成为生物信息学获取数据的最主要途径之一,但不同二代测序平台的数据质量及稳定性可能存在差异,从而对研究结果产生影响。本研究基于MGISEQ-2000、HiSeq 2000和NovaSeq 60003个测序平台分别对猪DNA样本进行全基因组重测序,分析比较3个平台的原始数据质量、比对质量和SNP变异检测情况,同时以猪50K芯片分型结果为标准评价测序数据SNP分型的准确性,以检验上述3个平台之间是否存在系统性差异。结果表明,3个平台的原始数据量及GC含量相近,测序深度均达到送测要求,平均测序深度在20X以上,HiSeq 2000和NovaSeq 6000平台Q30以上reads所占比例高于MGISEQ-2000(P<0.01),但两者的重复reads所占比例也高于MGISEQ-2000(P<0.01)。MGISEQ-2000在双端比对率、平均比对深度和覆盖度超过20X的位点所占比例方面均高于其他2个平台(P<0.05),而NovaSeq 6000在平均比对深度和覆盖度超过20X的位点占比上又高于HiSeq 2000(P<0.05)。MGISEQ-2000的SNP位点判型准确性与HiSeq 2000相似,二者平均准确性均达到97.21%且高于NovaSeq 6000。来自NovaSeq 6000平台的2个样本的SNP位点判型准确性结果远低于其他2个平台的结果,且其在测序稳定性上不如MGISEQ-2000和HiSeq 2000。综上,MGISEQ-2000、HiSeq 2000和NovaSeq 60003个平台的测序性能存在一定差异,但三者的测序数据均达到了生物信息学分析的要求,其中MGISEQ-2000平台在测序质量和稳定性上表现出色,可以为生物信息学分析提供更可靠的重测序数据。 展开更多
关键词 MGISEQ-2000 HiSeq 2000 novaseq 6000 测序质量 SNP
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人粪便和阴道菌群16S rRNA基因Illumina MiSeq平台和NovaSeq平台测序结果的比较
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作者 胡楚翘 王璐璐 +3 位作者 周方玥 黄荷凤 吴琰婷 申剑 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期254-271,共18页
Illumina MiSeq是最常用的人体共生菌群16S rRNA基因高通量测序平台之一,NovaSeq是Illumina最新推出的、通量更高的测序平台。虽然两个平台的测序原理相同,但软硬件和试剂有差异,目前尚不清楚在两个平台进行16S rRNA基因测序得到的人体... Illumina MiSeq是最常用的人体共生菌群16S rRNA基因高通量测序平台之一,NovaSeq是Illumina最新推出的、通量更高的测序平台。虽然两个平台的测序原理相同,但软硬件和试剂有差异,目前尚不清楚在两个平台进行16S rRNA基因测序得到的人体共生菌群alpha和beta多样性结果的异同。本研究分别在两个平台对10个人粪便样本和8个人阴道拭子样本的16S rRNA基因V3-V4区进行PCR扩增、建库和测序,用统一的生物信息学流程处理数据。在相同测序深度下,NovaSeq检测到更多的低丰度细菌;在门、纲、目、科、属和扩增子序列变体(amplicon sequence variant,ASV)水平上,两个平台检测到的优势细菌的种类一致,且相对丰度呈显著正相关,同一样本中若干优势细菌的丰度在两个平台之间有显著差异。在两个平台之间,所有样本的alpha多样性指数Shannon、Pielou′s evenness、观测到的ASV数以及粪便样本的Faith′s PD指数呈显著正相关,前3个alpha多样性指数的绝对数值有显著差异。在beta多样性方面,所有样本的菌群整体结构在两个平台之间没有显著差异,两个平台鉴定的粪便菌群和阴道菌群之间的差异细菌大多数(23个ASV中的19个)是相同的。以上结果表明,对于人粪便样本和阴道拭子样本,MiSeq和NovaSeq平台不改变不同样本之间优势细菌丰度、alpha多样性指数和beta多样性的相对差异,但相同样本在两个平台测定的细菌的种类数目和丰度、alpha多样性指数的绝对数值会有显著差异。 展开更多
关键词 16S rRNA基因 MiSeq平台 novaseq平台 肠道菌群 阴道菌群
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化肥减量配施有机肥对芒果根际微生物多样性及酶活性的影响
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作者 汪自松 杨正丽 +4 位作者 曾梓芸 沈伟 方利娟 刘正鲁 赵志常 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第2期240-247,共8页
为探究化肥减量配施有机肥对芒果根际土壤细菌、真菌群落组成和结构的影响,开展田间定位试验,设CK(仅施用化肥)和T1(化肥减量10%+有机肥6.0 t/hm^(2))、T2(化肥减量20%+有机肥9.0 t/hm^(2))、T3(有机肥、无机肥等量复混)、T4(有机肥、... 为探究化肥减量配施有机肥对芒果根际土壤细菌、真菌群落组成和结构的影响,开展田间定位试验,设CK(仅施用化肥)和T1(化肥减量10%+有机肥6.0 t/hm^(2))、T2(化肥减量20%+有机肥9.0 t/hm^(2))、T3(有机肥、无机肥等量复混)、T4(有机肥、无机肥减量10%复混)、T5(有机肥、无机肥减量20%复混)5个处理。利用NovaSeq测序平台,分析土壤细菌、真菌群落结构和组成的变化特征,结合土壤酶活性,探究不同施肥处理下驱动细菌、真菌群落变化的关键土壤环境因子。