期刊导航
期刊开放获取
vip
退出
期刊文献
+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
检索
高级检索
期刊导航
共找到
2
篇文章
<
1
>
每页显示
20
50
100
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
文摘
详细
列表
相关度排序
被引量排序
时效性排序
NWCHEM软件在生物体系中的应用
1
作者
张宝花
李国辉
+3 位作者
魏帆
刘倩
金钟
迟学斌
《科研信息化技术与应用》
2011年第6期113-119,共7页
生物体系结构和功能比较复杂,对其进行简单的振动柔性分析,研究构象变化以及原子分子之间相互作用势的精确度问题等都非常费时费力。我们可以将研究体系分割成合适的小片段后,使用量子化学程序进行精确计算,再采用MFCC结合REMD技术来研...
生物体系结构和功能比较复杂,对其进行简单的振动柔性分析,研究构象变化以及原子分子之间相互作用势的精确度问题等都非常费时费力。我们可以将研究体系分割成合适的小片段后,使用量子化学程序进行精确计算,再采用MFCC结合REMD技术来研究生物体系精确作用问题。本文使用NWCHEM软件计算不同规模大小的"多肽"体系在深腾7000的不同架构节点上随处理器核数的加速效率,以确定大生物体系分割研究片段的大小和计算采取的处理器核数,并以此分析NWCHEM软件在生物体系研究中的适用性。
展开更多
关键词
nwchem
并行计算
深腾7000
多肽
原文传递
NWChem与GAMESS-US软件在有机小分子计算中的性能分析
2
作者
张宝花
金钟
《科研信息化技术与应用》
2014年第5期57-64,共8页
本文围绕13个不同规模的有机小分子体系,考察了NWChem与GAMESS-US软件在DFT/B3LYP理论级别及不同基组下计算的能量和结构变化、优化步数及自洽迭代时间等,探讨了优化算法及处理技巧。同时,本文对NWChem软件并行性能分析的结果表明,对于...
本文围绕13个不同规模的有机小分子体系,考察了NWChem与GAMESS-US软件在DFT/B3LYP理论级别及不同基组下计算的能量和结构变化、优化步数及自洽迭代时间等,探讨了优化算法及处理技巧。同时,本文对NWChem软件并行性能分析的结果表明,对于中到大体系,计算规模为32处理器/核及以上时可以获得更好的计算效率。通过本项研究有助于更好的使用NWChem与GAMESSUS软件。文中提供的软件测试和分析思路同样适用于其他量化软件,同时NWChem并行分析也为量子化学程序提供了软件并行效率改进方面的参考。
展开更多
关键词
有机分子
结构优化
nwchem
GAMESS-US
性能分析
原文传递
题名
NWCHEM软件在生物体系中的应用
1
作者
张宝花
李国辉
魏帆
刘倩
金钟
迟学斌
机构
中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心
中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室
出处
《科研信息化技术与应用》
2011年第6期113-119,共7页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)(2009AA01A130)
(2009AA01A137)
文摘
生物体系结构和功能比较复杂,对其进行简单的振动柔性分析,研究构象变化以及原子分子之间相互作用势的精确度问题等都非常费时费力。我们可以将研究体系分割成合适的小片段后,使用量子化学程序进行精确计算,再采用MFCC结合REMD技术来研究生物体系精确作用问题。本文使用NWCHEM软件计算不同规模大小的"多肽"体系在深腾7000的不同架构节点上随处理器核数的加速效率,以确定大生物体系分割研究片段的大小和计算采取的处理器核数,并以此分析NWCHEM软件在生物体系研究中的适用性。
关键词
nwchem
并行计算
深腾7000
多肽
Keywords
nwchem
Parallel computation
DeepComp 7000
Peptide
分类号
TP31 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
原文传递
题名
NWChem与GAMESS-US软件在有机小分子计算中的性能分析
2
作者
张宝花
金钟
机构
中国科学院计算机网络信息中心
出处
《科研信息化技术与应用》
2014年第5期57-64,共8页
基金
中国科学院计算机网络信息中心一三五规划重点培育方向专项(CNIC_PY_1404)
文摘
本文围绕13个不同规模的有机小分子体系,考察了NWChem与GAMESS-US软件在DFT/B3LYP理论级别及不同基组下计算的能量和结构变化、优化步数及自洽迭代时间等,探讨了优化算法及处理技巧。同时,本文对NWChem软件并行性能分析的结果表明,对于中到大体系,计算规模为32处理器/核及以上时可以获得更好的计算效率。通过本项研究有助于更好的使用NWChem与GAMESSUS软件。文中提供的软件测试和分析思路同样适用于其他量化软件,同时NWChem并行分析也为量子化学程序提供了软件并行效率改进方面的参考。
关键词
有机分子
结构优化
nwchem
GAMESS-US
性能分析
Keywords
organic molecules geometry optimization
nwchem
GAMESS-US performance analysis
分类号
TP311.5 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
NWCHEM软件在生物体系中的应用
张宝花
李国辉
魏帆
刘倩
金钟
迟学斌
《科研信息化技术与应用》
2011
0
原文传递
2
NWChem与GAMESS-US软件在有机小分子计算中的性能分析
张宝花
金钟
《科研信息化技术与应用》
2014
0
原文传递
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
上一页
1
下一页
到第
页
确定
用户登录
登录
IP登录
使用帮助
返回顶部
