实时荧光定量PCR技术是分析基因表达谱的一种常用方法,在分析中选择合适的内参基因对数据进行校正是得到可信数据的关键。以Lactobacillus helveticus H9为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,评价了5种常用内参基因ldh、recA、rpoB、ga...实时荧光定量PCR技术是分析基因表达谱的一种常用方法,在分析中选择合适的内参基因对数据进行校正是得到可信数据的关键。以Lactobacillus helveticus H9为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,评价了5种常用内参基因ldh、recA、rpoB、gapdh和16S rRNA的表达稳定性,通过geNorm和NormFinder程序进行数据分析,结果表明5个候选内参基因在菌株不同的发酵时间点表达相对都较为稳定,结合两种分析得到其中最为稳定的基因是ldh,适合于用作后续实时荧光定量PCR试验中的内参基因。展开更多
苹果果实着色期基因表达水平的变化对果实品质形成具有重要影响,选择适合的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的首要条件。本试验以‘富士’苹果着色过程中不同取样时间的果皮为材料,通过q RT-PCR分析了常用候选持家基因β-actin...苹果果实着色期基因表达水平的变化对果实品质形成具有重要影响,选择适合的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的首要条件。本试验以‘富士’苹果着色过程中不同取样时间的果皮为材料,通过q RT-PCR分析了常用候选持家基因β-actin、EF-1α、GAPDH和18S r RNA的表达变化,借助ge Norm和Norm Finder程序筛选出在果实着色期q RT-PCR分析的理想内参基因。结果表明,EF-1α的表达水平高且最稳定,其次是18S r RNA,而β-actin和GAPDH的相对表达水平较低;同时,用筛选的内参基因EF-1α和18S r RNA分析苹果花青苷合成途径的二氢黄酮醇-4-还原酶基因的表达水平,其表达规律比较一致,均呈现正态分布。因此,EF-1α和18S r RNA是研究苹果着色期表达的理想的内参基因。展开更多
目的探讨肝癌（HCC）组织及细胞系实时定量RT-PCR最佳的内参基因选择。方法通过实时定量RT-PCR,检测HMBS、CTBP1、HPRT1、UBC、B2M、SDHA、RPLI3A、EIF4A1、TUBB、YWHAZ、ACTB、GUSB、GAPDH、18 s rRNA和28 s rRNA 15个内参基因在70例HC...目的探讨肝癌（HCC）组织及细胞系实时定量RT-PCR最佳的内参基因选择。方法通过实时定量RT-PCR,检测HMBS、CTBP1、HPRT1、UBC、B2M、SDHA、RPLI3A、EIF4A1、TUBB、YWHAZ、ACTB、GUSB、GAPDH、18 s rRNA和28 s rRNA 15个内参基因在70例HCC、癌旁肝组织及阿法替尼作用后4个HCC细胞系的表达情况。并使用NormFinder及geNorm软件分析最优化的内参基因。结果 15个内参基因表达存在差异,Cq值在8~29.2间。GAPDH在HCC及癌旁肝组织表达差异有显著性（P〈0.05）。结论NormFinder及geNorm软件均显示HMBS＋UBC组合为肝组织的最佳内参,HMBS＋RPLI3A组合为体外肝癌细胞系的最适宜内参。展开更多
基于金针菇(Flammulina filiformis)基因组和转录组的测序组装结果,选取13个内参基因(α-TUB、β-TUB、PGM、RPL19C、RPL6、CYC、18S rRNA、Vha68、ACT、GPD、PAS、TEF和VSN),通过设计跨内含子引物,分别对金针菇不同菌株(Fy331、Fw12、...基于金针菇(Flammulina filiformis)基因组和转录组的测序组装结果,选取13个内参基因(α-TUB、β-TUB、PGM、RPL19C、RPL6、CYC、18S rRNA、Vha68、ACT、GPD、PAS、TEF和VSN),通过设计跨内含子引物,分别对金针菇不同菌株(Fy331、Fw12、川金10、Fv296、金黄11和福建白金)菌丝和Fy331菌株不同发育阶段(菌丝、原基、幼嫩子实体和成熟子实体)样品进行实时荧光定量PCR(quantitative real time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测,并采用ΔCt算法和NormFinder、BestKeeper、GeNorm等软件对检测结果进行表达稳定性分析,以期筛选出在不同菌株菌丝和不同发育阶段中稳定表达的内参基因。