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题名青天葵NfD53基因的克隆及生物信息学分析
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作者
左紫梅
黎斯敏
詹若挺
何瑞
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机构
广州中医药大学
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出处
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2021年第22期7408-7416,共9页
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基金
广东省普通高校“服务乡村振兴计划”重点领域专项(2019KZDZX2017)
广东省省级乡村振兴战略(农业科技创新及推广体系建设)专项(2019KJ148)。
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文摘
本研究克隆青天葵NfD53基因并分析其序列特征,可为今后深入研究Nf D53蛋白功能及独脚金内酯(SLs)对植物侧枝生长发育的影响提供参考依据。以濒危药用植物青天葵叶片为实验材料,利用RT-PCR及RACE技术克隆获得2条NfD53基因,分别命名为NfD53-1和NfD53-2,应用生物信息学软件分析其序列并进行功能预测。结果显示:NfD53-1基因全长3523 bp,编码974个氨基酸;NfD53-2全长3916 bp,编码1190个氨基酸。两者等电点分别为:8.34、6.33;亲水性平均数为:-0.250、-0.263;均为不稳定的亲水性蛋白,无信号肽及切割位点,定位于叶绿体。两蛋白都具有ClpA超家族核心序列,而Nf D53-1蛋白还具有ClpC超家族核心序列,并含有3个非特异性位点(ClpA,ClpC和AAA_(2)),Nf D53-2蛋白含有1个ClpA非特异性位点。蛋白的二级结构中均以无规则卷曲占比最高,分别占47.16%和51.21%;其次是α-螺旋,占38.70%和31.69%。系统进化分析表明,Nf D53-1与番茄等聚为一支,但氨基酸相似度较低(20.27%),Nf D53-2与铁皮石斛聚为一支,同源性较高(66.49%)。本研究为后续进一步探讨该基因的功能及SLs在植物生长发育中的作用提供数据参考。
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关键词
青天葵
nfd53
生物信息学分析
RACE技术
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Keywords
Nervilia fordii
nfd53
Bioinformatic analysis
RACE
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分类号
S567.239
[农业科学—中草药栽培]
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