结果表明,T1、T2处理显著提高了土壤纤维素酶、蔗糖酶的活性,T3、T4、T5处理显著提高了脲酶、酸性磷酸酶的活性,T2处理显著提高了过氧化氢酶的活性;各处理的细菌Shannon指数、Simpson指数均显著高于CK,T1、T3处理的Chao1指数、ACE指数显著高于CK;主成分分析结果表明,土壤真菌群落结构在处理间达到显著性差异,CK与T1及T3处理、CK与T2及T4处理分别在土壤细菌、真菌群落结构上差异最大;变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、绿湾菌门均为土壤的优势细菌门,子囊菌门、担子菌门、未确定分类真菌门、壶菌门为优势真菌门;Spearman相关热图显示,土壤过氧化氢酶活性更易影响根际土壤真菌的相对丰度及多样性。综合而言,T2、T4处理更有利于提高土壤酶的活性,丰富微生物群落的多样性,并可改变微生物群落的结构,为本研究中芒果的最佳施肥方式。 展开更多
关键词 芒果 化肥减施 土壤酶活性 土壤微生物多样性 novaseq测序
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Effects of cultivating biotech maize GG2 and glyphosate treatment on the rhizospheric microbial community structure
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作者 Yinxiao Wang Yihe Hao +3 位作者 Shengyan Li Ning Wen Mingyuan Yin Zhihong Lang 《aBIOTECH》 2025年第2期174-188,共15页
In environmental biosafety assessments of glyphosate-tolerant crops,it is essential to evaluate the effects of cultivating these crops and applying glyphosate on the microbial community in the rhizosphere soil,which p... In environmental biosafety assessments of glyphosate-tolerant crops,it is essential to evaluate the effects of cultivating these crops and applying glyphosate on the microbial community in the rhizosphere soil,which play a critical role in maintaining soil health,plant growth,and crop productivity.Maize(Zea mays)line GG2 was previously generated by transforming wild-type maize with the gat and gr79-epsps genes,endowing GG2 with both active and passive resistance to glyphosate.However,the ecological risk of introducing these two new glyphosate-tolerance genes into maize,as well as glyphosate treatment,to rhizosphere microorganisms remain unclear.In this study,we used high-throughput sequencing to analyze the diversity and composition of the bacterial and fungal communities in the rhizosphere soil around biotech maize GG2,with(GG2-H)and without glyphosate treatment(GG2-N),compared with the near-isogenic,non-biotech maize line ZD958 at seven stages of growth.The structure and diversity of the bacterial and fungal communities of GG2-H were similar to those of ZD958,whereas glyphosate treatment had temporary effects on bacterial and fungal diversity and richness.The differences in the bacterial and fungal communities were associated with changes in soil properties such as pH,available phosphorus and organic matter,and seasonal changes.These factors,rather than maize lines,made the greatest contributions to the shifts in bacterial and fungal community structure.This study provides a comprehensive analysis of the effects of biotech crop cultivation,glyphosate treatment,soil physicochemical properties of soil,and maize growth stages on soil microbial communities,offering valuable insights for the large-scale adoption of biotech crops in China. 展开更多