结果表明:Vha68、TEF和β-TUB基因在不同菌株菌丝中表达稳定;Vha68、ACT和GPD基因在不同发育阶段样品中表达稳定。综合评价与qRT-PCR验证分析结果显示,Vha68和TEF、Vha68和ACT分别适合作为金针菇不同菌株菌丝、不同发育阶段qRT-PCR检测基因表达的最佳内参基因。展开更多
文摘实时荧光定量PCR技术是分析基因表达谱的一种常用方法,在分析中选择合适的内参基因对数据进行校正是得到可信数据的关键。以Lactobacillus helveticus H9为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,评价了5种常用内参基因ldh、recA、rpoB、gapdh和16S rRNA的表达稳定性,通过geNorm和NormFinder程序进行数据分析,结果表明5个候选内参基因在菌株不同的发酵时间点表达相对都较为稳定,结合两种分析得到其中最为稳定的基因是ldh,适合于用作后续实时荧光定量PCR试验中的内参基因。
文摘苹果果实着色期基因表达水平的变化对果实品质形成具有重要影响,选择适合的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的首要条件。本试验以‘富士’苹果着色过程中不同取样时间的果皮为材料,通过q RT-PCR分析了常用候选持家基因β-actin、EF-1α、GAPDH和18S r RNA的表达变化,借助ge Norm和Norm Finder程序筛选出在果实着色期q RT-PCR分析的理想内参基因。结果表明,EF-1α的表达水平高且最稳定,其次是18S r RNA,而β-actin和GAPDH的相对表达水平较低;同时,用筛选的内参基因EF-1α和18S r RNA分析苹果花青苷合成途径的二氢黄酮醇-4-还原酶基因的表达水平,其表达规律比较一致,均呈现正态分布。因此,EF-1α和18S r RNA是研究苹果着色期表达的理想的内参基因。
文摘目的探讨肝癌（HCC）组织及细胞系实时定量RT-PCR最佳的内参基因选择。方法通过实时定量RT-PCR,检测HMBS、CTBP1、HPRT1、UBC、B2M、SDHA、RPLI3A、EIF4A1、TUBB、YWHAZ、ACTB、GUSB、GAPDH、18 s rRNA和28 s rRNA 15个内参基因在70例HCC、癌旁肝组织及阿法替尼作用后4个HCC细胞系的表达情况。并使用NormFinder及geNorm软件分析最优化的内参基因。结果 15个内参基因表达存在差异,Cq值在8~29.2间。GAPDH在HCC及癌旁肝组织表达差异有显著性（P〈0.05）。结论NormFinder及geNorm软件均显示HMBS＋UBC组合为肝组织的最佳内参,HMBS＋RPLI3A组合为体外肝癌细胞系的最适宜内参。
文摘基于金针菇(Flammulina filiformis)基因组和转录组的测序组装结果,选取13个内参基因(α-TUB、β-TUB、PGM、RPL19C、RPL6、CYC、18S rRNA、Vha68、ACT、GPD、PAS、TEF和VSN),通过设计跨内含子引物,分别对金针菇不同菌株(Fy331、Fw12、川金10、Fv296、金黄11和福建白金)菌丝和Fy331菌株不同发育阶段(菌丝、原基、幼嫩子实体和成熟子实体)样品进行实时荧光定量PCR(quantitative real time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测,并采用ΔCt算法和NormFinder、BestKeeper、GeNorm等软件对检测结果进行表达稳定性分析,以期筛选出在不同菌株菌丝和不同发育阶段中稳定表达的内参基因。结果表明:Vha68、TEF和β-TUB基因在不同菌株菌丝中表达稳定;Vha68、ACT和GPD基因在不同发育阶段样品中表达稳定。综合评价与qRT-PCR验证分析结果显示,Vha68和TEF、Vha68和ACT分别适合作为金针菇不同菌株菌丝、不同发育阶段qRT-PCR检测基因表达的最佳内参基因。
