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生物信息学揭示m7G甲基化修饰相关基因在腹主动脉瘤中的作用
1
作者 叶嘉民 杨馨悦 +5 位作者 刘继涛 马文韬 何彩云 杨帆 罗淞元 罗建方 《岭南心血管病杂志》 CAS 2023年第3期279-289,共11页
目的明确N7-甲基鸟苷(7-methylguanosine,m7G)相关基因对腹主动脉瘤(abdominal aortic aneurysm,AAA)的作用。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中获取人类AAA和正常组织中m7G相关基因的表达数据,并进行差异分析。通过LASSO回... 目的明确N7-甲基鸟苷(7-methylguanosine,m7G)相关基因对腹主动脉瘤(abdominal aortic aneurysm,AAA)的作用。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中获取人类AAA和正常组织中m7G相关基因的表达数据,并进行差异分析。通过LASSO回归筛选与发病相关的基因并进行免疫浸润分析,根据其表达模式对AAA患者进行共识聚类分型,对两种亚型的差异基因进行基因本体论(gene ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。最后通过数据库预测筛选出的m7G相关基因的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、微小RNA(microRNA,miRNA)。结果筛选出6个具有显著差异的m7G相关基因,其中IFIT5、NUDT10和NUDT4与AAA发病密切相关。这三者其可能影响CD4幼稚T细胞,自然杀伤(natural killer,NK)细胞,Tregs细胞的免疫浸润程度,根据其表达模式聚类的亚型与AAA的异质性密切相关,并构建了相关竞争性内源RNA(competing endogenouse RNA,ceRNA)网络。结论m7G相关基因IFIT5、NUDT10和NUDT4可能是治疗人类AAA的潜在靶点。 展开更多
关键词 腹主动脉瘤 N7-甲基鸟苷修饰 IFIT5 NUDT10 nudt4
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