关键词 Biotech maize GLYPHOSATE Bacterial and fungal community composition Risk assessment Illumina novaseq PE250 sequencing
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九龙山自然保护区四种生境土壤的虫生真菌多样性 被引量:3
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作者 赵誉霞 陈丽华 +3 位作者 贾小琦 邵朝阳 舒金平 张亚波 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期1135-1148,共14页
为明确浙江省九龙山国家级自然保护区不同生境下的土壤虫生真菌多样性及分布特点,给该区域虫生真菌的开发利用及物种多样性提供科学依据,本研究以九龙山自然保护区四种不同生境(茶园、红薯地、人工林、原始林)的土壤为研究材料,通过illu... 为明确浙江省九龙山国家级自然保护区不同生境下的土壤虫生真菌多样性及分布特点,给该区域虫生真菌的开发利用及物种多样性提供科学依据,本研究以九龙山自然保护区四种不同生境(茶园、红薯地、人工林、原始林)的土壤为研究材料,通过illumina NovaSeq测序平台测序得到有效数据,分析四种生境下20个土壤样品中的真菌多样性与虫生真菌的群落结构组成,探讨虫生真菌与土壤环境因子的相关性。结果发现:四种生境下林地(原始林、人工林)土壤的虫生真菌相对丰度高于农业用地(茶园、红薯地);四种生境土壤的虫生真菌群落具有显著差异,原始林与人工林中的最优势属是弯颈霉属,茶园与红薯地中的最优势属分别为镰刀菌属和绿僵菌属;该地区土壤碳氮比和全氮水平是影响虫生真菌菌群的极显著环境因子,林地土壤的虫生真菌菌群与土壤碳氮比、全氮水平正相关,农业用地土壤中的虫生真菌群落与土壤全磷、速效磷含量正相关;四种生境土壤虫生真菌相对丰度排行前十的属中,绿僵菌属、棒束孢属、虫草属与土壤碳氮比、全氮水平极显著正相关,镰刀菌属与其极显著负相关。该研究结果表明,九龙山自然保护区虫生真菌种类丰富,生境类型影响虫生真菌的丰富度,林地土壤的虫生真菌相对丰度较高。该地区的优势虫生真菌主要集中于3个属:绿僵菌属、弯颈霉属、镰刀菌属。 展开更多
关键词 九龙山自然保护区 虫生真菌 不同生境 novaseq 多样性
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神农洁蜣螂两性成虫肠道微生物多样性分析
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作者 毛月 袁辉 +2 位作者 陈红心 周启立 熊涛 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期201-208,共8页
昆虫肠道微生物多样性对宿主的生长发育以及营养物质的消化和吸收等起着非常重要的作用。本研究利用16S rRNA基因序列构建神农洁蜣螂Catharsius molossus雌性成虫和雄性成虫肠道微生物的克隆文库,旨在探究其菌群的结构并加以对比和分析... 昆虫肠道微生物多样性对宿主的生长发育以及营养物质的消化和吸收等起着非常重要的作用。本研究利用16S rRNA基因序列构建神农洁蜣螂Catharsius molossus雌性成虫和雄性成虫肠道微生物的克隆文库,旨在探究其菌群的结构并加以对比和分析,采用Illumina NovaSeq高通量测序的方法揭示两种菌群组成方面的相似性和差异性。结果表明:神农洁蜣螂雌性成虫和雄性成虫肠道微生物在结构和组成方面存在着一定的差异。雌性成虫肠道菌群的物种丰富度和物种多样性都高于雄性成虫。雌性成虫、雄性成虫体内肠道菌群共有1 253个ASVs,归属于20个门、35个纲、54个目、134个科、253个属,其中雌性成虫肠道菌群的ASVs有1 024个,而雄性成虫肠道菌群的ASVs有410个,二者优势菌群虽然都为阴道球菌属Vagococcus,但二者所占的比例不同。本研究分析了神农洁蜣螂雌雄成虫肠道微生物多样性及群落在结构和组成方面的差异,为探究神农洁蜣螂雌雄成虫的肠道微生物的潜在功能,以及其肠道菌群的开发应用提供了理论支持。 展开更多
关键词 神农洁蜣螂 成虫 雌性 雄性 肠道菌群 Illumina novaseq高通量测序 16S rRNA
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两种食品添加剂对鲜天麻采后真菌多样性的影响 被引量:3
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作者 张旭 王瑞 +4 位作者 吉宁 孙海燕 潘成 雷霁卿 马超 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期2203-2217,共15页
食品添加剂在农产品采后病害的防治已得到广泛的应用。本研究以鲜天麻低温贮藏、室温货架腐烂情况为基础,通过Illumina NovaSeq高通量测序技术探究了脱氢乙酸钠、香芹酚及纯水处理对鲜天麻表皮真菌多样性变化的影响情况。结果表明,较直... 食品添加剂在农产品采后病害的防治已得到广泛的应用。本研究以鲜天麻低温贮藏、室温货架腐烂情况为基础,通过Illumina NovaSeq高通量测序技术探究了脱氢乙酸钠、香芹酚及纯水处理对鲜天麻表皮真菌多样性变化的影响情况。结果表明,较直接采挖的带土新鲜乌天麻(CK组),脱氢乙酸钠和香芹酚处理能够有效地延缓鲜天麻在整个贮藏和货架期间的腐烂,而纯水处理在短期低温贮藏可以延缓鲜天麻的腐烂。与CK组相比,脱氢乙酸钠处理、香芹酚处理和纯水处理能够降低真菌多样性和丰富度,其中脱氢乙酸钠处理组真菌多样性和丰富度最低,其次为香芹酚处理组。引起CK组腐烂的主要致腐菌为镰刀菌属Fusarium、土赤壳属Ilyonectria和青霉属Penicillium的种类。通过高通量测序可知,与CK组相比,脱氢乙酸钠和香芹酚处理能够降低病原菌镰刀菌属、青霉属和土赤壳属的相对丰富度,且脱氢乙酸钠对青霉属有较强的抑制作用,香芹酚对镰刀菌属和土赤壳属抑制作用较强。研究结果表明,脱氢乙酸钠和香芹酚处理能够较大程度导致鲜天麻表皮真菌群落发生变化,抑制天麻腐烂。 展开更多
关键词 鲜天麻 采后 脱氢乙酸钠 香芹酚 Illumina novaseq测序 真菌多样性
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黄山典型植被类型土壤真菌群落特征及其影响因素 被引量:24
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作者 满百膺 向兴 +4 位作者 罗洋 毛小涛 张超 孙丙华 王希 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期2735-2751,共17页
黄山地势高差明显,植被类型多样,生态系统保存完整,是研究森林生态系统土壤真菌群落的天然实验室。本研究采集黄山典型植被下土壤样本,利用IlluminaNova Seq高通量测序技术分析土壤真菌群落结构,结合土壤理化性质探讨不同植被类型影响... 黄山地势高差明显,植被类型多样,生态系统保存完整,是研究森林生态系统土壤真菌群落的天然实验室。本研究采集黄山典型植被下土壤样本,利用IlluminaNova Seq高通量测序技术分析土壤真菌群落结构,结合土壤理化性质探讨不同植被类型影响真菌群落组成的潜在因素。结果共检测到13个真菌门,优势真菌门依次为:担子菌门Basidiomycota,获得38目,202属,相对丰度介于7.30%–90.71%,在常绿落叶阔叶混交林、山地矮林及落叶阔叶林中出现高值,局部呈现先增后减的单峰变化格局;子囊菌门Ascomycota有56目,393属,相对丰度介于4.69%–53.07%,随着典型植被类型变化无明显变化规律;被孢霉门Mortierellomycota获得1目和2属,相对丰度介于2.88%–29.92%,随着典型植被类型变化呈现U型变化模式;5种植被类型土壤中共检测到34个不同分类单元的真菌指示类群,落叶阔叶林土壤真菌指示类群最为丰富,占67%;p H显著影响土壤真菌α多样性(Pearson,P<0.001),是黄山土壤真菌群落变异的主控因子(Monte Corlo检验,P<0.01)。 展开更多
关键词 黄山 真菌群落结构 Illumina novaseq测序 土壤PH
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长期种植云南大叶种茶对土壤真菌多样性的影响 被引量:8
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作者 浦滇 罗义菊 +2 位作者 陈洪宇 石明 蓝增全 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期440-448,共9页
为探究长期种植云南大叶种茶(Camellia sinensis var.assamica)对土壤真菌多样性的影响,在云南省双江县冰岛老寨茶园选取树龄依次为10年、40年、80年和100年以上的茶树片区(各设3个样方),同时选择相邻无植茶史的林区作为对照(CK),采集表... 为探究长期种植云南大叶种茶(Camellia sinensis var.assamica)对土壤真菌多样性的影响,在云南省双江县冰岛老寨茶园选取树龄依次为10年、40年、80年和100年以上的茶树片区(各设3个样方),同时选择相邻无植茶史的林区作为对照(CK),采集表层(0-20 cm)土壤并利用Illumina NovaSeq高通量测序技术鉴定真菌类群,解析植茶年限对土壤真菌群落结构与多样性的影响,并探究真菌群落与土壤化学因子之间的关系.结果发现,随着植茶年限的增加,土壤真菌多样性指数呈先减小后增加的趋势,其中40年的最低,且年限间存在显著差异(P<0.05).Spearman相关性分析表明土壤真菌多样性主要受速效钾、碱解氮、全钾、有机质含量和pH值影响;优势门子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota)的相对丰度均大于10%,前者呈先减小后增加的趋势,而后者呈先增加后减小的趋势.非度量多维尺度分析(non-metric multidimensional scaling analysis,NMDS)和相似性分析(analysis of similarities,ANOSIM)表明不同植茶年限土壤真菌群落与对照明显分开且存在显著差异(R=0.56,P=0.0001),线性判别分析(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)进一步表明对照和不同植茶年限土壤中均存在显著差异物种;Spearman相关性分析结果显示土壤有效磷、全磷、碱解氮和全钾是影响真菌群落的主要驱动因子.综上,长期种植云南大叶种茶树改变了土壤化学性质,进而使土壤真菌群落组成和多样性发生变化,植茶40年是土壤真菌群落产生重大变化的关键时期. 展开更多
关键词 植茶年限 云南大叶种茶 Illumina novaseq高通量测序 土壤真菌 群落特征
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